Le retrait d'agrément est prononcé par arrêté motivé du ministre de la santé publique et de la population soit pour mauvaise gestion administrative ou financière, soit pour inexécution des tâches dévolues aux centres régionaux. Le même arrêté précise quels sont les biens et le montant des ressources affectées à l'activité du centre régional qui devront être transférés à l'Etat ou au centre régional nouvellement agréé.