Taxonomie van de krokodilachtigen
Krokodilachtigen zijn weliswaar een zeer oude, onveranderlijke groep, de classificatie van de krokodilachtigen is echter sterk aan verandering onderhevig door een constante aanvoer van nieuwe inzichten. De taxonomische status van sommige onderstaande groepen is daarom niet onomstreden. Onderstaand is voor de overzichtelijkheid de classificatie van de 'oerkrokodillen' en die van de moderne soorten gesplitst.

Moderne soorten

Vroeger, toen aan de orde Crocodilia ook veel uitgestorven groepen werden toegewezen, vatte men de moderne soorten samen in de familie Crocodylidae; de ingesloten groepen waren dan de onderfamilies Gavialinae, Crocodylinae en Alligatorinae. Nu de Crocodilia veel beperkter worden opgevat, is er ruimte gemaakt voor een indeling met families en superfamilies die de moderne soorten onderscheiden. Michael J. Benton geeft de volgende indeling, maar combineert een traditionele opvatting van de Crocodilia met een moderne van Crocodylidae:

Suborde Eusuchia
† Geslacht Hylaeochampsa
† Geslacht Allodaposuchus
 Superfamilie Gavialoidea
 Familie Gavialidae
 Onderfamilie Gavialinae
† Onderfamilie Gryposuchinae
 Onderfamilie Tomistominae
 Superfamilie Crocodyloidea
† Geslacht Pristichamphus
† Geslacht Borealosuchus
† Geslacht Prodiplocynodon
† Geslacht Brachyuranochampsa
† Geslacht Harpacochampsa
† Geslacht Asiatosuchus
 Familie Crocodylidae
† Onderfamilie Mekosuchinae 
 Onderfamilie Crocodylinae - Krokodillen
 Superfamilie Alligatoroidea
† Geslacht Leidyosuchus
† Geslacht Deinosuchus
† Geslacht Strangerochampsa
† Geslacht Brachychampsa
 Familie Alligatoridae
 Onderfamilie Alligatorinae - Alligators
 Onderfamilie Caimaninae - Kaaimannen

De meeste paleontologen zien tegenwoordig af van het toekennen van rangen en hechten meer waarde aan het bepalen van een stamboom die de onderlinge verwantschappen exact weergeeft, zoals deze van Brochu uit 1997:

 Eusuchia
   ├──Hylaeochampsa
   └──┬──Allodaposuchus
      └──Crocodilia
           ├──Gavialoidea
           │     ├──Eothoracosaurus
           │     └──┬──Thoracosaurus
           │        └──┬──Argochampsa
           │           ├──Eosuchus
           │           └──Gavialidae
           └──┬──Borealosuchus
              └──┬──Pristichampsus
                 └──Brevirostres
                     ├──Alligatoroidea
                     │   ├──Leidyosuchus
                     │   ├─?Deinosuchus
                     │   └──Globidonta
                     │       ├──Stangerochampsa
                     │       ├──Brachychampsa
                     │       └──Alligatoridae
                     └──Crocodyloidea
                         ├──Prodiplocynodon
                         └──┬──Asiatosuchus
                            └──┬──Brachyuranochampsa
                               └──┬──Harpacochampsa
                                  └──Crocodylidae

Uitgestorven groepen
In het traditionele systeem, waarin Crocodilia als veel omvattender gezien werd, was bijvoorbeeld een volgende soort indeling gebruikelijk:

 Superorde Crurotarsi
 Orde Crocodilia
 Onderorde Sphenosuchia
 Familie Terrestrisuchidae
 Familie Sphenosuchidae
 Onderorde Protosuchia
 Familie Protosuchidae
 Familie Shartegosuchidae
 Onderorde Mesosuchia
 Familie Hsisosuchidae
 Familie Gobiosuchidae
 Superfamilie Ziphosuchia
 Familie Notosuchidae
 Familie Sebecosuchidae
 Familie Baurusuchidae
 Familie Trematochampsidae
 (geen rang) Neosuchia
 Familie Peirosauridae
 Familie Elosuchidae
 Familie Bernissartiidae
 Familie Atoposauridae
 Familie Dyrosauridae
 Familie Pholidosauridae - Superkrokodillen
 Superfamilie Thalattosuchia - Zeekrokodillen
 Familie Teleosauridae
 Familie Metriorhynchidae
 Familie Goniopholididae
 Familie Paralligatoridae
 Onderorde Eusuchia (alle nog levende krokodillen, zie boven)

Benton geeft een volgende indeling waarin nog steeds traditionele rangen gebruikt worden (lastige tussenstappen krijgen echter op alle niveaus de "rang" "(sub, infra)divisie"), maar nu aangepast aan de moderne inzichten en hier gepresenteerd als stamboom:

Subdivisie Crurotarsi
Familie Ornithosuchidae
Infradivisie Crocodylotarsi
Familie Phytosauridae
Familie Stagonolepididae
Familie Rauisuchidae
Familie Poposauridae
Superorde Crocodylomorpha
Familie Saltoposuchidae
Familie Sphenosuchidae
Orde Crocodylia
Familie Protosuchidae
Divisie Mesoeucrocodylia
Familie Teleosauridae
Familie Metriorhynchidae
Subdivisie Metasuchia
Familie Notosuchidae
Familie Sebecidae
Infradivisie Neosuchia
Familie Goniopholididae
Suborde Eusuchia
Familie Gavialidae
Familie Crocodylidae
Familie Alligatoridae