L'exploitant élimine ou fait éliminer les déchets et notamment les emballages et les déchets de soins vétérinaires produits, dans des conditions propres à garantir les intérêts visés à l'article L. 511-1 du code de l'environnement. Il s'assure que les installations utilisées pour cette élimination sont régulièrement autorisées à cet effet.
 Les déchets, et notamment les emballages et les déchets de soins vétérinaires produits par l'installation, doivent être stockés dans des conditions prévenant les risques de pollution (prévention des envols, des ruissellements, des infiltrations dans le sol, des odeurs,...).
 Les déchets non dangereux (bois, papier, verre, textile, plastique, caoutchouc, etc.) et non souillés par des produits toxiques ou polluants peuvent être récupérés, valorisés ou éliminés dans des installations autorisées.
 Le brûlage des déchets à l'air libre est interdit.