La sous-direction du budget civil de recherche a pour mission :
- de préparer les décisions budgétaires relatives à l'attribution des crédits alloués par l'Etat dans le cadre du budget civil de recherche et de développement technologique ;
- de contribuer à l'étude des questions budgétaires et financières relatives aux établissements publics et organismes de recherche placés sous la tutelle du ministre chargé de la recherche et d'assurer le suivi de l'exécution de leurs budgets.
Elle est responsable de l'élaboration et de l'exécution des lois de finances en liaison avec le ministère chargé du budget, pour ce qui concerne les crédits inscrits au budget du ministère chargé de la recherche ; elle assure à cet effet les relations avec le ministère chargé du budget.