Chaque section est dirigée par un doyen, assisté d'un bureau d'au moins deux membres, et administrée par une assemblée de section. A ce titre, l'assemblée de section définit les orientations scientifiques de la section en liaison avec le projet d'établissement, à la conception duquel elle est associée, et en prenant en compte le résultat des travaux de la commission de politique scientifique d'établissement. 
Le doyen de section est élu par l'assemblée de section parmi les directeurs d'études et maîtres de conférences de l'école, et les autres enseignants-chercheurs et personnels assimilés dans les conditions prévues à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé qui exercent dans l'établissement, membres de la section. Son mandat est de quatre ans, renouvelable une fois. 
Il préside l'assemblée de section ainsi que toutes commissions créées à l'initiative de cette assemblée qui en définit les missions et se prononce sur les travaux de ces commissions. 
L'assemblée de section comprend les directeurs d'études et maîtres de conférences de l'école qui exercent dans la section et des représentants des autres enseignants-chercheurs et des personnels assimilés dans les conditions prévues à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé, des enseignants et chercheurs, des personnels des bibliothèques, ingénieurs, administratifs, techniques, sociaux et de santé et des étudiants de la section. 
Le règlement intérieur de l'école fixe les conditions d'élection des doyens de section et le nombre et les modalités de désignation des représentants aux assemblées de section.