Lorsque, du fait d'un manquement aux dispositions mentionnées à l'article L. 231-1 du code rural et de la pêche maritime ou à la réglementation prise pour leur application, un établissement ou un organisme placé sous l'autorité ou sous la tutelle du ministre de la défense présente ou est susceptible de présenter une menace pour la santé publique, le vétérinaire des armées territorialement compétent peut prescrire à l'autorité dont relève cet établissement ou cet organisme la réalisation de travaux, d'opérations de nettoyage, d'actions de formation du personnel et d'autres mesures correctives ainsi que le renforcement des autocontrôles. Le cas échéant, un délai peut être imparti pour remédier à ces manquements. 
En cas de nécessité, le ministre de la défense peut prononcer, sur proposition du vétérinaire des armées territorialement compétent, la fermeture de tout ou partie de l'établissement, l'arrêt d'une ou de plusieurs de ses activités ou toute autre sanction administrative. Dans ce cas, la proposition du vétérinaire des armées territorialement compétent est adressée au directeur central du service de santé des armées qui la transmet, accompagnée de son avis, au ministre de la défense.