Les périodes de formation suivies en qualité d'élève et de stagiaire sont organisées selon le principe de l'alternance intégrative avec des temps d'apprentissages réalisés à l'Ecole nationale de l'administration pénitentiaire et d'autres, dans le cadre de stages entrepris au sein des services de l'administration pénitentiaire ou dans des structures associées au service public pénitentiaire.
Durant toute la durée de leur formation, les élèves et les stagiaires sont placés sous l'autorité pédagogique et administrative du directeur de l'Ecole.