La nomenclature des destinations de dépenses comprend trois agrégats :
 I. - Le premier agrégat se rapporte à l'activité conduite par les unités de recherche et de service. Au sein de cet agrégat, les dépenses sont présentées selon une double ventilation :
 - par départements de recherche : le budget est exécuté selon cette première ventilation ;
 - par thèmes de recherche : un thème de recherche peut concerner des unités de recherche ou de service d'un ou plusieurs départements de recherche.
 Les dotations à répartir du premier agrégat correspondent :
 - aux actions thématiques transversales aux unités de recherche ou de service de l'institut ;
 - aux conventions de recherche non réparties ;
 - aux autres moyens à répartir.
 II. - Le deuxième agrégat se rapporte aux actions communes de l'établissement. Ces actions comprennent :
 - le soutien et la formation des communautés scientifiques du Sud ;
 - les expertises et actions de valorisation des résultats de la recherche ;
 - l'information scientifique et technique et la communication ;
 - les relations internationales ;
 - l'animation scientifique ;
 - l'évaluation scientifique, l'éthique ;
 - la formation permanente ;
 - les contributions aux partenariats ;
 - les moyens navigants ;
 - les autres grands équipements scientifiques.
 Il est également prévu des dotations à répartir correspondant aux moyens du deuxième agrégat non répartis en début d'exercice.
 III. - Le troisième agrégat se rapporte aux fonctions support. Ces fonctions comprennent :
 - l'action sociale ;
 - les systèmes d'information ;
 - l'entretien immobilier, les gros travaux, les acquisitions et constructions ;
 - les moyens généraux des services territoriaux ;
 - les moyens généraux des services centraux ;
 - les opérations financières ;
 - les autres dépenses générales.
 Il est également prévu des dotations à répartir correspondant aux moyens du troisième agrégat non répartis en début d'exercice.
 Hors agrégats, une réserve pour hausse des rémunérations et des charges sociales est prévue ainsi qu'une dotation à répartir correspondant notamment aux contreparties de recettes et aux dépenses de personnel dont la répartition entre agrégats ne peut être précisée au moment de l'approbation du budget.