Le président du conseil d'administration prépare et exécute les décisions du conseil. Il signe les procès-verbaux des séances et les notifie aux membres du conseil d'administration et au comptable spécial. Il publie la liste des membres du conseil d'administration ainsi que celle des membres du conseil d'orientation. Il représente le centre en justice et dans tous les actes de la vie civile. 
Il nomme le directeur et les agents du centre et a autorité sur l'ensemble des services. 
Il est l'ordonnateur principal des recettes et des dépenses. Il engage, liquide et mandate les dépenses. Il constate les droits de l'établissement, liquide les recettes et les met en recouvrement. Il tient une comptabilité analytique dans des conditions définies par un arrêté conjoint du ministre chargé des collectivités locales et du ministre chargé du budget. Il signe les marchés et conventions passés par le centre. Il peut déléguer, par arrêté, sa signature, sous sa surveillance et sous sa responsabilité, aux délégués régionaux, dans la limite de leurs compétences et pour l'engagement de dépenses inférieures au seuil des marchés défini à l'article 26 du code des marchés publics. 
Il peut recevoir délégation du conseil d'administration pour prendre toute décision concernant :
-l'affectation des propriétés utilisées pour les besoins des missions du Centre national de la fonction publique territoriale ;
-la fixation des tarifs et redevances diverses susceptibles d'être perçues par le Centre national de la fonction publique territoriale ;
-la réalisation des emprunts destinés au financement des investissements prévus par le budget et la passation à cet effet des actes nécessaires ;
-la préparation, la passation, l'exécution et le règlement des marchés de travaux, de fournitures et de services qui peuvent être réglementairement passés en forme négociée en raison de leur montant, lorsque les crédits sont prévus au budget ;
-la conclusion et la révision des baux, des contrats d'assurance et, d'une manière générale, du louage de chose pour une durée n'excédant pas douze ans ;
-la création des régies d'avances et de recettes nécessaires au fonctionnement des services ;
-l'acceptation de dons et legs qui ne sont grevés ni de conditions ni de charges ;
-l'aliénation de gré à gré de biens mobiliers jusqu'à 30 000 F ;
-la fixation des rémunérations et le règlement des frais et honoraires des avocats, avoués, notaires, huissiers de justice et experts ;
-l'exercice des actions en défense et des recours au nom du Centre national de la fonction publique territoriale ; 
Il rend compte au conseil d'administration de ses décisions lors de la plus proche réunion de ce dernier.