Le ministre chargé de l'équipement est ordonnateur principal du compte de commerce. 
Le préfet est ordonnateur secondaire des recettes et des dépenses du compte de commerce dans le département. Il peut donner délégation de signature au directeur départemental de l'équipement. 
Le préfet de région est ordonnateur secondaire des recettes et des dépenses du compte de commerce pour les activités de la direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement. Il peut donner délégation de signature au     directeur régional de l'environnement, de l'aménagement et du logement .