أما التحدي الثاني فيكمن في فهم الكيفية التي تتفاعل بها الجينات فيما بينها أو مع عوامل أخرى لإنتاج حالة معينة، وهو ما ينبغي أن يمكننا من التوصل إلى تدابير وقائية جديدة أو علاجات تستند إلى التفاصيل الخاصة بكيفية بداية نشوء الحالة وتطورها. وهذا بطبيعة الحال أكثر إثارة للاهتمام ـ وتنفيذه أشد صعوبة. فهذا يشكل بمعنى من المعاني الفارق بين مطابقة الكلمات المتماثلة في نَصٍ ما وبين فهم النص بالكامل.