Outre son président, le conseil de direction comprend :
- directeur et, le cas échéant, le directeur adjoint de l'IESR ;
- le doyen de la section chargée de l'enseignement des sciences religieuses, ou son représentant ;
- un représentant élu du personnel de l'IESR ;
- un représentant élu des usagers de l'IESR ;
- quatre représentants de l'Ecole pratique des hautes études qualifiés dans le domaine des sciences religieuses désignés par le conseil d'administration de l'école
- quinze personnalités qualifiées extérieures à l'Ecole pratique des hautes études.
Six des personnalités qualifiées sont désignées par les ministres chargés de l'éducation nationale, des affaires étrangères, des affaires sociales, de la culture, de l'intérieur et de la justice. Les neuf autres sont désignées en nombre égal par le président du conseil de direction (trois), par le directeur de l'institut (trois) et par le conseil d'administration de l'Ecole pratique des hautes études (trois). 
Le mandat des élus et des personnalités qualifiées est d'une durée de quatre ans. Il est renouvelable une fois.
Les modalités d'élection des représentants élus sont fixées par le règlement de l'IESR.
L'agent comptable siège avec voix consultative lorsque l'ordre du jour le requiert. Le conseil peut, en fonction de son ordre du jour, entendre toute personne qualifiée dont il souhaite recueillir l'avis.