Le président et le vice-président sont choisis parmi les membres du conseil d'administration ayant la qualité de professeur des universités ou relevant de catégories assimilées en application de l'article 5 du décret n° 87-31 du 20 janvier 1987. 
Le président est nommé pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois, par décret du Président de la République, pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition du conseil d'administration. 
Le président est assisté d'un vice-président nommé pour la même durée par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition du président et après avis du conseil d'administration. 
Le directeur général des services assure, sous l'autorité du président, la gestion des services administratifs et financiers.