هناك العديد من أنواع الأدوية المستخدمة لمعالجة أمراض الأمعاء الالتهابية.  تستهدف "الأمينوسالسيليت" التهاب القولون إلا أنها أقل فعالية في استهداف الأمعاء الدقيقة. تُستخدم هذه الأدوية عادةً لعلاج التهاب القولون الخفيف أو المتوسط. دواء "سلفاسالازين" دواء فعّال، إلا أن الأعراض الجانبية تشمل الغثيان والقيء والإسهال وحرقة المعدة والصداع. تحارب المواد الاستيرويدية الالتهاب ولكنها تثبّط الاستجابة المناعية بالكامل عوضًا عن التركيز على القولون فقط وتستخدم هذه الأدوية (بريدينزون وميثايلبريدينزولون) في علاج الحالات المتوسطة والشديدة من التهاب القولون وتتضمن الأعراض الجانبية اكتساب الوزن وفرط نمو شعر الوجه والتقلّبات المزاجية وارتفاع ضغط الدم والإصابة بالسكّري من النوع الثاني وهشاشة العظام وشروخ العظام وإعتام عدسة العين والزَرَق وزيادة خطر العدوى. تعمل أدوية "أزاثيوبرين" و"ميركابتوبيورين" بشكل بطيء لذا فإنها توصف عادةً مع المواد الاستيرويدية. تعمل معدّلات المناعة، مثل: المواد الاستيرويدية، على تثبيط الاستجابة المناعية لتخفيف الالتهاب ولا تستخدم هذه الأدوية عادةً إلا عند فشل مواد أمينوسالسيليت والمواد الاستيرويدية. "سايكلوسبورين" من الأدوية القوية للغاية التي تبدأ بالعمل خلال أسبوع أو أسبوعين. بما أن هذا الدواء قوي للغاية ويصاحبه العديد من الآثار الجانبية الشديدة، لا يوصف هذا الدواء عادةً إلا عند بدء تأثير الأدوية الأقل سمّيه منه. تعمل أدوية "إنفليكسيماب" و"أداليموماب" على مقاومة التهاب الأمعاء بشكل محدّد.  يمكن أن يسبب دواء "إنفليكسيماب" المشاكل لدى الأشخاص الذين يعانون من السرطان أو من تاريخ مَرَضي بأمراض قلبية. لا تعالج المضادات الحيوية التهاب القولون نفسه إلا أن المضادات الحيوية ستمنع المضاعفات إن تسبّبت قُرَح الأمعاء بالعدوى.  يمكن أن تعالج المضادات الحيوية خراريج النواثير (وصلات غير طبيعية بين الأعضاء أو النواقل) التي تُلاحظ في داء كرون والتي تصيب الأمعاء الدقيقة عادةً.  أخبر طبيبك إن أصبت بحُمّى حيث أن ذلك يشير إلى وجود عدوى. على الرغم من أنها قد تبدو "طبيعية" أو "عشبية"، تأخذ العلاجات البيولوجية اسمها من حقيقة أنها تُطوّر من مواد بيولوجية - البروتين عادةً. يستهدف هذا العلاج المواد الكيميائية المسئولة عن الالتهاب وتستخدم هذه الأدوية الحديثة نسبيًا لعلاج التهاب القولون المتوسط أو الشديد عند فشل العلاجات الأخرى.  تُسمّى هذه الأدوية أيضًا بمضادات عامل نخر الورم. عامل نخر الورم عبارة عن مادة كيميائية تُفرز بشكل طبيعي وتكون مسئولة عن الالتهاب. تقوم العلاجات البيولوجية بإنتاج أجسام مضادة تلتصق بعامل نخر الورم حتى تدمّره في الجسم. يمكن أن يخضعك الطبيب لاختبار سلّ رئوي قبل البدء باستخدام مضادات عامل نخر الورم. إن كانت حالة التهاب القولون شديدة للغاية بحيث لا يمكن التعامل معها من خلال العلاجات المنزلية أو الأدوية أو العلاجات البديلة، قد تحتاج إلى عملية استئصال للقولون. يتم خلال هذه العملية الجراحية استئصال جزء من القولون أو استئصاله كله وقد يؤدّي استئصال القولون إلى تغيّرات في أسلوب الحياة. على الرغم من أن معظم الأشخاص يتمكنون من ممارسة معظم النشاطات الروتينية التي كانوا يمارسونها من قبل، ستضطر إلى العيش مع وجود فجوة فارغة في بطنك تُطرد المخرجات إليها.  الطريقة الوحيدة لشفاء التهاب القولون تمامًا هي إجراء عملية استئصال كلي للقولون ويتم الاستعاضة عن ذلك أحيانًا باستئصال جزئي للقولون حيث أن الاستئصال الكلي للقولون يصاحبه آثار جانبية شديدة (مثل انسداد الأمعاء الدقيقة). يمكن أن يقوم الجرّاح أيضًا بإجراء عملية لربط الأمعاء الدقيقة بفتحة الشَرَج لإيجاد حركة أمعاء أقرب إلى الوضع الطبيعي.
استشر طبيبك حول العلاجات الطبّية. فكّر في استخدام المضادات الحيوية. تحدّث مع طبيبك حول العلاجات البيولوجية. كن مستعدًا للجراحة إن استدعى الأمر.