Outre son président, le conseil d'administration de l'établissement comprend treize membres : 
1° Deux représentants de l'Etat : 
a) Le   directeur général des patrimoines et de l'architecture ou son représentant ; 
b) Le directeur de l'administration générale du ministère chargé de la culture ou son représentant ; 
2° Le Président de l'Etablissement public de la Réunion des musées nationaux et du Grand Palais des Champs-Elysées ou son représentant ; 
3° Cinq personnalités choisies en raison de leur compétence dans le domaine d'activité de l'établissement ou de leurs fonctions, dont une choisie en raison de sa connaissance des publics des musées nationaux, désignées par arrêté du ministre chargé de la culture ; 
4° Trois membres des corps des conservateurs et des conservateurs généraux du patrimoine élus pour trois ans dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la culture ; 
5° Deux représentants du personnel de l'établissement élus pour trois ans dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la culture. 
Pour chacun des membres du conseil d'administration mentionnés aux 4° et 5° un suppléant est élu dans les mêmes conditions que le titulaire.