Le directeur zonal de la police aux frontières est nommé par arrêté du ministre chargé de l'intérieur parmi les contrôleurs généraux de la police nationale ou les fonctionnaires du corps de conception et de direction de la police nationale. Sous réserve des dispositions du code de procédure pénale relatives à l'exercice de la mission de police judiciaire, le directeur zonal exerce, sous l'autorité des préfets de département et sous celle du préfet de zone pour les attributions relevant de la compétence de celui-ci, une mission de conception, de coordination, d'orientation et de contrôle à l'égard des directions départementales, et des services qui leur sont rattachés, dans le ressort de sa compétence territoriale. Il dispose d'un pouvoir hiérarchique et fonctionnel sur les DDPAF implantées dans la zone de défense, dans le respect des prérogatives du préfet de département.
Il met en oeuvre les objectifs nationaux et zonaux en matière de lutte contre l'immigration irrégulière et contre l'emploi des clandestins. Il fixe les objectifs de son service et évalue le résultat de son action.
Il assure, auprès du responsable de budget opérationnel de programme - BOP - (R BOP) auquel il est rattaché, toutes les attributions de gestion inhérentes à un responsable d'unité opérationnelle (RUO) regroupant en son sein l'ensemble des services déconcentrés de la police aux frontières présents dans la zone de défense considérée.
Il est le conseiller technique chargé des questions d'immigration auprès du préfet de zone, selon les textes en vigueur.
Il assure, au plan zonal, la coordination opérationnelle et informationnelle en matière de lutte contre l'immigration irrégulière et de sécurisation ferroviaire. La cellule de coopération opérationnelle zonale (CCOZ), d'une part, le poste de commandement et le pôle d'analyse et de gestion opérationnel (PAGO) zonaux, d'autre part, sont, à cette fin, placés sous son autorité directe.