Le plan de contrôle, sauf dérogation dûment justifiée par des circonstances exceptionnelles qu'il devra décrire, fixe un objectif de taux de contrôle qui ne peut être inférieur à 2 % du nombre de dossiers ordonnancés pour les interventions dans le secteur de l'agriculture, l'aquaculture, la forêt, l'aménagement du territoire et le développement rural, la pêche et les industries qui leur sont liées.
 Pour les autres secteurs pour lesquels l'agence de services et de paiement exerce ses missions et notamment l'emploi, l'éducation, la formation professionnelle, l'insertion, l'intégration, la solidarité, l'action sociale et l'environnement, ce taux de contrôle ne peut être inférieur à 1 %.