ان اليابان مثل البلدان الاخرى قد واجهت نزاعات تتعلق بالاختصاصات بين الوكالات المختصة بالسياسة الخارجية والدفاع والشرطة والتي اعاقت تجميع المعلومات الاستخبارية وتحليلها ولكن مع انشاء مجلس الأمن الوطني فإن كل وزارة ووكالة سوف ترسل معلومات الامن الوطني المهمة الى الامانة العامة الجديدة والتي ستقوم بدورها باجراء تحليل متكامل واصدار تقارير لرئيس الوزراء واخرين .