Le département de la planification et de la gestion de crise prépare, notamment par la planification, la formation et les exercices, les réponses susceptibles d'être apportées aux crises intervenant en particulier sur le champ de compétence du ministère. 
Le département organise, dans les champs visés ci-dessus, la réponse opérationnelle aux crises.  
 I. - Au titre de la planification :
 - il constitue le centre de ressource nécessaire à la production de la doctrine de défense et de sécurité dans tous les domaines d'activité du ministère ;
 - il oriente et coordonne les recherches, les études et le développement des technologies concourant à l'élaboration et à la mise en œuvre de la politique de défense, et de sécurité du ministère. Il anime, dans ce champ et en étroite liaison avec le Commissariat au développement durable, le réseau scientifique et technique du ministère ;
 - il participe à l'élaboration des politiques de sûreté, des plans gouvernementaux et des réglementations relatives à la lutte contre le terrorisme. Il coordonne, à ce titre, le déploiement de la politique de protection des secteurs d'importance vitale relevant du ministère ;
 - il participe à l'élaboration de la réglementation et aux travaux de planification interministériels concernant la gestion des catastrophes naturelles, technologiques et sanitaires ;
 - il développe le professionnalisme des services centraux et déconcentrés, en matière de préparation à la crise et de traitement des situations d'urgence, en veillant à la formation des personnels concernés, en les dotant d'outils opérationnels, en organisant les capacités d'expertise technique ainsi qu'en élaborant et mettant en œuvre le programme d'entraînement et d'exercices ministériels ;
 - il conduit le développement et veille à l'optimisation de l'application permettant de connaître la ressource des entreprises de transport, de bâtiment et de travaux publics mobilisables en situation d'urgence. Il suit les conditions juridiques et opérationnelles de leur mobilisation.
 II. - Au titre de la réponse opérationnelle aux crises :
 - il recueille et traite en permanence les informations de sécurité et de défense dans tous les secteurs d'activité du ministère et alerte les autorités en cas de situations susceptibles de justifier des mesures d'urgence ;
 - il coordonne le dispositif ministériel de permanence opérationnelle ;
 - il organise, dirige et anime, en cas de crise, le dispositif opérationnel de réponse, notamment par l'armement du centre technique de gestion de crise ;
 - il assure le contact avec les organisations communautaires et internationales en matière de plans civils d'urgence dans le domaine des transports.
 III. - Le département de la planification et de la gestion de crise comprend :
 - la mission de veille opérationnelle et d'alerte : centre de veille opérationnelle et d'alerte (CMVOA) ;
 - la mission de la préparation opérationnelle (en liaison avec l'adjoint "défense" pour les questions de mobilisation de la ressource)  ;
 - la mission de protection contre le terrorisme ;
 - la mission de la protection contre les risques civils et des études.