Le conseil d'administration de Voies navigables de France comprend vingt et un membres : 
1° Huit représentants de l'Etat nommés respectivement par arrêté du ministre chargé de l'économie, du ministre chargé du budget, du ministre chargé de l'agriculture, du ministre chargé du tourisme, du ministre chargé des transports, du ministre chargé de l'environnement, du ministre chargé de l'énergie et du ministre chargé des collectivités territoriales ; 
2° Huit personnalités nommées par arrêté du ministre chargé des transports dont deux choisies parmi les présidents des commissions territoriales des voies navigables mentionnées aux articles 13 et 19 du présent décret, une proposée par la Chambre nationale de la batellerie artisanale, une par le Comité des armateurs fluviaux, une par l'Association des utilisateurs de transport de fret, une par le ministre chargé de l'énergie pour représenter les entreprises de production d'électricité utilisant l'énergie hydraulique du domaine confié à l'établissement, une par le ministre chargé de l'environnement pour représenter les associations de protection de la nature et de l'environnement et une, détenteur d'un mandat électoral local, choisie en raison de ses compétences en matière de transports ou d'aménagement du territoire ;
3° Cinq représentants des salariés de l'établissement élus dans les conditions fixées au chapitre II du titre II de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public.
Le directeur général, le commissaire du Gouvernement, le membre du corps du contrôle général économique et financier, l'agent comptable et le secrétaire du comité d'entreprise assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.
Le mandat d'administrateur est gratuit, sans préjudice du remboursement par l'établissement public des frais exposés pour l'exercice dudit mandat.