Les services du Centre national de documentation pédagogique sont organisés comme suit :
   1. Trois directions correspondant aux missions de l'établissement :
   - la direction de la documentation ;
   - la direction de l'édition ;
   - la direction de l'ingénierie éducative.
   2. Un secrétariat général regroupant l'ensemble des services logistiques de l'établissement, notamment la délégation à la distribution et le service de l'informatique.
   3. L'agence comptable.