La perte économique (Pe) est calculée de la manière suivante :
 Pe = [(CA × T)/261 × nombre de jours d'arrêt.
 Avec 261 = 365 ― (52 × 2) : déduction des samedis et dimanches.
 Avec CA : chiffre d'affaires moyen annuel réalisé au cours des années 2004 à 2008 sur les espèces autres que le cabillaud pêchées dans toutes les zones.
 Avec T : taux à appliquer pour défalquer les charges variables non supportées par les bénéficiaires durant un arrêt par rapport aux activités de pêche :
 T = 60 % pour les chalutiers et les dragueurs, car en moyenne les charges de carburant, engins... représentent 40 % du chiffre d'affaires ;
 T = 75 % pour les autres navires, car en moyenne les charges de carburant, engins... représentent 25 % du chiffre d'affaires.
 Pour les navires entrés en flotte entre 2004 et 2008, le calcul s'effectue sur la base de la moyenne du chiffre d'affaires au cours des années effectivement concernées depuis la date de mise en exploitation.