text:
XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis)
Chia sẻ: G G | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:83
lượt xem 18
download
XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis)
Sự phát triển của ngành công nghệ thông tin trong những thập kỷ qua đã góp phần cải thiện chất lƣợng cuộc sống con ngƣời. Máy tính đã có mặt trong hầu hết các ngành khoa học, hỗ trợ con ngƣời giải quyết những công việc khó khăn và nhiều thời gian. Công nghệ sinh học đƣợc xem là ngành khoa học mũi nhọn của thế kỷ XXI. Với sự ra đời của kỹ thuật giải trình tự, nhiều bộ gene của sinh vật đã đƣợc giải mã, tạo ra một lƣợng dữ liệu sinh học khổng lồ. Điều này...
Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!
Nội dung Text: XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis)
- BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** LÊ VĂN TÁM XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis) Luận văn kỹ sƣ Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Thành phố Hồ Chí Minh -2006-
- BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis) Luận văn Kỹ sƣ Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Giáo viên hƣớng dẫn Sinh viên thực hiện TS. TRẦN THỊ DUNG LÊ VĂN TÁM LƢU PHÚC LỢI Thành phố Hồ Chí Minh -2006-
- MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING NONG LAM UNIVERSITY, HCMC DEPARTMENT OF BIOTECHNOLOGY ************ CONSTRUCT DATABASE OF 16S AND 23S RIBOSAMAL RNA GENE IN BACTERIA – APPLICATION THE DATABASE FOR DETECTION BACTERIAL MENINGITIS Graduation thesis Major: Biotechnology Professor Student Ph.D. TRAN THI DUNG LE VAN TAM LUU PHUC LOI Ho Chi Minh City -2006-
- LỜI CẢM ƠN Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến: Ban Giám hiệu trƣờng Đại học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh, Ban chủ nhiệm Bộ môn Công nghệ Sinh học, cùng tất cả quý thầy cô đã truyền đạt kiến thức cho tôi trong suốt quá trình học tại trƣờng. TS. Trần Thị Dung và Cử Nhân Lƣu Phúc Lợi đã tận tình hƣớng dẫn, giúp đỡ tôi trong thời gian làm khóa luận tốt nghiệp. Xin gởi lời cảm ơn đến tập thể lớp Công Nghệ Sinh Học K28 đã động viên, giúp đỡ và luôn ở bên cạnh tôi trong những lúc vui buồn. Cha mẹ kính yêu đã nuôi nấng, dạy dỗ và động viên để con có thể đạt đƣợc thành quả nhƣ ngày hôm nay. Thành phố Hồ Chí Minh, ngày…tháng…năm 2006 Sinh viên LÊ VĂN TÁM iii
- TÓM TẮT KHÓA LUẬN LÊ VĂN TÁM, Đại học Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh. Tháng 8/2006. “XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitidis)” Hội đồng hƣớng dẫn: – TS. Trần Thị Dung – Cử nhân Lƣu Phúc Lợi Khóa luận đƣợc thực hiện tại bộ môn Công Nghệ Sinh Học - Trƣờng Đại Học Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh, từ tháng 1/2006 đến 8/2006. Với sự phát triển của kỹ thuật sinh học phân tử, một số lƣợng lớn các gene 16S và 23S rRNA đã đƣợc giải trình tự. Những trình tự gene này đƣợc lƣu trữ trong CSDL sinh học lớn nhƣ NCBI, EMBL, DDBj…Vì các CSDL này quá lớn và chứa rất nhiều thông tin khác nhau, không tập trung cho một đối tƣợng cụ thể nên khó có thể thực hiện việc truy xuất các thông tin phục vụ trực tiếp cho một nghiên cứu chuyên biệt. Do vậy, mục tiêu của đề tài là tiến hành xây dựng cơ sở dữ liệu hai gene 16S và 23S rRNA ở vi khuẩn và ứng dụng CSDL này để phát hiện các loài vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ. Để đạt đƣợc mục tiêu trên, khóa luận cần đảm bảo thực hiện những nội dung nhƣ sau: Dùng Perl script để thu nhận các mẫu tin của hai gene từ trang CSDL GenBank (CSDL nucleotide của NCBI). Tiếp tục sử dụng Perl script tách các mẫu tin thu nhận đƣợc thành từng phần riêng biệt nhƣ accession number (mã số truy cập), gi, definition, sequence (trình tự của gene)… Thiết kế CSDL dựa vào mô hình dữ liệu quan hệ. Dùng Perl script để chuyển tự động các thông tin tách đƣợc ở bƣớc trên vào CSDL. Sử dụng giao thức CGI kết hợp với ngôn ngữ lập trình Perl để thiết kế trang web CSDL về hai gene 16S và 23S rRNA ở các loài vi khuẩn. iv
- Sử dụng trình tự của hai gene 16S và 23S rRNA trong CSDL để thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát hiện và phân biệt các tác nhân gây bệnh viêm màng não mủ. Đề tài đã đạt đƣợc những kết quả nhƣ sau: Đã thu thập đƣợc 2825 mẫu tin về gene 16S rRNA và 305 mẫu tin về gene 23S rRNA từ cơ sở dữ liệu GenBank (NCBI). Tạo đƣợc CSDL của hai gene 16S và 23S rRNA tích hợp với web. Trang web CSDL của hai gene và gồm có 5 trang chính: HOME, SEARCH, TOOL, LINK, ABOUT. Từ các trang web này, ngƣời sử dụng có thể truy xuất thông tin, tìm kiếm trình tự, so sánh một trình tự quan tâm với các trình tự trong CSDL (alignment, BLAST)… Ngoài ra, những trang web chính này còn kết nối đến những trang phụ khác để cung cấp các tiện ích cho ngƣời dùng. Thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát hiện các tác nhân gây bệnh viêm màng não mủ bằng chƣơng trình thiết kế mồi Primrose. v
- MỤC LỤC Nội dung Trang LỜI CẢM ƠN ............................................................................................................. iii TÓM TẮT KHÓA LUẬN .......................................................................................... iv MỤC LỤC ................................................................................................................... vi DANH SÁCH CÁC BẢNG VÀ SƠ ĐỒ ......................................................................x DANH SÁCH CÁC HÌNH ......................................................................................... xi DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT .................................................................... xiii PHẦN 1: MỞ ĐẦU .......................................................................................................1 1.1. ĐẶT VẤN ĐỀ ......................................................................................................... 1 1.2. MỤC ĐÍCH ............................................................................................................. 2 1.3. YÊU CẦU ................................................................................................................ 2 PHẦN 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU ............................................................................3 2.1. SƠ LƢỢC VỀ CƠ SỞ DỮ LIỆU .......................................................................... 3 2.1.1. Định nghĩa .................................................................................................................. 3 2.1.2. Hệ quản trị CSDL (Database Management System – DBMS) ....................... 3 2.1.3. Các mô hình dữ liệu ................................................................................................. 3 2.2. NGÔN NGỮ LẬP TRÌNH PERL, MẠNG INTERNET VÀ WEB ................... 3 2.2.1. Perl ............................................................................................................................... 3 2.2.1.1. Tóm tắt lịch sử phát triển................................................................................. 3 2.2.1.2. Ứng dụng.............................................................................................................. 4 2.2.1.3. Một số module của Perl thƣờng đƣợc sử dụng............................................ 4 2.2.2. Giới thiệu về mạng Internet ................................................................................... 5 2.2.3. Tích hợp CSDL với web dùng CGI ...................................................................... 5 2.3. CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC ............................................................................... 6 2.3.1. NCBI (National Center for Bioinformatic Information) ................................. 6 2.3.1.1. Vài nét về NCBI .................................................................................................. 6 2.3.1.2. Một số cơ sở dữ liệu trong NCBI .................................................................... 7 2.3.1.3. Một số công cụ trong NCBI ............................................................................. 7 2.3.2. EBI (European Bioinformatics Institute) ........................................................... 8 vi
- 2.3.2.1. Vài nét về EBI ..................................................................................................... 8 2.3.2.2. Một số cơ sở dữ liệu trong EBI ....................................................................... 8 2.3.2.3. Một số công cụ hỗ trợ phân tích trình tự sinh học ..................................... 9 2.3.3. SIB (Swiss Institute of Bioinformatics) ............................................................... 9 2.3.4. DDBJ (DNA Data Bank Japan) và PDBj (Protein Database Japan) ......... 10 2.4. BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ .......................................................................... 12 2.4.1. Sơ lƣợc về bệnh viêm màng não mủ................................................................... 12 2.4.1.1. Định nghĩa ......................................................................................................... 12 2.4.1.2. Bệnh theo lứa tuổi ............................................................................................ 12 2.4.1.3. Các con đƣờng xâm nhiễm của vi khuẩn gây bệnh .................................. 13 2.4.2. Các triệu chứng biểu hiện lâm sàng của bệnh ................................................. 13 2.4.2.1. Những triệu chứng giai đoạn khởi phát ...................................................... 13 2.4.2.2. Biểu hiện lâm sàng của viêm màng não mủ ............................................... 13 2.4.3. Hậu quả của bệnh trên những đối tƣợng bị lây nhiễm .................................. 15 2.4.4. Tình hình bệnh viêm màng não mủ trên thế giới và Việt Nam ................... 15 2.5. VI KHUẨN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ .......................................... 16 2.6. CÁC PHƢƠNG PHÁP XÉT NGHIỆM BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ ...... 18 2.6.1. Phƣơng pháp chẩn đoán lâm sàng ..................................................................... 18 2.6.2. Phƣơng pháp xét nghiệm vi khuẩn học ............................................................. 18 2.6.3. Phƣơng pháp miễn dịch học ................................................................................ 19 2.6.4. Phƣơng pháp tế bào học ....................................................................................... 19 2.6.5. Phƣơng pháp sinh hoá ........................................................................................... 19 2.6.5.1. Đƣờng trong dịch não tủy .............................................................................. 19 2.6.5.2. Đạm trong dịch não tủy .................................................................................. 19 2.6.5.3. Phƣơng pháp khảo sát nồng độ lactate ....................................................... 20 2.6.6. Phƣơng pháp chụp cắt lớp – CT (computer tomography) ........................... 20 2.6.7. Phƣơng pháp xét nghiệm dựa vào kỹ thuật PCR ........................................... 20 2.7. KỸ THUẬT PCR VÀ ỨNG DỤNG TRONG VIỆC PHÁT HIỆN TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ ....................................................................... 20 2.7.1. Nguyên tắc của kỹ thuật PCR ............................................................................. 20 2.7.2. Quy trình của phản ứng PCR .............................................................................. 21 2.7.3. Seminested PCR/ Multiplex PCR ....................................................................... 22 vii
- 2.7.3.1. Seminested PCR ............................................................................................... 22 2.7.3.2. Multiplex PCR .................................................................................................. 22 2.7.4. Ứng dụng kỹ thuật PCR trong việc phát hiện vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ. ..................................................................................................................... 22 2.8. GENE 16S rRNA VÀ 23S rRNA .......................................................................... 24 2.8.1. RNA ribosome (rRNA) – Cấu trúc ribosome .................................................. 24 2.8.2. Gene 16S rRNA thƣớc đo tiến hóa ...................................................................... 25 2.8.3. Gene 23S rRNA ....................................................................................................... 28 2.9. ĐIỀU TRỊ BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ BẰNG KHÁNG SINH ............... 28 PHẦN 3: PHƢƠNG PHÁP VÀ CÁC CHƢƠNG TRÌNH SỬ DỤNG ..................29 3.1. CÁC CHƢƠNG TRÌNH VÀ NGÔN NGỮ LẬP TRÌNH ĐƢỢC SỬ DỤNG 29 3.1.1. Hệ điều hành............................................................................................................ 29 3.1.2. Các chƣơng trình phân tích trình tự ................................................................. 29 3.1.2.1. Chƣơng trình so sánh trình tự ClustalW.................................................... 29 3.1.2.2. Chƣơng trình tìm kiếm các trình tự tƣơng đồng – BLAST ................... 30 3.1.3. Hệ quản trị CSDL quan hệ MySQL .................................................................. 30 3.1.4. Apache web server ................................................................................................. 31 3.1.5. Ngôn ngữ lập trình Perl và các gói sử dụng ..................................................... 31 3.1.6. Chƣơng trình thiết kế mồi Primrose 2.17 ......................................................... 32 3.2. PHƢƠNG PHÁP .................................................................................................. 33 3.2.1. Thu nhận các mẫu tin chứa trình tự và thông tin liên quan của hai gene 16S và 23S rRNA ............................................................................................................... 33 3.2.3. Thiết kế CSDL gene 16S và 23S rRNA .............................................................. 38 3.2.3.1. Phân tích dữ liệu .............................................................................................. 38 3.2.3.2. Thiết kế CSDL dạng bảng .............................................................................. 39 3.2.3.3. Lƣu trữ các thông tin vào CSDL .................................................................. 41 3.2.4. Tích hợp CSDL gene 16S rRNA và 23S rRNA với trang web ...................... 42 3.3. Thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát hiện vi khuẩn viêm màng não ............. 42 3.3.1 Thiết kế mồi dựa trên trình tự gene 16S rRNA ................................................ 43 3.3.2. Thiết kế mồi dựa trên trình gene 23S rRNA .................................................... 47 3.3.3. Nhiệt độ nóng chảy của mồi ................................................................................. 51 PHẦN 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ...................................................................52 viii
- 4.1. Kết quả thu nhận các mẫu tin chứa trình tự và thông tin liên quan của hai gene 16S và 23S rRNA ................................................................................................. 52 4.2. CSDL gene 16S và 23S rRNA .............................................................................. 52 4.3. Trang web thể hiện thông tin CSDL gene 16S và 23S rRNA ............................ 52 4.3.1. Trang thông tin chung về CSDL gene 16S và 23S rRNA (Home Page) ..... 54 4.3.2. Trang tìm kiếm (Search Page) ............................................................................ 55 4.3.3. Trang công cụ (Tool Page) ................................................................................... 58 4.3.4. Trang Meningitidis ................................................................................................ 60 4.4. Kết quả thiết kế mồi phát hiện các tác nhân viêm màng màng não mủ ......... 60 PHẦN 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ........................................................................63 PHẦN 6: TÀI LIỆU THAM KHẢO .........................................................................64 PHỤ LỤC ix
- DANH SÁCH CÁC BẢNG VÀ SƠ ĐỒ Trang Bảng 2.1. Tóm tắt tác nhân gây bệnh theo lứa tuổi ...................................................... 12 Bảng 2.2. Dấu hiệu và triệu chứng của bệnh viêm màng não mủ ................................ 14 Bảng 2.3. Các nhóm kháng sinh đặc trị vi khuẩn viêm màng não mủ ......................... 28 Bảng 3.1. Các đối tƣợng phụ dựa trên đối tƣợng chính sinh vật .................................. 38 Bảng 3.2. Các đối tƣợng phụ dựa trên đối tƣợng chính trình tự .................................. 39 Sơ đồ tóm tắt quá trình thu nhận mẫu tin của hai gene 16S và 23S rRNA ................... 33 Sơ đồ các đối tƣợng chính trong CSDL hai gene 16S và 23S rRNA ............................ 38 Sơ đồ chi tiết các bảng quan hệ .................................................................................... 40 Sơ đồ cấu trúc các trang web thể hiện thông tin CSDL gene 16S và 23S rRNA .......... 53 x
