Le conseil scientifique propose au conseil d'administration les orientations à donner aux activités de recherche conduites dans l'établissement ou avec sa participation et la contribution de ses personnels le cas échéant.
Il est consulté sur la répartition des crédits budgétaires de recherche, sur les caractéristiques des emplois d'enseignants-chercheurs et de chercheurs, sur la création ou la transformation d'unités de recherche, sur toute question relative aux formations doctorales et sur le projet d'établissement ou le règlement intérieur pour les domaines relevant de sa compétence. Il exerce les attributions mentionnées aux articles 18, 29 et 52 du décret n° 92-171 du 21 février 1992 portant statuts particuliers des corps d'enseignants-chercheurs des établissements d'enseignement supérieur publics relevant du ministre chargé de l'agriculture.
Il assure la liaison entre la recherche et l'enseignement et donne, à ce titre, son avis sur les projets de création ou de modification de diplômes propres et sur les demandes d'accréditation à délivrer des diplômes nationaux.
Il est informé et consulté sur les procédures et les bilans des évaluations des unités de recherche.