﻿كذلك ينص المحور الثاني على إنشاء هيئة قضائية مستقلة للحقيقة والإنصاف، تقوم على التحقيق وتلقي الشكاوى في جميع جرائم الفساد وانتهاكات حقوق الإنسان، التي ارتكبت قبل وبعد أحداث 25 كانون الثاني-يناير على أن تضمن السلطات استقلالية وحيادية عمل اللجنة وتوفير الدولة جميع التسهيلات لضمان عمل اللجنة، مع إعطاء أولوية للتحقيق في الجرائم المرتكبة بعد 25 يناير وتحديد ومحاكمة المسئولين عن مجزرة الأربعاء 2 فبراير بميدان التحرير، ومهاجمة مقار بعض منظمات حقوق الإنسان الخميس 3 فبراير، والالتزام بقواعد الشفافية وإعلام الرأي العام أولا بأول بنتائج التحقيقات التي يجريها النائب العام في هذا الشأ وتقديم وزير الإعلام ورئيس اتحاد الإذاعة والتلفزيون ورئيس قطاع الأخبار للمحاكمة، باعتبارهم مسئولين عن إدارة حملات التضليل للرأي العام، ودفع وسائط الإعلام الرسمية – بمشاركة إحدى القنوات الخاصة- لوصم المشاركين في ثورة 25 كانون الثاني-يناير بالعمالة لجهات خارجية، وتنظيم حملات دعائية عنصرية تحض على كراهية الأجانب، وممارسة العنف ضدهم لافتا الي أن هذه الحملات الإعلامية المنظمة أدت إلى تخريب قطاع السياحة، وتكبيد البلاد خسائر مادية ومعنوية لن تستطيع تعويضها قبل عدة سنوات فضلا عن إقالة رؤساء مجالس إدارات وتحرير الصحف الحكومية الذين ساهموا في هذه الحملات.

كما اعتمد هذا المحور أيضا على وقف كافة أشكال الملاحقة أو التوقيف أو التحرش بالنشطاء السياسيين والصحافيين ومدافعي حقوق الإنسان، والوقف الفوري لمشاركة الشرطة العسكرية في الاضطلاع بدور الشرطة المدنية في أعمال القبض والاحتجاز، والتحقيق الفوري في أية ممارسات مخالفة لحقوق الإنسان، والإفراج الفوري عن كل المحتجزين لديها، وتسليم من يشتبه في ارتكابهم جرائم مخالفة للقانون العام إلى سلطات التحقيق المدنية واتخاذ تدابير فورية لإنهاء الدولة البوليسية وإعادة الاعتبار لمبدأ سيادة القانون، من خلال حل جهاز مباحث أمن الدولة، باعتباره ركيزة الدولة البوليسية، والمسئول الأول عن عمليات الاختفاء والتعذيب الوحشي والاعتقال التعسفي، وتقويض أحزاب سياسية من داخلها وتقييد منظمات حقوق الإنسان، وإهدار كرامة المصريين ومبدأ سيادة القانون ، وأن يتولى وزارة الداخلية شخصية مدنية من خارج جهاز الشرطة، وإنهاء هيمنة وزارة الداخلية على مكتب النائب العام وبعض اختصاصات وزارة العدل، مع تشكيل هيئة مدنية مستقلة للإشراف على الوزارة، وذلك في إطار خطة متكاملة لإعادة بناء الجهاز الأمني بالكامل.
