Le grand port fluvio-maritime de l'axe Seine conserve, au sein du secteur maritime, les limites administratives respectives des grands ports maritimes du Havre et de Rouen telles qu'elles ont été adoptées conformément à l'article R. 5311-1 du code des transports ainsi que l'ensemble des règles s'y rapportant, notamment celles prévues au titre III du livre III de la cinquième partie du code des transports, relatif à la police. Par dérogation au premier alinéa de l'article R. 5331-4 du code des transports, dans chacune de ces limites administratives, un commandant de port est l'autorité fonctionnelle chargée de la police.
Les zones maritimes et fluviales de régulation des grands ports maritimes du Havre et de Rouen telles que prévues par l'article R.* 5331-1 du code des transports sont également conservées par le grand port fluvio-maritime de l'axe Seine, ainsi que l'ensemble des règles s'y rapportant, notamment celles prévues au titre III du livre III de la cinquième partie du même code relatif à la police des ports maritimes.
Les plans de réception et de traitement des déchets établis dans les grands ports maritimes de Rouen et du Havre, avant la création du grand port fluvio-maritime de l'axe Seine, restent en vigueur jusqu'à la date prévue de leur révision.