Les circuits de traitement de l'INB 94 comportent pour les effluents radioactifs :
   - un circuit de traitement des effluents faiblement radioactifs. Ce circuit est raccordé à des réservoirs de stockage, dénommés réservoirs MKER, destinés à recevoir, en particulier, les eaux d'infiltration des sous-sols, les eaux résiduaires des trois réacteurs à l'arrêt (INB 133, 153 et 161) et les effluents radioactifs et chimiques produits par les différents laboratoires ;
   - un circuit de traitement des effluents hautement actifs et contenant des émetteurs alpha. Ce circuit est raccordé à des réservoirs de stockage, dénommés MTEA, destinés à recevoir, en particulier, des effluents produits par les opérations de découpe du combustible, d'usinage de pièce active, des essais de trempe sur gaine de Zircaloy, de préparation de solutions ou d'échantillons, des effluents produits par les cellules du laboratoire haute activité, des effluents issus de la piscine de stockage du combustible. Ces effluents sont traités par un organisme extérieur agréé ou autorisé.
   La capacité de stockage des effluents avant rejet pour l'ensemble de cette installation est au minimum de :
   - pour les réservoirs MKER, 1 000 m3 répartis en quatre réservoirs de 250 m3 ;
   - pour les réservoirs MTEA, 14,3 m3 répartis en deux réservoirs de 5 m3 (MTEA 002 et 003), un réservoir de 3,5 m3 (MTEA 001) et un réservoir tampon de 0,8 m3.