Les dépenses de l'Agence nationale pour la recherche comprennent : 
1° Les aides aux projets de recherche et de développement technologique, incluant une part forfaitaire mentionnée à l'article L. 329-5 du code de la recherche, contribuant à couvrir les coûts indirects des projets, et les dotations aux fondations de recherche ; 
2° Les frais de personnel ; 
3° Les frais de fonctionnement, d'équipement et d'investissement ; 
4° De façon générale, toutes les dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.