Dans les conditions prévues à l'article L. 812-1 du code rural, l'établissement a pour mission principale de dispenser des formations supérieures dans les domaines de l'alimentation, de la santé publique et animale, de l'agronomie, de l'environnement et du développement territorial conduisant aux diplômes de docteur vétérinaire et d'ingénieur. 
Il assure la formation des inspecteurs de la santé publique vétérinaire. Il contribue à la formation à l'action publique dans les domaines de l'alimentation et de la santé publique vétérinaire de fonctionnaires de corps techniques ainsi que d'étudiants non fonctionnaires. 
Il accomplit dans ces domaines des missions de formation initiale et continue, de recherche, de diffusion des connaissances, de coopération scientifique et technique, de transferts de technologie et d'aide à la création d'entreprise. Ces missions s'exercent aux niveaux national et international. 
Il délivre les diplômes nationaux d'enseignement complémentaire vétérinaire prévus par l'article R. 812-55 du code rural ainsi que les titres et diplômes nationaux pour lesquels il a été habilité par le ministre chargé de l'enseignement supérieur seul ou conjointement avec d'autres établissements d'enseignement supérieur. Il peut également délivrer des diplômes qui lui sont propres.