تنتمي الطحالب البنية إلى مجموعة كبيرة للغاية، Heterokontophyta، وهي مجموعة كائنات حقيقيات النواة المميزة بشكل بارز من خلال البلاستيدات الخضراء المحاطة بأربعة أغشية، مما يفترض أن أصلها ناجم من علاقة تكافلية بين كائن حقيقي النواة وغيره من الكائنات حقيقية النواة الأخرى.