ويرتبط فهم الكيفية التي قد تتصرف بها المواد الملوثة نتيجة للعمليات الطبيعية ارتباطاً وثيقاً بالتحدي المتمثل في تبني الوسائل الأمثل للمعالجة. ولكن هل تنجح هذه العمليات في تطهير المناطق المتضررة، أم أنها قد تعيد تلويث المناطق التي تم تطهيرها؟