title: Prédiction de liens fonctionnels par détection de coévolution entre familles de gènes : application aux gènes du cycle cellulaire chez les Firmicutes
text: !*3//#!2*3///=!5* 1 * 1. #1,#& $.<1,.// &D. 1,#&.$ 1 #1 A &!6* 8 * 8!2 +% % 7B* B*,<@.// 01, BC.// 01 >'.// 1! >/.// 1! >=.// 1! ><,? L.// 1 > & >.// 1!!2.(1 BC $>'>/ %>= ><!!>! ;;;* ;.// $ 1! :! : ;,3$,! 3.// $ 1! :! : ;*.// #1! :! : -. ( + M <.// 01 2 &! %-*. 434.9
  
  Récapitulatif des phyl
  
  ogéni
  
  es des
  
  familles de gènes. Les phylogénies construites avec des alignements nettoyés de moins de 100 positions sont représentées en rouge. Les familles multigéniques sont présentées dans des cases gris
  
  ées
  
  tandis que
  
  familles/sous-familles monogéniques sont dans des cases blanches. . /$/$&'&(&!&". /$/$&'&(& 4". /$/$&'&(& 4 0%+=" *.0 *.) *. *.5 *.6690 *.666 *.89. /$/$&'&(& 2'4" B A.0. /$/$&'&(&!&".10 Nombre de gènes du cycle cellulaire analysés pour chaque souche. 1. AlaS. 2372 séquences, 1390 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 2. Alr PCDP6. 2485 séquences, 1401 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 3. Aslfm. 1329 séquences, 248 positions, FastTree, WAG+G4 4. CDP1 (Ccrz). 1574 séquences, 1810 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 5. CozE. 3293 séquences, 149 positions, FastTree, WAG+G4 6. CpsD ParA MinD. 3928 séquences, 4132 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 7. DacA DacB DacF. 2732 séquences, 2760 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 8. Ddl. 6829 séquences, 5359 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 9. DivIC FtsL. 1985 séquences, 659 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 10. DivIVA GpsB. 1668 séquences, 768 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 11. DnaA DnaI. 2934 séquences, 1737 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 12. DnaB. 1285 séquences, 374 positions, FastTree, WAG+G4 13. DnaD. 1587 séquences, 1853 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 14. DnaG. 1053 séquences, 222 positions, FastTree, WAG+G4 15. DnaN. 1090 séquences, 804 positions, FastTree, WAG+G4 16. FtsA Mbl MreB MreBH. 3707 séquences, 128 positions, FastTree, WAG+G4 17. FtsH ClpX SpoVK. 5671 séquences, 4884 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 18. FtsJ. 1828 séquences, 151 positions, FastTree, WAG+G4 19. FtsK. 2515 séquences, 135 positions, FastTree, WAG+G4 20. FtsW RodA SpoVE (SEDS). 10 séquences, 193 positions, FastTree, WAG+G4 21. FtsX. 3030 séquences, 8261 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 22. FtsY. 2325 séquences, 228 positions, FastTree, WAG+G4 23. GatD. 1012 séquences, 239 positions, FastTree, WAG+G4 24. GidA. 1816 séquences, 304 positions, FastTree, WAG+G4 449 25. GlmM. 2432 séquences, 300 positions, FastTree, WAG+G4 26. GlmS. 3495 séquences, 64 positions, FastTree, WAG+G4 27. GlmU. 9133 séquences, 4787 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 28. IleS ValS LeuS. 4955 séquences, 236 positions, FastTree, WAG+G4 29. LysA. 1130 séquences, 297 positions, FastTree, WAG+G4 30. MraW. 1929 séquences, 133 positions, FastTree, WAG+G4 31. MraY WecA. 1951 séquences, 227 positions, FastTree, WAG+G4 32. Mtf. 2039 séquences, 132 positions, FastTree, WAG+G4 33. MurA MurZ. 2756 séquences, 273 positions, FastTree, WAG+G4 34. MurB. 2164 séquences, 134 positions, FastTree, WAG+G4 35. MurC MurD MurE MurF MurT. 5829 séquences, 88 positions, FastTree, WAG+G4 36. MurG. 1844 séquences, 120 positions, FastTree, WAG+G4 37. MurI Asr. 2626 séquences, 57 positions, FastTree, WAG+G4 38. MurJ YabM YkvU SpoVB. 3090 séquences, 158 positions, FastTree, WAG+G4 39. MurK. 309 séquences, 154 positions, FastTree, WAG+G4 40. MurN MurM FemA FemB FemX fmh. 1037 séquences, 265 positions, FastTree, WAG+G4 41. MurQ. 884 séquences, 175 positions, FastTree, WAG+
  
