L'ara de Spix est victime de la déforestation de la forêt amazonienne, qui détruit son habitat, mais aussi du braconnage : cet oiseau a été beaucoup piégé, et capturé dans la nature, pour être vendu comme oiseau d'ornement.
L'ara de Spix a toujours été rare dans la nature : à l'époque de von Spix, l'explorateur zoologiste allemand qui les a découverts, on n'a déjà pu en observer qu'un peu plus d'une centaine dans leur milieu naturel. 