Le comité de gestion établit et propose un projet de budget annuel équilibré pour l'agence ainsi que les modalités de financement de ses activités et de tarification de ses services ; il approuve sa politique de gestion à long terme des déchets radioactifs et le programme de recherche et développement qu'elle finance. Il recommande les orientations industrielles des activités de l'agence, en particulier en ce qui concerne la sous-traitance éventuelle de certaines d'entre elles. Il émet toute recommandation sur l'affectation des moyens.
Un compte rendu d'activité et un état d'exécution du budget lui sont présentés au moins une fois par an.