La comptabilité du fonds est soumise au décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Elle est distincte de celle de la Caisse des dépôts et consignations.
     L'agent comptable du fonds est nommé par arrêté du ministre de l'économie, des finances et du budget.