Pour chaque programme, un responsable est désigné par le ministre à la disposition duquel les crédits du programme ont été mis. 
Le responsable de programme établit le projet annuel de performances prévu à l'article 51 de la loi organique du 1er août 2001. Il présente dans ce document les orientations stratégiques et les objectifs du programme et justifie les crédits et les autorisations d'emplois demandés. 
Il définit le périmètre des budgets opérationnels de programme et des unités opérationnelles et en désigne les responsables. 
Dans le cadre d'un dialogue de gestion qui vise notamment à déterminer les moyens attribués en fonction des objectifs assignés, en liaison avec les responsables des budgets opérationnels de programme : 
1° Il établit la programmation prévue à l'article 66 ; 
2° Il décline les objectifs de performance au niveau du budget opérationnel de programme ; 
3° Il détermine les crédits et, le cas échéant, les autorisations d'emplois que, sous réserve des dispositions du I de l'article 21 du décret du 29 avril 2004 relatives aux compétences des préfets de région et de département, il met à la disposition de ces responsables. 
Il établit le rapport annuel de performances prévu à l'article 54 de la loi organique du 1er août 2001.