Un conseil commun des laboratoires, instance consultative, est placé auprès des deux directeurs généraux qui le coprésident. Ils peuvent se faire représenter.
   Ce conseil comprend :
   - le chef du service commun des laboratoires ;
   - l'adjoint au chef du service commun des laboratoires ;
   - le responsable de chacun des établissements composant le service ;
   - des représentants de l'administration centrale et des services déconcentrés appartenant de façon paritaire aux deux directions générales ;
   - des personnalités qualifiées désignées conjointement par les deux directeurs généraux.
   Il se réunit au moins deux fois par an à la demande conjointe des deux directeurs généraux sur la base d'un ordre du jour qu'ils déterminent et qui porte en particulier sur les orientations scientifiques du service commun des laboratoires.