- DANH SÁCH CÁC HÌNH Trang Hình 2.1. Tƣơng tác giữa Perl script-DBI-DBD và RBDMS ........................................ 5 Hình 2.2. Tƣơng quan giữa NCBI, NLM (National Library of Medicine) và NIH ....... 6 Hình 2.3. Một số cơ sở dữ liệu trong EBI ..................................................................... 9 Hình 2.4. Ba cơ sở dữ liệu nucleotide (GenBank – EMBL – DDB) và công cụ tìm kiếm tƣơng ứng ............................................................................................................. 11 Hình 2.5. Sự hợp nhất của ba cơ sở dữ liệu MSD, PDBj, PDB ................................... 11 Hình 2.6. Quy trình phản ứng PCR .............................................................................. 21 Hình 2.7. Thành phần cấu tạo của ribosome ở prokaryote ........................................... 25 Hinh 2.8. Vị trí và kích thƣớc của 16S và 23S rRNA trong bộ gene vi khuẩn ............. 27 Hình 3.1. Tìm kiếm bằng từ khóa trong trang Home Page của NCBI ......................... 34 Hình 3.2. Trang kết quả tìm kiếm bằng từ khóa cho gene 16S rRNA .......................... 34 Hình 3.3. Kết quả tìm kiếm thể hiện ở dạng text ......................................................... 35 Hình 3.4. File text chứa mã số truy cập ........................................................................ 35 Hình 3.5. Tất cả mẫu tin của gene 16S rRNA ............................................................... 36 Hình 3.6. Một mẫu tin của gene 16S rRNA có mã số truy cập AB016268 .................. 37 Hình 3.7. Thiết kế CSDL ở mức vật lý ........................................................................ 41 Hình 3.8. Tiến trình lấy thông tin từ CSDL hai gene ở vi khuẩn ................................. 42 Hình 3.9. Tạo CSDL trình tự gene 16S rRNA ở các vi khuẩn viêm màng não mủ ...... 43 Hình 3.10. Chọn trình tự đích trong thiết kế mồi phát hiện Streptococcus pneumoniae dựa trên gene 16S rRNA. .............................................................................................. 43 Hình 3.11. Xác định các thông số cho mồi và số lƣợng mồi đƣợc tạo ra trên trình tự đích 16S rRNA .............................................................................................................. 44 Hinh 3.12. Danh sách các mồi thiết kế đƣợc trên 16S rRNA ....................................... 44 Hình 3.13. Vị trí bắt cặp của mồi xuôi trên trình tự đích 16S rRNA ............................ 45 Hình 3.14. Vị trí bắt cặp của mồi ngƣợc trên trình tự đích 16S rRNA ......................... 46 Hinh 3.15. Kiểm tra lại sự bắt cặp của mồi ngƣợc và mồi xuôi trên trình tự đích 16S rRNA ............................................................................................................................. 46 Hình 3.16. Kết quả kiểm tra sự bắt cặp mồi xuôi và mồi ngƣợc trên trình tự đích gene 16S rRNA ...................................................................................................................... 47 xi
- Hình 3.17. Danh sách các mồi thiết kế đƣợc cho trình tự gene 23S rRNA ở Streptococcus pneumoniae ........................................................................................... 48 Hình 3.18. Vị trí bắt cặp của mồi xuôi trên trình tự đích 23S rRNA ............................ 49 Hình 3.19. Vị trí bắt cặp của mồi ngƣợc trên trình tự đích 23S rRNA ......................... 49 Hình 3.20. Kiểm tra lại sự bắt cặp của mồi ngƣợc và mồi xuôi trên trình tự đích 23S rRNA ............................................................................................................................. 50 Hình 3.21. Kết quả kiểm tra sự bắt cặp mồi xuôi và mồi ngƣợc trên trình tự đích gene 23S rRNA ...................................................................................................................... 50 Hình 3.22. Tính nhiệt độ nóng chảy của mồi xuôi 16S ................................................ 51 Hình 4.1. Trang Home Page ......................................................................................... 54 Hình 4.2. Trang tìm kiếm theo mã số truy cập (accession number)............................. 55 Hình 4.3. Trang kết quả tìm kiếm bằng mã số truy cập ............................................... 56 Hình 4.4. Trang tìm kiếm theo tên loài (species name) ............................................... 57 Hình 4.5. Trang kết quả tìm kiếm theo tên loài (species name) ................................... 57 Hình 4.6. Trang công cụ sắp gióng cột (Alignment) .................................................... 58 Hình 4.7. Trang kết quả sắp gióng cột hai trình tự ....................................................... 59 Hình 4.8. Trang công cụ BLAST ................................................................................. 59 Hình 4.9. Trang Meningitidis ....................................................................................... 60 Hình 4.10. Sự bắt cặp của cặp mồi 16S rRNA trên trình tự đích và trình tự ngoài vùng đích ............................................................................................................................... 61 Hình 4.11. Sự bắt cặp của cặp mồi 23S rRNA trên trình tự đích và trình tự ngoài vùng đích ............................................................................................................................... 61 xii
- DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT CSDL Cơ Sở Dữ Liệu Perl Practical Extraction and Report Language CGI Common Gateway Interface DBI Database Interface DBD Database Driver WWW World Wide Web HTML Hypertext Markup Language HTTP Hypertext Transfer Protocol NCBI Center for Bioinformatic Information BLAST Basic Local Alignment Search Tool EBI European Bioinformatics Institute EMBL European Molecular Biology Laboratory SIB Swiss Institute of Bioiformatics DDBJ DNA Data Bank Japan PDBj Protein Database Japan PCR Polymerase Chain Reaction rRNA ribosomal RNA xiii
- 1 PHẦN 1: MỞ ĐẦU 1.1. ĐẶT VẤN ĐỀ Sự phát triển của ngành công nghệ thông tin trong những thập kỷ qua đã góp phần cải thiện chất lƣợng cuộc sống con ngƣời. Máy tính đã có mặt trong hầu hết các ngành khoa học, hỗ trợ con ngƣời giải quyết những công việc khó khăn và nhiều thời gian. Công nghệ sinh học đƣợc xem là ngành khoa học mũi nhọn của thế kỷ XXI. Với sự ra đời của kỹ thuật giải trình tự, nhiều bộ gene của sinh vật đã đƣợc giải mã, tạo ra một lƣợng dữ liệu sinh học khổng lồ. Điều này đòi hỏi có sự lƣu trữ, quản lí và khai thác các dữ liệu một cách hiệu quả. Với khả năng xử lí và truy xuất lƣợng thông tin lớn và nhanh chóng, máy tính đã trở thành công cụ hữu ích trong nghiên cứu sinh học. Sự kết hợp giữa ngành sinh học và tin học đã cho ra đời một công cụ mới đó là Tin – Sinh học (Bioinformatics). Tin – Sinh học giúp giải quyết hàng loạt những nghiên cứu trong sinh học mà đòi hỏi thời gian dài hay khó có thể thực hiện bằng tay đƣợc. Cho đến nay, Tin – Sinh học đạt đƣợc nhiều thành tựu to lớn. Nhiều CSDL sinh học đã đƣợc thiết lập nhƣ NCBI, EMBL, DDBJ…Các CSDL này chứa lƣợng lớn thông tin phục vụ đắc lực cho các nhà nghiên cứu sinh học. Gene 16S và 23S rRNA là 2 gene có chức năng cần thiết cho sự sống của vi khuẩn, vừa có vùng bảo tồn và vừa có vùng biến động ở các cấp độ khác nhau, giúp cho việc định danh hay xác định mối quan hệ họ hàng giữa hai hay nhiều loài vi khuẩn. Các gene này đã đƣợc giải trình tự và lƣu trữ trong các CSDL sinh học trực tuyến. Tuy nhiên, việc tìm kiếm các thông tin trình tự của hai gene trong các CSDL lớn thƣờng tốn nhiều thời gian do thông tin không tập trung cho một đối tƣợng cụ thể. Hiện nay, rất nhiều bệnh nguy hiểm do vi khuẩn gây ra trong đó có bệnh viêm màng não mủ. Bệnh xảy ra thƣờng xuyên và để lại di chứng nặng nề nếu không điều trị kịp thời. Việc chẩn đoán bệnh bằng các phƣơng pháp truyền thống thƣờng hạn chế về mặt thời gian. Phƣơng pháp PCR hiện nay đƣợc sử dụng rộng rãi do tính đơn giản, nhanh và chính xác. Gene 16S và 23S rRNA là hai gene thích hợp cho việc thiết kế mồi đặc hiệu để phát hiện các vi khuẩn gây bệnh viêm màng não. Với các lý do trên cùng với sự đồng ý hƣớng dẫn của TS Trần Thị Dung và Cử nhân Lƣu Phúc Lợi, chúng tôi thực hiện đề tài “Xây dựng CSDL hai gene 16S và 23S rRNA ở vi khuẩn - Ứng dụng CSDL này để phát hiện các vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ”.
- 2 1.2. MỤC ĐÍCH – Thu thập trình tự và thông tin liên quan về hai gene 16S và 23S rRNA ở vi khuẩn, tổ chức thành một CSDL riêng biệt. – Ứng dụng trình tự hai gene trong CSDL để thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát hiện các vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ. Từ đó chứng minh khả năng sử dụng của gene 23S rRNA có nhiều ƣu điểm hơn so với gene 16S rRNA. – Tìm hiểu khả năng ứng dụng trong phát hiện tác nhân gây bệnh của phần mềm Primrose 2.17 (trƣớc đó phần mềm này ra đời với mục đích phân loại phả hệ bằng gene 16S rRNA). 1.3. YÊU CẦU – CSDL phải chứa một lƣợng lớn trình tự của hai gene 16S và 23S rRNA ở các loài vi khuẩn khác nhau trong đó có vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ. – CSDL phải đƣợc tích hợp với web, tạo giao diện thân thiện với ngƣời sử dụng. – Thông qua các trang web, ngƣời dùng có thể truy cập CSDL để tìm kiếm các thông tin về hai gene nhƣ tên của vi khuẩn, tên của trình tự, chiều dài trình tự, tác giả giải trình tự… – Tích hợp các công cụ phân tích trình tự vào trang web nhƣ BLAST, Alignment… – Thiết kế mồi đặc hiệu phân biệt đƣợc các vi khuẩn trong nhóm vi khuẩn viêm màng não mủ thông qua chƣơng trình thiết kế mồi Primrose 2.17.
- 3 PHẦN 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1. SƠ LƢỢC VỀ CƠ SỞ DỮ LIỆU 2.1.1. Định nghĩa Cơ sở dữ liệu (CSDL) là một tập hợp dữ liệu đƣợc tổ chức theo một cấu trúc chặt chẽ nhằm phục vụ cho nhiều mục tiêu khác nhau một cách có chọn lọc. Tập hợp dữ liệu sẽ đƣợc lƣu trữ trên các thiết bị lƣu trữ thông tin thứ cấp nhƣ băng từ, đĩa từ… để thỏa mãn nhu cầu khai thác thông tin đồng thời của nhiều ngƣời sử dụng hay nhiều chƣơng trình ứng dụng với nhiều mục đích khác nhau. 2.1.2. Hệ quản trị CSDL (Database Management System – DBMS) Là một hệ thống phần mềm cho phép các nhà phân tích và thiết kế CSDL cũng nhƣ ngƣời khai thác CSDL đƣợc thuận lợi trong quá trình thiết kế, thao tác, truy xuất và quản lý dữ liệu. Hiện nay, một số hệ quản trị CSDL mạnh đang đƣợc đƣa ra thị trƣờng nhƣ Visual FoxPro, SQL-Server, Oracle… 2.1.3. Các mô hình dữ liệu Mô hình dữ liệu là sự trừu tƣợng hóa thế giới thực, là sự biểu diễn dữ liệu ở mức quan niệm. Hiện nay, có năm loại mô hình dữ liệu chính. Đó là: Mô hình dữ liệu mạng Mô hình dữ liệu phân cấp Mô hình dữ liệu quan hệ Mô hình dữ liệu thực thể kết hợp Mô hình dữ liệu hƣớng đối tƣợng 2.2. NGÔN NGỮ LẬP TRÌNH PERL, MẠNG INTERNET VÀ WEB 2.2.1. Perl 2.2.1.1. Tóm tắt lịch sử phát triển Perl (Practical Extraction and Report Language) do Larry Wall tạo ra vào năm 1986 nhằm quản trị các mạng máy tính lớn. Ngôn ngữ này phát sinh từ ngôn ngữ lập trình C và bị ảnh hƣởng bởi ngôn ngữ khác nhƣ BASIC, Awk, Sed và UNIX shell. Năm 2000, phiên bản 5.6 xuất hiện. Phiên bản này đã chuyển sang định dạng tiêu chuẩn và có sự hỗ trợ cả Unicode và UTF-8.
- 4 Năm 2002, phiên bản Perl 5.8 ra đời cùng với nhiều cải tiến mới đƣợc bổ sung. 2.2.1.2. Ứng dụng Perl đƣợc dùng để xử lý tập tin, truy cập dữ liệu và đƣợc dùng cho giao diện cổng chung (Common Gateway Interface – CGI), tiến hành tạo script của Microsoft Windows, tạo giao diện ngƣời dùng đồ họa (Graphical User Interface – GUI). Ƣu điểm: là ngôn ngữ dễ nắm bắt, thích hợp cho xử lý chuỗi và văn bản thuần túy, đƣợc sự hỗ trợ của nhiều hệ điều hành. Vì vậy, Perl là ngôn ngữ lập trình thích hợp cho các nhà tin – sinh học vì nó có thể giúp cho việc thao tác trên các chuỗi trình tự sinh học, tạo CSDL sinh học dễ dàng hơn. Ngoài ra, Perl còn đƣợc hỗ trợ bởi các module (tập các hàm) giúp kết nối, truy xuất CSDL với trang web, tạo ra trang web động. Nhƣợc điểm: chỉ có thể dùng để viết các chƣơng trình, script nhỏ. 2.2.1.3. Một số module của Perl thƣờng đƣợc sử dụng Module CGI (Common Gateway Interface): Module này gồm các hàm giúp viết kịch bản Perl theo giao thức CGI. Các script này giúp lấy thông tin từ trình duyệt khách gởi đến máy chủ, đƣa vào chƣơng trình xử lý và trả thông tin kết quả đến máy khách. Module DBI (Database Interface): là tập các hàm, biến và những qui ƣớc cần thiết cho việc tƣơng tác với một CSDL nhất định thông qua Perl script, hoàn toàn độc lập với hệ quản trị CSDL (Tim Bunce). Những tƣơng tác có thể nhập, nâng cấp, xử lý, rút trích…dữ liệu vào hay ra khỏi CSDL. Module DBD (Database Driver): là một module phụ thuộc loại hệ quản trị CSDL và liên kết với module DBI để truy cập vào một loại hệ quản trị CSDL nhất định. Nhƣ vậy tƣơng ứng với một hệ quản trị CSDL có một loại DBD. Ví dụ nhƣ hệ quản trị MySQL có Database Driver là DBD::MySQL.
- 5 RDBMS P E D DBD R B L I S DBD RDBMS S C w R i I t DBD P c T h RDBMS Hình 2.1. Tương tác giữa Perl script-DBI-DBD và RBDMS 2.2.2. Giới thiệu về mạng Internet Năm 1957, Bộ quốc phòng Mỹ thành lập cơ quan nghiên cứu các dự án kỹ thuật cao ARPA (Advanced Research Projects Agency), thuộc một bộ phận trong bộ quốc phòng. Chỉ một thập niên sau, năm 1969, ARPA thiết lập mạng ARPANET – tiền thân của Internet ngày nay. ARPANET là một mạng máy tính nối bốn máy chủ tại các trƣờng đại học California – Los Angeles, đại học California – Santa Barbara, viện nghiên cứu Standford và đại học Utah lại với nhau. Đến năm 1973, mạng xuyên quốc gia đầu tiên đƣợc thiết lập giữa hai nƣớc Anh và Na Uy. Năm 1982, giao thức TCP/IP ra đời và nhanh chóng trở thành giao thức chuẩn. Internet dần dần đƣợc phát triển và đột phá từ khi có sự ra đời của dịch vụ WWW (World Wide Web). Và từ đây, Internet đƣợc mở rộng sử dụng cho các ngành nghiên cứu khác và trở thành một công cụ có mục đích thƣơng mại. 2.2.3. Tích hợp CSDL với web dùng CGI Gồm ba bƣớc: Bƣớc 1: từ trình duyệt web (trên máy client) gởi đi những yêu cầu của ngƣời dùng đến máy server. Ở máy server, thông qua trình ứng dụng CGI chuyển những yêu cầu đó thành những câu truy vấn SQL. Bƣớc 2: kết nối CSDL, thực hiện những câu truy vấn đó.
- 6 Bƣớc 3: thu lấy kết quả truy vấn, thông qua trình ứng dụng CGI chuyển kết quả thu đƣợc từ CSDL thành định dạng HTML, rồi trả về máy client. 2.3. CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC Sự phát triển của kỹ thuật và thiết bị thí nghiệm nhƣ kỹ thuật DNA Microarray, kỹ thuật giải trình tự tự động cho phép tạo ra hàng ngàn dữ liệu sinh học trong chốc lát. Nhƣ vậy vấn đề đặt ra là cần phải có biện pháp lƣu trữ, quản lý, sử dụng và chia sẻ nguồn dữ liệu này. Do đó cần xây dựng các dữ liệu này thành một CSDL hoàn chỉnh để có thể thực hiện đƣợc mục đích trên. Hơn thế nữa, với việc hệ thống hóa toàn bộ dữ liệu trên, chúng ta dễ dàng thực hiện việc chia sẻ những thông tin ấy qua mạng Internet hay kết nối thêm vào những tập dữ liệu ở nơi khác. Một số CSDL lớn, trực tuyến đã đƣợc xây dựng để cung cấp thông tin cho các nhà nghiên cứu sinh học nhƣ NCBI, EBI, SIB, DDBJ… 2.3.1. NCBI (National Center for Bioinformatic Information) 2.3.1.1. Vài nét về NCBI NCBI là chữ viết tắt của “National Center for Bioinformatic Information”. Đây là trung tâm quốc gia về Công nghệ sinh học, thuộc viện sức khỏe quốc gia của Hoa Kỳ (NIH – National Institute of Health). NCBI chính thức đƣợc thành lập vào ngày 4/10/1988. Đến năm 1991, NCBI đảm nhiệm việc quản lý CSDL trình tự DNA và từ đó NCBI còn đƣợc gọi là GenBank. NIH NLM NCBI Hình 2.2. Tương quan giữa NCBI, NLM (National Library of Medicine) và NIH NCBI là nơi cung cấp, trao đổi thông tin về sinh học phân tử của Mỹ, thông qua những CSDL trực tuyến. Ngoài ra, NCBI còn tham gia những nghiên cứu về “sinh học tính toán” (computation biology), phát triển những công cụ phân tích dữ liệu bộ gene, protein…
CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD
-
Đề tài “ Hiện tượng siêu dẫn và những ứng dụng trong khoa học – đời sống”
70 p | 549 | 195
-
Đề tài “Tìm hiểu về Bromelain enzyme, chiết suất và ứng dụng”
26 p | 333 | 163
-
LUẬN VĂN:NẤM MỐC VÀ ĐỘC TỐ AFLATOXIN
38 p | 237 | 96
-
Báo cáo Enzyme Amylase và các ứng dụng
33 p | 147 | 71
-
Luận văn: Xây dựng một phương pháp cho phép xác định nhanh và tương đối chính xác hàm lượng axit amin và protein trong thực phẩm
51 p | 87 | 25
-
Thuyết trình: Các tác nhân gây bệnh côn trùng
28 p | 38 | 15
-
Luận văn : BƯỚC ĐẦU ĐÁNH GIÁ MỨC ĐỘ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA QUẦN THỂ ĐIỀU (Anacardium occidental L.) TẠI TỈNH BÀ RỊA – VŨNG TÀU BẰNG KỸ THUẬT RAPD VÀ AFLP part 3
9 p | 69 | 13
-
XÂY DỰNG QUI TRÌNH PCR PHÁT HIỆN NẤM Ustilago scitaminea GÂY BỆNH THAN TRÊN MÍA
61 p | 28 | 10
-
Đề tài: Phát hiện và đếm Coliforms trong nước uống, các phương pháp hiện thời và phương pháp tiếp cận nổi bậc
44 p | 32 | 8
-
Tiểu luận tốt nghiệp Hệ thống thông tin địa lý: Ứng dụng GIS xác định khu vực thích hợp xây dựng bãi chôn lấp chất thải rắn sinh hoạt tại thị xã Thuận An, tỉnh Bình Dương
32 p | 21 | 7
-
Bài thuyết trình Vật lý ứng dụng: Laser khí
18 p | 25 | 7
-
Khóa luận tốt nghiệp: Quy trình phát hiện listeria monocytogenes trong thủy hải sản đông lạnh
36 p | 23 | 7
-
NGHIÊN CỨU VÀ PHÁT HIỆN VI KHUẨN Leifsonia xyli subsp. xyli, TÁC NHÂN GÂY BỆNH CẰN MÍA GỐC
68 p | 29 | 6
-
Bài thuyết trình Plasma nhiệt độ thấp và ứng dụng
5 p | 19 | 3
-
Bài thuyết trình nhóm: Màng tái tổ hợp PLLA/Bmattacin2 từ peptide kháng khuẩn của tằm và Poly L- lactic acid (PLLA) cho ứng dụng y sinh học
22 p | 8 | 3
-
Khóa luận tốt nghiệp: Quy trình phát hiện listeria trong thủy sản đông lạnh
36 p | 20 | 2
-
Đề tài nghiên cứu: Quy trình Toán học hóa để phát triển các năng lực về thay đổi và các mối quan hệ của học sinh mười lăm tuổi
85 p | 5 | 2

