La Caisse autonome nationale est administrée par un conseil d'administration de trente-trois membres ainsi composé : 
a) Le président nommé, à chaque renouvellement du conseil d'administration, par décret pris sur le rapport du ministre chargé de la sécurité sociale ; 
b) Huit membres représentant les exploitants et anciens exploitants ; 
c) Deux membres représentant la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés ; 
d) Cinq personnalités qualifiées désignées conjointement par le ministre chargé de la sécurité sociale et le ministre du budget ; 
e) Quinze membres représentant les affiliés, désignés en nombre égal par les organisations syndicales représentatives dans la branche à la date de cette désignation ;
f) Siègent également avec voix consultative deux représentants du personnel de la caisse autonome nationale, désignés respectivement par les deux organisations syndicales arrivées en tête des élections des délégués du personnel.    
Le ministre chargé de la sécurité sociale et le ministre chargé du budget désignent chacun un commissaire du Gouvernement qui assiste aux réunions du conseil d'administration et de ses commissions et est entendu chaque fois qu'il le demande. 
Un représentant du ministre chargé des mines assiste également aux séances du conseil d'administration et de ses commissions et est entendu chaque fois qu'il le demande. 
Les membres du conseil d'administration de la Caisse autonome nationale sont nommés par arrêté du ministre chargé de la sécurité sociale.