ومنذ البداية، ثارت التشككات في أروقة وزارة الدفاع حين أمر بوتن بضم مسألة إنشاء هيئة لمكافحة الإرهاب إلى جدول الأعمال العسكري. فاقترحت وزارة الدفاع بدلاً من هذا أن يلعب الجيش دوراً ثانوياً في عمليات مكافحة الإرهاب.