Le bureau administratif central est chargé de l'organisation et de la gestion de l'ensemble des moyens et des fonctions logistiques, administratives, budgétaires et comptables nécessaires au fonctionnement du service. Il gère les ressources humaines et assure le secrétariat des instances paritaires du service. Il procède à l'élaboration du programme d'action et du bilan d'activités, et assure le suivi de la performance.
 Les départements opérationnels mettent en œuvre les missions d'assistance à maîtrise d'ouvrage, de maîtrise d'œuvre et de conseil, tant au bénéfice des directions d'administration centrale que des services déconcentrés. Ils établissent leurs plans d'activité dans le cadre des orientations du programme prévisionnel de travail soumis au comité consultatif.
 Les missions nationales d'expertise, d'assistance à maîtrise d'ouvrage, de maîtrise d'œuvre et de déploiement des applications qui leur sont confiées sont réparties entre les départements opérationnels par le directeur du centre.
 Les activités d'appui, d'animation, d'assistance au déploiement d'applications et de prestations au bénéfice des services déconcentrés sont assurées par chaque département opérationnel en fonction de sa zone d'implantation territoriale telle que définie à l'article 6.