تستخدم هذه الطريقة بواسطة أجهزة الكمبيوتر لطرح الأعداد الثنائية، لأنها تستخدم برنامجًا أكثر فعالية. ستكون هذه الطريقة أصعب للإنسان المعتاد على مسائل الطرح العشرية العادية على الأرجح، إلا أنه فهمها مفيد إن كنت مبرمجًا بالتحديد. سنستخدم المثال 101 - 11 = ? ستقوم مثلًا بتحويل 101-11 إلى 101-011 ليتكون كل عدد من ثلاثة أرقام. 101 - 011 = ? غيّر كل قيم "صفر" إلى 1 وكل قيم 1 إلى "صفر" في الشق الثاني من المسألة. سيتحول الشق الثاني إلى الشكل التالي في مثالنا: 011 → 100. ما نفعله في الحقيقة هو "استخدام مكمّل القيمة 1" (أو طرح كل رقم في الشق الثاني من 1). يمكننا استخدام مسمى "تبديل" في النظام الثنائي، فهناك احتمالان لا ثالث لهما لتبديل الشق الثاني من المسألة: 1 - 0 = 1 و 1 - 1 = 0. أضِف 1 إلى الناتج بعد "عكس" الشق. سنحصل في مثالنا على 100 + 1 = 101. استخدم تقنيات جمع الأعداد الثنائية لجمع الشق الجديد مع الشق الأصلي عوضًا عن طرحه:  101 + 101 = 1010 راجع مقال كيفية جمع الأرقام الثنائية إن لم يكن ذلك منطقيًا بالنسبة لك. تنتهي هذه الطريقة مع وجود رقم زائد دائمًا، فعلى سبيل المثال كانت المسألة تتضمن ثلاثة أرقام (101 + 101) إلا أننا انتهينا إلى ناتج يتكون من أربعة أرقام (1010). كل ما عليك فعله في هذه الحالة هو شطب الرقم الأول لتحصل على ناتج عملية الطرح الأصلية:   1010 = 10  إذًا 101 - 011 = 10  يعني عدم حصولك على رقم زائد أنك حاولت القيام بطرح العدد الأكبر من العدد الأصغر، ويمكنك الاطلاع على قسم الأفكار المفيدة لمعرفة طريقة حل هذه المسألة ثم البدء مجددًا. تسمى هذه الطريقة "مكمّل الخانة الثانية"، فخطوات "عكس الأرقام" تؤدي إلى الحصول على "مكمل الخانة الأولى" ثم نقوم بعد ذلك بإضافة 1. جرّب هذه الطريقة برقم أساس 10 لامتلاك فهم أفضل لكيفية عملها:  56 - 17 بما أننا نستخدم رقم الأساس 10، سنقوم باستخدام "مكمّل الخانة التاسعة" في الشق الثاني (17) عن طريق طرح كل رقم من 9. 99 - 17 = 82. غيّر العملية إلى عملية جمع. 56 + 82. ستلاحظ أننا أضفنا 99 إن قارنت هذه المسألة بالمسألة الأصلية. 56+82=138. سنحتاج على أي حال إلى طرح 99 من الإجابة، فالتغييرات أدت إلى إضافة 99 للمسألة الأصلية. مجددًا، سنستخدم اختصارًا كما فعلنا في طريقة الأرقام الثنائية الموضحة أعلاه: أضِف 1 إلى الرقم الإجمالي ثم احذف الرقم الموجود أقصى اليمين (خانة المئات):  138 + 1 = 139 ← 139 ← 39  وهذا هو الناتج النهائي للمسألة الأصلية: 56-17.
اكتب العددين تحت بعضهما كما تفعل في عملية طرح الأعداد العشرية. أضِف قيم "صفر" في البداية إن احتجت لذلك لتمثيل العددين بنفس عدد الأرقام. بدّل كل الأرقام في الشق الثاني. أضِف 1 إلى الشق الثاني الجديد. قم بحل المسألة الجديدة كما هو الحال مع عملية جمع الأعداد الثنائية. تجاهل الرقم الأول. جرّب هذه الطريقة برقم أساس 10.