L'agrément peut être suspendu ou retiré dans les conditions prévues à l'article R. 212-14-1 du code rural et de la pêche maritime dans les cas mentionnés aux I à V. 
I. ― L'agrément peut être suspendu en cas de méconnaissance par le gestionnaire du fichier national d'identification des carnivores domestiques des dispositions de l'arrêté du 1er août 2012 susvisé. 
II. ― En cas de faute d'une particulière gravité, notamment si le gestionnaire agréé n'a pas assuré les missions qui lui ont été confiées dans les conditions fixées réglementairement, ou en cas d'interruption totale du service pendant huit jours, le ministre en charge de l'agriculture peut, après mise en demeure préalable par lettre recommandée avec accusé de réception fixant le délai de réparation et non suivie d'effet, retirer l'agrément en prononçant la déchéance du gestionnaire. 
Sont notamment réputées constituer des fautes d'une particulière gravité le fait que le gestionnaire du fichier national d'identification des carnivores domestiques : 
― commet des manquements graves et répétés dans l'exécution de ses obligations, notamment en cas de dépassement répété des délais d'exécution qui lui sont impartis ; 
― déclare ne pas pouvoir exécuter ses engagements ; 
― ne respecte pas les conditions de mise à disposition des moyens qui lui sont remis, notamment en cas de défaut de présentation, de mauvais emploi ou d'utilisation abusive de ces moyens ; 
― ne communique pas les modifications de son fonctionnement pouvant influencer le déroulement de la mission ; 
― fait obstacle à l'exercice d'un contrôle par les services du ministère en charge de l'agriculture ; 
― ne respecte pas des conditions réglementaires particulières à l'identification des carnivores domestiques ; 
― se livre, à l'occasion de l'exécution des missions qui lui sont confiées, à des actes frauduleux. 
La décision de déchéance prend effet à la date qu'elle fixe ou, à défaut, à la date de la notification. 
La déchéance entraîne la résiliation automatique de la convention annexée au présent arrêté. 
III. ― L'agrément pourra également être retiré et la convention résiliée par le ministre en charge de l'agriculture en cas de dissolution du gestionnaire ou en cas de cessation d'activité consécutive notamment à une liquidation judiciaire. 
IV. ― L'agrément pourra être retiré et la convention résiliée par le ministre en charge de l'agriculture en cas de force majeure ou si le gestionnaire du fichier national d'identification des carnivores domestiques rencontre, au cours de la réalisation de sa mission, des difficultés techniques particulières, dont la solution nécessiterait la mise en œuvre de moyens hors de proportion avec l'économie du contrat. 
Le ministre en charge de l'agriculture peut dans ces deux cas résilier la convention, de sa propre initiative ou à la demande du gestionnaire du fichier national d'identification des carnivores domestiques. 
V. ― Le ministre en charge de l'agriculture peut également retirer l'agrément et résilier la convention pour un motif d'intérêt général. Le gestionnaire du fichier national d'identification des carnivores domestiques est alors indemnisé du préjudice occasionné. 
Dans tous les autres cas de retrait ou de résiliation, l'Etat n'est pas tenu au versement d'une indemnité.