Les membres de la commission consultative paritaire ne perçoivent aucune indemnité pour l'exercice de ces fonctions. 
Ils sont toutefois indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret n° 90-437 du 28 mai 1990 fixant les conditions et modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements des personnels civils sur le territoire métropolitain de la France lorsqu'ils sont à la charge des budgets de l'Etat, des établissements publics nationaux à caractère administratif et de certains organismes subventionnés.