Les navires expéditeurs de coquillages, les navires congélateurs et les navires usines, y compris les navires cuiseurs de crustacés et de mollusques, sont agréés dans les conditions des articles 2 à 6. 
Avant la mise en activité de son navire, tout armateur ou son représentant adresse au préfet du département où est immatriculée l'unité une demande d'agrément valant déclaration au sens de l'article R. 233-4 du code rural et de la pêche maritime. Cette demande est faite à l'aide du formulaire CERFA n° 13983 publié sur le site internet du ministère chargé de l'agriculture et est accompagnée des documents figurant à l'annexe 2. 
Le numéro d'agrément de ces navires est composé :
-du numéro de codification du département du port d'immatriculation ;
-du numéro de codification de la commune du port d'immatriculation ;
-et du numéro d'ordre de l'établissement dans la commune. Ce numéro d'ordre comporte trois chiffres. Cette mesure s'applique au plus tard le 1er janvier 2013. 
Par dérogation à l'article 4, la durée de l'agrément conditionnel attribué aux navires usines et aux navires congélateurs peut être supérieure à 6 mois, sans toutefois dépasser 12 mois au total.