Lorsque la décision est de la compétence du ministre chargé de l'aménagement du territoire, en application de l'article 9 du décret n° 82-379 du 6 mai 1982, le dossier doit être déposé auprès de la           délégation interministérielle à l'aménagement du territoire et à l'attractivité régionale . Dans les cas visés aux deuxième et troisième alinéas de l'article 9 dudit décret, le dossier peut soit être déposé directement à la           délégation interministérielle à l'aménagement du territoire et à l'attractivité régionale , soit lui être retransmis par la région préalablement saisie. 
La           délégation interministérielle à l'aménagement du territoire et à l'attractivité régionale  transmet le dossier aux départements ministériels concernés et, lorsque la localisation est choisie, au représentant de l'Etat dans la région. 
Après avis du comité interministériel visé à l'article 9 du décret n° 82-379 du 6 mai 1982, le ministre chargé de l'aménagement du territoire attribue les primes et notifie ses décisions aux intéressés.