Le Conseil supérieur de santé des armées est présidé par l'inspecteur du service de santé des armées. Le directeur central du service de santé des armées désigne son suppléant parmi les inspecteurs du service de santé pour chacune des armées et la gendarmerie nationale.
 Le Conseil supérieur de santé des armées est composé, avec voix délibérative :
 ― de l'inspecteur du service de santé des armées ;
 ― des inspecteurs du service de santé auprès de chacune des armées et la gendarmerie nationale ou de leurs suppléants désignés par le directeur central du service de santé des armées sur proposition de l'inspecteur du service de santé des armées ;
 ― des médecins conseillers auprès des chefs d'état-major de chacune des armées et de la direction générale de la gendarmerie nationale ou de leurs suppléants, désignés par le directeur central du service de santé des armées sur proposition de l'inspecteur du service de santé des armées. Ils sont sollicités uniquement sur les recours de militaires ressortissant de l'état-major qu'ils conseillent ;
 ― du consultant national ou d'un professeur agrégé de la spécialité concernée par le dossier examiné, donnant son avis uniquement sur les recours relevant de sa discipline, convoqué au conseil par l'inspecteur du service de santé des armées ;
 ― d'un officier ou de son suppléant, représentant l'armée, direction ou service du militaire concerné, ou la gendarmerie nationale s'il s'agit d'un gendarme, désigné par le commandement qu'il représente. Il est sollicité uniquement sur les recours de militaires ressortissant de son propre commandement. Sa présence a pour objectif d'orienter l'avis du conseil sur des critères d'employabilité, de parcours professionnel, d'adaptation de l'affectation et de besoin de l'institution, en complément des critères médicaux.
 Les participants au conseil supérieur de santé sont tenus au secret professionnel.