انتُخِب المرزوقي رئيسًا لتونس في ديسمبر/ كانون الأوّل 2011 بعد حلول حزبه في المركز الثاني في انتخابات المجلس التأسيسي ثمّ دخوله في ائتلاف حكومي ثلاثي ضمّ حزب حركة النهضة الإسلامي الحائزعلى الأغلبية في انتخابات 2011.