ومن جانبها، تعاملت الحكومة مع مسألة إنشاء قوات مسلحة وطنية باعتبارها قضية لاحقة. فأثناء الثورة، سرب زعماء المجلس الوطني الانتقالي الموارد والتمويل إلى الألوية الإسلامية التي تتقاسم معها إيديولوجية مشتركة، بدلاً من تمويل الجيش الوطني الليبي الوليد. وبعد أن قام مقاتلون إسلاميون بقتل عبد الفتاح يونس القائد العام للقوات المسلحة المتمردة في يوليو/تموز 2011، تم تهميش المؤسسة العسكرية.