Toute vacance d'un membre suite à décès, démission, empêchement supérieur à un an ou perte de la qualité au titre de laquelle il a été élu ou nommé donne lieu à remplacement si cette vacance intervient plus de six mois avant l'expiration du mandat. 
Lorsqu'il s'agit d'un membre nommé, celui-ci est remplacé dans les conditions prévues à l'article 29 du décret du 24 novembre 1982 susvisé. 
Lorsqu'il s'agit d'un membre élu au scrutin de liste, il est remplacé par le premier des candidats non élus de la même liste 
Lorsqu'il s'agit d'un membre élu au scrutin plurinominal ou lorsqu'une liste se trouve dans l'impossibilité de pourvoir un siège laissé vacant dans les conditions prévues à l'alinéa précédent, il est procédé à un appel à candidatures, publié au Bulletin officiel du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche, parmi les personnels appartenant au même collège. 
Les membres du conseil scientifique élisent alors un membre parmi les personnes ayant fait acte de candidature et remplissant les conditions fixées par l'arrêté du 9 février 2010 fixant les modalités d'élection au conseil scientifique du Centre national de la recherche scientifique au jour de la publication de l'appel à candidature. 
Le mandat du nouveau membre expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de son prédécesseur.