L'agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Ce régime est précisé en tant que de besoin par les règlements financiers et comptables arrêtés par le conseil d'administration. 
Des régies de recettes et de dépenses peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.