La direction de l'eau et de la biodiversité comprend :
 ― la sous-direction des espaces naturels ;
 ― la sous-direction de la protection et de la valorisation des espèces et de leurs milieux ;
 ― la sous-direction de l'action territoriale et de la législation de l'eau et des matières premières ;
 ― la sous-direction de la protection et de la gestion des ressources en eau et minérales ;
 ― la sous-direction du littoral et des milieux marins.