ولكن البرنامج النووي ظل يشكل عقبة . فقد استمر القذافي في استيراد التكنولوجيا النووية سراً، حتى بينما كان دبلوماسيوه يتفاوضون سراً على التوصل إلى اتفاقية للتعايش السلمي مع الولايات المتحدة وبريطانيا. وفي شهر أكتوبر/تشرين الأول من عام 2003، كشف المفتشون الإيطاليون لسفينة ألمانية راسية في تارانتو بإيطاليا عن كمية من أجهزة الطرد المركزي كانت في طريقها إلى ليبيا.