وقد يؤدي الانقلاب في مصر إلى عواقب إقليمية خطيرة أيضا. فسوريا لا تزال غارقة في حرب أهلية دامية حصدت حتى الآن أرواح أكثر من مائة ألف إنسان. وقد احتفل نظام الرئيس السوري بشار الأسد بسقوط حكومة الإخوان المسلمين في مصر، وهو يسعى الآن إلى استخدام فشل مرسي وإزاحته كمبرر لممارساته القمعية في الداخل، الأمر الذي يزيد من صعوبة إيجاد حل سياسي ينهي القتال في سوريا.