甲외국법인은 특수한 공법에 의한 수질오염물질처리 장치 및 기술을 수반하는 사업이 조세감면대상에 해당하는 사업에 해당하는지 기획재정부장관에게서 사전확인통보를 받아乙주식회사를 설립하였습니다. 이후 乙주식회사는 위 사업에 관한 甲외국법인의 투자에 대해 조세감면결정을 받고, 또 다시 甲외국법인의 추가투자에 대해 조세감면신청을 하였으나 기획재정부장관이 위 사업에 수반된 기술이 더 이상 조세감면대상에 해당하는 기술이 아니라는 이유로 조세감면신청을 거부하였습니다. 기획재정부장관은 위 사업이 조세감면대상에 해당한다는 견해표명을 하였으므로 이를 신뢰하고 이루어진 투자는 조세감면대상에 해당되어야 하는 것이 아닌가요?
행정기관의 공적인 견해표명에 대하여 이를 신뢰한 자는 신뢰보호의 원칙에 따라 보호되어야 하지만, 신뢰보호의 원칙에도 어느 정도 한계가 존재합니다. 대법원은 “일반적으로 조세법률관계에서 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명한 경우 그에 반하는 과세관청의 행위에 대하여는 신의성실의 원칙이 적용될 수 있지만, 이는 과세관청이 공적인 견해를 표명할 당시의 사정이 그대로 유지됨을 전제로 하는 것이 원칙이므로 사후에 그와 같은 사정이 변경된 경우에는 그 공적 견해는 더 이상 납세자에게 신뢰의 대상이 된다고 보기 어려운 만큼 특별한 사정이 없는 한 과세관청이 그 견해표명에 반하는 처분을 하더라도 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 수 없다(대법원 2011. 5. 13. 선고 2008두19659 판결).”고 하여 사정변경을 신뢰보호의 원칙에 한계로 보고 있습니다. 따라서 기획재정부장관의 사전확인통보로서 보호되는 신뢰는 사전변경이 이루어지기 전의 투자에 대한 조세감면까지이고, 사정변경으로 기술이 더 이상 조세감면대상에 해당하지 않게 된 이후의 추가투자는 신뢰보호의 대상에 해당하지 않는다고 할 것입니다.