Le comité peut demander au président de faire appel à un expert agréé conformément aux articles R. 4614-6 et suivants du code du travail : 
1° En cas de risque grave, révélé ou non par un accident de service ou par un accident du travail ou en cas de maladie professionnelle ou à caractère professionnel ; 
2° En cas de projet important modifiant les conditions de santé et de sécurité ou les conditions de travail, prévu à l'article 45 du présent décret. 
Les frais d'expertise sont supportés par la collectivité territoriale ou l'établissement dont relève le comité. 
L'autorité territoriale fournit à l'expert les informations nécessaires à sa mission. Ce dernier est soumis à une obligation de discrétion. 
La décision de l'autorité territoriale refusant de faire appel à un expert doit être substantiellement motivée. Cette décision est communiquée sans délai au comité. 
En cas de désaccord sérieux et persistant entre le comité et l'autorité territoriale sur le recours à l'expert agréé, la procédure prévue à l'article 5-2 du présent décret peut être mise en œuvre.