En sus des primes et indemnités qui leur sont versées en qualité de militaires à solde mensuelle, les militaires infirmiers et techniciens des hôpitaux des armées, lorsqu'ils sont affectés dans les organismes du service de santé des armées, peuvent bénéficier des primes et indemnités attribuées aux personnels homologues des établissements mentionnés à l'article 2 de la loi n° 86-33 du 9 janvier 1986 modifiée portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique hospitalière, par le décret du 30 novembre 1988, le décret du 22 décembre 1989, le décret du 1er août 1990, l'arrêté du 23 avril 1975, l'arrêté du 18 mars 1981 et l'arrêté du 20 mars 1981 susvisés, ainsi que par :
-le décret n° 2011-46 du 11 janvier 2011 portant attribution d'une prime spéciale à certains personnels infirmiers de la fonction publique hospitalière ;
-le décret n° 2021-1411 du 29 octobre 2021 modifiant le décret n° 90-693 du 1er août 1990 relatif à l'attribution d'une indemnité de sujétion spéciale aux personnels de la fonction publique hospitalière et instaurant une indemnité spécifique pour certains personnels. 
Une nouvelle bonification indiciaire peut être versée mensuellement, dans la limite des crédits disponibles, aux militaires infirmiers et techniciens des hôpitaux des armées en activité, dans les conditions fixées pour les personnels homologues de la fonction publique hospitalière.