¿Qué son los agentes en la matriz y cuál es su relación con los centinelas?
Morfeo y su tripulación son un grupo de rebeldes que piratean la Matriz para "desconectar" a los humanos esclavizados y reclutarlos; su comprensión de la naturaleza simulada de la Matriz les permite torcer sus leyes físicas. Morfeo advierte a Neo de que la muerte dentro de la Matriz mata también al cuerpo físico y le explica que los Agentes son programas sensibles que eliminan las amenazas al sistema, mientras que unas máquinas llamadas Centinelas eliminan a los rebeldes en el mundo real. La destreza de Neo durante el entrenamiento virtual consolida la creencia de Morfeo de que Neo es "el Elegido", un humano profetizado para liberar a la humanidad. El grupo entra en Matrix para visitar al Oráculo, un programa parecido a un profeta que predijo que surgiría el Elegido. Ella insinúa a Neo que él no es el Elegido y le advierte que tendrá que elegir entre la vida de Morfeo y la suya propia. Antes de que puedan salir de la Matriz, los Agentes y la policía tienden una emboscada al grupo, avisados por Cypher, un miembro descontento de la tripulación que ha traicionado a Morfeo a cambio de un trato para ser enchufado de nuevo en la Matriz y vivir una vida cómoda.
Los Agentes de Matrix son "programas" sensibles diseñados para eliminar las amenazas del sistema. Pueden considerarse como una solución antivirus dentro del programa Matrix.

Los Centinelas son robots físicos con forma de calamar en el mundo real, fuera de la Matriz, cuyo objetivo es destruir y capturar los asentamientos humanos restantes.

No existe una relación directa entre los Agentes y los centinelas, salvo que ambos trabajan para la misma entidad contra los humanos.
What are agents in the matrix and what is their relationship to sentinels?
Morpheus and his crew are a group of rebels who hack into the Matrix to "unplug" enslaved humans and recruit them; their understanding of the Matrix's simulated nature allows them to bend its physical laws. Morpheus warns Neo that death within the Matrix kills the physical body too and explains that the Agents are sentient programs that eliminate threats to the system, while machines called Sentinels eliminate rebels in the real world. Neo's prowess during virtual training cements Morpheus's belief that Neo is "the One", a human prophesied to free humankind. The group enters the Matrix to visit the Oracle, a prophet-like program who predicted that the One would emerge. She implies to Neo that he is not the One and warns that he will have to choose between Morpheus's life and his own. Before they can leave the Matrix, Agents and police ambush the group, tipped off by Cypher, a disgruntled crew member who has betrayed Morpheus in exchange for a deal to be plugged back into the Matrix to live a comfortable life.
Agents in the Matrix are sentient 'programs' designed to remove threats from the system. They can be thought of as an Anti-Virus solution within the Matrix program. 

Sentinels are physical squid-like robots in the real world outside the matrix whose aim is to destroy and capture remaining human settlements.

There is no direct relationship between Agents and sentinels except that they both work for the same entity against the humans.