La commission élabore un règlement intérieur, par lequel elle précise les modalités de son organisation et de son fonctionnement.
Les modalités de fonctionnement doivent garantir qu'aucun opérateur, nommé en tant que responsable d'établissement ou personnalité qualifiée, susceptible, de par son activité, d'être en concurrence avec le demandeur de certificat de capacité ou le prestataire soumis à une épreuve d'aptitude, ne participe à l'adoption de l'avis rendu par la commission sur cette demande ou sur le résultat de cette épreuve.