Les relations d'un service d'infrastructure avec les états-majors, les autres attributaires et les établissements publics relevant du ministère de la défense sont régies respectivement par des instructions, des protocoles et des conventions.
Les instructions, les protocoles et les conventions comportent des dispositions ou des stipulations relatives à la répartition des tâches en matière :
- de gestion et d'administration du domaine immobilier ;
- de surveillance et d'entretien du domaine immobilier ;
- de planification et de programmation ;
- de maîtrise d'ouvrage et de maîtrise d'oeuvre ;
- d'information portant notamment sur les prévisions et la consommation des crédits et sur le respect des délais et des coûts des opérations d'infrastructure.
Les protocoles ou conventions peuvent en outre prévoir les modalités de remboursement, au service d'infrastructure, à qui un attributaire confie la conduite d'une opération, du surcroît de dépenses de fonctionnement qu'elle engendre. Cette contribution ne peut excéder 1,2 % du montant des crédits consacrés à l'opération.