رای مجلس به برکناری فرجی دانا؛ محمدعلی نجفی سرپرست وزارت علوم شد 
نمایندگان موافق استیضاح رضا فرجی دانا، وزیر علوم، در جلسه استیضاح به انتصاب تعدادی از مدیران و نحوه انتخاب روسای دانشگاه اعتراض کردند. سرانجام با رای مثبت ۱۴۵ نماینده مجلس به استیضاح وزیر علوم، او برکنار شد
پس از برکناری رضا فرجی دانا ، وزیر علوم ، توسط نمایندگان مجلس ، حسن روحانی رئیس جمهوری ایران ، محمدعلی نجفی را به عنوان سرپرست وزارت علوم و فرجی دانا را به عنوان مشاور رئیس جمهوری در امور علمی و آموزشی منصوب کرد  .  نجفی پیش از این ، مشاور رئیس جمهوری و دبیر ستاد هماهنگی اقتصادی دولت‌بود  . نمایندگان مجلس ایران در جلسه بررسی طرح استیضاح وزیر علوم در روز چهارشنبه ، با 145 رای موافق ، 110 رای مخالف و 15 رای ممتنع از مجموع 270 رای به استیضاح رضا فرجی دانا ، رای به برکناری او دادند  . جلسه مجلس ایران برای استیضاح وزیر علوم ، تحقیقات و فناوری ، صبح ، چهارشنبه آغاز شد  .  حسن روحانی ، رئیس جمهوری ایران ، رضا فرجی دانا را در این جلسه همراهی نکرد و به جای او ، اسحاق جهانگیری معاون اول رئیس جمهوری در جلسه حاضر شد  .  تعدادی از وزرا و اعضای دولت نیز وزیر علوم را در جلسه استیضاح همراهی کردند  . استیضاح وزیر علوم ، که به امضای 51 نماینده مجلس رسیده‌بود ، روز 21 مرداد توسط هیات رئیسه مجلس اعلام وصول شد  . نمایندگان خواستار استیضاح ، در نامه خود دلایل استیضاح را این‌گونه بر شمرده‌بودند : 1 عدم پذیرش و سرگردانی پذیرفته‌شدگان قانونی بورسیه‌های تحصیلات تکمیلی و متاسفانه ارائه مجوز پذیرش افراد رد صلاحیت‌شده‌در این دوره‌ها علی‌رغم تاکید مراجع ذی‌صلاح و قانونی در کشور و بازگرداندن برخی اساتید اخراج‌شده‌توسط هیئت‌های رسیدگی به تخلفات و یا مراجع ذی‌ربط دانشگاه‌ها  . 2 اعزام گروه‌های سیاسی بعضا دارای سوابق تندروی ، کارشناسان ، ارزیابی عمل‌کرد روسای دانشگاه‌ها که زمینه ایجاد تنش را در دانشگاه‌ها فراهم نموده و تغییر شیوه انتخاب روسای دانشگاه‌ها برخلاف رویه‌های جاری شورای عالی انقلاب فرهنگی و خلاف دستور صریح ریاست محترم جمهوری  . 3 منصوب نمودن عناصر دارای سوابق مشخص در فتنه 88 در مسئولیت‌های مهم ستادی وزارتخانه و عزل اشخاص عالم ، متعهد و مدیر از برخی دانشگاه‌ها و نصب افراد دارای سوابق تند افراطی به‌ویژه در مدیریت‌های میانی دانشگاه‌ها  . 4 - عدم مواجهه درست با تحرکات سیاسی ضدانقلاب و ضدنظام برخی عناصر فعال در دانشگاه‌ها و میدان دادن به برخی نشریات دارای رویکرد ضددینی و گرایشات شدیدا قومی و تجزیه‌طلبانه و یا الحادی در محیط‌های دانشگاهی و احیای برخی تشکل‌های افراطی و آشوب‌طلب  . رضا فرجی دانا عمل‌کرد خود را مبنی بر قانون دانست و در بخشی از دفاع از عمل‌کرد خود گفت که اگر مسئولیت او ادامه داشته باشد ، « همچنان » قانون محوری و مقابله با تبعیض را مبنای کار خود قرار می‌دهد  . وزیر علوم ایران به اعطای مجوز فعالیت بیش از 700 شرکت دانش بنیان اشاره کرد و گفت البته متاسفانه از سال 84 تا 92 تعداد موسسات آموزش عالی رشد جهشی عجیبی داشتند و از سال 84 که 950 موسسه آموزش عالی داشتیم به بیش از 22500 موسسه رسیده است  . فرجی دانا در بخش دیگری از سخنانش گفت : زمانی که سال گذشته مجموعه دانشگاهها را تحویل گرفتیم 1300 میلیارد تومان بدهی وجود داشته است به عنوان مثال حتی یک دانشگاه کوچک 30 میلیارد تومان بدهی دارد  . بخشی از سخنان وزیر علوم در دفاع از خود ، به‌طور خلاصه در پی آمده است : - فیلمی مربوط به سال 88 پخش شد ، تجمعی در اعتراض به حمله به کوی دانشگاه‌بود ، رئیس دانشگاه اعلام تحصن کرده‌بود و همه ما آنجا حضور یافتیم و آقای توفیقی هم فرمایشی در آنجا داشت ، همچنین جلسه‌ای که من با دانشجویان در حال صحبت هستم این صحبت‌ها ادامه دارد چرا ادامه‌ی آن را قطع می‌کنید  ؟  