. متن داده‌شده را خلاصه کن

متن: بیوجاوا مدل‌های نرم‌افزاری برای بسیاری از امور در برنامه‌نویسی بیوانفورماتیک فراهم می‌کند که شامل موارد زیر است: دسترسی به داده‌های رشته‌های نوکلئوتید و پپتید از پایگاه داده محلی یا از راه دور تبدیل قالب پایگاه داده و فایل‌ها تجزیه پروتئین و اعمال روی آن جستجوی رشته‌های مشابه ایجاد و انجام اعمالی بر توالی یابی رشته‌ها بیوجاوا توسط thomas down و matthew pocock با هدف تسهیل ابزارهای بیوانفورماتیک مبتنی بر زبان جاوا توسعه یافت. بیوجاوا یک نرم‌افزار متن باز است که طی ۱۲ سال و توسط بیش از ۶۰ توسعه‌دهنده ایجاد شده‌است. در اکتبر سال ۲۰۱۲ اولین معرفی از جزئیات مدل‌ها و توابع و اهداف بیوجاوا منتشر شد و در سال ۲۰۱۸ در google scholar ۱۳۰ بار ارجاع داده شد. آخرین مقاله بر روی بیوجاوا درفوریه سال ۲۰۱۷ با معرفی ابزارهای جدید منتشر شد که امکان شناسایی و تحلیل سه‌بعدی در بانک داده پروتئین افزوده شده‌بود. در سال ۲۰۱۴ تا ۲۰۱۵، قسمت‌هایی از کد بازنویسی شد. در نسخه سوم یک جهش مشخصی ایجاد شد که شامل مدل‌های مستقل بسیاری که با یک ابزار اتوماسیون به نام apache maven ساخته شده‌اند که این ماژول‌ها ابزار پیشرفته‌ای برای مقایسه ساختار پروتئین، توالی یابی دوتایی و چندتایی، کار با dna و رشته‌های پروتئینی، تحلیل ویژگی‌های آمینواسید، تشخیص تغییرات ایجاد شده در پروتئین، پیش‌بینی منطق بی‌نظم در پروتئین‌ها و تجزیه فایل‌ها ارائه می‌دهد. نسخه پنجم ویژگی‌های جدید ساختار و هم ترازی معرفی شده‌است. ماژول‌ها یی برای مدلسازی توالی نوکلئوتید یا اسید آمینه فراهم می‌کند و نام کلاس‌ها طوری تعریف‌شده که برای زیست شناسان آشنا باشد و مراحل مشخصی از تبدیل ژن به پروتئین ارائه دهد. 
خلاصه:
بیوجاوا (به انگلیسی : biojava) یک نرم‌افزار متن باز است که ابزارهایی در زبان جاوا را برای پردازش داده‌های بیولوژیکی در اختیار قرار می‌دهد . درواقع بیوجاوا مجموعه‌ای از توابع کتابخانه‌ای است که به زبان جاوا نوشته شده‌اند که ساختار پروتئینی ، اعمال روی رشته‌ها ، تجزیه فایل‌ها ، برنامه‌نویسی پویا ، سیستم توزیع شده و ساختارهای ساده برای اسفاده معمول را شامل می‌شود . بیوجاوا طیف بسیار گسترده از داده‌ها از dna و رشته‌های پروتئینی تا ساختارهای سه بعدی پروتئین را پشتیبانی می‌کند . دیگر پروژه‌های بیوجاوا شامل rcsb-sequenceviewer, biojava-http, biojava-spark, rcsb-viewers است .