Le commissaire du Gouvernement a une mission générale de vérification de la conformité des actions engagées par le comité avec les missions énoncées à l'article L. 951-10-1 du code du travail et les objectifs des politiques publiques concernées.
   Outre les attributions prévues par l'article L. 951-10-1 du code du travail, le contrôleur a une mission générale de surveillance de l'activité économique et de la gestion financière du comité. A ce titre, il contrôle toutes les opérations menées par le comité ou avec son concours, susceptibles d'avoir une répercussion financière directe ou indirecte, évalue ses performances et veille aux intérêts patrimoniaux de l'Etat. Pour l'exercice de sa mission, le contrôleur a tous pouvoirs d'investigation sur pièces et sur place.