Pour les stations de traitement des effluents, le niveau de traitement minimal est fixé par l'arrêté préfectoral d'autorisation et, en cas de rejet dans les eaux superficielles d'effluents traités, le flux journalier maximal de pollution admissible est compatible avec les objectifs de qualité fixés pour le milieu récepteur.
 Pour pallier toute panne de l'installation de traitement des effluents, l'installation dispose de bassins de sécurité étanches qui permettent de stocker la totalité des effluents le temps nécessaire à la remise en fonctionnement correcte de l'installation.
 Les boues et autres produits issus du traitement des effluents peuvent être épandus sur des terres agricoles en respectant les prescriptions de l'article 21.
 Dans le cas de rejet dans le milieu naturel des effluents traités, le rejet respecte les valeurs limites d'émission suivantes (contrôlées, sauf stipulation contraire de la norme, sur effluent brut non décanté et non filtré, sans dilution préalable ou mélange avec d'autres effluents) :
 - matières en suspension (NFT 90-105) : la concentration ne doit pas dépasser 100 mg/l si le flux journalier n'excède pas 15 kg/j, 35 mg/l au-delà ;
 - DCO (NFT 90-101) : la concentration ne doit pas dépasser 300 mg/l si le flux journalier n'excède pas 100 kg/j, 125 mg/l au-delà ;
 - DBO5 (NFT 90-103) : la concentration ne doit pas dépasser 100 mg/l si le flux journalier n'excède pas 30 kg/j, 30 mg/l au-delà.