ولد علي في بومباي ، الهند البريطانية ، وهو ابن يوسف علي الله بوكش (توفي 1891) ، المعروف أيضًا باسم خان بهادر يوسف علي ، وهو شيعي في تقليد داوودي بوهرا ، والذي أدلى بدوره في المهنة التقليدية القائمة على مجتمعه وبدلاً من ذلك أصبح مفتشًا حكوميًا للشرطة. عند تقاعده حصل على لقب خان بهادر للخدمة العامة. عندما كان طفلاً ، حضر يوسف عبد الله علي مدرسة Anumanjayat Him-ul-Islam ثم درس في وقت لاحق في مدرسة البعثات Wilson College ، كلاهما في بومباي. كما تلقى تعليمًا دينيًا في عام 1896 وتمكن في النهاية من تلاوة القرآن الكامل من الذاكرة. تحدث كلًا من العربية والإنجليزية بطلاقة. ركز جهوده على القرآن ودرس تفسيرات القرآن الكريم مع أولئك الذين كتبوا في أوائل تاريخ الإسلام. حصل على درجة البكالير الأول في
العربية والإنجليزية