Les questions soumises au Conseil supérieur de la fonction publique territoriale sont soit inscrites directement à l'ordre du jour de l'assemblée plénière, soit renvoyées pour instruction à l'une des formations spécialisées. Une fois cette instruction terminée, l'affaire est portée devant l'assemblée plénière.
L'assemblée plénière du Conseil supérieur, par un vote favorable unanime, peut donner délégation au bureau pour émettre des avis et des propositions. Le bureau est alors habilité à présenter ces avis et propositions au ministre chargé des collectivités territoriales. Toutefois, au sein du bureau, un tiers au moins des membres présents ou représentés ayant voix délibérative du collège des représentants syndicaux ou un tiers au moins des membres présents ou représentés ayant voix délibérative du collège des employeurs territoriaux, a qualité pour demander le renvoi en assemblée plénière.
Seule l'assemblée plénière du conseil supérieur peut présenter les propositions prévues au deuxième alinéa de l'article 9 de la loi du 26 janvier 1984 précitée.