Le circuit des déchets relève d'une organisation rigoureuse et parfaitement contrôlée.
   Les déchets générés par les activités de préparation des tissus doivent être séparés en :
   - déchets potentiellement contaminés ou contaminés ;
   - déchets de type ménager.
   Ils doivent suivre des circuits différents :
   - déchets potentiellement contaminés ou contaminés : ils doivent être enlevés dans des récipients scellés et étanches destinés à l'incinération. Pour les liquides, le récipient doit au préalable renfermer un antiseptique dont la nature et la proportion sont adaptées au risque potentiel. Le ramassage et l'élimination des déchets doivent suivre un circuit permettant à la banque de tissus de justifier de la quantité, de la date et du lieu de l'incinération par un procédé agréé ;
   - déchets ménagers : les déchets ne nécessitant pas de précaution particulière sont regroupés dans des sacs plastiques ou conteneurs hermétiquement fermés et évacués avec les ordures ménagères.
   La destruction d'un tissu doit faire l'objet d'un procès-verbal de destruction.