Pendant ses congés au titre du compte épargne-temps, l'agent conserve ses droits aux congés prévus à l'article 34 de la loi du 11 janvier 1984 susvisée. Lorsqu'il bénéficie de l'un de ces congés, le congé en cours au titre du compte épargne-temps est suspendu.
Pendant la durée d'un congé de présence parentale, congé de longue maladie, congé de longue durée ou d'une période de stage, l'agent ne peut ni alimenter son compte épargne-temps ni utiliser des jours préalablement épargnés. 
La période de congé prise au titre du compte épargne-temps n'ouvre pas droit aux jours de réduction du temps de travail.