Tout lactarium dispose d'un système d'assurance de qualité basé sur des procédures opératoires écrites concernant le fonctionnement des lactariums.
   Toute l'équipe du lactarium est concernée par ce système d'assurance de qualité, qui est placé sous l'autorité du médecin responsable du lactarium.
   La qualité dépend de l'organisation générale du lactarium, de la qualification et de la motivation du personnel et du respect des procédures opératoires lors des différentes étapes.
   Les procédures opératoires disponibles concernent notamment les points suivants :
   Prélèvement du lait ;
   Conditions de transport ;
   Stérilisation et pasteurisation ;
   Contrôles ;
   Nettoyage des locaux et du matériel ;
   Nettoyage des réfrigérateurs.