يبدأ تاريخ بنتان منذ أوائل القرن الثالث الميلادي حيث أن الجزيرة ازدهرت كمركز تجاري على الطريق بين الصين والهند، وعلى مدى قرون تمت السيطرة عليها من قبل الصينيين، والبريطانيين، ثم الهولنديون حيث سميت بجزر الهند الشرقية الهولندية خلال المعاهدة الهولندية-البريطانية في عام 1824.