في الوقت نفسه، وفي مواجهة الزيادة المزعجة في عدد الهجمات الإرهابية، انغمست حكومة مانموهان سينغ أيضاً في الرد بقسوة في التعامل مع الإرهابيين الإسلاميين المشتبه بهم، والذين احتجزوا استناداً إلى أدلة واهية، ثم قُـتِلوا قبل أن يدانوا بأي جريمة. ومن جهة أخرى فإن اللجنة التي كلفتها الحكومة بالتحقيق في المذبحة التي تعرض لها مواطنون مسلمون في غوجارات في العام 2002، والتي غضت الحكومة الهندية آنذاك الطرف عنها، لم تنته إلا إلى تبرئة الجناة وإعفائهم من أي أخطاء ارتكبوها ـ الأمر الذي أدى إلى تصاعد وتيرة الإرهاب الداخلي من جانب المسلمين الهنود الساخطين.