La présidence de la commission est assurée par le directeur général des douanes et droits indirects. 
Le président est, en cas d’empêchement, remplacé par un fonctionnaire de cette administration, titulaire d’un grade d’administrateur civil, de directeur fonctionnel, de directeur des services douaniers, d’inspecteur principal ou d’attaché principal. 
La commission consultative paritaire élabore son règlement intérieur selon le règlement type établi pour les commissions administratives paritaires centrales de la direction générale des douanes et droits indirects. 
Le secrétariat est assuré par un représentant de l’administration qui peut ne pas être membre de la commission. 
Le secrétaire adjoint est désigné par la commission conformément à la proposition émise par les représentants du personnel. 
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d’un mois, aux membres de la commission ayant siégé avec voix délibérative.