Le secrétariat général de la direction générale de l'aviation civile comprend :
La sous-direction des personnels.
La sous-direction des affaires financières et du contrôle de gestion.
La sous-direction des affaires juridiques.
Le bureau des affaires médicales.
Le bureau de la tutelle de l'Ecole nationale de l'aviation civile.
Le bureau de la logistique.
Les services à compétence nationale suivants sont rattachés au secrétaire général de la direction générale de l'aviation civile :
Le service des systèmes d'information et de la modernisation.
Le service national d'ingénierie aéroportuaire.
Le service de gestion des taxes aéroportuaires.
L'Ecole nationale de l'aviation civile, établissement public, est placée sous la tutelle du secrétaire général de la direction générale de l'aviation civile.