La durée du mandat des membres de la Commission nationale des enseignants-chercheurs est fixée à quatre ans. Nul ne peut exercer les fonctions de membre titulaire de la Commission nationale des enseignants-chercheurs durant plus de deux mandats consécutifs. 
La durée du mandat des membres de la Commission nationale des enseignants-chercheurs du ministère chargé de l'agriculture peut être prorogée dans la limite d'un an, par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, dans le cadre de la mise en place de nouvelles instances.
Si un membre titulaire cesse d'exercer son mandat ou perd la qualité au titre de laquelle il a été élu ou nommé, son suppléant devient titulaire à sa place dans la mesure où il remplit toujours les conditions initiales de désignation.
Lorsque son suppléant ne satisfait plus aux conditions susrappelées, le membre titulaire est remplacé :
1° S'il s'agit d'un membre élu, par un enseignant-chercheur du collège de la section concernée, élu par les autres membres élus de ce collège. Cette élection a lieu au scrutin secret uninominal majoritaire à deux tours ;
2° S'il s'agit d'un membre nommé, par un membre nommé dans les mêmes conditions.
Lorsqu'un siège de membre suppléant devient vacant, il est procédé, soit par élection, soit par nomination, à la désignation d'un nouveau membre suppléant selon les modalités prévues aux 1° et 2° ci-dessus.
Le mandat du nouveau membre, titulaire ou suppléant, prend fin à la date d'expiration du mandat des membres en exercice.
Lorsqu'un membre titulaire est valablement empêché pour toute la durée d'une réunion d'une section, d'un groupe de sections ou de la commission nationale réunie en formation plénière et ne peut être suppléé, il peut donner un mandat à un autre membre titulaire de la section à laquelle il appartient. Nul ne peut détenir plus d'un mandat. 
 Cette disposition ne s'applique pas aux enseignants-chercheurs qui ne peuvent siéger du fait de leur participation à la campagne de promotion.