L'agent comptable est placé sous l'autorité administrative du directeur. Il est chargé, sous sa propre responsabilité et sous le contrôle du conseil d'administration, de l'ensemble des opérations financières de l'organisme. Ses attributions et les conditions dans lesquelles sa responsabilité pécuniaire peut être mise en jeu sont définies par décret. Toutefois, aucune sanction ne peut être prise contre lui s'il justifie avoir agi en conformité avec les dispositions dudit décret. Sa gestion est garantie par un cautionnement dont le montant minimum est fixé dans les limites déterminées par un arrêté du ministre de l'économie et des finances et des ministres intéressés.
   Le compte financier de l'organisme est établi par l'agent comptable et présenté au conseil d'administration.