La prime d'orientation est versée dans la limite des disponibilités budgétaires, sur mandats émis, à la demande de l'entreprise intéressée, par le   préfet. 
Le montant de chaque versement est calculé par l'application du taux de l'aide aux dépenses, justifiées par l'entreprise et conformes au projet agréé, déduction faite le cas échéant de l'acompte déjà versé. 
Le solde est versé après vérification définitive de cette conformité, sur justification du règlement intégral des dépenses admises au bénéfice de l'aide.L'aide n'est définitivement acquise à l'entreprise qu'après constatation que toutes les conditions énoncées dans la décision ont été exécutées. 
Le manquement à l'une ou plusieurs de ces conditions entraîne de droit le reversement des seules sommes versées et liées à cette ou ces conditions, sauf aménagements obtenus du ministre de l'agriculture, après avis du comité des investissements à caractère économique et social.