L'échelon de direction est constitué :
- d'un chef de service, haut fonctionnaire de défense et de sécurité adjoint ;
- d'un chef de service adjoint ;
- d'un officier supérieur ou officier général tel que prévu à l'article R.* 1336-5 du code de la défense. Il assume les fonctions d'adjoint "défense" du service. Il est commissaire adjoint aux transports, aux travaux publics et aux bâtiments (TTPB). Il assume à ce titre, en liaison avec le département de la planification et de la gestion de crise, les responsabilités du service pour la mise en œuvre et le suivi de la mobilisation de la ressource TTPB ; 
- d'un adjoint pour la mer qui assure notamment les responsabilités de point de contact national pour la sûreté maritime telles que définies par les dispositions communautaires et internationales ;
- d'un adjoint chargé des relations institutionnelles, des affaires juridiques et de l'animation du réseau de défense et de sécurité.