Le conseil scientifique est l'instance de réflexion et de proposition de l'institut en matière de politique scientifique. Il étudie la situation et les perspectives de développement dans le domaine de la recherche biomédicale et dans celui de la santé. Il contribue à l'élaboration de la politique scientifique, notamment en établissant un rapport périodique de conjoncture et de prospective.
     Il coordonne l'activité des commissions scientifiques spécialisées et des intercommissions et peut être saisi par le directeur général de dossiers qui leur ont été soumis.
    Il est consulté par le directeur général sur :
     1° La création, la modification et la suppression des unités de recherche de l'institut, après avis des commissions scientifiques spécialisées ;
     2° La nomination des directeurs des unités de recherche, le renouvellement de leurs fonctions ou la décision d'y mettre fin après avis des commissions scientifiques spécialisées ;
     3° La politique de recrutement des personnels chercheurs ;
     4° Les lignes directrices des actions de valorisation, d'information et de formation de l'Institut ;
     5° La création de filiales et les prises de participation.
     Il peut être consulté par le conseil d'administration ou le directeur général sur toute question relevant de la compétence de l'institut.
     Il est informé de l'activité des services communs.