Le directeur de l'établissement est nommé pour trois ans par arrêté du ministre chargé des douanes et du ministre chargé du budget, sur proposition du président. Il dirige l'établissement, le représente en justice et à l'égard des tiers dans tous les actes de la vie civile, et, à ce titre, prend les actes qui ne relèvent pas du conseil d'administration. En particulier :
   1° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration ;
   2° Il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'établissement ;
   3° Il est chargé de l'organisation des opérations électorales et il fixe la date des scrutins ;
   4° Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes ;
   5° Il signe, au nom de l'établissement, les contrats, conventions, réservations, marchés et les actes d'acquisition et de vente, conformément aux modalités prévues à l'article 16. Pour les marchés dont le montant est inférieur à 130 000 euros hors taxe, un arrêté d ministre chargé des douanes et du ministre chargé du budget peut désigner, sur proposition du directeur, les personnes responsables autres que lui.
   6° Il décide des actions en justice autres que celles désignées à l'article 16 ;
   7° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration. Il prend, en accord avec l'autorité chargée du contrôle financier, toute décision modificative du budget, autre que celles prévues au 4° de l'article 16, et la fait ratifier par le prochain conseil d'administration conformément au 13° de l'article 16.
   8° Il signe les baux autres que les baux emphytéotiques ainsi que les actes nécessaires à la location de logements destinés aux personnes mentionnées à l'article 2, dans la limite des dispositions prévues au 9° de l'article 16.
   Le directeur peut déléguer sa signature à ceux de ses collaborateurs qui exercent une fonction de direction au sein du service central et aux présidents des commissions régionales.