markdown:
# XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis)
Chia sẻ: G G | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:83
lượt xem 18
download
![](http://image.tlvnimg.com/document/thumbnail/2013/20130621/canhchuon_1/80x100/4881371787351.jpg)
##
XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis)
[Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ](javascript:void(0);)
Download
![](http://static.tlvnimg.com/b2013az/templates/version1/default/images/down16x21.png)
Sự phát triển của ngành công nghệ thông tin trong những thập kỷ qua đã góp phần cải thiện chất lƣợng cuộc sống con ngƣời. Máy tính đã có mặt trong hầu hết các ngành khoa học, hỗ trợ con ngƣời giải quyết những công việc khó khăn và nhiều thời gian. Công nghệ sinh học đƣợc xem là ngành khoa học mũi nhọn của thế kỷ XXI. Với sự ra đời của kỹ thuật giải trình tự, nhiều bộ gene của sinh vật đã đƣợc giải mã, tạo ra một lƣợng dữ liệu sinh học khổng lồ. Điều này...
Bình luận(0)
[Đăng nhập để gửi bình luận!](javascript:void(0);)
##
Nội dung Text: XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis)
- BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** LÊ VĂN TÁM XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis) Luận văn kỹ sƣ Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Thành phố Hồ Chí Minh -2006-
- BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis) Luận văn Kỹ sƣ Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Giáo viên hƣớng dẫn Sinh viên thực hiện TS. TRẦN THỊ DUNG LÊ VĂN TÁM LƢU PHÚC LỢI Thành phố Hồ Chí Minh -2006-
- MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING NONG LAM UNIVERSITY, HCMC DEPARTMENT OF BIOTECHNOLOGY ************ CONSTRUCT DATABASE OF 16S AND 23S RIBOSAMAL RNA GENE IN BACTERIA – APPLICATION THE DATABASE FOR DETECTION BACTERIAL MENINGITIS Graduation thesis Major: Biotechnology Professor Student Ph.D. TRAN THI DUNG LE VAN TAM LUU PHUC LOI Ho Chi Minh City -2006-
- LỜI CẢM ƠN Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến: Ban Giám hiệu trƣờng Đại học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh, Ban chủ nhiệm Bộ môn Công nghệ Sinh học, cùng tất cả quý thầy cô đã truyền đạt kiến thức cho tôi trong suốt quá trình học tại trƣờng. TS. Trần Thị Dung và Cử Nhân Lƣu Phúc Lợi đã tận tình hƣớng dẫn, giúp đỡ tôi trong thời gian làm khóa luận tốt nghiệp. Xin gởi lời cảm ơn đến tập thể lớp Công Nghệ Sinh Học K28 đã động viên, giúp đỡ và luôn ở bên cạnh tôi trong những lúc vui buồn. Cha mẹ kính yêu đã nuôi nấng, dạy dỗ và động viên để con có thể đạt đƣợc thành quả nhƣ ngày hôm nay. Thành phố Hồ Chí Minh, ngày…tháng…năm 2006 Sinh viên LÊ VĂN TÁM iii
- TÓM TẮT KHÓA LUẬN LÊ VĂN TÁM, Đại học Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh. Tháng 8/2006. “XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitidis)” Hội đồng hƣớng dẫn: – TS. Trần Thị Dung – Cử nhân Lƣu Phúc Lợi Khóa luận đƣợc thực hiện tại bộ môn Công Nghệ Sinh Học - Trƣờng Đại Học Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh, từ tháng 1/2006 đến 8/2006. Với sự phát triển của kỹ thuật sinh học phân tử, một số lƣợng lớn các gene 16S và 23S rRNA đã đƣợc giải trình tự. Những trình tự gene này đƣợc lƣu trữ trong CSDL sinh học lớn nhƣ NCBI, EMBL, DDBj…Vì các CSDL này quá lớn và chứa rất nhiều thông tin khác nhau, không tập trung cho một đối tƣợng cụ thể nên khó có thể thực hiện việc truy xuất các thông tin phục vụ trực tiếp cho một nghiên cứu chuyên biệt. Do vậy, mục tiêu của đề tài là tiến hành xây dựng cơ sở dữ liệu hai gene 16S và 23S rRNA ở vi khuẩn và ứng dụng CSDL này để phát hiện các loài vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ. Để đạt đƣợc mục tiêu trên, khóa luận cần đảm bảo thực hiện những nội dung nhƣ sau: Dùng Perl script để thu nhận các mẫu tin của hai gene từ trang CSDL GenBank (CSDL nucleotide của NCBI). Tiếp tục sử dụng Perl script tách các mẫu tin thu nhận đƣợc thành từng phần riêng biệt nhƣ accession number (mã số truy cập), gi, definition, sequence (trình tự của gene)… Thiết kế CSDL dựa vào mô hình dữ liệu quan hệ. Dùng Perl script để chuyển tự động các thông tin tách đƣợc ở bƣớc trên vào CSDL. Sử dụng giao thức CGI kết hợp với ngôn ngữ lập trình Perl để thiết kế trang web CSDL về hai gene 16S và 23S rRNA ở các loài vi khuẩn. iv
- Sử dụng trình tự của hai gene 16S và 23S rRNA trong CSDL để thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát hiện và phân biệt các tác nhân gây bệnh viêm màng não mủ. Đề tài đã đạt đƣợc những kết quả nhƣ sau: Đã thu thập đƣợc 2825 mẫu tin về gene 16S rRNA và 305 mẫu tin về gene 23S rRNA từ cơ sở dữ liệu GenBank (NCBI). Tạo đƣợc CSDL của hai gene 16S và 23S rRNA tích hợp với web. Trang web CSDL của hai gene và gồm có 5 trang chính: HOME, SEARCH, TOOL, LINK, ABOUT. Từ các trang web này, ngƣời sử dụng có thể truy xuất thông tin, tìm kiếm trình tự, so sánh một trình tự quan tâm với các trình tự trong CSDL (alignment, BLAST)… Ngoài ra, những trang web chính này còn kết nối đến những trang phụ khác để cung cấp các tiện ích cho ngƣời dùng. Thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát hiện các tác nhân gây bệnh viêm màng não mủ bằng chƣơng trình thiết kế mồi Primrose. v
- MỤC LỤC Nội dung Trang LỜI CẢM ƠN ............................................................................................................. iii TÓM TẮT KHÓA LUẬN .......................................................................................... iv MỤC LỤC ................................................................................................................... vi DANH SÁCH CÁC BẢNG VÀ SƠ ĐỒ ......................................................................x DANH SÁCH CÁC HÌNH ......................................................................................... xi DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT .................................................................... xiii PHẦN 1: MỞ ĐẦU .......................................................................................................1 1.1. ĐẶT VẤN ĐỀ ......................................................................................................... 1 1.2. MỤC ĐÍCH ............................................................................................................. 2 1.3. YÊU CẦU ................................................................................................................ 2 PHẦN 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU ............................................................................3 2.1. SƠ LƢỢC VỀ CƠ SỞ DỮ LIỆU .......................................................................... 3 2.1.1. Định nghĩa .................................................................................................................. 3 2.1.2. Hệ quản trị CSDL (Database Management System – DBMS) ....................... 3 2.1.3. Các mô hình dữ liệu ................................................................................................. 3 2.2. NGÔN NGỮ LẬP TRÌNH PERL, MẠNG INTERNET VÀ WEB ................... 3 2.2.1. Perl ............................................................................................................................... 3 2.2.1.1. Tóm tắt lịch sử phát triển................................................................................. 3 2.2.1.2. Ứng dụng.............................................................................................................. 4 2.2.1.3. Một số module của Perl thƣờng đƣợc sử dụng............................................ 4 2.2.2. Giới thiệu về mạng Internet ................................................................................... 5 2.2.3. Tích hợp CSDL với web dùng CGI ...................................................................... 5 2.3. CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC ............................................................................... 6 2.3.1. NCBI (National Center for Bioinformatic Information) ................................. 6 2.3.1.1. Vài nét về NCBI .................................................................................................. 6 2.3.1.2. Một số cơ sở dữ liệu trong NCBI .................................................................... 7 2.3.1.3. Một số công cụ trong NCBI ............................................................................. 7 2.3.2. EBI (European Bioinformatics Institute) ........................................................... 8 vi
- 2.3.2.1. Vài nét về EBI ..................................................................................................... 8 2.3.2.2. Một số cơ sở dữ liệu trong EBI ....................................................................... 8 2.3.2.3. Một số công cụ hỗ trợ phân tích trình tự sinh học ..................................... 9 2.3.3. SIB (Swiss Institute of Bioinformatics) ............................................................... 9 2.3.4. DDBJ (DNA Data Bank Japan) và PDBj (Protein Database Japan) ......... 10 2.4. BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ .......................................................................... 12 2.4.1. Sơ lƣợc về bệnh viêm màng não mủ................................................................... 12 2.4.1.1. Định nghĩa ......................................................................................................... 12 2.4.1.2. Bệnh theo lứa tuổi ............................................................................................ 12 2.4.1.3. Các con đƣờng xâm nhiễm của vi khuẩn gây bệnh .................................. 13 2.4.2. Các triệu chứng biểu hiện lâm sàng của bệnh ................................................. 13 2.4.2.1. Những triệu chứng giai đoạn khởi phát ...................................................... 13 2.4.2.2. Biểu hiện lâm sàng của viêm màng não mủ ............................................... 13 2.4.3. Hậu quả của bệnh trên những đối tƣợng bị lây nhiễm .................................. 15 2.4.4. Tình hình bệnh viêm màng não mủ trên thế giới và Việt Nam ................... 15 2.5. VI KHUẨN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ .......................................... 16 2.6. CÁC PHƢƠNG PHÁP XÉT NGHIỆM BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ ...... 18 2.6.1. Phƣơng pháp chẩn đoán lâm sàng ..................................................................... 18 2.6.2. Phƣơng pháp xét nghiệm vi khuẩn học ............................................................. 18 2.6.3. Phƣơng pháp miễn dịch học ................................................................................ 19 2.6.4. Phƣơng pháp tế bào học ....................................................................................... 19 2.6.5. Phƣơng pháp sinh hoá ........................................................................................... 19 2.6.5.1. Đƣờng trong dịch não tủy .............................................................................. 19 2.6.5.2. Đạm trong dịch não tủy .................................................................................. 19 2.6.5.3. Phƣơng pháp khảo sát nồng độ lactate ....................................................... 20 2.6.6. Phƣơng pháp chụp cắt lớp – CT (computer tomography) ........................... 20 2.6.7. Phƣơng pháp xét nghiệm dựa vào kỹ thuật PCR ........................................... 20 2.7. KỸ THUẬT PCR VÀ ỨNG DỤNG TRONG VIỆC PHÁT HIỆN TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ ....................................................................... 20 2.7.1. Nguyên tắc của kỹ thuật PCR ............................................................................. 20 2.7.2. Quy trình của phản ứng PCR .............................................................................. 21 2.7.3. Seminested PCR/ Multiplex PCR ....................................................................... 22 vii
- 2.7.3.1. Seminested PCR ............................................................................................... 22 2.7.3.2. Multiplex PCR .................................................................................................. 22 2.7.4. Ứng dụng kỹ thuật PCR trong việc phát hiện vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ. ..................................................................................................................... 22 2.8. GENE 16S rRNA VÀ 23S rRNA .......................................................................... 24 2.8.1. RNA ribosome (rRNA) – Cấu trúc ribosome .................................................. 24 2.8.2. Gene 16S rRNA thƣớc đo tiến hóa ...................................................................... 25 2.8.3. Gene 23S rRNA ....................................................................................................... 28 2.9. ĐIỀU TRỊ BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ BẰNG KHÁNG SINH ............... 28 PHẦN 3: PHƢƠNG PHÁP VÀ CÁC CHƢƠNG TRÌNH SỬ DỤNG ..................29 3.1. CÁC CHƢƠNG TRÌNH VÀ NGÔN NGỮ LẬP TRÌNH ĐƢỢC SỬ DỤNG 29 3.1.1. Hệ điều hành............................................................................................................ 29 3.1.2. Các chƣơng trình phân tích trình tự ................................................................. 29 3.1.2.1. Chƣơng trình so sánh trình tự ClustalW.................................................... 29 3.1.2.2. Chƣơng trình tìm kiếm các trình tự tƣơng đồng – BLAST ................... 30 3.1.3. Hệ quản trị CSDL quan hệ MySQL .................................................................. 30 3.1.4. Apache web server ................................................................................................. 31 3.1.5. Ngôn ngữ lập trình Perl và các gói sử dụng ..................................................... 31 3.1.6. Chƣơng trình thiết kế mồi Primrose 2.17 ......................................................... 32 3.2. PHƢƠNG PHÁP .................................................................................................. 33 3.2.1. Thu nhận các mẫu tin chứa trình tự và thông tin liên quan của hai gene 16S và 23S rRNA ............................................................................................................... 33 3.2.3. Thiết kế CSDL gene 16S và 23S rRNA .............................................................. 38 3.2.3.1. Phân tích dữ liệu .............................................................................................. 38 3.2.3.2. Thiết kế CSDL dạng bảng .............................................................................. 39 3.2.3.3. Lƣu trữ các thông tin vào CSDL .................................................................. 41 3.2.4. Tích hợp CSDL gene 16S rRNA và 23S rRNA với trang web ...................... 42 3.3. Thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát hiện vi khuẩn viêm màng não ............. 42 3.3.1 Thiết kế mồi dựa trên trình tự gene 16S rRNA ................................................ 43 3.3.2. Thiết kế mồi dựa trên trình gene 23S rRNA .................................................... 47 3.3.3. Nhiệt độ nóng chảy của mồi ................................................................................. 51 PHẦN 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ...................................................................52 viii
- 4.1. Kết quả thu nhận các mẫu tin chứa trình tự và thông tin liên quan của hai gene 16S và 23S rRNA ................................................................................................. 52 4.2. CSDL gene 16S và 23S rRNA .............................................................................. 52 4.3. Trang web thể hiện thông tin CSDL gene 16S và 23S rRNA ............................ 52 4.3.1. Trang thông tin chung về CSDL gene 16S và 23S rRNA (Home Page) ..... 54 4.3.2. Trang tìm kiếm (Search Page) ............................................................................ 55 4.3.3. Trang công cụ (Tool Page) ................................................................................... 58 4.3.4. Trang Meningitidis ................................................................................................ 60 4.4. Kết quả thiết kế mồi phát hiện các tác nhân viêm màng màng não mủ ......... 60 PHẦN 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ........................................................................63 PHẦN 6: TÀI LIỆU THAM KHẢO .........................................................................64 PHỤ LỤC ix
- DANH SÁCH CÁC BẢNG VÀ SƠ ĐỒ Trang Bảng 2.1. Tóm tắt tác nhân gây bệnh theo lứa tuổi ...................................................... 12 Bảng 2.2. Dấu hiệu và triệu chứng của bệnh viêm màng não mủ ................................ 14 Bảng 2.3. Các nhóm kháng sinh đặc trị vi khuẩn viêm màng não mủ ......................... 28 Bảng 3.1. Các đối tƣợng phụ dựa trên đối tƣợng chính sinh vật .................................. 38 Bảng 3.2. Các đối tƣợng phụ dựa trên đối tƣợng chính trình tự .................................. 39 Sơ đồ tóm tắt quá trình thu nhận mẫu tin của hai gene 16S và 23S rRNA ................... 33 Sơ đồ các đối tƣợng chính trong CSDL hai gene 16S và 23S rRNA ............................ 38 Sơ đồ chi tiết các bảng quan hệ .................................................................................... 40 Sơ đồ cấu trúc các trang web thể hiện thông tin CSDL gene 16S và 23S rRNA .......... 53 x
