La direction des infrastructures de transport comprend : 
- le service de gestion du réseau routier national ; 
- la sous-direction du développement et de la gestion des réseaux ferroviaires et des voies navigables ;
- le département d'expertise des partenariats public-privé et de conduite des projets délégués ; 
- la mission d'appui du réseau routier national ; 
- la mission de coordination des affaires européennes et internationales. 
La direction des infrastructures de transport s'appuie, en tant que de besoin, sur les compétences  du centre d'études des tunnels.