Beker van België 1999-00
Het seizoen 1999/00 van de Beker van België in het voetbal begon in de zomer van 1999 en eindigde op 14 mei 2000 met de finale in het Koning Boudewijnstadion in Brussel. De beker ging naar KRC Genk, dat Standard Luik versloeg in de finale.

Laatste 16
Dit schema toont de 16 langst overgebleven clubs en de wedstrijden vanaf de 1/8ste finales. De 1/8ste finales worden net als de voorgaande rondes in één wedstrijd beslist. De kwartfinales en halve finales worden gespeeld met een heen- en terugmatch; de scores van beide wedstrijden worden telkens weergeven. De finale wordt gespeeld in één wedstrijd op neutraal terrein.

Finale

Topschutter
 Thordur Gudjonsson - KRC Genk (5 doelpunten)

Beker van België naar seizoen
Bekervoetbal 1999/00