Les prélèvements destinés à la détermination des critères physiques, chimiques et bactériologiques ont lieu :
   Dans les rivières à régime torrentiel ou à cours rapide : dans la partie active de la rivière ;
   Dans les autres rivières ou canaux : au milieu du courant et à une profondeur de 50 centimètres si la rivière considérée dépasse un mètre de profondeur et dans les autres cas à mi-profondeur.
   Ils doivent éviter toute altération des conditions du milieu et toute distorsion des résultats.
   Les eaux prélevées en vue de recherches bactériologiques sont recueillies dans des flacons ad hoc soumis au préalable à un nettoyage rigoureux et stérilisés dans le laboratoire chargé de l'analyse ; pour la recherche des salmonelles, une autre méthode de prélèvement réalisant une concentration des bactéries par des gazes flottées peut également être employée.
   Le transport des échantillons prélevés, lorsqu'il a lieu, est assuré du point de prélèvement au laboratoire d'analyse dans des conditions d'obscurité, rapidité et température requises pour la conservation des caractères biochimiques et bactériologiques.
   2. Les prélèvements d'échantillons destinés à la détermination des critères hydrobiologiques sont effectués dans les calmes et les courants au moyen d'un filet échantillonneur de fond dont la maille est supérieure à 0,1 millimètre dans les rivières d'une profondeur inférieure à un mètre et dont la vitesse moyenne du courant est supérieure à 0,20 mètre par seconde. Lorsqu'une ou l'autre de ces deux conditions n'est pas réalisée, les prélèvements sont effectués au moyen d'une drague à main ou d'un échantillonneur vertical.
   3. Les prélèvements destinés à déterminer la radioactivité des rivières ou canaux sont exécutés de la même manière que les prélèvements destinés à la détermination des critères physiques, chimiques et bactériologiques.
   4. Les prélèvements destinés à la détermination des métaux dans les sédiments sont effectués dans les dépôts d'accumulation de sédiments fins sur une tranche d'environ 10 centimètres à l'aide d'une drague ad hoc. Le transport des échantillons prélevés est assuré, du point de prélèvement au laboratoire d'analyse, dans des sacs de polyéthylène ou dans des flacons en verre placés dans des conditions de température requises pour leur conservation.
   5. Les prélèvements de poissons pour les déterminations des pesticides sont réalisés par pêche électrique de préférence et, l'espèce retenue est le chevesne ; en l'absence de chevesne, on pêchera toute autre espèce non migratrice ne faisant pas l'objet localement de réempoissonnement. L'échantillon comporte une dizaine de sujets mâles ou immaturés. Les poissons seront emballés dans des sacs plastiques et transportés dans des boîtes isothermes contenant de la glace artificielle.
   6. Si, pour des raisons exceptionnelles, il est procédé aux prélèvements par des méthodes autres que celles susvisées, les raisons ayant motivé ce choix sont explicitées et la méthode retenue est exposée de façon détaillée.