제가 운영하는 甲인주식회사가 인테리어 업체들에서 세금계산서를 교부받았는데, 세금계산서의 ‘상호’란에는 인테리어 업체들의 상호가, ‘성명’란에는 인테리어 업체들을 실제 운영하는 乙 대신 乙에게 명의를 대여한 丙 등의 성명이 기재되어 있었습니다.  甲 회사 등이 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였습니다. 그런데 ??세무서에서는 위 세금계산서는 공급자의 기재가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 甲 회사에 부가가치세 등 부과처분을 하였습니다. 그런데 과세관청이 타인 명의로 사업자등록을 한 자가 발행한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 거래상대방에게 부가가치세를 과세한 사례가 거의 없었습니다. 이에 대하여 다툴 수 있을까요?
부가가치세법 제 32조 제1항 제1호는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 하나로 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭을 규정하고 있고, 동법 제39조 제1항 제2호는. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 공제할 수 있도록 하고 있고 그 위임에 따라 부가가치세법 시행령 제75조 제2호는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우를 공제가 허용되는 사유로 들고 있습니다. 그러나 위 세금계산서는 ‘공급하는 사업자의 성명’이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당하고 위 시행령 상 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적힌 경우에 해당하지 아니하므로 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없다고 보여집니다.      한편, 대법원 견해에 의하면 국세기본법 제18조 제3항 에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라,과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하며,묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 합니다( 대법원 2012.12.13.선고 2011두3913판결 등 참조).  과세관청이 타인 명의로 사업자등록을 한 자가 발행한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 거래상대방에게 부가가치세를 과세한 사례가 거의 없었다는 사정만으로는 과세관청이 이러한 경우 과세하지 않는다는 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시한 것으로 볼 수 없으므로, 과세관청의 비과세관행이 성립되었다고 볼 수 없다고 할 것이어서 위 부과처분에 관하여 다투기는 어렵다고 보여집니다(대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두43077 판결)