La sous-direction de la protection et de la gestion des ressources en eau et minérales est chargée de l'élaboration et du suivi des politiques et des textes techniques relatifs à la protection et la gestion de la ressource en eau douce et des ressources minérales. A ce titre, elle traite des politiques :
 ― de protection des eaux souterraines et de gestion quantitative de la ressource en eau douce superficielle et souterraine ;
 ― d'élaboration des systèmes d'évaluation et de contrôle de l'état des eaux souterraines ;
 ― de protection et de gestion des ressources minérales ;
 ― de prévention et de réduction des pollutions des eaux de toutes origines, y compris d'origine diffuse ou accidentelle, sous réserve des attributions de la direction générale de la prévention des risques relatives aux installations classées et au contrôle des produits chimiques ;
 ― de prise en compte de la protection des ressources naturelles par les activités agricoles, en liaison avec le ministère chargé de l'agriculture.
 Elle comprend :
 ― le bureau des eaux souterraines et de la ressource en eau ;
 ― le bureau des ressources minérales ;
 ― le bureau de la lutte contre les pollutions domestiques et industrielles ;
 ― le bureau des ressources naturelles et de l'agriculture.