L'enregistrement des détenteurs doit être réalisé conformément au cahier des charges des opérations de terrain relatif à l'enregistrement des exploitations et des détenteurs dans le cadre de l'identification et de la traçabilité des animaux d'élevage validé par le ministre chargé de l'agriculture. 
En cas de cessation d'activité, le détenteur est tenu d'en informer le maître d'œuvre de l'identification. Dans le cas d'un cheptel de plus de dix animaux, le maître d'œuvre de l'identification est tenu de s'assurer que plus aucun animal n'est détenu par ledit détenteur. Le détenteur doit lui remettre l'ensemble des repères agréés qu'il a encore en stock. Le maître d'œuvre est tenu de vérifier si le stock de repères agréés remis par le détenteur correspond bien à la liste des repères agréés qu'il lui a attribués et qui n'ont pas été affectés à un animal de son exploitation. 
Toute différence constatée doit faire l'objet d'un examen approfondi avec transmission d'un rapport au directeur départemental des services vétérinaires et au directeur départemental de l'agriculture et de la forêt.