La Caisse autonome nationale organise l'ensemble des circuits relatifs aux flux financiers nécessaires au régime pour assurer la gestion des branches de risques. La Caisse autonome nationale, à compter du 1er janvier 2005, assure un suivi spécifique de la trésorerie par branche et pour un ensemble constitué des oeuvres et des établissements, dans le cadre de la trésorerie unique du régime minier. 
La Caisse des dépôts et consignations gère les flux financiers relevant des risques qu'elle gère pour le compte du régime minier. 
La Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés gère les flux financiers relevant des risques dont elle a la gestion pour le compte et sous mandat de la Caisse autonome nationale en application de l'article 15.
L'Agence nationale pour la garantie des droits des mineurs gère les transferts financiers relevant de l'action sanitaire et sociale individuelle qu'elle assure pour le compte du régime minier. La convention mentionnée à l'article 219 détermine les modalités comptables et financières ainsi que les obligations réciproques des signataires pour l'application du présent alinéa.
Les dispositions de la section 2 du chapitre III du titre V du livre II du code de la sécurité sociale sont applicables aux opérations de recettes et de dépenses qui résultent de l'application des dispositions du présent décret, à l'exception de l'article D. 253-29, des trois derniers alinéas de l'article D. 253-30 et des articles D. 253-34 à D. 253-41.