Les dépenses de l'établissement sont présentées sous la forme des enveloppes définies à l'article 178 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. 
Sur décision du conseil d'administration, les dépenses d'intervention peuvent faire l'objet d'une enveloppe distincte.