Pour pouvoir prétendre au « certiphyto 2009-2010 », les demandeurs déposent leur dossier dans l'un des centres de formation dont la liste est arrêtée par le ministre chargé de l'agriculture.
 Les centres de formation sont chargés de l'inscription des demandeurs au « certiphyto 2009-2010 » et de l'instruction des dossiers. Ils organisent la formation et l'évaluation.
 Ils transmettent les dossiers des demandeurs inscrits au « certiphyto 2009-2010 » avec leur avis et, le cas échéant, les résultats des évaluations et les attestations de suivi de formation au directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt, qui arrête la liste des admis.
 Le « certiphyto 2009-2010 » est délivré par l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer) au vu des listes arrêtées par les directeurs régionaux de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt.
 Par dérogation aux dispositions précédentes, les candidats en cours de formation pour l'obtention de l'un des diplômes visés au 1° de l'article 2 lors de la session de 2010 se voient délivrer, à leur demande auprès de l'autorité académique et dès lors qu'ils sont admis à l'examen, le « certiphyto 2009-2010 » par FranceAgriMer.