- DANH SÁCH CÁC HÌNH Trang Hình 2.1. Tƣơng tác giữa Perl script-DBI-DBD và RBDMS ........................................ 5 Hình 2.2. Tƣơng quan giữa NCBI, NLM (National Library of Medicine) và NIH ....... 6 Hình 2.3. Một số cơ sở dữ liệu trong EBI ..................................................................... 9 Hình 2.4. Ba cơ sở dữ liệu nucleotide (GenBank – EMBL – DDB) và công cụ tìm kiếm tƣơng ứng ............................................................................................................. 11 Hình 2.5. Sự hợp nhất của ba cơ sở dữ liệu MSD, PDBj, PDB ................................... 11 Hình 2.6. Quy trình phản ứng PCR .............................................................................. 21 Hình 2.7. Thành phần cấu tạo của ribosome ở prokaryote ........................................... 25 Hinh 2.8. Vị trí và kích thƣớc của 16S và 23S rRNA trong bộ gene vi khuẩn ............. 27 Hình 3.1. Tìm kiếm bằng từ khóa trong trang Home Page của NCBI ......................... 34 Hình 3.2. Trang kết quả tìm kiếm bằng từ khóa cho gene 16S rRNA .......................... 34 Hình 3.3. Kết quả tìm kiếm thể hiện ở dạng text ......................................................... 35 Hình 3.4. File text chứa mã số truy cập ........................................................................ 35 Hình 3.5. Tất cả mẫu tin của gene 16S rRNA ............................................................... 36 Hình 3.6. Một mẫu tin của gene 16S rRNA có mã số truy cập AB016268 .................. 37 Hình 3.7. Thiết kế CSDL ở mức vật lý ........................................................................ 41 Hình 3.8. Tiến trình lấy thông tin từ CSDL hai gene ở vi khuẩn ................................. 42 Hình 3.9. Tạo CSDL trình tự gene 16S rRNA ở các vi khuẩn viêm màng não mủ ...... 43 Hình 3.10. Chọn trình tự đích trong thiết kế mồi phát hiện Streptococcus pneumoniae dựa trên gene 16S rRNA. .............................................................................................. 43 Hình 3.11. Xác định các thông số cho mồi và số lƣợng mồi đƣợc tạo ra trên trình tự đích 16S rRNA .............................................................................................................. 44 Hinh 3.12. Danh sách các mồi thiết kế đƣợc trên 16S rRNA ....................................... 44 Hình 3.13. Vị trí bắt cặp của mồi xuôi trên trình tự đích 16S rRNA ............................ 45 Hình 3.14. Vị trí bắt cặp của mồi ngƣợc trên trình tự đích 16S rRNA ......................... 46 Hinh 3.15. Kiểm tra lại sự bắt cặp của mồi ngƣợc và mồi xuôi trên trình tự đích 16S rRNA ............................................................................................................................. 46 Hình 3.16. Kết quả kiểm tra sự bắt cặp mồi xuôi và mồi ngƣợc trên trình tự đích gene 16S rRNA ...................................................................................................................... 47 xi
- Hình 3.17. Danh sách các mồi thiết kế đƣợc cho trình tự gene 23S rRNA ở Streptococcus pneumoniae ........................................................................................... 48 Hình 3.18. Vị trí bắt cặp của mồi xuôi trên trình tự đích 23S rRNA ............................ 49 Hình 3.19. Vị trí bắt cặp của mồi ngƣợc trên trình tự đích 23S rRNA ......................... 49 Hình 3.20. Kiểm tra lại sự bắt cặp của mồi ngƣợc và mồi xuôi trên trình tự đích 23S rRNA ............................................................................................................................. 50 Hình 3.21. Kết quả kiểm tra sự bắt cặp mồi xuôi và mồi ngƣợc trên trình tự đích gene 23S rRNA ...................................................................................................................... 50 Hình 3.22. Tính nhiệt độ nóng chảy của mồi xuôi 16S ................................................ 51 Hình 4.1. Trang Home Page ......................................................................................... 54 Hình 4.2. Trang tìm kiếm theo mã số truy cập (accession number)............................. 55 Hình 4.3. Trang kết quả tìm kiếm bằng mã số truy cập ............................................... 56 Hình 4.4. Trang tìm kiếm theo tên loài (species name) ............................................... 57 Hình 4.5. Trang kết quả tìm kiếm theo tên loài (species name) ................................... 57 Hình 4.6. Trang công cụ sắp gióng cột (Alignment) .................................................... 58 Hình 4.7. Trang kết quả sắp gióng cột hai trình tự ....................................................... 59 Hình 4.8. Trang công cụ BLAST ................................................................................. 59 Hình 4.9. Trang Meningitidis ....................................................................................... 60 Hình 4.10. Sự bắt cặp của cặp mồi 16S rRNA trên trình tự đích và trình tự ngoài vùng đích ............................................................................................................................... 61 Hình 4.11. Sự bắt cặp của cặp mồi 23S rRNA trên trình tự đích và trình tự ngoài vùng đích ............................................................................................................................... 61 xii
- DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT CSDL Cơ Sở Dữ Liệu Perl Practical Extraction and Report Language CGI Common Gateway Interface DBI Database Interface DBD Database Driver WWW World Wide Web HTML Hypertext Markup Language HTTP Hypertext Transfer Protocol NCBI Center for Bioinformatic Information BLAST Basic Local Alignment Search Tool EBI European Bioinformatics Institute EMBL European Molecular Biology Laboratory SIB Swiss Institute of Bioiformatics DDBJ DNA Data Bank Japan PDBj Protein Database Japan PCR Polymerase Chain Reaction rRNA ribosomal RNA xiii
- 1 PHẦN 1: MỞ ĐẦU 1.1. ĐẶT VẤN ĐỀ Sự phát triển của ngành công nghệ thông tin trong những thập kỷ qua đã góp phần cải thiện chất lƣợng cuộc sống con ngƣời. Máy tính đã có mặt trong hầu hết các ngành khoa học, hỗ trợ con ngƣời giải quyết những công việc khó khăn và nhiều thời gian. Công nghệ sinh học đƣợc xem là ngành khoa học mũi nhọn của thế kỷ XXI. Với sự ra đời của kỹ thuật giải trình tự, nhiều bộ gene của sinh vật đã đƣợc giải mã, tạo ra một lƣợng dữ liệu sinh học khổng lồ. Điều này đòi hỏi có sự lƣu trữ, quản lí và khai thác các dữ liệu một cách hiệu quả. Với khả năng xử lí và truy xuất lƣợng thông tin lớn và nhanh chóng, máy tính đã trở thành công cụ hữu ích trong nghiên cứu sinh học. Sự kết hợp giữa ngành sinh học và tin học đã cho ra đời một công cụ mới đó là Tin – Sinh học (Bioinformatics). Tin – Sinh học giúp giải quyết hàng loạt những nghiên cứu trong sinh học mà đòi hỏi thời gian dài hay khó có thể thực hiện bằng tay đƣợc. Cho đến nay, Tin – Sinh học đạt đƣợc nhiều thành tựu to lớn. Nhiều CSDL sinh học đã đƣợc thiết lập nhƣ NCBI, EMBL, DDBJ…Các CSDL này chứa lƣợng lớn thông tin phục vụ đắc lực cho các nhà nghiên cứu sinh học. Gene 16S và 23S rRNA là 2 gene có chức năng cần thiết cho sự sống của vi khuẩn, vừa có vùng bảo tồn và vừa có vùng biến động ở các cấp độ khác nhau, giúp cho việc định danh hay xác định mối quan hệ họ hàng giữa hai hay nhiều loài vi khuẩn. Các gene này đã đƣợc giải trình tự và lƣu trữ trong các CSDL sinh học trực tuyến. Tuy nhiên, việc tìm kiếm các thông tin trình tự của hai gene trong các CSDL lớn thƣờng tốn nhiều thời gian do thông tin không tập trung cho một đối tƣợng cụ thể. Hiện nay, rất nhiều bệnh nguy hiểm do vi khuẩn gây ra trong đó có bệnh viêm màng não mủ. Bệnh xảy ra thƣờng xuyên và để lại di chứng nặng nề nếu không điều trị kịp thời. Việc chẩn đoán bệnh bằng các phƣơng pháp truyền thống thƣờng hạn chế về mặt thời gian. Phƣơng pháp PCR hiện nay đƣợc sử dụng rộng rãi do tính đơn giản, nhanh và chính xác. Gene 16S và 23S rRNA là hai gene thích hợp cho việc thiết kế mồi đặc hiệu để phát hiện các vi khuẩn gây bệnh viêm màng não. Với các lý do trên cùng với sự đồng ý hƣớng dẫn của TS Trần Thị Dung và Cử nhân Lƣu Phúc Lợi, chúng tôi thực hiện đề tài “Xây dựng CSDL hai gene 16S và 23S rRNA ở vi khuẩn - Ứng dụng CSDL này để phát hiện các vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ”.
- 2 1.2. MỤC ĐÍCH – Thu thập trình tự và thông tin liên quan về hai gene 16S và 23S rRNA ở vi khuẩn, tổ chức thành một CSDL riêng biệt. – Ứng dụng trình tự hai gene trong CSDL để thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát hiện các vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ. Từ đó chứng minh khả năng sử dụng của gene 23S rRNA có nhiều ƣu điểm hơn so với gene 16S rRNA. – Tìm hiểu khả năng ứng dụng trong phát hiện tác nhân gây bệnh của phần mềm Primrose 2.17 (trƣớc đó phần mềm này ra đời với mục đích phân loại phả hệ bằng gene 16S rRNA). 1.3. YÊU CẦU – CSDL phải chứa một lƣợng lớn trình tự của hai gene 16S và 23S rRNA ở các loài vi khuẩn khác nhau trong đó có vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ. – CSDL phải đƣợc tích hợp với web, tạo giao diện thân thiện với ngƣời sử dụng. – Thông qua các trang web, ngƣời dùng có thể truy cập CSDL để tìm kiếm các thông tin về hai gene nhƣ tên của vi khuẩn, tên của trình tự, chiều dài trình tự, tác giả giải trình tự… – Tích hợp các công cụ phân tích trình tự vào trang web nhƣ BLAST, Alignment… – Thiết kế mồi đặc hiệu phân biệt đƣợc các vi khuẩn trong nhóm vi khuẩn viêm màng não mủ thông qua chƣơng trình thiết kế mồi Primrose 2.17.
- 3 PHẦN 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1. SƠ LƢỢC VỀ CƠ SỞ DỮ LIỆU 2.1.1. Định nghĩa Cơ sở dữ liệu (CSDL) là một tập hợp dữ liệu đƣợc tổ chức theo một cấu trúc chặt chẽ nhằm phục vụ cho nhiều mục tiêu khác nhau một cách có chọn lọc. Tập hợp dữ liệu sẽ đƣợc lƣu trữ trên các thiết bị lƣu trữ thông tin thứ cấp nhƣ băng từ, đĩa từ… để thỏa mãn nhu cầu khai thác thông tin đồng thời của nhiều ngƣời sử dụng hay nhiều chƣơng trình ứng dụng với nhiều mục đích khác nhau. 2.1.2. Hệ quản trị CSDL (Database Management System – DBMS) Là một hệ thống phần mềm cho phép các nhà phân tích và thiết kế CSDL cũng nhƣ ngƣời khai thác CSDL đƣợc thuận lợi trong quá trình thiết kế, thao tác, truy xuất và quản lý dữ liệu. Hiện nay, một số hệ quản trị CSDL mạnh đang đƣợc đƣa ra thị trƣờng nhƣ Visual FoxPro, SQL-Server, Oracle… 2.1.3. Các mô hình dữ liệu Mô hình dữ liệu là sự trừu tƣợng hóa thế giới thực, là sự biểu diễn dữ liệu ở mức quan niệm. Hiện nay, có năm loại mô hình dữ liệu chính. Đó là: Mô hình dữ liệu mạng Mô hình dữ liệu phân cấp Mô hình dữ liệu quan hệ Mô hình dữ liệu thực thể kết hợp Mô hình dữ liệu hƣớng đối tƣợng 2.2. NGÔN NGỮ LẬP TRÌNH PERL, MẠNG INTERNET VÀ WEB 2.2.1. Perl 2.2.1.1. Tóm tắt lịch sử phát triển Perl (Practical Extraction and Report Language) do Larry Wall tạo ra vào năm 1986 nhằm quản trị các mạng máy tính lớn. Ngôn ngữ này phát sinh từ ngôn ngữ lập trình C và bị ảnh hƣởng bởi ngôn ngữ khác nhƣ BASIC, Awk, Sed và UNIX shell. Năm 2000, phiên bản 5.6 xuất hiện. Phiên bản này đã chuyển sang định dạng tiêu chuẩn và có sự hỗ trợ cả Unicode và UTF-8.
- 4 Năm 2002, phiên bản Perl 5.8 ra đời cùng với nhiều cải tiến mới đƣợc bổ sung. 2.2.1.2. Ứng dụng Perl đƣợc dùng để xử lý tập tin, truy cập dữ liệu và đƣợc dùng cho giao diện cổng chung (Common Gateway Interface – CGI), tiến hành tạo script của Microsoft Windows, tạo giao diện ngƣời dùng đồ họa (Graphical User Interface – GUI). Ƣu điểm: là ngôn ngữ dễ nắm bắt, thích hợp cho xử lý chuỗi và văn bản thuần túy, đƣợc sự hỗ trợ của nhiều hệ điều hành. Vì vậy, Perl là ngôn ngữ lập trình thích hợp cho các nhà tin – sinh học vì nó có thể giúp cho việc thao tác trên các chuỗi trình tự sinh học, tạo CSDL sinh học dễ dàng hơn. Ngoài ra, Perl còn đƣợc hỗ trợ bởi các module (tập các hàm) giúp kết nối, truy xuất CSDL với trang web, tạo ra trang web động. Nhƣợc điểm: chỉ có thể dùng để viết các chƣơng trình, script nhỏ. 2.2.1.3. Một số module của Perl thƣờng đƣợc sử dụng Module CGI (Common Gateway Interface): Module này gồm các hàm giúp viết kịch bản Perl theo giao thức CGI. Các script này giúp lấy thông tin từ trình duyệt khách gởi đến máy chủ, đƣa vào chƣơng trình xử lý và trả thông tin kết quả đến máy khách. Module DBI (Database Interface): là tập các hàm, biến và những qui ƣớc cần thiết cho việc tƣơng tác với một CSDL nhất định thông qua Perl script, hoàn toàn độc lập với hệ quản trị CSDL (Tim Bunce). Những tƣơng tác có thể nhập, nâng cấp, xử lý, rút trích…dữ liệu vào hay ra khỏi CSDL. Module DBD (Database Driver): là một module phụ thuộc loại hệ quản trị CSDL và liên kết với module DBI để truy cập vào một loại hệ quản trị CSDL nhất định. Nhƣ vậy tƣơng ứng với một hệ quản trị CSDL có một loại DBD. Ví dụ nhƣ hệ quản trị MySQL có Database Driver là DBD::MySQL.
- 5 RDBMS P E D DBD R B L I S DBD RDBMS S C w R i I t DBD P c T h RDBMS Hình 2.1. Tương tác giữa Perl script-DBI-DBD và RBDMS 2.2.2. Giới thiệu về mạng Internet Năm 1957, Bộ quốc phòng Mỹ thành lập cơ quan nghiên cứu các dự án kỹ thuật cao ARPA (Advanced Research Projects Agency), thuộc một bộ phận trong bộ quốc phòng. Chỉ một thập niên sau, năm 1969, ARPA thiết lập mạng ARPANET – tiền thân của Internet ngày nay. ARPANET là một mạng máy tính nối bốn máy chủ tại các trƣờng đại học California – Los Angeles, đại học California – Santa Barbara, viện nghiên cứu Standford và đại học Utah lại với nhau. Đến năm 1973, mạng xuyên quốc gia đầu tiên đƣợc thiết lập giữa hai nƣớc Anh và Na Uy. Năm 1982, giao thức TCP/IP ra đời và nhanh chóng trở thành giao thức chuẩn. Internet dần dần đƣợc phát triển và đột phá từ khi có sự ra đời của dịch vụ WWW (World Wide Web). Và từ đây, Internet đƣợc mở rộng sử dụng cho các ngành nghiên cứu khác và trở thành một công cụ có mục đích thƣơng mại. 2.2.3. Tích hợp CSDL với web dùng CGI Gồm ba bƣớc: Bƣớc 1: từ trình duyệt web (trên máy client) gởi đi những yêu cầu của ngƣời dùng đến máy server. Ở máy server, thông qua trình ứng dụng CGI chuyển những yêu cầu đó thành những câu truy vấn SQL. Bƣớc 2: kết nối CSDL, thực hiện những câu truy vấn đó.
- 6 Bƣớc 3: thu lấy kết quả truy vấn, thông qua trình ứng dụng CGI chuyển kết quả thu đƣợc từ CSDL thành định dạng HTML, rồi trả về máy client. 2.3. CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC Sự phát triển của kỹ thuật và thiết bị thí nghiệm nhƣ kỹ thuật DNA Microarray, kỹ thuật giải trình tự tự động cho phép tạo ra hàng ngàn dữ liệu sinh học trong chốc lát. Nhƣ vậy vấn đề đặt ra là cần phải có biện pháp lƣu trữ, quản lý, sử dụng và chia sẻ nguồn dữ liệu này. Do đó cần xây dựng các dữ liệu này thành một CSDL hoàn chỉnh để có thể thực hiện đƣợc mục đích trên. Hơn thế nữa, với việc hệ thống hóa toàn bộ dữ liệu trên, chúng ta dễ dàng thực hiện việc chia sẻ những thông tin ấy qua mạng Internet hay kết nối thêm vào những tập dữ liệu ở nơi khác. Một số CSDL lớn, trực tuyến đã đƣợc xây dựng để cung cấp thông tin cho các nhà nghiên cứu sinh học nhƣ NCBI, EBI, SIB, DDBJ… 2.3.1. NCBI (National Center for Bioinformatic Information) 2.3.1.1. Vài nét về NCBI NCBI là chữ viết tắt của “National Center for Bioinformatic Information”. Đây là trung tâm quốc gia về Công nghệ sinh học, thuộc viện sức khỏe quốc gia của Hoa Kỳ (NIH – National Institute of Health). NCBI chính thức đƣợc thành lập vào ngày 4/10/1988. Đến năm 1991, NCBI đảm nhiệm việc quản lý CSDL trình tự DNA và từ đó NCBI còn đƣợc gọi là GenBank. NIH NLM NCBI Hình 2.2. Tương quan giữa NCBI, NLM (National Library of Medicine) và NIH NCBI là nơi cung cấp, trao đổi thông tin về sinh học phân tử của Mỹ, thông qua những CSDL trực tuyến. Ngoài ra, NCBI còn tham gia những nghiên cứu về “sinh học tính toán” (computation biology), phát triển những công cụ phân tích dữ liệu bộ gene, protein…
CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD
-
Đề tài “ Hiện tượng siêu dẫn và những ứng dụng trong khoa học – đời sống”
70 p |
549 |
195
-
Đề tài “Tìm hiểu về Bromelain enzyme, chiết suất và ứng dụng”
26 p |
333 |
163
-
LUẬN VĂN:NẤM MỐC VÀ ĐỘC TỐ AFLATOXIN
38 p |
237 |
96
-
Báo cáo Enzyme Amylase và các ứng dụng
33 p |
147 |
71
-
Luận văn: Xây dựng một phương pháp cho phép xác định nhanh và tương đối chính xác hàm lượng axit amin và protein trong thực phẩm
51 p |
87 |
25
-
Thuyết trình: Các tác nhân gây bệnh côn trùng
28 p |
38 |
15
-
Luận văn : BƯỚC ĐẦU ĐÁNH GIÁ MỨC ĐỘ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA QUẦN THỂ ĐIỀU (Anacardium occidental L.) TẠI TỈNH BÀ RỊA – VŨNG TÀU BẰNG KỸ THUẬT RAPD VÀ AFLP part 3
9 p |
69 |
13
-
XÂY DỰNG QUI TRÌNH PCR PHÁT HIỆN NẤM Ustilago scitaminea GÂY BỆNH THAN TRÊN MÍA
61 p |
28 |
10
-
Đề tài: Phát hiện và đếm Coliforms trong nước uống, các phương pháp hiện thời và phương pháp tiếp cận nổi bậc
44 p |
32 |
8
-
Tiểu luận tốt nghiệp Hệ thống thông tin địa lý: Ứng dụng GIS xác định khu vực thích hợp xây dựng bãi chôn lấp chất thải rắn sinh hoạt tại thị xã Thuận An, tỉnh Bình Dương
32 p |
21 |
7
-
Bài thuyết trình Vật lý ứng dụng: Laser khí
18 p |
25 |
7
-
Khóa luận tốt nghiệp: Quy trình phát hiện listeria monocytogenes trong thủy hải sản đông lạnh
36 p |
23 |
7
-
NGHIÊN CỨU VÀ PHÁT HIỆN VI KHUẨN Leifsonia xyli subsp. xyli, TÁC NHÂN GÂY BỆNH CẰN MÍA GỐC
68 p |
29 |
6
-
Bài thuyết trình Plasma nhiệt độ thấp và ứng dụng
5 p |
19 |
3
-
Bài thuyết trình nhóm: Màng tái tổ hợp PLLA/Bmattacin2 từ peptide kháng khuẩn của tằm và Poly L- lactic acid (PLLA) cho ứng dụng y sinh học
22 p |
8 |
3
-
Khóa luận tốt nghiệp: Quy trình phát hiện listeria trong thủy sản đông lạnh
36 p |
20 |
2
-
Đề tài nghiên cứu: Quy trình Toán học hóa để phát triển các năng lực về thay đổi và các mối quan hệ của học sinh mười lăm tuổi
85 p |
5 |
2

