Le secrétaire général propose et instruit les évolutions dans l'organisation et le fonctionnement du ministère qui permettent de rendre celui-ci plus économe en moyens et plus souple dans son adaptation aux nouvelles conditions d'exercice des missions. Il veille en particulier à la qualité de la politique du ministère et des opérateurs qui en relèvent, en matière de gestion budgétaire et immobilière ainsi qu'en matière de gestion des achats, conformément à la politique définie par la direction des achats de l'Etat. Il assure la gestion des emplois d'encadrement supérieur et propose, selon les besoins, de modifier la répartition de leur nombre entre les directions.