L'établissement est administré par un conseil de vingt membres comprenant : 
1° Neuf membres représentant l'Etat désignés à raison d'un membre par chacun des ministres chargés respectivement :
-de l'urbanisme ;
-des transports ;
-de l'aménagement du territoire ;
-de l'économie ;
-du budget ;
-des collectivités locales ;
-de la ville ;
-du logement ;
-de la culture. 
Pour chacun des membres prévus ci-dessus, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions ; 
2° Neuf représentants des collectivités territoriales et de leurs établissements publics :
-le maire de Marseille ou son suppléant désigné par lui au sein du conseil municipal ;
-le président de la communauté urbaine de Marseille-Provence-Métropole ou son suppléant désigné par lui au sein du conseil de communauté ;
-le président du conseil régional de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur ou son suppléant désigné par lui au sein du Conseil régional ;
-le président du conseil départemental des Bouches-du-Rhône ou son suppléant désigné par lui au sein du conseil départemental ;
-deux représentants de la commune de Marseille élus en son sein par le conseil municipal ;
-un représentant de la communauté urbaine de Marseille-Provence-Métropole élu en son sein par le conseil de communauté ;
-un représentant de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur élu en son sein par le conseil régional ;
-un représentant du département des Bouches-du-Rhône élu en son sein par le conseil départemental ; 
3° Un représentant du Port autonome de Marseille élu en son sein par le conseil d'administration du port ; 
4° Une personnalité qualifiée nommée par le Premier ministre. 
Le préfet de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur, préfet des Bouches-du-Rhône, constate, par arrêté publié au recueil des actes administratifs de la préfecture, la composition nominative du conseil d'administration.