L'agrément est délivré par l'autorité administrative compétente du département d'implantation, sur proposition du directeur départemental des services vétérinaires. 
Il ne peut être accordé qu'aux établissements dont le dossier d'agrément est complet et jugé recevable, et pour lesquels la conformité aux conditions sanitaires des installations, des équipements, du fonctionnement et du transport fixées par la réglementation a été constatée sur place par les agents habilités pour ces contrôles conformément à l'article L. 231-2 du code rural et de la pêche maritime. 
L'instruction du dossier d'agrément se fait conformément aux dispositions prévues à l'article 13 du règlement (CE) n° 183/2005 susvisé. 
Conformément à l'article 17 du règlement (CE) n° 183/2005 susvisé, dans le cas où un établissement exerce exclusivement une activité de cession à titre gratuit ou onéreux des aliments pour animaux, sans pour autant les détenir physiquement dans ses locaux, l'agrément peut être accordé sans visite sur place, pour autant que l'exploitant joigne au dossier d'agrément visé à l'article 3 une déclaration selon le modèle présenté en annexe III du présent arrêté.