Le secrétaire général gère les moyens du conseil et assiste le vice-président dans ses missions.
Il assure le secrétariat du bureau et du comité d'animation et de coordination mentionné à l'article 6, ainsi que la convocation aux assemblées générales.
Le secrétariat général est composé de collaborateurs placés sous l'autorité du secrétaire général. Il est organisé en bureaux.
Le bureau des missions assure la gestion administrative des missions, de la lettre de commande jusqu'à la diffusion du rapport, fournit aux membres les documents types et les ressources documentaires, met en œuvre les actions de communication pour valoriser les missions. 
Le bureau des affaires générales traite des questions relatives au budget, aux ressources humaines, à l'organisation et à la gestion de la formation continue, à l'informatique et à la logistique.