Les centres nationaux de référence et les laboratoires associés exercent leurs missions dans le cadre de conventions passées avec l'Institut de veille sanitaire et établies en fonction :
 - d'un programme de travail quadriennal élaboré dans le respect du cahier des charges spécifique prévu à l'article 1er du présent arrêté ;
 - du descriptif des moyens de la structure : nombre et qualification des personnels et nature du plateau technique ;
 - le cas échéant, des bilans d'activité de l'organisme au cours des quatre années antérieures, dont la liste de ses publications.
 Le responsable du centre national de référence adresse chaque année un rapport d'activité au ministre chargé de la santé et à l'Institut de veille sanitaire. Lorsque les missions d'un centre national de référence sont exercées en relation avec un ou plusieurs laboratoires associés, le responsable du centre national de référence est chargé de la coordination de l'ensemble des activités et rend un rapport annuel faisant la synthèse des activités réalisées par les différents laboratoires.