خلال الحرب الأهلية، تحالفت جماعات إسلامية (بشكل أساسي تنظيم القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي وجماعة التوحيد والجهاد في غرب إفريقيا) مع مجموعة انفصالية من الطوارق (المعروفون في مالي باسم بيلّا) والحركة الوطنية لتحرير أزواد ضد الحكومة.