Lorsque, du fait d'un manquement aux dispositions mentionnées à l'article L. 231-1 du code rural ou à la réglementation prise pour leur application, un établissement ou un organisme placé sous l'autorité ou sous la tutelle du ministre de la défense présente ou est susceptible de présenter une menace pour la santé publique, le vétérinaire des armées territorialement compétent peut prescrire, au commandant de la formation administrative dont relève l'établissement ou l'organisme, la réalisation de travaux, d'opérations de nettoyage, d'actions de formation du personnel et d'autres mesures correctives, ainsi que le renforcement des autocontrôles. Le cas échéant, un délai peut être imparti pour remédier à ces manquements.
 En cas de nécessité, le ministre de la défense ou l'autorité compétente par délégation peut prononcer, sur proposition du vétérinaire des armées territorialement compétent, la fermeture de tout ou partie de l'établissement, l'arrêt d'une ou de plusieurs de ses activités ou toute autre sanction administrative. Dans ce cas, la proposition du vétérinaire des armées territorialement compétent, transmise par voie hiérarchique, est notifiée par le directeur central du service de santé des armées au ministre de la défense ou, le cas échéant, à l'autorité compétente par délégation.