La commission des marchés de l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie comprend :

 un membre du Conseil d'Etat ou un magistrat de la Cour des comptes ou un membre de l'inspection générale des finances, président de la commission ; celui-ci est désigné par arrêté conjoint des ministres de tutelle de l'agence et du ministre chargé du budget ;

 le directeur de la prévention des pollutions et des risques ou son représentant ;

 le directeur général de l'énergie et des matières premières ou son représentant ;

 le directeur général de la recherche et de la technologie ou son représentant ;

 le secrétaire général de la Commission centrale des marchés ou son représentant ;

 le contrôleur d'Etat auprès de l'agence ;

 deux membres désignés en son sein par le conseil d'administration de l'agence.
   Le directeur général et l'agent comptable de l'agence assistent aux séances de la commission des marchés avec voix consultative. La commission peut entendre en outre toute personne désignée par son président en raison de sa compétence.