La mission du pilotage des tutelles est chargée du pilotage de la tutelle des établissements publics.
 Elle apporte aux directions de tutelle un appui méthodologique, notamment pour l'élaboration des contrats d'objectifs des établissements publics, un soutien et une expertise mutualisée, notamment dans les domaines juridique, financier et statutaire. Elle veille à la cohérence des actions des établissements publics avec celles des services déconcentrés dans le cadre des orientations générales définies par le ministère. Elle tient à jour les données de référence sur les établissements publics.