Set-Cookie: TLDEVNamespace=ffml3r475cok2shqacbk3js4f3; path=/; domain=.tailieu.vn; HttpOnly


text:
Phòng Quan hệ Công chúng
XUẤT SẮC GIÀNH NGÔI VÔ ĐỊCH OLYMPIC TIẾNG ANH KHÔNG CHUYÊN MIỀN BẮC 2014
- Chi tiết
- Chuyên mục: Phòng Quan hệ Công chúng
- Được đăng ngày 17 Tháng 10 2014
- Lượt xem: 2893
Ngày 15/10/2014, vượt qua 05 đội tuyển xuất sắc khác tại vòng thi Chung kết, đội tuyển Trường Đại học Thăng Long đã giành ngôi quán quân Olympic tiếng Anh không chuyên lần thứ VIII khu vực miền Bắc. Sự kiện này tiếp tục khẳng định chất lượng đào tạo vượt trội và hệ thống đào tạo toàn diện của Trường Đại học Thăng Long trong hoạt động giảng dạy kiến thức chuyên môn cũng như rèn luyện ngoại ngữ.
LỄ RA MẮT CÂU LẠC BỘ BÓNG ĐÁ TRƯỜNG ĐẠI HỌC THĂNG LONG
- Chi tiết
- Chuyên mục: Phòng Quan hệ Công chúng
- Được đăng ngày 11 Tháng 10 2014
- Lượt xem: 4653
Hòa trong không khí cả nước hân hoan chào mừng kỷ niệm 60 năm ngày Giải phóng thủ đô (10/10/1954 – 10/10/2014), Trường Đại học Thăng Long đã tổ chức thành công buổi lễ ra mắt Câu lạc bộ (CLB) bóng đá sinh viên của trường.
KHAI TRƯƠNG KHU HỌC TẬP - THỰC HÀNH ĐIỀU DƯỠNG VÀ HỆ THỐNG SẢNH NGHỈ CHỜ
- Chi tiết
- Chuyên mục: Phòng Quan hệ Công chúng
- Được đăng ngày 07 Tháng 10 2014
- Lượt xem: 2328
Sáng ngày 07/10/2014, nhân dịp khai giảng năm học mới cho sinh viên khóa 27 và chào mừng kỷ niệm 60 năm ngày Giải phóng Thủ đô (10/10/1954 – 10/10/2014) Trường Đại học Thăng Long đã tổ chức lễ khai trương khu học tập – thực hành chuyên ngành Điều dưỡng và hệ thống sảnh nghỉ chờ hiện đại. Việc đưa vào sử dụng các hạng mục này có ý nghĩa quan trọng trong việc hoàn thiện cơ sở vật chất của trường, tạo điều kiện thuận lợi tối đa cho hoạt động giảng dạy, học tập của giảng viên, sinh viên.
TUẦN SINH HOẠT CÔNG DÂN – HỌC SINH SINH VIÊN NĂM HỌC 2014 – 2015
- Chi tiết
- Chuyên mục: Phòng Quan hệ Công chúng
- Được đăng ngày 23 Tháng 9 2014
- Lượt xem: 4051
Trong khoảng thời gian từ ngày 22/09/2014 – 03/10/2014, Trường Đại học Thăng Long tiến hành tổ chức “Tuần sinh hoạt công dân – học sinh sinh viên” cho sinh viên khóa 27 mới thi tuyển và đỗ vào trường trong đợt tuyển sinh đại học năm nay. Tuần sinh hoạt được thực hiện nghiêm túc, đảm bảo mọi yêu cầu theo hướng dẫn 4015/BGDĐT-CTHSSV của Bộ Giáo dục và Đào tạo.
ĐẠI HỌC THĂNG LONG ĐOẠT THÀNH TÍCH CAO TẠI HỘI KHỎE THANH NIÊN THỦ ĐÔ 2014
- Chi tiết
- Chuyên mục: Phòng Quan hệ Công chúng
- Được đăng ngày 05 Tháng 9 2014
- Lượt xem: 2400
Đoàn thể thao thanh niên Trường Đại học Thăng Long với hơn 20 vận động viên đã tham gia và đoạt thành tích cao tại Hội khỏe Thanh niên Thủ đô năm 2014 (cụm 04). Sự kiện này một lần nữa khẳng định tính năng động, trách nhiệm và nhiệt tình của Trường trong việc tham gia và phát triển các hoạt động cộng đồng, xã hội.

