Les instituts régionaux d'administration sont soumis au contrôle financier institué par le décret du 25 octobre 1935 instituant le contrôle financier des offices et établissements autonomes de l'Etat.
   Un contrôleur financier, placé sous l'autorité du ministre de l'économie, des finances et du budget exerce le contrôle du fonctionnement financier de chaque établissement.
   Les attributions du contrôleur financier sont fixées par arrêté du Premier ministre et du ministre de l'économie, des finances et du budget.