저는 2017. 6. 29. 세무서장에게 부가가치세 부과처분에 대한 이의신청을 하자, 세무서장은 재조사 후 부가가치세 부분을 유지한다는 내용의 후속 처분을 하고, 2017. 10. 24. 저에게 이를 통지하였습니다. 이에 저는 2017. 10. 28. 국세청장에게 이 사건 심사청구를 하였습니다. 세무서장은 저의 청구는 90일 이내에 제기되지 않은 것으로 부적법하다고 주장합니다. 세무서장의 주장이 맞는 것인가요?
구 국세기본법 제65조 제1항, 제66조 제6항, 제81조는 이의신청 등에 대한 결정에 관하여 ‘이의신청 등이 신청기간 또는 청구기간이 경과한 후에 있었거나 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 신청이나 청구를 각하하는 결정을, 이의신청 등이 이유 없다고 인정되는 때에는 그 신청이나 청구를 기각하는 결정을, 이의신청 등이 이유 있다고 인정되는 때에는 그 신청이나 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 또는 필요한 처분의 결정을 한다’고 규정하고 있습니다.동법 제56조 제3항 본문, 제61조 제2항 본문, 제68조 제2항은 ‘이의신청을 거친 후 심사청구 또는 심판청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 하고, 행정소송은 행정소송법 제20조의 규정에 불구하고 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 규정하고 있습니다.그런데 이의신청 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 처분청으로 하여금 하나의 과세단위의 전부 또는 일부에 관하여 당해 결정에서 지적된 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하거나 당초 처분을 유지하는 등의 후속 처분을 하도록 하는 형식을 취하고 있습니다.이에 따라 재조사결정을 통지받은 이의신청인 등은 그에 따른 후속 처분의 통지를 받은 후에야 비로소 다음 단계의 쟁송절차에서 불복할 대상과 범위를 구체적으로 특정할 수 있게 됩니다. 위와 같은 사정 등을 감안하면, 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다고 볼 수밖에 없습니다. 그렇다면 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이고, 재조사결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소기간은 이의신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산된다고 봄이 상당할 것인바, 질의자 분의 취소청구는 적법하다고 할 것입니다. (대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결)