Les membres du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux exercent leurs fonctions conformément à une charte de déontologie.
 Cette charte garantit notamment la désignation par le vice-président du conseil général des personnels chargés de l'exécution des missions confiées à ce conseil, leur indépendance dans l'exercice de ces missions, la liberté de rédaction des rapports et conclusions, le droit pour chaque membre de maintenir dans les travaux une opinion divergente, la revue collective des travaux.
 La charte de déontologie est élaborée et suivie dans son application par un comité de déontologie composé de personnalités extérieures au conseil général. Elle est approuvée par le ministre chargé de l'agriculture.
 La composition du comité de déontologie, les conditions dans lesquelles il peut être saisi et les modalités de son fonctionnement sont fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.