La nomenclature des natures de dépenses comprend quatre catégories :
 I. - La première nature se rapporte aux dépenses de personnel où sont distinguées les dépenses de personnel limitatives, financées en totalité ou en partie sur la subvention pour charges de service public, et les dépenses de personnel non limitatives, intégralement financées sur les autres catégories de recettes ;
 II. - La seconde nature de dépenses se rapporte au fonctionnement ;
 III. - La troisième nature de dépenses se rapporte à l'investissement non programmé ;
 IV. - La quatrième nature de dépenses se rapporte aux opérations d'investissement programmé et aux autres opérations en capital. Les destinations de dépenses pouvant comporter des autorisations d'engagement sont les suivantes :
 - pour l'agrégat se rapportant aux actions communes :
  - les contributions aux partenariats ;
  - les moyens navigants ;
  - les autres grands équipements scientifiques ;
 - pour l'agrégat se rapportant aux fonctions support :
  - les systèmes d'information ;
  - les gros travaux, les acquisitions et les constructions immobilières ;
  - les opérations financières.