في يناير وفبراير 1554، اندلعت تمرد وايات؛ سرعان ما تم قمعها. تم إحضار إليزابيث إلى المحكمة، واستجوبت بشأن دورها، وفي 18 مارس، سُجنت في برج لندن. احتجت إليزابيث بحماس على براءتها. على الرغم من أنه من غير المرجح أن تكون قد تآمر مع المتمردين، إلا أنه من المعروف أن بعضهم قد اقترب منها. جادل أقرب من يثق بها ماري، سفير تشارلز الخامس، سيمون رينارد، بأن عرشها لن يكون آمنًا طالما كانت إليزابيث على قيد الحياة؛ وعمل المستشار، ستيفن غاردنر، على محاكمة إليزابيث. أقنع أنصار إليزابيث في الحكومة، بما في ذلك اللورد باجيت، ماري بتوفير شقيقتها في غياب أدلة صلبة ضدها. بدلاً من ذلك، في 22 مايو، تم نقل إليزابيث من برج وودستوك إلى برج كراودستوك، حيث قضت ما يقرب
برج لندن