Chacune des sections du conseil supérieur constitue le conseil de discipline de recours prévu à l'article 91 de la loi du 26 janvier 1984 susvisée en matière de discipline, d'avancement et en cas de licenciement pour insuffisance professionnelle, en ce qui concerne les fonctionnaires pour lesquels elle a compétence ; chaque section est alors présidée par un même conseiller d'Etat, désigné par le vice-président du Conseil d'Etat ; elle est composée, outre le président, des vingt-deux membres mentionnés à l'article 39. 
En cas d'absence d'un ou plusieurs membres dans la représentation de l'administration ou dans celle du personnel, le nombre des membres de la représentation la plus nombreuse appelés à participer à la délibération et au vote est réduit en début de réunion afin que le nombre des représentants de l'administration et celui des représentants des personnels soient égaux. 
Par dérogation aux dispositions de l'article 49, le vote au conseil de discipline de recours s'exerce à la majorité simple, par la computation des voix individuellement recueillies des représentants du personnel et de l'administration. 
Le président du conseil de discipline a voix prépondérante en cas de partage égal des voix.