Le secrétaire général veille à la qualité des relations qu'entretiennent l'administration centrale et les services déconcentrés. Il promeut les bonnes pratiques. Il a une mission de régulation des conditions dans lesquelles des instructions sont adressées aux services et des remontées d'information leur sont demandées. Il peut être chargé de piloter ou de coordonner lui-même les relations avec tout ou partie des services.