ويُقترح حاليًا أن نطاق من الأمراض الحديثة واسعة الانتشار، بدءًا من السمنة، ومرض كرون، ومشاكل الجهاز الهضمي الأخرى إلى جميع أنواع الحساسية، والأمراض المناعية، وربما أيضًا السرطان، قد تنتج عن تغيرات في الميكروبيوم.