Les fonctions d'agent comptable de la caisse de retraites sont assurées par l'agent comptable de l'Opéra national de Paris. A ce titre, il est placé sous l'autorité administrative du directeur et perçoit exclusivement une indemnité de responsabilité de la caisse.
L'agent comptable est chargé, sous sa propre responsabilité et sous le contrôle du conseil d'administration  de l'ensemble des opérations financières et comptables de la caisse. Sa gestion est garantie par un cautionnement dont le montant est fixé par arrêté du ministre chargé du budget. Il peut se faire assister par un fondé de pouvoir qu'il choisit parmi le personnel de la caisse et qui est agréé par le conseil d'administration