في عام 637، بعد فترة وجيزة من استيلاء جيوش المسلمين على القدس، وعد عمر بن الخطاب، الخليفة الثاني، بأن كنيسة الميلاد ستحفظ للاستخدام المسيحي. تم بناء مسجد مخصص لعمر على المكان في المدينة حيث صلّى، بجانب الكنيسة. ثم مرت بيت لحم تحت سيطرة الخلافات الإسلامية للأمويين في القرن الثامن، ثم العباسيين في القرن التاسع. سجّل جغرافي فارسي في منتصف القرن التاسع أن كنيسة محمية ومقدسة كانت موجودة في البلدة. في عام 985، زار الجغرافي العربي المقدسي، ووصف كنيستها بأنها "كنيسة قسطنطينية، التي لا تساوي الكنيسة المسيحية في أي مكان في البلاد". في عام 1009، في عهد الملك الفاطمي السادس في مملكة بيت لحم، تم بناء مسجد مخصص لعمر على المكان في المدينة حيث صلّى عليه، إلى جانب بيت لحم. ومع ذلك، تم إزالة بيت
رجال الدين اللاتينيين