Tout lait recueilli est analysé. Les contrôles bactériologiques et physico-chimiques d'authenticité sont pratiqués systématiquement afin de mettre en évidence la qualité du lait et les germes pathogènes. En cas de transport des échantillons pour les contrôles, le microbiologiste s'assure des conditions d'acheminement (température, délais, notamment).
   Les contrôles systématiques à pratiquer sous la responsabilité d'un microbiologiste sont les suivants :

 1. Examen physico-chimique
      Pour dépister une fraude au lait de vache, il est réalisé un test par immuno-précipitation avec un antisérum au lait de vache.

 2. Examens bactériologiques
      Dans un premier temps, le lactarium réalise les examens bactériologiques du lait de la donneuse en groupant tous ses biberons en un même sous-lot numéroté. Chaque sous-lot, constitué pour une même donneuse, fait l'objet des examens bactériologiques. Si les résultats ne sont pas conformes, des analyses individuelles du lait de cette mère sont réalisées tout au long du don jusqu'à la normalisation bactériologique et, durant ce délai, ses dons sont détruits.
   Ensuite, le lactarium regroupe en fonction des résultats tous les flacons de plusieurs donneuses dont les laits sont conformes aux normes bactériologiques citées plus loin. Les contrôles sont réalisés systématiquement sur chacun des lots ainsi constitués. Si un lot est contaminé, le lactarium recherche l'origine de cette contamination.
         Méthodes :
   a) Evaluation de la flore aérobie à 37 °C sur gélose au sang en utilisant une boîte par échantillon, avec ensemencement de 0,1 ml de lait dilué au 1/10 ou 0,01 ml de lait non dilué, ou en utilisant un ensemenceur automatique. Incubation pendant quarante-huit heures ;
   b) Recherche et dénombrement de staphylococcus aureus sur milieu de Chapman en utilisant une boîte par échantillon, avec ensemencement de 0,1 ml de lait dilué au 1/10 ou 0,01 ml de lait non dilué, ou en utilisant un ensemenceur automatique. Incubation pendant quarante-huit heures.
         Résultats :
   En attendant les résultats de ces contrôles (physico-chimiques et bactériologiques), le lait est conservé à + 4 °C pendant quarante-huit heures. Il est placé en quarantaine.
   Les prélèvements sont non conformes et sont détruits si :
   - la flore totale aérobie à 37 °C est supérieure ou égale à 106 germes par millilitre ;
   - le nombre de staphylococcus aureus est supérieur à 104 germes par millilitre.
   Les prélèvements de lait dont les résultats physico-chimiques et bactériologiques sont conformes au regard des conclusions précitées sont traités par pasteurisation dans les conditions définies ci-après.
   Les prélèvements non conformes sont détruits, selon une procédure définie respectant la réglementation applicable à l'élimination des déchets potentiellement contaminés.