Le comité des centres nationaux de référence est composé de représentants de la direction générale de la santé et de l'Institut de veille sanitaire, d'experts en épidémiologie, microbiologie, infectiologie ou santé publique nommés en raison de leurs compétences.
La moitié au moins de ses membres n'appartient ni à la direction générale de la santé, ni à l'Institut de veille sanitaire.
Les membres du comité sont nommés pour cinq ans par le directeur général de l'Institut de veille sanitaire.