Lors de la deuxième phase, en prenant en compte les zones présentant des similitudes d'ouvrage, l'opérateur de repérage identifie et localise parmi les matériaux et produits de la liste B de l'annexe 13-9 du code de la santé publique ceux qui contiennent de l'amiante. 
A cette fin, il conclut quant à la présence d'amiante dans ces matériaux et produits, pour chacun des matériaux et produits repérés à l'issue de la première phase, en fonction des informations et des moyens dont il dispose et de sa connaissance des matériaux et produits utilisés. 
En cas de doute, il détermine les matériaux et produits dont il convient de prélever et d'analyser un ou des échantillons pour pouvoir conclure quant à la présence d'amiante. 
Conformément aux dispositions de l'article R. 1334-24 du code de la santé publique, les analyses des échantillons de ces matériaux et produits sont réalisées par un organisme accrédité. L'opérateur de repérage veille à la traçabilité des échantillons prélevés. Il transmet au laboratoire d'analyse une fiche d'accompagnement comportant au moins les informations énumérées en annexe II. A réception des résultats d'analyse, l'opérateur de repérage veille à la cohérence des résultats. 
L'opérateur conclut définitivement à l'absence ou à la présence d'amiante pour chaque matériau ou produit repéré. Dans sa conclusion, l'opérateur de repérage précise le critère (matériau ou produit qui par nature ne contient pas d'amiante, marquage du matériau, document consulté, résultat d'analyse de matériau ou produit) qui lui a permis de conclure quant à la présence ou l'absence d'amiante. Pour chacun des matériaux et produits repérés, en fonction de sa connaissance des matériaux et produits utilisés, il atteste, le cas échéant, de la présence d'amiante. Dans ce cas, il précise dans sa conclusion que le critère qui lui a permis de conclure est son jugement personnel.