Pour l'application de l'article 21-3, est considérée comme ayant son origine dans un risque professionnel la maladie essentiellement et directement causée par l'exercice d'une activité entraînant affiliation au régime de sécurité sociale des marins et provoquant soit le décès de la victime, soit une incapacité physique permanente. 
Sont également considérés comme ayant leur origine dans un risque professionnel l'invalidité ou le décès résultant d'une maladie qui n'a pas pu être traitée de façon appropriée à bord, en raison des conditions de navigation. 
Les maladies mentionnées aux tableaux prévus à l'article L. 461-2 du code de la sécurité sociale sont présumées trouver leur origine dans un risque professionnel dès lors qu'est établi, après avis du conseil de santé du régime de sécurité sociale des marins et des gens de mer, le lien avec l'exercice d'une activité entraînant affiliation au régime de sécurité sociale des marins. Dans ce cas, les durées d'exposition au risque et les délais de prise en charge définis par ces tableaux s'appliquent au régime des marins. 
En ce qui concerne les maladies ayant leur origine dans un risque professionnel, la date à laquelle la victime est informée par un certificat médical du lien possible entre sa maladie et son activité professionnelle est assimilée, pour l'application du présent décret, à la date de l'accident visé à l'article 9. Lorsque ladite maladie est constatée en cours de navigation, la date de débarquement est assimilée à la date de l'accident.
Lorsque, après l'octroi de la pension anticipée prévue à l'article L. 5552-7 du code des transports, une maladie professionnelle à évolution lente se déclare et ouvre droit à une pension d'invalidité pour maladie professionnelle, le bénéficiaire doit opter définitivement entre la pension anticipée et la pension d'invalidité pour maladie professionnelle. La liste des maladies à évolution lente prises en compte pour l'application du présent alinéa est fixée par arrêté conjoint des ministres chargés de la mer, du budget et de la sécurité sociale.