L'agrément du contrôleur peut être retiré ou suspendu conformément aux dispositions du IV de l'article R. 323-18 du code de la route, soit par le préfet du département où les faits ont été constatés, soit par le préfet du département du centre de rattachement du contrôleur. Les mesures de retrait ou de suspension sont notamment applicables en cas de carence de qualification, en cas de réalisation non conforme d'un contrôle technique, notamment dans les points à contrôler, les modalités et méthodes de contrôles, les formalités finales ou conclusions dans le résultat du contrôle technique. En application des dispositions de l'article R. 323-18 du code de la route, l'agrément du contrôleur peut être retiré en cas de non-respect d'une décision administrative suspendant l'activité du contrôleur. 
Avant toute décision, le préfet de département informe par écrit le contrôleur, le centre de contrôle où les faits ont été constatés ainsi que le centre de contrôle auquel le contrôleur est rattaché, de son intention de suspendre ou de retirer l'agrément du contrôleur             en indiquant les faits qui lui sont reprochés et en lui communiquant ou en lui permettant d'accéder au dossier sur la base duquel la procédure est initiée. 
Le contrôleur, le centre de contrôle où les faits ont été constatés ainsi que le centre de contrôle de rattachement du contrôleur disposent d'un délai d'un mois, à compter de la présentation du courrier, pour être entendus et faire part de leurs observations. 
Toute décision de suspension ou de retrait d'agrément est notifiée au contrôleur, au centre de contrôle où les faits ont été constatés, au centre de contrôle de véhicules légers auquel le contrôleur est rattaché, au réseau de rattachement éventuel et à l'organisme technique central.