Les établissements de transformation procédant à l'abattage d'animaux d'aquaculture aux fins de la lutte contre les maladies endémiques ou exotiques répertoriées à l'annexe IV de la directive (CE) n° 2006 / 88, les exploitations aquacoles, ainsi que les zones d'élevage de mollusques pouvant regrouper plusieurs exploitations conchylicoles, sont soumis à agrément zoosanitaire, conformément à l'article 4 de la directive (CE) n° 2006 / 88. Pour être agréés : 
- les exploitations aquacoles et les zones d'élevage de mollusques doivent respecter les dispositions prévues au chapitre V du titre II du présent arrêté ; 
- les établissements de transformation procédant à l'abattage des animaux d'aquaculture respectent les dispositions prévues au chapitre VI du titre II du présent arrêté Par dérogation au paragraphe précédent, l'enregistrement seul est requis pour : 
a) Les installations autres que les exploitations aquacoles détenant des animaux aquatiques sans intention de les mettre sur le marché ; 
b) Les pêcheries récréatives avec repeuplement ; 
c) Les exploitations aquacoles qui mettent sur le marché, en petites quantités, des animaux d'aquaculture destinés exclusivement au consommateur final ou au commerce de détail local fournissant directement le consommateur final.