أما الحرب الداخلية الثالثة التي شهدتها الآونة الأخيرة، والتي تدور حول حقوق المسيحيين الأقباط في المواطنة، فهي تختمر منذ أعوام. الأقباط هم المصريون الأصليون، وكان تعدادهم يشكل أغلبية سكان مصر حتى القرن العاشر الميلادي. وبعد أن تعربت مصر وتأسلمت، أصبح الأقباط يشكلون أقلية في بلدهم الأصلي.