Le directeur général de l'établissement est choisi parmi :
-les professeurs et les maîtres de conférences de l'enseignement supérieur ;
-les directeurs et les chargés de recherche ;
-les ingénieurs généraux et les           ingénieurs en chef des ponts, des eaux et des forêts ;
-les inspecteurs généraux et les inspecteurs en chef de la santé publique vétérinaire ;
-les inspecteurs généraux de l'agriculture ;
-les administrateurs civils hors classe ;
-les fonctionnaires ayant occupé un emploi de directeur général, directeur, directeur adjoint, chef de service, sous-directeur ou expert de haut niveau ou directeur de projet dans une administration centrale durant au moins cinq ans. 
Le directeur général est nommé pour cinq ans par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et de l'enseignement supérieur après avis du conseil d'administration. Son mandat est renouvelable une fois.