El ejército indonesio ha sido acusado a menudo de abusos de los derechos humanos durante la batalla del GAM por la independencia, cargos que ha negado en general mientras acusaba a los separatistas de cometer violaciones de los derechos.
El ejército de Indonesia ha sido acusado de abusos de los derechos humanos durante sus anteriores batallas con el GAM, cargos que generalmente ha negado.