ولكن المعاهدة تنطبق على جمهورية الصين الشعبية بشكل غير مباشر من خلال معاهدة السلام الثنائية بين جمهورية الصين (تايوان) واليابان في عام 1952، والتي تم التوقيع عليها قبل ساعات فقط من دخول معاهدة سان فرانسيسكو حيز التنفيذ والتأكيد على شروطها ــ وخاصة تنازل اليابان عن تايوان. والواقع أن معاهدة سان فرانسيسكو ألزمت المعاهدة بين جمهورية الصين واليابان بالتوافق معها، وبالتالي منعت اليابان من تعيين أي حقوق إضافية في معاهدتها مع جمهورية الصين أو أي حق قانوني لدى أي دولة أخرى من غير الأطراف الموقعة على معاهدة سان فرانسيسكو. ونتيجة لهذا فإن اليابان لا تستطيع الاعتراف بتايوان كجزء من الأراضي الخاضعة لسيادة جمهورية الصين الشعبية.