La colonie est alors rebaptisée Nouvelle-Amsterdam, en référence à la grande ville néerlandaise. 
Cependant, au même moment, les Néerlandais entrent en conflit avec les colons anglais. 
Environ trente ans plus tard, en 1653, le gouverneur Peter Stuyvesant dote la colonie d’une charte urbaine et d’une autorité administrative pour la diriger : Nouvelle-Amsterdam devient ainsi une véritable municipalité.