Le comité national se réunit au moins deux fois par an sur convocation du président, qui fixe l'ordre du jour conjointement avec les vice-présidents. Il est en outre convoqué sur la demande motivée de la moitié de ses membres ou d'un des ministres exerçant la tutelle. 
Les convocations sont adressées aux membres du comité quinze jours au moins avant la date de la séance. Elles sont accompagnées d'un rapport préparé par le gestionnaire administratif sur chacune des affaires portées à l'ordre du jour.
Le comité national ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres est présente à l'ouverture de la séance. En présence des membres titulaires, les membres suppléants ne peuvent pas siéger au comité. Dans le cas où le quorum n'est pas atteint, le comité est à nouveau réuni avec le même ordre du jour dans un délai maximum d'un mois. Il peut alors valablement délibérer quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations du comité national sont prises à la majorité des suffrages exprimés. En cas de partage égal des voix, celle du président de séance est prépondérante.
Le comité national peut entendre, sur proposition du président, les auteurs d'une demande de financement par le fonds des projets d'actions communs à plusieurs fonctions publiques ainsi que toute personne ou organisme dont il estime nécessaire, au regard du projet présenté, de recueillir les observations.