검사는 甲을 단순절도죄로 기소하였고, 이후 甲의 나머지 절도 범행을 상습절도죄로 추가 기소하였습니다. 그러나 재판과정에서 전후에 기소된 범죄사실이 모두 포괄하여 상습절도죄 일죄를 구성하는 것으로 밝혀졌습니다. 이러한 경우에 법원은 어떻게 판단하는지요? 
검사가 단순일죄라고 하여 특수절도 범행을 먼저 기소하고 포괄일죄인 상습특수절도 범행을 추가기소하였으나 심리과정에서 전후에 기소된 범죄사실이 모두 포괄하여 상습특수절도인 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(절도)의 일죄를 구성하는 것으로 밝혀진 경우에는, 검사로서는 원칙적으로 먼저 기소한 사건의 범죄사실에 추가기소의 공소장에 기재한 범죄사실을 추가하여 전체를 상습범행으로 변경하고 그 죄명과 적용법조도 이에 맞추어 변경하는 공소장변경 신청을 하고 추가기소한 사건에 대하여는 공소취소를 하는 것이 형사소송법의 규정에 충실한 처리라고 할 것입니다.  그러나 위와 같이 포괄일죄를 구성하는 일부 범죄사실이 먼저 단순일죄로 기소된 후 그 나머지 범죄사실이 포괄일죄로 추가기소되고 단순일죄의 범죄사실도 추가 기소된 포괄일죄를 구성하는 행위의 일부임이 밝혀진 경우라면, 위 추가기소에 의하여 전후에 기소된 각 범죄사실 전부를 포괄일죄로 처벌할 것을 신청하는 취지가 포함되었다고 볼 수 있어 공소사실을 추가하는 등의 공소장변경과는 절차상 차이가 있을 뿐 그 실질에 있어서 별 차이가 없으므로, 위의 경우에 검사의 석명에 의하여 추가기소의 공소장의 제출은 포괄일죄를 구성하는 행위로서 먼저 기소된 공소장에 누락된 것을 추가 보충하고 죄명과 적용법조를 포괄일죄의 죄명과 적용법조로 변경하는 취지의 것으로서 1개의 죄에 대하여 중복하여 공소를 제기한 것이 아님이 분명하여진 경우에는 법원은 위의 추가기소에 의하여 공소장변경이 이루어진 것으로 보아 전후에 기소된 범죄사실 전부에 대하여 실체판단을 하여야 하고 추가기소에 대하여 공소기각판결을 할 필요가 없을 것입니다(대법원 1996. 10. 11. 선고 96도1698 판결, 대법원 1993. 10. 22. 선고 93도2178 판결).   따라서, 위 사안에서 법원으로서는 석명권을 행사하여 검사로 하여금 추가기소의 진정한 취지를 밝히도록 한 후 만일 그 취지가 일죄에 대한 이중기소가 아니라 포괄일죄의 죄명과 적용법조로 공소장을 변경하는 취지임이 분명한 경우라면 그 범죄사실 전체에 대하여 실체판단을 하게 될 것입니다.