L'instruction des demandes de l'aide définie à l'article 1er du présent décret est confiée aux directions interrégionales de la mer et le paiement de cette aide est assuré par l'Agence de services et de paiement, avec laquelle l'Etat conclut une convention, fixant notamment le rôle de l'Agence de services et de paiement et les conditions dans lesquelles les frais exposés par cette agence, au titre de la gestion du régime d'aide prévu par le présent décret, sont compensés par l'Etat.
Les modalités de présentation, d'instruction et de certification des demandes d'aide, ainsi que les conditions de versement de l'aide sont précisées par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes.