بیشتر باکتری هایی که وارد کانال گوارش می شوند توسط لیزوزیم، دفنسین، HCl یا آنزیم های هضم کننده پروتئین کشته می شوند. با این حال، تریلیون ها باکتری در روده بزرگ زندگی می کنند و به آن ها فلور باکتریایی گفته می شود. بیشتر بیش از 700 گونه از این باکتری ها ارگانیسم های غیربیماری هستند که تا زمانی که در لومن روده باقی می مانند هیچ آسیبی به بدن نمی رسانند. در واقع، بسیاری از آنها هضم و جذب مواد شیمیایی را تسهیل می کنند و برخی ویتامین های خاص، به ویژه بیوتین، اسید پانتوتیک و ویتامین K را سنتز می کنند. برخی از آنها با افزایش پاسخ ایمنی مرتبط هستند. یک سیستم تصفیه شده مانع از عبور این باکتری ها از مانع مخاطی باکتریایی می شود. ابتدا، یک جزء سلول های پوستی از دیواره های پوستی، پروبئنس های شیمیایی از لیمن را توسط لیمن های مخاطی آزاد می کند، و سپس به عنوان فلور باکتریایی شناخته می شود. این فرآیند به ویژه در سلول های بین سلول های مخاطی، که به سلول های خونی و سلول های خونی بین سلول های خونی نفوذ می کند، به عنوان یک واکنش ضد باکتریایی است.
فلور باکتری