L'échelon national de santé et de sécurité au travail en agriculture contribue à la mise en œuvre d'une politique nationale de santé et de sécurité au travail des salariés et des non-salariés agricoles, et plus largement de santé publique.
 Il met en œuvre un plan national de santé et de sécurité au travail en agriculture, contribue à l'amélioration de la connaissance des risques professionnels et des conditions de travail et initie, réalise ou favorise la mise en place d'études et de recherches, de projets ou d'actions en santé et sécurité au travail. Il diffuse l'information relative à cette connaissance.
 Pour assurer ses missions, il est l'interlocuteur des filières agricoles dans le domaine de la santé et de la sécurité au travail.