En application du troisième alinéa de l'article 3 du décret du 29 avril 2002 susvisé, il est possible d'alimenter le compte épargne-temps par des jours de repos compensateurs tels que prévus par l'arrêté du 7 avril 2003 portant application à Météo-France de l'article 1er du décret n° 2000-815 du 25 août 2000 relatif à l'aménagement et à la réduction du temps de travail dans la fonction publique de l'Etat. En application du décret n° 2009-1065 du 28 août 2009, notamment son article 6-3, alinéa 1, et de l'arrêté du 28 août 2009 susvisés, la possibilité d'alimentation du compte épargne-temps est limitée à seize jours par an. Il n'est pas possible d'alimenter le compte épargne-temps par des repos compensateurs indemnisés et des repos compensateurs obligatoirement récupérés. 
Le compte épargne-temps est alimenté par périodes d'une durée minimale d'un jour, sur demande de l'agent, formulée auprès du service gestionnaire en une fois à la fin de l'année civile au titre de laquelle des jours sont épargnés et au plus tard le 31 décembre. 
Lorsqu'au terme de chaque année civile le nombre de jours inscrits sur le CET excède le seuil mentionné à l'article 5 du décret du 29 avril 2002 susvisé, l'agent exerce un droit d'option auprès du service gestionnaire, dans les conditions fixées par l'article 6 du décret précité et au plus tard le 31 janvier de l'année suivante.