مسجد كوتا كينابالو (بالملايو: Masjid Bandaraya Kota Kinabalu ) هو المسجد الرئيسي الثاني في مدينة كوتا كينابالو في اقليم صباح في ماليزيا، بعد مسجد الدولة في سيمبولان والذي افتتح اعتبارا من شهر يونيو عام 2014 .