وكان رفسنجاني في وضع أقوى كثيراً مقارنة بأي رئيس إيراني لاحق في مواجهة خامنئي، الذي كان قد اختير للتو خلفاً للخميني مرشداً أعلى. وكانت مشكلته الأساسية مع معارضيه الأقوياء في الجهاز الأمني الإيراني، الذي كان حريصاً على تخريب مبادراته في السياسة الخارجية بتنظيم وشن هجمات إرهابية في فرنسا وألمانيا والأرجنتين.