La direction des transports ferroviaires et fluviaux et des ports comprend :

-la sous-direction des infrastructures ferroviaires ;

-la sous-direction des services ferroviaires ;

-la sous-direction des systèmes ferroviaires et guidés ;

-la sous-direction des ports.

 La direction des transports ferroviaires et fluviaux et des ports s'appuie, en tant que de besoin, sur les compétences de l'Etablissement public de sécurité ferroviaire, du service technique des remontées mécaniques et des transports guidés et du Centre d'études des tunnels.