Les mesures prévues à l'article R. 223-9 du code rural et de la pêche maritime sont établies et prescrites par le service de santé des armées, au titre des compétences vétérinaires qui lui sont rattachées. 
Dans ce cadre, les vétérinaires des armées veillent à l'application des mesures de police sanitaire pour les animaux appartenant au ministère de la défense, notamment lors du retour sur le territoire national d'unités provenant des théâtres d'opérations extérieures. Ils rédigent et authentifient les pièces et les certificats sanitaires prévus par les dispositions réglementaires nationales et communautaires attestant, chaque fois que nécessaire, l'application des opérations de prophylaxie médicale et sanitaire requises. 
Pour tout retour sur le territoire national d'unités provenant des théâtres d'opérations extérieures, le service de santé des armées établit, pour les autorités administratives compétentes du ministère de la défense, un plan opérationnel de maîtrise des risques sanitaires qui fixe, en présence de dangers identifiés, les mesures de santé publique vétérinaire que doivent prendre les unités. Ces mesures sont établies en concertation avec les services compétents du ministère de l'agriculture et de la pêche.