وبحلول عام 2009، كان تنظيم القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي بدأ يتعلم من أخطاء منظمته الأم، الجماعة الإسلامية المسلحة، ومنظمته الشقيقة: القاعدة في العراق. فتنظيم القاعدة في العراق لم يفشل في دمج نفسه في السياق المحلي فحسب، بل وبدأ أيضاً في تصفية خصومه المحليين، الأمر الذي أدى إلى اندلاع ثورة ضده من قِبَل قبائل سُنّية مسلحة في عام 2007. وعلى النقيض من هذا، بذل تنظيم القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي جهوداً منظمة لتوطين نفسه، فتزاوج مع الطوارق المحليين في شمال مالي وتبنى قضاياهم السياسية، مثل قضية الانفصال.