Outre la délégation à la mer et au littoral, la direction des affaires maritimes comprend :

― la sous-direction de la sécurité maritime ;

― la sous-direction des gens de mer et de l'enseignement maritime ;

― la sous-direction des activités maritimes ;

― la sous-direction des systèmes d'information maritimes ;

― la mission de la flotte de commerce ;

― la mission de la navigation de plaisance et des loisirs nautiques.

En outre, lui est rattaché le service de santé des gens de mer.