Les ATS ont pour mission de satisfaire l'essentiel des besoins en produits sanguins labiles des hôpitaux des armées où elles sont implantées et d'accroître la production du CTSA en cas de nécessité pour assurer le soutien transfusionnel des troupes en opérations extérieures. A cet effet, les ATS effectuent les collectes dans leurs locaux et dans ceux des unités, services et organismes relevant du ministre de la défense ou dans ceux des établissements publics placés sous sa tutelle. Les locaux des ATS doivent permettre l'accueil des donneurs, les prélèvements et le conditionnement des produits sanguins labiles, leur stockage et leur conservation, conformément aux conditions techniques, sanitaires et médicales définies par les articles R. 668-2-4 à R. 668-2-23 du code de la santé publique précités.