Les commissions se réunissent à l'initiative du préfet ou à la demande de la moitié au moins des représentants du personnel. Elles sont présidées par le préfet ou son représentant. 
Dans le respect des dispositions de l'article 2 du présent décret, la composition nominative de chacun des trois collèges de la commission est fixée par le représentant de l'Etat. Elle peut être adaptée, à chaque réunion, pour tenir compte de l'ordre du jour. 
Le collège des représentants du personnel, sans que le nombre total des membres puisse être modifié, est composé, en fonction de l'ordre du jour, compte tenu de la représentativité des organisations syndicales appréciée plus particulièrement sur la base des résultats obtenus aux  comités techniques locaux placés auprès des chefs de service déconcentrés intéressés. 
Les représentants du personnel peuvent être assistés de suppléants. Ils sont désignés dans les mêmes conditions que les membres titulaires.