Le service de la prévention des nuisances et de la qualité de l'environnement élabore, en lien avec les autres ministères intéressés, la politique relative aux organismes génétiquement modifiés, aux produits chimiques et aux pollutions diffuses, aux déchets et au bruit. Il prépare la contribution du ministère à la politique de santé, en tant que cette dernière est liée à l'environnement.
 Il exerce, pour le compte du ministre chargé de l'environnement, la tutelle de l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail.
 Le service de la prévention des nuisances et de la qualité de l'environnement comprend :
 ― le département produits chimiques - pollutions diffuses - agriculture ;
 ― le département politique de gestion des déchets ;
 ― la mission bruit et agents physiques ;
 ― le bureau de la prospective, de l'évaluation et des données.