من بين العديد من القضايا التي تواجه عملية الحفاظ على التراث في سوريا، التجارة الغير شرعية للآثار، حيث غض الطرف عن هذه التجارةالعديد من الفصائل المتورطة في الحرب الأهلية السورية، أو حتى شاركت هذه الفصائل فيها، ولا سيما داعش ونظام الأسد.