لكي نفهم أين بدأت المشاكل الهائلة التي تواجهها باكستان، فلابد وأن ننظر إلى أيام تأسيس البلاد. في لقاء صحفي جرى في الرابع عشر من نوفمبر/تشرين الثاني 1946، وقبل تسعة أشهر من انقسام الهند البريطانية إلى دولتين هما الهند وباكستان، سُئِل محمد علي جناح عن مستقبل الوضع الطائفي فيما سيصبح باكستان، فأجاب: " إنني أرى حكومة مستقرة وآمنة حقاً في باكستان، حيث يتعامل أفراد الأغلبية المسلمة مع أبناء الأقليات التي تعيش بينهم بأكبر قدرٍ من السخاء". وفي محاولة لتبديد الشكوك أعلن قائلاً: "إن باكستان وهندوستان سوف يكونان بلدين صديقين في شبه القارة الهندية بحكم التواصل الجغرافي والمصالح المشتركة التي تجمع بينهما".