وعلاوة على ذلك، استخدم المالكي المحاكم الجنائية لإسكات خصومه السياسيين. فأصبح نائب الرئيس السُنّي هارباً في تركيا، تلاحقه عدة أحكام بالإعدام بسبب أنشطة إرهابية مزعومة، برغم أن الأحكام استندت إلى اعترافات أقر بها حراسه الذين تعرضوا للتعذيب (حتى أن أحدهم لقي مصرعه أثناء "التحقيق"). والآن تم إصدار مذكرة اعتقال بحق وزير المالية السابق، وهو أيضاً سُنّي، بتهم مماثلة.