Il est alloué aux agents comptables des centres régionaux des oeuvres universitaires et scolaires : 
1. Une indemnité de gestion comptable non soumise à retenue pour pension civile, dont les taux maximums annuels sont fixés par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur, du budget et de la fonction publique. Les montants annuels attribués aux agents comptables sont fonction du classement des emplois dans l'un des deux groupes définis par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur, du budget et de la fonction publique ainsi que du budget de l'établissement de l'exercice précédent. Les taux maximums annuels de cette indemnité de gestion comptable subissent un abattement de 75 % dans le cas où l'agent comptable est logé par l'établissement par nécessité absolue de service ; 
2. Une indemnité de caisse et de responsabilité dont le taux est fixé conformément aux dispositions du décret n° 73-899 du 18 septembre 1973 relatif aux indemnités de caisse et de responsabilité allouées aux agents comptables des services de l'Etat dotés d'un budget annexe et aux agents comptables d'établissements publics nationaux.