En cas de désaccord entre la délégation des producteurs et la délégation des négociants sur l'application des accords, l'une d'entre elles peut demander l'ouverture d'une procédure de conciliation. 
 La commission de conciliation est composée d'un producteur désigné par la Fédération des grands vins de Bordeaux, d'un négociant désigné par la Fédération des négociants de Bordeaux et de Libourne, et de personnalités, non fonctionnaires et non parlementaires choisies pour leurs compétences dans le domaine concerné. 
 Le directeur général du conseil interprofessionnel du vin de Bordeaux assiste aux réunions de la commission de conciliation. Les conclusions de la commission sont approuvées par chaque délégation.
Les décisions sont prises à la majorité absolue des membres présents. En cas de désaccord entre la délégation des producteurs et la délégation des négociants, l'une d'entre elles peut demander l'ouverture d'une procédure de conciliation. La commission de conciliation est alors constituée, sur désignation du bureau, par des personnes prises parmi les membres non fonctionnaires siégeant à titre consultatif. Ses conclusions doivent être approuvées par la délégation des producteurs et la délégation des négociants.
En cas d'échec de la procédure de conciliation, une procédure d'arbitrage peut être engagée à la demande unanime des deux délégations de producteurs et de négociants. La composition de la commission d'arbitrage est prévue par le règlement intérieur du conseil.