Pour l'application du présent décret lors des trois premières années, l'autorité territoriale, après consultation du  comité technique, peut, en accord avec le Centre national de la fonction publique territoriale, répartir sur ces trois années l'octroi des congés bonifiés dont bénéficient les fonctionnaires de la collectivité ou de l'établissement concerné. 
En ce cas, l'ordre de priorité entre les intéressés est déterminé, sous réserve des nécessités du service, par l'ancienneté totale de service dans les collectivités et établissements mentionnés à l'article 2 de la loi susvisée situés sur le territoire européen de la France et, subsidiairement, par les charges de famille. La durée minimale de service prévue à l'article 9 du décret du 20 mars 1978 précité, ouvrant droit au congé bonifié suivant, débutera à compter de la reprise de service après le premier congé bonifié.