Les responsables des unités de recherche sont nommés par le président du Centre national de la recherche scientifique, après avis des instances compétentes du comité national et du conseil de laboratoire. Les responsables des unités associées au centre sont nommés conjointement par le président du centre et par les autorités dont dépendent ces unités.
La durée maximale d'un mandat de responsable de ces unités est de cinq ans. Nul ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs en qualité de responsable de la même unité.
Lorsque le mandat d'un responsable d'unité propre ou associée au centre arrive à échéance avant la fin de la période pour laquelle l'unité qu'il dirige a été créée, il peut être prorogé par décision du président du Centre national de la recherche scientifique jusqu'à la fin de cette période. La prorogation ainsi accordée n'entre pas dans le décompte du nombre de mandats consécutifs mentionné au deuxième alinéa. 
En cas de réorganisation conduisant à la suppression d'une unité, il peut être mis fin dans les conditions définies au premier alinéa aux fonctions de son responsable.