Le secrétariat général de la commission professionnelle consultative et des commissions nationales spécialisées est assuré par le bureau des partenariats professionnels de la direction générale de l'enseignement et de la recherche. Il organise les travaux de la commission professionnelle consultative, des commissions nationales spécialisées et des groupes de travail et assure le secrétariat des réunions.
 Il assure également la liaison avec le secrétariat des commissions professionnelles consultatives des autres ministères dans le cadre de travaux interministériels.