Une commission consultative paritaire est instituée au sein de l'établissement, auprès du directeur général, pour chacune des deux filières : administrative et scientifique et technique. Le nombre et le mode d'élection des représentants du personnel ainsi que les modalités générales de fonctionnement de ces commissions sont fixés par décision du directeur général après consultation du  comité technique central. 
Chaque commission est habilitée à émettre un avis sur les questions d'ordre individuel des agents relatives : 
1. A l'application des dispositions figurant dans les contrats ; 
2. A l'attribution des réductions d'ancienneté d'échelon ; 
3. Aux mutations comportant changement de résidence administrative ; 
4. Aux nominations au choix prévues au 2° de l'article 8 du présent décret ; 
5. Aux sanctions disciplinaires autres que l'avertissement et le blâme ; 
6. Aux licenciements autres que disciplinaires ; 
7. Aux décisions de non-recrutement des personnels après renouvellement de la période d'essai ; 
8. A la demande des intéressés : 
a) Aux refus opposés par l'administration aux demandes de congés pour formation syndicale, professionnelle, de cadres et d'animateurs pour la jeunesse, pour raison de famille, pour convenances personnelles et pour création d'entreprise ; 
b) Aux refus d'autorisation d'absence pour suivre une action de préparation à un concours administratif ; 
c) Aux refus d'autorisation d'accomplir un service à temps partiel et aux litiges relatifs aux conditions d'exercice des fonctions à temps partiel ; 
d) Aux conditions de réemploi après congé ou mise à disposition. 
En outre, chaque commission consultative paritaire est informée du nombre d'agents, relevant de la catégorie pour laquelle elle est compétente, mis à disposition ou placés en position de congé sans rémunération.