إن أعمال إزالة التلوث تسفر عن كميات ضخمة من النفايات، والتي ينبغي إدارتها ــ جمعها، ونقلها، وتخزينها، وفرزها، وتقليص حجمها، وإعدادها للتخلص منها، وفي النهاية إيداعها في مرافق التخلص الدائمة ــ على المستويات المحلية والإقليمية والوطنية. ولكن نظراً للضغوط الرامية إلى السماح بعودة السكان النازحين بسرعة، فإن مشاريع هيئة الطاقة الذرية في اليابان لم تتقدم إلا بقدر إنشاء مرافق تخزين مؤقتة مصممة كبديل مؤقت إلى أن تتاح مرافق معالجة النفايات، والتخزين المؤقت، ومرافق التخلص المركزية.