  42. NagA. 4780 séquences, 3730 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 43. NagB. 1201 séquences, 189 positions, FastTree, WAG+G4 44. Noc ParB. 1897 séquences, 1914 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 45. PBPs. 6425 séquences, 7816 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 46. NudF. 6439 séquences, 2500 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 47. Pfs. 2231 séquences, 1930 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 48. PhpP. 1102 séquences, 131 positions, FastTree, WAG+G4 49. PriA, Mfd, RecG. 7733 séquences, 120 positions, FastTree, WAG+G4 50. RacA. 473 séquences, 84 positions, FastTree, WAG+G4 450 51. Smc RecN RecF SbcC. 3664 séquences, 87 positions, FastTree, WAG+G4 52. SpoIID LytB(BS). 684 séquences, 129 positions, FastTree, WAG+G4 53. SpoIIE. 1260 séquences, 89 positions, FastTree, WAG+G4 54. SpoIIIJ. 1636 séquences, 1359 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 55. CDP4 (Spr1400). 726 séquences, 65 positions, FastTree, WAG+G4 56. StkP. 1870 séquences, 68 positions, FastTree, WAG+G4 57. SunL. 2560 séquences, 55 positions, FastTree, WAG+G4 58. TilS. 2105 séquences, 105 positions, FastTree, WAG+G4 59. WalH WalI. 1190 séquences, 1445 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 60. WalJ. 6750 séquences, 4522 positions sans nettoyage, FastTree, WAG+G4 61. WalK. 1818 séquences, 326 positions, FastTree, WAG+G4 62. WalR. 8565 séquences, 123 positions, FastTree, WAG+G4 63. XerC XerD XerS. Liste des arbres phylogénétiques non racinés des
  
  
  
  familles/sous
  
  -familles de gènes. Les barres d’echelle représentent le nombre moyen de substitutions par site. La couleur des feuilles correspond à la taxonomie. Les cercles aux noeuds correspondent aux valeurs de boostrap (gradietn de 0% à 100%, rouge : 0%, vert :100%). 1. A3, PBP1a(SP), PBP1(BS). 176 séquences, 518 positions, RAxML, LG+F+I+G4 2. A4, PBP2a(SP), PBP2c(BS). 203 séquences, 478 positions, RAxML, LG+F+I+G4 3. A5, PBP1b,(SP), PBP4(BS). 38 séquences, 526 positions, RAxML, LG+F+I+G4 4. A6, PBP1c(EC). 114 séquences, 525 positions, RAxML, LG+I+G4 5. AlaS, LovB. 305 séquences, 786 positions, RAxML, LG+F+I+G4 6. Alr-like. 155 séquences, 144 positions, RAxML, LG+G4 7. Alr, DadX(EC). 362 séquences, 247 positions, RAxML, LG+I+G4 8. AnmK. 28 séquences, 364 positions, RAxML, LG+G4 9. Aslfm. 59 séquences, 365 positions, RAxML, LG+F+G4 10. Asr. 159 séquences, 155 positions, RAxML, LG+I+G4 11. AX1. 213 séquences, 448 positions, RAxML, LG+F+I+G4 12. B1, PBP3(BS). 88 séquences, 543 positions, RAxML, LG+F+I+G4 13. B3, SpoVD(BS), PBP3(EC). 65 séquences, 635 positions, RAxML, LG+I+G4 14. B4, PBP2x(SP), PBP2b(BS). 357 séquences, 445 positions, RAxML, LG+F+I+G4 15. B5, PBP2b(SP), PBP2a(BS), PBPH(BS). 372 séquences, 327 positions, RAxML, LG+F+I+G4 16. B6, PBP4b(BS). 106 séquences, 335 positions, RAxML, LG+I+G4 17. BX1. 85 séquences, 361 positions, RAxML, LG+I+G4 18. CDP1. 123 sé
  
