ويعزو الكثيرون السبب وراء هذه الحرب إلى الكراهية القائمة بين الأغلبية من قبيلة الهوتو والأقلية من قبيلة التوتسي. ولكن هذا لا يفسر السبب الذي دعا إلى نشوء تلك الكراهية الشديدة بين هاتين المجموعتين. إن التجانس الثقافي في بوروندي، والذي نادراً ما يوجد في أفريقيا، يُكذّب وجهة النظر التبسيطية التي تقول إن الكراهية بين الهوتو والتوتسي سببها الاختلاف الكبير بينهما.