Outre le Conseil général de l'environnement et du développement durable, qui peut siéger en formation d'autorité environnementale, et l'inspection générale des affaires maritimes, l'administration centrale du ministère de l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de l'aménagement du territoire comprend :
― le secrétariat général ;
― le Commissariat général au développement durable ;
― la direction générale de l'énergie et du climat ;
― la direction générale des infrastructures, des transports et de la mer ;
― la direction générale de l'aviation civile ;
― la direction générale de l'aménagement, du logement et de la nature ;
― la direction générale de la prévention des risques ;
― la délégation à la sécurité et à la circulation routières ;
― la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture ; 
― la délégation à l'hébergement et à l'accès au logement.