Les décisions du conseil de la caisse de sécurité sociale de Mayotte sont soumises au contrôle de l'autorité compétente de l'Etat. Les dispositions des deuxième et troisième alinéas de l'article L. 151-1 du code de la sécurité sociale s'y appliquent dans les mêmes conditions qu'aux caisses primaires d'assurance maladie, aux caisses d'assurance retraite et de la santé au travail, aux caisses d'allocations familiales et aux unions pour le recouvrement des cotisations de sécurité sociale et d'allocations familiales. 
Les articles L. 281-1 à L. 281-5 du code de la sécurité sociale s'appliquent à la caisse de sécurité sociale de Mayotte qui est, pour leur application, considérée comme un organisme du régime général de sécurité sociale.