Pour l'application des 1 et 2 de l'article 40 du règlement du 29 septembre 2003 susvisé ne peuvent être pris en compte que les cas et circonstances exceptionnelles suivants :
a) Le décès de l'agriculteur ;
b) L'incapacité professionnelle de longue durée de l'agriculteur ;
c) Une catastrophe naturelle grave qui affecte de façon importante les superficies agricoles de l'exploitation ;
d) La destruction accidentelle des bâtiments de l'exploitation destinés à l'élevage ;
e) Une épizootie affectant tout ou partie du cheptel de l'agriculteur.
Pour être pris en compte, ces cas ou circonstances exceptionnelles doivent avoir conduit à une diminution du montant d'aides perçu au titre des années concernées par rapport au montant d'aides perçu au titre des années de référence déterminées en application du règlement 1782/2003 non affectées par l'événement. En ce qui concerne les tomates destinées à la transformation, les cas ou circonstances exceptionnelles doivent avoir conduit à une diminution du rendement en tomates destinées à la transformation durant les années de la période 2001 à 2006 affectées par l'événement par rapport au rendement des années de la même période non affectées. La diminution du montant d'aides ou du rendement en tomates destinées à la transformation, qui est calculée selon des modalités fixées par un arrêté du ministre chargé de l'agriculture, doit être au moins équivalente à 10 %.
Toutefois, la diminution du montant d'aides au tabac affectées par le cas du c doit être au moins équivalente à 20 %.
Pour l'application du 5 de l'article 40 du règlement du 29 septembre 2003 susvisé, ne peuvent être pris en compte que les engagements agro-environnementaux dont la liste est fixée par arrêté du ministre chargé de l'agriculture et qui, selon le cas, ont conduit à une diminution au moins équivalente à 20 % : 
- soit du montant d'aides perçu au titre des années affectées, calculé selon des modalités fixées par ce même arrêté, par rapport à celui versé au titre des années de la période de référence non affectées ; 
- soit du rendement en tomates destinées à la transformation durant les années concernées par rapport à celui des années de la période 2001 à 2006 non affectées. 
Lorsqu'un cas de force majeure, une circonstance exceptionnelle, ou un engagement agro-environnemental affecte toutes les années soit de la période de référence, soit de la période 2001 à 2006 pour la tomate destinée à la transformation et conduit, selon les cas, à une diminution du montant des aides ou du rendement en tomates destinées à la transformation, un arrêté du ministre chargé de l'agriculture définit les modalités de calcul de cette diminution. 
La demande de prise en compte des cas de force majeure ou de circonstances exceptionnelles est transmise à la direction départementale de l'agriculture et de la forêt du siège de l'exploitation du demandeur au plus tard à une date fixée par décision du ministre chargé de l'agriculture.