Le conseil d'administration délibère sur la gestion des biens de Voies navigables de France ainsi que sur l'organisation, la structure et le fonctionnement de ses services, et notamment sur les matières suivantes : 
Les prévisions de recettes et de dépenses et les modifications à y apporter ; 
Le compte financier visé à l'article 53 ci-après ; 
Les comptes consolidés ;
 Les projets de contrats d'objectifs et de performance avec l'Etat ;
 Le rapport annuel d'activité ;
 L'octroi d'hypothèques, de cautions ou garanties ; 
L'affectation des résultats ; 
Les règles générales d'emploi des disponibilités et des réserves ; 
Les programmes d'investissements ; 
Les emprunts ; 
Les modes de gestion des exploitations assurées par Voies navigables de France, la prise en charge d'une nouvelle exploitation ou la renonciation à une exploitation existante ; 
Les acquisitions, aliénations, échanges, constructions et grosses réparations d'immeubles ; 
Les actions judiciaires, transactions et désistements ; 
Les dons et legs ; 
Les effectifs, les conditions d'emploi et de rémunérations, le régime de retraite du personnel ; 
La prise, l'extension ou la cession de participations financières et, d'une manière générale, les conditions dans lesquelles Voies navigables de France accorde son concours ou accepte des concours extérieurs ; 
La création de filiales ;
 Les prestations réalisées pour le compte des collectivités locales ;
 Les horaires et les jours d'ouverture des ouvrages de navigation qui lui sont confiés, ainsi que les périodes de chômage, sauf exception prévue à l'article 16 (1) ; 
Le conseil d'administration donne, en outre, son avis sur toutes les questions qui lui sont soumises par le ministre des transports. 
Le conseil d'administration administre le domaine confié à l'établissement public. 
Il délibère, en outre, sur :
-tout contrat, tout acte de concession, toute convention et tout marché,
-les concours financiers apportés par l'établissement. 
Il fixe le montant des péages, droits fixes et redevances d'usage du domaine confié à l'établissement, ainsi que des redevances perçues en contrepartie de l'usage des services d'information fluviale. 
Il crée les commissions territoriales des voies navigables.
Il établit son règlement intérieur et peut créer des comités en son sein, dont un comité d'audit et un comité de programmation des investissements.