بين 21 و 23 أبريل 1567 ، زارت ماري ابنها في ستيرلينج لآخر مرة. في طريق عودتها إلى إدنبرة في 24 أبريل ، تم اختطاف ماري ، طواعية أو لا ، من قبل اللورد بوتويل ورجاله ونقلت إلى قلعة دنبار ، حيث ربما اغتصبها. في 6 مايو ، عادت ماري وبوتويل إلى إدنبرة وفي 15 مايو ، إما في قصر هوليروود أو دير هوليروود ، تزوجوا بالطقوس البروتستانتية. كان كل من ماري و زوجته الأولى ، جين جوردون ، التي كانت أخت اللورد هانتلي ، قد تطلقا قبل اثني عشر يومًا. اعتقدت ماري في الأصل أن العديد من النبلاء دعموا زواجها ، ولكن سرعان ما تدهورت العلاقات بين بوتويل المنتخب حديثًا (دوق أوركني) وأقرانه ، وأصبح الزواج غير شعبية للغاية. أثناء عودتها إلى إدنبرة في 24 يوليو 1578 ، تم سجن ماري في معتزلها ، حيث تم اعتباره
ابني