كان صعود جوناثان إلى السلطة في مايو/أيار 2010 قد اتسم بجدال مرير في أعقاب وفاة الرئيس عمر يارادوا بعد ثلاثة أعوام فقط في المنصب. فقد أصر بعض الساسة التابعين لحزب الشعب الديمقراطي في الشمال ذي الأغلبية المسلمة على أن يُسمح لإقليمهم بتقديم مرشح، بعد أن خدم أوباسانجو الذي كان يُعَد ممثلاً للجنوب المسيحي لثمانية أعوام. ولكن طلبهم قوبل بالرفض.