يتم تشغيل القناة من خلال الوكالة التي اسمها إدارة الشحن والممرات في البحر الأبيض وبحيرة أونيجا (White Sea and Lake Onega Waterways and Shipping Administration)(Беломорско-Онежское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства)، وهي المسئولة كذلك عن الشحن في بحيرة أونيجا وفي منطقة ميناء بيلومورسك (ولكن ليس عبر البحر الأبيض فعليًا).