L'agent comptable est placé sous l'autorité administrative du directeur. Il est chargé, sous sa propre responsabilité, de l'ensemble des opérations financières et comptables de l'établissement. Sa gestion est garantie par un cautionnement dont le montant minimum est fixé dans les limites déterminées par un arrêté du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale.
 Conformément aux dispositions de l'article R. 114-6-1 du code de la sécurité sociale, l'agent comptable établit les comptes annuels.
 En cas d'absence momentanée ou d'empêchement de l'agent comptable, ses fonctions sont exercées par le fondé de pouvoir. En cas de vacance d'emploi, le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés désigne, conjointement avec les directeurs de la Caisse nationale d'assurance vieillesse et de l'agence centrale, la personne chargée d'effectuer l'intérim.