Lorsque le rapport fait apparaître des anomalies graves dans la mise en oeuvre du contrôle en cours de formation d'un établissement, le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt, autorité académique de cet établissement, peut demander un suivi particulier de l'établissement, par l'inspection de l'enseignement agricole, pour l'année scolaire suivante.
Ce suivi consiste dans l'analyse de la gestion pédagogique de l'établissement et de la réalisation du plan d'évaluation des classes de première et de deuxième année qui préparent l'option concernée du diplôme.