Deux commissaires du gouvernement auprès de la Compagnie nationale du Rhône sont nommés l'un par arrêté du ministre chargé de l'énergie, l'autre par arrêté du ministre chargé des transports.
 Ils ont pour mission de veiller au respect par la société de sa mission, dans le cadre de la concession générale qui lui a été accordée par l'Etat. Les commissaires du gouvernement disposent du même droit d'information que les membres du conseil de surveillance. Ils assistent à toutes les séances du conseil de surveillance et de l'assemblée générale avec voix consultative. Ils reçoivent les documents soumis à ces instances et leurs procès-verbaux et délibérations.
 Chacun des commissaires du gouvernement peut, dans les huit jours qui suivent une délibération du conseil de surveillance qui porte sur la mise en oeuvre de la concession, demander une nouvelle délibération. Dans les quinze jours qui suivent la nouvelle délibération, l'un ou l'autre des deux commissaires peut demander qu'il soit sursis à son exécution. Il rend compte immédiatement au ministre qui l'a désigné. Le ministre dispose d'un délai de quinze jours pour confirmer l'opposition du commissaire du gouvernement ; à défaut, cette opposition est levée de plein droit.