La commission permanente du Conseil national des universités est composée de l'assemblée des bureaux de section du Conseil national des universités mentionnés à l'article 12 du présent décret et des bureaux des sections compétentes du groupe des disciplines pharmaceutiques du Conseil national des universités pour les disciplines médicales, odontologiques et pharmaceutiques, régis par les dispositions de l'article 9 du décret n° 87-31 du 20 janvier 1987 relatif au Conseil national des universités pour les disciplines médicales, odontologiques et pharmaceutiques. 
Les membres de la commission permanente élisent en leur sein, au scrutin uninominal majoritaire à deux tours, un bureau composé d'un vice-président par groupe de sections et d'un président.
En cas d'absence ou d'empêchement du président, celui-ci est suppléé par un vice-président. S'ils ne peuvent siéger, la présidence est assurée par le professeur ayant la plus grande ancienneté d'échelon dans le grade le plus élevé, présent à la séance.
La commission permanente élabore son règlement intérieur. Elle définit les orientations propres à garantir la qualité, la transparence et la publicité des procédures de qualification, de suivi de carrière  et de promotion des enseignants-chercheurs.
Elle veille à favoriser la coopération entre les différents champs disciplinaires. Elle veille également à ce que les critères et les procédures mis en œuvre par le Conseil national des universités prennent en compte l'ensemble des activités des enseignants-chercheurs ainsi que la diversité des champs disciplinaires.