Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement. Il délibère notamment sur : 
1° Le contrat pluriannuel avec l'Etat prévu à l'article L. 329-2 du code de la recherche et le rapport annuel d'exécution de son plan d'action ; 
2° Les orientations de son plan d'action annuel, qui comprend notamment la mise en œuvre des dispositions des articles L. 329-4 et L. 329-5 du code de la recherche, et de la politique d'allocation et de gestion des aides ; 
3° L'organisation générale des services et le règlement intérieur de l'établissement, qui fixe notamment les conditions d'application de l'article 8 ; 
4° Les conditions générales d'emploi et de rémunération des agents contractuels ; 
5° Le budget et les décisions modificatives ; 
6° Le compte financier, l'affectation des résultats et l'utilisation du fonds de réserve ; 
7° Les conditions générales de passation des conventions et marchés et notamment des conventions passées par l'établissement avec les organismes choisis pour assurer la gestion scientifique, administrative et financière de certains appels d'offres ; 
8° Les principes de la tarification des prestations et services de toute nature rendus par l'établissement ; 
9° Les baux, acquisitions et aliénations d'immeubles ; 
10° Les emprunts ; 
11° La participation de l'établissement à des groupements d'intérêt public et à toute autre structure dotée de la personnalité juridique ; 
12° L'acceptation des dons et legs ; 
13° Les actions en justice et les transactions ; il peut, dans les conditions qu'il détermine, déléguer ces attributions au président ; 
14° Le rapport annuel sur l'activité et le fonctionnement administratif et financier de l'établissement ; 
15° La création en son sein de tout comité nécessaire à l'accomplissement de ses missions parmi lesquels un comité d'audit ; 
16° Les règles de déontologie qui s'appliquent aux organes de l'établissement, à ses agents et aux organismes mentionnés au 8°, afin de garantir leur indépendance et leur impartialité. 
Le conseil d'administration se prononce en outre sur les questions qui lui sont soumises par son président ou le ministre chargé de la recherche. 
En ce qui concerne les matières énumérées aux 9°, 11° et 12°, le conseil d'administration peut déléguer ses pouvoirs au président dans les limites qu'il détermine. Le président lui rend compte, lors de la plus prochaine séance, des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.