أما عن تكاليف تصنيع وقود الهيدروجين فلا توجد أرقام ثابتة في الوقت الحالي، ولكن الولايات المتحدة حددت هدفها بحوالي 2 إلى 3 دولارات لكل كيلوجرام من الوقود بحلول عام 2018 (كيلوجرام واجد من الهيدروجين يحتوي على نفس مقدار الطاقة الذي يحتوي عليه جالون واحد من البنزين). ولأن كفاءة خلايا الوقود تعادل ضعفي كفاءة محركات الاحتراق الداخلي، فإن التكاليف الفعّالة عن كل وحدة مسافة سوف تكون نصف ذلك المبلغ تقريباً.