La Caisse de la dette publique est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, à l'exception des 1° et 2° de l'article 175 et des articles 178 à 185, 204 à 208, 220 à 228. 
En outre, par dérogation aux dispositions de l'article 193 du décret précité, dans le cas où l'Etat a émis au profit de la caisse des bons du Trésor à intérêts annualisés ou des obligations assimilables du Trésor, celle-ci ne perçoit pas les intérêts afférents à ces titres.
L'agent comptable de la caisse est le contrôleur budgétaire et comptable ministériel auprès du ministre de l'économie, des finances et de l'industrie.