هناك حالات معينة يفضل فيها غسل اليدين بالماء والصابون على مطهر اليدين، وهذه تشمل: القضاء على الجراثيم البكتيرية من مطثية عسيرة، والطفيليات مثل خفية الأبواغ، وبعض الفيروسات مثل نوروفيروس اعتمادًا على تركيز الكحول في المطهر (95٪ يكون الكحول أكثر فاعلية في القضاء على معظم الفيروسات).