La sous-direction des affaires financières et du contrôle de gestion est chargée, dans le cadre des orientations fixées par le secrétaire général du ministère :
― en liaison avec les services du secrétariat général, de préparer et d'exécuter les budgets des programmes relevant de la responsabilité de la direction générale de l'aviation civile, de préparer les documents annuels de performance et le dialogue de gestion avec les services et organismes relevant de la direction générale ;
― de préparer et exécuter le budget annexe contrôle et exploitation aériens en recettes et en dépenses ; de tenir la comptabilité de l'ordonnateur de ce budget ;
― d'assurer le secrétariat du comité des finances et de la commission consultative économique ;
― d'assurer la prévision de la gestion des recettes, des emprunts et de la trésorerie du budget annexe contrôle et exploitation aériens et de coordonner les opérations de dépense ;
― de tenir la comptabilité analytique de la direction générale de l'aviation civile, de produire les données utiles à la constitution des assiettes de redevances pour services rendus et d'accompagner les programmes dans la mise en œuvre du contrôle de gestion ;

― d'élaborer et diffuser la doctrine relative à la tenue auxiliaire des immobilisations et d'animer le réseau des gestionnaires régionaux des immobilisations au sein des secrétariats interrégionaux ;

― de piloter et coordonner la mise en œuvre du contrôle interne financier, sur le périmètre du budget annexe " contrôle et exploitation aérien ", au sein des services ordonnateurs et d'exécution de la dépense ;
― d'assurer la maîtrise d'ouvrage du système d'information financier central et de l'ensemble de ses composantes en liaison avec la direction du numérique ;
― de définir la programmation, la stratégie d'achats, la conduite et la sécurisation juridique du processus de passation, pour l'ensemble des services de la direction, sur son périmètre de compétences.