عادة ما يكونا على شكل دائرتين ورديتين صغيرتين وقد يبدو أنهما منتصبتان قليلًا عند الحواف. تكون فتحة الشرج أسفل الذيل مباشرة، بينما تكون فتحة البول والتناسل (الخاصة بالأعضاء الجنسية وإخراج البول) فوق فتحة الشرج، باتجاه منتصف البطن. يصعب التعرف على الاختلافات بين الجنسين في حالة الهامستر صغير السن، لكن يظل من الممكن الحكم على الأمر من خلال تقييم المسافة بين فتحة الشرج وفتحة البول والتناسل. في الإناث، عادة ما تكون الفتحتان قريبتين للغاية.  قد تواجه صعوبة في التفرقة بينهما، حيث تكون فتحة التناسل وفتحة الشرج تقريبًا وكأنهما فتحة واحدة ولهما نفس البنية. بينما في الذكور، تكونا الفتحتان متباعدتين قليلًا، بحيث تقدر على رؤية فاصل واضح بين الاثنين.  قد تقدر كذلك على رؤية تورمات صغيرة في منطقة الفخذ في حالة الذكور، والتي تشير إلى الخصيتين غير مكتملتا النمو بعد. إذا لم تجد غير فتحة واحدة، خاصة إذا كانت كبيرة الحجم، فعلى الأغلب أنك تملك هامستر أنثى. قد يكون من الأفضل على الرغم من ذلك أن تعيد الفحص عدة مرات بعد ذلك أو أن تحصل على استشارة طبيب بيطري متخصص، فربما أنك فاتك ملاحظة الفتحة الثانية لسبب أو آخر. من الوارد جدًا أن تكون الفتحة الثانية صغيرة وغير واضحة في حالة الذكور صغار السن، خاصة إذا كنت تملك هامستر صغير الحجم بالأساس ومن نوع "الهامستر الأقزام".  يمتاز "الهامستر السوري"، وهو نوع الهامستر الأليف الأكثر شيوعًا على الإطلاق، بأنه حيوان انعزالي؛ أي أنه يحتاج إلى التواجد في قفص فردي، وهو ما يجعل عملية تحديد الجنس المبكرة غير ضرورية بالمرة. بينما في المقابل، يتم وضع "الهامستر الأقزام" في مجموعات أحادية الجنس، وهو ما يفرض عليك التعرف على جنس الهامستر الصغيرة والتأكد من عدم وضع الذكور مع الإناث، وبالتالي تجنب أي حالة حمل مفاجئة في المجموعة التي تقوم بتربيتها.
حدد موقع الفتحتين في الجانب السفلي للهامستر. حدد المسافة بين فتحة الشرج وبين فتحة البول. أعد فحص الهامستر في وقت لاحق إذا لم تتأكد خلال الفحص الأول.