Les dépenses sont justifiées sur base réelle par les bénéficiaires sauf exception prévue à l'article 5. Elles correspondent à des paiements justifiés par des factures acquittées ou par des factures auxquelles sont jointes des pièces permettant de vérifier le paiement effectif aux créanciers ou par des pièces comptables de valeur probante équivalente. 
Les dotations aux provisions, les charges financières autres que celles éligibles aux conditions fixées par l'article 7 du présent décret ainsi que les charges exceptionnelles ne sont pas éligibles. Les dépenses de rémunération, les charges d'amortissement, les contributions en nature et les coûts indirects constituent des dépenses éligibles aux conditions suivantes : 
1. Dépenses de rémunération. 
Les dépenses de rémunération supportées par le bénéficiaire, nécessaires à la réalisation de l'opération et comportant un lien démontré avec celle-ci, sont éligibles. Elles sont justifiées : 
a) S'agissant du temps consacré à la réalisation de l'opération : 
- par les fiches de poste des personnels affectés à la réalisation de l'opération ou les lettres de mission qui leur sont adressées, pour les personnels à temps plein ou à temps partiel si celui-ci est défini préalablement ; 
- ou par les fiches de temps des personnels affectés ponctuellement à la réalisation de l'opération ou des extraits de logiciel de gestion de temps ; 
b) S'agissant de l'assiette à laquelle s'applique le temps consacré à l'opération : 
- par des bulletins de salaire ; 
- ou le journal de paye ; 
- ou la déclaration annuelle des données sociales (DADS). 
Sont compris dans les dépenses de rémunération les salaires et les charges liées (cotisations sociales, patronales et salariales), les traitements accessoires prévus aux conventions collectives ou au contrat de travail ainsi que les variations de provisions pour congés payés enregistrées dans les comptes annuels. 
2. Charges d'amortissement. 
Les charges d'amortissement de mobiliers, équipements, véhicules, infrastructures, immeubles et terrains, au prorata de leur durée d'utilisation pour la réalisation de l'opération, sont éligibles dans la mesure où des aides publiques n'ont pas déjà contribué à l'acquisition de ces biens. Elles sont calculées selon les normes comptables admises et justifiées par la présentation de tout document comptable probant. 
Les charges d'amortissement des biens mobiliers ou immobiliers des organismes publics tels que définis à l'article 9 du présent décret sont éligibles au prorata de leur durée d'utilisation pour la réalisation de l'opération. Elles sont calculées selon les normes comptables admises et justifiées par la présentation de tout document comptable probant. 
3. Contributions en nature. 
Les contributions en nature, telles que la fourniture à titre gracieux de biens ou services, constituent des dépenses éligibles si les conditions suivantes sont réunies : 
a) Elles consistent en l'apport de terrains ou de biens immeubles, de biens d'équipement ou de matériaux, en une activité de recherche, une activité professionnelle ou un travail bénévole ; 
b) En cas de bénévolat, la valeur du travail est déterminée compte tenu du temps consacré et du taux horaire ou journalier de rémunération normal pour le travail accompli ; 
c) Les apports en nature sont présentés en équilibre en dépenses et en ressources dans le plan de financement de l'opération ; 
d) En cas d'apport de terrains ou de biens immeubles, la valeur retenue est la valeur à la date de l'apport, et certifiée par un expert indépendant qualifié ou par un organisme officiel dûment agréé. 
La participation des fonds structurels au financement d'une opération n'excède pas la dépense éligible totale, à l'exclusion des contributions en nature, à la fin de l'opération. 
Les contributions en nature sont justifiées : 
- pour les apports de terrains et de biens immeubles, par le certificat d'un expert indépendant qualifié ou par un organisme officiel dûment agréé ; 
- pour l'apport de services, par tout document permettant de justifier la valeur de la contribution et son adéquation avec les prix pratiqués sur le marché. 
4. Coûts indirects. 
Les coûts indirects correspondent aux dépenses qui ne peuvent être exclusivement affectées à la réalisation de l'opération et qui pour autant lui sont nécessaires. Seuls sont pris en compte les coûts réels imputables à la mise en œuvre de l'opération concernée. Pour être éligibles, ils sont affectés au prorata à l'opération selon une méthode équitable et dûment justifiée sur la base de clés de répartition permettant de distinguer l'activité du bénéficiaire liée à l'opération cofinancée parmi l'ensemble de ses activités ainsi que d'établir la réalité des coûts et leur rattachement effectif à l'opération cofinancée. 
Cette méthode fait l'objet d'une validation, par le service gestionnaire tel que défini par le règlement (CE) n° 1083/2006 du 11 juillet 2006 susvisé, lors de l'instruction et de la sélection de l'opération, et figure dans une annexe de l'acte attributif de la subvention.