Le département des affaires générales est chargé d'assurer la gestion administrative du secrétariat général. 
A ce titre, il est notamment chargé d'assurer la gestion de proximité des agents affectés au secrétariat général (gestion prévisionnelle des emplois, suivi des équivalents temps plein, préparation des cycles de mobilité, propositions d'avancement, évaluation des agents, proposition des primes et indemnités). 
Il est également chargé d'organiser le dialogue social du secrétariat général (  comité technique spécial, commission locale de formation), d'élaborer le plan de formation du secrétariat général. 
Il s'assure du bon fonctionnement interne du secrétariat général et suit l'utilisation des moyens correspondants en relation avec le service des politiques support et des systèmes d'information.