La Compagnie nationale du Rhône est administrée par un conseil composé au plus de 30 membres. Il comprend :
   - des représentants de l'Etat nommés par décret ;
   - des représentants des établissements publics régionaux intéressés, nommés par décret sur désignation des conseils régionaux de chacun de ces établissements ;
   - des représentants des actionnaires ;
   - des représentants des intérêts généraux concernés par l'aménagement du Rhône et la liaison Rhin-Rhône nommés par décret après consultation des organismes ou assemblées habilités à représenter lesdits intérêts ;
   - des représentants du personnel de la société nommés par décret sur proposition des organisations syndicales les plus représentatives.