Le secrétariat général assure la gestion des moyens du conseil et en organise les activités.
   Il assure le secrétariat de l'assemblée plénière et du comité permanent.
   Il s'informe des suites données par les autorités compétentes aux délibérations et avis ainsi qu'aux travaux d'inspection.
   Il assure, sous l'autorité du vice-président, la liaison avec les juridictions, les corps d'inspection ou les conseils relevant d'autres départements ministériels.
   Lui est rattachée la mission d'audit chargée d'assurer, à la demande du ministre, toute mission d'audit de l'administration centrale, des services techniques centraux et des services déconcentrés, ainsi que des organismes placés sous la tutelle du ministère. Cette mission est également chargée, à titre permanent, de l'audit interne du conseil.