L'autorité ou le service destinataire du signalement est responsable du traitement des faits signalés.
Lorsque la cellule THEMIS est destinataire du signalement et que les faits signalés sont susceptibles de recevoir la qualification de violence ou de harcèlement moral au travail, le signalement est transféré, en application de l'article 9 de l'arrêté du 16 juillet 2014 susvisé, à l'inspection du travail dans les armées. Dans ce cas, l'inspection du travail dans les armées se charge de recueillir toute pièce en possession de l'auteur du signalement et de nature à établir la matérialité des faits en cause ou à faire présumer l'existence d'un harcèlement.
Dans les autres cas, la cellule THEMIS confie le traitement du signalement au chef de l'organisme dont dépend la personne mise en cause, sous couvert de son supérieur hiérarchique placé sous l'autorité directe du ministre.
La cellule THEMIS assure elle-même le traitement des faits qui lui ont été signalés lorsque le ministre lui en fait la demande ou lorsque des circonstances exceptionnelles le justifient. Elle en informe alors l'autorité hiérarchique du chef d'organisme dont dépend la personne mise en cause ainsi, le cas échéant, que l'inspecteur général compétent au titre des articles D. 3124-1 et D. 3124-7 du code de la défense ou l'inspecteur du personnel civil mentionné à l'article 6 de l'arrêté du 30 décembre 2019 susvisé.
Lorsque le traitement des faits signalés relève de la compétence conjointe de la cellule THEMIS et de l'inspection du travail dans les armées, le chef du contrôle général des armées désigne un agent unique responsable de ce traitement.
Lorsque le signalement ne relève manifestement pas de l'article 1er, son auteur est orienté par l'autorité ou le service qui en a été destinataire vers un service du ministère de la défense compétent pour le traiter.