في 1 أكتوير، 2003، أندمجت ثلاث وكالات لتشكيل الوكالة وهذه المنظمات كانت:معهد الفضاء والعلوم الفلكية التابع لليابان (ISAS)، المختبر الفضائي الوطني الياباني(NAL)، وكالة التطوير الفضائي الوطني التابع لليابان (NASDA).