La Compagnie nationale du Rhône a notamment pour mission, dans le cadre de la concession générale accordée par l'Etat, de produire et de commercialiser de l'électricité par utilisation de la puissance hydraulique, de favoriser l'utilisation du Rhône comme voie navigable en poursuivant son aménagement et de contribuer à l'irrigation, à l'assainissement et aux autres usages agricoles.
Un cahier des charges définit et précise les missions d'intérêt général qui lui sont confiées. Ce cahier des charges est approuvé par décret après avis des conseils départementaux et régionaux concernés. Ces avis sont réputés favorables à l'issue d'un délai de quatre mois à compter de la transmission du projet de cahier des charges aux conseils départementaux et aux conseils régionaux intéressés.
La Compagnie nationale du Rhône est une société anonyme dont la majorité du capital social et des droits de vote est détenue par des collectivités territoriales ainsi que par d'autres personnes morales de droit public ou des entreprises appartenant au secteur public.
Elle est dotée d'un conseil de surveillance et d'un directoire conformément aux dispositions des articles L. 225-57 à L. 225-93 du code de commerce.
Les dispositions législatives relatives aux sociétés anonymes lui sont applicables sous réserve des dispositions suivantes :
1° Le président du directoire est nommé par décret sur proposition du conseil de surveillance ;
2° Le conseil de surveillance comprend notamment des membres élus par le personnel salarié ainsi que des représentants de l'Etat nommés par décret. Ces membres ne sont pas tenus d'être personnellement propriétaires d'actions de la compagnie ;
3° Les modifications des statuts sont adoptées par l'assemblée générale extraordinaire convoquée à cet effet par le conseil de surveillance.