En cas de suspension préalable soit par le ministre de l'agriculture, soit par le ministre des finances et des affaires économiques, soit par le chef de la mission d'audit, d'évaluation et de contrôle de la protection sociale agricole ou son représentant, la commission doit être saisie dans un délai de quinze jours à compter de la date de la décision de suspension. 
La commission se prononce tout d'abord sur le maintien ou la levée de suspension avec ou sans traitement.