بیشتر باکتری هایی که وارد کانال گوارش می شوند توسط لیزوزیم، دفنسین، HCl یا آنزیم های هضم کننده پروتئین کشته می شوند. با این حال، تریلیون ها باکتری در روده بزرگ زندگی می کنند و به آن ها فلور باکتریایی گفته می شود. بیشتر بیش از 700 گونه از این باکتری ها ارگانیسم های غیرپاتوژنی هستند که تا زمانی که در لامین روده باقی می مانند هیچ آسیبی نمی رسانند. در واقع، بسیاری از آنها هضم و جذب مواد شیمیایی را تسهیل می کنند و برخی ویتامین های خاص، به ویژه بیوتین، اسید پانتوژن و ویتامین K را سنتز می کنند. برخی از آنها با افزایش پاسخ ایمنی مرتبط هستند. یک سیستم تصفیه شده مانع از عبور این باکتری ها از مانع مخاطی می شود. ابتدا، پپوگلیکان، یک دیواره سلولی باکتریایی، آزادسازی مواد شیمیایی توسط سلول های اپیلوزیمی مخاطی، که به ویژه سلول های ایمنی را فعال می کنند، در روده بزرگ زندگی می کنند، که به سلول های لامین روده بزرگ، به ویژه سلول های لامین روده بزرگ، که به سلول های لامین روده بزرگ، به سلول های لامین روده بزرگ، به سلول های لامین روده بزرگ، به سلول های لامین و به سلول های لامین روده بزرگ می رسند. این واکنش با یک عامل ضد باکتریایی است که در سلول های لیموفوزایدی که در داخل لیموزای روده بزرگ قرار دارند، به سلول های لیموزای ضد ضد باکتریایی می شود.
فلور باکتری