بيد أن هذا الاستخدام لا يخلو من أوجه قصور خطيرة. فلأن المؤشر يُحسَب استناداً إلى قياسين بيولوجيين (الوزن والطول)، فإن النتيجة الناجمة عنه لا تحمل قيمة بيولوجية في حد ذاتها. وبالتالي فإن دراسات البدانة من الناحية الوراثية والتي تستند إلى العلاقة بين علامات وراثية بعينها ومؤشر كتلة الجسم تصبح أيضاً بلا قيمة.