L'ara de Spix est victime de la déforestation de la forêt amazonienne, qui détruit son habitat, mais aussi du braconnage : cet oiseau a été beaucoup piégé, et capturé dans la nature, pour être vendu comme oiseau d'ornement.
Tous ces éléments ont conduit l'espèce au bord de l'extinction : dans les années 1980, il ne restait plus que quelques aras de Spix dans la nature. 
De plus, l'introduction au Brésil de l'abeille africanisée (ou abeille tueuse) met également en danger l'oiseau : très agressives, les abeilles installent leurs ruches dans les mêmes trous d'arbre que les aras utilisent pour leurs nids, et les attaquent pour cela.