Chaque service scientifique est administré par un conseil et dirigé par un directeur nommé par le président de l'Observatoire de Paris, sur proposition du conseil du service et après avis du conseil d'administration et du conseil scientifique. Le mandat du directeur et des membres du conseil est de cinq ans.
Les élections au conseil du service scientifique ont lieu selon les modalités prévues par le règlement intérieur du service scientifique, approuvé par le conseil d'administration. Les personnels peuvent être électeurs et éligibles dans un département et au plus deux services.