انتقاد مطهری از سخنان رئیس قوه قضاییه درباره محاکمه موسوی و کروبی
مطهری نوشت که با استدلال رئیس قوه قضاییه، شورای امنیت ملی می‌تواند هر متهمی را با عناوین امنیتی، بدون آنکه روند قضایی طی شود به حبس و حتی اعدام محکوم کند
علی مطهری نماینده مردم تهران ، با انتشار نامه‌ای سخنان اخیر رئیس قوه قضاییه درباره دلایل محاکمه نشدن میرحسین موسوی و مهدی کروبی را به بازی گرفتن قانون و آغاز یک انحراف دانست  . علی مطهری در نامه خود نوشت : فرموده‌اید « یکی از دلایل برگزار نشدن دادگاه عوامل فتنه این است که برخی از آن‌ها گفته‌اند اصلا نتیجه محاکمه برایشان مهم نیست و آنان تریبونی می‌خواهند که حرفهای خود را بزنند » .  این استدلال از جناب عالی بعید به نظر می‌رسید  .  روشن است که این دلیل پذیرفته نیست زیرا طبیعی است که هر متهمی می‌خواهد حرفهایش را به گوش مردم برساند و این حق اوست ، خصوصا در مورد متهمان مورد نظر که در چند سال گذشته از اظهارنظر محروم بوده‌اند و در مقابل ، اتهامات فراوانی از قبیل براندازی و ارتباط با دشمن خارجی به آن‌ها وارد‌شده‌است » . صادق لاریجانی رئیس قوه قضاییه ایران ، چهارشنبه دهم دی ماه گفته‌بود که موسوی و کروبی به دو دلیل محاکمه نشدند ، یکی حکم شورای امنیت ملی مبنی بر حصر خانگی آنان و دیگر اینکه برای آن‌ها نتیجه دادگاه مهم نبود بلکه می‌خواستند حرف خود را در دادگاه بزنند  . مطهری در بخش دیگری از سخنان خود به نقد سخنان رئیس قوه قضاییه درباره حکم شورای عالی امنیت ملی برای حصر میرحسین موسوی و مهدی کروبی با استناد به اصل 176 قانون اساسی پرداخت و نوشت : « وقتی به اصل 176 قانون اساسی مراجعه می‌کنیم می‌بینیم در سه وظیفه‌ای که برای شورای امنیت ملی معین‌شده‌است مقولاتی مانند حصر افراد نمی‌گنجد  . » این نماینده مجلس سپس استدلال صادق لاریجانی را مبنی بر اینکه حکم شورای امنیت ملی می‌تواند استثنا در قانون را تشکیل دهد ، رد کرد و نوشت : « در قانون اساسی هر جا عبارت « مگر قانون تجویز کند » آمده است ، مقصود از « قانون » مصوبه مجلس شورای اسلامی است نه هر مصوبه‌ای  . » مطهری در ادامه نوشت : « اگر استدلال جناب عالی را بپذیریم ، شورای عالی امنیت ملی می‌تواند هر متهمی را تحت عناوین امنیت ، مصالح ملی و مصلحت نظام بدون آنکه روند قضایی طی شود به حبس و حتی اعدام محکوم کند و این یعنی به بازی گرفتن قوه قضائیه و قانون اساسی  .  گذشته از مصلحت خیالی توجیه وضع موجود ، قطعا اذعان دارید که این روش با روح قانون اساسی سازگار نیست و آغاز یک انحراف است » او سپس مصوبه شورای امنیت ملی را پس از سپری شدن آشوب‌های خیابانی ، خود به خود لغو‌شده‌دانست و نوشت که ادامه حصر سران معترضان نیاز به حکم قضایی داشته است  . مطهری نوشت : « دادگاه صالح علنی را برگزار کنید و هیچ ترسی هم از فتنه خیالی جدید نداشته باشید زیرا متهمان شما آن گونه که تبلیغ‌شده‌است ضد نظام نیستند » .  او سپس خواسته است که در صورت تشکیل دادگاه ، « اقدامات طرف دیگر فتنه مانند حمایت برخی نهادها از یک کاندیدا ، مسئله مناظره ، اعلام جشن ملی و تحریک معترضان ، برخورد خشونت‌آمیز با معترضان و بستن فضای اظهارنظر برای معترضان »، مورد توجه دادگاه قرار گیرد  .