La demande de permis exclusif de recherches sélectionnée est transmise, ainsi que le dossier et ses annexes, par le ministre chargé des mines au préfet.

 Si la demande porte sur plusieurs départements ou, en tout ou partie, sur les fonds marins, le ministre désigne le préfet chargé d'en coordonner l'instruction. Le préfet ainsi désigné en informe les autres préfets intéressés ainsi que le conseil de gestion du parc naturel marin lorsque la demande porte, en tout ou partie, sur le périmètre d'un parc naturel marin.

 Le contenu du dossier et les annexes transmis au préfet sont précisés par arrêté du ministre chargé des mines.