Deux sous-directeurs assistent le directeur, l'un pour la direction des activités documentaires, l'autre pour la direction des activités administratives. Ils sont recrutés :
Soit parmi les administrateurs civils du ministère de l'éducation nationale justifiant, lors de leur nomination, de huit années de services effectifs depuis leur titularisation ;
Soit parmi les maîtres de recherches ou parmi les agents exerçant les fonctions de chef de division ou de délégué régional de l'institut pédagogique national comptant au moins douze ans de services civils effectifs.
L'emploi de sous-directeur comporte trois échelons. L'avancement aux 2e et 3e échelons a lieu après dix-huit mois de services effectifs accomplis dans l'échelon immédiatement inférieur.