Le délégué interministériel est chargé de préparer et de coordonner, sous la responsabilité du ministre chargé de l'énergie et dans le respect des conditions prévues notamment par les articles L. 593-25 et suivants du code de l'énergie, les opérations nécessaires à la fermeture de la centrale nucléaire de Fessenheim et à la reconversion du site.
 A cette fin, il conduit, au nom du ministre chargé de l'énergie et en lien avec l'Autorité de sûreté nucléaire, la négociation d'un protocole d'accord avec l'exploitant (EDF), précisant :
 ― les conditions juridiques, techniques, économiques et sociales de la fermeture ;
 ― les conditions de démantèlement de l'installation, notamment en ce qui concerne les rejets, l'état final du site, l'exutoire des déchets issus du démantèlement, en vue de la mise en œuvre des procédures prévues notamment à l'article 37 du décret du 2 novembre 2007 susvisé ;
 ― les modalités d'accompagnement des salariés concernés par la fermeture ;
 ― les modalités de participation de l'exploitant au devenir du bassin de vie et d'emploi de Fessenheim.
 Le délégué interministériel élabore, en s'appuyant sur les services du gestionnaire du réseau public de transport (RTE) et à partir d'une analyse des conséquences de la fermeture sur l'alimentation électrique de la région Alsace, le plan permettant d'assurer l'équilibre du réseau local, national et, le cas échéant, transfrontalier.
 Pour l'accomplissement de cette mission, il peut faire appel aux administrations de l'Etat et aux établissements publics nationaux pouvant concourir à son action.