Le pôle de défense et de sécurité sanitaires a pour mission l'animation et la coordination de l'action du ou des ministère chargés des affaires sociales pour la protection des populations face aux risques et menaces sanitaires et la lutte contre le terrorisme nucléaire, radiologique, biologique et chimique (NRBC), et notamment les missions suivantes :
   - relayer et appliquer les directives transmises par le secrétariat général de la défense nationale ;
   - s'assurer de la bonne élaboration des plans de prévention, de protection et d'intervention destinés à faire face aux grandes menaces sanitaires ou à impact sanitaire, y compris d'origine terroriste ;
   - s'assurer, en lien avec les directions et les représentants zonaux du ou des départements ministériels concernés, de l'application des directives ainsi que du caractère opérationnel des moyens et dispositifs mis en place au titre de la défense et sécurité sanitaires ;
   - participer à la réflexion interministérielle sur les préoccupations de défense et la protection des populations ainsi qu'aux travaux sur ces sujets dans le cadre communautaire et international et faire appel en tant que de besoin aux contributions des directions ;
   - assurer la représentation civile française au comité médical mixte des plans civils d'urgence de l'OTAN ;
   - participer aux travaux interministériels ayant trait à la recherche et au développement en matière de défense contre les menaces NRBC en sollicitant, en tant que de besoin, le concours des directions et agences nationales concernées ;
   - préparer et assurer le pilotage des actions de sensibilisation et de formation et des exercices de simulation de crise concernant la défense et la sécurité sanitaires et, si nécessaire, apporter son concours pour les exercices de situations de crise concernant la protection et la sécurité de défense ;
   - contribuer à la formation des intervenants à la prise en charge des victimes dans le contexte d'une contamination de type NRBC ;
   - s'assurer de la bonne élaboration et de la diffusion des conclusions des retours d'expérience des situations de crise sanitaire et des exercices de simulation ;
   - assurer la préparation et le suivi de l'exécution du programme civil de défense en lien avec les directions concernées ;
   - veiller, au sein du ou des départements ministériels et des services déconcentrés relevant de sa compétence, à la mise en place et au bon fonctionnement d'un dispositif permanent de veille et d'alerte ;
   - organiser la mise en place des équipements de protection NRBC, des postes sanitaires mobiles et de leur réseau de radiocommunications et en assurer le suivi de gestion et le contrôle ;
   - assurer la gestion de la plate-forme nationale sanitaire et logistique projetable ;
   - apporter, en tant que de besoin, son aide à la réponse aux situations d'urgence et de crise sanitaires ou à la mise en oeuvre des plans de défense et de sécurité et aux exercices organisés dans le domaine de la défense et de la sécurité sanitaire ou de la sécurité et de la protection de défense.