Le fonds est administré par un conseil d'administration de six membres comprenant quatre représentants du ministre de l'économie, des finances et du budget, un représentant du ministre chargé de l'industrie et le directeur général de la Caisse des dépôts et consignations ou son représentant.
Les administrateurs autres que le directeur général de la Caisse des dépôts et consignations ou son représentant sont nommés pour trois ans par arrêté du ministre qu'ils représentent.
Le président du conseil d'administration est choisi parmi les administrateurs et nommé pour trois ans par arrêté du ministre de l'économie, des finances et du budget. 
Les fonctions de président et d'administrateur ne sont pas rémunérées.