Les informations nominatives ainsi que le dossier médical sont conservés dans MEDSI, durant la scolarité de l'élève, et protégés par un cryptage des fichiers de données et des fichiers d'index. Toutes les données nominatives sont anonymisées, à la fin de la scolarité de chaque élève, avant qu'elles ne soient sauvegardées, sur disquette, pour des besoins statistiques.
En cas de changement de classe ou de secteur d'un élève, son dossier fait l'objet d'un transfert des données sur disquette par le médecin de l'éducation nationale du secteur de départ à celui du secteur d'arrivée. La disquette est protégée par un mot de passe qui est communiqué au médecin de l'éducation nationale du secteur d'arrivée nommément identifié.
Toutes ces données sont détruites dans la base du secteur de départ, dès que le médecin de l'éducation nationale du secteur d'arrivée confirme le succès du transfert, sur sa base, de l'ensemble de données.