L'agence met en oeuvre une comptabilité analytique afin de connaître les coûts des prestations et de la gestion pour chaque mission mentionnée à l'article 2 ci-dessus. Ses résultats sont présentés au conseil et constituent les éléments justificatifs de la subvention de l'Etat prévue par l'article 5 de la loi du 3 février 2004 susvisée. Certaines activités de l'agence, désignées par arrêté des ministres chargés des mines et du budget, peuvent faire l'objet d'un budget annexe ou d'une comptabilité distincte.
   Il est créé par le conseil un comité d'audit, présidé par un administrateur représentant l'Etat, qui contrôle le fonctionnement de l'agence, notamment l'exécution de son budget et l'efficacité de sa gestion, et peut, à cette fin, diligenter des missions dont le financement est mis à sa disposition par le conseil, conformément à un programme qu'il soumet et dont il lui rend compte.