Le président et les membres du conseil d'administration de l'agence sont nommés pour une durée de trois ans renouvelable.
Le président est nommé par décret sur le rapport des ministres chargés des mines et de la sécurité sociale.
Le conseil d'administration comprend, outre le président :
1° Quatre représentants de l'Etat : 
- le directeur des ressources énergétiques et minérales ou son représentant ; 
- le directeur du budget ou son représentant ; 
- le directeur de la sécurité sociale ou son représentant ; 
- le directeur général de l'urbanisme, de l'habitat et de la construction ou son représentant. 
2° Cinq représentants des anciens mineurs et ardoisiers désignés par leurs organisations syndicales représentatives. Pour chaque siège de cette catégorie de membres, un suppléant est désigné en même temps que le titulaire.
3° Cinq personnes désignées en raison de leur compétence en matière économique ou sociale :
- un représentant des communes minières, désigné par arrêté du ministre chargé des mines ;
- le président du conseil d'administration de la Caisse autonome nationale de la sécurité sociale dans les mines ou son représentant ;
- le président de Charbonnages de France ou son représentant ;
- le président de la société Mines de potasse d'Alsace ou son représentant ;
- le président de la chambre syndicale des industries minières ou son représentant.
Après la cessation définitive d'activité de Charbonnages de France et de la société Mines de potasse d'Alsace, les représentants de ces entreprises sont remplacés par deux personnes désignées en raison de leur compétence par le ministre chargé des mines.
Un membre du conseil peut se faire représenter par un autre membre du conseil. Toutefois, aucun membre du conseil ne peut être titulaire de plus d'un mandat.
Les fonctions de membre du conseil d'administration sont exercées à titre gratuit. Elles ouvrent droit aux indemnités pour frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues pour les fonctionnaires et agents de l'Etat. Toutefois, le président du conseil d'administration peut recevoir une indemnité de fonction dont le montant est fixé par arrêté du ministre chargé des mines, du budget et de la sécurité sociale.