نظرًا لأن هذه التقنية هي تقنية منطقية (قطعية) وليست إحصائية (احتمالية)، مع التحليل المقارن النوعي الخاص بفئة "Crisp-Set" (csQCA)، وهو التطبيق الأصلي من التحليل المقارن النوعي، يمكن للمتغيرات أن يكون لها قيمتين فقط وهو ما يُعتبر إشكالية نظرًا لأن الباحث مضطر لتحديد قيم كل متغير.