L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique à l'exception des 1° et 2° de l'article 175, des articles 178 à 185,204 à 208 et 220 à 228. Un arrêté du ministre chargé du budget, pris en tant que de besoin, précise les modalités de ce fonctionnement. 
L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé du budget après avis du président de l'établissement. Des agents comptables secondaires peuvent être nommés par le président du conseil d'administration avec l'agrément du ministre chargé du budget et après avis de l'agent comptable principal.