Le fonds exceptionnel d'investissement est administré par le ministre chargé de l'outre-mer qui détermine chaque année, dans le cadre d'un appel à projets auprès des collectivités mentionnées au second alinéa de l'article 31 de la loi n° 2009-594 du 27 mai 2009 pour le développement des outre-mer, la nature des opérations susceptibles de bénéficier, de manière prioritaire ou exclusive, d'une aide financière du fonds exceptionnel d'investissement au titre de l'année suivante.
 Avant le 1er février de chaque année, les représentants de l'Etat dans les collectivités mentionnées au second alinéa de l'article 31 de la loi du 27 mai 2009 précitée proposent au ministre chargé de l'outre-mer des listes d'opérations susceptibles de bénéficier d'une aide du fonds exceptionnel d'investissement, classées par ordre de priorité au regard des besoins de chacun des territoires concernés, et de l'impact attendu des projets en termes de développement économique et social, de préservation de l'environnement et de développement durable et de promotion des énergies renouvelables.
 Ces listes sont établies en concertation avec les collectivités concernées.
 Elles sont accompagnées de notes explicatives précisant, pour chacune des opérations présentées :
 ― l'objet de l'opération et son impact attendu ;
 ― son coût prévisionnel global ainsi que le montant de la subvention sollicitée ;
 ― son plan de financement prévisionnel précisant l'origine ainsi que le montant des moyens financiers sollicités et incluant, le cas échéant, les décisions accordant les aides déjà obtenues ;
 ― l'échéancier de réalisation de l'opération et des dépenses.
 Le ministre chargé de l'outre-mer arrête la liste des opérations sélectionnées pour bénéficier d'une subvention.