  , 199 positions, RAxML, LG+I+G4 19. CDP3(RocS). 75 séquences, 99 positions, RAxML, LG+G4 515 20. CDP4. 157 séquences, 63 positions, RAxML, LG+F+G4 21. ClpX, LocP. 316 séquences, 363 positions, RAxML, LG+I+G4 22. CozE1. 90 séquences, 333 positions, RAxML, LG+F+G4 23. CozE2. 92 séquences, 294 positions, RAxML, LG+F+I+G4 24. CozE3. 152 séquences, 316 positions, RAxML, LG+F+I+G4 25. CozE4. 154 séquences, 230 positions, RAxML, LG+F+I+G4 26. CpsB, Cap1B, Wzb. 227 séquences, 148 positions, RAxML, LG+G4 27. CpsC, Wzd. 338 séquences, 143 positions, RAxML, LG+F+G4 28. CpsD. 278 séquences, 162 positions, RAxML, LG+G4 29. DacA(BS), PBP5(BS), DacC(EC), PBP6(EC). 275 séquences, 214 positions, RAxML, LG+F+I+G4 30. DacB(BS), PBP5*(BS), DacD(EC), PBP6b(EC). 157 séquences, 242 positions, RAxML, LG+I+G4 31. DacC(BS), PBP4a(BS), DacB(EC), PBP4(EC). 24 séquences, 451 positions, RAxML, LG+I+G4 32. DacF(BS), DacA(EC), PBP5(EC). 168 séquences, 298 positions, RAxML, LG+I+G4 33. Ddl. 263 séquences, 268 positions, RAxML, LG+I+G4 34. DivIC(BS), FtsB(EC). 314 séquences, 31 positions, RAxML, LG+F+G4 35. DivIVA. 284 séquences, 141 positions, RAxML, LG 36. DnaA. 312 séquences, 342 positions, RAxML, LG+I+G4 37. DnaB(BS). 181 séquences, 193 positions, RAxML, LG+I+G4 38. DnaB1(EC), DnaC(BS). 304 séquences, 387 positions, RAxML, LG+F+I+G4 39. DnaB2. 29 séquences, 379 positions, RAxML, LG+I+G4 40. DnaD. 293 séquences, 92 positions, RAxML, LG+G4 41. DnaG. 305 séquences, 346 positions, RAxML, LG+I+G4 42. DnaI. 183 séquences, 240 positions, RAxML, LG+F+I+G4 516 43. DnaN. 322 séquences, 273 positions, RAxML, LG+F+I+G4 44. EzrA. 164 séquences, 406 positions, RAxML, LG+F+G4 45. FemA. 19 séquences, 418 positions, RAxML, LG+F+I+G4 46. FemB. 19 séquences, 419 positions, RAxML, LG+G4 47. FemX. 67 séquences, 298 positions, RAxML, LG+I+G4 48. Fmh. 26 séquences, 406 positions, RAxML, LG+F+G4 49. FtsA. 244 séquences, 335 positions, RAxML, LG+I+G4 50. FtsE. 243 séquences, 226 positions, RAxML, LG+I+G4 51. FtsH1, HflB, MrsC, Std, TolZ. 312 séquences, 515 positions, RAxML, LG+I+G4 52. FtsH2. 57 séquences, 553 positions, RAxML, LG+I+G4 53. FtsH3. 108 séquences, 413 positions, RAxML, LG+I+G4 54. FtsJ, MrsF, RrmJ. 284 séquences, 231 positions, RAxML, LG+I+G4 55. FtsK1(EC), SpoIIIE(BS). 321 séquences, 487 positions, RAxML, LG+I+G4 56. FtsK2(EC), SftA(BS). 