En cas d'affection médicale en cours de contrat ou de carrière, le médecin des armées peut déterminer des inaptitudes ou des restrictions d'emploi, en se fondant sur les normes médicales d'aptitude définies par le présent arrêté. Celles-ci peuvent être temporaires ou définitives.
Les militaires peuvent contester les conclusions en matière d'aptitude médicale selon les modalités prévues par l'arrêté du 20 décembre 2012 susvisé.
Néanmoins, la décision d'emploi d'un marin, quelles que soient les inaptitudes ou les restrictions d'emploi prononcées par le médecin des armées, relève du commandement.