والواقع أن منتظري، الذي أعطته مكانته بوصفة آية الله العظمى (أعلى مرتبة بين علماء الدين الشيعة) سلطة دينية أعظم من تلك التي تمتع بها خامنئي، طعن في مؤهلات خامنئي لإصدار الفتاوى أو لخلافة الخميني كمرشد أعلى. وقد وضع منتظري تحت الإقامة الجبرية لمدة ست سنوات؛ وتم قمع المظاهرات التي خرجت لتأييده؛ كما سُجِن العديد من تلامذته وأصدقائه المقربين، أو عذبوا، أو قتلوا، أو أرغموا على الفرار من البلاد.