الواقع أن تنظيم القاعدة لم يتحور هيكلياً فحسب، بل إن فكره الإيديولوجي بات مفتوحاً بشكل لا ينقطع للطعن من جانب جهات غير متوقعة على الإطلاق. ففي أعقاب الحادي عشر من سبتمبر، سارع العديد من الحركات، والفصائل، والجهاديين البارزين، والأفراد المتشددين، إلى توجيه الانتقادات الشديدة لسلوك تنظيم القاعدة، ثم بدأت هذه الكيانات في التحرك نحو نبذ العنف، الأمر الذي حرم تنظيم القاعدة من عشرات الآلاف من المؤيدين والأنصار. ولقد أدى هذا إلى تحول منظمات بالكامل في مصر وليبيا والجزائر، فضلاً عن عدد كبير من الأفراد المتشددين في المملكة العربية السعودية واليمن والعراق وأفغانستان وماليزيا وسنغافورة وإندونيسيا، وغير ذلك من البلدان.