Les agents font l'objet, au moins une fois par an, d'une évaluation de leurs résultats professionnels qui comporte un entretien et qui donne lieu à un compte rendu d'évaluation. 
Une décision du directeur de l'agence de l'eau intéressé, prise après avis du  comité technique central compétent, définit les modalités de l'évaluation et notamment le contenu et les conditions d'organisation de l'entretien individuel.