يُعتقد أن عائلة الحيتان الزرقاء قد انفصلت عن العائلات الأخرى من فرع Mysticeti منذ فترة طويلة مثل منتصف العصر الأوليغوسين (28 Ma ago). انفصل سلالة الحيتان الزرقاء عن الحيتان الزرقاء الأخرى خلال العصر المايوسين ، ما بين 7.5 و 10.5 مليون سنة مضت. ومع ذلك ، يبدو أن التدفق الجيني بين الأنواع استمر بعد ذلك التاريخ. يبدو أن الحوت الأزرق لديه أكبر تنوع جيني من أي حوت بالي ، وأعلى من متوسط التنوع بين الثدييات الحديثة. أكبر حوت زرقاء معروف علميا هو الحوت الأزرق هو حفرية جزئية في جنوب إيطاليا ، يعود إلى ما بين 1.25 و 1.49 مليون سنة مضت. يعتقد الباحثون أن تحليل الحيتان الزرقاء والحيتان الزرقاء قد تم تصنيفها بشكل تدريجي من خلال فصيلة الحيوانات البيضاء الأبيض في مكان ما قبل حوالي 300،000 سنة ، بما في ذلك الحيوانات البيضاء البيضاء البيضاء. يعتقد الباحثون أن تحليل الجيني بين
الحوت الحدباء، الحوت الزعانف، حوت برايد، الحوت الساي، والحوت المينك