Le coordonnateur national anime le travail mené par les ministères et leur apporte un appui. Il entretient des échanges réguliers avec les correspondants qu'ils ont désignés, ainsi qu'avec les préfets de région et les recteurs de région académique pour ce qui les concerne.
Il instruit et évalue les réflexions stratégiques relatives à l'évolution des réseaux concernés par le champ de la réforme, ainsi que les projets de réorganisation préparés par les préfets et par les recteurs de région académique pour ce qui les concerne.