La commission ne peut valablement délibérer que si au moins quatre de ses membres dont un représentant des conseils d'administration et un représentant des agents de direction ou des agents comptables assistent à la séance. Elle émet son avis à la majorité des membres présents. S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Chaque membre de la commission doit y prendre part. En cas de partage des voix, le président a voix prépondérante.
Le secrétariat de la commission est assuré par un fonctionnaire de la direction des affaires professionnelles et de la protection sociale qui n'est pas membre de la commission.
Les séances de la commission ne sont pas publiques.
Un procès-verbal est établi après chaque séance.