قد تسبب أكواب الدورة الشهرية بعض الفوضى.  فحينما تزيلين الكوب، فإنك تزيلين السائل التي جُمع خلال الـ 12 ساعة الماضية.   يستغرق الأمر بعض التدريب لتطوير طريقة تعمل لصالحك. العديد من النساء تزيل كوب الدورة الشهرية بينما "تحوم" حول المرحاض لتفادي انسكاب أي قطرة على ملابسهم أو الأرض.  فإن أمكن، فقد يلزمك أيضًا التمرن على إزالة الكوب خلال الاستحمام. يمكن تنظيف الكوب بماء عذب ثم أعيدي إدخاله لـ8 إلى 12 ساعة.   قد ترغبين في وضع فوطة أو بطانة لباس داخلي حتى تتقني كيفية إزالة كوب الدورة الشهرية وإدخاله. عند احتياجاك لإزالة الكوب أو إعادة وضعه في مرحاض عام، فقد يلزمك التفكير في طريقة ما للوصول إلى أفضل طريقة لشطف الكوب، بما أن الأحواض العامة ليست جزءًا عادة من الحجيرات الفردية. بعض النساء لديها مشكلة في إدخال الكوب.   تمر المراهقات والنساء اليافعات في بعض الأحيان بمشكلة في إدخال كوب الدورة الشهرية.   تمر بعض النساء اللاتي لم تتزوجن بعد بمشكلة عند الإدخال. مشكلات إزالة الكوب أكثر شيوعًا من صعوبات إدخاله.   من المهم عدم سحب الجذع للأسفل. بما أن الماصات تساعد على تثبيت الكوب، فسحب الجذع للأسفل سوف يسبب تهيجًا للأنسجة المهبلية المحيطة أو تمزقًا لها.  أفضل وسيلة لإزالة كوب الدورة بالضغط على القاعدة لفك الماص، ثم سحبه لأسفل نحو الخارج.   فرغي السائل المجمع في المرحاض، ونظفي الكوب بماء عذب، ثم أعيدي وضعه. فور انتهاء دورتك الشهرية، يجب عليك تنظيف الكوب جيدًا.  فإن كنت تظنين بأن ليس لديك الوقت لذلك أو بأنك لست على استعداد لفعل ذلك، إذًا فكوب الدورة الشهرية غير مناسب لك.   يمكنك تعقيم الكوب بوضعه في ماء مغلي بمقلاة سطحية لخمس دقائق.   قد تنفع أيضًا الطرق الأخرى المتعبة لتعقيم زجاجات الأطفال واللهايات باستعمال محاليل تعقيم مع أكواب الدورة الشهرية.   اتبعي إرشادات التنظيف الواردة في ملصق المنتج.
ضعي في اعتبارك طريقة التنظيف. اعلمي أنك قد تتعرضين لبعض المشاكل في إدخال الكوب. كوني على دراية بأنك قد تكافحين قليلًا لإزالة الكوب. قرري ما إذا كان لديك الوقت لتعقيم الكوب بعد كل استعمال.