Une indemnité de stage est versée aux étudiants pendant la durée des stages réalisés au cours de leur formation.
 Le montant de cette indemnité est fixé, sur la base d'une durée de stage de trente-cinq heures par semaine, à :
 23 euros en première année ;
 30 euros en deuxième année ;
 40 euros en troisième année.
 Les frais de transport des étudiants manipulateurs d'électroradiologie médicale, pour se rendre sur les lieux de stage, sont pris en charge selon les modalités suivantes :
 ― le stage doit être effectué sur le territoire français et hors de la communauté où est situé l'institut de formation, dans la région de son implantation ou dans une région limitrophe ;
 ― le trajet pris en charge est celui entre le lieu de stage et l'institut de formation de manipulateurs d'électroradiologie médicale ;
 ― le trajet peut être effectué en transport en commun ou au moyen d'un des véhicules suivants : véhicules automobiles, motocyclettes, vélomoteurs, voiturettes ou bicyclettes à moteur auxiliaire ;
 ― en cas d'utilisation d'un véhicule personnel, les taux des indemnités kilométriques applicables sont fixés par l'arrêté fixant les taux des indemnités kilométriques prévues à l'article 10 du décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 susvisé ;
 ― lorsque l'étudiant détient un titre d'abonnement de transport, le remboursement est assuré sur la base du montant de cet abonnement et au prorata de la durée du stage.
 Le remboursement est assuré sur justificatif.