ولا يقل الوضع خطورة في الأقاليم الجنوبية، حيث كانت إحدى الحركات الانفصالية نشطة منذ عام 2007. والواقع أن الجنوبيين غاضبون لأن التمرد الحوثي أوقف الخطط الرامية إلى تبني النظام الفيدرالي، والذي كان ليعطي المنطقة قدراً أعظم من الاستقلال. وفي الرد على ذلك، استولت مجموعات مسلحة على نقاط التفتيش وأغلبت ميناء عدن. وأصبح خطر الانفصال حقيق للغاية.