يعاني معظم المصابين بالتهاب الدماغ الياباني من أعراض طفيفة قصيرة المدى وشبيهة بالإنفلونزا كحمى طفيفة إلى معتدلة وإرهاق وصداع وتقيؤ أحيانًا أو عدم وجود أعراض على الإطلاق، لذا يصعب اكتشاف معظم حالات التهاب الدماغ الياباني لأنه قد لا يسبب أي أعراض على الإطلاق أو يشبه معظم الالتهابات الطفيفة الأخرى.  تقدر نسبة المصابين بفيروس التهاب الدماغ الياباني الذين تظهر عليهم أعراض ملحوظة بأقل من 1%.   تتراوح فترة الحضانة (من بداية العدوى حتى ظهور علامات المرض) فيمن تظهر عليهم الأعراض بين 5 إلى 15 يومًا. تسبب معظم التهابات الدماغ اليابانية أعراضًا طفيفة أو لا تُذكَر إلا أنها تؤدي لاعتلال شديد في حالات يتراوح عددها بين 1 إلى 250 والذي يبدأ عادة بحمى شديدة.   تعتبر الحمى الشديدة آلية دفاعية من الجسم لإبطاء إنتاج الفيروسات (أو البكتيريا) الغازية أو إيقافها لكنها تعرض المرضى لخطر تلف الدماغ إذا زادت كثيرًا عن 39,5 لدى الراشدين أو 38 لدى الأطفال. تعد الحمى العالية والالتهاب المتزايد في الدماغ اللذان يسببهما التهاب الدماغ الياباني أعراض أخرى خطيرة وقاتلة.   تصل احتمالات الموت إلى 30% تقريبًا بعد ظهور أعراض قوية لالتهاب الدماغ الياباني خاصة لدى الأطفال المصابين بضعف الجهاز المناعي.  يمكن لحالات التهاب الدماغ الياباني الطفيفة أن تزيد حرارتك بمقدار درجتين لكنها في الحالات الشديدة تزيدها بمقدار خمس درجات أو أكثر. يمكن أن يحدث تيبس العنق في التهاب الدماغ الياباني كما في أنواع الالتهابات الأخرى التي تؤثر على الدماغ و/أوالحبل الشوكي (مثل التهاب السحايا)  حيث تشعر فجأةً بتيبس العنق ويصعب تحريكها في جميع الاتجاهات لكنها تولد ألمًا حادًا شبيهًا بالتعرض لإطلاق النار أو الكهرباء عند تمديد الرقبة (محاولة ملامسة ذقنك مع صدرك).   تنقبض العضلات القريبة من الحبل الشوكي بشكل كبير عند التهابه بهدف حمايته ما يسمى بالحراسة أو التجبير، وبالتالي سيصعب لمس عضلات الرقبة وستشعر كما لو أنها متشنجة. لن يحل التأمل أو التدليك أو المعالجة اليدوية تيبس الرقبة الناتج عن التهاب الدماغ الياباني أو التهاب السحايا أو الالتهابات الأخرى التي تصيب الجهاز العصبي المركزي. التغيرات الذهنية هي إحدى التأثيرات الأخرى التي يسببها التهاب الدماغ والحمى الشديدة مثل الاضطراب أو الارتباك أو صعوبة التركيز وحتى عدم القدرة على الكلام.  عادة ما تكون التغيرات السلوكية مترابطة وتشمل التهيج و/أو ضعف التحكم بالأعصاب بالإضافة للرغبة في الوحدة وتجنب الاتصالات الاجتماعية.  تستغرق أعراض التهاب الدماغ الياباني الأكثر خطورة بضعة أيام تقريبًا حتى تصبح خطيرة وقوية. يمكن للتغيرات الذهنية والسلوكية المرتبطة بحالات التهاب الدماغ الياباني الشديدة أن تشبه السكتة الدماغية أو الألزهايمر. سيتغير الشخص من الحالة الصحيحة إلى شخص يعاني تدهورًا جسديًا وذهنيًا شديدين. يجب إدراك العلامات والأعراض والحصول على العلاج السريع لتحسين فرص نجاتك. تبدأ الأعصاب الموجودة في الدماغ بالتلف والموت بمجرد سوء حالة التهاب الدماغ الياباني مع زيادة التورم وارتفاع درجات الحرارة. تتضح الأعراض العصبية عند حدوث ذلك مثل ارتعاش أجزاء من الجسم بحيث لا يمكن السيطرة عليها وضعف العضلات أو الشلل وصعوبة المشي والإمساك بالأشياء وقلة التناسق (مظهر أخرق).  يبدأ ضعف العضلات والشلل عادةً في الأطراف (السواعد والأرجل) وينتشر في أجزاء الجسم لكن الوجه قد يصاب في البداية أيضًا. يعاني ربع الناجين من التهاب الدماغ الياباني الشديد (الذين يشكلون قرابة 70% من الحالات) من إعاقات ومشاكل سلوكية و/أو عصبية دائمة. ينتهي تطور التهاب الدماغ الياباني الشديد دومًا بنوبات صرع يسببها تورم الدماغ والحمى العالية والاضطراب الكهربي في أعصاب الدماغ.  تشمل النوبات الانهيار والارتعاش وتشنج العضلات وكزاز الفك والتقيؤ أحيانًا أو سيلان اللعاب من الفم.   يمكن لنوبات الصرع الناتجة عن التهاب الدماغ الياباني أن تكون مشابهة للصرع لكنها أكثر خطورة نتيجة التهاب الدماغ. تزداد احتمالات حدوث نوبات الصرع لدى الأطفال المصابين بالتهاب الدماغ الياباني أكثر منها في البالغين لأن أدمغتهم أصغر وأكثر عرضةً للتأثر بالضغط وارتفاع درجات الحرارة.    يصبح من المألوف فقدان الوعي والدخول في غيبوبة عند بدء نوبات الصرع.
لاحظ وجود أعراض معتدلة شبيهة بالإنفلونزا. احترس من الحمى العالية. احترس من تيبس الرقبة. انتبه للتغيرات الذهنية أو السلوكية. ابحث عن الضرر العصبي. استعد لنوبات الصرع.