وتتعلق القضية الرئيسية الثانية التي سيتناولها فرانسيس بالصراع الإسرائيلي الفلسطيني ــ الموضوع الملغم بالنسبة للولايات المتحدة، الحليفة الأكثر أهمية لإسرائيل. فقد أعلن الفاتيكان عن عزمه التوقيع على معاهدة تتضمن الاعتراف بالدولة الفلسطينية. ونظراً لسجل فرانسيس الطويل من الصداقة مع اليهود، وفهمه لديانتهم وثقافتهم، فمن غير الممكن أن يدينه أي سياسي إسرائيلي باعتباره معادياً للسامية.