Sans préjudice des articles 2 à 6, les responsables des établissements de transformation visés à l'article 1-1, doivent : 
Tenir à jour un registre de tous les mouvements d'entrée et sortie des animaux d'aquaculture et des produits qui en sont issus ; 
Disposer d'un système de traitement des effluents. 
La demande d'agrément zoosanitaire doit être adressée par le responsable de l'établissement au directeur départemental des services vétérinaires ou au directeur régional des affaires maritimes selon leur domaine de compétence, à l'aide du modèle présenté en annexe 5. 
Les établissements agréés conformément à ce chapitre conservent le numéro d'agrément délivré au titre du chapitre II de l'arrêté du 8 juin 2006.