ولكن كانت بداية الحرب التي شنتها الولايات المتحدة على الإرهاب في عام 2001 سبباً في التوقف التام للمسيرة السياسية للأحزاب الإسلامية في ماليزيا، حيث قدمت للحكومة المبرر لتشديد قبضتها على اليمين في ماليزيا والحزب الماليزي الإسلامي.