Indépendamment des contrôles prévus par le titre III du    décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique et du décret du 11 février 1985 susvisés, l'établissement comporte une commission d'audit et de vérification des comptes chargée : 
1° De veiller à la régularité des opérations de gestion et comptables ; 
2° D'assurer l'audit interne des procédures des services ordonnateurs et comptables incluant le système de contrôle de gestion. 
Sa composition et son organisation sont déterminées par une délibération du conseil d'administration.