Dans chaque organisme est mis en place un dispositif de contrôle interne budgétaire et de contrôle interne comptable.
 Le contrôle interne budgétaire a pour objet de maîtriser les risques afférents à la poursuite des objectifs de qualité de la comptabilité budgétaire et de soutenabilité de la programmation et de son exécution.
 Le contrôle interne comptable a pour objet la maîtrise des risques afférents à la poursuite des objectifs de qualité des comptes, depuis le fait générateur d'une opération jusqu'à son dénouement comptable.
 Le ministre chargé du budget définit le cadre de référence des contrôles internes budgétaire et comptable. Il s'assure, en lien avec les autres ministres de tutelle, de leur mise en œuvre.