Outre son président, le conseil d'administration de l'établissement comprend quatorze membres : 
1° Trois représentants de l'Etat : 
a) Le    directeur général des patrimoines ou son représentant ; 
b) le secrétaire général du ministère chargé de la culture ou son représentant ; 
c) Le directeur du budget ou son représentant ; 
2° L'administrateur général de la Réunion des musées nationaux ou son représentant ; 
3° Cinq personnalités choisies en raison de leur compétence ou de leurs fonctions, dont une en raison de sa connaissance des publics des musées nationaux, désignées par arrêté du ministre chargé de la culture ; 
4° Trois membres des corps des conservateurs généraux ou des conservateurs du patrimoine élus pour trois ans dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la culture ; 
5° Deux représentants du personnel de l'établissement élus pour trois ans dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la culture. 
Pour chacun des membres du conseil d'administration mentionnés aux 4° et 5° un suppléant est élu dans les mêmes conditions que le titulaire.