Le décret n° 94-874 du 7 octobre 1994 modifié fixe les sanctions disciplinaires applicables aux élèves fonctionnaires de l'école. Ces sanctions sont prononcées par le ministre chargé du développement durable, à l'exception de l'avertissement, qui est prononcé par le directeur de l'école.
Dans les cas graves et urgents, le directeur de l'Ecole nationale des sciences géographiques peut proposer la suspension d'un élève au ministre chargé du développement durable.