La sous-direction de l'action territoriale et de la législation de l'eau est chargée des politiques de planification et de programmation résultant de l'application de la directive-cadre sur l'eau, du suivi des services publics d'eau et d'assainissement, de la réglementation en matière d'eau, de la tutelle des agences de l'eau et de l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques.
Elle coordonne la transposition et l'application de la directive-cadre sur l'eau avec la mise en œuvre des schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux et des schémas d'aménagement et de gestion des eaux.
Elle prépare les textes relatifs aux services publics d'eau et d'assainissement en liaison avec le ministère chargé des collectivités territoriales et assure le secrétariat du Comité national de l'eau et de la mission interministérielle de l'eau.
Elle est responsable de la définition et de la mise en œuvre de la politique nationale en matière de police de l'eau et coordonne l'activité des autres sous-directions pour les autres polices de l'environnement.
Elle participe à la préparation des textes relatifs à l'eau et en facilite l'interprétation et la diffusion.
Elle s'assure de la mise en place par l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques du système d'information sur l'eau et de l'organisation des données sur le fonctionnement des services publics de distribution d'eau et d'assainissement.
Elle prépare les textes relatifs aux comités de bassin et aux offices de l'eau dans les départements d'outre-mer et suit leur activité.
Elle comprend :
― le bureau de la planification et de l'économie de l'eau ;
― le bureau de la législation de l'eau ;
― le bureau des agences et offices de l'eau ;
― le bureau des polices  " eau "  et  " nature ".