Les personnels de la DST font l'objet, en condition préalable à leur affectation au sein de cette direction, d'une habilitation, au moins du niveau du Très Secret, valable cinq ans et renouvelable.
L'habilitation peut être retirée par l'autorité qui l'a accordée ou ne pas être renouvelée. En pareil cas, le fonctionnaire ou agent non titulaire est remis à la disposition de la direction des ressources et des compétences de la police nationale pour recevoir une autre affectation.
Les faits motivant le non-renouvellement ou le retrait d'habilitation au Très Secret ne sont pas portés à la connaissance du fonctionnaire ou agent non titulaire concerné s'ils sont couverts par le Très Secret, conformément aux dispositions combinées de l'article L. 211-6 du code des relations entre le public et l'administration et des articles L. 311-5 à L. 311-8 du même code.