Organisation du chantier : le déclarant établit un plan de chantier visant, le cas échéant, à moduler dans le temps et dans l'espace l'activité, en fonction :
   - des conditions hydrodynamiques, hydrauliques ou météorologiques ;
   - de la nature et de l'ampleur des activités de navigation, de pêche, de conchyliculture, de cultures marines et d'agrément ; le préfet pourra en outre fixer les périodes pendant lesquelles les travaux ne devront pas avoir lieu ou devront être restreints (périodes de loisirs nautiques...) ;
   - de la sensibilité de l'écosystème et des risques de perturbation de son fonctionnement.
   Pour un aménagement ou ouvrage situé à proximité d'une zone dont la sensibilité est reconnue (zone humide, herbu...), toute mesure doit être prise lors de l'implantation du chantier pour limiter l'impact sur cette zone.
   Aires de chantiers : ces aires sont aménagées et exploitées de façon à ne pas générer de pollution de l'eau et des milieux aquatiques.
   Toute mesure est prise pour l'évacuation et le traitement éventuel des déchets solides et liquides générés par le chantier.
   Des moyens de protection sont mis en oeuvre par le déclarant pour réduire la dégradation des milieux aquatiques par les circulations de chantier.
   Conduite du chantier : les difficultés éventuelles de navigation liées aux travaux sont signalées conformément à la réglementation et font l'objet d'avis aux navigateurs.
   Le déclarant prend en compte les périodes de plus faible sensibilité du milieu et de son usage pour fixer la période de réalisation des aménagements et ouvrages.
   La nature des matériaux utilisés et leurs conditions d'emploi ne doivent pas être à l'origine de contamination du milieu.
   Les conditions de réalisation de l'aménagement ou de l'ouvrage doivent permettre de limiter les départs de matériaux dans le milieu, notamment lors de travaux de remblaiement. A cet effet, le préfet peut demander que soit mis en place un système de décantation ou de confinement.
   Exploitation des ouvrages : le déclarant met en oeuvre les moyens nécessaires au nettoyage des flottants solides et liquides engendrés par l'exploitation de l'ouvrage selon les modalités définies dans la notice d'incidence.
   Lorsque la déclaration porte sur des installations d'entretien et de réparation navale, le déclarant organise la collecte et l'élimination des produits liquides et solides générés par ces installations s'il assure lui-même l'exploitation de ces installations, ou s'assure de leur organisation lorsque l'exploitant n'est pas le déclarant.
   Les eaux pluviales ainsi que celles générées par les travaux d'aménagement ou ouvrages susceptibles d'être contaminées font l'objet de collectes et de traitements adaptés.
   Les aménagements et ouvrages ne font pas obstacle à l'accès des poissons migrateurs à un cours d'eau.