একাত্তরে যখন মুক্তিযুদ্ধ শুরু হয় তখন এ কে খন্দকার ছিলেন পাকিস্তান বিমানবাহিনীর ঢাকা ঘাঁটির সেকেন্ড ইন কমান্ড। মুক্তিযুদ্ধে যোগ দিয়ে ১৫ই মে ত্রিপুরার মতিননগরে পৌঁছার পর মুজিবনগর সরকার তাকে মুক্তিযুদ্ধের উপ-প্রধান সেনাপতি নিয়োগ করে। এরপর মুক্তিযোদ্ধাদের প্র