لكن ما تزال هناك العديد من الامراض التي لا يوجد لها لقاحات بعد كما انه من المستبعد ان تنجح الاستراتيجيات والتي قادت في السابق الى التطوير الناجح للقاحات في العمل الفعال ضد البكتيريا او الفيروسات المعقدة مثل فيروس نقص المناعة البشرية والذي طور اليات متعددة لتجنب نظام المناعة.