إذا كانت عدوى الجهاز البولي لدى طفلك معتادة (تحدث بالجزء السفلي والمثانة وليست متكررة) فيجب أن يأخذ المضادات الحيوية لعلاج الأمر. يعد المسار المعتاد للعلاج تناول المضادات الحيوية لمدة 4 أيام وقد يطول ذلك على حسب نوع الدواء، وتشمل الأدوية التي قد يصفها الطبيب ما يلي::  ترايميثوبريم. سلفاميثوكسازول. أوجمنتين (خليط من أموكسيسلين وكلافيولينيت). يجب أخذ الأطفال الرضع الذين تقل أعمارهم عن شهر واحد ويعتقد أنهم مصابون بتلك العدوى إلى المستشفى فورًا.   إذا كان الرضيع أصغر من شهرين ويظهر أعراض عدوى الجهاز البولي مع الحمى فيجب أخذه للمستشفى، فهناك احتمال أن العدوى بالكلية لا المثانة. بالرغم أن العدوى يمكن علاجها مع أخذ المضادات الحيوية إلا أن عدوى الجهاز البولي تعود مجددًا ما أن يتوقف الطفل عن أخذها، وبالتالي لا يوصى بتناول تلك الأدوية للوقاية من العدوى المتكررة بالأطفال والمراهقين بشكل عام لأنها لا تحسن حالتهم بشكل كبير.  هناك خطر إضافي بالإفراط في المضادات الحيوية، والذي يتمثل في زيادة أعداد البكتيريا المضادة لتلك الأدوية.
استشر الطبيب في شراء مضادات حيوية للطفل. خذ الرضيع للمستشفى إذا شككت أنه يعاني من عدوى الجهاز البولي. لا تعطِ الطفل المضادات الحيوية لعلاج عدوى الجهاز البولي المتكررة.