Les commandants pénitentiaires ayant atteint, au 1er janvier de l'année considérée, le 4e échelon de leur grade depuis au moins un an peuvent être nommés dans un des emplois fonctionnels de commandant pénitentiaire comportant l'exercice effectif de responsabilités particulièrement importantes, dont la liste est fixée par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la fonction publique.
Les commandants pénitentiaires nommés dans un emploi régi par le présent chapitre sont placés en position de détachement pour une période maximale de cinq ans renouvelable. Ils peuvent se voir retirer cet emploi dans l'intérêt du service.
L'emploi fonctionnel de commandant pénitentiaire comprend deux échelons. La durée du temps passé dans le premier échelon est fixée à deux ans.
Les commandants pénitentiaires nommés dans l'un de ces emplois sont classés conformément au tableau ci-après :
SITUATION ANCIENNE
dans le grade de commandant pénitentiaire
SITUATION NOUVELLE
dans l'emploi fonctionnel 
de commandant pénitentiaire
ANCIENNETÉ CONSERVÉE
5e échelon
1er échelon
Ancienneté acquise dans la limite de deux ans
4e échelon depuis un an
1er échelon
Sans ancienneté.