Le conseil de direction, placé sous la présidence du directeur du centre, se réunit au moins une fois par an sur convocation du président qui fixe l'ordre du jour. 
Il comprend les présidents d'université et les directeurs des établissements relevant de l'article 34 de la loi n° 84-52 du 26 janvier 1984 susvisée ressortissant au champ de compétence géographique du centre. 
Les recteurs assistent aux séances.