L'agence est soumise au contrôle budgétaire prévu par le décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012. Le        contrôleur budgétaire peut faire opposition aux délibérations à objet financier autres que celles mentionnées à l'article 7, dans les quinze jours qui suivent soit la réunion du conseil s'il a assisté à celui-ci ou s'y est fait représenter, soit la réception des délibérations. 
Dans le cas où il forme opposition, le        contrôleur budgétaire en réfère immédiatement au ministre du budget, qui doit se prononcer dans le délai d'un mois. A défaut de décision expresse dans ce délai, la délibération du conseil d'administration devient exécutoire. 
Le conseil est informé de l'opposition du        contrôleur budgétaire.