La caisse autonome nationale est soumise au contrôle des ministres chargés de la sécurité sociale et du budget. 
Elle est soumise au contrôle budgétaire et financier de l'Etat dans les conditions fixées par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 portant codification et aménagement des textes relatifs au contrôle économique et financier de l'Etat et par le décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.