L'indemnité d'expertise fait l'objet d'un versement mensuel. Elle peut être modulée dans la limite de 30 % du montant moyen mensuel pour les experts et de 20 % du montant moyen mensuel pour les autres personnels, sur proposition du chef du service national de police scientifique, après avis motivé du directeur du laboratoire, pour tenir compte des difficultés de l'expertise et de la qualité des travaux réalisés.
Elle est exclusive de l'indemnité de responsabilité et de performance, de l'allocation de maîtrise et de l'indemnité de police technique et scientifique.