L'établissement est administré par un conseil de vingt membres comprenant :
   1° Neuf membres représentant l'Etat désignés à raison d'un membre par chacun des ministres chargés respectivement :
   - de l'urbanisme ;
   - des transports ;
   - de l'aménagement du territoire ;
   - de l'économie ;
   - du budget ;
   - des collectivités locales ;
   - de la ville ;
   - du logement ;
   - de la culture.
   Pour chacun des membres prévus ci-dessus, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions ;
   2° Neuf représentants des collectivités territoriales et de leurs établissements publics :
   - le maire de Marseille ou son suppléant désigné par lui au sein du conseil municipal ;
   - le président de la communauté urbaine de Marseille-Provence-Métropole ou son suppléant désigné par lui au sein du conseil de communauté ;
   - le président du conseil régional de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur ou son suppléant désigné par lui au sein du Conseil régional ;
   - le président du conseil général des Bouches-du-Rhône ou son suppléant désigné par lui au sein du conseil général ;
   - deux représentants de la commune de Marseille élus en son sein par le conseil municipal ;
   - un représentant de la communauté urbaine de Marseille-Provence-Métropole élu en son sein par le conseil de communauté ;
   - un représentant de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur élu en son sein par le conseil régional ;
   - un représentant du département des Bouches-du-Rhône élu en son sein par le conseil général ;
   3° Un représentant du Port autonome de Marseille élu en son sein par le conseil d'administration du port ;
   4° Une personnalité qualifiée nommée par le Premier ministre.
   Le préfet de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur, préfet des Bouches-du-Rhône, constate, par arrêté publié au recueil des actes administratifs de la préfecture, la composition nominative du conseil d'administration.