La bonification indiciaire attachée à l'emploi de conseiller de la recherche ne peut être cumulée avec l'indemnité spécifique pour fonctions d'intérêt collectif instituée par le décret du 28 novembre 1991 susvisé. 
Toutefois, les agents nommés dans l'emploi de conseiller de la recherche qui percevaient antérieurement à cette nomination l'indemnité spécifique pour fonctions d'intérêt collectif peuvent, lorsque le montant de la bonification indiciaire attachée à l'emploi de conseiller de la recherche est inférieur au montant de l'indemnité pour fonctions d'intérêt collectif, continuer à percevoir la fraction de cette dernière comprise entre le montant de la bonification indiciaire et le montant de l'indemnité pour fonctions d'intérêt collectif antérieurement perçu.