Le président du comité de participation à la gestion est désigné parmi les représentants de l'Etat pour une durée de trois ans lors du renouvellement du comité par arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation nationale, de l'agriculture, de la sécurité sociale et du budget. Les représentants des bénéficiaires du régime élisent le vice-président qui préside en cas d'absence ou d'empêchement du président.
Le président signe, au nom de l'Etat, la convention d'objectifs et de gestion conclue avec l'organisme gestionnaire du régime et en assure le suivi.
Il peut diligenter des missions d'expertise sur l'administration du régime par l'organisme gestionnaire.