Le recours de l'intéressé est transmis par le ministre chargé de l'aviation civile au comité médical spécial. 
Au vu des pièces médicales, le comité médical spécial fait procéder à une contre-visite par un médecin agréé compétent pour l'affection en cause. 
L'intéressé, averti dans un délai minimum de huit jours de la date de la réunion de cette instance, a la possibilité de prendre connaissance de son dossier et des conclusions du médecin agréé et du comité médical. Toutefois, la partie médicale ne peut lui être communiquée que par l'intermédiaire de son médecin traitant en application des dispositions du livre III du code des relations entre le public et l'administration. 
L'intéressé peut fournir à cette instance tout document médical qu'il juge utile. 
L'avis émis par le comité médical spécial est transmis, dans le respect du secret médical, à l'autorité compétente chargée d'établir la décision de mutation.