La direction du transport aérien comprend :
― la sous-direction du développement durable ;
― la sous-direction des transporteurs et services aériens ;
― la sous-direction des aéroports ;
― la sous-direction de la construction aéronautique ;
― la sous-direction de la sûreté et de la défense ;
― la sous-direction de l'Europe et de l'international ;
― la sous-direction des études, des statistiques et de la prospective.
Elle comprend en outre :
― la mission du ciel unique européen et de la réglementation de la navigation aérienne ;
― la mission du droit des passagers ;
― la mission du droit du travail et des affaires sociales ;
― la mission de la coopération internationale ;
― la mission de la gestion des ressources ;
― la Mission “Réaménagement de l'aéroport Nantes-Atlantique”.
Le service technique de l'aviation civile, service à compétence nationale, est rattaché au directeur du transport aérien. En outre, le directeur du transport aérien est le commissaire délégué aux transports aériens.
Le directeur du transport aérien est assisté d'un adjoint, chef de service.