Afin de prévenir la disparition d'espèces végétales menacées et de permettre la conservation des biotopes correspondants, sont interdits, en tout temps, sur le territoire de la région Bourgogne, la destruction, la coupe, la mutilation, l'arrachage, la cueillette ou l'enlèvement, le colportage, l'utilisation, la mise en vente, la vente ou l'achat de tout ou partie des spécimens sauvages des espèces ci-après énumérées.
   Toutefois, les interdictions de destruction, de coupe, de mutilation et d'arrachage ne sont pas applicables aux opérations d'exploitation courante des fonds ruraux sur les parcelles habituellement cultivées.

 Ptéridophytes

 Asplenium billotii F.W. Schultz.

 Asplenium de Billot.

 Botrychium lunaria (L.) Swartz.

 Botryche lunaire.

 Equisetum hiemale L.

 Prêle d'hiver.

 Equisetum sylvaticum L.

 Prêle des bois.

 Equisetum variegatum Schleicher ex Weber et Mohr.

 Prêle panachée.

 Huperzia selago (L.) Bernh. ex Schrank et Mart.

 Lycopode sélagine.

 Lycopodium annotinum L.

 Lycopode à feuilles de genèvrier.

 Lycopodium clavatum L.

 Lycopode en massue.

 Osmonda regalis L.

 Osmonde royale.

 Thelipteris palustris Schott.

 Théliptéris des marais.

 Phanérogames angiospermes
       1. Monocotylédones :

 Baldellia ranunculoides (L.) Parl.

 Flûteau fausse-renoncule.

 Butomus umbellatus L.

 Butome en ombelle.

 Calamagrostis arundinacea (L.) Roth.

 Calamagrostis faux-roseau.

Carex diandra Schrank.

 Laiche arrondie.

 Carex ligerica Gay.

 Laiche de la Loire.

 Coeloglossum viride (L.) Hartmann.

 Orchis grenouille.

 Corynephorus canescens (L.) Beauv.

 Canche des sables.

 Dactylorhiza incarnata (L.) Soo.

 Orchis incarnat.

 Dactylorhiza sambucina (L.) Soo.

 Orchis sureau.

 Epipactis palustris (L.) Crantz.

 Epipacis des marais.

 Eriophorum vaginatum (L.).

 Linaigrette vaginée.

 Limodorum abortivum Boehmer.

 Limodore avorté.

 Luronium natans (L.) Rafin.

 Flûteau nageant.

 Narcissus poeticus L.

 Narcisse des poètes.

 Orchis laxiflora Lam.

 Orchis à fleurs lâches.

 Orchis simia Lam.

 Orchis singe.

 Polygonatum verticillatum (L.) All.

 Sceau de Salomon verticillé.

 Rhynchospora alba (L.) Vahl.

 Rhynchospore blanc.

 Scirpus coespitosus L.

 Scirpe cespiteux.

 Scirpus fluitans L.

 Scirpe flottant.

 Spiranthes spiralis (L.) Chevall.

 Spiranthe d'automne.

Stipa pennata L.

 Stipe penné.

 Stratiotes aloides L.

 Faux aloès.
       2. Dicotylédones :

 Acer monspessulanus L.

 Erable de Montpellier.

 Anarrhinum bellidifolium L. Willd.

 Anarrhinum à feuilles de pâquerette.

 Antennaria dioica (L.) Gaertn.

 Pied de chat.

 Anthyllis montana L.

 Vulnéraire des montagnes.

 Apium repens (Jacq.) Lag.

 Ache rampante.

 Arabis alpina L.

 Arabette des Alpes, corbeille d'argent.

 Arnica montana L.

 Arnica des montagnes.

 Artemisia alba Turra.

 Armoise blanche.

 Artemisia campestris L.

 Armoise champêtre.

 Aster linosyris (L.) Bernh.

 Aster linosyris.

 Biscutella laevigata s.lato L.

 Lunetière lisse.

 Bombycilaena erecta (L.) Smolj.

 Micrope droit.

 Carduncellus mitissimus (L.) DC.

 Petit chardon sans épines.

 Carduus defloratus L.

 Chardon à pédoncule nu.

 Carlina acaulis L.

 Carline sans tige.

 Chamaecytisus supinus (L.) Link.

 Cytise couché.

 Convolvulus cantabrica L.

 Liseron cantabrique.

 Coronilla coronata L.

 Coronille des montagnes.

 Coronilla emerus L.

 Coronille faux séné.

 Corydalis claviculata (L.) DC. ssp. claviculata.

