Le département de la sécurité nucléaire définit les modalités de la protection des matières, des installations et des transports nucléaires et en contrôle la mise en œuvre. 
Il définit les modalités de protection des sources radioactives.
A ce titre, il élabore la réglementation applicable dans ces domaines. 
Il instruit les demandes d'autorisation de détention et de transport des matières nucléaires prévues dans le code de la défense. 
Il organise la tenue de la comptabilité de ces matières. 
Il veille au respect des mesures de protection imposées aux opérateurs, notamment en diligentant des inspections sur les sites. 
Il assure une liaison permanente avec les acteurs du secteur nucléaire. 
Il comprend : 
- la mission de la protection des matières et des installations nucléaires ; 
- la mission de la protection des transports nucléaires.