La formation initiale spécialisée est dispensée sous forme de cours, de travaux dirigés, d'études de cas, dans le cadre d'une pédagogie participative. Elle est complétée par des stages pratiques et des visites d'établissements.
 Le programme de la formation administrative, technique et logistique est arrêté annuellement par le directeur de l'Ecole du Val-de-Grâce. Le programme général figure en annexe I au présent arrêté.
 Le programme de formation opérationnelle santé est arrêté annuellement par le directeur de l'Ecole du Val-de-Grâce. Le programme général figure en annexe I au présent arrêté.
 Le programme de formation universitaire est donné en annexe I. La formation dispensée a comme objectif l'acquisition par les officiers élèves du master 2 « analyse et management des établissements de santé », option « organisation et pilotage des pôles et unités de soins ». Il est adapté après concertation entre l'université Paris-VII - Denis-Diderot, l'Ecole des hautes études en santé publique de Rennes et le ministre de la défense. Une convention fixe les conditions et les modalités de cette prestation en matière de formation.