Le service de l'administration générale et de la stratégie comprend :
― la sous-direction des études et de la prospective ;
― la sous-direction du budget, du contrôle de gestion et des services ; 
― le département des affaires générales ;
― la mission des transports intelligents ;
― la mission de la tarification ;
― la mission des Alpes et des Pyrénées.
Le service de l'administration générale et de la stratégie s'appuie, en tant que de besoin, sur les compétences de l'Agence française pour l'information multimodale et la billettique.