Par dérogation au principe énoncé à l'article 3 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires, les emplois de l'établissement public national Antoine Koenigswarter ne sont pas occupés par des personnels ayant le statut de fonctionnaire.
La situation de ces personnels est déterminée par un contrat de travail et des conventions collectives, dans les conditions définies au livre II des première et deuxième parties du code du travail.
Nonobstant les deux premiers alinéas du présent article, en cas de transfert d'un établissement dont tout ou partie des personnels relève d'un corps de la fonction publique de l'Etat, de la fonction publique territoriale ou de la fonction publique hospitalière à l'établissement public national Antoine Koenigswarter, les agents concernés peuvent opter pour le maintien dans leur corps d'origine ou pour leur intégration à l'établissement public national Antoine Koenigswarter, dans un corps relevant de la fonction publique hospitalière, dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat. Les agents non titulaires en fonction dans l'établissement transféré conservent leur statut d'origine et deviennent agents non titulaires de la fonction publique hospitalière.

 Dans le périmètre d'un établissement ainsi transféré, les emplois vacants après la date du transfert peuvent être pourvus par des agents relevant de la fonction publique hospitalière.