La sous-direction des affaires générales et de la qualité :
 1. Anime le fonctionnement d'ensemble de la direction et les relations avec les autres directions ;
 2. Assure le contrôle de gestion de la direction, conduit et prépare les décisions du ressort de la direction en matière de budget ;
 3. Anime la démarche de qualité interne, conduit ou fait conduire les actions de contrôle interne de la direction ;
 4. Coordonne les actions de la direction sur les questions relatives à la santé et à la sécurité au travail ainsi que sur les questions de sécurité de défense et de sécurité des systèmes d'information ;
 5. Coordonne les activités de soutien pour l'ensemble des composantes de la direction.