Les médecins compétents en application des articles 5-1 des décrets du 8 juin 2000 et du 26 juin 2000 susvisés sont chargés de contrôler l'aptitude physique des agents relevant de la spécialité navigation et sécurité des corps de contrôleurs des affaires maritimes et de syndics des gens de mer, des agents qui demandent à être nommés dans cette spécialité et des lauréats des concours de contrôleur des affaires maritimes et de syndic des gens de mer, pour l'accès aux emplois de cette spécialité.
A l'issue de l'examen clinique, ces médecins font pratiquer les examens complémentaires et s'entourent des avis spécialisés nécessaires pour rendre leur avis.