Le directeur général, choisi parmi les personnalités du monde scientifique et technologique, est nommé pour quatre ans, sur proposition du président du centre, par décret pris sur le rapport du ministre chargé de la recherche. Il ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs.
   Sous l'autorité du président du centre, il assure la direction scientifique, administrative et financière du centre.
   Il assiste le président dans la préparation des délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution. Il est notamment chargé de la préparation du budget.
   Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature.
   Il gère le personnel.
   Il représente le centre dans tous les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers. Il le représente en justice.
   Il est assisté d'un secrétaire général et de directeurs de département scientifique.
   Il peut déléguer sa signature. Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs au secrétaire général, aux directeurs de départements scientifiques, aux délégués régionaux et à d'autres agents désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative ou scientifique dans l'établissement ou dans une unité, un groupement ou un institut national communs avec d'autres organismes. Ces agents peuvent déléguer leur signature.