Le secrétariat du Conseil supérieur de santé des armées est assuré par l'inspection du service de santé des armées. Sous l'autorité du président, il établit l'ordre du jour et organise les sessions du conseil.
 Le Conseil supérieur de santé des armées se réunit sur l'initiative de son président.
 Avec l'accord du président, le conseil peut demander tout avis spécialisé ou technique nécessaire à la bonne appréciation d'un dossier.
 Il examine sur pièces les cas qui lui sont soumis. Le militaire peut, à sa demande, être entendu par le conseil.
 Les avis du Conseil supérieur de santé des armées sont votés à la majorité des voix délibératives. En cas d'égalité, la voix du président est prépondérante.
 Chaque avis émis fait l'objet d'un procès-verbal signé par chaque membre ayant voix délibérative.
 Le procès-verbal du Conseil supérieur de santé des armées, comportant l'avis d'aptitude médicale, est transmis :
 ― à l'autorité en charge des ressources humaines, pour décision administrative ;
 ― au président du conseil régional de santé concerné ;
 ― au médecin commandant le centre médical du service de santé des armées (ou au chef du service de santé de force maritime si le militaire est affecté sur un bâtiment de la marine nationale) pour information de l'autorité d'emploi et de l'intéressé, et insertion dans son dossier médical.
 Les avis du Conseil supérieur de santé des armées ne peuvent faire l'objet d'une demande de surexpertise médicale et ne peuvent être modifiés que par le Conseil supérieur de santé des armées.
 La décision administrative est notifiée à l'intéressé par sa hiérarchie et communiquée au centre médical du service de santé des armées.