La rémunération du fonctionnaire, assurée par le Centre national de gestion, comprend notamment son traitement indiciaire et un régime indemnitaire dont le montant est fixé par arrêté du directeur général du Centre national de gestion. 
Le temps passé en recherche d'affectation est pris en compte pour la détermination des durées de service exigées par les articles 19 des décrets n° 90-437 du 28 mai 1990 modifié fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les changements de résidence des personnels civils sur le territoire métropolitain de la France lorsqu'ils sont à la charge des budgets de l'Etat et des établissements publics nationaux à caractère administratif et n° 92-566 du 25 juin 1992 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements des fonctionnaires et agents relevant de la fonction publique hospitalière sur le territoire métropolitain de la France, par le II de l'article 24 du décret n° 98-844 du 22 septembre 1998 modifié fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les changements de résidence des personnels civils de l'Etat à l'intérieur d'un territoire d'outre-mer, entre la métropole et un territoire d'outre-mer, entre deux territoires d'outre-mer et entre un territoire d'outre-mer et un département d'outre-mer, Mayotte ou la collectivité territoriale de Saint-Pierre-et-Miquelon ainsi que par l'article 10 du décret n° 2001-654 du 19 juillet 2001 modifié fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements des personnels des collectivités locales et établissements publics mentionnés à l'article 2 de la loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 modifiée portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale et abrogeant le décret n° 91-573 du 19 juin 1991, ainsi que pour l'engagement décennal de servir. 
Sans préjudice des dispositions relatives au cumul d'activités, la rémunération nette perçue par le fonctionnaire placé en recherche d'affectation est réduite du montant des revenus nets qu'il perçoit au titre de toute mission qui lui est confiée dans le cadre de la recherche d'affectation.