Si lors d'un contrôle effectué au lieu de destination ou en cours de transport, la présence ou la suspicion d'agents responsables d'une zoonose, d'une maladie ou de toute autre cause susceptible de constituer un danger grave pour les animaux ou pour l'homme sont établies, la mise en quarantaine ou mise à mort des animaux ou la consignation ou destruction des semences ou embryons sont ordonnées par le   directeur chargé de la protection des populations. 
Pendant la période de quarantaine ou de consignation, les marchandises sont placées sous la responsabilité de leur détenteur.