Les directeurs de laboratoire reçoivent, pendant la formation théorique, un enseignement portant sur les thèmes suivants :
   - organisation et missions de la direction générale des douanes et droits indirects et de la direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes ;
   - connaissances réglementaires liées à l'activité des laboratoires de la direction générale des douanes et droits indirects et de la direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes ;
   - environnement national et communautaire : connaissance du droit européen, connaissance des partenaires institutionnels et professionnels ;
   - management et gestion des moyens.
   Le cycle théorique comprend également une session de formation d'une durée de quatre semaines dont les thèmes seront choisis par les stagiaires dans le programme de formation continue des deux directions. Cette dernière session, qui pourra être fractionnée, devra être suivie au cours des douze mois suivant la prise de fonction des directeurs de laboratoire.