L'Observatoire de la santé des vétérans est composé d'un comité directeur et d'un conseil scientifique. 
1. Le comité directeur de l'Observatoire de la santé des vétérans : 
a) Définit les orientations stratégiques de l'observatoire ; 
b) Examine les demandes d'études pouvant être confiées au conseil scientifique de l'observatoire et en propose une liste au ministre de la défense qui les arrête ; 
c) Valide les modalités de réalisation de ces études et suit l'exécution de celles-ci. 
2. Le conseil scientifique de l'Observatoire de la santé des vétérans : 
a) Participe à la vigilance à l'égard des risques sanitaires auxquels les militaires sont exposés ; 
b) Emet un avis sur les propositions d'études de santé dont il est saisi par le délégué de l'Observatoire de la santé des vétérans ; 
c) Prépare et pilote les études de santé dont est saisi l'Observatoire de la santé des vétérans ; 
d) Conseille le délégué de l'Observatoire de la santé des vétérans en matière : 
- d'élaboration d'outils épidémiologiques permettant d'établir une traçabilité des pathologies ; 
- de veille scientifique et technologique.