La direction de la recherche et de l'innovation comprend :
― le service de la recherche ;
― la sous-direction de l'innovation ;
― la sous-direction de l'animation scientifique et technique ;
Le directeur de la recherche et de l'innovation est le secrétaire permanent du Conseil national de l'information géographique.
Le chargé de mission pour la coordination du programme Galileo et le responsable ministériel aux normes sont placés auprès du directeur de la recherche et de l'innovation.