والأدوات البرمجية الأخرى المستخدمة هي PheMaDB ‏, التي تقدم حلاً لتخزين بيانات النمط الظاهري عالية الإنتاجية واسترجاعها وتحليلها، وبرنامج عرض مصفوفات النمط الظاهري (PMViewer )‏ التي تركز على عرض البيانات، ولكنها لا تسمح بإجراء المزيد من التحليل الإحصائي.