La sous-direction de l'aquaculture et de l'économie des pêches est chargée de la définition de la politique de l'aquaculture et de la politique relative à l'économie des pêches maritimes, au plan national et dans le cadre des relations avec l'Union européenne et les organismes internationaux concernés, et veille à sa mise en œuvre.

 Elle élabore, en liaison avec les différents organismes nationaux et internationaux concernés, la politique d'accompagnement financier des secteurs et d'aide aux entreprises de pêche maritime et continentale, d'aquaculture et de transformation des produits de la pêche et de l'aquaculture à l'exception des soutiens nationaux relatifs à la formation maritime et à l'emploi des gens de mer. Elle traite des questions internationales en la matière en lien avec les autres administrations compétentes.

 Elle définit le système de gestion et de contrôle des crédits des fonds européens dédiés à la pêche maritime et continentale et à l'aquaculture, et s'assure de leur mise en œuvre.

 Elle élabore, en liaison avec les différents organismes nationaux et internationaux concernés, la politique d'orientation, d'organisation et de valorisation de la production, de la première commercialisation et de la transformation des produits de la pêche et de l'aquaculture, et veille à sa mise en œuvre. Elle traite des questions de commerce international en la matière en lien avec les autres administrations compétentes.

 Elle définit la réglementation fixant le régime des autorisations d'exploitation de cultures marines, la réglementation de la pêche à pied professionnelle et des récoltants d'algues de rives.

 Elle détermine la politique d'accompagnement du développement durable des zones dépendantes de la pêche et de l'aquaculture.

 Elle participe à la définition de la politique générale d'utilisation du littoral et des milieux aquatiques continentaux et des zones humides, en liaison avec les autres administrations concernées.

 Elle est chargée du contrôle et du suivi des organisations professionnelles de l'aquaculture et interprofessionnelles de la pêche et de l'aquaculture.

 Elle élabore en lien avec les autres administrations concernées, des outils de prévention et de gestion des risques économiques dans les secteurs de la pêche et de l'aquaculture.

 Elle contribue à l'élaboration des outils et aux dossiers à enjeux relatifs à conciliation des usages en mer et sur le littoral.

 Elle gère les crédits européens dans ses domaines de compétence.

 Elle exerce pour les activités relevant de son domaine de compétence, la tutelle sur l'Établissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer).