Le préfet peut demander au déclarant d'engager un programme de suivi de la qualité des effluents rejetés. Ce programme est alors défini de la manière suivante :
   - fréquence des prélèvements ;
   - emplacements des points de mesure ;
   - éléments à faire analyser.
   Le déclarant met en place un programme d'autosurveillance des rejets. Les mesures sont effectuées sous sa responsabilité après en avoir présenté l'organisation au service chargé de la police de l'eau pour validation. Il tient alors obligatoirement un registre sur lequel sont reportés les opérations faites dans ce cadre et les résultats obtenus. Le service chargé de la police de l'eau a libre accès à tout moment au registre de l'autosurveillance et aux dispositifs et engins en activité liés à l'opération.
   En cas de rejet à proximité d'une zone de pisciculture ou de baignade ou à l'amont d'un captage d'eau potable, le préfet peut demander que soient effectués des suivis bactériologiques ou des déterminations de concentrations en métaux lourds ou tout autre élément dont le suivi s'avérerait nécessaire, tant dans le milieu à l'aval du rejet que dans la chair des poissons. Le nombre de points de prélèvements, leur situation et leur fréquence sont soumis préalablement à l'accord du service chargé de la police de l'eau.