Les agences mentionnées à l'article 4 conduisent prioritairement le processus de régularisation des occupations sans titre des terrains ressortissant aux espaces urbains et aux secteurs occupés par une urbanisation diffuse délimités selon les modalités prévues aux articles L. 5112-1 et L. 5112-2 du code général de la propriété des personnes publiques. 
Dans ce cadre, les agences : 
1° Contribuent à l'observation et au suivi des occupations des terrains ; 
2° Etablissent, après consultation de la ou des communes concernées, des programmes d'équipement en voirie et réseaux divers des terrains mentionnés au premier alinéa et mis gratuitement à leur disposition par l'Etat ; 
3° Recherchent les occupants éligibles à la régularisation et les assistent dans leurs démarches de demande de cession ; 
4° Etablissent toutes formalités et documents nécessaires à la cession des terrains ; 
5° Contribuent à la libération des terrains dont l'occupation sans titre ne peut être régularisée et au relogement de leurs occupants.
A titre secondaire, elles peuvent réaliser les travaux de voies d'accès, de réseaux d'eau potable et d'assainissement lorsque les communes n'en assurent pas la conduite. Dans ce cas, les voies et réseaux divers peuvent être cédés à la commune sur le territoire de laquelle ils sont situés. Une convention établie entre l'agence et la commune précise le programme d'équipement en voies et réseaux divers des terrains situés dans un périmètre qu'elle délimite ; cette convention prévoit également les mesures techniques, juridiques et financières nécessaires pour rendre les opérations de cession et d'équipement possibles. Elle fixe les contributions financières respectives de l'agence et de la commune nécessaires à la réalisation des opérations prévues. 
Les agences sont consultées sur la compatibilité entre les projets de cession envisagés en application des articles L. 5112-4 à L. 5112-6 du même code et les programmes d'équipement des terrains en voirie et réseaux divers qu'elles ont établis dans le cadre de leur rôle de coordination avec les collectivités territoriales. 
Le préfet peut, à la demande des communes ou des établissements de coopération intercommunale compétents en matière d'urbanisme et d'aménagement, délimiter des quartiers où l'état des constructions à usage d'habitation et d'activités annexes justifie leur traitement par une opération publique comportant la division foncière, la démolition, la reconstruction ou l'amélioration de l'habitat au bénéfice des personnes qui les occupent ou les donnent à bail à titre de résidence principale, ou qui y exercent une activité professionnelle, ainsi que la réalisation des travaux de voirie et réseaux divers nécessaires à l'équipement du quartier. 
Pour la réalisation de ces opérations, l'article L. 5112-4 du même code est applicable. 
Dans les opérations publiques répondant aux conditions mentionnées au dixième alinéa, l'article L. 5112-4-1, le troisième alinéa de l'article L. 5112-5, le quatrième alinéa de l'article L. 5112-6 et l'article L. 5112-6-1 du même code ne sont pas applicables.