Les opérations financières et comptables de la caisse sont effectuées dans les conditions fixées par les articles 151 à 153 et 190 à 225 du décret du 29 décembre 1962 susvisé. 
Toutefois, la comptabilité de la caisse est tenue selon les règles applicables aux entreprises relevant du Comité de réglementation bancaire et financière. En outre, par dérogation aux dispositions de l'article 203 du décret mentionné ci-dessus, dans le cas où l'Etat a émis au profit de la caisse des bons du Trésor à intérêts annualisés ou des obligations assimilables du Trésor, celle-ci ne perçoit pas les intérêts afférents à ces titres. 
L'agent comptable de la caisse est le contrôleur budgétaire et comptable ministériel auprès du ministre de l'économie, des finances et de l'industrie.