Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux alinéas suivants sont exécutoires quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la recherche, si celui-ci n'y a pas fait opposition dans ce délai. En cas d'urgence, ce dernier peut en autoriser l'exécution immédiate. 
Les délibérations portant sur les emprunts, les acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles et les participations à des organismes dotés de la personnalité morale autres que les groupements d'intérêt public sont exécutoires un mois après leur réception par les ministres chargés de la recherche et du budget, si l'un de ceux-ci n'y a pas fait opposition dans ce délai. En cas d'urgence, ces derniers peuvent en autoriser l'exécution immédiate.
Les délibérations portant sur les créations de filiales et les prises, cessions ou extensions de participations financières sont exécutoires un mois après leur réception par les ministres chargés de la recherche, du budget et de l'économie, si l'un de ceux-ci n'y a pas fait opposition dans ce délai. En cas d'urgence, ces derniers peuvent en autoriser l'exécution immédiate.
Les délibérations à caractère budgétaire et relatives au compte financier sont adressées aux ministres chargés de la recherche et du budget. Elles sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. 
Sont seules soumises au conseil d'administration ainsi qu'à l'approbation des autorités de tutelle et du ministre chargé du budget les modifications du budget qui comportent soit une augmentation du montant global des dépenses inscrites au budget de l'établissement, soit une augmentation des dépenses ou agrégats de dépenses dont le caractère limitatif est prévu par l'article 9 du décret n° 2002-252 du 22 février 2002 relatif au régime budgétaire, financier et comptable des établissements publics à caractère scientifique et technologique.