L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. 
Toutefois, la contribution mentionnée à l'article L. 323-8-6-1 du code du travail est recouvrée dans les conditions fixées par les articles 112 à 124 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, les articles 6 à 9 du décret du 29 décembre 1992 susvisé et le 9° de l'article 12 ainsi que les 2°, 7°, 9° et 10° de l'article 18 du présent décret. 
L'établissement met en place une comptabilité analytique permettant d'évaluer ses coûts de gestion. 
Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret du 20 juillet 1992 susvisé.