Le département de la sécurité nucléaire est en charge de la protection et du contrôle des matières nucléaires, de leurs installations et de leur transport.
A ce titre : 
- il élabore la réglementation applicable ; 
- il instruit notamment les demandes d'autorisation pour la détention et le transport des matières nucléaires prévues dans le code de la défense ; 
- il assure le contrôle des dispositions de protection mises en œuvre par les opérateurs et diligente des inspections. 
Il comprend : 
- la mission de la protection des installations nucléaires et industrielles ;
 - la mission de la protection des installations nucléaires de recherche et du nucléaire diffus ;
 - la mission des affaires internationales et réglementaires ;
 - la mission protection des transports nucléaires et exercices.