Es gibt ein Tool namens "SakasaMouse", das genau das tut. 
Es gibt auch selbstgeschriebene Software, zum Beispiel in einem Post auf dem Superuser/StackExchange Forum: 
[How can I reverse mouse movement (X & Y axis) system-wide?](https://superuser.com/questions/406502/how-can-i-reverse-mouse-movement-x-y-axis-system-wide-win-7-x64)
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