Индонезийскую армию часто обвиняли в нарушениях прав человека в ходе борьбы ГАМ за независимость, обвинения, которые она, как правило, отвергала, обвиняя сепаратистов в нарушении прав человека.
Индонезийская армия была обвинена в нарушениях прав человека в ходе ее предыдущих сражений с ГАМ, обвинения в которых она, как правило, отрицала.