Les établissements de transformation procédant à l'abattage d'animaux d'aquaculture aux fins de la lutte contre les maladies endémiques ou exotiques répertoriées à l'annexe IV de la directive (CE) n° 2006 / 88, les exploitations aquacoles, ainsi que les zones d'élevage de mollusques pouvant regrouper plusieurs exploitations conchylicoles, sont soumis à agrément zoosanitaire, conformément à l'article 4 de la directive (CE) n° 2006 / 88. Pour être agréés : 
- les exploitations aquacoles et les zones d'élevage de mollusques doivent respecter les dispositions prévues au chapitre V du titre II du présent arrêté ; 
- les établissements de transformation d'abattage des animaux d'aquaculture doivent respecter les dispositions prévues au chapitre VI du titre II du présent arrêté. 
Par dérogation au paragraphe précédent, l'enregistrement seul est requis pour : 
a) Les installations autres que les exploitations aquacoles détenant des animaux aquatiques sans intention de les mettre sur le marché ; 
b) Les pêcheries récréatives avec repeuplement ; 
c) Les exploitations aquacoles qui mettent sur le marché, en petites quantités, des animaux d'aquaculture destinés exclusivement au consommateur final ou au commerce de détail local fournissant directement le consommateur final.