L'établissement est soumis au contrôle économique et financier de l'Etat tel que prévu par le décret du 26 mai 1955 susvisé. 
Les attributions du membre du corps du contrôle général économique et financier et les modalités d'exercice de son contrôle sont fixées en tant que de besoin par arrêté conjoint des ministres chargés des personnes handicapées, de la fonction publique de l'Etat, de la fonction publique territoriale, de la fonction publique hospitalière et du budget.