La direction générale des infrastructures, des transports et de la mer comprend :

- la direction des infrastructures de transport ;

- la direction des services de transport ;

- la direction des affaires maritimes ;

- le service de l'administration générale et de la stratégie.

Le Centre d'études des tunnels est un service d'administration centrale rattaché au directeur général des infrastructures, des transports et de la mer.

Le Centre national des ponts de secours est un service d'administration centrale rattaché au directeur général des infrastructures, des transports et de la mer.

En outre, le directeur des infrastructures de transport est le commissaire délégué aux transports terrestres et le directeur des affaires maritimes est le commissaire délégué aux transports maritimes et le délégué à la mer et au littoral.

La direction générale des infrastructures, des transports et de la mer s'appuie, en tant que de besoin, sur les compétences du Centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement.