Les missions du Conseil national de la chirurgie sont les suivantes :
 Proposer un cursus de formation initiale des chirurgiens tenant compte des données démographiques établies par l'Observatoire national de la démographie des professions de santé, des évolutions du métier de chirurgien et du cadre universitaire dans lequel s'inscrit cette formation ;
 Proposer des orientations pour la formation continue à partir de l'obligation d'évaluation des pratiques professionnelles instaurée par la loi de santé publique et par la loi portant réforme de l'assurance-maladie ;
 Proposer des méthodes et procédures d'évaluation des innovations thérapeutiques et des dispositifs médicaux implantables en liaison avec les autorités publiques en charge de ces domaines ;
 Proposer des évolutions de l'organisation des blocs opératoires en liaison avec les différents partenaires, en particulier les représentants des anesthésistes et les directions d'établissements ainsi que les représentants des infirmiers anesthésistes et de blocs opératoires ;
 Formuler des propositions d'évolution de la couverture des risques professionnels à partir des données et travaux produits par l'observatoire de la sinistralité institué par la loi portant réforme de l'assurance-maladie ;
 A la demande des agences régionales d'hospitalisation, le Conseil national de la chirurgie pourra intervenir en tant que médiateur dans des opérations de recomposition du paysage chirurgical.