En vue de la détermination du programme d'audit prévu à l'article 216, le comptable centralisateur des comptes de l'Etat mentionné à l'article 86 peut proposer, en lien avec le contrôleur budgétaire de l'organisme, des missions d'audit budgétaire et comptable. Ces missions peuvent être réalisées, le cas échéant, en partenariat avec des auditeurs placés sous l'autorité du ministre chargé du budget, ou par ces seuls auditeurs.
 Lorsque l'organisme ne dispose pas d'audit interne, l'évaluation de la maîtrise des opérations budgétaires et comptables ainsi que l'appréciation de la qualité du contrôle interne budgétaire et comptable sont réalisées par des auditeurs placés sous l'autorité du ministre chargé du budget ou d'un autre ministre de tutelle de l'organisme.