En cas d'absence ou d'empêchement, le préfet de région est suppléé par le secrétaire général aux affaires régionales. Le préfet de région désigne un des préfets de département présents dans la région afin d'assurer sa suppléance en cas d'absence ou d'empêchement du secrétaire général aux affaires régionales. 
En cas de vacance momentanée du poste de préfet de région, le préfet du rang le plus élevé en fonction dans la région assure l'intérim.