La mission de la flotte de commerce exerce les attributions suivantes :
 ― élaboration et mise en œuvre, d'une part, de la réglementation applicable aux activités et professions liées aux entreprises armant des navires de la flotte de commerce et de services, d'autre part, de celle relative au statut des navires de commerce et autres bâtiments de mer et aux conditions de l'Etat d'accueil ;
 ― élaboration et suivi des procédures administratives liées aux conditions du pavillon ;
 ― suivi statistique des différents segments de la flotte, des armements et des registres français ;
 ― élaboration et gestion des dispositifs de soutien et de développement des entreprises armant des navires de la flotte de commerce et de services, formulation des avis techniques sur les agréments fiscaux accordés par l'administration compétente ;
 ― suivi des entreprises armant des navires de la flotte de commerce et de services et des questions économiques liées à leur activité, exercice des compétences du ministre au titre de l'actionnariat public auprès des compagnies de transport maritime ;
 ― participation à l'élaboration et à la mise en œuvre de la réglementation relative aux assurances maritimes et aux régimes de responsabilité et d'indemnisation dans le transport maritime ;
 ― élaboration et suivi de l'application de la réglementation relative aux épaves maritimes ;
 ― suivi de l'évolution du droit maritime et de la législation maritime aux plans national et international ;
 ― gestion des accords maritimes.