En application de l'article 2 du décret du 28 mai 1982 susvisé, les commissions administratives paritaires suivantes sont instituées auprès du président directeur général de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer ; 
Commission n° 1 : directeurs de recherche ; 
Commission n° 2 : chargés de recherche ; 
Commission n° 3 : ingénieurs de recherche, ingénieurs d'études, assistants ingénieurs et attachés d'administration de la recherche ; 
Commission n° 4 : techniciens de la recherche et secrétaires d'administration de la recherche ; 
Commission n° 5 : adjoints techniques de la recherche.