العديد من البكتيريا غالباً ما تتغلب على الحواجز المادية عن طريق إفراز أنزيمات تهضم الحاجز، على سبيل المثال، باستخدام نظام إفراز من النوع الثاني. بدلاً من ذلك، باستخدام نظام إفراز من النوع الثالث، قد يقومون بإدخال أنبوب مجوف في الخلية المضيفة، مما يوفر طريقًا مباشرًا للبروتينات للتحرك من الجرثوم إلى الخلية المضيفة. غالبًا ما تستخدم هذه البروتينات لإغلاق دفاعات المضيف. استراتيجية التهرب التي تستخدمها العديد من الجراثيم لتجنب الجهاز المناعي الفطري هي الاختباء داخل خلايا المضيف (وتسمى أيضًا الوبائيات داخل الخلايا). هنا، يتطور الممرضات المرضية العديد من الطرق التي تسمح لهم بالنجاح في إصابة المضيف، مع تجنب الكشف أو التدمير من قبل الجهاز المناعي. تشمل البكتيريا الأخرى الحمائات البيئية الأخرى التي تمنع
الخلايا المناعية، الأجسام المضادة والكملة