markdown:
# Phòng Quan hệ Công chúng
##
[
XUẤT SẮC GIÀNH NGÔI VÔ ĐỊCH OLYMPIC TIẾNG ANH KHÔNG CHUYÊN MIỀN BẮC 2014](/phong-ban/phong-quan-he-cong-chung/1503-xuat-sac-gianh-ngoi-vo-dich-olympic-tieng-anh-khong-chuyen-mien-bac-2014)
- Chi tiết
-
Chuyên mục:
[Phòng Quan hệ Công chúng](/phong-ban/phong-quan-he-cong-chung)
- Được đăng ngày 17 Tháng 10 2014
- Lượt xem: 2893
Ngày 15/10/2014, vượt qua 05 đội tuyển xuất sắc khác tại vòng thi Chung kết, đội tuyển Trường Đại học Thăng Long đã giành ngôi quán quân Olympic tiếng Anh không chuyên lần thứ VIII khu vực miền Bắc. Sự kiện này tiếp tục khẳng định chất lượng đào tạo vượt trội và hệ thống đào tạo toàn diện của Trường Đại học Thăng Long trong hoạt động giảng dạy kiến thức chuyên môn cũng như rèn luyện ngoại ngữ.
##
[
LỄ RA MẮT CÂU LẠC BỘ BÓNG ĐÁ TRƯỜNG ĐẠI HỌC THĂNG LONG](/phong-ban/phong-quan-he-cong-chung/1498-le-ra-mat-cau-lac-bo-bong-da-truong-dai-hoc-thang-long)
- Chi tiết
-
Chuyên mục:
[Phòng Quan hệ Công chúng](/phong-ban/phong-quan-he-cong-chung)
- Được đăng ngày 11 Tháng 10 2014
- Lượt xem: 4653
Hòa trong không khí cả nước hân hoan chào mừng kỷ niệm 60 năm ngày Giải phóng thủ đô (10/10/1954 – 10/10/2014), Trường Đại học Thăng Long đã tổ chức thành công buổi lễ ra mắt Câu lạc bộ (CLB) bóng đá sinh viên của trường.
##
[
KHAI TRƯƠNG KHU HỌC TẬP - THỰC HÀNH ĐIỀU DƯỠNG VÀ HỆ THỐNG SẢNH NGHỈ CHỜ ](/phong-ban/phong-quan-he-cong-chung/1488-khai-truong-khu-hoc-tap-thuc-hanh-dieu-duong-va-he-thong-sanh-nghi-cho)
- Chi tiết
-
Chuyên mục:
[Phòng Quan hệ Công chúng](/phong-ban/phong-quan-he-cong-chung)
- Được đăng ngày 07 Tháng 10 2014
- Lượt xem: 2328
Sáng ngày 07/10/2014, nhân dịp khai giảng năm học mới cho sinh viên khóa 27 và chào mừng kỷ niệm 60 năm ngày Giải phóng Thủ đô (10/10/1954 – 10/10/2014) Trường Đại học Thăng Long đã tổ chức lễ khai trương khu học tập – thực hành chuyên ngành Điều dưỡng và hệ thống sảnh nghỉ chờ hiện đại. Việc đưa vào sử dụng các hạng mục này có ý nghĩa quan trọng trong việc hoàn thiện cơ sở vật chất của trường, tạo điều kiện thuận lợi tối đa cho hoạt động giảng dạy, học tập của giảng viên, sinh viên.
##
[
TUẦN SINH HOẠT CÔNG DÂN – HỌC SINH SINH VIÊN NĂM HỌC 2014 – 2015](/phong-ban/phong-quan-he-cong-chung/1453-tuan-sinh-hoat-cong-dan-hoc-sinh-sinh-vien-nam-hoc-2014-2015)
- Chi tiết
-
Chuyên mục:
[Phòng Quan hệ Công chúng](/phong-ban/phong-quan-he-cong-chung)
- Được đăng ngày 23 Tháng 9 2014
- Lượt xem: 4051
Trong khoảng thời gian từ ngày 22/09/2014 – 03/10/2014, Trường Đại học Thăng Long tiến hành tổ chức “Tuần sinh hoạt công dân – học sinh sinh viên” cho sinh viên khóa 27 mới thi tuyển và đỗ vào trường trong đợt tuyển sinh đại học năm nay. Tuần sinh hoạt được thực hiện nghiêm túc, đảm bảo mọi yêu cầu theo hướng dẫn 4015/BGDĐT-CTHSSV của Bộ Giáo dục và Đào tạo.
##
[
ĐẠI HỌC THĂNG LONG ĐOẠT THÀNH TÍCH CAO TẠI HỘI KHỎE THANH NIÊN THỦ ĐÔ 2014](/phong-ban/phong-quan-he-cong-chung/1440-dai-hoc-thang-long-doat-thanh-tich-cao-tai-hoi-khoe-thanh-nien-thu-do-2014)
- Chi tiết
-
Chuyên mục:
[Phòng Quan hệ Công chúng](/phong-ban/phong-quan-he-cong-chung)
- Được đăng ngày 05 Tháng 9 2014
- Lượt xem: 2400
Đoàn thể thao thanh niên Trường Đại học Thăng Long với hơn 20 vận động viên đã tham gia và đoạt thành tích cao tại Hội khỏe Thanh niên Thủ đô năm 2014 (cụm 04). Sự kiện này một lần nữa khẳng định tính năng động, trách nhiệm và nhiệt tình của Trường trong việc tham gia và phát triển các hoạt động cộng đồng, xã hội.

