Une indemnité spéciale est allouée aux médecins inspecteurs de santé publique et aux médecins du corps provisoire des médecins de la santé publique pour tenir compte des sujétions spéciales qui leur incombent et de leur qualification professionnelle. 
Cette indemnité est modulée en fonction de la manière de servir ainsi que de l'atteinte d'objectifs fixés en début d'année dans le cadre de l'entretien professionnel prévu par le décret n° 2007-1365 du 17 septembre 2007, à hauteur de 20 % du montant de référence fixé par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé, du budget et de la fonction publique.