Sous réserve des dispositions du 3° du I et du III de l'article 33 du décret du 29 avril 2004 susvisé, le directeur interrégional est placé sous l'autorité du préfet du département où est situé le siège de la direction interrégionale. 
Dans le cadre des missions exercées au titre des articles 11, 72, 73 et 78-3 du même décret, le préfet de département ou le préfet de police exerce ses attributions sur la direction interrégionale pour la part de l'activité que ce service déconcentré accomplit dans son département.