['yellow', 'circle', 'will', 'become', 'black', 'in', 'areas', 'where', 'contact', 'is', 'being', 'made.', 'It', 'is', 'best', 'if', 'the', 'entire', 'circle', '14.', 'Once', 'sufficient', 'contact', 'has', 'been', 'made,', 'slide', 'the', 'Survey/Contact/ATR', 'selector', 'back', 'into', 'the', 'ATR', 'position.', '15.', 'Switch', 'the', 'microscope', 'from', 'the', 'View', 'to', 'the', 'IR', 'mode,', 'ensure', 'the', 'microscope', 'is', 'in', 'the', 'Reflection', 'and', 'not', 'the', 'Transmission', 'mode,', 'and', 'load', 'the', 'Microscope', 'ATR', 'experiment', 'file', 'in', 'the', 'OMNIC', 'E.S.P.', 'becomes', 'black,', 'but', 'some', 'samples', 'may', 'not', 'contact', 'over', 'the', 'entire', 'area.', 'CAUTION:', 'If', 'the', 'sample', 'stage', 'is', 'continually', 'raised', 'in', 'an', 'attempt', 'to', 'make', 'good', 'contact', 'between', 'the', 'sample', 'and', 'the', 'crystal,', 'too', 'much', 'pressure', 'may', 'be', 'placed', 'on', 'the', 'crystal.', 'Excess', 'pressure', 'can', 'damage', 'the', 'ZnSe', 'crystal.', 'Be', 'aware', 'of', 'the', 'following', 'symptoms', 'which', 'suggest', 'that', 'the', 'pressure', 'is', 'getting', 'too', 'high:', 'the', 'dark', 'yellow', 'circle', 'begins', 'to', 'de-focus,', 'the', 'contact', 'alert', 'sensor', 'alarms,', 'or', 'slight', 'pressure', 'is', 'felt', 'while', 'raising', 'the', 'stage.', 'If', 'any', 'of', 'these', 'symptoms', 'appear', 'and', 'the', 'dark', 'yellow', 'circle', 'has', 'not', 'turned', 'black,', 'the', 'sample', 'may', 'need', 'to', 'be', 'repositioned', 'on', 'the', 'stage.', 'Some', 'samples', '(e.g.', 'un-', 'coated', 'paper)', 'are', 'not', 'good', 'candidates', 'for', 'ATR', 'microspectroscopy,', 'because', 'they', 'rarely', 'make', 'good', 'contact', 'with', 'the', 'crystal,', 'no', 'matter', 'how', 'much', 'pressure', 'is', 'used.', 'software.', 'If', 'this', 'experiment', 'file', 'does', 'not', 'exist,', 'open', 'the', 'Experiment', 'Setup', 'dialog', 'box', 'and', 'make', 'the', 'following', 'selections:', 'Number', 'of', 'scans:', '256', 'Resolution:', '4', 'Final', 'Format:', 'Log', '(1/R)', 'or', '%', 'Reflectance', 'Collect', 'background', 'after', 'sample', 'Aperture:', '138', 'Spectral', 'Range:', '4000', '650', 'cm”', 'Apodization:', 'Happ-Genzel', '16.', 'Collect', 'the', 'sample', 'spectrum.', 'When', 'prompted', 'to', 'collect', 'the', 'background', 'spectrum,', 'lower', 'the', 'stage', 'and', 'clean', 'the', 'crystal', 'if', 'necessary,', 'then', 'collect', 'the', 'background', 'spectrum.', '17.', 'Save', 'the', 'spectrum.', 'If', 'the', 'spectrum', 'is', 'going', 'to', 'be', 'compared', 'to', 'transmission', 'spectra,', 'perform', 'an', 'ATR', 'Correction', 'to', 'the', 'spectrum', 'by', 'selecting', 'ATR', 'under', 'Other', 'Corrections.', 'Due', 'to', 'the', 'wavelength', 'dependence', 'of', 'penetration', 'depth', 'with', 'the', 'ATR', 'technique,', 'the', 'relative', 'spectral', 'intemsities', 'across', 'the', '~', 'spectrum', 'are', 'not', 'correct.', 'Performing', 'an', 'ATR', 'correction', 'to', 'the', 'data', 'compensates', 'for', 'these', 'differences', 'in', 'spectral', 'intensity.', 'The', 'spectrum', 'may', 'need', 'to', 'be', 'baseline', 'corrected', 'after', 'this', 'operation.', '18.', 'When', 'finished,', 'place', 'the', 'protective', 'cap', 'over', 'the', 'ATR', 'crystal.', 'OPTION:', 'Viewing', 'the', 'sample', 'with', 'the', 'Survey', 'mode.', '1.', 'To', 'view', 'the', 'sample', 'with', 'the', 'ATR', 'objective,', 'raise', 'the', 'sample', 'stage', 'so', 'that', 'it', 'is', 'nearly', 'touching', 'the', 'ATR', 'crystal', '(0.5', '1', 'mm).', 'While', 'viewing', 'through', 'the', 'eyepieces', 'or', 'with', 'the', 'video', 'image', 'capture', 'board,', 'SLOWLY', 'lower', 'the', 'stage', 'with', 'the', 'fine', 'focus', 'adjustment', 'knob', 'until', 'the', 'sample', 'is', 'in', 'focus.', 'It', 'is', 'difficult', 'to', 'view', 'through', 'the', 'ATR', 'objective,', 'so', 'it', 'may', 'be', 'wise', 'to', 'practice', 'this', 'step', 'with', 'something', 'that', 'is', 'easy', 'to', 'see,', 'such', 'as', 'a', 'scratch', 'or', 'a', 'spot', 'on', 'a', 'gold', 'mirror.', 'The', 'sample', 'should', 'be', 'in', 'focus', 'approximately', '1', '2', 'mm', 'from', 'the', 'crystal.', 'If', 'the', 'sample', 'is', 'transparent', 'and', 'is', 'placed', 'on', 'a', 'glass', 'slide,', 'the', 'transmission', 'ifluminator', 'can', 'be', 'used', 'to', 'increase', 'the', 'visibility.', 'NOTE:', 'If', 'the', 'ATR', 'crystal', 'needs', 'to', 'be', 'replaced', 'at', 'any', 'time,', 'please', 'refer', 'to', 'the', 'instructions', 'in', 'the', 'ATR', 'Objective', 'User’s', 'Manual.', 'Damaged', 'ATR', 'crystals', 'may', 'be', 'able', 'to', 'be', 'repolished.', 'Contact', 'Spectra-Tech', 'at', '1-800-243-9186', 'if', 'this', 'service', 'is', 'required.', '622529505¢']