Le régime financier et comptable défini par les décrets susvisés du 10 décembre 1953 et du 29 décembre 1962 et par l'article 60 de la loi de finances du 23 février 1963 relatif à la responsabilité des comptables publics est applicable à l'E. N. S. E. A.
Cet établissement est également soumis au contrôle financier de l'Etat prévu par le décret du 25 octobre 1935. Les modalités de son contrôle sont fixées par arrêté conjoint du secrétaire d'Etat aux universités et du ministre de l'économie et des finances.