Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux alinéas suivants deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la recherche s'il n'a pas fait connaître d'observations dans ce délai. Il en est de même des décisions prises par le président de l'agence  sur délégation du conseil d'administration. En cas d'urgence, le ministre chargé de la recherche peut autoriser leur exécution immédiate. 
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. 
Pour devenir exécutoires, les délibérations portant sur les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles mentionnées au 10° du même article doivent faire l'objet d'une approbation expresse par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la recherche.