ولأن ��غلب ثروة السودان النفطية تتركز في الجنوب، فإن إدارة صناعة النفط وعائداته بعد الانفصال تمثل مشكلة تهدد وجود نظام البشير وقدرته على السيطرة على بلده الذي يتسم بالاتساع والتنوع العرقي. وقد تندلع حرب جديدة في المناطق الحدودية الغنية بالنفط.