Chaque agent stagiaire ou titulaire du corps des personnels de direction des établissements mentionnés à l'article 2 de la loi n° 86-33 du 9 janvier 1986 susvisée  fait l'objet d'une évaluation annuelle. Cette évaluation se traduit par un entretien qui donne lieu à un compte rendu écrit. 
Cette évaluation annuelle tient compte, notamment, de la nature des fonctions et responsabilités exercées, des objectifs individuels et des moyens alloués pour les réaliser, des conditions d'organisation et de fonctionnement de l'établissement dont relève l'évalué ainsi que des moyens mis à sa disposition. Elle vise à formuler une appréciation générale sur les compétences, la manière de servir et sur les résultats obtenus ainsi que l'aptitude à exercer des fonctions de chef d'établissement ou de sécrétaire général de syndicat interhospitalier, un emploi fonctionnel ou d'autres fonctions. Elle est également prise en compte pour l'avancement de grade, l'attribution de la part variable du régime indemnitaire, la procédure d'agrément pour l'accès aux emplois fonctionnels et la nomination aux emplois. Elle permet également de déterminer les besoins de formation du personnel de direction et ses perspectives d'évolution professionnelle en termes de carrière et de mobilité.
L'entretien d'évaluation a pour but, entre autres, d'analyser en commun le bilan des actions menées pendant l'année écoulée et de fixer les objectifs prioritaires pour l'année à venir. Il fait l'objet d'un compte rendu écrit communiqué au personnel de direction concerné.A l'issue de cet entretien d'évaluation, le montant de la part variable du régime indemnitaire est communiqué à l'évalué. Les modalités de mise en oeuvre de l'entretien d'évaluation sont précisées par arrêté du ministre chargé de la santé.