Le compte financier de l'établissement comprend les comptes sociaux et les comptes consolidés. Ils sont préparés par l'agent comptable. 
 Ils sont, après adoption par le conseil d'administration, transmis avec leurs annexes au ministre chargé des transports et au ministre chargé du budget pour approbation ainsi qu'à la Cour des comptes. 
Il comporte les annexes prévues au décret n° 83-1020 du 29 novembre 1983 et toutes informations d'importance significative sur la situation patrimoniale et financière de l'établissement ainsi que sur le résultat de l'exercice et les méthodes comptables utilisées.