Pour prétendre au bénéfice de la prime individuelle mentionnée au 3° de l'article 2, les personnels mentionnés à l'article 1er déposent un dossier de candidature.
1° Pour les enseignants-chercheurs, un arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur précise le calendrier et les modalités de dépôt des candidatures et prévoit que chaque candidature est accompagnée du rapport d'activités mentionné à l'article 7-1 du décret du 6 juin 1984 précité.
Au vu des rapports présentés, pour chaque candidat, par deux rapporteurs de niveau de rang au moins égal à celui du candidat  librement désignés par le conseil académique, ou par l'organe compétent pour exercer les attributions mentionnées au IV de l'article L. 712-6-1 du code de l'éducation, celui-ci délibère en formation restreinte sur l'ensemble des activités des candidats décrites dans le rapport d'activités mentionné à l'alinéa précédent en distinguant leur investissement pédagogique, la qualité de leur activité scientifique et leur investissement dans des tâches d'intérêt général. Cet avis est soit très favorable, soit favorable, soit réservé.
Les avis du conseil académique en formation restreinte et les rapports d'activités précités sont ensuite adressés pour avis par le président de l'établissement à la section compétente du Conseil national des universités, à la section compétente du Conseil national des universités pour les disciplines de santé ou à la section compétente du conseil national des astronomes et physiciens. Lorsqu'un enseignant-chercheur assimilé au corps des maîtres de conférences ne relève pas d'une section, il choisit une section de rattachement.
Après avoir entendu deux rapporteurs désignés par son bureau de grade au moins équivalent à celui du candidat, et sur la base des documents mentionnés à l'alinéa précédent, la section compétente du Conseil national des universités ou la section compétente du Conseil national des universités pour les disciplines de santé ou du conseil national des astronomes et physiciens rend un avis sur le dossier du candidat. Cet avis est soit très favorable, soit favorable, soit réservé. En l'absence d'avis, celui-ci est réputé rendu.
Les avis consultatifs des instances mentionnées au 1° du présent article sont recueillis selon des modalités et un dispositif de cotation fixés par arrêté du ou des ministres intéressés.
Les dossiers ainsi complétés des avis mentionnés aux alinéas précédents sont adressés au président ou au directeur de l'établissement d'affectation de l'agent.
Le président ou le directeur de l'établissement arrête les décisions d'attribution individuelle de la prime qui comprend le montant individuel et le motif de l'attribution de la prime : investissement pédagogique, activité scientifique ou tâches d'intérêt général. Il peut également l'attribuer au titre de l'ensemble de missions d'un enseignant-chercheur.
Sans renoncer à son pouvoir d'appréciation, le président ou le directeur de l'établissement arrête les attributions dans la limite d'une dotation attribuée à cet effet par le ministre chargé de l'enseignement supérieur en tenant compte des avis consultatifs reçus et conformément aux principes de répartition définis par le conseil d'administration dans les lignes directrices de gestion indemnitaire mentionnées à l'article 2 ;
2° Pour les chercheurs, une décision du président ou du directeur de l'organisme précise le calendrier et les modalités de dépôt des candidatures.
Les dossiers sont évalués par l'instance d'évaluation compétente à l'égard du chercheur concerné en application des règles statutaires afférentes à son corps. En cas de refus explicite ou implicite dans un délai de deux mois de l'instance d'évaluation compétente de procéder à l'évaluation du dossier présenté par le chercheur, cette évaluation est réalisée par un comité scientifique désigné à cet effet par décision du président ou du directeur de l'organisme.
Le président ou le directeur de l'organisme arrête les décisions individuelles d'attribution de la prime qui comprend le montant individuel et le motif de l'attribution de la prime : activité scientifique ou tâches d'intérêt général. Il peut également l'attribuer au titre de l'ensemble de missions d'un chercheur.
Sans renoncer à son pouvoir d'appréciation, le président ou le directeur de l'organisme arrête les attributions dans la limite d'une dotation attribuée à cet effet par le ministre chargé de la recherche en tenant compte de l'avis consultatif de l'instance d'évaluation ou du comité scientifique mentionnées ci-dessus et conformément aux principes de répartition définis par le conseil d'administration dans les lignes directrices de gestion indemnitaire mentionnées à l'article 2 ;
3° Les décisions individuelles prennent effet au 1er janvier de l'année au titre de laquelle elles sont arrêtées.
La période de référence de l'évaluation porte sur les quatre années précédant la candidature.
La prime est attribuée pour une durée de trois ans. Pendant cette période, les bénéficiaires ne peuvent pas déposer une autre demande de prime individuelle.
Au terme de la période d'attribution, nul ne peut demander à bénéficier d'une nouvelle prime individuelle pour le même motif avant un délai d'un an. Ce délai de carence est supprimé si la prime est demandée et attribuée pour un motif différent.
En cas de changement d'établissement du bénéficiaire de la prime, l'établissement d'accueil prend en charge le versement de la part indemnitaire prévue au présent article, sur la base du montant fixé par l'établissement d'origine.
Les dispositions des troisième et quatrième alinéas de l'article 1er du décret du 8 juillet 2009 susvisé restent applicables. Le versement de cette prime aux personnels relevant du présent décret et apportant une contribution exceptionnelle à la recherche est arrêté par le chef d'établissement ou d'organisme après avis de la commission de la recherche du conseil académique en formation restreinte aux enseignants-chercheurs ou de l'organe en tenant lieu pour les enseignants-chercheurs ou pour les chercheurs de l'instance d'évaluation ou du comité scientifique mentionnées ci-dessus.
Les enseignants-chercheurs placés en délégation auprès de l'Institut universitaire de France qui bénéficient de plein droit de la prime d'encadrement doctoral et de recherche dans les conditions fixées par le décret du 8 juillet 2009 susvisé ainsi que les personnels concernés par le précédent alinéa ne peuvent dans cette situation ni bénéficier ni déposer de demande de prime au titre du présent article.