Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an. 
Le conseil d'administration est convoqué par son président qui fixe l'ordre du jour et dirige les débats. 
Le conseil d'administration peut également être convoqué à la demande du préfet de région. 
Sa convocation est de droit si les deux tiers des membres au moins en adressent la demande écrite à son président. 
Le directeur régional et interdépartemental de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt, le directeur régional de l'environnement,        le contrôleur budgétaire de l'Etat et l'agent comptable de l'établissement assistent de droit aux séances du conseil d'administration et y sont entendus chaque fois qu'ils le demandent. 
Les procès-verbaux et délibérations leur sont adressés. 
Le préfet de la région Ile-de-France, préfet de Paris, peut soumettre au conseil d'administration toute question dont l'examen lui paraît utile. Le président est tenu de l'inscrire à l'ordre du jour. 
Le conseil d'administration peut inviter toute personne dont l'audition lui paraît utile. 
L'ordre du jour des séances doit être porté à la connaissance des membres du conseil, au moins dix jours à l'avance. 
Le conseil d'administration délibère valablement lorsque la moitié au moins de ses membres participent à la séance ou sont représentés. Quand, après une première convocation régulière, le conseil d'administration ne s'est pas réuni en nombre suffisant, la délibération est prise valablement sans condition de quorum après seconde convocation. 
Un membre du conseil d'administration absent peut se faire représenter par un autre membre. Chaque membre du conseil d'administration ne peut représenter qu'un seul de ses collègues. 
Les décisions sont prises à la majorité absolue des suffrages exprimés. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.