8月19日，在中國國民黨黨主席嘅交接儀式大會上，馬英九同連戰做咗正式嘅黨主席交接，從呢正式履行黨主席嘅職責。2006年3月19日至3月29日，以國民黨主席身份第一次訪問美國。在訪美期間受到美國官方高規格嘅招待，並以英文在美國政府許多重要機構演說，演說其間同謝長廷良性嘅互動，深受台灣大多數人民嘅贊賞，最特別嘅係馬英九訪美期間，美國許多政要主動同馬英九會面，呢同陳水扁訪美時積極要求見美國政要而未果，有著極大嘅唔同，馬英九呢次訪美期間其表現受國際媒體肯定，都通過咗美國政府嘅考驗，研究中美關係嘅學者相信，呢行讓馬英九入主2008中華民國總統嘅勝算大幅增加。