وبعد فشلها في إقناع البشير بقبول اللامركزية العلمانية أو الكونفدرالية للسودان، فإن مصر، التي تُعَد اللاعب العربي الرئيسي المهتم باستقرار حدوده الجنوبية، لم تجد خياراً أمامها غير قبول حتمية الانفصال ـ ما دامت الدولة الجديدة تتفق معها فيما يتصل بقضية مياه النيل.