L'Institut national de la santé et de la recherche médicale est administré par un conseil d'administration présidé par le président de l'institut, nommé par décret en conseil des ministres, sur proposition conjointe du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la santé, pour une durée de quatre ans renouvelable une fois. Cette nomination intervient après un appel public à candidatures établi sous forme d'avis par le ministre chargé de la recherche, publié au Journal officiel, et l'examen de ces candidatures par une commission dont la composition et le fonctionnement sont fixés à l'article 5-1.
Le président de l'institut assure la direction générale de l'établissement. Il est assisté d'un ou de plusieurs directeurs généraux délégués. 
L'institut comprend un conseil scientifique et des commissions scientifiques spécialisées. 
Il est doté de personnels propres de recherche.