ولعل الجانب الأكثر بعداً عن المنطق والأقل استدامة في الزراعة العضوية في الأمد البعيد هو استبعاد الأصناف "المهندسة وراثيا" (والمعروفة أيضاً بالأصناف "المعدلة وراثيا" ــ في ما عدا تلك التي تم تعديلها بأكثر التقنيات دقة وقدرة على التنبؤ بنتائجها. ولكن باستثناء أصناف التوت البري والفطر البري، فإن كل الفواكه والخضراوات والحبوب الداخلة في النظام الغذائي للأوروبيين وأهل أميركا الشمالية خضعت للتحسين الوراثي بطريقة أو أخرى ــ وغالباً كنتيجة لتعرض البذور للإشعاع أو إخضاعها للتهجين من خلال نقل الجينات من نوع أو جنس بعينه إلى آخر بطرق لا تحدث في الطبيعة من تلقاء ذاتها.