في يناير 1964 ، وقعت تمرد في الثكنات العسكرية في جينجا ، ثاني مدينة في أوغندا وموطن للكتيبة الأولى لجيش أوغندا. كانت هناك تمردات مماثلة في دولتين أخريين في شرق أفريقيا ؛ طلبت الدول الثلاث دعم القوات من الجيش البريطاني. ومع ذلك ، قبل وصولهم ، أرسل أوبوتي وزير الدفاع فيليكس أوناما للتفاوض مع المتمردين. تم احتجاز أوناما كرهينة ، ووافق على العديد من المطالب ، بما في ذلك زيادات كبيرة في الأجور للجيش ، والترقية السريعة للعديد من الضباط ، بما في ذلك الرئيس المستقبلي. في عام 1965 ، تم منع الكينيين من المناصب القيادية داخل الحكومة ، وتبع ذلك إزالة الكينيين بشكل جماعي من أوغندا في عام 1969 ، تحت إشراف أوبوتي. تم إلقاء القبض على رئيس الوزراء أوبوتي في مؤامرة تهمة تهريبية فيدرالية ، مع إدي أمين ، نائب
أوقف الدستور وأعلن نفسه رئيسا في مارس 1966،