La nomenclature des destinations de dépenses comprend trois agrégats :
I. - Le premier agrégat se rapporte à l'activité conduite par les unités de recherche. 
Au sein de cet agrégat, les dépenses sont présentées selon une double ventilation : 
- la première ventilation est établie par instituts thématiques ; 
- la seconde ventilation concerne les unités regroupées par administrations déléguées régionales : elle sert de support à l'exécution du budget. 
Les dotations à répartir du premier agrégat correspondent aux moyens ne pouvant être répartis avant approbation du document budgétaire.
II. - Le deuxième agrégat se rapporte aux actions communes de l'établissement. Ces actions comprennent :
- les grands équipements scientifiques ;
- la valorisation de la recherche ;
- les échanges internationaux ;
- l'évaluation scientifique ;
- l'information scientifique, technique et la communication ;
- l'animation et le partenariat scientifique ;
- la formation permanente ;
- la formation à et par la recherche ;
- les autres dépenses d'actions communes ;
- les dotations à répartir ;
III. - Le troisième agrégat se rapporte aux fonctions support. Ces fonctions comprennent :
- l'action sociale ;
- les moyens informatiques communs ;
- l'entretien immobilier, les gros travaux, les acquisitions et constructions ;
- les moyens généraux des services déconcentrés ;
- les moyens généraux des services centraux ;
- les opérations financières ;
- les autres dépenses générales ;
- les dotations à répartir.
Hors agrégat, une réserve pour hausse des rémunérations et des charges sociales est constituée. Une dotation à répartir correspondant notamment aux contreparties de recettes et aux dépenses de personnel dont la répartition entre agrégats ne peut être précisée au moment de l'approbation du budget est également prévue.