وفرت العقود الأخيرة للنظام الظروف شبه المثالية لفرض سيطرتها على المؤسسة الدينية الشيعية في العراق أيضاً. ففي ظل حكم صدّام حسين فُـرِضَت قيود شديدة على المعهد الديني الشيعي في النجف ـ والذي يشكل تقليدياً الثقل الموازن للمؤسسة الشيعية في إيران ـ الأمر الذي أدى إلى هجرة عدد من رجال الدين إلى المعهد الديني الإيراني في قُـم.