La commission de politique scientifique d'établissement, composée de représentants des sections et du conseil scientifique ainsi que des vice-présidents concernés, désignés par le président de l'école, intervient sur les questions relatives à la politique scientifique de l'établissement. Elle est notamment chargée d'instruire la procédure préalable aux opérations de répartition et de redéploiement des emplois alloués à l'école. La procédure spécifique de recrutement des enseignants-chercheurs implique une phase de concertation entre les sections et la commission de politique scientifique d'établissement. 
 Le règlement intérieur précise sa composition, son champ de compétence et son mode de fonctionnement.