L'institut est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. 
Des comptables secondaires peuvent être nommés par le président de l'institut sur proposition de l'agent comptable. 
Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément au décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.