Lorsque le congé de longue durée est demandé pour une maladie contractée en service, le dossier est soumis à la commission de réforme prévue par le décret n° 65-773 du 9 septembre 1965 susvisé ; le dossier doit comprendre un rapport écrit du médecin du service de médecine professionnelle attaché à la collectivité ou établissement auquel appartient le fonctionnaire concerné. 
Lorsque l'administration est amenée à se prononcer sur l'imputabilité au service d'une maladie ou d'un accident, elle peut, en tant que de besoin, consulter un médecin expert agréé. 
La commission de réforme n'est pas consultée lorsque l'imputabilité au service d'une maladie ou d'un accident est reconnue par l'administration. La commission de réforme peut, en tant que de besoin, demander à l'administration de lui communiquer les décisions reconnaissant l'imputabilité.