Au cas où un litige ayant trait aux conditions d'exercice des missions exercées par les fonctionnaires ou agents mentionnés à l'article 1er surviendrait avec les chefs de service ou les directeurs d'établissement à l'occasion des inspections qu'ils effectuent, l'inspection générale exerce une fonction de conciliation ou de médiation. 
La saisine de l'inspection générale peut intervenir à la demande soit de l'agent chargé d'assurer les fonctions d'inspection d'hygiène et de sécurité, soit à la demande du chef de service ou directeur de l'établissement public dans lequel il intervient, soit encore par l'intermédiaire du président du      comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail , à la demande écrite d'un tiers au moins des membres titulaires du comité. Cette faculté s'exerce dans le cadre des dispositions de l'article 50 du décret du 28 mai 1982 susvisé. 
En cas d'échec de cette procédure de conciliation ou de médiation, le chef du service de l'inspection générale transmet au ministre, pour décision, un rapport établi de manière contradictoire avec les parties concernées.