Le ministre de l'intérieur est le coordonnateur national de l'INPT et est garant de sa cohérence d'ensemble. 
Un comité de pilotage, dont la composition est fixée par            arrêté des ministres de l'intérieur et de la défense et du ministre chargé de la santé, réunissant les représentants des ministères concernés et des services utilisateurs, propose, sur la base d'indicateurs fournis par le coordonnateur national, les orientations relatives au déploiement des réseaux, à leur fonctionnement et à leurs évolutions. 
Un            arrêté des ministres de l'intérieur et de la défense et du ministre chargé de la santé fixe ces orientations.