La première période de formation alterne entre des cycles de formation à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire et des stages au sein des services de l'administration pénitentiaire. Les élèves chefs des services pénitentiaires sont placés sous l'autorité et la responsabilité du directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire pendant toute la durée de cette période.
La deuxième période de formation est constituée d'un stage sur le lieu d'affectation et de regroupements pédagogiques à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire destinés à assurer la montée en compétence, en situation réelle, des stagiaires. Les chefs des services pénitentiaires stagiaires sont placés sous l'autorité et la responsabilité du chef du service d'affectation pendant toute la durée de cette période.