L'instance nationale est composée de membres appartenant aux corps des professeurs des universités et des maîtres de conférences titulaires et stagiaires régis par le décret du 6 juin 1984 susvisé ainsi qu'aux personnels qui leur sont assimilés en application de l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé, des directeurs de recherche et des chargés de recherche régis par le décret du 30 décembre 1983 susvisé, des professeurs des universités-praticiens hospitaliers et des maîtres de conférences des universités-praticiens hospitaliers titulaires et stagiaires régis par les décrets du 24 février 1984 et du 24 janvier 1990 susvisés, des professeurs des universités de médecine générale et des maîtres de conférences des universités de médecine générale titulaires et stagiaires régis par le décret du 28 juillet 2008 susvisé. Ces membres sont désignés chaque année par le ministre chargé de l'enseignement supérieur.
 L'instance nationale siège en formation restreinte aux enseignants-chercheurs et aux autres personnels mentionnés à l'alinéa précédent d'un rang au moins égal à celui détenu par le candidat à l'attribution de la prime d'excellence scientifique.
 L'instance nationale est présidée par le directeur chargé de l'enseignement supérieur au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant.