L'avancement de la 1re classe à la classe exceptionnelle et l'avancement du 1er au 2e échelon de la classe exceptionnelle ont lieu au choix. Ils sont prononcés par décision du président ou du directeur de l'école sur proposition de chacun des conseils scientifiques siégeant en formation restreinte aux directeurs d'études et enseignants-chercheurs assimilés exerçant dans l'établissement. 
Peuvent seuls être promus au 1er échelon de la classe exceptionnelle les directeurs d'études pratique des hautes études de 1re classe qui justifient d'au moins dix-huit mois d'ancienneté dans celle-ci. 
Peuvent seuls être promus au 2e échelon de la classe exceptionnelle les directeurs d'études de l'Ecole justifiant d'au moins dix-huit mois d'ancienneté dans le 1er échelon de cette classe. 
Le nombre maximum de directeurs d'études de 1re classe pouvant être promus chaque année à la classe exceptionnelle est déterminé conformément aux dispositions du décret n° 2005-1090 du 1er septembre 2005 relatif à l'avancement de grade dans les corps des administrations de l'Etat. 
Le nombre de directeurs d'études de l'Ecole pratique des hautes études, de l'Ecole nationale des chartes et de l'Ecole française d'Extrême-Orient du 1er échelon de la classe exceptionnelle pouvant être promus au 2e échelon de cette classe est déterminé chaque année par application à l'effectif des directeurs d'études réunissant les conditions pour être promus d'un taux fixé par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur. 
Avant sa signature par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, le projet d'arrêté portant fixation du taux de promotion est transmis pour avis conforme au ministre chargé de la fonction publique et au ministre chargé du budget. Cet avis est réputé acquis en l'absence d'observation dans un délai de dix jours ouvrés à compter de la réception de la saisine. Cet arrêté est transmis pour publication au Journal officiel de la République française, accompagné de l'avis conforme du ministre chargé de la fonction publique et du ministre chargé du budget.