La Caisse autonome nationale organise l'ensemble des circuits relatifs aux flux financiers nécessaires au régime pour assurer la gestion des branches de risques. La Caisse autonome nationale, à compter du 1er janvier 2005, assure un suivi spécifique de la trésorerie par branche et pour un ensemble constitué des oeuvres et des établissements, dans le cadre de la trésorerie unique du régime minier. 
La Caisse des dépôts et consignations gère les flux financiers relevant du mandat de gestion. 
Les dispositions de la section 2 du chapitre III du titre V du livre II du code de la sécurité sociale sont applicables aux opérations de recettes et de dépenses qui résultent de l'application des dispositions du présent décret, à l'exception de l'article D. 253-29, des trois derniers alinéas de l'article D. 253-30 et des articles D. 253-34 à D. 253-41. 
Les dispositions de l'article D. 253-25 du code de la sécurité sociale sont applicables aux décisions de la caisse autonome nationale en cas d'opposition du ministre chargé de la sécurité sociale ou du ministre chargé du budget ou du ministre chargé des mines, dans les conditions prévues par l'article 85 du présent décret.