في عام 2004، كان هناك ثلاثة جراحين فقط يخدمون جنوب السودان، مع ثلاثة مستشفيات مناسبة، وفي بعض المناطق كان هناك طبيب واحد فقط لكل 500،000 شخص. علم الأوبئة لفيروس نقص المناعة البشرية / الإيدز في جنوب السودان غير موثق بشكل جيد ولكن من المعتقد أن انتشارها حوالي 3.1٪. وفقًا لدراسة أجريت في عام 2013، فإن جنوب السودان "ربما يكون أعلى عبء الملاريا في أفريقيا جنوب الصحراء الكبرى". جنوب السودان هو واحد من البلدان القليلة التي لا تزال تحدث فيها المرض. في وقت اتفاقية السلام الشاملة لعام 2005، كانت احتياجات التمويل الإنساني في جنوب السودان ضخمة. ومع ذلك، فإن الاحتياجات الإنسانية في ظل قيادة الأمم المتحدة للمساعدات الإنسانية في جنوب السودان ارتفعت بشكل كبير إلى 2,053.9 لكل 100،000 ولادة حية. في منتصف كانون الثاني / يناير 2007، نجحت المنظمات غير الحكومية التابعة للأمم المتحدة في إعادة توفير ما يكفي من
جنوب السودان