Les fonctions de membre du conseil d'administration sont gratuites. Les frais de déplacement et de séjour supportés par les membres du conseil d'administration, à l'occasion des réunions du conseil d'administration, de ses commissions, des instances de coordination des délégations régionales ou interdépartementales, ou des organismes dont ils font partie ès qualités sont remboursés dans les conditions prévues par le décret n° 2001-654 du 19 juillet 2001 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements des personnels des collectivités et établissements publics mentionnés à l'article 2 de la loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 modifiée portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale. 
Un arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé des collectivités locales définit les cas, les conditions et les limites dans lesquels le président du conseil d'administration peut percevoir des indemnités de fonctions. 
Le Centre national de la fonction publique territoriale est responsable des dommages résultant des accidents subis par le président et les membres du conseil d'administration dans l'exercice de leurs fonctions.