La commission élabore son règlement intérieur selon le règlement type prévu à l'article 29 du décret du 28 mai 1982 susvisé. Il est soumis à l'approbation du directeur général de l'Agence. 
Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission. 
Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint. 
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission.