Chromatine-immunoprecipitatie
Chromatine-immunoprecipitatie (afgekort ChIP) is een methode uit de moleculaire biologie om interacties van eiwitten met kernmateriaal (DNA; chromatine) na te gaan. Zo kunnen (DNA-bindende) transcriptiefactoren opgespoord worden.

Protocol
Permanent vasthechten van de eiwitten (transcriptiefactoren) door een zachte fixatie met formaldehyde
DNA-extractie uit de cel
In stukjes knippen van DNA-strengen door middel van sonicatie
Verwijderen van aspecifieke bindingen met behulp van proteine A agarose parels
Specifieke antilichaam-binding
Precipitatie van deze DNA-eiwit-antilichaam-complexen met proteine A agarose parels
Afgieten supernatant (met DNA dat niet aan het geselecteerde eiwit bindt)
Wassen van de parels
elutie van het DNA
Scheiding van DNA en gebonden eiwit
Zo bekomt men een verzameling (korte) DNA-fragmenten waarvan men weet dat ze interageren met de transcriptiefactor.

Vervolgens kunnen deze fragmenten verder onderzocht worden 
met een klassieke PCR (goedkoper)
met een DNA-microarray (ChIP on chip) (duurder maar miljoenen sequenties tegelijkertijd)
met Sequencing (ook wel ChIP-seq genoemd)

moleculaire biologie