La caisse autonome nationale établit, pour l'exercice à venir, un projet de budget de gestion administrative, un projet de budget d'action sanitaire et sociale et un projet de budget pour chacun des établissements, oeuvres et services d'intérêt commun qu'elle gère. 
Le conseil d'administration de la Caisse autonome nationale vote, dans le respect des dispositions de la convention d'objectifs et de gestion, avant le 1er janvier de l'année à laquelle ils se rapportent : 
1° Le budget de gestion administrative ; 
2° Le budget d'action sanitaire et sociale ; 
3° Le budget de prévention et de promotion de la santé ; 
4° Le budget du Fonds national  de modernisation des oeuvres ; 
5° Le budget des établissements et oeuvres. 
Les dépenses en capital peuvent être établies sur la base d'une présentation en autorisations de programme et crédits de paiement. Chacun de ces budgets, ainsi que, le cas échéant, les budgets modificatifs ou rectificatifs s'y rapportant, est soumis à l'approbation des ministres chargés de la sécurité sociale et du budget. Leur décision intervient dans le mois suivant la communication du vote. 
Ces budgets sont votés dans la limite des crédits et des modalités prévus dans la convention d'objectifs et de gestion définie à l'article 106 bis. 
La Caisse autonome nationale établit annuellement un état retraçant l'exécution budgétaire.