Le comité médical supérieur institué auprès du ministre chargé de la santé par le décret n° 86-442 du 14 mars 1986 susvisé peut être appelé, à la demande de l'autorité compétente ou du fonctionnaire concerné, à donner son avis sur les cas litigieux, qui doivent avoir été préalablement examinés en premier ressort par les comités médicaux. 
Le comité médical supérieur se prononce uniquement sur la base des pièces figurant au dossier qui lui est soumis. 
Le comité médical supérieur assure sur le plan national la coordination des avis des comités médicaux et formule des recommandations à caractère médical relatives à l'application du statut général.