Le CID et la DNSCE sont dirigés chacun par un directeur, nommé par le directeur général des douanes et droits indirects. 
Les directeurs exercent leur autorité sur l'ensemble des personnels de leur service. Ils établissent un plan de travail annuel des activités informatiques conforme aux orientations arrêtées par la sous-direction des systèmes d'information et de télécommunication de la direction générale des douanes et droits indirects. 
La DNSCE établit un plan de travail annuel des activités statistiques conforme aux orientations fixées par le département des statistiques et des études économiques.