L'instruction des dossiers est assurée par le médecin chargé du secrétariat du comité médical en liaison avec le président. Il participe aux séances sans voix délibérative.
 Le dossier transmis au comité médical du contrôle de la navigation aérienne comporte les éléments suivants :
 - la contestation de l'intéressé présentée conformément au formulaire joint en annexe ou la contestation de l'administration ;
 - l'identification exacte de l'organisme d'affectation de l'intéressé et du médecin habilité qui a prononcé l'avis médical contesté ;
 - un bref exposé des circonstances établi par le médecin habilité ayant formulé l'avis contesté.
 Au vu du dossier ainsi constitué, le président examine l'opportunité de faire procéder à une expertise par un médecin compétent pour l'affection en cause.
 Le secrétariat du comité médical du contrôle de la navigation aérienne prend un rendez-vous auprès de l'expert et lui communique le dossier complet de l'intéressé.
 La convocation à la consultation est adressée à l'intéressé par le secrétariat du comité médical du contrôle de la navigation aérienne, sous pli recommandé avec accusé de réception, et comporte les coordonnées du médecin désigné et les données précises du rendez-vous.
 L'intéressé qui ne peut se rendre à la consultation à la date qui lui a été indiquée doit immédiatement en informer le secrétariat du comité médical du contrôle de la navigation aérienne, afin que, si les circonstances le justifient, un deuxième rendez-vous puisse lui être notifié dans les mêmes conditions que le précédent.
 Le médecin expert éventuellement désigné transmet son rapport au président du comité médical du contrôle de la navigation aérienne.