Les représentants du personnel au conseil d'administration de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger sont désignés par les organisations syndicales représentées au  comité technique central de l'établissement public. 
Les sièges attribués à chaque organisation syndicale sont répartis proportionnellement au nombre de voix qu'elles ont recueillies lors de la dernière consultation du personnel organisée afin de déterminer le nombre de sièges attribué aux différentes organisations syndicales au  comité technique central de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger. Les sièges restant éventuellement à pourvoir sont répartis suivant la règle de la plus forte moyenne.