Sont classées zones de protection intégrale :
   A Kerguelen :
   Côte ouest de la péninsule Rallier du Baty, limitée par l'arête Jérémine depuis la côte sud de Kerguelen, la ligne de crête passant par le pic Saint-Allouarn, les monts Henri et Raymond Rallier du Baty, le Bicorne, le glacier Cuvier, le col Glacé, le mont Porthos, le mont Double, la table de l'Institut, le pic Joliot-Curie, le col de la Tuyère, le mont Gay-Lussac, le pied du glacier Lavoisier, le Podium, le pied du glacier Descartes et jusqu'à la côte de l'entrée est de la baie du Young Williams ;
   Iles Nuageuses ;
   Iles Leygues ;
   Ile Clugny ;
   Ile de l'Ouest ;
   Ile Saint-Lanne-Grammont ;
   Ile Foch ;
   Iles du golfe du Morbihan (Hoskyn, Pender, Bryer, Blackeney, Greak, Suhm, Antarès).
   A Crozet :
   Ile de l'Est ;
   Ile des Pingouins ;
   Ilots des Apôtres ;
   Ile aux Cochons.
   A Saint-Paul :
   L'intégralité de l'île.