Le conseil scientifique est l'instance de réflexion et de proposition de l'institut en matière de politique scientifique. Il étudie la situation et les perspectives de développement de la recherche dans le champ d'intervention de l'institut. Il contribue à l'élaboration de la politique scientifique, notamment en établissant un rapport périodique de conjoncture et de prospective.
Il assiste le président de l'institut qui le consulte sur : 
1° Les questions mentionnées aux 1° et 2° de l'article 8 ; 
2° La création, la modification et la suppression des unités de recherche de l'institut, après avis des commissions scientifiques spécialisées ;
3° La nomination des directeurs des unités de recherche, le renouvellement de leurs fonctions ou la décision d'y mettre fin après avis des commissions scientifiques spécialisées ;
4° La politique de recrutement des personnels chercheurs ;
5° Les lignes directrices des actions de valorisation, d'information et de formation menées ou organisées par l'Institut.
Il peut être consulté par le conseil d'administration ou le président de l'institut sur toute question relevant de la compétence de l'institut.