لقد اكتسبت رغبة الجنوب في الاستقلال زخماً كبيراً بسبب فشل الشمال في جعل الوحدة أمراً جذاباً من خلال الإصلاح وعقد الانتخابات الحرة، وفقاً لما نصت عليه اتفاقية السلام الشامل. ويرجع العامل الثاني وراء دفع عملية الانفصال إلى افتقار جيش التحرير الشعبي في السودان إلى الالتزام بإيديولوجية السودان الجديد التي أقرها مؤسس الجيش جون قرنق ، الذي دخل في مفاوضات اتفاقية السلام الشامل، ثم توفي في حادث سقوط طائرة في عام 2005.