Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement. Il exerce notamment les attributions suivantes : 
1° Il arrête l'organisation générale de l'agence et approuve les conventions nécessaires à son fonctionnement, notamment celles prévues à l'article 14. Il approuve le règlement du personnel et fixe la liste des emplois de direction. 
2° Il approuve les conventions passées avec la Caisse des dépôts et consignations fixant le montant annuel et les modalités de sa participation au financement du programme national pluriannuel de rénovation urbaine ; 
2° bis Il approuve la convention avec l'Union d'économie sociale du logement (Action Logement) prise en application de l'article L. 313-3 du code de la construction et de l'habitation. 
3° Il vote l'état prévisionnel des recettes et des dépenses, et ses modifications. Il approuve le compte financier et décide de l'affectation des résultats. Il adopte le règlement comptable et financier. 
4° Il adopte la charte prévue au troisième alinéa de l'article 10 de la loi du 1er août 2003 susvisée. 
5° Il fixe les programmes pluriannuels et annuels d'action de l'agence pour la réalisation des objectifs du programme national de rénovation urbaine. 
5° bis Il définit les programmes pluriannuels et annuels d'action de l'agence pour la réalisation des objectifs du programme national de requalification des quartiers anciens dégradés dans le cadre des orientations générales fixées par le ministre chargé du logement. 
6° Il établit, d'une part, le règlement général de l'agence portant sur le programme national de rénovation urbaine et, d'autre part, le règlement général de l'agence portant sur le programme national de requalification des quartiers anciens dégradés, arrête son règlement intérieur ainsi que ceux des comités d'engagements relatifs au programme national de rénovation urbaine et au programme national de requalification des quartiers anciens dégradés ; 
7° Il approuve les conventions pluriannuelles mentionnées au deuxième alinéa de l'article 10 et à l'article 10-1 de la loi du 1er août 2003 susvisée, après avoir recueilli l'avis du comité d'engagement propre au programme concerné, ainsi que les conventions types de délégation de gestion des concours financiers octroyés au titre de ces conventions. 
8° Il se prononce sur les demandes de missions de maîtrise d'ouvrage faites à l'agence et approuve les conventions qui en résultent. 
9° Il autorise les emprunts, dans les limites d'un plafond fixé par décret, conformément à l'article 12 de la loi du 1er août 2003 susvisée. 
10° Il approuve les transactions. 
11° Il délibère sur le rapport annuel d'activité. 
Le conseil d'administration peut, dans les conditions qu'il détermine, déléguer au directeur général de l'agence tout ou partie de ses attributions, à l'exception de celles prévues aux 1°, 2° bis, 3°, 4°, 5°, 5° bis, 6°, 8°, 9° et 11°.