Les élèves ont droit, en première et en deuxième année, à un congé annuel de dix semaines, dont cinq semaines consécutives, et à un congé de cinq semaines en troisième année. La répartition en est fixée par le directeur après   décision de l'instance compétente pour les orientations générales de l'institut. Pour les élèves relevant d'une école du service de santé des armées, les dispositions concernant les congés sont celles relevant du statut général des militaires.