فیلم با نشان دادن کودکی الکس در آفریقا شروع می‌شود. الکس بچه‌ای بازیگوش بوده و پدرش هم سلطان جنگل. پدرش می‌خواهد او را برای جانشینی خود تربیت کند، ولی الکس فقط به دنبال بازی است. ناگهان در لحظه‌ای که پدرش حواسش به خاطر درگیری با شیر دیگری پرت می‌شود، انسان‌های شکارچی الکس را می‌گیرند و با خود می‌برند. پدرش او را دنبال می‌کند ولی موفق نمی‌شود. الکس به باغ وحش مرکزی نیویورک برده می‌شود، جایی که با رقصیدنش مردم را شاد می‌کند. در زمان حال، الکس، مارتی، ملمن و گلوریا در ماداگاسکار هستند و قصد دارند تا با هواپیمایی که پنگوئن‌ها آماده کرده‌اند به نیویورک بازگردند. آن‌ها پرواز می‌کنند، ولی در حین پرواز سوختشان تمام می‌شود و در منطقه‌ای سقوط می‌کنند. سپس آن‌ها درمی‌یابند که آن‌جا آفریقا است. به زودی الکس پدر و مادرش را پیدا می‌کند و حیوانات دیگر نیز با هم‌نوعان خود جفت می‌شوند. پدر الکس برای اعلام کردن این که پسرش جانشین خودش است مبارزه‌ای ترتیب می‌دهد؛ ولی چون الکس جز رقصیدن کار دیگری بلد نیست، شکست سختی می‌خورد و پدرش نیز مجبور می‌شود عنوان سلطانی خود را به ماکونگا (شیر بدجنس) بدهد. از طرف دیگر پنگوئن‌ها در حال آماده‌سازی مجدد هواپیما هستند. مارتی در بین هم‌نوعان خود جای گرفته و ملمن بین هم‌نوعان خود پزشک شده‌است. گلوریا هم با موتو-موتو دوست شده‌است.
اسم همراه های الکس در ماداگاسکار چیه؟
مارتی، ملمن و گلوریا