Les navires congélateurs et les navires usines, y compris les navires cuiseurs de crustacés et de mollusques, sont agréés dans les conditions des articles 2 à 6. 
Avant la mise en activité de son navire, tout armateur ou son représentant adresse au préfet du département où est immatriculée l'unité une demande d'agrément valant déclaration au sens de l'article 1er de l'arrêté du 28 juin 1994 susvisé. Cette demande comporte les informations mentionnées à l'annexe 1 et est accompagnée des documents figurant à l'annexe 2. 
Par dérogation à l'article 4, la durée de l'agrément conditionnel attribué aux navires usines et aux navires congélateurs peut être supérieure à 6 mois, sans toutefois dépasser 12 mois au total. 
Le numéro d'agrément de ces navires est composé :
-du numéro de codification du département du port d'attache ;
-du numéro de codification de la commune du port d'attache ;
-et du numéro d'ordre de l'établissement dans la commune. Ce numéro d'ordre comporte trois chiffres. Cette mesure s'applique au plus tard le 1er janvier 2013.