O exército indonésio tem sido frequentemente acusado de violações dos direitos humanos durante a batalha pela independência do GAM, acusações essas que tem geralmente sido negadas enquanto acusa os separatistas de cometerem violações de direitos.
O exército da Indonésia foi acusado de violações dos direitos humanos durante as suas batalhas anteriores com o GAM, acusações essas que geralmente negou.