Le président du conseil d'administration est nommé par décret, sur proposition du garde des sceaux, ministre de la justice, pour une période de trois ans renouvelable.
Il veille à l'accomplissement de ses missions par l'agence.
En cas de vacance, d'absence ou d'empêchement du président, le directeur général de l'agence convoque le conseil d'administration et le secrétaire général du ministère de la justice ou son représentant le préside.