WARC-Type: response

Content-Type: application/http; msgtype=response

WARC-Truncated: length

Set-Cookie: ja_t3_blank_tpl=ja_t3_blank; expires=Tue, 17-Apr-2018 05:13:31 GMT; Max-Age=30672000; path=/

Connection: close

Cache-Control: no-cache

Pragma: no-cache

X-Content-Encoded-By: Joomla! 2.5

P3P: CP="NOI ADM DEV PSAi COM NAV OUR OTRo STP IND DEM"

Content-Type: text/html; charset=utf-8


text:
Điện Thoại
Máy tính bảng
Laptop
Máy ảnh
Tivi
Xe máy
Khuyến mãi
Hỏi đáp
Trang chủ
»
Tivi
»
Samsung
Sản phẩm KM
Sản phẩm mới
Tìm theo :
Thương hiệu
Tất cả
Samsung
Sony
Toshiba
LG
Panasonic
Sharp
Mức giá
Tất cả
< 1 triệu
1 triệu -> 3 triệu
3 triệu -> 5 triệu
5 triệu -> 8 triệu
8 triệu -> 9 triệu
> 9 triệu
Kích thước màn hình
Tất cả
Kết nối internet
Tất cả
Samsung
Chưa có sản phẩm nào
Tivi Samsung được mua trả góp nhiều nhất :
Smart Tivi Samsung 60 inch UA60KU6000
Smart Tivi Cong Samsung 55 inch UA55KU6500
Smart tivi Cong Samsung 49 inch UA49KS7500
Smart Tivi Samsung 55 inch UA55KU6400
Smart Tivi Samsung 55 inch UA55JS7200
Smart Tivi Samsung 55 inch UA55KU6000
Smart Tivi Samsung 60 inch UA60J6200
Smart Tivi Samsung 55 inch UA55K5500
Smart Tivi Cong Samsung 49 inch UA49KU6500
Smart Tivi Cong 55 inch Samsung UA55JU6600
Smart Tivi Samsung 49 inch UA49KU6400
Smart Tivi Samsung 55 inch UA55JU6060
Smart Tivi Cong 55 inch Samsung UA55J6300
Smart Tivi cong Samsung 49 inch UA49K6300
Smart Tivi Samsung 50 inch UA50KU6000
Smart Tivi Samsung 50 inch UA50JS7200
Smart Tivi Cong 48 inch Samsung UA48JU6600
Smart Tivi Cong Samsung 48 inch UA48J6300
Smart Tivi Samsung 43 inch UA43KU6400
Smart Tivi Samsung 49 inch UA49K5500
Smart Tivi Samsung 48 inch UA48JU6060
Smart Tivi cong Samsung 40 inch UA40K6300
Smart Tivi Cong Samsung 40 inch UA40JU6600
Smart Tivi Samsung 48 inch UA48J5520
Smart Tivi Samsung 43 inch UA43KU6000
Internet Tivi Samsung 50 inch UA50J5200
Smart Tivi Samsung 48 inch UA48J5500
Smart Tivi Samsung 40 inch UA40KU6000
Smart Tivi Samsung 43 inch UA43K5500
Internet Tivi Samsung 48 inch UA48J5200

Vary: Accept-Encoding,User-Agent

Content-Type: text/html


text:
Loading...
-
Chú ý: Để tài khoản không bị banned: Đăng đúng chuyên mục, không spam, không comment quảng cáo chèn link trong chủ đề của người khác, dùng từ vô nghĩa Uppp... >> Không đăng bài PR/SEO trong các Box mua bán. >> Các thành viên bấm Report khi phát hiện nội dung/bình luận Spam BQT sẽ xử lý triệt để >> Spam là không có đất sống ở diễn đàn này !Dismiss Notice
-
SIÊU KHUYẾN MÃI >> QUẢNG CÁO BANNER TẠI VỊ TRÍ NÀY GIÁ CHỈ 150K/1TH (SIZE 728x220) >> LIÊN HỆ NGAY: 0909.819.057Dismiss Notice
-
Dismiss NoticeĐăng tin hiệu quả tại diễn đàn Mua bán rao vặt Dofollow tại địa chỉ >>> http://muabanraovattop.comDismiss Notice
-

markdown:
Loading...
-
**Chú ý: Để tài khoản không bị banned: Đăng đúng chuyên mục, không spam, không comment quảng cáo chèn link trong chủ đề của người khác, dùng từ vô nghĩa Uppp... >> Không đăng bài PR/SEO trong các Box mua bán. >> Các thành viên bấm Report khi phát hiện nội dung/bình luận Spam BQT sẽ xử lý triệt để >> Spam là không có đất sống ở diễn đàn này !** [Dismiss Notice](account/dismiss-notice?notice_id=4)
-
**SIÊU KHUYẾN MÃI >> QUẢNG CÁO BANNER TẠI VỊ TRÍ NÀY GIÁ CHỈ 150K/1TH (SIZE 728x220) >> LIÊN HỆ NGAY: 0909.819.057** [Dismiss Notice](account/dismiss-notice?notice_id=2)
-
[Dismiss Notice](account/dismiss-notice?notice_id=9) **Đăng tin hiệu quả tại diễn đàn** [Mua bán rao vặt](http://muabanraovattop.com)Dofollow tại địa chỉ >>> http://muabanraovattop.com [Dismiss Notice](account/dismiss-notice?notice_id=8)
-

Cache-control: private, max-age=0

Server: nginx

X-Frame-Options: SAMEORIGIN

Content-Type: text/html; charset=UTF-8


text:
by Xuân Diệu
Đây dây thơ e ấp đã lâu rồi
Chìm trong cỏ một vườn hoa bỏ vắng
Lòng tôi đó, một vườn hoa cháy nắng,
Xin lòng người mở cửa ngó lòng tôi.
Từ ngàn xưa, người ta héo than ôi!
Vì mang phải những sắc lòng tươi quá.
Tôi không biết, không biết gì nữa cả,
Chỉ yêu nhiều là tôi biết mà thôi.
Hãy để yên tôi dệt thắm tên người,
Ai lí luận với ân tình cho đáng!
Trời reo nắng thì chim reo tiếng sáng!
Xuân có hồng thì tôi có tình tôi.
Tiếc nhau chi, mai mốt đã xa rồi;
Xa là chết, hãy tặng tình lúc sống.
Chớ chia rẽ - dễ gì ta gặp mộng!
Những dòng đời muôn kiếp đã chia trôi.
Chính hôm nay gió dại tới trên đồi
Cây không hẹn để ngày mai sẽ mát;
Trời đã thắm lẽ đâu vườn cứ nhạt?
Đắn đo gì cho lỡ mộng song đôi!
Tôi gửi lòng tôi, tôi gửi hồn tôi
Không giấu giếm, như một con đường thẳng.
Lá hơi úa và mùa hoa hơi đắng,
ấy dây thơ tôi đã rứt vì người.
Tặng thơ
Labels: Xuân Diệu
0 comments:
Post a Comment

markdown:
by Xuân Diệu
Đây dây thơ e ấp đã lâu rồi
Chìm trong cỏ một vườn hoa bỏ vắng
Lòng tôi đó, một vườn hoa cháy nắng,
Xin lòng người mở cửa ngó lòng tôi.
Từ ngàn xưa, người ta héo than ôi!
Vì mang phải những sắc lòng tươi quá.
Tôi không biết, không biết gì nữa cả,
Chỉ yêu nhiều là tôi biết mà thôi.
Hãy để yên tôi dệt thắm tên người,
Ai lí luận với ân tình cho đáng!
Trời reo nắng thì chim reo tiếng sáng!
Xuân có hồng thì tôi có tình tôi.
Tiếc nhau chi, mai mốt đã xa rồi;
Xa là chết, hãy tặng tình lúc sống.
Chớ chia rẽ - dễ gì ta gặp mộng!
Những dòng đời muôn kiếp đã chia trôi.
Chính hôm nay gió dại tới trên đồi
Cây không hẹn để ngày mai sẽ mát;
Trời đã thắm lẽ đâu vườn cứ nhạt?
Đắn đo gì cho lỡ mộng song đôi!
Tôi gửi lòng tôi, tôi gửi hồn tôi
Không giấu giếm, như một con đường thẳng.
Lá hơi úa và mùa hoa hơi đắng,
ấy dây thơ tôi đã rứt vì người.
#
[Tặng thơ](http://thotinh.blogspot.com/2011/11/tang-tho.html)
Labels:
## 0 comments:
## Post a Comment

