L'établissement public est administré par un conseil composé de trente membres : 
1° Vingt-trois représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements, désignés par leur organe délibérant parmi ses membres :
-onze pour le conseil régional d'Ile-de-France ;
-un pour chaque conseil départemental de la région Ile-de-France ;
-quatre représentants des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre et des communes élus par l'assemblée spéciale prévue à l'article 7. 
Les représentants des conseils départementaux des départements qui ne sont pas compris majoritairement dans le périmètre défini à l'article 2 assistent au conseil d'administration avec voix consultative ; 
2° Un représentant du conseil économique, social et environnemental régional ; 
3° Trois représentants des chambres consulaires :
-un représentant de la chambre régionale de commerce et d'industrie Paris-Ile-de-France ;
-un représentant de la chambre régionale d'agriculture Seine-et-Marne-Ile-de-France ;
-un représentant de la chambre régionale des métiers d'Ile-de-France ; 
4° Trois représentants de l'Etat :
-le préfet de la région Ile-de-France, préfet de Paris, ou son représentant ;
-le trésorier-payeur général de la région Ile-de-France ou son représentant ;
-le directeur régional de l'équipement de la région Ile-de-France ou son représentant. 
Les représentants de l'Etat ne prennent pas part au vote lors de l'examen de la délibération fixant le montant de la ressource fiscale spécifique autorisée par la loi. 
Le préfet de la région Ile-de-France, préfet de Paris, publie par arrêté la liste nominative des membres du conseil d'administration.