Le service de gestion des taxes aéroportuaires est chargé des opérations de contrôle d'assiette de la taxe d'aéroport et de la taxe sur les nuisances sonores aériennes et de la répartition de leurs produits entre les exploitants des aérodromes, systèmes aéroportuaires ou communautés aéroportuaires concernés.
Il est également chargé des opérations de contrôle de l'assiette de la taxe de l'aviation civile et de sa majoration mentionnées à l'article 302 bis K du code général des impôts ; il procède à l'émission des ordres de reversement de la part afférente au budget général de la taxe de l'aviation civile ainsi qu'au reversement de sa majoration.