La mission fonctionnement, organisation et déconcentration de l'Etat est chargée :
   - de préparer les réformes relatives au rôle et au fonctionnement de l'Etat central, notamment celles tendant à développer ses fonctions stratégiques (prospective, évaluation, contrôle, adaptation aux enjeux européens) ;
   - de promouvoir la déconcentration des compétences et des moyens au sein de l'Etat ; à ce titre, elle anime en particulier les réflexions sur l'organisation et le fonctionnement des services déconcentrés ;
   - de coordonner les travaux conduits par la délégation en matière d'organisation des administrations centrales, des services à compétence nationale et des établissements publics ;
   - d'élaborer, en liaison avec les autres missions, les textes législatifs et réglementaires dont la préparation est confiée à la délégation, en particulier en matière de simplifications administratives et de renforcement des droits des usagers.
   Elle constitue le pôle de compétences juridique de la délégation ; elle est responsable de l'élaboration du code de l'administration.
   Elle prépare la programmation de la section territoriale du Fonds pour la réforme de l'Etat.