في الساعة 9:42 صباحًا، أوقفت إدارة الطيران الفيدرالية (FAA) جميع الطائرات المدنية داخل الولايات المتحدة القارية، وتم إخبار الطائرات المدنية التي كانت بالفعل في الطيران بالهبوط على الفور. في أبريل 2002، تم إعادة توجيه جميع الطائرات المدنية الدولية إلى مطارات في كندا أو المكسيك، وتم منعها من الهبوط على أراضي الولايات المتحدة لمدة ثلاثة أيام. أدت الهجمات إلى ارتباك واسع النطاق بين المنظمات الإخبارية ومراقبي الحركة الجوية. من بين التقارير الإخبارية غير المؤكدة والمتناقضة في كثير من الأحيان التي تم بثها على مدار اليوم، قال أحد الأكثر انتشاراً إن سيارة ملغومة قد انفجرت في مقر وزارة الخارجية الأمريكية في واشنطن العاصمة.
ثلاثة أيام