L'armée indonésienne a souvent été accusée de violations des droits de l'homme durant la bataille du GAM pour l'indépendance, accusations qu'elle a généralement démenties tout en accusant les séparatistes de commettre des violations des droits.
L'armée indonésienne a été accusée de violations des droits de l'homme lors de ses précédentes batailles avec le GAM, accusations qu'elle a généralement niées.