Le directeur général est nommé par décret sur proposition du ministre chargé de la politique de la ville.
Le directeur général assure la gestion de l'agence, il la représente en justice et dans tous les actes de la vie civile. Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'agence. Il recrute le personnel et a autorité sur lui.
Sur délégation du conseil d'administration et dans les conditions déterminées par celui-ci, il transige et conclut les conventions nécessaires au fonctionnement de l'agence et les conventions pluriannuelles.
Il prépare les séances du bureau du conseil d'administration, des comités d'engagement des programmes nationaux et du conseil d'administration. Il assure l'exécution des délibérations du conseil et lui rend compte, à chaque réunion, de l'activité de l'agence, et notamment des décisions prises sur le fondement des délégations qu'il a reçues.
Il décide de l'attribution des subventions et peut déléguer ce pouvoir aux délégués de l'agence dans le département.
Il ordonne le versement des subventions.
Il peut déléguer sa signature à des agents de l'établissement et aux délégués de l'agence dans le département.
Il établit le rapport annuel d'activité, le soumet pour approbation au conseil d'administration puis le communique au ministre de tutelle.