A l'exception des membres de droit, les membres de la commission sont nommés pour une période de trois ans renouvelable. Des suppléants sont désignés en nombre égal et dans les mêmes conditions.
En cas de vacance survenant au cours d'un mandat, le mandat du suppléant appelé à remplacer un membre titulaire ou celui du membre nouveau appelé à remplacer un suppléant prend fin à la même date que celui du membre remplacé.
La commission peut faire appel à des experts, qui siègent avec voix consultative. Le directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé peut demander à la commission d'entendre des experts.
L'instruction des dossiers peut être confiée à des rapporteurs extérieurs à la commission, désignés par le directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé. Ces rapporteurs peuvent être appelés à siéger à la commission avec voix consultative.
Des groupes de travail peuvent être créés par le directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé pour préparer les avis et délibérations de la commission.