Le président de l'université Paris-Dauphine est élu par l'ensemble des membres des trois conseils réunis en assemblée, à la majorité des membres en exercice de celle-ci, dans les conditions définies par le règlement intérieur de l'université Paris-Dauphine. Il est choisi parmi les enseignants-chercheurs en exercice. Le mandat du président, d'une durée de quatre ans, est renouvelable une fois. Le président peut rester en fonctions jusqu'au 31 août suivant la date à laquelle il a atteint l'âge de 68 ans. 
Il est assisté d'un bureau élu sur sa proposition composé notamment des vice-présidents des trois conseils et d'un directeur général des services nommé dans les conditions prévues à l'article L. 953-2 du code de l'éducation.