Le praticien adjoint contractuel en activité a droit, compte tenu de la durée de service effectuée, à des congés et jours de récupération rémunérés, déterminés dans les mêmes conditions que ceux qui sont accordés aux praticiens hospitaliers en application des 1°, 2° et 3° de l'article R. 6152-35 du code de la santé publique. Lorsqu'ils exercent leurs fonctions à temps partiel, les praticiens bénéficient de congés définis conformément aux dispositions de l'article R. 6152-46 du même code. 
Le chef de pôle ou, à défaut, le responsable de la structure interne organise, après consultation des praticiens de la structure et sur la base de l'organisation arrêtée conformément aux dispositions du dernier alinéa de l'article R. 6152-26, la prise des jours de congé sur certaines périodes de l'année en fonction de l'activité. 
Pour cette prise de congé, le praticien peut utiliser des jours de congé annuel, des jours de réduction du temps de travail, des jours de récupération et des jours accumulés sur son compte épargne-temps. 
L'organisation du temps de présence et d'absence des personnels médicaux, pharmaceutiques et odontologiques est intégrée dans les contrats de pôle. 
Le directeur d'établissement arrête le tableau des congés et jours de récupération susmentionnés après avis du chef de pôle ou, à défaut, du responsable du service, de l'unité fonctionnelle ou de toute autre structure interne.