Le service de santé des gens de mer exerce les attributions suivantes :
 ― visites médicales d'aptitude physique à la profession de marin et participation au contrôle des navires dans le cadre des commissions de sécurité ;
 ― réalisation, en tant que service de médecine de prévention au profit des gens de mer, de la surveillance médicale spéciale des personnels embarqués, vérification des conditions de vie et de travail à bord, maintien pour les gens de mer d'une consultation médicale à distance par le centre de consultation médicale maritime ;
 ― organisation et coordination des activités des médecins et infirmiers affectés sous ses ordres dans les services déconcentrés ;
 ― correspondant de la direction centrale du service de santé des armées pour les personnels médecins militaires de ce service et celui de la direction des personnels militaires de la marine pour les infirmiers.