Une demande de dérogation aux normes médicales figurant en annexe au présent arrêté peut être présentée, en application de l'article D. 424-1 du code de l'aviation civile, par tout candidat déclaré inapte par le centre ou la commission. Le candidat dépose sa demande auprès du centre ou à la commission, qui la transmet, ainsi que la fiche d'examen et tous les éléments techniques nécessaires à l'étude du cas, au conseil médical de l'aéronautique civile.
 Le conseil tient compte dans ses décisions de la capacité et de l'expérience du candidat, des traitements suivis, et du potentiel évolutif de l'affection. De plus, il doit tenir compte des contraintes aéronautiques, susceptibles d'aggraver la pathologie concernée pour laquelle le candidat a sollicité sa dérogation.
 Le conseil, examinant au cas par cas chaque demande de dérogation, se prononce sur l'aptitude de l'intéressé et peut accorder une dérogation si elle ne nuit pas à la sécurité aérienne dans le cadre des missions du personnel navigant commercial et de ses obligations. Il peut assortir sa décision de conditions particulières ou de restrictions. Ces restrictions ne peuvent être levées que par une nouvelle décision du conseil.