La sous-direction de l'archéologie, de l'ethnologie, de l'inventaire et du système d'information comprend :
   - le département recherche, méthodes et expertise ;
   - le département système d'information de l'architecture et du patrimoine ;
   - la mission archéologie ;
   - la mission ethnologie ;
   - la mission inventaire général du patrimoine culturel ;
   - le Centre national d'archéologie urbaine ;
   - le Centre national de la préhistoire.