L'enseignement est encadré par les directeurs et directeurs adjoints de départements, assistés par des intervenants, professionnels en exercice.
Les programmes, à l'exception du programme de la formation SACRe, sont préparés par le directeur des études, soumis, pour avis, au conseil professionnel et au conseil d'administration.
Le programme de la formation SACRe est conçu par la responsable de la recherche de l'école, par la direction de la formation doctorale SACRe, et par l'Ecole doctorale 540 de l'Ecole normale supérieure, dont les doctorants doivent valider le plan de formation.