Le conseil d'administration est composé d'un président, des présidents et vice-présidents des conseils de section et de deux représentants des agriculteurs, utilisateurs de graines de semence et de plants.
Le président est élu par le conseil d'administration ; un vice-président peut également être élu dans les mêmes conditions.
Les membres du conseil d'administration sont désignés pour la durée des fonctions des membres des conseils de section.
Les directeurs et chefs de service du ministère de l'agriculture intéressés et le président du comité technique permanent de la sélection des plantes cultivées ou leurs représentants peuvent être invités aux réunions du conseil d'administration. Ils ne prennent pas part au vote.