ما از بی‌اخلاقی طرفی نمی‌بندیم  . - تغییرات در دانشگاهها در 10 ماه گذشته کمتر از دوره مشابه در دولت احمدی‌نژاد بوده است  .  یکی از نمایندگانی که استیضاح بنده را امضا کرده‌بود وقتی فرد غیربومی در حوزه انتخابیه‌اش تغییر کرد به بنده گفت شما آرامش را به شهر ما برگرداندید  . - درباره دو معاون خود که گفته شده‌بود بدون استعلام از وزارت اطلاعات منصوب شده‌اند گفت : با صحبت با استیضاح‌کنندگان توافق کردیم در خصوص موقعیت شغلی این افراد مجددا استعلام کنند  .  روز سه‌شنبه اعلام کردم که صلاحیت این افراد تایید‌شده‌است اما گویا استیضاح‌کنندگان انتظار شنیدن این سخنان را از بنده نداشتند  . - هر جا که می‌روم فهرستی از مطالب قبل از من به آنجا برده‌شده‌، چرا اینقدر بر طبل اختلاف می‌کوبیم  ؟  فهرست استادان اخراجی بازگشته به دانشگاه به کمیسیون آموزش و امنیت داده‌شده‌و تعداد آن به انگشتان دو دست هم نمی‌رسد ، اینها با رای قانونی دیوان عدالت اداری آمدند و ما هم نمی‌توانیم با حکم قوه قضاییه مخالفت کنیم  . - انتشار نام بورسیه‌ها مورد تایید ما نیست و از حراست خواسته‌ایم با عوامل آن را شناسایی کند  .  او سپس به صدها مورد از بورسیه‌ها اشاره کرد که با معدل پایین‌تر از حد مجاز پذیرفته شده‌اند  .  همچنین 1300 نقر بدون جایابی بورسیه شده‌اند که باید کنار گذاشته شوند  . - رضا فرجی دانا همچنین در مورد بورسیه‌های غیرقانونی گفت : رشته ادبیات فارسی و فقه را باید به خارج بفرستیم  ؟ - پیش از رای‌گیری رئیس مجلس رییس مجلس گفت که اگر چند نفر از کسانی که بحث‌هایی در مورد آن‌ها وجود دارد در وزارت علوم جابجا شوند فضا آرام تر خواهد شد  .  او گفت : وزارت اطلاعات غیر از یک نفر بقیه را تایید کرده است  . - علی لاریجانی از وزیر علوم و دولت برکناری تعدادی از مدیران مورد انتقاد نمایندگان را خواستار شد تا فضا علیه وزارت علوم آرامتر شود دقایقی بعد اعلام کرد که اسحاق جهانگیری معاون اول رییس‌جمهور پیغامی فرستاده که به نظر شما احترام می‌گذاریم و به آن عمل می‌کنیم  . با این وجود در پایان رای‌گیری مشخص شد که نمایندگان از این توضیحات قانع نشده‌اند و رای به برکناری فرجی دانا دادند  . نمایندگان موافق استیضاح وزیر ، 90 دقیقه فرصت دارند تا از تریبون مجلس درباره دلایل موافقت خود با استیضاح سخنرانی کنند  . نخستین نماینده‌ای که در دفاع از استیضاح فرجی دانا سخن گفت ، علیرضا زاکانی‌بود  .  زاکانی انتصاب‌های فرجی دانا در وزارت علوم را جناحی و سلیقه‌ای دانست و شیوه او برای انتخاب روسای دانشگاهها را - که با نظر خواهی از استادان دانشگاه صورت گرفت تنش‌زا معرفی کرد  . به گفته زاکانی مجلس در پی آن‌بود تا با جلسات متعدد با وزیر ، مسیر وزارت علوم را تغییر دهد و کار به استیضاح نکشد ، اما او معتقد است که مسئولان دولتی لجبازی کردند و مجلس ناچار به استیضاح شد  . 88 حسین نقوی حسینی ، نماینده‌ای که در موافقت با استیضاح وزیر علوم پشت تریبون رفت ، فیلمی از سخنان فرجی دانا و جعفر توفیقی در یک نشست دانشجویی پخش کرد  . جعفر توفیقی ، وزیر علوم دولت محمد خاتمی در دو سال پایانی دولت‌بود  .  