En cas de transit de marchandises non communautaires sur le territoire national, et en accord avec l'organisme officiel du point de destination, les contrôles d'identité et les contrôles phytosanitaires peuvent être effectués, en tout ou en partie, par l'organisme officiel du point de destination dans les conditions définies par les articles 20 à 24 du présent arrêté. 
Lorsque le point d'entrée communautaire est situé sur le territoire national, les agents visés à l'article L. 250-2 du code rural responsables du point d'entrée délivrent, à l'issue des contrôles, un document phytosanitaire de transport attestant de leur réalisation. Ce document doit être conforme à celui délivré par le logiciel fourni par la Commission européenne.  Ces agents certifient, en apposant le cachet du service et la date sur ce document, les contrôles qui ont été effectués. Ils mentionnent sur ce document le montant correspondant aux parts de la redevance phytosanitaire visée à l'article L. 251-17 du code rural relatives à ces contrôles. Les agents des douanes compétents du point d'entrée perçoivent ce montant.