La nomenclature des destinations de dépenses comprend trois agrégats :
 I. - Le premier agrégat se rapporte à l'activité conduite par les unités de recherche.
 Au sein de cet agrégat, les dépenses sont présentées selon une double ventilation :
 - la première ventilation concerne les unités regroupées par administrations déléguées régionales : elle sert de support à l'exécution du budget ;
 - la seconde ventilation concerne les thèmes de recherche : un thème de recherche peut concerner des unités de recherche d'une ou plusieurs administrations déléguées régionales.
 Les dotations à répartir du premier agrégat correspondent :
 - aux actions thématiques transversales aux unités de recherche de l'Institut ;
 - aux conventions de recherche non réparties ;
 - aux autres moyens à répartir ;
 II. - Le deuxième agrégat se rapporte aux actions communes de l'établissement. Ces actions comprennent :
 - les grands équipements scientifiques ;
 - la valorisation de la recherche ;
 - les échanges internationaux ;
 - l'évaluation scientifique ;
 - l'information scientifique, technique et la communication ;
 - l'animation et le partenariat scientifique ;
 - la formation permanente ;
 - la formation à et par la recherche ;
 - les autres dépenses d'actions communes ;
 - les dotations à répartir ;
 III. - Le troisième agrégat se rapporte aux fonctions support. Ces fonctions comprennent :
 - l'action sociale ;
 - les moyens informatiques communs ;
 - l'entretien immobilier, les gros travaux, les acquisitions et constructions ;
 - les moyens généraux des services déconcentrés ;
 - les moyens généraux des services centraux ;
 - les opérations financières ;
 - les autres dépenses générales ;
 - les dotations à répartir.
 Hors agrégat, une réserve pour hausse des rémunérations et des charges sociales est constituée. Une dotation à répartir correspondant notamment aux contreparties de recettes et aux dépenses de personnel dont la répartition entre agrégats ne peut être précisée au moment de l'approbation du budget est également prévue.