Un comité d'évaluation externe composé de personnalités scientifiques françaises et étrangères extérieures à l'institut peut évaluer les activités de celui-ci à la demande du conseil d'administration et selon des modalités définies par ce dernier. Dans ce cas, le conseil d'administration met l'instance mentionnée à l'article L. 114-3-1 du code de la recherche en mesure de s'assurer, dans les conditions prévues au 1° de cet article, de la qualité des évaluations conduites par le comité d'évaluation. 
Les membres de ce comité sont nommés par le président de l'institut, sur proposition du conseil d'administration, après avis du conseil scientifique.