محدودیت شورای نگهبان موجب شد «سه میلیون نفر» نتوانند رای بدهند
در حالیکه وزیر کشور تعداد افرادی که موفق به رای دادند نشدند را حدود یک میلیون نفر اعلام کرد، یک عضو هیات اجرایی مرکزی انتخابات این تعداد را حدود سه میلیون نفر دانست.
پیش از انتخابات نهادهای بین‌المللی از نقش و دخالت شورای نگهبان در انتخابات ایران ، به عنوان یکی از شاخص‌هایی یاد می‌کردند که مانع برگزاری انتخابات آزاد و عادلانه است  .  اما در انتخابات روز جمعه ، یک رویداد دیگر نشان می‌دهد که این شورا علاوه بر اعمال سلیقه درباره نامزدهای انتخابات ، روی رای دادن مردم هم تاثیر دارد  . یک عضو هیات اجرایی مرکزی انتخابات اعلام کرد که به دلیل مخالفت شورای نگهبان با ادامه رای‌گیری پس از 12 شب ، میلیونها نفر موفق به رای دادن نشدند  . حسینعلی امیری ، عضو هیات اجرایی مرکزی انتخابات و معاون پارلمانی حسن روحانی روز چهارشنبه سوم خرداد در جمع خبرنگاران اعلام کرد که طبق نظر کارشناسان وزارت کشور ، حدود سه میلیون نفر موفق به رای دادن نشدند  . او با بیان اینکه در روز 29 اردیبهشت برخی افراد شش تا هفت ساعت در صف رای دادند منتظر ماندند و سرانجام نیز نتوانستند رای بدهند ، گفت : « طبق برآورد بعضی از استادان دانشگاه شهید بهشتی نیز بالای سه میلیون را موفق به رای دادن نشدند  . » او اعلام کرد ، به دلیل اینکه در بعضی از حوزه‌ها سیستم احراز هویت با اختلالاتی مواجه شد ، رای‌گیری کمی با تاخیر آغاز شد  . حامیان دولت معتقدند که اگر رای‌گیری ادامه می‌یافت و همه کسانی که در صف‌بودند موفق به رای دادن می‌شدند ، آرای آقای روحانی بیشتر می‌شد  .  رئیس جمهوری ایران نیز در نخستین نشست خبری پس از اعلام نتایج انتخابات گفت که حدود سه یا چهار میلیون نتوانستند رای بدهند  .  به اعتقاد آقای روحانی ، بیشتر این افراد را کسانی‌بودند که قصد داشتند به او رای بدهند  . این در حالیست که عبدالرضا رحمانی فضلی ، وزیر کشور ایران ، یک روز پس از سخنان آقای روحانی گفت که حدود یک میلیون نفر نتوانستند رای بدهند  .  او توضیح داد که طبق قانون پس از ساعت 12 شب امکان رای‌گیری وجود نداشت و توقف رای‌گیری از این زمان به بعد نیز با نظر شورای نگهبان صورت گرفت  . همزمان ، محمد باقر نوبخت سخنگوی دولت نیز در این مورد به خبرنگاران گفت : « در دوره‌های گذشته کسانی که در آخرین مرحله تا ساعت 12 شب باقی می‌ماندند ، درهای شعبه بسته می‌شد و از افراد باقیمانده رای‌گیری می‌شد اما در رای‌گیری امسال نظر شورای نگهبان این‌بود که از ساعت 12 شب به بعد هر رای اخذ شود مخدوش است و حتی نگرانی برای ابطال انتخابات وجود داشت  . » در حالیکه همواره مسئولان حکومتی حضور مردم در انتخابات را نشانه مشروعیت نظام دانسته و تلاش می‌کنند افراد بیشتری در انتخابات شرکت کنند ، این نخستین بار است که اعلام می‌شود حدود سه میلیون نفر در صف رای دادن بوده‌اند و به دلیل تامین نظر شورای نگهبان برای تمدید نشدن انتخابات ، موفق به رای دادند نشده‌اند  . از سوی دیگر ، نتایج انتخابات ریاست جمهوری در ایران هنوز به‌طور رسمی از سوی شورای تایید‌نشده‌است  .  عباسعلی کدخدایی ، دبیر شورای نگهبان اعلام کرده است که تعداد شکایات تخلفات انتخاباتی از سوی هر دو نامزد اصلی انتخابات زیاد است و شورای نگهبان باید همه آن‌ها را بررسی کند  . در همین رابطه ، خبرگزاری‌های داخلی ایران روز چهارشنبه گزارش دادند که علی نیکزاد رئیس ستاد انتخاباتی ابراهیم رئیسی در نامه‌ای به دادستان کل کشور خواستار رسیدگی به تخلفات در برگزاری دوازدهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری شد  . پیشتر ، ابراهیم رئیسی از احمد جنتی ، دبیر شورای نگهبان خواسته‌بود که به شکایات ستاد او از تخلفات برگزاری انتخابات رسیدگی کند  .