علم الأوبئة الجزيئي أو علم الوبائيات الجزيئية هي فرع من العلوم الطبية يركز على الدور الذي تلعبه المخاطر الوراثية والبيئية المحتملة على والتي تم تحديدها على المستوى الجزيئي في معرفة أسباب الأمراض التي تصيب عائلة أو سكان دولة ما ومدى انتشارها وسبل الوقاية منها.