L'esercito indonesiano è stato spesso accusato di violazioni dei diritti umani durante la battaglia per l'indipendenza del GAM, accuse che in genere ha negato mentre accusava i separatisti di aver commesso violazioni dei diritti.
L'esercito indonesiano è stato accusato di violazioni dei diritti umani durante le sue precedenti battaglie con la GAM, accuse che in genere ha negato.