وخوفاً من التعرض لعمليات ثأرية من قِبَل الجيش الذي يسيطر عليه التوتسي، فقد فرت أعداد ضخمة من الهوتو إلى خارج البلاد، بينما انخرط المتمردون المسلحون في صفوف الجيش. وللمرة الأولى فشل الجيش في سحق التمرد. وكنتيجة لهذا فق�� لجأت الحكومة التي تسيطر عليها عناصر من التوتسي إلى التفاوض مع زعماء الهوتو، مما أدى إلى توقيع اتفاقية سياسية في أغسطس من عام 2000.