گزینه ترامپ برای وزارت دفاع خواستار حمله موشکی به ایران بود
یک گزینه حمله شبانه به یکی از تاسیسات هسته‌ای و یا پالایشگاه‌های نفت ایران بود. پیام ماتیس روشن بود: «شما می‌توانید آنها را متوجه کنید که ما هم موشک داریم». طرح ژنرال ماتیس خیلی زود به اطلاع کاخ سفید رسید که دیدگاه متفاوتی برای ممانعت از سیاست های وقت ایران داشت.
گزینه رئیس‌جمهور منتخب آمریکا برای وزارت دفاع ، در زمانی که فرمانده نیروهای آمریکایی را در خاورمیانه بر عهده داشت ، خواستار حمله موشکی به تاسیسات هسته‌ای ایران شده‌بود  . به گزارش واشنگتن پست ، بعد از حمله موشکی به یکی از پایگاه‌های نیروهای آمریکایی در بغداد که در سال 2011 به کشته شدن شش سرباز منجر شده‌بود ، گفته‌بود این موشک‌های ساخت ایران است و تصمیم داشت تا با پیامی واضح به ایران ، مانع ارسال موشک‌های تهران به عراق شود  . به گزارش واشنگتن پست ، در تابستان 2011 شش سرباز در موشک باران در منطقه‌ای در شرق بغداد کشته شدند و چند هفته بعد سه آمریکایی دیگر در حمله موشکی مشابهی کشته شدند و به این ترتیب تعداد کشته‌های آمریکا به 15 نفر رسید تا آن ماه بدترین ماه برای سربازان آمریکایی بعد از حدود دو سال شود  . ژنرال جیمز ماتیس که در آن زمان فرمانده ارشد آمریکا در خاورمیانه‌بود ، برای ارسال پیام روشن به تهران برای توقف ارسال سلاح برای متحدانش در عراق ، طرحی آماده کرد که با حمایت سفیر وقت آمریکا در عراق و سایر فرماندهان ارشد آمریکایی در عراق روبرو شد  .  واشنگتن پست می‌گوید دو مقام ارشد فعلی و قبلی آمریکا که در جریان مذاکرات مربوط به این طرح بوده‌اند ، این موضوع را تایید کرده‌اند  . به گفته این مقامها که نخواستند نامشان فاش شود ، یک گزینه حمله شبانه به یکی از تاسیسات هسته‌ای و یا پالایشگاه‌های نفت ایران‌بود  .  پیام ماتیس روشن‌بود : « شما می‌توانید آن‌ها را متوجه کنید که ما هم موشک داریم » . طرح ژنرال ماتیس خیلی زود به اطلاع کاخ سفید رسید که دیدگاه متفاوتی برای ممانعت از سیاست‌های وقت ایران داشت  .  به نظر رئیس جمهور باراک اوباما ، حمله به خاک ایران می‌توانست اوضاع را وخیم تر کند و این مخالف سیاستی‌بود که او برای کاهش تنش‌ها وعده اش را داده‌بود  .  برخی مشاوران آقای اوباما هم نگران‌بودند این حمله موشکی موجب شعله ور شدن یک جنگ جدید در خاورمیانه شود  . اختلاف‌نظر بر سر طرح ماتیس موجب شکاف بین اوباما و فرماندهان نظامی ارشد در خاورمیانه شد  .  در حالیکه کاخ سفید نگران واکنش ناگهانی و زیادی نظامیان‌بود ، ژنرال ماتیس عملا به صدای طرفداران پاسخ سختگیرانه تر به ایران تبدیل شد  . هرچند در نهایت با طرح ماتیس مخالفت شد اما به او اجازه داده شد که درون عراق با رهبران شبه نظامی مورد حمایت تهران برخوردهایی کند  . یکی از مقامات آمریکایی گفته در تابستان 2011 وقتی ماتیس فرماندهی نیروهای آمریکایی در خاورمیانه را برعهده داشت ، در شرح اولویت‌هایش به رئیس جمهوری آمریکا گفته‌بود « اولویت شماره یک : ایران ، اولویت شماره دو ، ایران و اولویت شماره 3 ایران » . اوایل سال 2013به ماتیس گفته شد قرار است پنج ماه زودتر جایگزین شود و به نوشته واشنگتن پست ، همکاران سابقش گفتند ماتیس متقاعد شده‌بود که به دلیل اختلاف با کاخ سفید زودتر کنار گذاشته‌شده‌است  . در حال حاضر قرار است ژنرال ماتیس نقش متفاوتی را برای فرمانده کل قوای جدید ، یعنی رئیس جمهوری منتخب دونالد ترامپ بازی کند  .  اگر او از سنا رای کسب کند ، بر حدود 1.3 میلیون نظامی آمریکایی که در بیش از 150 کشور جهان پراکنده هستند ، نظارت خواهد داشت  . ماتیس در حالی از سوی ترامپ نامزد وزارت دفاع‌شده‌که او بلافاصله بعد از انتخاب از سوی ترامپ ، از « میشل فلورنوی » خواست که بعنوان معاونش فعالیت کند  .  از فورنوی به عنوان کسی یاد می‌کنند که اگر « هیلاری کلینتون » در انتخابات ریاست‌جمهوری آمریکا پیروز می‌شد ، وزیر دفاع احتمالی او‌بود  . هرچند این انتخاب نشان می‌داد ماتیس تمایل به استمرار در مقابل تغییرات افراطی است و از صدای مستقل در مباحث سیاسی در کاخ سفید استقبال می‌کند اما بعد از چند ملاقات فلورنوی با تیم مشاوران امنیت ملی ترامپ ، او این پیشنهاد را رد کرد و گفت اختلاف‌نظر‌ها زیاد است  .