سيكون الطبيب قادرًا على أن يوضح لك أفضل جرعة يومية وشكل الأسيدوفيلس الذي ستتناوله. من الممكن أن تتباين الجرعات، ولكن في حالة الإسهال المصاحب للمضادات الحيوية، قد يتم تناول من 10 إلى 20 بيليون CFU يوميًا كي يساعد.  قد يقترح الطبيب أن تأخذ جرعات أصغر أو أكبر ويتوقف ذلك على المضادات الحيوية التي يتم تناولها، وطول المُدة التي تتناول فيها المضاد الحيوي، واحتمالية إصابتك بالتهاب القولون. بعض المضادات الحيوية، مثل السيفالوسبورين، الفلوروكينولونات، والكليندامايسين، من المحتمل جدًا أن تسبب حدوث إسهال مصاحب لتناول المضادات الحيوية. وبالإضافة إلى ذلك، يوجد عدة أشكال مختلفة للجرعات مثل الكبسولات، والأقراص، والمساحيق. لا تستخدم سوى شكل الاسيدوفيلوس الذي وصفه لك طبيبك. لا تخلط أنواع مختلفة من الاسيدوفيلوس، مثل الأقراص أو المساحيق، لأن كل تركيبة تحتوي على سلالات مختلفة من البكتيريا. استخدم العلاج مُتبعًا الفترة التي يوصي بها الطبيب. عمومًا يتم استخدام البروبيوتيك ما لا يقل عن 1-3 أسابيع وذلك أطول من مدة العلاج بالمضادات الحيوية. إذا تناولت الإثنين في نفس الوقت، لن يعملا بشكل فعَّال. وذلك لأن البروبيوتيك يقوم بتعزيز البكتيريا الجيدة، في حين أن المضادات الحيوية تستنزف البكتيريا الجيدة الخاصة بنظام جسمك. تناوَل الاسيدوفيلوس ما لا يقل عن 1-2 ساعة قبل تناول المضاد الحيوي أو 1-2 ساعة بعده. يوصي البعض بأن تكون الفترة بينهما من 2 إلى 4 ساعات. تأكد من أن المُكَمِّل الغذائي لم تنته صلاحيته وأنه قد تم تخزينه بشكل صحيح. فالمكملات الغذائية منتهية الصلاحية أو المكملات الغذائية التي كان ينبغي أن يتم حفظها مُبَرَدة ولكنه لم يحدُث قد تفقد فعاليتها. تأكد من أن تتناولها على نحو منتظم. أحيانا قد تقترح الشركات المصنعة أو الأطباء أن يتم تناولها مع الطعام أو قبل الإفطار مباشرة لارتفاع درجة الحموضة في المعدة في تلك الأوقات وهو أمر فعَّال. أكثر هذه الأطعمة شيوعًا هي الزبادي. العديد من الماركات التجارية للزبادي تحتوي على البروبيوتيك، مثل الاسيدوفيلوس. حتى أنه هناك ماركات تجارية تعلن عن البروبيوتيك الموجود في منتجها. تناول الزبادي يوميًا يضيف اسيدوفيلوس إلى نظامك الغذائي، ولكن كمية أقل مما لو تم تناوُّل مكمِّل غذائي.
استشر الطبيب حول نوع ومقدار الأسيدوفيلس التي ستتناولها. تناوَل الاسيدوفيلوس والمضادات الحيوية بشكل منفصل. تناوَل الاسيدوفيلوس بطريقة مناسبة من أجل زيادة الفعالية. ضع في عين الاعتبار تناول الأطعمة عالية الحمضة.