Pour accomplir sa mission d'agrément et de contrôle, le directeur de VINIFLHOR est assisté par une commission nationale représentative composée de six membres professionnels, dont au moins deux producteurs et deux négociants nommés sur proposition du Syndicat de défense du vin de pays Vignobles de France. Il leur soumet des éléments de procédure (notamment les critères d'orientation des contrôles), la teneur effective des accords de partenariat, les dossiers en appel ou ceux qui lui paraissent susceptibles de porter atteinte à l'image, la notoriété du vin de pays Vignobles de France, en particulier au regard de la présentation des vins et des mentions d'étiquetage.
   VINIFLHOR effectue des contrôles par sondage sur les vins proposés à l'agrément, agréés ou refusés. Les contrôles de VINIFLHOR peuvent porter également sur des échantillons de vin de pays Vignobles de France prélevés sur les lieux de vente ou de consommation.
   Ces contrôles portent sur les différents éléments du dossier. Pour les négociants, le taux d'approvisionnement dans un contexte de partenariat avec des producteurs est pris en compte, l'opérateur ayant le choix de la période au niveau d'une campagne ou d'une année civile.
   VINIFLHOR fait effectuer des analyses par un laboratoire agréé et se fait assister par une commission de dégustation dont la composition est définie par le directeur de VINIFLHOR sur proposition de la commission nationale susvisée.
   Les vins sont dégustés après mise sous anonymat. Le jury a accès aux éléments techniques du cahier des charges du demandeur.
   Si les contrôles, après délivrance de l'agrément, font apparaître le non-respect d'un critère susceptible de remettre en cause l'agrément, à savoir :
   - une analyse non conforme ;
   - des caractéristiques gustatives insuffisantes ou dégradées ;
   - le non-respect des contrats de partenariat visés à l'article 2, le demandeur reçoit un avertissement et est soumis à des contrôles plus fréquents.
   Dans l'éventualité d'un deuxième avertissement signifié au metteur en marché habilité par VINIFLHOR dans un délai d'un an suivant le premier, les demandes d'agrément qu'il présente au cours de la campagne suivante sont instruites, sur la base d'examens analytique et organoleptique, préalables à la notification d'agrément et mis en oeuvre conformément au décret du 1er septembre 2000 susvisé.
   Si le demandeur fait l'objet d'un troisième avertissement moins d'un an après le premier, son habilitation est suspendue pendant l'année qui suit ce troisième avertissement.