بيد أن افتراضات أخرى أصبحت مهددة. على سبيل المثال، في تمثيل "شجرة الحياة" التقليدي للتطور، تتباعد الفروع دوما، ولا تندمج أبدا، وهو ما يعني ضمناً أن أصل الأنواع يتبع مساراً خطيا، وأن كل التغيرات النشوئية على طول هذا المسار تحدث ضمن النسب الذي يجري تتبعه. ولكن دراسة الجينوم ــ وبخاصة لدى الميكروبات ــ أظهرت أن الجينات المنتقلة بين كائنات حية بعيدة الصلة تشكل محفزاً مهماً للتغير النشوئي.