Le directoire est composé de trois membres nommés par le conseil de surveillance, qui confère à l'un d'eux la qualité de président. Les membres du directoire ne peuvent exercer en même temps des fonctions au sein des établissements ou sociétés adhérents du fonds de garantie, ni recevoir de rétribution de l'un d'eux. Son président ne peut exercer ses fonctions qu'après agrément du ministre chargé de l'économie.