. متن داده‌شده را خلاصه کن

متن: مولکول‌ها را می‌توان در خلا ویا در یک حلال مانند آب مدل کرد. شبیه‌سازی سیستم‌ها در خلاء شبیه‌سازی فاز گازی و شبیه‌سازی در حضور مولکول‌های حلال را شبیه‌سازی در فاز حلال گفته می‌شود. مکانیک مولکولی یکی از جنبه‌های مدل‌سازی مولکولی است، زیرا شامل استفاده از مکانیک کلاسیک (مکانیک نیوتنی) برای توصیف پایه فیزیکی در پشت مدل‌ها است. مدل‌های مولکولی به طور معمول اتم‌ها را به عنوان بار نقطه‌ای با میزان جرم مشخص توصیف می‌کنند. فعل و انفعالات بین اتم‌های همسایه با پیوندهای شیمیایی و نیروهای واندروالسی توصیف‌شده است. پتانسیل لئونارد-جونز معمولا برای توصیف دومی استفاده می‌شود؛ از طرفی برهم‌کنش‌های الکترواستاتیک براساس قانون کولون محاسبه می‌شوند. به اتم‌ها مختصات در فضای دکارتی اختصاص می‌یابد همچنین از این طریق می‌توان در شبیه سازی‌های پویا سرعت را تعیین کرد. سرعت اتمی مربوط به دمای سیستم، یک مقدار ماکروسکوپی است؛ این متغیر مربوط به انرژی کل سیستم است که یک مقدار ترمودینامیکی که برابر با مجموع انرژی‌های پتانسیل و جنبشی می‌باشد. روش‌هایی که انرژی پتانسیل را به حداقل می‌رسانند، روشهای به حداقل رساندن انرژی نامیده می‌شوند و روش‌هایی که رفتار سیستم را با انتشار زمان مدل می‌کنند، مکانیک‌های مولکولی نامیده می‌شوند. فعالیت پروتئین‌ها به ساختمان سه‌بعدی آن‌ها بستگی دارد، اما موقعیت دقیق اتم‌ها به دلیل حرکت‌های حرارتی دائما در حال تغییر است. اطلاعات مربوط به ساختمان سه‌بعدی پروتئین‌ها که با روش‌های تجربی به دست می‌آید در واقع میانگینی از رویدادهایی است که به طور لحظه‌ای در مولکول اتفاق می‌افتند و به همین دلیل بسیاری از جزئیات لازم برای درک سازوکار عمل پروتئین را روشن نمی‌کند. از این منظر ساختمان سه‌بعدی یک مولکول پروتئینی یک ساختار منحصر به فرد نیست، بلکه مجموعه‌ای از ساختارهای نزدیک به هم است که با گذشت زمان به هم تبدیل می‌شوند و همه آن‌ها باید در محاسبه‌ها و تحلیل‌های مربوط به مطالعه نحوی عمل پروتئین‌ها در نظر گرفته شوند. در حال حاضر شواهد کافی وجود دارد که حرکت‌های درون مولکولی پروتئین‌ها برای تأمین نیازهای مختلف مراحل متعدد سازوکار عمل یک مولکول، پویایی لازم را فراهم می‌کنند. این شواهد همچنین نشان می‌دهند که حرکت‌های درون مولکولی در تمام جهت‌های فضا یکسان نیستند و حرکت‌هایی که اهمیت بیشتری برای عمل پروتئین …
خلاصه:
مدل‌سازی مولکولی (به انگلیسی : molecular modelling) به کلیه تکنیک‌های تئوری و محاسباتی گفته می‌شود که در آن رفتار یک یا چند مولکول به وسیله مدل‌های گرافیکی مطالعه می‌شود . این تکنیک‌ها در علومی چون شیمی محاسباتیو داروسازی به کار می‌رود . از کامپیوترها برای انجام مدل سازی مولکولی استفاده می‌شود . ویژگی مشترک روشهای مدل سازی مولکولی ، توصیف سطح اتمی سیستم‌های مولکولی است .