Le conseil d'administration comprend vingt et un membres :
   1° Quatre membres de droit :
   a) Le directeur chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
   b) Le directeur chargé de la recherche ou son représentant ;
   c) Le directeur chargé des archives ou son représentant ;
   d) Le directeur chargé du livre et de la lecture ou son représentant.
   2° Dix membres nommés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, dont :
   a) Deux membres de l'Académie des inscriptions et belles-lettres, désignés par l'académie ;
   b) Une personnalité du monde scientifique, sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
   c) Un inspecteur général des archives.
   3° Sept membres élus :
   a) Deux représentants des directeurs d'études de l'Ecole pratique des hautes études, de l'Ecole nationale des chartes et de l'Ecole française d'Extrême-Orient, en fonction à l'école ;
   b) Un représentant des personnels d'enseignement et de recherche n'appartenant pas au corps des directeurs d'études de l'Ecole pratique des hautes études, de l'Ecole nationale des chartes et de l'Ecole française d'Extrême-Orient, en fonction à l'école ;
   c) Deux représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé, affectés à l'école ;
   d) Deux représentants des élèves : un représentant des élèves de première et de deuxième année et un représentant des élèves de troisième et de quatrième année, élus par des collèges distincts.
   Le conseil élit un président et un vice-président parmi les membres mentionnés au 2°.
   Le directeur de l'Ecole nationale des chartes, le secrétaire général, l'agent comptable, les responsables des instituts, départements et services, ainsi que toute personne dont le conseil ou son président souhaite recueillir l'avis assistent au conseil d'administration avec voix consultative.