La commission des marchés de la Régie autonome des transports parisiens est composée de dix membres dont le président et le vice-président, un représentant du ministre chargé de l'économie et des finances, un représentant du ministre chargé de l'industrie, un représentant du ministre chargé des transports, un représentant de la mission de contrôle économique et financier des transports, quatre représentants de la direction générale de la Régie autonome des transports parisiens. 
Le président et le vice-président sont nommés par le ministre des transports et pris parmi les membres en activité de service, l'un du Conseil d'Etat, de la Cour des comptes, de l'inspection générale des finances, l'autre des corps des ponts et chaussées ou des mines. Les autres membres et leurs suppléants sont désignés par décision de l'autorité qu'ils représentent.
Les rapporteurs sont choisis par le président en accord avec l'administration dont ils dépendent.
Tout membre qui perd la qualité ou n'exerce plus les fonctions à raison desquelles il a été nommé cesse de plein droit de faire partie de la commission.
Les membres ou rapporteurs ne peuvent prendre ou conserver un intérêt dans un marché ou une opération quelconque passés avec les entreprises dont les marchés sont soumis à la commission.
Le secrétariat de la commission est assuré par la Régie autonome des transports parisiens.