Pour l'accomplissement de ses missions, cet établissement est constitué de deux unités se répartissant comme suit : 
- une unité éducative d'hébergement collectif, sise 13, rue de la Butte, 25000 Besançon, d'une capacité d'accueil théorique de 12 places, pour des mineurs de 13 à 18 ans ; 
- une unité éducative d'activité de jour, sise 7, rue Thomas-Edison, 25000 Besançon, d'une capacité d'accueil théorique de 24 places, pour des mineurs de 13 à 21 ans.