Il est créé à l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail une commission scientifique spécialisée par discipline ou groupe de disciplines. La liste des commissions est fixée par décision du directeur général de l'établissement après avis conforme du conseil scientifique. 
Les commissions scientifiques spécialisées examinent les rapports biennaux des chercheurs, au regard du programme d'activité de l'établissement délibéré par le conseil d'administration après avis du conseil scientifique. Le directeur général de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail définit les modalités de présentation et d'évaluation de ces rapports en tenant compte notamment de la participation effective des personnels aux activités qu'implique l'exercice des missions assignées à l'établissement par l'article L. 794-1 du code de la santé publique. 
Elles donnent leur avis au directeur général sur la titularisation des chargés de recherche stagiaires et sur les avancements de grade des chargés de recherche et des directeurs de recherche. Elles statuent également sur les équivalences de diplômes et de services. 
Les règles de fonctionnement des commissions scientifiques spécialisées sont fixées par le directeur général de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, après avis du conseil scientifique de l'établissement.