ابدأ عملية التنظيف بإزالة الأسماك المصابة من الحوض ووضعها في حوض جديد ونظيف يحتوي على مياه خالية من الكلور. يجب أن تقوم بنقل الأسماك السليمة أيضًا إلى حوض منفصل ونظيف يحتوي على مياه نظيفة خالية من الكلور. استخدم شبكة جديدة عند نقل الأسماك السليمة حيث يُمكن أن ينتقل تعفن الزعنفة عند مشاركة نفس الشبكة. لا تضع الأسماك المصابة مع السليمة في نفس الحوض لاحتمالية إصابتها بتعفن الزعنفة. اغسل الحوض بعناية باستخدام المياه الساخنة، ولا تستعمل الصابون عند التنظيف. استعمل بعض المناديل الورقية للوصول للشقوق الضيقة والتأكد من تنظيفه بعناية. انقع الملحقات الثانوية للحوض في مياه ساخنة لمدة خمس إلى عشر دقائق. إذا كان لديك نباتات حية فاختر الماء الفاتر للنقع. قم بإزالتها بعد ذلك من الماء واسمح لها بالجفاف في الهواء. اغسل الحصى بماء ساخن ومرر فوقه المكنسة الكهربائية لعدة دقائق لإزالة بقايا أي أوساخ. عند غسلك للحوض بعناية، يُمكنك بمجرد غسلك للحوض بأكمله وتركه ليجف في الهواء وضع الحصى وملحقات الحوض الثانوية من جديد. إذا لم تقم بإعادة تدوير الحوض 100%، فغير المياه بصورة كاملة باستخدام مياه تحتوي على الكلور أو المياه المعدلة. تأكد أن درجة حرارة المياه (26-27 درجة مئوية).  في حال إعادة تدوير الحوض، ويعني ذلك وجود مستعمرة كاملة من البكتيريا النافعة على سطح المياه (تجمعت من خلال الأسماك التي تعيش في الحوض والنيتروجين المُخرج)، يُمكنك تغيير نصف المياه الموجودة، ويوصى بتغيير المياه بنسب أقل في المرات المُقبلة.  إذا احتوى الحوض على فلتر لتنقية المياه فينصح بأخذ كمية من ماء الحوض وغسل الحوض باستخدام المياه. بمجرد تنظيف الحوض من القاذورات يُمكنك وضع الفلتر من جديد في الحوض. تجنب استعمال مياه الصنبور لتنظيف الفلتر حيث قد يلوثه من جديد. يجب أن تتأكد من جودة المياه في الحوض قبل وضع السمك فيه من جديد. يجب أن تصل درجة الحموضة لنحو 7 إلى 8، بينما تصل الأمونيا والنيتريت والنيترات إلى نسبة لا تتعدى 40 جزء في المليون. بمجرد تأكدك من ملائمة المياه للسمك يُمكنك نقل الأسماك بالتدريج مُجددًا إلى الحوض، ويشمل ذلك الأسماك المصابة بتعفن الزعنفة. يُمكنك بعد ذلك إضافة بعض المضادات الحيوية أو مضادات الفطريات إلى الحوض للتغلب على تعفن الزعنفة. وجود العوامل الملائمة مثل الحوض النظيف والأدوية المناسبة سيساعد الأسماك المصابة في التغلب على تعفن الزعنفة.
أخرج الأسماك المصابة من الحوض. اغسل الحوض بملحقاته الثانوية ثم ابدأ بعد ذلك بتصريف المياه وإزالة الحصى الموجود في الحوض. غير مياه الحوض كاملةً. قس درجة حموضة مياه الحوض.