L'indemnité de fonctions est composée d'une part fixe et d'une part variable.
L'attribution de la part variable obéit à une modulation qui prend en compte deux critères :
-la manière de servir ;
-la contribution aux travaux du Conseil général de l'agriculture, de l'alimentation et des espaces ruraux. 
Le montant de la part fixe et le montant maximum de la part variable sont fixés pour les membres du corps de l'inspection générale selon les grades, et le cas échéant, selon les échelons et les emplois fonctionnels, par arrêté conjoint des ministres chargés du budget, de l'agriculture et de la fonction publique.
L'arrêté prévu à l'alinéa précédent fixe également le montant maximum de la part variable pouvant être attribué à l'inspecteur général de 1re classe assurant la mission de chef du corps de l'inspection générale de l'agriculture.