Lorsque la période de congé vient à expiration, le fonctionnaire ne continue à percevoir le traitement ou le demi-traitement que s'il a présenté la demande de renouvellement de son congé. Le fonctionnaire qui percevait une indemnité de résidence au moment où il est mis en congé en conserve le bénéfice intégral s'il continue à résider dans la localité où il habitait avant sa mise en congé, ou si son conjoint ou ses enfants à charge continuent d'y résider.
Lorsqu'il y a changement de résidence, l'indemnité de résidence à laquelle a droit le fonctionnaire en congé de longue maladie ou de longue durée, et qui ne peut être supérieure à celle qu'il percevait lorsqu'il exerçait ses fonctions, est la plus avantageuse des indemnités afférentes aux localités où le fonctionnaire, son conjoint ou ses enfants à charge résident habituellement depuis la mise en congé.
Lorsque le fonctionnaire territorial mis en congé de longue maladie ou de longue durée bénéficie d'un logement dans un immeuble de l'administration, il doit quitter les lieux si sa présence fait courir des dangers au public ou à d'autres agents, ou est incompatible avec la bonne marche du service.