La division des affaires générales assure, pour l'ensemble de la direction, la gestion des ressources humaines, du budget, de la logistique, de l'informatique et de la documentation, en liaison avec la direction de l'administration générale, du personnel et du budget ; elle est le correspondant de celle-ci pour les relations avec la Cour des comptes, le Défenseur des droits et la Commission d'accès aux documents administratifs, ainsi que pour le suivi des dossiers contentieux. Elle est chargée du contrôle de gestion de la direction, et notamment du développement des outils de suivi de l'activité de la direction. Elle assure la communication interne et externe de la direction, en liaison avec le service de l'information et de la communication ; elle assure l'administration du site intranet de la direction.