L'agence oriente et accompagne la modernisation de la fonction financière en application de la loi organique relative aux lois de finances du 1er août 2001 susvisée et du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Elle a en charge la cohérence du système d'information financière de l'Etat dont elle définit et met en œuvre la stratégie. A ces titres, elle a pour missions : 
1° De piloter l'urbanisation du système d'information financière de l'Etat ; 
2° En qualité de maître d'œuvre délégué, de maintenir en condition opérationnelle le système d'information Chorus de gestion de la dépense, de la recette non fiscale et de la comptabilité de l'Etat ; 
3° De piloter de nouveaux projets interministériels ou ministériels et leur intégration dans le système d'information Chorus ; 
4° D'accompagner le changement dans les ministères et auprès des utilisateurs. 
L'agence exerce ces missions pour le compte de l'Etat, d'établissements publics ou d'autres personnes publiques.