Des liaisons informatisées sont mises en place avec :
 - les ordonnateurs pour les opérations de prise en charge des budgets, des recettes et des dépenses ainsi que pour leurs opérations patrimoniales (emprunts, inventaire) qui viennent alimenter HELIOS ;
 - les organismes de protection sociale pour les règlements effectués aux établissements hospitaliers ;
 - les services de la direction générale des impôts pour la consultation des informations enregistrées dans le fichier FICOBA et la communication des réponses qui y sont apportées, uniquement s'il s'agit de tiers ayant une dette hospitalière ;
 - l'application informatique de la DGCP : annuaire DGCP ;
 - la Banque de France pour les opérations de virement et de prélèvement.
 La base de l'application HELIOS sera constituée par la migration des données extraites des systèmes existants.