Het Indonesische leger is vaak beschuldigd van schendingen van de mensenrechten tijdens de onafhankelijkheidsstrijd van de GAM, terwijl het in het algemeen de separatisten beschuldigt van het plegen van schendingen van de rechten.
Het Indonesische leger is beschuldigd van schendingen van de mensenrechten tijdens zijn eerdere gevechten met GAM, aanklachten die het over het algemeen heeft ontkend.