ولكي تحمي المؤسسة العسكرية الباكستانية اليائسة نفسها، وتحت تأثير الخوف من وصمها بتهمة نشر الأسلحة النووية وحرمانها في النهاية من أسلحتها النووية، فقد اختارت أن تضحي بدكتور خان. ومع ذلك فليس من المحتمل أن يؤدي اعترافه على الملأ واعتذاره عما فعل إلى وضع نهاية لهذه المسألة.