Le centre est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, sous réserve des dispositions du décret n° 2002-252 du 22 février 2002 relatif au régime budgétaire, financier et comptable des établissements publics à caractère scientifique et technologique. 
Des comptables secondaires peuvent être désignés par le président du centre après avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément du ministre chargé du budget.