يساعد التنظيف المستمر على التخلص من الطحالب الموجودة في حوض الطيور ويمنع تراكم طحالب جديدة. عند تنظيف الحوض ابدأ ببساطة بإخراج كل ما به من مياه والتخلص منها ثم استبدلها بمياه جديدة عند الإنتهاء. سوف تحتاج إلى فرشاة فرك صغيرة لتنظيف حوض الطيور. ليس من الضروري استخدام منظف في أغلب الحالات، لكن إذا كان الحوض متسخًا للغاية أو ممتلئًا بالرواسب، استخدم مُنظفًا خفيفًا.  نظف الجزء السفلي من حوض الطيور والجوانب وافرك أي أوساخ أو طمي أو طحالب ظاهرة. من الأفضل استخدام خرطوم لشطف الحوض، خاصة إذا كنت تستخدم مُنظفًا. رش الحوض من الداخل بالخرطوم حتى تزيل بقايا الصابون جيدًا.  من الضروري شطف حوض الطيور جيدًا؛ الطيور غير محصنة ضد المنظفات لذلك قد تسبب ضررًا لهم إذا تُركت أي بقايا منها في الماء. يمكنك إعادة ملء الحوض بعد الانتهاء من تنظيفه. استخدم مياهًا عذبة ونظيفة لملء الحوض.
أفرغ المياه التي تملأه حاليًا. نظف حوض الطيور بفرشاة فرك صغيرة. اشطف حوض الطيور. أعد ملء حوض الطيور بماء نظيف.