Les compétences du Conseil supérieur de santé des armées s'étendent à toutes les armées, directions et services, et à la gendarmerie nationale.
 Il étudie :
 ― l'aptitude médicale des militaires contestant, dans un délai de deux mois après leur date de notification, les avis d'un conseil régional de santé. Le conseil supérieur de santé constitue le seul recours gracieux possible après une présentation devant un conseil régional de santé ;
 ― les demandes de nouvelle présentation d'un dossier, déjà présenté antérieurement au conseil supérieur de santé, en cas de fait médical nouveau ou de souhait de levée de restriction(s) d'aptitude médicale ;
 ― les dossiers qui lui sont présentés par la direction centrale du service de santé des armées.