بعد وصول أدولف هتلر إلى السلطة، وأسس الرايخ الثالث، قام بنك الدويتشه بطرد ثلاثة من أعضاء مجلس إدارته اليهود في عام 1933. في السنوات التالية، شارك بنك الدويتشه في تأريان الشركات المملوكة لليهود؛ وفقًا لتاريخيه، شارك البنك في 363 مصادرة من هذا القبيل بحلول نوفمبر 1938. خلال الحرب، قام بنك الدويتشه بدمج بنوك أخرى وقعت في أيدي الألمان خلال احتلال أوروبا الشرقية. قام بنك الدويتشه بتوفير مرافق مصرفية للجستابو واقرض الأموال المستخدمة لبناء معسكر أوشفيتز ومرافق IG Farben القريبة. خلال الحرب العالمية الثانية، أصبح بنك الدويتشه مسؤولاً عن إدارة بنك الاتحاد البوهيمي في براغ، مع فروع في المحمية وسلوفاكيا، وبنك الرومانية في اسطنبول (الذي تم تقسيمه الآن إلى شركتين ماليتين
الرايخ الثالث