من بين مسئولياته المتعددة، يخدم خامنئي كقائد أعلى للمؤسسة العسكرية، ويسيطر على أجهزة الاستخبارات، ويتولى تعيين مديري الأجهزة الإعلامية الوطنية. ويسيطر المعينون من قِـبَله فعلياً على أغلب الوزارات والمدن الرئيسية في إيران.