وتعمل سياسات مكافحة الإرهاب التي تتبناها الحكومة أيضاً ضد الدور العسكري المعزز في سحق الجهاديين في سيناء. فتاريخيا، كانت مصر تستخدم أجهزتها الاستخباراتية، بالإضافة إلى قوات الشرطة والأمن المركزي، لمكافحة المقاتلين الإسلاميين. ونتيجة لهذا فإن الجيش لا يملك التدريب الكافي ولا الخبرة اللازمة للتعامل مع المتمردين في سيناء.