Le Centre national de gestion est administré par un conseil d'administration qui comprend vingt-huit membres
1° Dix membres représentants de l'Etat :
a) Le directeur général de l'offre de soins ou son représentant ;
b) Le directeur général de la cohésion sociale ou son représentant ;
c) Le directeur de la sécurité sociale ou son représentant ;
d) Le directeur du budget au ministère chargé du budget ou son représentant ;
e) Le directeur pour l'enseignement supérieur et l'insertion professionnelle ou son représentant ;
f) Deux représentants de la direction générale de l'offre de soins ;
g) Deux directeurs généraux d'agence régionale de santé ;
h) Un directeur régional de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale ;
Chacun d'eux peut se faire accompagner par une personne de ses services. 
2° Quatre personnalités qualifiées dans le domaine de la santé, des ressources humaines ou de l'action sociale ; 
3° Six représentants des établissements employant des agents hospitaliers, choisis sur une liste de douze noms proposés par l'organisation la plus représentative des établissements publics de santé après consultation des conférences de directeurs d'hôpitaux et de présidents de commission médicale d'établissement ; 
4° Sept membres représentant les personnels gérés par le centre : 
a) Quatre membres représentant les organisations syndicales des praticiens hospitaliers ; 
b) Trois membres proposés par les trois organisations syndicales les plus représentatives des personnels de direction et des directeurs des soins, à raison d'un représentant chacune ; 
5° Un représentant élu par le personnel du Centre national de gestion.