على الرغم من أن التكامل بين القوتين مستقلة كانت كاملة، وعلى درجة صغيرة من الحكم الذاتي موجود على مستوى القيادة التنفيذية، مع القيادة الجوية الغربية التي مقرها في أبوظبي والقيادة الجوية المركزية في دبي.