I. - Par dérogation à l'article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, les laboratoires de biologie médicale mentionnés à l'article L. 6212-1 du code de la santé publique qui, au vu d'un résultat positif à un examen de détection du SARS-CoV-2 par amplification génique, réalisent sur le même prélèvement un criblage de variant par une technique de RT-PCR spécifique répondant aux exigences techniques figurant sur le site internet du ministère chargé de la santé, peuvent facturer un acte de détection du SARS-Cov-2 coté 5271 à la nomenclature des actes de biologie médicale.

A l'issue d'un test antigénique positif, les laboratoires de biologie médicale peuvent facturer, dans les conditions prévues à l'alinéa précédent, un acte de criblage de variant par une technique de RT-PCR spécifique sur un nouveau prélèvement réalisé à cet effet. Si le laboratoire de biologie médicale réalise un nouveau prélèvement, il peut facturer en sus un acte de prélèvement côté 9058 à la nomenclature des actes de biologie médicale.

Les conditions de réalisation de cette recherche sont celles mentionnées à l'acte 5271 à l'exception de celles relatives au dispositif médical de diagnostic in vitro. Les dispositifs médicaux de diagnostic in vitro utilisables à cet effet font l'objet d'une autorisation spécifique par l'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé et la liste de ces dispositifs est publiée sur le site internet du ministère chargé de la santé.

Le laboratoire ne peut obtenir le paiement des sommes dues par l'assurance maladie que sous réserve que le résultat du criblage ait été saisi dans le système d'information national de dépistage, dénommé SI-DEP . Le criblage du variant ne peut donner lieu à la présentation au remboursement d'un autre acte 9006 que celui correspondant à l'examen de détection initial.
Un acte de criblage donnant un résultat positif sur une ou plusieurs des mutations recherchées selon la stratégie définie par les autorités sanitaires au vu de la situation épidémiologique fait l'objet, sauf instruction contraire des autorités sanitaires locales, en particulier si l'une de ces mutations est majoritaire sur un territoire donné :

-soit d'un acte de séquençage ;

-soit d'un envoi au Centre national de référence dans le respect des conditions d'exécution et de rémunération fixées au II du présent article.

II. - Par dérogation à l'article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, les laboratoires de biologie médicale mentionnés à l'article L. 6212-1 du code de la santé publique, qui réalisent, à la demande de l'Agence nationale de santé publique, d'une agence régionale de santé ou du représentant de l'Etat dans le département, des séquençages interventionnels ou ciblés pour identifier les variants circulant sur le territoire national en procédant par un acte de séquençage du génome complet par technologie NGS (Séquençage de nouvelle génération) sur les seuls prélèvements positifs, peuvent bénéficier d'une rémunération égale à B500 par séquençage facturé à l'assurance maladie avec le code acte 9007. Le Centre national de référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) et les plateformes des laboratoires membres du réseau de l'action coordonnées n° 43 de l'agence ANRS-maladies infectieuses émergentes de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale désignés pour le séquençage du SARS-CoV-2 qui réalisent des séquençages bénéficient d'une rémunération dans les mêmes conditions.

 Ces laboratoires doivent répondre au cahier des charges défini par l'Agence nationale de santé publique, le Centre national de référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) et l'Institut français de bioinformatique, mis en ligne sur le site de l'Agence nationale de santé publique. Les laboratoires de biologie médicale réalisant la phase analytique de l'acte de séquençage complet doivent être préalablement accrédités ou en cours de procédure d'accréditation pour le séquençage à haut débit par technologie NGS. Une convention précisant les modalités et la traçabilité des actions engagées et de rendu des résultats est conclue entre l'agence régionale de santé ou l'Agence nationale de santé publique et le laboratoire, dès lors que ce dernier ne relève pas du Centre national de référence des Virus respiratoires (dont la grippe) ou d'une plateforme des laboratoires membres du réseau de l'action coordonnées n° 43 de l'agence ANRS-maladies infectieuses émergentes de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale désignés pour le séquençage du SARS-CoV-2.

 Un séquençage des prélèvements positifs réalisés dans les quatorze jours suivant le retour d'une personne d'un pays tiers à l'Union Européenne est réalisé dans les conditions fixées par le présent article.

 Le versement de la rémunération mentionnée au premier alinéa est subordonné à l'envoi des résultats issus des séquençages mentionnés au précédent alinéa au laboratoire prescripteur, qui saisit sans délai le résultat du séquençage dans SI-DEP, et au dépôt par le laboratoire qui réalise le séquençage des fichiers représentant les séquences nucléotidiques virales et des métadonnées associées dans la base de données désignée par l'Agence nationale de santé publique et le Centre national de référence Virus des infections respiratoires (dont la grippe), selon le cahier des charges mentionné au deuxième alinéa.

 En cas de non-respect du cahier des charges ou, dans le cas de la surveillance épidémiologique, du nombre hebdomadaire de séquençages demandé et facturé, la convention mentionnée au deuxième alinéa du présent II peut être dénoncée.

 Par dérogation à l'article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, les laboratoires de biologie médicale mentionnées à l'article L. 6212-1 du code de la santé publique, qui envoient par transporteur ou voie postale, conformément aux dispositions du 2° de l'article L. 1413-8 du même code, à la demande d'une agence régionale de santé ou de l'Agence nationale de santé publique, un prélèvement positif à une plateforme de séquençage d'un laboratoire de biologie médicale, d'un laboratoire désigné au titre de l'article L. 1413-8 de ce code ou du Centre national de référence des Virus des infections respiratoires (dont la grippe), peuvent bénéficier d'une rémunération égale à B18 avec le code acte 9008, dès lors qu'ils respectent le cahier des charges encadrant l'envoi d'échantillons accompagnés des données médico-administratives.