Le conseil de gestion est composé de :
 1° Quatre représentants de l'Etat :
 a) Le directeur de l'agriculture et de la forêt ;
 b) Le directeur de l'équipement ;
 c) Le chef du service des affaires maritimes ;
 d) Le commandant de zone maritime sud de l'océan Indien ;
 2° Huit représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements :
 a) Trois conseillers généraux ;
 b) Trois maires désignés par l'Association des maires de Mayotte ;
 c) Le président du Syndicat intercommunal pour l'eau et l'assainissement à Mayotte (SIEAM) ;
 d) Le président du Syndicat mixte d'investissement pour l'aménagement de Mayotte (SMIAM) ;
 3° Treize représentants des organisations professionnelles :
 a) Trois représentants de la chambre d'agriculture, de la pêche et de l'aquaculture à Mayotte (CAPAM) ;
 b) Deux représentants des comités villageois de pêcheurs de Mayotte désignés par leurs pairs ;
 c) Le président de l'Association pour le développement de l'aquaculture à Mayotte (AQUAMAY) ;
 d) Le président du Syndicat des pêcheurs professionnels mahorais ;
 e) Le président de la Coopérative des pêcheurs de Mayotte (COPEMAY) ;
 f) Le président de la chambre de commerce et d'industrie de Mayotte ;
 g) Le président de l'Union maritime de Mayotte ;
 h) Un représentant des opérateurs nautiques désigné par ses pairs ;
 i) Le président du comité départemental du tourisme de Mayotte ;
 j) Un représentant des clubs de plongée désigné par ses pairs ;
 4° Six représentants des associations d'usagers :
 a) Un représentant des pêcheurs en pirogue ;
 b) Un représentant des associations de plaisanciers ;
 c) Le président de l'association Mudana Club ;
 d) Le président de l'Association des pêcheurs à pied ;
 e) La présidente de l'Association des pêcheuses au djarifa ;
 f) Le président du comité régional du kayak ;
 5° Trois représentants d'associations de protection de l'environnement :
 a) Le président de la Fédération mahoraise des associations d'environnement (FMAE) ;
 b) Le président de l'Association des naturalistes de Mayotte ;
 c) Le président de l'association Oulanga na nyamba ;
 6° Sept personnalités qualifiées :
 a) Un expert halieute désigné par l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (IFREMER) ;
 b) Un expert dans le domaine de la biodiversité récifale et des écosystèmes associés désigné par le comité local de l'Initiative française pour les récifs coralliens (IFRECOR) ;
 c) Un expert dans le domaine des mammifères marins désigné par l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) ;
 d) Un expert dans le domaine de la protection du littoral désigné par le Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres ;
 e) Le président du conseil économique et social de Mayotte ;
 f) Le président du conseil de la culture, de l'éducation et de l'environnement de Mayotte ;
 g) Le directeur de l'école d'apprentissage maritime de Mayotte.