Les principes d'organisation de la formation sont les suivants :
   La formation est dispensée par des équipes de formateurs qualifiés : universitaires, enseignants d'instituts universitaires et de centres de formation, équipes de circonscription, enseignants spécialisés, professeurs ressources-enseignants du second degré, selon les principes suivants :
   Les plans de formation, élaborés à partir d'un cahier des charges et d'un référentiel des compétences attendues (publiés au BOEN), sont habilités annuellement par une commission nationale sous la responsabilité conjointe du directeur de l'enseignement scolaire et du directeur de l'enseignement supérieur. Ces plans de formation font l'objet d'une présentation annuelle en comité technique paritaire ministériel (CTPM).
   La formation vise la construction de compétences professionnelles définies par option, dont la liste est fixée par l'arrêté du 5 janvier 2004.
   La liste des options préparées par chaque opérateur de formation (CNEFEI, IUFM...) est arrêtée, sur proposition des recteurs, en concertation avec les opérateurs de formation, par le directeur de l'enseignement scolaire et le directeur de l'enseignement supérieur selon un calendrier prévisionnel annuel ou pluriannuel, en fonction des besoins recensés.
   La formation est construite autour de trois grandes unités permettant à des enseignants de compléter leur formation professionnelle initiale pour acquérir les compétences nécessaires à l'exercice auprès d'élèves présentant des besoins éducatifs particuliers liés à une situation de handicap, à une maladie ou à des difficultés scolaires graves :
   - unité de formation 1 (UF 1) : pratiques pédagogiques différenciées et adaptées aux besoins particuliers des élèves ;
   - unité de formation 2 (UF 2) : pratiques professionnelles au sein d'une équipe pluricatégorielle ;
   - unité de formation 3 (UF 3) : pratiques professionnelles prenant en compte les données de l'environnement familial, scolaire et social.
   La formation est structurée en modules composant les trois unités de formation. Les modules de 25 à 50 heures sont définis par option.
   Cette formation fait l'objet d'un suivi régulier dans le cadre d'un groupe de travail associant les directions concernées, les opérateurs de formation et les organisations représentatives de la communauté éducative. Un bilan annuel est présenté devant le Conseil supérieur de l'éducation.