Les obligations de l'entreprise à l'égard de la caisse de liaison et des caisses de gestion ainsi que les compétences respectives de la caisse de liaison et des caisses de gestion sont définies dans un protocole d'accord signé du responsable juridique de l'entreprise et du directeur de la caisse de liaison.
Le protocole énumère les éléments que l'entreprise doit communiquer à la caisse de liaison pour permettre le calcul des cotisations dues au titre des salariés de chacun des établissements et comporte également les éléments que l'entreprise doit communiquer aux caisses de gestion.