갑은 1987년도에 그 소유 토지 중 5필지를 양도하고 관할세무서에 인천 북구청장이 발행한 농지세미과세증명과 허위로 작성된 자경확인서를 제출하여 현지 상황을 모르는 관할세무서장으로 하여금 갑이 8년 이상 자경하였다고 사실을 오인케 하여 양도소득세 비과세결정을 받았습니다. 그러나 1988년도에 나머지 소유 토지 6필지를 양도하는 과정에서 부동산투기혐의자로 분류되어 실지조사를 한 결과 8년 이상 자경한 사실이 없음이 확인되어 양도소득세부과처분이 내려졌습니다. 이 경우 갑은 농지과세증명이나 미과세증명만으로 비과세 처리하는 것이 국세행정의 확립된 관행이라는 이유로 과세처분결정의 취소를 구할 수 있는가요?
국세기본법 제18조 제3항에서는 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.”고 규정하고 있습니다. 위 비과세관행 규정의 해석과 관련하여 대법원 판례는 ‘국세기본법 제18조 제3항 에서 말하는 비과세관행이 성립되었다고 하려면 상당한 기간에 걸쳐 그 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재하여야 할 뿐 아니라 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하는 것이고(당원 1990.10.10. 선고, 89누3816 판결 참조), 과세관청이 비과세대상에 해당하는 것으로 잘못 알고 일단 비과세결정을 하였으나 그 후 과세표준과 세액의 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는, 이를 조사하여 결정할 수 있다 할 것이다.’는 입장입니다. 법원은 질문 내용과 같은 주장에 대하여 ‘세무서장이 제출된 을류농지세미과세증명과 허위로 작성된 자경확인서에 의하여 각 8년 이상 자경한 농지의 양도로 오인하여 비과세 결정을 하였다가 그 후에 실지조사로 비자경 농지의 양도였음이 밝혀져 각 양도소득에 대하여 과세처분을 한 경우, 위와 같이 농지세과세 증명이나 미과세증명 만으로 비과세 처리하는 것이 국세행정의 확립된 관행이라고 할 수 없으며, 과세관청이 위와 같은 경위로 비과세 결정을 번복하고 다시 과세처분을 한 사실만 가지고 그 과세처분이 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다고 할 수 없다.’고 판시하여 결국 갑의 양도소득세부과처분의 취소 주장을 배척하였습니다(대법원 1991. 10. 22. 선고 90누9360 전원합의체 판결). 따라서 갑은 농지과세증명이나 미과세증명만으로 비과세 처리하는 것이 국세행정의 확립된 관행이라는 이유로 국세기본법 제18조 제3항에 근거하여 과세처분결정의 취소를 구할 수는 없습니다.