Lorsque le Conseil, siégeant en assemblée plénière ou en bureau, émet un avis, celui-ci est rendu lorsque l'avis des représentants syndicaux, d'une part, et l'avis des représentants des employeurs territoriaux, d'autre part, ont été rendus. L'avis d'un collège est réputé favorable ou défavorable lorsque la majorité de ses membres présents ou représentés ayant voix délibérative s'est prononcée en ce sens. En cas de partage des voix, l'avis du collège concerné est réputé rendu.
Lorsqu'un projet de texte soumis à l'assemblée plénière recueille un vote unanime défavorable de la part du collège des représentants syndicaux, le projet de texte fait l'objet d'un réexamen et une nouvelle délibération de l'assemblée plénière est organisée, dans un délai qui ne peut être inférieur à huit jours et excéder trente jours. La nouvelle convocation est adressée dans un délai de huit jours au moins aux membres du conseil.

Le conseil supérieur siège alors valablement quel que soit le nombre de membres présents. Il ne peut être appelé à délibérer une nouvelle fois suivant cette même procédure.

Le président du conseil supérieur informe les membres siégeant au conseil des concertations conduites entre l'expression du vote unanime défavorable et le nouvel examen du texte par les membres du conseil supérieur.
Lorsque l'assemblée plénière ou le bureau émettent des propositions, celles-ci sont soumises au vote de chacun des collèges. Elles sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés ayant voix délibérative de chaque collège.
Sauf opposition de la majorité des membres présents ou représentés ayant voix délibérative des deux collèges réunis, le vote a lieu à bulletin secret si un tiers de ces membres le réclame.
Il a également lieu à bulletin secret lorsqu'il s'agit de procéder à une nomination.
Le vote par procuration est admis. Un membre présent ayant voix délibérative ne peut disposer que d'une procuration.
Lorsqu'un membre titulaire est remplacé par un membre suppléant, celui-ci dispose des mêmes droits. Il peut recevoir et donner une procuration en cours de séance.