يعد الصدع سان أندرياس مسؤولاً عن الكثير من النشاط الزلزالي، على الرغم من أنه لا يمر جسدياً عبر المدينة نفسها. تسبب صدع سان أندرياس في الزلازل في عامي 1906 و 1989. تحدث الزلازل الطفيفة بشكل منتظم. يلعب خطر الزلازل الكبرى دوراً كبيراً في تطوير البنية التحتية للمدينة. قامت المدينة ببناء نظام إمدادات مياه مساعد ورفعت مراراً وتكراراً رموز البناء الخاصة بها، مما يتطلب إعادة تجهيز المباني القديمة ومعايير هندسية أعلى للبناء الجديد. ومع ذلك، لا يزال هناك آلاف المباني الأصغر التي لا تزال عرضة للتلفات الزلزالية. أصدرت USGS نموذج توقعات الزلزال في كاليفورنيا الذي يحدد حدوث الزلازل في كاليفورنيا. نمت خطوط شاطئ سان فرانسيسكو إلى ما وراء حدودها الطبيعية. تم بناء أحياء مثل Mission Bay، Marina Bay، Hunters Point، و
المواد التي تم تجفيفها من الخليج وكذلك المواد الناتجة عن حفر نفق يربا بوينا