L'Académie de France à Rome est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur. 
Le conseil d'administration comprend, outre son président, conseiller d'Etat, douze membres, soit : 
1° Six représentants de l'Etat, membres de droit : 
a) Le directeur général de la création artistique ou son représentant ; 
b) Le directeur général des patrimoines ou son représentant ; 
c) Le secrétaire général du ministère chargé de la culture ou son représentant ; 
d) Le directeur des relations européennes et internationales et de la coopération au ministère chargé de l'éducation nationale ou son représentant ; 
e) L'ambassadeur de France en Italie ou son représentant ; 
f) Le chef du service du contrôle général économique et financier ou son représentant ; 
2° Cinq personnalités qualifiées dans les domaines relevant de la compétence et des missions de l'établissement ; 
3° Un représentant du personnel ou son suppléant. 
Assistent avec voix consultative aux délibérations du conseil d'administration le directeur, le secrétaire général, l'agent comptable,      le contrôleur budgétaire de l'Académie de France à Rome ainsi que les délégués des pensionnaires mentionnés à l'article 3. 
Le président est nommé par décret pour une durée de trois ans. 
Les membres mentionnés au 2° sont nommés par arrêté du ministre chargé de la culture pour une durée de trois ans. 
Le représentant du personnel au conseil d'administration est élu dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la culture. La durée de son mandat est de trois ans. Son suppléant est désigné dans les mêmes conditions. 
Sauf si elle intervient moins de six mois avant l'échéance du mandat, toute vacance, pour quelque cause que ce soit, ou perte de la qualité au titre de laquelle un membre a été désigné donne lieu à remplacement pour la durée du mandat restant à courir.