La commission est saisie soit par le ministre chargé de la sécurité sociale, soit par le président du conseil ou du conseil d'administration de l'organisme intéressé. Lorsque l'agent mis en cause est un agent comptable, la commission peut être saisie par le ministre chargé de la comptabilité publique. Lorsque l'agent est le directeur ou l'agent comptable d'un organisme local ou régional de la branche maladie, la commission peut également être saisie par le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés. Lorsque l'agent mis en cause est un agent de direction autre que le directeur ou l'agent comptable d'un organisme local ou régional du régime général, la commission peut être saisie par le directeur de cet organisme. La commission peut également être saisie par le directeur général ou le directeur d'une caisse nationale ou de l'agence centrale quand l'agent mis en cause exerce au sein de cet organisme.
L'autorité qui saisit la commission doit indiquer dans un document les griefs retenus à l'encontre de l'agent mis en cause et qui ont motivé la décision de saisine. 
Lorsque la commission est saisie par le président du conseil ou du conseil d'administration de l'organisme intéressé, ou par le directeur d'un organisme local ou régional du régime général, le document susvisé est adressé au directeur régional des affaires sanitaires et sociales, qui en assure la transmission au secrétariat de la commission, en y joignant son avis motivé, ainsi qu'au directeur de la caisse nationale de la branche du régime général de sécurité sociale dont relève l'agent, pour information. Lorsqu'elle est saisie par le directeur général ou le directeur d'un organisme national, le document susvisé est adressé au secrétariat de la commission. Le délai prévu à l'article 9 court à compter de la date de réception de ces documents par le secrétariat de la commission.