ومن المشكلات الكبرى التي يتسم بها البحث المقارن هي أن مجموعات البيانات في الدول المختلفة قد لا تستخدم نفس الفئات التصنيفية، أو يمكن أن تعرّف الفئات التصنيفية بطريقة مختلفة (على سبيل المثال استخدام تعريفات مختلفة للفقر).