90 séquences, 477 positions, RAxML, LG+I+G4 57. FtsL, MraR. 304 séquences, 25 positions, RAxML, 58. FtsQ(EC), DivIB(BS). 304 séquences, 72 positions, RAxML, LG+F+G4 59. FtsW. 298 séquences, 258 positions, RAxML, LG+F+I+G4 60. FtsX, ftsS. 253 séquences, 219 positions, RAxML, LG+F+I+G4 61. FtsY. 304 séquences, 284 positions, RAxML, LG+I+G4 62. FtsZ. 316 séquences, 292 positions, RAxML, LG+G4 63. GatD1. 138 séquences, 277 positions, RAxML, LG+I+G4 64. GatD2. 34 séquences, 316 positions, RAxML, LG+G4 65. GatD3. 28 séquences, 305 positions, RAxML, LG+I+G4 66. GatD4 62 séquences, 263 positions, RAxML, LG+I+G4 67. GidA, MnmG, TrmF. 293 séquences, 602 positions, RAxML, LG+I+G4 68. GidB, RsmG. 305 séquences, 190 positions, RAxML, LG+I+G4 517 69. GlmM, MrsA, FemD(SA). 303 séquences, 416 positions, RAxML, LG+I+G4 70. GlmS. 307 séquences, 536 positions, RAxML, LG+I+G4 71. GlmU. 300 séquences, 425 positions, RAxML, LG+I+G4 72. GpsB. 172 séquences, 81 positions, RAxML, LG+I+G4 73. IleS1. 232 séquences, 856 positions, RAxML, LG+F+I+G4 74. IleS2. 91 séquences, 966 positions, RAxML, LG+F+I+G4 75. Jag, EloR. 255 séquences, 158 positions, RAxML, LG+I+G4 76. LeuS. 304 séquences, 744 positions, RAxML, LG+I+G4 77. LysA1. 227 séquences, 386 positions, RAxML, LG+I+G4 78. LysA2. 62 séquences, 410 positions, RAxML, LG+I+G4 79. LysA3. 26 séquences, 318 positions, RAxML, LG+I+G4 80. LytB(BS), CwbA. 126 séquences, 189 positions, RAxML, LG+I+G4 81. LytB(SP). 5 séquences, 604 positions, RAxML, JTT+F+I 82. MacP. 134 séquences, 25 positions, RAxML, LG+G4 83. Maf. 205 séquences, 150 positions, RAxML, LG+I+G4 84. MapZ, LocZ. 39 séquences, 349 positions, RAxML, LG+F+I+G4 85. Mbl. 229 séquences, 311 positions, RAxML, LG+I+G4 86. Mfd. 304 séquences, 879 RAxML, LG+I+G4 87. MGT1. 18 séquences, 261 positions, RAxML, LG+G4 88. MGT2. 8 séquences, 258 positions, RAxML, LG+G4 89. MinC. 209 séquences, 130 positions, RAxML, LG+I+G4 90. MinD. 206 séquences, 245 positions, RAxML, LG+I+G4 91. MinE. 106 séquences, 64 positions, RAxML, LG+G4 92. MinJ. 154 séquences, 257 positions, RAxML, LG+F+G4 93. MraW, RsmH. 319 séquences, 278 positions, RAxML, LG+F+I+G4 94. MraY, MurX. 310 séquences, 253 positions, RAxML, LG+F+I+G4 518 95. MraZ. 239 séquences, 135 positions, RAxML, LG+I+G4 96. MreB. 231 séquences, 315 positions, RAxML, LG+I+G4 97. MreBH. 42 séquences, 330 positions, RAxML, LG+G4 98. MreC. 296 séquences, 159 positions, RAxML, LG+F+I+G4 99. MreD. 290 séquences, 76 positions, RAxML, LG+F+G4 100. Mtf, Fmt. 305 séquences, 282 positions, RAxML, LG+I+G4 101. MurA1. 265 séquences, 383 positions, RAxML, LG+I+G4 102. MurA2. 97 séquences, 390 positions, RAxML, LG+I+G4 103. MurB1. 248 séquences, 258 positions, RAxML, LG+I+G4 104. MurB2. 72 séquences, 284 positions, RAxML, LG+I+G4 105. MurC. 304 séquences, 346 positions, RAxML, LG+I+G4 106. MurD. 305 séquences, 343 positions, RAxML, LG+I+G4 107. MurE. 360 séquences, 326 positions, RAxML, LG+I+G4 108. MurF. 335 séquences, 295 positions, RAxML, LG+G4 109. MurG1. 200 séquences, 312 positions, RAxML, LG+I+G4 110. MurG2. 123 séquences, 318 positions, RAxML, LG+I+G4 111. MurI. 329 séquences, 184 positions, RAxML, LG+I+G4 112. MurJ, MviN. 201 séquences, 426 positions, RAxML, LG+F+I+G4 113. MurK. 99 séquences, 153 positions, RAxML, LG+I+G4 114. MurM. 39 séquences, 396 positions, xML, LG+I+G4 115. MurN. 62 séquences, 351 positions, RAxML, LG+I+G4 116. MurQ. 157 séquences, 283 positions, RAxML, LG+I+G4 117. MurT. 186 séquences, 343 positions, RAxML, LG+I+G4 118. MurZ. 251 séquences, 382 positions, RAxML, LG+I+G4 119. NagA. 277 séquences, 268 positions, RAxML, LG+I+G4 120. NagB, GlmD. 244 séquences, 214 positions, RAxML, LG+I+G4 519 121. Noc. 191 séquences, 228 positions, RAxML, LG+I+G4 122. NudF. 297 séquences, 157 positions, RAxML, LG+I+G4 123. ParA, Soj. 240 séquences, 240 positions, RAxML, LG+I+G4 124. ParB, Spo0J. 304 séquences, 220 positions, RAxML, LG+I+G4 125. PCDP10. 183 séquences, 140 positions, RAxML, LG+I+G4 126. PCDP4. 84 séquences, 131 positions, RAxML, VT+F+G4 127. PCDP6. 260 séquences, 189 positions, RAxML, LG+I+G4 128. PCDP7. 273 séquences, 60 positions, RAxML, LG+F+G4 129. PCDP8. 287 séquences, 161 positions, RAxML, LG+I+G4 130. Pfs, MtnM. 252 séquences, 192 positions, RAxML, LG+I+G4 131. PhpP, PppL. 304 séquences, 152 positions, RAxML, LG+I+G4 132. PriA. 305 séquences, 563 positions, RAxML, LG+I+G4 133. RacA. 40 séquences, 117 positions, RAxML, LG+G4 134. RadC. 353 séquences, 174 positions, RAxML, LG+I+G4 135. RecA, LexB, RecH, RnmB. 318 311 positions, RAxML, LG+I+G4 136. RecF. 304 séquences, 289 positions, RAxML, LG+I+G4 137. RecG. 303 séquences, 536 positions, RAxML, LG+I+G4 138. RecN. 304 séquences, 442 positions, RAxML, LG+F+I+G4 139. RecR, RecM. 304 séquences, 193 positions, RAxML, LG+I+G4 140. RecU, PrfA. 196 séquences, 164 positions, RAxML, LG+G4 141. RodA, MrdB. 371 séquences, 278 positions, RAxML, LG+F+I+G4 142. RodA2. 