Le directeur général exerce les attributions confiées aux présidents d'université par l'article L. 712-2 du code de l'éducation et les décrets pris pour son application, sous réserve des dispositions du présent décret et à l'exception de la présidence du conseil d'administration. 
Il nomme les directeurs généraux adjoints, dont un directeur adjoint chargé de la recherche et un directeur adjoint chargé des études, et les directeurs de centre d'enseignement et de recherche selon les modalités prévues par le règlement intérieur. Il préside le comité de direction dont il nomme les membres. En sont membres de droit les deux directeurs généraux adjoints susmentionnés et les directeurs de centre. 
Les membres du comité de direction ne peuvent pas assurer de fonction élective au sein de l'ENSAM. Leur mandat cesse de plein droit lorsqu'ils sont nommés au comité de direction. 
Le directeur général peut déléguer sa signature au secrétaire général, aux membres du comité de direction, aux agents de catégorie A ainsi que, pour les affaires intéressant les centres, à leurs responsables respectifs.