X-XSS-Protection: 1; mode=block

Server: GSE

X-Content-Type-Options: nosniff


text:
Hiện tại mình muốn bán căn nhà đang ở tại Quận 7, gần khu chế xuất Tân Thuận, Phú Mỹ Hưng:
1. Mô tả nhà: diện tích 6m x 16m, 1 gác lửng, 1 phòng khách, bếp, cầu thang gỗ, 1 toilet, có nhà để xe riêng nên các mẹ không sợ mùi xăng vô nhà đâu, có sân vườn hoa leo tươi mát, hẻm ô tô, nhà cách mặt tiền đường chính khoảng 30m, trên trục đường Nguyễn Văn Linh, khu dân trí cao, hàng xóm thân thiện. AN NINH TỐT. Để duy trì sự ổn định và AN NINH chung mình sẽ ưu đãi cho cư dân thân thiện định cư lâu dài, đặc biệt là hàng xóm
2. Tiện ích có sẵn: điện, nước, net, cap đầy đủ.
3. Tiện ích công cộng: nhà gần chợ Tân Thuận Tây, chợ Tân Mỹ, Lottle Mart. Xung quanh bán kính 5 phút xe máy là các tiện ích của khu Phú Mỹ Hưng, bệnh viện FV, Bệnh viện Q7, BV Tâm Đức.
4. Di chuyển: Thuận tiện đi quận 1, quận 5, quận 8 chỉ mất 5-7 phút. Có trạm xe buýt gần nhà để di chuyển đi BX Miền Tây, Quận 1.
5. Mục đích sử dụng: Phù hợp cho gia đình lớn hay kinh doanh, nhà xưởng.
6. Thông tin liên lạc: bạn nào quan tâm vui lòng gọi cho mình (0915.635.139) nha. Giá bán: 35tr/m2
Cần bán nhà hẽm xe hơi đường Lê Văn Linh,Tân Thuận Tây,quận 7
Đánh giá:
(1/1)
Hiện tại mình muốn bán căn nhà đang ở tại Quận 7, gần khu chế xuất Tân Thuận, Phú Mỹ Hưng:
Thông tin liên hệ
- Diện tích:
- Giá: 35 tr/m2
- Liên hệ:
- Điện thoại: 0915635139
- Email:
Trạng thái tin rao
Ví dụ như:
- Nhà này đã bán rồi
- Nhà này đã cho thuê rồi
- Chủ nhà này khó tính lắm
- Nhà này hay mất nước lắm ==> đừng thuê !
- Ở chung với chủ nhà này thật không chịu nổi !
- etc...
Bán nhà riêng TP Hồ Chí Minh
Vị trí: 274 Nguyễn Văn Tạo, xã Long Thới, H. Nhà Bè, TP. HCM; Gần trường quốc tế Mỹ và trường mầm non Đồng Xanh.Ngang 4.9m , dài 9.3m Diện tích sử dụng : 91.14m Giá: 1,1 tỷNhà 1 trệt 1 lầu, không gian thoáng. 1 PK, 3 phòng riêng, 1 ban công, trước nhà có hàng rào gỗ trắng.Nhà đổ 2 tấm nên có thể xây 1 lầu nữ nếu muốn.Tình trạng: Giao nhà hoàn ...Loại tin:Mua bán nhà đấtGiá:-1100000Diện tích:-1Quận/Huyện:Nhà Bè, TPHCMĐăng lúc:27/04 12:00
GIÁ BÁN TỪ 2,9 TỶ/CĂN (GIAO THÔ)ĐẶC BIỆTNGÂN HÀNG HỖ TRỢ ĐẾN 50% GIÁ TRỊ CĂN NHÀ KÝ HỢP ĐỒNG THANH TOÁN TRƯỚC 65% NHẬN NGAY CHIẾT KHẤU 3% Vị trí khu đất toạ lạc gần góc đường Hòa Bình và Tô Hiệu . - Cách ngã 4 Hòa Bình và Tô Hiệu 200m- Cách đầm Đầm Sen 5ph- Gần căn hộ 8x Đầm Sen , Richstar - Novaland- Gần trường THPT Trần Cao Vân- Ngay ...Loại tin:Mua bán nhà đấtGiá:2,5 tỷDiện tích:65m2Quận/Huyện:Tân Phú, TPHCMĐăng lúc:27/04 11:57
Cần Bán Gấp Nhà Lầu Hẻm Xe Hơi 1806 Huỳnh Tấn Phát, xã Phú Xuân, thị xã Nhà Bè,ở ngay - Diện Tích: 4x12.75m, nhà gồm trệt, 1 lầu, sân thượng, 2PN, 1WC, 1PK, phòng bếp. Nhà mới đẹp, vào ở ngay. - Vị Trí: Hẻm trước nhà 6m,xe hơi ra vào thoải mái, không gian sống thoáng, gần cầu phú xuân, khu dân cư yên tĩnh. Khu dân trí cao, nhà cao tầng đồng ...Loại tin:Mua bán nhà đấtGiá:2250000000Diện tích:102Quận/Huyện:Quận 7, TPHCMĐăng lúc:27/04 11:57
Tôi cần tiền bán gấp nhà Lê Đình Cẩn, DT: 4x10m, đúc 1 tấm, hẻm thông thoáng, khu dân trí cao, gần chợ, bách hóa xanh tiện đi Tỉnh Lộ 10, Sổ hồng riêng, giá: 1.4 tỷ (TL). Liên hệ để xem nhà miễn phí 0902.731.399 A.ĐạtLoại tin:Mua bán nhà đấtGiá:1400000000Diện tích:40Quận/Huyện:Bình Tân, TPHCMĐăng lúc:27/04 11:57
Bán Gấp Nhà Hẻm 95 Lê Văn Lương, Phường Tân Kiểng, Quận 7, trệt, 2 lầu- Diện tích: 3x4m, 1 trệt, 2 lầu, 1WC, 2PN, nhà hiện đang cho thuê kinh doanh làm tóc.- Vị trí: Hẻm thông thoáng, đường không ngập nước, cách Lotte, Đại Học Tôn Đức Thắng, khu căn hộ cao cấp Sunrise City, Trung Sơn 5 phút, gần bệnh viện Tân Hưng, trường học cấp 1,2,3, khu an ninh, ...Loại tin:Mua bán nhà đấtGiá:670,000,000Diện tích:36Quận/Huyện:Quận 7, TPHCMĐăng lúc:27/04 11:38
Bán Gấp Nhà 1 Lầu Hẻm 184 Đường Nguyễn Văn Quỳ, Phú Thuận, Quận 7, sổ hồng riêng - Diện tích: 4.1x6.1m, TDTSD 55m2, nhà gồm 1 trệt, 1 lầu, 1PK, 2PN, 1WC, nhà mới thiết kế đẹp hài hoà tạo không gian sống thoải mái cho căn nhà diện tích nhỏ. - Vị trí: Hẻm trước nhà 2m, cách đường chính 50m, cách Huỳnh Tấn Phát 200m, hẻm bê tông thông thoáng ...Loại tin:Mua bán nhà đấtGiá:1500000000Diện tích:50Quận/Huyện:Quận 7, TPHCMĐăng lúc:27/04 11:19
Bán nhà hẻm cụt rộng, 2 xe 7 chỗ vào, đường Kỳ Đồng, Phường 8, Quận 3. gần khách sạn New Pacific, cầu Lê Văn Sỹ, Diện tích: 4,1m x 31,5m, DTKV: 129 m2, 1 lầu kiểu Pháp, giá 15,5 tỷ. Khu vực thích hợp làm văn phòng công ty và ở. Gần chợ, trường học, nhà thờ, bệnh viện, giao thông thuận lợi, nơi tập trung nhiều quán ăn lâu năm nổi tiếng, nhà ...Loại tin:Mua bán nhà đấtGiá:15500000000Diện tích:124Quận/Huyện:Quận 3, TPHCMĐăng lúc:27/04 11:19
Cam kết giá tốt thấp hơn 10% và chính xác nhất cho khách hàng lời ngay khi mua CHCC VIVA RIVERSIDE Nếu không mua được căn hộ giá tốt từ CĐT hãy gọi tôi: 0906.900.626 để có được những vị trí độc đẹp suất nội bộ tầng đẹp 8 - 10 - 12 - 18 - 19 - 21, view đẹp và giá cam kết tốt hơn CĐT và thị trường.Tại sao nên mua dự án Viva Riverside trong giai ...Loại tin:Mua bán nhà đấtGiá:-1000Diện tích:-1Quận/Huyện:Quận 6, TPHCMĐăng lúc:27/04 10:57
Nhà xây mới, sổ hồng, mặt tiền hẻm 1041 Trần Xuân Soạn, Tân Hưng, Q7- Diện Tích: 5.6x7.2m( đã trừ lộ giới). Nhà gồm: 1 trệt, 1 lầu, 2 phòng ngủ, 2WC, gara xe hơi 7 chỗ, nhà đẹp vào ở ngay- Vị Trí: gần chợ nhỏ đông đúc, hẻm thông cầu Him Lam, sạch sẽ, cao ráo, không ngập nước, nhà cao tầng đồng bộ, khu dân trí cao, cách Lotteria, ...Loại tin:Mua bán nhà đấtGiá:2,900,000,000Diện tích:80Quận/Huyện:Quận 7, TPHCMĐăng lúc:27/04 10:57
Nhà hẻm Chiến Lược, DT: 3.5x12m, đúc 2 tấm, khu vực đông dân cư gần chợ và trường học, bách hóa xanh. Hẻm 6m, rất thích hợp để ở cũng như kinh doanh buôn bán, giá bán 1.680 tỷ (TL). LH: 0934.130.455 C.ThủyLoại tin:Mua bán nhà đấtGiá:1680000000Diện tích:35Quận/Huyện:Bình Tân, TPHCMĐăng lúc:27/04 10:57
Tags (từ khóa) tin rao
Rao vặt nhà đất 24h mới nhất
- Bán căn góc 1.1 tỉ ở Long thới, Nhà Bè , mặt tiền
- Nhà phố Tân Phú 2 mặt tiền, 5 tầng
- CONDOTEL CITADINES MARINA HALONG
- Cho thuê văn phòng phố Láng Hạ diện tích từ 30m2-125m2. LH: 0964712026.
- BÁN KIOSK TRUNG TÂM THƯƠNG MẠI ÂU CƠ QUẬN TÂN PHÚ - LH 0909 042 403
- BÁN CHUNG CƯ MINI LẠC LONG QUÂN TÂY HỒ, DUY NHẤT 790TR.CĂN/2pn
- CĂN HỘ MILLENNIUM MASTERI QUẬN 4
- Cần Bán Gấp Nhà Lầu Hẻm Xe Hơi 1806 Huỳnh Tấn Phát, xã Phú Xuân, thị xã Nhà Bè,ở ngay
- ĐẤT TRUNG TÂM ĐÀ NẴNG, THUẬN LỢI KINH DOANH BUÔN BÁN
- Bán nhà hẻm Lê Đình Cẩn, gía 1.4 tỷ
- 1,35tỷ(15%) Sở Hữu Căn Biệt Thự Tuyệt Đẹp, Bình Yên Tại Khu Du Lịch Biển Bãi Dài Cam Ranh. LH: 0931227899
- oàn thiện cuộc sống gia đình bạn tại CH MHBR
- Bán đất nền mặt tiền
- Cần bán đất biệt thự An phú, Hải dương, Giá bán 12 triệu/m2
- bán cc 99 Trần Bình Chiết khấu sâu 5,5% miễn phí 3 năm phí dv
Mua bán nhà đất
Nhà đất theo tỉnh/thành phố
- Hà Nội
- Hải Phòng
- Bắc Ninh
- Vĩnh Phúc
- Đà Nẵng
- TPHCM
- Bình Dương
- Huế
- TP Vinh
- Nam Định
- Ninh Bình
- Phú Thọ
- Quảng Ninh
- Thái Bình
- Thái Nguyên
- Đồng Nai
- Cần Thơ
- Tiền Giang
- Trà Vinh
- Vĩnh Long
- Quảng Trị
- Quảng Ngãi
- Quảng Nam
- Quảng Bình
- Phú Yên
- Tây Ninh
- Sóc Trăng
- Cà Mau
- Đồng Tháp
- Bến Tre
- Hậu Giang
- Kiên Giang
- Bạc Liêu
- Bà Rịa - Vũng Tàu
- An Giang
- Long An
- Ninh Thuận
- Nghệ An
- Lâm Đồng
- Hà Nam
- Lào Cai
- Lạng Sơn
- Lai Châu
- Hưng Yên
- Hoà Bình
- Hải Dương
- Hà Giang
- Điện Biên
- Cao Bằng
- Bắc Giang
- Sơn La
- Thanh Hoá
- Kontum
- Khánh Hoà
- Hà Tĩnh
- Gia Lai
- Đắk Nông
- Đắk Lắk
- Bình Thuận
- Bình Phước
- Bình Định
- Yên Bái
- Tuyên Quang
- Bắc Cạn
- Xem thêm
Nhà đất theo quận/huyện
- Premier Residences Phú Quốc
- Premier Village Phú Quốc
- Vinhomes Gardenia Mỹ Đình
- Vinpearl Condotel Nha Trang
- Vinpearl Paradise Villas Phú Quốc
- Vinhomes Gardenia Mỹ Đình
- Vinhomes Gardenia Mỹ Đình
- Vinhomes Gardenia - Tag
- Vinpearl Condotel Nha Trang
- Condotel Nha Trang Vinpearl
- Vinpearl Condotel Nha Trang
- Vinpearl Condotel Nha Trang
- Vinhomes Gardenia Mỹ Đình
- kết quả bóng đá euro 2016
- lịch thi đấu euro 2016
- Premier Residences Phú Quốc
- Premier Village Phú Quốc
- Premier Residences Phú Quốc - Tag
- Premier Village Phú Quốc - Tag
- Vinpearl Condotel Nha Trang - Tag
- Vinhomes Gardenia Mỹ Đình - Tag
- Giá biệt thự Premier Village Phu Quoc Resort
- Căn hộ nghỉ dưỡng Premier Residences Phú Quốc hút hàng ngày ra mắt
- Cẩm nang đầu tư Premier Village Phú Quốc

markdown:
Hiện tại mình muốn bán căn nhà đang ở tại Quận 7, gần khu chế xuất Tân Thuận, Phú Mỹ Hưng:
1. Mô tả nhà: diện tích 6m x 16m, 1 gác lửng, 1 phòng khách, bếp, cầu thang gỗ, 1 toilet, có nhà để xe riêng nên các mẹ không sợ mùi xăng vô nhà đâu, có sân vườn hoa leo tươi mát, hẻm
[, nhà cách mặt tiền đường chính khoảng 30m, trên trục đường Nguyễn Văn Linh, khu dân trí cao, hàng xóm thân thiện. AN NINH TỐT. Để duy trì sự ổn định và AN NINH chung mình sẽ ưu đãi cho cư dân thân thiện định cư lâu dài, đặc biệt là hàng xóm ô tô](/o-to-do-cua)
2. Tiện ích có sẵn: điện, nước, net, cap đầy đủ.
3. Tiện ích công cộng: nhà gần chợ Tân Thuận Tây, chợ Tân Mỹ, Lottle Mart. Xung quanh bán kính 5 phút
[là các tiện ích của khu Phú Mỹ Hưng, bệnh viện FV, Bệnh viện Q7, BV Tâm Đức.](/xe-may) **xe máy**
4. Di chuyển: Thuận tiện đi quận 1, quận 5, quận 8 chỉ mất 5-7 phút. Có trạm xe buýt gần nhà để di chuyển đi BX Miền Tây, Quận 1.
5. Mục đích sử dụng: Phù hợp cho gia đình lớn hay kinh doanh, nhà xưởng.
6. Thông tin liên lạc: bạn nào quan tâm vui lòng gọi cho mình (0915.635.139) nha. Giá bán: 35tr/m2

Vary: Accept-Encoding