tā kā ciprofloksacīns ir fluorhinolonu grupas antibakteriālais līdzeklis tā baktericīdā iedarbība tiek nodrošināta inhibējot gan ii tipa topoizomerāzi (dns girāzi) gan iv topoizomerāzi kas nepieciešamas baktēriju dns replikācijai transkripcijai labošanai un rekombinācijai