Le secrétariat de la commission consultative mixte est assuré par un agent de l'administration désigné à cet effet. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour assurer les fonctions de secrétaire adjoint.
Après chaque réunion, il est établi un procès-verbal comprenant le compte rendu des débats et le détail des votes. Ce document est signé par le président, contresigné par le secrétaire adjoint et transmis dans le délai de deux mois aux membres de la commission consultative mixte. Ce procès-verbal est soumis à l'approbation des membres de la commission lors de la séance suivante.
Les suppléants peuvent assister aux séances de la commission consultative mixte sans pouvoir prendre part aux débats. Ils n'ont voix délibérative qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.
Le président de la commission, à son initiative ou à la demande de membres titulaires de la commission, peut convoquer des experts afin qu'ils soient entendus sur un point à l'ordre du jour.
La commission consultative mixte délibère valablement dès lors que les trois quarts des représentants du personnel titulaires et des représentants de l'administration titulaires sont présents lors de l'ouverture de la réunion. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans le délai de huit jours aux membres de la commission. Celle-ci siège alors valablement si la moitié au moins des représentants mentionnés ci-dessus sont présents.
La commission consultative mixte émet son avis à la majorité des membres représentants de l'administration et représentants du personnel présents.
S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Les abstentions sont admises. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires appelé à voter, le vote a lieu à bulletin secret. En cas de partage des voix, celle du président est prépondérante.