وإذا كان الجنوب غير المسلم قد نال عند استقلال البلاد درجة كبيرة من الاستقلال الذاتي على الأصعدة الدينية والثقافية والإدارية في إطار هيكل اتحادي فيدرالي انتقالي، لكان من المتصور الآن أن تظل البلاد في سلام. ولكن الجنوب لم يكتسب هذه الحريات إلا في عام 2005، مع اتفاقية السلام الشاملة، وبعد صراع دموي.