Le conseil d'administration de Voies navigables de France comprend vingt-six membres :
   1° Dix représentants de l'Etat nommés par décret, sur le rapport du ministre chargé des voies navigables et sur proposition respective du ministre chargé des finances, du ministre chargé du budget, du ministre chargé de l'équipement, du ministre chargé de l'agriculture, du ministre chargé du tourisme, du ministre chargé des voies navigables, du ministre chargé des affaires étrangères, du ministre chargé de l'environnement, du ministre chargé de l'industrie et du ministre chargé des collectivités locales ;
   2° Dix personnalités nommées par décret sur le rapport du ministre chargé des voies navigables, dont deux choisies parmi les présidents des commissions territoriales des voies navigables mentionnés aux articles 13 et 19 du présent décret, après avis du ministre chargé des collectivités locales, une proposée par la Chambre nationale de la batellerie artisanale, une par le comité des armateurs fluviaux, une par l'assemblée française des chambres de commerce et d'industrie, une par le Conseil national des usagers des transports, une par Electricité de France, une par le ministre chargé de l'environnement pour représenter les associations de protection de la nature et de l'environnement et deux choisies par le ministre chargé des voies navigables en raison de leurs compétences personnelles dans le domaine des transports ;
   3° Six représentants des salariés de l'établissement élus dans les conditions fixées au chapitre II du titre II de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public.
   Le directeur général, le commissaire du Gouvernement, le contrôleur d'Etat, l'agent comptable et le secrétaire du comité d'entreprise assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.