قوه قضاییه: نامه علی مطهری، نشر اکاذیب است
در اطلاعیه قوه قضاییه آمد که مطهری «تلقی اشتباه از علنی بودن دادگاه دارد» و در ادامه ادعا شده که قانون برای انتشار مطالب دادگاههای علنی محدودیت‌هایی گذاشته است
قوه قضاییه ایران ، با انتشار اطلاعیه‌ای در پاسخ به نامه علی مطهری به صادق لاریجانی رییس این قوه ، بخش‌هایی از نامه مطهری را « مشمول عنوان مجرمانه نشر اکاذیب » دانست  . روابط عمومی قوه قضاییه ایران ، سه‌شنبه شب با انتشار اطلاعیه‌ای به انتقادات علی مطهری نماینده مجلس ایران از رییس قوه قضاییه پاسخ داد و ضمن رد آن‌ها ، مطالب نوشته‌شده‌در نامه علی مطهری را ناشی از بی‌اطلاعی و در برخی موارد مشمول نشر اکاذیب دانست  . علی مطهری روز شنبه در پاسخ به که حکم شورای عالی امنیت ملی برای حصر خانگی رهبران معترضان سال 88 را قانونی دانسته‌بود ، به اصول قانون اساسی استناد کرده و که محکوم کردن افراد با مصوبه شورای امنیت ملی انحراف از قانون اساسی است  . نامه قوه قضاییه ، ادعای مطهری در این مورد که محمود احمدی‌نژاد دو بار به رییس قوه قضاییه درباره حصر نامه نوشته است را رد کرد و آن را نشر اکاذیب دانست  .  در این نامه همچنین شک کردن علی مطهری به اصل مصوبه شورای امنیت ملی درباره حصر و اینکه این مصوبه به امضای رییس این شورا نرسیده است ، « نسبت دادن کذب به رییس قوه قضاییه » عنوان‌شده‌است  . نامه قوه قضاییه همچنین استدلال مطهری به اصول 34 و 38 قانون اساسی که به حق دادخواهی ، حق معرفی وکیل ، حق رسیدگی در دادگاه صالح و بالاخره اصل برائت اشاره دارند را « بدون وجه » و بی‌ارتباط با مصوبه‌ شورای عالی امنیت ملی عنوان کرده است  . در این نامه با استناد به اصول 32 و 33 قانون اساسی ، حصر خانگی میرحسین موسوی و مهدی کروبی با مصوبه شورای امنیت ملی قانونی عنوان‌شده‌و استناد به این مصوبه را جزو استثناهایی که در قانون آمده ، اعلام کرده است  . مطهری در بخشی از نامه خود نوشته‌بود با ترتیبی که شورای عالی امنیت ملی برای موسوی و کروبی حکم حصر صادر کرده است می‌توان هر متهمی را به زندان و حبس و اعدام نیز محکوم کرد و « این امر یعنی به بازی گرفتن قوه قضاییه و قانون اساسی » .  در مقابل ، قوه قضاییه در نامه خود آورده که طبق اصل 176 قانون اساسی وظیفه شورای امنیت ملی « بهره‌گیری از امکانات مادی و معنوی کشور برای مقابله با تهدیدهای داخلی و خارجی » توصیف‌شده‌و « حصر سران فتنه در مقام رفع یکی از تهدیدهای علیه امنیت کشور بوده است » . علی مطهری در نامه خود در پاسخ به این گفته رییس قوه قضاییه که « سران فتنه محاکمه نمی‌شوند چون می‌خواهند حرف خودشان را از تریبون دادگاه بزنند » نوشته‌بود که « این طبیعی است که هر متهمی می‌خواهد حرف‌هایش را به گوش مردم برساند و این حق اوست » .  قوه قضاییه اما در نامه خود آورده است که « اولا وظیفه‌ دادگاه ، دادرسی است ، نه ایجاد تریبونی برای سخنرانی دیگران و رساندن حرف‌های خود » و ادامه داده است که مطهری « تلقی اشتباه از علنی بودن دادگاه دارد » .  قوه قضاییه در این بخش آورده که قانون برای انتشار مطالب دادگاههای علنی محدودیت‌هایی گذاشته است  .  در ادامه آورده که برگزاری دادگاه علنی هم طبق قانون در صورتی که مخل امنیت نباشد ممکن است  . قوه قضاییه همچنین این نظر مطهری که گفته‌بود شورای وظیفه امنیت ملی « اتخاذ تصمیمات موقت در شرایط بحرانی است » و با رفع بحران این مصوبات خود به خود لغو می‌شوند را نادرست خوانده و آن را ناشی از بی‌اطلاعی مطهری از فرایند مصوبات شورای عالی امنیت ملی دانسته است  . نامه 230 نماینده مجلس در تایید حصر خانگی همزمان با انتشار نامه قوه قضاییه در پاسخ به علی مطهری ، 230 نماینده مجلس ایران نیز با انتشار نامه‌ای ، حصر خانگی میرحسین موسوی و مهدی کروبی را « اقدامی قانونی » دانسته و خواستار محاکمه رهبران معترضان سال 88 توسط قوه قضاییه « بعد از اتمام مهلت شورای عالی امنیت ملی » شدند  . حکومت ایران ، موسوی ، زهرا رهنورد همسرش و مهدی کروبی را از بهمن ماه سال 1389 در حصر خانگی نگه داشته است  .  حصر خانگی آن‌ها پس از آن رخ داد که موسوی و کروبی در پیامی خواستار راهپیمایی مردم ایران در همراهی با انقلاب‌های عربی در مصر و تونس شدند  . مقام‌های ایران به تازگی می‌گویند که این دو از آن تاریخ به بعد از مسیر اعتراض به نتیجه انتخابات و حوادث پس از آن ، وارد مسیر براندازی شدند  .  با این وجود برخی از چهره‌های سیاسی ایران معتقدند که حصر خانگی موسوی و کروبی با تصویب شورای امنیت ملی ایران ، غیرقانونی است  .  از جمله علی مطهری که در ادامه اعتراض‌های خود به حصر این دو نفر ، روز چهارشنبه 14 دیماه دستور به حصر با حکم شورای امنیت ملی و نه دادگاه را نوعی استبداد و بی‌قانونی دانست  .