Le ou les sous-directeurs sont choisis par le directeur parmi le personnel médical ou scientifique exerçant à temps plein depuis trois ans au moins ses fonctions au sein de l'établissement, sous réserve de l'accord du conseil d'administration. Lorsqu'il n'existe qu'un seul sous-directeur, celui-ci doit être médecin. Le ou les sous-directeurs ainsi désignés continuent à assumer leurs fonctions médicales ou scientifiques antérieures.