Les frais d'hébergement en France métropolitaine sont remboursés sur la base d'un forfait déterminé conformément à l'article 1er (a) de l'arrêté du 3 juillet 2006 fixant les taux des indemnités de mission prévues à l'article 3 du décret du 3 juillet 2006 susvisés, sur production d'une facture ou d'une pièce comptable originale.L'indemnité de nuitée n'est pas attribuée lorsque l'agent est logé gratuitement. 
Sur demande du missionnaire, une avance est consentie à hauteur de 75 % du montant des frais prévisionnels pour les missions en France métropolitaine et outre-mer.
L'ensemble des justificatifs est transmis à l'ordonnateur. Les justificatifs de dépenses comportent au minimum la date de la prestation et, s'il y a lieu, le coût du coucher.
L'agent fait connaître les prestations en nature et les indemnités qu'il reçoit d'un organisme invitant, afin que celles-ci soient déduites des frais de mission pris en charge.