L'article 31 de l'arrêté ministériel du 1er mars 1993 précité s'applique. L'arrêté d'autorisation précise en sus les conditions et les valeurs limites de rejet des effluents aqueux dans le milieu naturel en tenant compte de sa sensibilité et des objectifs de qualité qui lui sont assignés. La masse de métaux lourds, de dioxines et de furannes contenue dans les effluents aqueux dont le rejet dans l'eau est autorisé doit être inférieure à celle dont le rejet dans l'air est autorisé. Les valeurs limites de rejet dans l'eau ne peuvent en outre pas être supérieures aux valeurs suivantes pour les substances citées ci-dessous :
(Tableau non reproduit voir JORF du 16 octobre 1996 p.15102). L'arrêté préfectoral d'autorisation précisera des flux limites de rejet pour les substances précitées, ainsi que pour les chlorures, si le milieu récepteur y est très sensible.
Les chlorures et les sulfates ainsi que les substances figurant aux annexes V.a, V.b, V.c.1 et V.c.2 de l'arrêté précité font l'objet d'une estimation par l'exploitant des flux susceptibles d'être rejetés par l'installation et peuvent faire l'objet de mesures de détection. L'arrêté préfectoral fixe la liste des substances qui font effectivement l'objet de ces mesures, voire de valeurs limites de rejet.
Pour les rejets dans les eaux conchylicoles, en application de la directive 79/923/CEE du 30 octobre 1979, relative à la qualité requise des eaux conchylicoles, en ce qui concerne les substances organohalogénées et les métaux (argent, arsenic, cadmium, chrome, cuivre, mercure, nickel, plomb, zinc), la valeur limite fixée doit permettre de maintenir la concentration de chaque substance dans la chair de coquillage à une valeur compatible avec une bonne qualité des produits conchylicoles.
Des dispositions particulières seront fixées pour les rejets d'azote et de phosphore dans un milieu aquatique naturel appartenant à une zone sensible telle que définie par la directive CEE/91/271 du 21 mai 1991 relative au traitement des eaux urbaines ou la directive CEE/91/676 du 12 décembre 1991 concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles.