Puedes usar la función itertools.chain para unir los elementos de los arrays internos en un único array. Aquí está el código:
import itertools
array = [[1,2,3],[4,5,6]]
result = list(itertools.chain(*array))
print(result)
Output: [1,2,3,4,5,6]

Tu código no funciona porque la list comprehension está construida de manera incorrecta. Al poner elemento for elemento in linea for linea in array, primero se está recorriendo todas las líneas y luego se está recorriendo cada elemento de cada línea. Esto resulta en la lista de elementos repetidos.
spam fails_task lang_mismatch pii not_appropriate hate_speech sexual_content quality toxicity humor helpfulness creativity violence