Le comité de bassin élabore et met à jour le registre des zones protégées qui indique :
   1° Les zones de captage de l'eau destinée à la consommation humaine fournissant plus de 10 mètres cubes par jour ou desservant plus de cinquante personnes ainsi que les zones identifiées pour un tel usage dans le futur ;
   2° Les zones de production conchylicole ainsi que, dans les eaux intérieures, les zones où s'exercent des activités de pêche d'espèces naturelles autochtones, dont l'importance économique a été mise en évidence par l'état des lieux mentionné à l'article 3 ;
   3° Les zones de baignade et d'activités de loisirs et de sports nautiques ;
   4° Les zones vulnérables figurant à l'inventaire prévu par le décret du 27 août 1993 susvisé ;
   5° Les zones sensibles aux pollutions désignées en application de l'article 6 du décret du 3 juin 1994 susvisé ;
   6° Les sites Natura 2000, désignés en application du décret du 8 novembre 2001 susvisé, où le maintien ou l'amélioration de l'état des eaux joue un rôle important.
   Une version abrégée du registre, composée de documents cartographiques et de la liste des textes de référence pour chaque catégorie de zones protégées, est jointe au dossier du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux.