La commission du stud-book est présidée par un représentant de l'organisme agréé pour intervenir dans la sélection et l'amélioration génétique de la race concernée. Elle comprend au moins trois membres désignés par cet organisme et au moins un représentant de l'établissement public  L'Institut français du cheval et de l'équitation , désigné par le directeur général de cet établissement, qui en assure le secrétariat. Lors de sa première réunion, la commission ainsi constituée fixe la composition détaillée telle qu'elle figurera dans le règlement du stud-book. 
Dans le cas où une association agréée perd le bénéfice de son agrément, le règlement du stud-book en vigueur au moment du retrait de l'agrément initial reste applicable. Lorsqu'une nouvelle association est agréée pour assurer l'orientation et l'amélioration génétique de la race concernée, toutes les références à l'association antérieurement agréée sont réputées remplacées par celles de la nouvelle association. 
En l'absence d'association agréée : 
a) Pour les races dont le berceau d'origine n'est pas en France, l'établissement public  L'Institut français du cheval et de l'équitation  peut proposer une modification du règlement du stud-book français de la race pour prendre en compte les modifications imposées par le berceau de race ; 
b) Dans les autres cas,  L'Institut français du cheval et de l'équitation  peuvent également proposer des modifications du règlement du stud-book pour répondre à une situation urgente ou à une demande expresse des éleveurs. 
Ces propositions sont approuvées par arrêté du ministre après avis de la commission du livre généalogique concernée.