يشبه جهاز قياس التدفق الخلوي المجهر، غير أنه بدلا من إنتاج صورة من الخلية، يقوم جهاز قياس التدفق الخلوي بعرض معلومات كمية أوتوماتيكية فائقة الإنتاجية "high-throughput" (بالنسبة لعدد كبير من الخلايا) لمجموعة من العوامل.