Le secrétariat du conseil est assuré par un officier de la direction régionale du service de santé des armées.
 Le conseil se réunit sur convocation de son président.
 Avec l'accord du président, le conseil peut demander tout avis spécialisé nécessaire à la bonne appréciation d'un dossier.
 Il examine sur pièces les cas qui lui sont soumis. Le militaire peut, à sa demande, être entendu par le conseil régional de santé.
 Les avis du conseil régional de santé sont votés à la majorité des voix délibératives. En cas d'égalité, la voix du président est prépondérante.
 Chaque avis émis fait l'objet d'un procès-verbal signé par chaque membre ayant voix délibérative. Ce procès-verbal précise la possibilité de recours devant le Conseil supérieur de santé des armées dans un délai maximum de deux mois après notification de l'avis au demandeur. Il est établi en trois exemplaires destinés :
 ― à l'autorité en charge des ressources humaines, selon des modalités propres à chaque armée, direction, service ou à la gendarmerie nationale ;
 ― au centre médical du service de santé des armées pour information de l'autorité d'emploi et de l'intéressé, et insertion dans son dossier médical.
 La décision administrative est notifiée à l'intéressé par sa hiérarchie. Une copie de la décision est communiquée au centre médical du service de santé des armées.