L'unité de protection et de sécurité de défense traite pour le ou les ministères chargés des affaires sociales des questions relatives à :
   - la protection du patrimoine scientifique et technique ;
   - la lutte contre la prolifération des armes de destruction massive ;
   - la protection du secret de la défense nationale ;
   - la protection des biens et des personnes au sein du ou des ministères de son ressort ;
   - la sécurité dans les secteurs d'importance vitale.
   Elle relaie les directives transmises par le secrétariat général de la défense nationale relatives au renforcement de la sécurité dans les divers domaines lui incombant et contrôle leur application. Elle fait notamment procéder à la déclinaison ministérielle du plan gouvernemental de vigilance, de prévention et de protection face aux risques et menaces, autres que sanitaires.
   Elle est compétente pour tous les aspects relatifs à la protection du patrimoine scientifique et technique dans les échanges internationaux et, à ce titre, est saisie pour examen des demandes de stage et de visite d'étrangers dans les établissements et les laboratoires.
   Elle a en charge les questions relatives à la lutte contre la prolifération des armes de destruction massive. Dans ce cadre et en application de la réglementation sur les biens à double usage, elle se prononce sur les demandes de licence d'exportation de produits biologiques et procède aux consulations interministérielles nécessaires à cet effet.
   Elle s'assure de l'application des dispositions relatives à la protection des informations classifiées et délivre pour l'ensemble du ou des ministères de son ressort les habilitations relatives à la protection du secret de la défense nationale.
   Elle donne un avis sur les dispositions relatives à la protection des personnes et des biens au sein des bâtiments des administrations centrales de son ressort et vérifie leur application ainsi que l'efficacité des mesures en vigueur.
   Pour le secteur d'activité d'importance vitale de la santé, elle veille à l'application des directives nationales de sécurité par les établissements et organismes concernés.
   Elle prépare et assure le pilotage des actions de sensibilisation, de formation et des exercices de simulation de crise concernant la protection et la sécurité de défense et, si nécessaire, apporte son concours pour les exercices de situations de crise concernant la défense et la sécurité sanitaires.
   Elle peut, en tant que de besoin, apporter son aide à la réponse aux situations d'urgence et de crises ou à la mise en oeuvre des plans de défense et de sécurité et aux exercices.