Indonesiens Armee wurde während des Unabhängigkeitskampfes der GAM häufig der Menschenrechtsverletzungen beschuldigt, was sie im Allgemeinen bestritten hat, während sie die Separatisten beschuldigte, Menschenrechtsverletzungen zu begehen.
Die indonesische Armee wurde während ihrer früheren Kämpfe mit der GAM wegen Menschenrechtsverletzungen angeklagt, was sie im Allgemeinen bestritten hat.