 Corydale à vrilles.

 Crepis paludosa (L.) Moench.

 Crépis des marais.

 Crepis praemorsa (L.) Taush.

 Crépis rongé.

 Cynoglossum dioscoridis Vill.

 Cynoglosse de Dioscoride.

 Daphne alpina L.

 Daphne des Alpes.

 Daphne cneorum L.

 Thymélée.

 Dictamnus albus L.

 Fraxinelle.

 Digitalis grandiflora Miller.

 Digitale à grandes fleurs.

 Elatine hexandra (Lapierre) DC.

 Elatine à six étamines.

 Erica cinerea L.

 Bruyère cendrée.

 Erica tetralix L.

 Bruyère à quatre angles.

 Euphorbia palustris L.

 Euphorbe des marais.

 Gentiana ciliata (L.) Borkh.

 Gentiane ciliée.

 Gentiana cruciata L.

 Gentiane croisette.

 Gentiana pneumonanthe L.

 Gentiane pneumonanthe.

 Hieracium peleterianum Mérat. ssp. ligericum Zahn.

 Epervière de Lepeletier, sous-espèce ligérienne.

 Hottonia palustris L.

 Hottonie des marais.

 Hypericum elodes L.

 Millepertuis des marais.

 Iberis intermedia Guersent.

 Ibéris intermédiaire.

 Impatiens noli tangere L.

 Impatiente ne-me-touchez-pas.

 Inula montana L.

 Inule des montagnes.

 Jasione Laevis Lam.

 Jasione perenne.

 Laserpitium gallicum L.

 Laser de Gaulle.

 Lathyrus palustris L.

 Gesse des marais.

 Lathyrus pannonicus (Jacq.) Garcke ssp. asphodeloides (Gouan) Bässler.

 Gesse blanchâtre.

 Linaria alpina (L.) Miller.

 Linaire des Alpes.

 Linum austriacum L. ssp collinum Nyman.

 Lin d'Autriche.

 Linum leonii F.W. Schultz.

 Lin français.

 Littorella uniflora (L.) Ascherson.

 Littorelle.

 Meconopsis cambrica (L.) Vig.

 Méconopsis du Pays de Galle.

 Myrica gale L.

 Piment royal.

 Myriophyllum alterniflorum DC.

 Myriophylle à fleurs alternes.

 Nymphoides peltata (S.G. Gmelin) O. Kuntze.

Faux nénuphar.

 Oenanthe silaifolia Bieb.

 OEnanthe intermédiaire.

 Orobanche alba Stephan ex Willd.

 Orobanche du thym.

 Orobanche alsatica Kirschleger.

 Orobanche d'Alsace.

 Pedicularis palustris L.

 Pédiculaire des marais.

 Peucedanum oreoselinum (L.) Moench.

 Persil de montagne.

 Peucedanum palustre (L.) Moench.

 Peucédan des marais.

 Prenanthes purpurea L.

 Prénanthe pourpre.

 Prunus padus L.

 Cerisier à grappes.

 Ranunculus hederaceus L.

 Renoncule à feuilles de lierre.

 Salix repens L.

 Saule rampant.

 Scutellaria hastifolia L.

 Scutellaire à feuilles hastées.

 Sedum hirsutum All.

 Orpin hérissé.

 Sedum villosum L.

 Orpin pubescent.

 Senecio helenitis (L.) Schinz et Thell.

 Séneçon à feuilles spatulées.

 Sesamoides canescens (L.) Kuntze.

 Faux sésame.

 Seseli peucedanoïdes (Bieb.) Kos-Pol.

 Séséli faux peucédan.

 Silene armeria L.

 Silène à bouquets.

 Silene otites (L.) Wibel.

Silène à oreillettes.

 Spergula morisonii Boreau.

 Spargoute printanière.

 Swertia perennis L.

 Swertie pérenne.

 Thlaspi sylvestre Jordan.

 Tabouret des Alpes.

 Trifolium subterraneum L.

 Trèfle semeur.

 Tuberaria guttata (L.) Fourn.

 Hélianthème taché.

 Ulex minor Roth.

 Ajonc nain.

 Vaccinium oxycoccos L.

 Canneberge.

 Vaccinium vitis idaea L.

 Airelle du Mont-Ida.

 Valeriana tuberosa L.

 Valériane tubéreuse.

 Viola rupestris F.W. Schmidt.

 Violette des rochers.

 Wahlenbergia hederacea (L.) Reichenb.

 Wahlenbergie.