La durée du travail est décomptée en jours pour le personnel de direction ainsi que pour les agents dont la durée du temps de travail ne peut être prédéterminée et qui disposent d'une réelle autonomie dans l'organisation de leur emploi du temps pour l'exercice des responsabilités qui leur sont confiées. La liste des corps ou des missions concernés est fixée par arrêté des ministres chargés de la santé, de la sécurité sociale et du budget. 
Ce décompte en jours est fixé à 208 jours travaillés par an après déduction de 20 jours de réduction du temps de travail et hors jours de congés supplémentaires prévus aux cinquième et sixième alinéas de l'article 1er du décret du 4 janvier 2002 susvisé. 
Le bénéfice de ce décompte en jours peut être étendu au sein de l'établissement aux agents, autres que ceux relevant des corps ou des missions figurant sur la liste mentionnée au premier alinéa, dont la durée du temps de travail ne peut être prédéterminée et qui disposent d'une réelle autonomie dans l'organisation de leur emploi du temps pour l'exercice des responsabilités qui leur sont confiées. Ce bénéfice est accordé à la demande expresse de ces agents et après avis favorable du chef d'établissement.