La direction des infrastructures de transport comprend : 
― le service de gestion du réseau routier national ; 
― la sous-direction du développement et de la gestion des réseaux ferroviaires et fluviaux et des investissements portuaires ; 
― la sous-direction du développement du réseau routier national ;
-le département d'expertise des partenariats public-privé et de conduite des projets délégués ; 
― la mission d'audit du réseau routier national ; 
― le secrétariat de la planification multimodale. 
La direction des infrastructures de transport s'appuie, en tant que de besoin, sur les compétences du service d'études sur les transports, les routes et leurs aménagements, du centre d'études des tunnels, du centre d'études techniques maritimes et fluviales et du centre d'études sur les réseaux, le transport, l'urbanisme et la construction.