La S.N.C.F. établit pour chaque région administrative, selon des modalités approuvées par arrêté conjoint des ministres chargés des transports, du budget et du ministre de l'intérieur, un budget et un compte régional annuels faisant apparaître les charges et les produits des services régionaux conventionnés. La convention qu'elle passe avec chacune des régions pour l'organisation de ces services précise la nature des charges portées au débit de ce compte, en cohérence avec la nature des charges retenue pour les services d'intérêt régional non conventionnés visés à l'article 33. Les charges inscrites au débit du compte régional sont calculées sur la base des coûts de la dernière année précédant la convention et indexées suivant des modalités précisées par celle-ci.

    Le compte régional est crédité d'une partie de la contribution de l'Etat prévue à l'article 33 précité. Pour chacune des années couvertes par la première convention, ce concours est égal au montant revalorisé de la différence entre les charges et les produits des services constatée la dernière année précédant le conventionnement.

    Pour cette première convention comme pour les conventions ultérieures, le mécanisme de revalorisation est précisé dans la convention, notamment pour tenir compte des évolutions spécifiques aux diverses régions et, le cas échéant, des orientations d'aménagement du territoire traduites dans l'application de l'article 33 ci-dessus. Cette revalorisation doit être compatible avec le mode d'évolution de la contribution globale résultant de l'application de l'article 33.

    Si des dispositions spécifiques prévues au troisième alinéa de l'article 45 consistent en des réductions tarifaires, celles-ci donnent lieu à une contribution financière versée par la région à la S.N.C.F. qui est portée également au crédit de ce compte.

    Le budget régional est équilibré de manière prévisionnelle, au besoin grâce à une contribution régionale. Les conventions prévoient les conditions d'affectation ou de couverture du solde des comptes régionaux.