L'exploitant doit prendre toutes les dispositions nécessaires dans la conception et l'exploitation de ses installations pour assurer une bonne gestion des déchets issus de ses activités. En particulier, l'analyse des effets directs et indirects, temporaires et permanents de l'installation sur l'environnement doit démontrer le recours aux meilleures technologies disponibles et pratiques, réalisables à un coût économiquement acceptable, pour :
   - limiter à la source la quantité et la toxicité des déchets produits, notamment en ce qui concerne les résidus de l'incinération ;
   - prendre toutes les mesures pour faciliter le recyclage et la valorisation de ses déchets, si cela est possible et judicieux du point de vue de la protection de l'environnement ;
   - s'assurer à défaut du traitement ou du prétraitement de ses déchets pour en extraire la plus grande part valorisable ou en réduire les dangers potentiels ;
   - s'assurer ainsi de la plus faible production possible de déchets ultimes et de leur stockage dans les meilleures conditions possible.
   Les déchets et résidus produits doivent être entreposés avant leur revalorisation ou leur élimination, dans des conditions ne présentant pas de risques de pollution (prévention d'un lessivage par les eaux météoriques, d'une pollution des eaux superficielles et souterraines, des envols et des odeurs) pour les populations avoisinantes et l'environnement. Les mâchefers doivent en particulier être refroidis.
   Les stockages temporaires, avant recyclage ou élimination des déchets spéciaux, doivent être réalisés sur des cuvettes de rétention étanches et être protégés des eaux météoriques.
   Tous les déchets d'emballages soumis aux dispositions du décret n° 94-609 du 13 juillet 1994, relatif aux déchets d'emballages dont les détenteurs ne sont pas les ménages, doivent être valorisés dans des installations dûment prévues à cet effet.
   Tout brûlage de déchets à l'air libre est interdit.
   L'arrêté d'autorisation fixe les conditions d'élimination des différents déchets produits par l'installation, et en particulier les caractéristiques et les quantités maximales de déchets solides que l'exploitant est autorisé à déposer dans des installations de stockage. Le stockage des déchets industriels spéciaux produits par l'installation doit être réalisé dans des conditions conformes aux dispositions des arrêtés du 18 décembre 1992 modifiés relatifs au stockage de certains déchets industriels spéciaux ultimes et stabilisés. Pour les autres déchets, les conditions d'élimination précitées tiennent compte de la fraction soluble et des teneurs en métaux lourds dans les lixiviats de ces déchets, mesurées selon les normes en vigueur.