Les frais de transport en commun engagés par l'agent au départ et au retour de la mission, entre sa résidence administrative ou familiale et la gare ou l'aéroport, ainsi que ceux exposés sur le lieu de la mission sont remboursés sur production des justificatifs de la dépense. 
En l'absence de transport en commun ou lorsque l'intérêt du service le justifie, l'agent peut bénéficier du remboursement de ses frais de taxi sur production d'un justificatif de paiement ou s'il utilise son véhicule personnel être indemnisé de ses frais de transport sur la base des indemnités kilométriques prévues à l'article 10 du décret du 3 juillet 2006 susvisé. 
Sur présentation des pièces justificatives, les frais de parc de stationnement, dans la limite de 5 jours consécutifs, ainsi que le péage d'autoroute sont également remboursables.