على الرغم من إمكانية ظهور بقع فوردايس على نفس المناطق التي تظهر بها قرح الهربس (حول الشفاه ومنطقة الأعضاء التناسلية) إلا أنهما مرضان مختلفان تمامًا، فعلى عكس بقع فوردايس، تبدو قرح الهربس كالبثور الحمراء أو القرح وتسبب الحكة ثم الألم وعادةً ما يوصف ألمها بالحارق، بالإضافة إلى أن حجم قرح الهربس عادةً ما يكون أكبر من حجم بقع فوردايس.  ينتج الهربس عن فيروس الهربس البسيط (من النوع 1 أو 2) وهو شديد العدوى، على عكس بقع فوردايس التي لا تعد معدية على الإطلاق. بعد انتشار البثور، تختفي قرح الهربس وتعاود الظهور في حالة التوتر. أحيانًا ما تتلاشى بقع فوردايس لكنها عادةً ما تكون دائمة أو يتدهور حالها مع الوقت. تشبه بقع فوردايس الثآليل التناسلية خاصةً في المراحل الأولى عندما تكون الثآليل صغيرة كما يظهر كل منهما على منطقة الأعضاء التناسلية، إلا أن الثآليل التناسلية تنمو ليصبح حجمها أكبر بكثير من بقع فوردايس كما يسببها فيروس الورم الحليمي البشري. فيروس الورم الحليمي البشري معدي وينتقل من خلال التلامس الجلدي عن طريق الخدوش أو الجروح أو الشقوق الصغيرة في الجلد.  عادةً ما تنمو الثآليل التناسلية على شكل بثور تشبه زهور القرنبيط أو نتؤات تشبه السيقان. على الجانب الآخر، تبدو بقع فوردايس "كجلد الدجاج" أو "جلد الوز" خاصةً عند شد الجلد. عادةً ما تنتقل الثآليل التناسلية إلى منطقة الشرج، لكن نادرًا ما يحدث ذلك مع بقع فوردايس. تزيد الثآليل التناسلية من فرص الإصابة بسرطان عنق الرحم لدى النساء، على عكس بقع فوردايس التي لا يصاحبها أي مضاعفات أخرى. التهاب الجريبات هو عبارة عن التهاب بصيلات الشعر الذي عادةً ما يحدث على فتحة المهبل ورأس القضيب. يتضمن التهاب الجريبات تكوّن بثور صغيرة حول بصيلات شعر العانة وعادةً ما تسبب تلك البثور الحكة والألم والاحمرار في بعض الأحيان كما تفرز الصديد عند الضغط عليها مثل البثور المتكيسة. على الجانب الآخر، نادرًا ما تسبب بقع فوردايس الحكة ولا تسبب الألم وأحيانًا ما تفرز إفرازات دهنية لزجة مثل الرؤوس السوداء عند الضغط عليها. أحيانًا ما ينتج التهاب الجريبات عن حلاقة منطقة العانة وتهيج بصيلات الشعر وأحيانًا ما يتضمن البكتيريا على الرغم من أنه لا يعد مرضًا معديًا.  يسهل علاج التهاب الجريبات باستخدام الكريمات الموضعية أو المضاد الحيوي الفموي والحفاظ على النظافة الشخصية والتوقف عن استخدام شفرات الحلاقة. لا ينصح بالضغط على بقع فوردايس لمنع التهابها وتضخم حجمها.
لا تخلط بين بقع فوردايس والهربس. ميز بين بقع فوردايس وبين الثآليل التناسلية. ميّز بين بقع فوردايس والتهاب الجريبات.