Lors du lancement d'une opération d'ingénierie financière ou de son abondement, les contributions versées par un programme opérationnel à des instruments d'ingénierie financière, de garanties, de prêts, de capital risque, d'avances remboursables, ou de fonds à participations, tels que définis à l'article 44 du règlement (CE) n° 1083/2006 susvisé, constituent des dépenses effectivement payées aux conditions fixées à l'article 78.6 et 78.7 du même règlement. 
La justification des dépenses éligibles à ce stade est apportée par la preuve du versement de la contribution communautaire et des cofinancements nationaux à l'organisme d'ingénierie financière. Celui-ci s'engage à tenir régulièrement informée l'autorité de gestion du programme communautaire de l'utilisation des fonds, conformément à la convention d'attribution de fonds. 
Durant la mise en œuvre et à la clôture de l'opération, la dépense éligible correspond : 
- pour les prêts et avances remboursables, au montant total des prêts et avances accordés et aux frais de gestion ; elle peut être justifiée par la fourniture des contrats de prêts et d'avances remboursables ainsi que des justificatifs de frais de gestion ; 
- pour les garanties, au montant total des garanties octroyées et aux frais de gestion ; elle peut être justifiée par la fourniture des contrats de garantie ainsi que des justificatifs de frais de gestion ; 
- pour le capital investissement, au montant total des prises de participations et aux frais de gestion ; elle peut être justifiée par la preuve des interventions en capital dans les entreprises. 
Les frais de gestion sont éligibles à la condition qu'ils ne dépassent, sur une moyenne annuelle et pendant la durée de l'aide, aucun des seuils suivants : 
2 % du capital versé soit par le programme opérationnel aux fonds à participation, soit par le programme opérationnel ou les fonds à participation aux fonds de garantie ; 
4 % du capital versé par le programme opérationnel ou le fonds à participation aux instruments de microcrédit destiné aux microentreprises ; 
3 % du capital versé par le programme opérationnel ou le fonds à participation aux autres types d'opérations d'ingénierie financière. 
Ces seuils peuvent être relevés de 0,5 % pour les régions ultrapériphériques. 
En cours d'investissement, les intérêts et dividendes éventuellement générés doivent être utilisés par l'organisme d'ingénierie financière pour financer des projets relevant de l'ingénierie financière au profit des petites et moyennes entreprises. 
Les ressources reversées à l'opération d'ingénierie financière, en dehors des rémunérations et intéressements versés aux gestionnaires de l'opération et du paiement des garanties, doivent être réutilisées au profit des petites et moyennes entreprises. 
Les opérations d'ingénierie financière sont soumises aux règles relatives aux aides d'Etat au sens de l'article 107 du traité sur le fonctionnement de l'Union européenne.