Le tecniche d'analisi metabolomiche più comuni includono la spettroscopia di risonanza magnetica nucleare (NMR), la spettrometria di massa (MS) e la cromatografia liquida (LC). Tuttavia, le tecniche utilizzate dipendono anche dal tipo di campione che si sta analizzando, dal livello di dettaglio richiesto e dalla disponibilità delle strumentazioni e degli esperti necessari per effettuare le analisi. Pertanto, la scelta della tecnica d'analisi più indicata dipende da una serie di fattori specifici del caso in questione.
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