Un commandant d'ouvrage est désigné pour chaque ouvrage souterrain listé en annexe.
Le commandant d'ouvrage est désigné, parmi les chefs d'organisme des organismes implantés dans l'ouvrage, par arrêté du chef d'état-major des armées sur proposition des états-majors, directions et services. Il est obligatoirement chef d'un organisme militaire à vocation opérationnelle au sens du décret du 25 février 2015 susvisé.
Le commandant d'ouvrage désigne parmi le personnel militaire présent dans l'ouvrage, un suppléant pour exercer cette fonction lorsqu'il n'est pas présent dans l'ouvrage concerné.