وفقا للنهج الوقائي الوارد في المبدأ 15 من إعلان ريو بشأن البيئة والتنمية فإن الهدف من البروتوكول هو المساهمة في ضمان مستوى ملائم من الحماية في مجال أمان نقل ومناولة واستخدام "حي محور الكائنات الحية الناتجة عن التكنولوجيا الحيوية الحديثة" التي قد يكون لها آثار ضارة على الحفظ والاستعمال المستدام للتنوع البيولوجي مع مراعاة المخاطر على صحة الإنسان والتركيز بشكل خاص على الحركات العابرة للحدود (المادة 1 من البروتوكول، أمانة اتفاقية التنوع البيولوجي 2000).