Les catégories d'informations directement ou indirectement nominatives susceptibles d'être enregistrées sont :
- au titre de l'identification des personnes physiques impliquées dans une fraude constatée ou soupçonnée ou ayant déposé une déclaration : noms, prénoms, pseudonymes, sexe, situation de famille, date et lieu de naissance, nationalité, nature, numéro et lieu de délivrance des pièces d'identité, adresse de la résidence principale et des autres résidences, profession, employeur ;
- au titre de l'identification et de l'activité des personnes morales impliquées ou soupçonnées de fraude : raison sociale, n° SIRET, adresse, numéros de téléphone et de télécopieur, adresses postales et électroniques, identifiant activité, éléments de comptabilité, importations et exportations ;
- au titre de la description des circonstances de la fraude constatée ou soupçonnée : marchandises de fraude, marchandises ayant servi à masquer la fraude, procédés de fraude, circonstances, moyens de communication, identification, description, propriété, usage et mouvements des vecteurs de transport ;
- la nature et la qualification de l'infraction constatée ou soupçonnée ;
- au titre des suites administratives et judiciaires réservées aux constatations de fraude : date de saisine de l'autorité judiciaire, suivi et déroulement des actions contentieuses, montant et qualification des sommes liquidées, étapes de la procédure de recouvrement ;
- pour les déclarations de mouvements de sommes, titres ou valeurs : sens du transfert (entrée ou sortie), provenance et destination, sommes déclarées (nature, montant, monnaie), identification du propriétaire des fonds ou de son représentant  ainsi que la désignation du lieu de franchissement de la frontière aérienne ou maritime ou de la région géographique de franchissement de la frontière terrestre, la date et le numéro d'enregistrement lorsque la déclaration est souscrite par internet ;
- pour les agents des douanes : nom, prénom, fonctions et données d'identification au sein de l'organisation administrative.
Les zones commentaires enregistrées dans le SI LCF ne comportent pas d'autres catégories d'informations.