في عام 1260، دمر بايبارس وجيشه المملوك الكنيسة أثناء هجومهم على الناصرة. تمكن عدد قليل من الفرنسيسكان من البقاء في الناصرة حتى سقوط عكا في عام 1291. في القرون الثلاثة التي تلت ذلك، كان الفرنسيسكان داخل وخارج الناصرة، اعتماداً على الوضع السياسي المحلي، الذي كان في تغير مستمر. تشير الروايات الفرنسيسكانية لهذه الفترة إلى طردهم في عام 1363، وعودتهم في عام 1468 ومذبحة بعض أعضائهم في عام 1542. ساعدت الأسر المسيحية المحلية بدعم الفرنسيسكان في رعاية الكنيسة خلال هذه الفترة أيضًا. منح الأمير فكر الدين الفرنسيسكان الإذن بالعودة في عام 1620، في ذلك الوقت قاموا ببناء هيكل صغير لحصر الكهف المقدس الذي يُكرّم كمنزل مريم. في عام 1730، سمح زاهير أومار ببناء كنيسة مسيحية جديدة، والتي أصبحت كنيسة مركزية ل
عام 1954