La sous-direction de la coordination, de l'appui, de la stratégie et du pilotage des politiques de protection et de restauration des écosystèmes contribue à la définition de la stratégie des politiques de l'eau, de la biodiversité et des milieux marins et en assure la synthèse.

 Elle assure le pilotage de projets transversaux prioritaires des politiques publiques de l'eau et de la biodiversité.

 Elle est chargée, en lien avec la mission performance, pour ce qui concerne les budgets des politiques des paysages, de l'eau et de la biodiversité, de préparer les volets budgétaire et fiscal des projets de loi de finances et de règlement, de programmer les budgets, d'en suivre l'exécution, et de contribuer au dialogue de gestion avec les services.

 Elle assure la tutelle de l'Office français de la biodiversité pour le compte du ministre chargé de la transition écologique, ainsi que des agences de l'eau et de l'établissement public du Marais poitevin. Elle est chargée de la synthèse des questions communes aux établissements publics placés sous la tutelle de la direction de l'eau et de la biodiversité. Elle appuie les services de la direction de l'eau et de la biodiversité dans l'exercice de tutelle des établissements placés sous leur responsabilité. Elle prépare les textes relatifs aux comités de bassin et aux offices de l'eau dans les départements d'outre-mer et suit leur activité.

 Elle prépare, en lien avec les services concernés, les textes législatifs et réglementaires relatifs à la politique de l'eau et assure le secrétariat de la mission interministérielle de l'eau. Elle appuie les services de la direction de l'eau et de la biodiversité dans la préparation des textes législatifs et réglementaires relatifs à la biodiversité et aux milieux marins. Elle facilite l'interprétation et la diffusion de ces textes.

 Elle coordonne la position de la direction de l'eau et de la biodiversité sur les projets de loi et les contentieux nationaux et européens.

 Elle définit et met en œuvre la politique nationale en matière de police de l'eau et de la nature et coordonne l'activité des services de la direction de l'eau et de la biodiversité dans ce domaine.

 Elle assure l'animation des réseaux métiers des services déconcentrés de l'Etat pour ce qui concerne les politiques de l'eau, de la biodiversité et des milieux marins.