La commission est saisie soit par le ministre de l'agriculture, soit par le président du conseil d'administration de la caisse intéressée. Lorsque l'agent en cause est un agent comptable, la commission peut également être saisie par le ministre des finances et des affaires économiques.
L'autorité qui saisit la commission doit indiquer les griefs formulés contre l'agent déféré devant la commission, dans un document établi en double exemplaire. 
Lorsque la commission est saisie par le président du conseil d'administration de la caisse, le document susvisé est adressé au chef de la mission d'audit, d'évaluation et de contrôle de la protection sociale agricole ou son représentant, qui en assure la transmission au secrétariat de la commission en y joignant son avis motivé.