الأسباب المقدمة لفشل الميكروسكوب المباشر تشمل مايلي يلي : (1) التسليط المتغير : كمية المتبرعمة الكيسية الحية تختلف كثيرا بين يوم واخر في البشر والحيوانات المصابة ؛ {85} (2) المظهر : بعض أشكال المتبرعمة الكيسية يشبه الخلايا الدهنية أو خلايا الدم البيضاء {86}، مما يجعل من الصعب التمييز بين الكائنات الحية وبين الخلايا الأخرى في عينات البراز، (3) عدد الأشكال المورفولوجية الكبير : يمكن ان تتخذ خلايا المتبرعمة الكيسية مجموعة متنوعة من الأشكال، وصف بعضها بالتفصيل في الآونة الأخيرة فقط ولذلك من الممكن أن توجد أشكال أخرى لم يتم تحديدها بعد.