La sous-direction des systèmes ferroviaires et guidés assure le suivi du système de transport ferroviaire et des organismes intervenant dans son domaine.

 Elle contribue à l'élaboration, en coordination avec la sous-direction de la multimodalité, de l'innovation, du numérique et des territoires, de la politique d'innovation dans le secteur du transport ferroviaire.

 Elle assure, avec le ministère chargé de l'industrie, le suivi de la filière de l'industrie ferroviaire.

 Elle définit les orientations relatives à la sécurité et l'interopérabilité des transports ferroviaires, des transports collectifs et des remontées mécaniques.

 Elle élabore et met en œuvre, en lien avec l'Etablissement public de sécurité ferroviaire et le service technique des remontées mécaniques et des transports guidés, la réglementation relative à la sécurité et l'interopérabilité des transports ferroviaires, des remontées mécaniques et des transports guidés et veille à son application dans le respect des compétences de ces organismes.

 Elle élabore et suit les accords internationaux bilatéraux en matière de sécurité, d'interopérabilité et de sûreté ferroviaires ; notamment les accords relatifs au tunnel sous la Manche consécutifs à la sortie de l'Union européenne du Royaume-Uni.

 Elle assiste, à travers les missions du secrétariat général au tunnel sous la Manche qu'elle assure, la délégation française à la commission intergouvernementale créée par le traité de Cantorbéry entre la République française et le Royaume-Uni concernant la liaison fixe trans-Manche.

 Elle exerce la tutelle de l'Etablissement public de sécurité ferroviaire.

 Elle assure le pilotage du service technique des remontées mécaniques et des transports guidés.

 Elle définit les orientations relatives à la sûreté des transports ferroviaires, guidés et collectifs.

 Elle élabore et met en œuvre, avec le ministère de l'intérieur, la réglementation relative à la sûreté des transports ferroviaires, guidés et collectifs.

 Elle assure l'observation de la délinquance dans les transports.