Après examen du dossier et enquête par la direction régionale de l'industrie et de la recherche, le préfet prononce l'agrément de l'organisme demandeur ou motive son refus. Il adresse une copie de sa décision au directeur de la qualité et de la sécurité industrielles. 
La décision d'agrément précise la marque d'identification attribuée à l'organisme. Cette marque est apposée à l'aide de pinces ou poinçons. 
Un seul agrément est prononcé et une seule marque est attribuée lorsqu'un centre de vérification périodique est aussi fabricant, importateur, installateur ou réparateur de chronotachygraphes. 
La perte d'une pince ou d'un poinçon doit être déclarée sans délai à la direction régionale de l'industrie et de la recherche et nécessite que soit prononcé un nouvel agrément qui annule et remplace le précédent. 
L'agrément peut être suspendu pour une période maximale de trois mois, l'intéressé ayant été mis à même de présenter ses observations, s'il apparaît que :
 - l'organisme ne répond plus aux conditions d'agrément fixées par les articles R. 3313-16 à R. 3313-18 du code des transports et par le présent arrêté ;
- l'organisme ne satisfait pas aux obligations qui lui incombent en application de l'article 5 du présent arrêté ;
- les chronotachygraphes ayant subi la vérification périodique ne répondent pas, du fait de l'organisme agréé, aux prescriptions réglementaires.