L'ara de Spix a toujours été rare dans la nature : à l'époque de von Spix, l'explorateur zoologiste allemand qui les a découverts, on n'a déjà pu en observer qu'un peu plus d'une centaine dans leur milieu naturel. 
De plus, l'introduction au Brésil de l'abeille africanisée (ou abeille tueuse) met également en danger l'oiseau : très agressives, les abeilles installent leurs ruches dans les mêmes trous d'arbre que les aras utilisent pour leurs nids, et les attaquent pour cela.
L'ara de Spix est victime de la déforestation de la forêt amazonienne, qui détruit son habitat, mais aussi du braconnage : cet oiseau a été beaucoup piégé, et capturé dans la nature, pour être vendu comme oiseau d'ornement.