Dans le respect de la mesure de conservation et de gestion 2020/01 concernant la gestion de la pêche de fond dans la zone de régulation de l'APSOI, et de manière à limiter l'impact des activités de pêche sur l'environnement marin, les mesures à prendre en cas de rencontre d'organismes appartenant aux taxons des écosystèmes marins vulnérables (EMV) sont prévues à l'annexe VI. Toute rencontre de tels organismes dans les proportions indiquées à l'annexe VI est notifiée au Centre national de surveillance des pêches qui en informe le Muséum national d'Histoire naturelle. Le directeur des pêches maritimes et de l'aquaculture peut interdire, dans le secteur recelant de façon avérée un écosystème marin vulnérable, toute activité de pêche susceptible de lui porter atteinte.