Le centre se conforme, en matière de gestion financière et comptable, aux règles en usage dans les sociétés industrielles et commerciales. Il tient sa comptabilité générale conformément aux règlements de l'Autorité des normes comptables. Il tient une comptabilité analytique. 
A la fin de chaque année, le président du conseil d'administration établit et présente à l'approbation du conseil d'administration le bilan, le compte de résultats de l'établissement et l'annexe. 
Le centre est soumis au contrôle d'un commissaire aux comptes. Le ministre chargé de l'économie, sur proposition du conseil d'administration de l'établissement, désigne un titulaire et un suppléant.