42 séquences, 295 positions, RAxML, LG+F+G4 143. RodZ. 243 séquences, 102 positions, RAxML, LG+F+I+G4 144. Rtp. 30 séquences, 112 positions, RAxML, LG+G4 145. SbcC1. 126 séquences, 340 positions, RAxML, LG+F+I+G4 146. SbcC2. 75 séquences, 662 positions, RAxML, LG+F+I+G4 520 147. ScpA. 297 séquences, 153 positions, RAxML, LG+I+G4 148. ScpB. 297 séquences, 138 positions, RAxML, LG+I+G4 149. SepF. 306 séquences, 82 positions, RAxML, LG+F+I+G4 150. Smc. 298 séquences, 643 positions, RAxML, LG+F+I+G4 151. Spo0M. 80 séquences, 111 positions, RAxML, LG+G4 152. SpoIID, SpoIIC. 167 séquences, 209 positions, RAxML, LG+I+G4 153. SpoIIE, SpoIIH. 165 séquences, 473 positions, RAxML, LG+F+I+G4 154. SpoIIGA. 162 séquences, 152 positions, RAxML, LG+F+I+G4 155. SpoIIID. 168 séquences, 77 positions, RAxML, LG+G4 156. SpoIIIJ1, MisCA. 292 séquences, 157 positions, RAxML, LG+F+I+G4 157. SpoIIIJ2, MisCB. 172 séquences, 200 positions, RAxML, LG+I+G4 158. SpoVB, SpoIIIF. 158 séquences, 422 positions, RAxML, LG+F+I+G4 159. SpoVE. 189 séquences, 321 positions, RAxML, LG+F+I+G4 160. SpoVG. 236 séquences, 76 positions, RAxML, LG+G4 . SpoVK, SpoVJ. 179 séquences, 215 positions, RAxML, LG+I+G4 162. StkP(SP), PknB(MT), Stk1(SA), PrkC(BS). 307 séquences, 325 positions, RAxML, LG+I+G4 163. SunL. 302 séquences, 330 positions, RAxML, LG+F+I+G4 164. TilS, MesJ. 300 séquences, 194 positions, RAxML, LG+I+G4 165. TolQ. 29 séquences, 156 positions, RAxML, LG+I+G4 166. TolR. 30 séquences, 111 positions, RAxML, LG+I+G4 167. ValS. 305 séquences, 808 positions, RAxML, LG+I+G4 168. WalH. 184 séquences, 78 positions, RAxML, LG+G4 169. WalI. 184 séquences, 68 positions, RAxML, LG+I+G4 170. WalJ. 278 séquences, 234 positions, RAxML, LG+I+G4 171. WalK, VicK. 216 séquences, 454 positions, RAxML, LG+F+I+G4 172. WalR. 195 séquences, 216 positions, RAxML, LG+I+G4 521 173. WecA, Rfe. 284 séquences, 296 positions, RAxML, LG+F+I+G4 174. XerC. 165 séquences, 255 positions, RAxML, LG+I+G4 175. XerD, XprB, RipX. 246 séquences, 258 positions, RAxML, LG+I+G4 176. XerS. 117 séquences, 272 positions, RAxML, LG+F+I+G4 177. YabM. 289 séquences, 363 positions, RAxML, LG+F+G4 178. YkvU. 18 séquences, 438 positions, RAxML, LG+F+G4 179. ZapA. 702 
  
