Pathogeen
Een pathogeen, ook ziektekiem genoemd, is een ziekteverwekker van biologische oorsprong. Meer specifiek: een micro-organisme of biologisch deeltje, dat een infectieziekte kan veroorzaken. Vergiften worden in het algemeen geen pathogenen genoemd. Pathogenen worden bestudeerd in de medische microbiologie. Er zijn verschillende biologische criteria op grond waarvan pathogenen kunnen worden ingedeeld.

Pathogeen als bijvoeglijk naamwoord betekent 'ziekteverwekkend' in de breedste zin van het woord en wordt ook buiten de medische microbiologie gebruikt.

Verschillende indelingscriteria

Obligaat of facultatief 
Obligate pathogenen zijn parasieten die hun levenscyclus niet kunnen voltooien zonder geschikte gastheren.
Facultatieve pathogenen behoren tot de normale microbiële huid- en darmflora, en veroorzaken pas problemen bij een verstoring van het natuurlijk evenwicht, bijvoorbeeld door de inname van antibiotica of door verzwakking van het immuunsysteem. Een voorbeeld is het in de darmen aanwezige gist Candida albicans.
Bacteriën hebben een slechte naam, maar de meeste bacteriën zijn niet pathogeen: de zogenoemde commensalen.

Soort deeltje 
 prionen - geen levende organismen, maar ingewikkelde eiwitten die ziekten veroorzaken
 virussen - ook geen levende organismen; veroorzaken ziekte doordat ze gastheercellen infecteren (binnendringen), die vervolgens (erg veel) nieuwe virusdeeltjes gaan produceren
 micro-organismen
 bacteriën
 eencellige dieren
 schimmels
 wormen

Geleedpotigen die ziekten kunnen veroorzaken (o.a. schurftmijt, haarfollikelmijt, hoofdluis, schaamluis) worden meestal niet tot de pathogenen gerekend.

Verspreidingsmechanismen 
Pathogenen worden op verschillende wijzen overgedragen: 
via de lucht, door middel van aerosol (uitgeniesde druppeltjes, zoals in het geval van het griepvirus), of door fomieten.  
via vectoren; bijvoorbeeld de mug die de malariaparasiet overdraagt.
door oppervlakkig of intiem lichaamscontact; de belangrijkste besmettingsroute van verkoudheden is door middel van handenschudden.
door gedeelde injectienaalden, of door uitwisseling van lichaamsvloeistoffen, zoals in het geval van hiv.
door de inname van besmet water of besmet voedsel, bijvoorbeeld bij buiktyfus.
door contact met een open wond, zoals bij tetanus.
van dier op mens en van mens op mens.

Preventie van transmissie 
Om verspreiding van een ziekte te voorkomen dient de verspreidingswijze bekend te zijn. Het Panamakanaal kon pas worden gerealiseerd nadat men erachter kwam dat de malaria die de arbeiders velde, verspreid werd door muggen. Dankzij de inzet van horren, klamboes en insecticiden, verdween het malariaprobleem vrijwel geheel. Ook de verspreiding van bijvoorbeeld aids kan inmiddels worden ingedamd, nu de manier van overdracht van het aidsvirus (via bloed en seksueel contact) bekend is. Algemene hygiënemaatregelen zijn tegen veel ziekteverwekkers effectief.

Infectieziekte
Microbiologie