وعلى الرغم من انتخابه لعضوية المجلس التشريعي الفلسطيني في عام 1996، إلا أن صيت البرغوثي ذاع وانتشر على نطاق واسع منذ بدأت الانتفاضة الحالية في سبتمبر عام 2000. ولقد كان تأييده للهجمات التي تستهدف الجنود والمستوطنين الإسرائيليين في المناطق المحتلة، والتي اعتبرها مشروعة وفقاً للقانون الدولي، سبباً في اكتسابه لشعبية هائلة بين الفلسطينيين، لكنها أيضاً كانت السبب في خمسة أحكام صدرت ضده بالسجن مدى الحياة علاوة على حكم بالسجن لمدة أربعين عاماً في سجن إسرائيلي.