Le secrétariat général est chargé : 
 1° Du pilotage de la performance, du contrôle de gestion et du contrôle interne du service ; 
 2° De l'application des règles relatives à l'hygiène, à la sécurité et aux conditions de travail, à la gestion des habilitations au secret de la défense nationale ; 
 3° Des travaux de programmation et de suivi de l'exécution budgétaire des crédits sur le périmètre du budget susceptible d'être confié au service ; 
 4° De la gestion des ressources humaines de proximité et de participer aux travaux de gestion prévisionnelle des effectifs, des emplois et des compétences ; 
 5° De la préparation, de la passation et du suivi des marchés hors achats de fonctionnement courant, ainsi que de la gestion logistique des biens du service.