La comptabilité matières mensuelle mentionnée à l'article 6 retrace, par carburant, par biocarburant, et pour chaque entrepositaire agréé détenteur de stock dans un entrepôt fiscal de stockage déterminé :
   - en entrée, les volumes de biocarburants, ainsi que leurs pièces justificatives ;
   - en sortie, les destinations et les volumes de carburants, leur teneur éventuelle en biocarburants ainsi que les pièces justificatives.
   En l'absence de ségrégation physique des stocks, les sorties en suite d'opérations de manipulation à l'issue desquelles le produit obtenu n'est plus un carburant, les exportations, les expéditions intracommunautaires ainsi que les livraisons à l'avitaillement des bateaux et des aéronefs sont réputées contenir la teneur en biocarburant telle qu'elle résulte du rapport entre les quantités comptabilisées de biocarburant et celles de carburant durant le mois. Les sorties de l'espèce ne donnent lieu à l'émission d'aucun certificat.
   La comptabilité matières et les certificats émis en sortie d'entrepôt fiscal de stockage sont transmis pour visa au service des douanes contrôlant l'entrepôt fiscal de stockage, au plus tard le vingt-septième jour suivant le mois auquel elle se rapporte.