وتمتد هذه الرعاية إلى المؤسسة العسكرية ذاتها. ويُقال إن رئيس الأركان يوسف المنقوش يفضل ميليشيات برقة على الوحدات العسكرية تحت قيادته، في حين يشكو مسؤولون حكوميون بشأن الافتقار إلى سلسلة قيادة فعّالة. على سبيل المثال، في يونيو/حزيران، هاجم وزير الدفاع أسامة الجويلي المجلس الوطني الانتقالي بسبب تقاعسه عن التشاور مع المسؤولين المناسبين في قراراته، مشيراً إلى أن دوره تقلص إلى "التوقيع على خطط رئيس الأركان".