La caisse nationale se conforme aux règles et obligations du plan comptable unique des organismes de sécurité sociale.
Les comptes annuels de la caisse nationale sont arrêtés au 31 décembre de chaque année. Ces comptes sont établis par la Caisse des dépôts et consignations et arrêtés par le directeur général de la caisse ou son représentant. Les comptes annuels sont présentés par le directeur général ou son représentant au conseil d'administration de la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales qui, au vu de l'opinion émise par l'instance chargée de la certification, les approuve sauf vote contraire à la majorité des deux tiers des membres.