La sous-direction de la sécurité et de la transition écologique des navires définit et met en œuvre les politiques relatives à la sécurité, à la sûreté des navires, à la prévention de la pollution par les navires, à la réduction des émissions de gaz à effet de serre et à la transition écologique des navires. Elle assure le pilotage et le suivi des actions dans ces domaines. Elle contribue à l'élaboration et au portage des positions françaises dans les organisations internationales et européennes traitant de ces sujets.

 Elle participe aux travaux de transposition et de mise en œuvre de la réglementation relative aux équipements destinés aux navires.

 Elle assure la veille technologique et de l'innovation. Elle contribue à l'élaboration et à la mise en œuvre des politiques de soutien à la transition écologique du navire, en lien avec la direction générale des infrastructures, des transports et des mobilités.

 Elle élabore et met en œuvre les normes nationales relatives à la sécurité, à la sûreté des navires, à la prévention de la pollution par les navires, aux émissions de gaz à effet de serre.

 Elle assure les contrôles relatifs aux sociétés de classification et aux organismes habilités et notifiés pour ce qui concerne les navires professionnels.

 Elle assure la coordination des services déconcentrés chargés de la sécurité et de la transition écologique des navires.

 Elle assure le suivi des recommandations émises par le bureau d'enquêtes sur les événements de mer.

 Elle assure le pilotage de la Commission nationale de sécurité de la navigation, le rapportage des dossiers et le secrétariat de cette instance.