إن نظام مقايضة الانبعاثات من شأنه أن يفرض مخاطر شديدة على التجارة الدولية. وحتى لو كان لدى كل دولة نظام لمقايضة الانبعاثات وكانت كل هذه الأنظمة تهدف إلى الحد من انبعاث ثاني أكسيد الكربون بنفس النسبة على المستويات الوطنية، فإن أسعار التراخيص الناتجة سوف تتفاوت بسبب الاختلافات الوطنية في المستويات الأولية من انبعاثات ثاني أكسيد الكربون وفي خصائص الإنتاج المحلي. ولأن سعر تراخيص ثاني أكسيد الكربون في دولة ما ينعكس في أسعار المنتجات، فهذا يعني أن نظام مقايضة الانبعاثات يؤثر على قدرة هذه الدولة على المنافسة على المستوى الدولي.