A l'issue de la deuxième année de formation les étudiants sont soumis au contrôle des connaissances et des aptitudes suivant :
   - épreuve écrite (coefficient 5) ;
   - épreuve d'analyse d'articles scientifiques (coefficient 5).
   Seuls ceux ayant obtenu une moyenne d'au moins 12 sur 20 à l'ensemble du contrôle sont autorisés à passer en troisième année.
   En cas d'échec, les étudiants ne peuvent se représenter qu'une seule fois, et ce dans les deux années qui suivent.
   A l'issue de la troisième année, les étudiants sont soumis au contrôle des connaissances et des aptitudes suivant, organisé par le jury prévu à l'article 16 de l'arrêté du 16 octobre 1996 susvisé :
   1. Une évaluation du mémoire de stage (présentation et soutenance) comportant trois rubriques : travaux personnels, travaux de recherche, liste détaillée des cas cliniques pris en charge (coefficient 3).
   Cette évaluation se déroule de la manière suivante :
   a) Evaluation des travaux personnels (coefficient 1) ;
   b) Evaluation des travaux de recherche (coefficient 1) ;
   c) Evaluation de la liste détaillée des cas cliniques pris en charge (coefficient 1).
   2. Une épreuve d'évaluation des connaissances théoriques : épreuve écrite portant sur la totalité du programme des trois années (coefficient 1).
   Toute note inférieure à 8 sur 20 est éliminatoire. Le diplôme d'études spécialisées vétérinaires en médecine interne des animaux de compagnie est délivré aux étudiants qui ont obtenu une moyenne d'au moins 12 sur 20 au contrôle de fin d'études.
   En cas d'échec, les étudiants ne peuvent se représenter qu'une seule fois, et ce dans les deux années qui suivent.