ولا تزال أفراس النهر تتواجد اليوم في بحيرات وأنهار أوغندا، السودان، الصومال، كينيا، شمالي الكونغو والحبشة، غربا عبر غانا إلى غامبيا وأيضا في أفريقيا الجنوبية (بوتسوانا، جنوب إفريقيا، زيمبابوي، وزامبيا)، وتتواجد جمهرة منفصلة في تنزانيا وموزامبيق.