L'Ecole nationale des travaux publics de l'Etat est dirigée par un directeur assisté par un directeur adjoint désignés par le ministre parmi les fonctionnaires des corps techniques de catégorie A relevant de son autorité. Le directeur est également assisté d'une équipe de direction, parmi laquelle un directeur des études, dont la composition est complétée par décision du directeur du personnel, du conseil scientifique et du conseil d'enseignement.
   L'école est dotée d'un conseil de perfectionnement.