L'institut est administré par un conseil d'administration, présidé par une personnalité scientifique nommé pour une période de quatre ans renouvelable une fois, par décret pris sur proposition du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'industrie. 
Outre son président, le conseil d'administration comprend : 
1-Un membre de droit : le directeur général du Centre national de la recherche scientifique ou son représentant. 
2-Sept représentants de l'Etat désignés respectivement par les ministres chargés de la recherche, de l'industrie, du budget, de l'enseignement supérieur, de la défense, des relations extérieures et des télécommunications. Ces représentants peuvent, en cas d'absence ou d'empêchement, être remplacés par un suppléant désigné dans les mêmes conditions que le titulaire. 
3-Huit personnalités : 
Deux personnalités de l'industrie de l'informatique et de l'automatique désignées par le ministre chargé de l'industrie ; 
Deux personnalités scientifiques désignées par le ministre chargé de la recherche ; 
Deux personnalités représentatives du monde du travail dont l'une désignée par le ministre chargé de la recherche et l'autre, par le ministre chargé de l'industrie ; 
Deux personnalités choisies parmi les utilisateurs de l'informatique et de l'automatique désignées par le ministre chargé de l'industrie. 
4-Quatre représentants du personnel de l'institut ou leurs suppléants dont deux chercheurs, élus pour une durée de quatre ans renouvelable une fois, selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'industrie. 
Les membres du conseil d'administration désignés conformément aux 2 et 3 ci-dessus sont nommés pour une durée de quatre ans renouvelable une fois par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'industrie. 
Le président du conseil scientifique, le directeur général adjoint, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative. 
Le président du conseil d'administration peut également appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne, dont il juge la présence utile. 
Les membres démissionnaires ou décédés ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés ou élus doivent être remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui des membres qu'ils remplacent. 
Les fonctions de membre du conseil d'administration sont gratuites. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.