La Caisse d'amortissement de la dette publique est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. 
Toutefois, la comptabilité de la caisse est tenue selon les règles applicables aux entreprises relevant du Comité de réglementation bancaire et financière. En outre, par dérogation aux dispositions de l'article 197 du décret précité, dans le cas où l'Etat a émis au profit de la caisse des bons du Trésor à intérêts annualisés ou des obligations assimilables du Trésor, celle-ci ne perçoit pas les intérêts afférents à ces titres. 
L'agent comptable de la caisse est le contrôleur budgétaire et comptable ministériel auprès du ministre de l'économie, des finances et de l'industrie.