كانت وفاة آية الله خوميني ـ ووفاة مراجع دينية أخرى، مثل آية الله أبو القاسم خوي في النجف بالعراق ـ بمثابة الإشارة إلى نهاية نموذج الحاكم القادر على تولي المسئولية الدينية والمسئولية السياسية في ذات الوقت. ولم يتول المرجع الأعلى الحالي في إيران سيد علي خامنئي ـ الذي كانت درجته الدينية عبارة عن تركيز للشكوك في المعاهد الدينية والذي كان من بين صفوة رجال الدين ـ منصب الفقيه الوالي بسبب جدارته. وعلى ذلك فقد سمح افتقار خامنئي الواضح إلى الشرعية الدينية للحكومة بفرض سيطرتها الكاملة على المؤسسة الدينية، وحرمان المعاهد الدينية من استقلالها التاريخي.