في 1 أكتوبر 2003 ، تم دمج ثلاث منظمات لتشكيل JAXA الجديدة: معهد اليابان للعلوم الفضائية والفلكية (ISAS) ، ومختبر الفضاء الوطني في اليابان (NAL) ، والوكالة الوطنية لتطوير الفضاء في اليابان (NASDA). تم تشكيل JAXA كمؤسسة إدارية مستقلة تديرها وزارة التعليم والثقافة والرياضة والعلوم والتكنولوجيا (MEXT) ووزارة الشؤون الداخلية والاتصالات (MIC). قبل الاندماج ، كانت ISAS مسؤولة عن أبحاث الفضاء والكواكب ، بينما ركزت NAL على أبحاث الطيران. كان NASDA ، التي تأسست في 1 أكتوبر 1969 ، قد طورت الصواريخ والأقمار الصناعية ، كما تم بناء الوحدة التجريبية اليابانية القديمة. كان مقر NASDA يقع في موقع مركز Tanegashima الفضائي الحالي ، على جزيرة Tanegashima ، على بعد 115 كيلومترًا جنوبًا من رئيس الوزراء
1 أكتوبر 2003