Le titulaire de l'entrepôt est tenu de déterminer l'écart éventuel entre le stock physique et le stock comptable à la fin de chaque trimestre et d'opérer, le cas échéant, sa régularisation douanière et fiscale.
L'écart constaté par les agents des douanes lors d'un contrôle en entrepôt donne également lieu à régularisation douanière et fiscale.