Le secrétariat général comprend :
   - la mission évaluation et stratégie ;
   - le bureau ressources humaines, formation et organisation interne ;
   - le bureau budget et affaires financières ;
   - le bureau affaires juridiques et réforme de l'Etat ;
   - le bureau action territoriale et établissements publics ;
   - la mission affaires européennes et internationales ;
   - la mission sécurité.