L'Académie des sciences d'outre-mer est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les opérations de l'établissement sont soumises au contrôle de l'inspection générale des finances, de la direction générale des finances publiques et, à la demande du ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche, au contrôle et aux vérifications de l'inspection générale de l'éducation, du sport et de la recherche.
Les délibérations portant sur les emprunts, les acquisitions, échanges et-aliénations d'immeubles, sont exécutoires après approbation du ministre de l'éducation nationale.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.