L'agrément du centre de contrôle peut être retiré ou suspendu pour tout ou partie des catégories de contrôles techniques couvertes par l'agrément, conformément aux dispositions du IV de l'article R. 323-14 du code de la route, par le préfet du département du centre. Les mesures de retrait ou de suspension sont notamment applicables en cas de non-respect des articles R. 323-13, R. 323-14, R. 323-15 et R. 323-17 du code de la route. 
Avant toute décision, le préfet informe par écrit l'exploitant du centre de contrôle de son intention de suspendre ou de retirer l'agrément du centre, pour tout ou partie des catégories de contrôles, en indiquant les faits qui lui sont reprochés et en lui communiquant ou en lui permettant d'accéder au dossier sur la base duquel la procédure est initiée. Celui-ci dispose d'un délai d'un mois à compter de la présentation du courrier pour être entendu et faire part de ses observations par écrit. 
A l'issue du délai d'un mois, si le préfet de département a toujours l'intention de suspendre ou retirer l'agrément, il organise une réunion contradictoire à laquelle sont invités l'exploitant du centre de contrôle où les faits ont été constatés et le réseau éventuellement concerné avant que la sanction ne soit prononcée.
En application des dispositions de l'article R. 323-14 du code de la route, l'agrément du centre peut être retiré en cas de non-respect d'une décision administrative suspendant l'activité du centre. 
Toute décision de suspension ou de retrait d'agrément est notifiée à l'exploitant du centre de contrôle et à l'organisme technique central.