Les congés de maladie d'une durée inférieure ou égale à trois mois au cours des douze mois de référence, ainsi que le congé de maternité ou d'adoption sont considérés comme service effectif comptant dans les cinq années d'engagement prévues dans la convention.
Les congés de maladie d'une durée supérieure à trois mois ne sont pas considérés comme une remise en cause de l'engagement : la durée de l'engagement est alors prolongée d'une durée égale à celle du congé de maladie accordé au praticien.
Lorsqu'à l'issue d'un congé de maladie, le praticien ne peut reprendre ses fonctions, l'allocation demeure acquise au praticien. Il en est de même en cas de décès.