في فبراير 1567 ، تم تدمير مقر إقامة دارنلي بسبب انفجار ، وتم العثور عليه مقتولاً في الحديقة. يُعتقد عمومًا أن جيمس هيبورن ، إيرل بوتويل الرابع ، كان قد نظم موت دارنلي ، لكنه برئ من التهمة في أبريل 1567 ، وفي الشهر التالي تزوج من ماري. بعد انتفاضة ضد الزوجين ، سُجنت ماري في قلعة لوك ليفن. في 24 يوليو 1567 ، أُجبرت على التنازل لصالح ابنها البالغ من العمر عام واحد. بعد محاولة فاشلة لاستعادة العرش ، هربت جنوبًا بحثًا عن حماية ابن عمها الأول الذي تم إزالته ، الملكة إليزابيث الأولى من إنجلترا. كانت ماري قد ادعت عرش إليزابيث على أنه ملكها الخاص وكان يعتبر السيادة الشرعية لإنجلترا من قبل العديد من المشاركين الكاثوليكيين ، بما في ذلك المشاركين في تمرد يعرف باسم "إليزابيث ريتشيد" في أب
ماري