اعتقل توکلی في ديسمبر/ كانون الأول من عام 2009 أثناء فترة دراسته في جامعة أمير كبير، وذلك بعد انتقاده للحكومة الإيرانية عبر شن حملة احتجاج قوية على الإنترنت ضد محاولة النظام إذلاله بالإدعاء أنه هرب من السلطات مرتدياً زي امرأة بعد الخطاب الذي ألقاه في عيد الطلبة.