Des commissions scientifiques représentatives d'un secteur de la recherche participent à l'évaluation des travaux et des programmes dans leur domaine de compétence sans préjudice des dispositions des articles 11,13 et 14 du décret n° 2006-1334 du 3 novembre 2006 relatif à l'organisation et au fonctionnement de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur. 
Elles contribuent à la réflexion du conseil scientifique sur la politique scientifique de l'institut. 
Ces commissions scientifiques sectorielles sont consultées, dans leur domaine de compétence, sur la création, la modification ou la suppression des unités de recherche de l'institut et la nomination de leurs directeurs. Le conseil d'administration peut décider de confier l'organisation des évaluations des unités de recherche à l'instance mentionnée à l'article L. 114-3-1 du code de la recherche dans les conditions prévues au 2° de cet article, ou demander à cette instance de s'assurer de la qualité des évaluations conduites par ces commissions en validant la procédure qu'elles proposent. 
Elles donnent leur avis sur toute question qui leur est soumise par le président de l'institut. 
Les commissions scientifiques sectorielles comprennent au moins 50 % de membres extérieurs à l'établissement. Elles peuvent comprendre des personnalités étrangères. Elles sont créées par le conseil d'administration sur proposition du président de l'institut, après avis du conseil scientifique. Elles sont composées de membres nommés par le président de l'institut et, en nombre égal, de membres élus par les personnels de l'IRD et par les personnels associés aux activités de l'institut. Le mandat de leurs membres est d'une durée de quatre ans, non renouvelable dans l'une quelconque des commissions de la mandature suivante. Elles élisent leur président en leur sein. 
Elles se réunissent au moins deux fois par an sur convocation du président de l'institut qui fixe l'ordre du jour. Le président d'une commission peut inscrire des points complémentaires à cet ordre du jour à son initiative ou à celle du quart au moins de ses membres. 
Le président de l'institut et le ou les directeurs généraux délégués sont entendus à leur demande par les commissions scientifiques sectorielles. 
Le président d'une commission scientifique sectorielle peut inviter à participer aux séances, à titre consultatif, des personnalités choisies en raison de leur compétence. 
Un arrêté des ministres exerçant la tutelle de l'institut fixe la composition et les règles de fonctionnement des commissions scientifiques sectorielles ainsi que les modalités de désignation de leurs membres et de leur président.