Les instituts comprennent un conseil scientifique dont les attributions et la composition sont fixées à l'article 26. 
 S'ils sont investis d'une ou plusieurs missions nationales, les instituts comprennent également un conseil d'orientation qui assure la représentation des différents opérateurs concernés. Les attributions et la composition de ce conseil sont fixées par arrêté du ministre chargé de la recherche.