Le secrétariat général assure la coordination et l'animation des travaux de l'observatoire. Il est constitué de personnels en activité auprès du ministre chargé de l'économie ou mis à disposition par leurs entités administratives respectives auprès de l'observatoire.
L'observatoire dispose, sur les crédits gérés par le ministre chargé de l'économie, des moyens nécessaires à la réalisation de ses missions. Il fait appel, en tant que de besoin, aux services d'achat et aux services administratifs, statistiques, économiques, techniques et de recherche des ministères. Il peut également recourir à des experts extérieurs à l'administration.
Les membres de l'observatoire et les membres des groupes créés par le comité exécutif peuvent être indemnisés de leurs frais de déplacement dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels de l'Etat effectuant une mission. Ces indemnités sont prises en charge par le ministère chargé de l'économie.
Le règlement intérieur de l'observatoire est adopté par le comité exécutif.