Le déroulement de la formation d'élèves pilotes de ligne, conforme au manuel de formation de l'organisme de formation en vol en charge de la formation des élèves pilotes de ligne, est le suivant : 
Premier et second semestre de la formation : 
L'élève pilote de ligne en formation à l'ENAC bénéficie d'enseignements dans les matières de l'ATPL théorique. 
Ces semestres se concluent par le passage des 14 certificats de la licence de pilote de ligne, conformément à l'arrêté du 31 mai 2010 susvisé, ainsi que par l'examen spécifique d'utilisation de la langue anglaise de l'appendice 1 au FCL055 D. 
Tout élève n'ayant pas obtenu ces certificats et examens ne sera pas admis au semestre suivant. 
Troisième et quatrième semestre de la formation : 
L'élève pilote de ligne en formation à l'ENAC bénéficie d'une formation pratique au pilotage conformément aux programmes définis par le manuel de formation de l'organisme de formation en vol en charge de la formation des élèves pilotes de ligne.