Un dossier médical en santé au travail est constitué sous la responsabilité du médecin du travail dans les conditions prévues à l'article L. 4624-8 du code du travail. La tenue de ce dossier garantit le respect des règles de confidentialité et du secret professionnel. Lors du premier examen médical, le médecin du travail retrace, dans le respect des dispositions prévues aux articles L. 1110-4 et L. 1111-7 du code de la santé publique, les informations relatives à l'état de santé de l'agent ainsi que les avis des différentes instances médicales formulés en application de l'article L. 826-3 et de l'article L. 826-12 du code général de la fonction publique.  
Le modèle du dossier médical, la durée et les conditions de sa conservation sont fixés par l'arrêté mentionné à l'article 28-2 du décret n° 82-453 du 28 mai 1982 relatif à l'hygiène et à la sécurité du travail ainsi qu'à la prévention médicale dans la fonction publique.
En cas de changement de service de médecine préventive assurant le suivi d'un agent, son dossier médical en santé au travail est communiqué au médecin du travail pour assurer la continuité de la prise en charge, sous réserve du recueil par écrit du consentement préalable de l'agent.