أما أفريقيا السوداء، وبخاصة بلدان منظمة شرق أفريقيا، فإنها عاجزة عن التفكير في أي حل غير الانفصال. وبالنسبة لأعضاء منظمة شرق أفريقيا فإن المسألة ترتبط بالتخلص من الاستعمار، فهم يرون أن شعب جنوب السودان كان مستعبدا ومهاناً لقرون على أيدي العرب.