L'avis de la commission des marchés ne lie pas la personne responsable du marché : toutefois, si elle passe outre à un avis défavorable ou à des réserves accompagnant un avis favorable, elle doit motiver sa décision par écrit, en rendre compte au ministre chargé de la recherche et au ministre chargé de la mer et en informer le président de la commission et le contrôleur d'Etat de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer.