Les comptes annuels de la Caisse autonome nationale sont établis par l'agent comptable et arrêtés par le directeur général. Les comptes annuels sont ensuite présentés par le directeur général et l'agent comptable au conseil d'administration qui, au vu de l'opinion émise par l'instance chargée de la certification, les approuve, sauf vote contraire de la majorité des deux tiers des membres. 
Les comptes annuels de la caisse autonome nationale retracent les opérations mentionnées à l'article 98. 
Les comptes de la Caisse autonome nationale comprennent le bilan, le compte de résultat et l'annexe. 
Il est tenu une comptabilité distincte pour chaque établissement et oeuvre.