تتميز منظمتا حماس والجهاد الإسلامي بالتنظيم الدقيق والانضباط، وتفرض كل منهما سيطرة صارمة على أجنحتها السياسية والعسكرية. وعلى الرغم من الضعف الذي لحق بمنظمة حماس من جرّاء الاغتيالات الإسرائيلية التي استهدفت من بين من استهدفت الشيخ أحمد ياسين و عبد العزيز الرنتيسي ، إلا أنها ما زالت تحتفظ بقدرات عسكرية قوية وتأييد شعبي يتراوح ما بين 25 إلى 30%، مما يجعل منها ثاني أكبر طائفة من حيث الريادة في الضفة الغربية وغزة.