في عام 1997، أعلنت جزر أنجوان وموهلي استقلالها عن جزر القمر. فشلت محاولة لاحقة من قبل الحكومة لاستعادة السيطرة على الجزر المتمردة بالقوة، وفي الوقت الحاضر يقوم الاتحاد الأفريقي بالتوسط في المفاوضات لإحداث مصالحة. هذه العملية قد اكتملت إلى حد كبير، على الأقل من الناحية النظرية. وفقًا لبعض المصادر، عاد موهلي إلى السيطرة الحكومية في عام 1998. في عام 1999، واجهت أنجوان صراعات داخلية وفي 1 أغسطس من ذلك العام، استقال أول رئيس عمره 80 عامًا فوندي عبد الله إبراهيم، ونقل السلطة إلى منسق وطني، آبي سعيد. تم الإطاحة بالحكومة في انقلاب من قبل الجيش والقوات البحرية في 9 أغسطس 2001. سرعان ما صعد محمد باكاري إلى قيادة المجلس الذي تولى القيادة وبحلول نهاية الشهر كان زعيمًا للبلاد. على الرغم من محاولات الثلاثة التي خاض
عام 1997