وضع المعجون على مبرد مربع أكثر صعوبة من الدائري لأن وضع حبة ثم الضغط عليها ببساطة لن ينتج عنه تغطية كاملة. ثمة طرق مختلفة يتبعها الناس، لذا سنغطي بعضًا من الطرق الأكثر شيوعًا:   طريقة الخط – ضع خطين رفيعين من المعجون على قاعدة المبرد. يجب أن يكون الخطان متوازيين ومتباعدين بحيث يوضع كل منهما على بعد ثلث من عرض المعالج. يجب أن يكون طول الخطين كذلك مقاربًا لثلث عرض المعالج. طريقة التقاطع – هذه الطريقة مشابهة للسابقة ولكن الخطين يكونان متقاطعين بدلًا من متوازيين. يجب أن يكون طول وسمك الخطين نفسه كما في الطريقة السابقة. طريقة الفرش – هذه أحد أكثر الطرق شيوعًا وكفاءة، ولكنها تحتاج مجهودًا أكبر بقليل. ضع كمية صغيرة من المعجون الحراري على قاعدة المبرد. استخدم واقي إصبع أو حقيبة بلاستيكية على إصبعك لفرش المعجون بنفس القدر على السطح. احرص على تغطية السطح بكامله الذي سيتصل بالمعالج وتأكد من عدم جعله سميكًا. في معظم الحالات يجدر بالمعجون أن يخفي المعدن أسفله بالكاد. إن كنت تستخدم أيًا من طريقتي الخط فضع ضغطًا متساويًا على المبرد أثناء تثبيته لضمان تغطية المعجون للسطح بكامله. إن كنت تستخدم طريقة الفرش فيجب عليك تثبيت المبرد بزاوية بسيطة لمنع تكون الفقاعات. السبب هو أن المعالج ينتشر بدرجة أرق من اللازم لتعويض تكون الفقاعات بعد تطبيق الضغط. يجب توصيل سلك مروحة المعالج بمقبسها الخاص لأنها عادة ما تتمتع بوظيفة تضمين عرض النبضات (PWM) التي تسمح للكمبيوتر بضبط سرعة المروحة تلقائيًا دون تغيير الفولتية. تحقق من دوران المروحة ثم ادخل نظام الإدخال والإخراج BIOS عبر نقر F1 أو زر Del خلال بدء التشغيل. تحقق من نطاق الحرارة حيث يفترض أن تكون أقل من 40 درجة مئوية عند عدم تشغيل أي برامج وكذا الحال مع بطاقة الرسوميات.
ضع المعجون على قاعدة المبرد. ثبت المبرد. أعد توصيل المروحة باللوحة الأم. شغل النظام.