ولا شك أن البطريركية المسكونية لا تندرج تحت أي من الفئتين، فهي مؤسسة دينية، و"غير تركية". وعلى هذا فقد تعرضت البطريركية في كافة أرجاء النظام الجمهوري، وخاصة في أوقات السيطرة العسكرية، للضغوط الرسمية ومصادرة الممتلكات، وكذلك كانت حال كل المؤسسات الدينية الأخرى، الإسلامية منها وغير الإسلامية.