در دولت روحانی ، فرجی دانا او را به عنوان مشاور خود برگزید ؛ امری که مخالفت نمایندگان را در پی داشت  . در فیلمی که نقوی حسینی در مجلس نمایش داد ، وزیر علوم در جلسه تشکلهای دانشجویی ، به خاطر انتصاب جعفر توفیقی به عنوان مشاور ، مورد گلایه دانشجویان قرار می‌گیرد ، فرجی دانا در پاسخ به دانشجویان می‌گوید : « در آن روز مشخص که دانشگاه تهران یک گله آتش‌بود ، تکلیف خودش دید که دانشگاه را کنترل بکند  . » اشاره وزیر علوم به سخنرانی توفیقی در یک نشست در دانشگاه تهران در جریان حوادث سال 88 است  . نقوی حسینی بعد از پایان نمایش این فیلم ، گفت : « کسانی در وزارت علوم هستند که رسما از فتنه دفاع می‌کنند  ...  دوستان فرجی‌دانا به من گفتند وزیر علوم نقشی در انتصابات دانشگاه‌ها ندارد و همه چیز دست توفیقی است و شما فرجی‌دانا را نجات دهید  . » به گفته او ، وزارت علوم در یک دانشگاه طی 4 ماه 120 نفر را تغییر داده است  . حسن روحانی ، رئیس جمهوری ایران که به دلیل سفر به استان اردبیل نتوانست در جلسه استیضاح حاضر شود ، در جریان سخنرانی خود در اردبیل اظهار امیدواری کرد که نمایندگان به استیضاح وزیر علوم رای ندهند و از او حمایت کنند  . حسن آصفری ، یکی دیگر از نمایندگان موافق استیضاح فرجی دانا ، در سخنان خود در مجلس مدعی شد که گروهی در دانشگاهها قصد دارند حوادث کوی دانشگاه سال 78 را دوباره تکرار کنند  . نماینده شهر اراک گفت که انتصابات وزیر علوم در ریاست دانشگاه‌ها به هیچ عنوان با مشی اعتدال سازگاری ندارد و او کسانی را به کار گمارده است که سابقه دستگیری در فتنه 78 و 88 داشتند  . این نماینده مجلس در بخش دیگر از سخنانش گفت : « یکی از منصوبان وزیر علوم گفته است که باید دانشگاهی را تربیت کنیم که 18 تیر را بیافریند ؛ دوران اسلامی کردن دانشگاه‌ها گذشته است ؛ ریش برای انسان نیست برای حیوان است  .  چنین افرادی را انتخاب کردن چه معنایی دارد  ؟ » او سپس بخش از مطالب نشریات دانشجویی را خواند و در پایان گفت که بر دانشگاه‌ها هیچ نظارتی نمی‌شود ، اما 100 نمونه نشریه بدون مجوز با دستگاه چاپ و بودجه بیت المال چاپ و توزیع‌شده‌است  . در پایان سخنرانی آصفری ، کلیپی که ظاهرا مربوط به سخنرانی محمدرضا خاتمی در مراسم شانزده آذر دانشگاه تهران در سال گذشته‌بود ، پخش شد  .  این کلیپ بخش‌هایی از سخنرانی محمدرضا خاتمی را نشان می‌داد که در آن گفته‌بود « اینها زور دارند ، پول دارند ولی عقل ندارند » .  در این کلیپ همچنین محمدرضا خاتمی گفته‌بود « اینها بخش‌های بسیار کوچکی از جریان‌های سیاسی کشور هستند و نباید اصولگرایان را با آن‌ها یکی بدانیم » . الیاس نادران ، یکی دیگر از نمایندگانی‌بود که در موافقت با استیضاح وزیر علوم سخنرانی کرد  . او درباره بازگشت دانشجویان ستاره‌دار به دانشگاه گفت : ما نسبت به صلاحیت اخلاقی و سیاسی نگرانیم  .  اتفاقات سال‌های 58 و 59 یادمان نرفته  .  چرا انقلاب فرهنگی شد  ؟  چون دانشگاه محل جذب دانشجویانی که از طرف گروه‌های بیرونی‌بودند شده‌بود  .  همه دغدغه‌هایمان راجع به اینها است  .  فتنه 88 را چه کسی درست کرد  ؟  این جریانات دانشجویی به کجا متصل بوده‌اند  ؟  اینها را که بچه‌های بسیج درست نکرده‌اند  . اگر دانشگاه‌های ما آرام است برای این است فتنه گران جولان می‌دهند اما حزب‌اللهی‌های دانشگاه خون دل می‌خورند و برای مصالح نظام سکوت می‌کنند  . نوباوه ، دیگر نماینده منتقد وزیر علوم در سخنان خود گفت : ما امروز نگران وزارت علومی هستیم که در واقع باید مومن‌ترین نیروهای نظام را تربیت کند ، اساتیدی که از روز اول دانشجویان را برای گرفتن پذیرش در دانشگاه‌های خارجی آموزش می‌دهند و همان کسانی هستند که شما در دانشگاه‌ها جذب کردید می‌توانند به دغدغه‌های ما پاسخ دهند  ؟ او گفت : جریاناتی در داخل کشور در حال شکل‌گیری است که بسیاری از جریانات سکولار در آن شکل می‌گیرد و مشکل اساسی ما در این جا است  ...  ما نگران تکرار اتفاقی هستیم که رگ‌های امیر کبیر را برید و کشور را صد سال به عقب برد