La cotisation est fixée en pourcentage des revenus professionnels non salariés de l'avant-dernière année définis aux deuxième , troisième et quatrième alinéas de l'article L. 131-6 du code de la sécurité sociale, dans la limite d'un plafond égal à 110 100 € en 2008. 
Ce plafond évolue chaque année comme la variation, entre le 1er septembre de l'avant-dernière année et le 1er septembre de l'année précédente, de l'indice mensuel des prix à la consommation de l'ensemble des ménages, publié par l'Institut national de la statistique et des études économiques. 
Le taux de la cotisation est fixé, chaque année par décret, sur proposition du conseil d'administration de la section professionnelle des médecins. Il ne pourra excéder 14 %. 
Les médecins bénéficiaires de l'allocation instituée par l'article 4 de la loi n° 88-16 du 5 janvier 1988 modifiée sont redevables de la cotisation du présent régime.A compter de la troisième année civile de perception de ladite allocation, la cotisation est assise sur le montant d'allocation perçu au cours de l'avant-dernière année, majoré, le cas échéant, des revenus professionnels non salariés retenus pour le calcul de la cotisation mentionnée au premier alinéa du présent article. 
Les statuts mentionnés au premier alinéa de l'article 5 du présent décret peuvent prévoir des modalités de cotisations particulières pour les adhérents qui n'exercent plus une activité médicale non salariée. 
Le versement de la cotisation annuelle correspond au plafond mentionné au second alinéa du présent article donne droit à attribution de 10 points de retraite. Le nombre de points est calculé au prorata lorsque la cotisation est d'un montant inférieur.
L'alinéa précédent n'est pas applicable aux médecins bénéficiaires de la retraite complémentaire et exerçant une activité médicale libérale. Ces derniers ne peuvent obtenir aucun nouveau droit à retraite au titre des cotisations versées, dont l'assiette ne peut excéder le seuil fixé en application du deuxième alinéa de l'article L. 643-6 du code de la sécurité sociale. 
Par dérogation aux dispositions du premier alinéa, les cotisations dues au titre de chaque année par les médecins bénéficiaires de la retraite complémentaire et exerçant une activité médicale libérale peuvent être calculées à titre provisionnel sur la base des revenus de cette année estimés par le médecin sur demande de celui-ci à la section professionnelle des médecins. Ces cotisations font l'objet d'une régularisation dans les mêmes conditions que celles prévues au troisième alinéa de l'article L. 642-2 du code de la sécurité sociale.