Le Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux comprend les sections suivantes :
 La première section « mission d'inspection générale et d'audit » pilote l'ensemble des missions d'audit, d'inspection et de contrôle.
 La deuxième section « économie, filières et entreprises » est compétente en matière d'économie des entreprises et des filières agricoles, d'élevage, halieutiques, aquacoles et agroalimentaires ainsi que de politiques qui y concourent.
 La troisième section « alimentation et santé » est compétente pour les questions relatives à la politique de l'alimentation, à la sécurité sanitaire, à la qualité nutritionnelle et organoleptique des aliments, à la santé et au bien-être des animaux, à la prévention des zoonoses, à la protection des végétaux et à ses effets sur l'environnement.
 La quatrième section « forêts, eaux et territoires » est compétente pour les questions relatives à la forêt et au bois, à la nature, à la biodiversité, à l'eau, au milieu marin, et aux risques qui leur sont liés, ainsi qu' à l'aménagement et au développement des territoires ruraux.
 La cinquième section « recherche, formation et métiers » est compétente pour les questions relatives à la recherche et à l'enseignement supérieur, à l'innovation et au développement, à l'emploi et à la protection sociale agricoles, à la formation en lien avec l'évolution des métiers ainsi qu'à la transformation du système éducatif.
 La sixième section « gestion publique et réforme de l'Etat » est compétente en matière de gouvernance publique, d'organisation administrative, de modernisation, d'optimisation des ressources et performances, de simplification et de relations avec les usagers ainsi que de codification.
 La septième section « prospective, société, international » est compétente pour les questions relatives à la prospective, aux études et à l'évaluation, aux enjeux climatiques, aux enjeux des sciences et techniques pour la société ainsi que pour les questions internationales.