Indépendamment des contrôles prévus par l'article 189 du décret du 29 décembre 1962 et du décret du 11 février 1985 susvisés, l'établissement comporte une commission de vérification chargée de contrôler annuellement, avant examen du compte financier par le conseil d'administration, la régularité des opérations de gestion et des opérations comptables ainsi que le bon fonctionnement des services ordonnateurs et comptables.
   Elle est présidée par le chef de l'inspection des services de la direction générale des douanes et droits indirects et composée conformément à une délibération du conseil d'administration.