  : % % % %'' '! +) '! +) 4 %5! 4 %5 %!"! # $ % % '... '... 6/#!+. 7 % &' (! 6/#!+. 7!+/!+/!+ ''-% )*!+,!+!+!+ ''-% '-/ 8.- '-, & '!". '-/ 8.- '..!+ '..% /!+%!+0 - '..!+'), )* 1 '..%')!+ ( 9''...!&!(,!+ ( # $ 8.!!!., 2 9!+1!+!!" '../ 3' 0 & # $ 8.!! + %! $!!+1!+!!/ )+ % %''! +) 4 %5 % '... 6/#!+. 704.15 FT proies présentant une synténie avec des FCC. FT proies présentant une synténie avec des FCC. Un seuil de 0,12 de coefficient de Jaccard a été utilisé. Les FT surlignées en gris correspondent à des fonctions générales ou inconnues.
  
  706.16 FT corrélant avec des FCC du clan Spo.
  
  FT
  
  corrélant avec des FCC du clan Spo. La correspondance entre les familles identifiées par [468] et celles identifiées dans cette étude est représentée. Les FT correspondant à des FCC sont indiquées en bleu clair. 708.17 FT corrélant avec des FCC du clan Bacilli. FT corrélant avec des FCC du clan Bacilli. Les FT correspondant à des FCC sont indiquées en bleu clair. Les FT bien construites sont annotées en vert, celles mal reconstruites en rouge et celles dont la qualité de reconstruction est difficile à établie avec un «? ». 710.18 FT corrélant avec d’autres FCC. FT corrélant avec d’autres FCC. Les FT correspondant à des FCC sont indiquées en bleu clair. 712.19 Comparatif des différents outils de visualisation de contextes génomiques. Comparatif des différents outils de visualisation de contextes génomiques. 714.20 Différents formats utilisés par GeneSpy. 1. Format des fichiers GFF (Generic Feature File) 2. Format des fichiers GFM (GFf Minimal content) 3. Format des listes de qsouches 4. Format des fichiers d’entrée 5. Format de fichiers de coloration
  
  716 +,,. # $%&'%())* /0! " 1,,. 2 2 2 2 2 23 4 0 5 +,,. " 2 2( $ "&(6 7 /0 8" * 9,,. " 2 0 : +,,. $ * /0 +,,. " 2 /0.21
  
  Publications scientifiques publiées au cours de ma thèse
  
  . Publications acceptées Garcia PS, Simorre JP, Brochier-armanet C, Grangeasse C. Cell division of Streptococcus pneumoniae : think positive!. Curr Opin Microbiol. 2016 ;34 :18-23. Zucchini L, Mercy C, Garcia PS, et al. PASTA repeats of the protein kinase StkP interconnect cell constriction and separation of Streptococcus pneumoniae. Nat Microbiol. 2018 ;3(2) :197-209. Fenton AK, Manuse S, Flores-kim J, et al. Phosphorylation-dependent activation of the cell wall synthase PBP2a in by MacP. Proc Natl Acad Sci USA. 2018 ;115(11) :2812-2817. Garcia PS, Jauffrit F, Grangeasse C, Brochier-armanet C. GeneSpy, a user-friendly and flexible genomic context visualizer. Bioinformatics. 2018 ; Carriel D and Garcia PS, Castelli F, et al. A novel subfamily of bacterial AAT-fold basic amino acid decarboxylases and functional characterization of its first representative : Pseudomonas aeruginosa LdcA. Genome Biol Evol. 2018 ; Publications en révisions Mercy C, Lavergne JP,Slager J, Ducret A, Garcia PS, Noirot-Gros MF, Dubarry N, Nourikyan J, Veening JW, Grangeasse C. RocS drives chromosome segregation and nucleoid occlusion in Streptococcus pneumoniae. BioRxiv (https://www.biorxiv.org/content/early/2018/07/03/359943). 2018. Kandiah E, Carriel-Lopez D, Garcia PS, Banzhaf M, Félix J, Bacia M, Kritikos G, Typas A, Brochier-Armanet C, Elsen S and Gutsche I. Structural, functional, and evolutionary insights 722 into the lysine decarboxylase LdcA, a novel player in Pseudomonas aeruginosa polyamine metabolism and antibiotics resistance. Publications en cours d’écriture Garcia PS, Duchemin W, Brochier-Armanet C, Grangeasse C. Etude phylogénomique des protéines du cycle cellulaire chez les Firmicutes. Cohen D, Garcia PS, Brochier-Armanet C, Chemin I. Impact de l’aflatoxine sur les mutations chez HBV. 723.