La mission intermodalité fret exerce les attributions suivantes :
 ― suivi économique du secteur pour tous les types de transport intermodal (fer, route, voie d'eau, mer) et logistique, en liaison avec les services de la direction des services de transport et du Commissariat général au développement durable ;
 ― proposition et contribution à la prise en compte de l'intermodalité dans les mesures et décisions préparées par la direction générale des infrastructures, des transports et de la mer ;
 ― pilotage de la politique du transport de marchandises, en liaison avec la sous-direction des services ferroviaires et des déplacements urbains, la direction des infrastructures de transport et la direction des affaires maritimes ;
 ― soutien au secteur, avec la programmation et la gestion des aides d'exploitation et d'investissement et la coordination avec les autres dispositifs d'aides ;
 ― pilotage du développement des autoroutes de la mer, des autoroutes ferroviaires et de la desserte intermodale des ports ;
 ― suivi, en liaison avec la mission des transports intelligents, des questions touchant aux systèmes d'information utilisés dans le transport de fret.