Dans le cadre de la lutte contre les maladies transmissibles, des structures au sein d'établissements publics ou privés de soins, d'enseignement ou de recherche sont désignées comme centres nationaux de référence.
 En fonction de leur type d'activité, les centres nationaux de référence ont pour missions :
 1° L'expertise concernant la microbiologie, la pathologie des agents infectieux et leur sensibilité aux agents anti-infectieux ;
 2° La contribution à la surveillance épidémiologique ;
 3° L'alerte par l'information immédiate de l'Institut de veille sanitaire et du ministre chargé de la santé de toute constatation pouvant avoir des répercussions sur l'état sanitaire de la population ;
 4° Le conseil des pouvoirs publics, des agences de sécurité sanitaire et des professionnels de santé.
 Pour chaque centre national de référence, ces missions font l'objet d'un cahier des charges spécifiques conforme au cahier des charges type défini en annexe du présent arrêté.
 Pour assurer certaines de ses missions, un centre national de référence peut s'appuyer sur un ou plusieurs laboratoires dits « laboratoires centre national de référence associés ».