يُعتقد أن المياه موجودة في أعماق الغلاف الجوي، لكن تركيزها المقياس مباشرة منخفض جداً. يزيد وفرة النيتروجين والكبريت والغازات النبيلة في الغلاف الجوي لنجوم المشتري عن القيم الشمسية بمقدار ثلاثة. يفتقر الغلاف الجوي لنجوم المشتري إلى حدود أدنى واضحة ويتحول تدريجياً إلى داخل الكوكب السائل. من أدنى إلى أعلى طبقات الغلاف الجوي هي الغلاف الاستوائي، الستراتيجي، البيضاء والحرارية. كل طبقة لها تدرجات درجة حرارة غير مميزة. يُعتقد أن طبقة الغلاف الجوي لها نظام معقد من الغيوم الاستوائية والسحابة، وتتضمن طبقات ضخمة من الغلاف الجوي، والتي تُسمَّى بـ"الظواهر البيضاء والضخمة" والتي تُسمَّى أيضًا بـ"الظواهر البيضاء والضوئية. يظهر النموذج أن
الحدود السفلية واضحة والانتقال تدريجيا إلى الداخل السائل للكوكب.