Les taux annuels de référence de l'indemnité de charges administratives sont fixés par arrêté conjoint des ministres chargés respectivement de l'éducation nationale, du budget et de la fonction publique. 
Les taux annuels de référence fixés pour les vice-recteurs et les directeurs académiques des services de l'éducation nationale agissant sur délégation du recteur d'académie sont déterminés en fonction de l'importance du poste territorial occupé par les intéressés, conformément à un classement des postes territoriaux fixé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'éducation nationale et du ministre chargé du budget.