إذا لم تتحسن حالة الأسماك خلال عدة أيام من تنظيف الحوض ووضع العلاج فقد يكون استخدام المضاد الحيوي هو الحل الأمثل. يُمكنك العثور على الأدوية التي لا تحتاج إلى وصفة طبية في محلات العناية بالحيوانات الأليفة المجاورة لك. اختر الدواء المناسب لنوع سمكتك، حيث تحتاج بعض الأنواع مثل السمكة الذهبية وأسماك البيتا إلى علاج خاص. اتبع الجرعة الموضحة على علبة الدواء.  تحتوي هذه الأدوية عادةً على مضادات حيوية للتغلب على الالتهابات الفطرية مثل الاريثروميسين والمينوسيكلين والتريمثوربين والسلفاديمدين. تأكد من خلو الأدوية من أي صبغات عضوية لأنها قد تكون سامة لبعض الأنواع المعينة من الأسماك. تحتوي بعض الأنواع المشهورة لعلاج تعفن الزعانف على مضاد للفطريات والتيتراسيكلين. يُمكن استخدام بعض الأنواع الأخرى مثل الماراسين والمارسين2 والووترفيل-ميكسازين والميلافيكس. يمكن استعمال بعض الأملاح وزيت شجرة الشاي كبديل عن الأدوية التجارية المتداول استعمالها، على الرغم من عدم الاعتماد عليه كدواء علاجي واللجوء إليه في الحالات الوقائية بشكل أفضل. قد تضطر إلى استعمال بعض المكملات الإضافية مع زيت شجرة الشاي مثل مضادات البكتيريا أو المضادات الحيوية.  أضف قطرة أو اثنتين من زيت شجرة الشاي إلى حوض المياه للحفاظ على المياه نظيفة ومعقمة. تأكد من عدم استجابة الأسماك بشكل سلبي مع زيت شجرة الشاي قبل إضافتها إلى الحوض بعد ذلك. يُمكن استعمال الأملاح المتعادلة أو ملح كلوريد الصوديوم للوقاية من تعفن الزعانف. أضف 30 جم لكل 5 لتر من المياه. استعمل الأملاح المتعادلة مع أسماك المياه العذبة التي تتحمل الملوحة. عند علاج الأسماك المصابة بتعفن الزعانف يجب أن تضخ كمية إضافية من الهواء لمساعدة الأسماك على التنفس. تعتمد الأدوية بشكل رئيسي على وجود الأكسجين في الحوض، ولذلك فإن ضخ الدواء سيحافظ على صحة الأسماك وضمان التنفس السليم. وجه مضخات الهواء أو المنازل السمكية في الحوض بحيث تضخ كمية أكبر من الأكسجين في الماء.  يجب أن تكون قوة ضخ الهواء في حال امتلاكك لسمكة البيتا قليلة حيث قد يؤدي التيار العالي إلى زيادة التوتر على الأسماك. يجب أن تستعمل الدواء لفترة معينة كما هو مُحدد على العبوة. استعمال الدواء لفترة أطول من المسموح بها قد يُجهد الأسماك ولذلك يجب استعماله وفق أساس مُحدد.
استعمل المضادات الحيوية لعلاج تعفن الزعنفة. جرب زيت شجرة الشاي والأملاح. استعمل مضخة الهواء لدفع الدواء إلى الحوض.