Le comité est soumis au contrôle budgétaire prévu par le décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012. A l'égard de celles des décisions du conseil qui ont une incidence financière, le contrôleur budgétaire dispose d'un droit de veto qu'il exerce dans les mêmes conditions et les mêmes délais que ceux prévus à l'article 7 du présent décret. 
Ce veto cesse d'avoir effet s'il n'est pas confirmé par le ministre chargé du budget dans un délai d'un mois à compter de sa notification au comité.