في عام 2002، تزوج ماكارتني من هيثر ميلز، وهي عارضة أزياء سابقة ونشطة مناهضة للألغام الأرضية. في عام 2003، أنجبا طفلاً، بياتريس ميلي، سمي على شرف والدة ميلز الراحلة، وأحد عمتي ماكارتني. انفصلوا في أبريل 2006 وتطلقا بشدة في مارس 2008. في عام 2004، علّق على عداء وسائل الإعلام تجاه شركائه: "لم يعجب [الجمهور البريطاني] أن أتخلى عن جين آشر... تزوجت [ليندا] ، وهي مطلقة من نيويورك ولديها طفل، وفي ذلك الوقت لم يعجبوا ذلك". سؤال: في أي سنوات انفصل ماكارتني وميليس؟
عام 2006