Le conseil scientifique d'institut conseille et assiste par ses avis et ses recommandations le directeur de l'institut de manière prospective sur la pertinence et l'opportunité des projets et activités de l'institut. 
Le conseil scientifique d'institut comprend : 
1° Des membres élus directement par et parmi les personnels du centre et les personnes qui contribuent aux activités de ce dernier ; 
2° Des membres nommés par le président après avis du conseil scientifique du centre, en nombre égal aux membres élus, et comprenant des personnalités étrangères dont la moitié au moins exerce dans des pays de l'Union européenne autres que la France ; 
Le directeur de l'institut assiste de droit aux séances du conseil scientifique d'institut ; 
Le mandat des membres élus prend effet à la date de nomination des membres nommés par le président ;
Le mandat des membres du conseil scientifique d'institut est d'une durée maximale de cinq ans, renouvelable une fois. Cette durée peut être réduite ou prorogée, dans la limite d'un an, par décision du président, pour les besoins de l'organisation des élections du comité national ; 
Le conseil scientifique d'institut élit son président ; 
Le conseil scientifique se dote d'un règlement intérieur précisant ses modalités de fonctionnement.