Le titulaire de l'entrepôt est tenu de déterminer l'écart éventuel entre le stock physique et le stock comptable à la fin de chaque trimestre et d'opérer, le cas échéant, sa régularisation douanière et fiscale.
   L'écart constaté par les agents des douanes lors d'un contrôle en entrepôt donne également lieu à régularisation douanière et fiscale.
   Est réputé avoir acquitté les taxes tout excédent compris dans la limite des quantités égales au cumul des franchises fiscales forfaitaires accordées aux produits pétroliers depuis la dernière régularisation douanière et fiscale des stocks et, le cas échéant, des quantités de composés organiques volatils en acquitté récupérés depuis cette même régularisation.
   La part d'excédent supérieure à cet excédent réputé avoir supporté la fiscalité fait l'objet d'une entrée dans la comptabilité des stocks et de mouvements de produits en suspension de taxes.