Chaque thon doit être bagué immédiatement après sa capture. Seuls les poissons marqués d'une bague peuvent être conservés à bord et débarqués.
 Pour la campagne de pêche 2012, les bagues de marquage sont délivrées par la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture aux fédérations de pêcheurs sportifs et de loisir selon la répartition suivante :
 42 % des bagues pouvant être retirées auprès de la Fédération française des pêcheurs en mer ;
 42 % des bagues pouvant être retirées auprès de la Fédération nationale des pêcheurs plaisanciers et sportifs de France ;
 16 % des bagues destinées aux navires professionnels charters de pêche et pouvant être retirées auprès de la Fédération française des pêcheurs en mer.
 Chaque fédération notifie à la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture, avant le 10 juillet 2012, la liste des navires autorisés à capturer et débarquer du thon rouge, les bénéficiaires des bagues attribuées ainsi que leurs numéros et le calendrier des concours sportifs organisés. Toute modification de la liste initiale est transmise sans délai à la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture par les fédérations précitées.
 FranceAgriMer assure un suivi des déclarations de débarquement et transmet ces données ainsi que le nombre et les numéros de bagues réceptionnées à la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture, qui les transmet aux directions interrégionales de la mer et aux directions départementales des territoires et de la mer concernées, au Centre national de surveillance des pêches à Etel et aux deux fédérations précitées.
 La Fédération française des pêcheurs en mer et la Fédération nationale des pêcheurs plaisanciers et sportifs de France transmettent à la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture les données en leur possession au cours de la campagne.
 FranceAgriMer, la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture et les deux fédérations précitées assurent le suivi du nombre de captures réalisées ainsi que de la consommation du quota national au cours de la campagne de pêche.
 Ce suivi, au maximum hebdomadaire, pourra être resserré en tant que de besoin pour prévenir le dépassement du quota.