L'établissement est administré par un conseil de vingt membres dotés chacun d'un suppléant, conformément aux dispositions de l'article R. * 321-4 du code de l'urbanisme. Il est composé comme suit : 
1° Neuf membres représentant l'Etat, désignés par les ministres chargés respectivement :
-de l'urbanisme ;
-du logement ;
-du budget ;
-des transports ;
-de l'aménagement du territoire ;
-des collectivités territoriales ;
-de la culture ;
-de l'économie ;
-de la ville ; 
2° Neuf membres représentant les collectivités territoriales et leurs établissements publics :
-un représentant de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur désigné par son président au sein du conseil régional ;
-un représentant de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur désigné en son sein par le conseil régional ;
-un représentant du département des Bouches-du-Rhône désigné par son président au sein du conseil départemental ;
-un représentant du département des Bouches-du-Rhône désigné en son sein par le conseil départemental ;
-un représentant de la communauté urbaine Marseille Provence Métropole désigné par son président au sein du conseil communautaire ;
-un représentant de la communauté urbaine Marseille Provence Métropole désigné en son sein par le conseil communautaire ;
-un représentant de la commune de Marseille désigné par son maire au sein du conseil municipal ;
-deux représentants de la commune de Marseille désignés en son sein par le conseil municipal ; 
3° Un représentant du Grand Port maritime de Marseille désigné en son sein par le conseil de surveillance du port ; 
4° Une personnalité qualifiée nommée par le Premier ministre.