La sécurité des connexions, par le réseau internet pour les requérants mentionnés aux articles 13 à 15 du décret du 7 octobre 2009, ou par le réseau privé virtuel Justice pour les magistrats et agents du ministère de la justice, est assurée par l'utilisation de certificats numériques qui garantissent, au sein d'échanges chiffrés s'appuyant sur le protocole HTTPS, l'authentification du serveur AMALFI, des requérants, des magistrats et agents du ministère de la justice, ainsi que la confidentialité des informations transmises. 
Les certificats numériques utilisés par les requérants et les magistrats et agents du ministère de la justice sont de classe 3, hébergés obligatoirement sur une puce électronique et remis en mains propres à son utilisateur par une des autorités de certification reconnues par l'EPELFI.