ومن أوجه القصور الأخرى التي يتسم بها الإنتاج العضوي أنه يعمل ضد أفضل الأساليب لتعزيز جودة التربة ــ أو على وجه التحديد الحد من اضرابات التربة (مثل تلك التي تنتج عن الحرث)، فضلاً عن استخدام محاصيل التغطية. وتتسم هذه الأساليب الزراعية بالعديد من المزايا البيئية، وخاصة في ما يتصل بالحد من التآكل وصرف الأسمدة والمبيدات. وغالباً يزرع مزارعو الإنتاج العضوي محاصيل تغطية، ولكنهم في غياب مبيدات الأعشاب الفعّالة يعتمدون غالباً على الحراثة (أو حتى الإزالة باليد، وهي ممارسة تحتاج إلى عمالة مكثفة) لمكافحة الأعشاب.