Outre le président de l'institut, le conseil d'administration comprend :
a) Six membres nommément désignés pour quatre ans, représentant respectivement : les ministres chargés de la recherche, de la coopération, des affaires étrangères, du budget, de l'enseignement supérieur, de l'outre-mer. Pour chaque titulaire, un suppléant est nommément désigné dans les mêmes conditions ; il siège en cas d'absence ou d'empêchement de ce titulaire ;
b) Huit personnalités qualifiées extérieures à l'institut, nommées pour quatre ans par arrêté conjoint des ministres exerçant la tutelle de l'institut, dont quatre représentant les organismes publics de recherche. 
c) Six représentants élus par les personnels de l'institut pour une durée de quatre ans, suivant des modalités fixées par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la coopération et du développement, trois d'entre eux devant être choisis parmi les chercheurs et les trois autres parmi les ingénieurs, techniciens et administratifs de l'institut.
L'une des personnalités mentionnées au b est nommée sur proposition du ministre chargé de l'outre-mer
Le ou les directeurs généraux délégués, le président du conseil scientifique, l'autorité chargée du contrôle économique et financier et l'agent comptable assistent aux séances du conseil avec voix consultative. Le président de l'institut peut également appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.
Les administrateurs, autres que les représentants de l'Etat, décédés, démissionnaires ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils ont été nommés ou élus doivent être remplacés. Dans ce cas le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de leurs prédécesseurs.
Le mandat des membres élus débute à la date de signature de l'arrêté de nomination des membres nommés au titre du b.
Les fonctions de membre du conseil d'administration sont gratuites.