Le médiateur régional ou interrégional est saisi par voie électronique. Il peut être saisi soit par l'une des parties concernées, soit par le directeur de l'établissement d'affectation lorsque le différend concerne un personnel non médical, soit par le président de la commission médicale d'établissement conjointement avec le directeur de l'établissement d'affectation pour les seuls personnels médicaux, ainsi que le doyen de l'unité de formation et de recherche concerné pour les personnels hospitalo-universitaires et les étudiants de son ressort, soit par le directeur général de l'agence régionale de santé où se situe l'établissement public de santé ou médico-social concerné par le différend, soit par le directeur général du Centre national de gestion s'agissant des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière, soit par le préfet de département où se situe l'établissement social concerné par le différend.
Le médiateur régional ou interrégional accuse réception de cette saisine dans un délai de huit jours. Il en informe le directeur de l'établissement d'affectation, ainsi que le président de la commission médicale d'établissement lorsque le différend concerne au moins un personnel médical, et le doyen de l'unité de formation et de recherche concernée lorsqu'il concerne au moins un personnel hospitalo-universitaire ou un étudiant de son ressort. Il instruit la demande et organise son examen par l'instance régionale ou interrégionale de médiation avant de décider d'engager la médiation. Deux membres de l'instance, désignés par le médiateur, sont chargés de rencontrer les parties concernées et de réunir toutes informations utiles à la médiation notamment les conclusions de la conciliation locale. Si le différend remplit les critères prévus à l'article 2 du présent décret, le médiateur recueille l'accord écrit des parties concernées pour engager la médiation et accéder aux dossiers individuels des intéressés.
Préalablement à l'accord mentionné au précédent alinéa, un ou les deux membres de l'instance ayant été désignés peuvent être récusés par une partie au différend. Le médiateur régional ou interrégional désigne alors un ou deux autres membres de l'instance. Cette faculté est ouverte une fois.
Lorsqu'aucune solution n'a pu être trouvée dans un délai de trois mois à compter du recueil de l'accord écrit des parties concernées, le médiateur régional ou interrégional peut saisir le médiateur national. Le cas échéant, le médiateur régional ou interrégional en informe les parties.