La grande commission nautique est consultée, sur décision du ministre chargé des ports et de la signalisation maritime :
   Lors de l'instruction relative aux travaux de construction, d'extension et de modernisation des ports maritimes civils relevant de la compétence de l'Etat lorsque ces travaux comportent une modification des ouvrages extérieurs du port ou des chenaux d'accès, conformément aux articles R. 115-4 et R. 122-4 du code des ports maritimes ;
   Lors de l'instruction préalable à l'octroi des concessions d'outillage public ou d'autorisations d'outillages privés avec obligation de service public dans les ports maritimes civils relevant de la compétence de l'Etat lorsque les installations projetées modifient les conditions offertes à la navigation, conformément aux articles R. 115-11, R. 115-14, R. 122-10 et R. 122-13 du code des ports maritimes ;
   Lors de l'instruction relative aux travaux de création, d'extension et de modernisation des ports départementaux et communaux ou lors de l'instruction préalable à l'octroi dans ces ports, de concessions ou d'avenant dans les mêmes conditions que ci-dessus, conformément à l'article R. 611-2 du code des ports maritimes ;
   En matière de signalisation maritime : sur les grands équipements de signalisation et d'aide à la navigation ainsi que sur la signalisation des chantiers d'exploration du plateau continental et d'exploitation de ses ressources naturelles et de leurs zones de sécurité ; la consultation des navigateurs au sein de la grande commission constitue la consultation prévue par l'article 18 du décret du 6 mai 1971 relatif au plateau continental.