L'ordonnateur du Centre national de la fonction publique territoriale est chargé, le cas échéant, de la comptabilité analytique. Il peut en confier la tenue à l'agent comptable.

L'agent comptable veille à la cohérence de la comptabilité analytique avec la comptabilité budgétaire et générale de l'organisme. En cas de difficulté, il informe l'ordonnateur et, le cas échéant, le conseil d'administration.