مع مرور القرن السادس عشر ، تخطت جهود إعادة الإعمار بعد ذلك جنبا إلى جنب مع الكالفينية كمدرسة تفكير سائدة ؛ وفقدت شخصيات مثل بول شيد ، جان غروتر ، مارتن أوبيتز ، وماتس ميريان دورها في الجامعة. جذبت العلماء من جميع أنحاء القارة وتطورت إلى مركز ثقافي وأكاديمي. ومع ذلك ، مع بداية حرب الثلاثين عامًا في عام 1618 ، تراجعت الثروة الفكرية والمالية للجامعة. في عام 1622 ، تم سرقة Bibliotheca Palatina (مكتبة الجامعة) الشهيرة في العالم آنذاك وأُخذت إلى روما. تمت إعادة بناء الجامعة بعد ذلك من قبل قوات الملك لويس الرابع عشر ، الذي دمرها بالكامل تقريبًا في عام 1693. نتيجة للإصلاح المضاد ، فقدت الجامعة البروتستانتية طابعها ، وقامرت تلقيها من قبل شخصيات مثل بول شيدل. في عام 1735 ،
الثروة الفكرية والمالية للجامعة انخفضت