L'exploitant doit mettre en place un programme de surveillance de ses rejets. Les mesures sont effectuées sous la responsabilité de l'exploitant et à ses frais dans les conditions fixées par l'arrêté d'autorisation.
Pour les effluents aqueux faisant l'objet des valeurs limites fixées à l'article 17, les paramètres suivants sont analysés en continu (C) ou avec les fréquences journalières (J), hebdomadaires (H) ou mensuelles (M), de manière ponctuelle à travers un prélèvement continu (C), instantané (I) ou un prélèvement sur 24 heures proportionnel au débit (M24) :
(Tableau non reproduit voir JORF du 16 octobre 1996 p.15103). Au moins une fois par an les mesures précisées par le programme de surveillance devront être effectuées par un organisme tiers compétent ou choisi en accord avec l'inspection des installations classées.
Dans le cas du raccordement à un ouvrage de traitement collectif, une surveillance adéquate doit être réalisée à la sortie de l'installation ou à l'arrivée sur le site de traitement, avant tout mélange avec d'autres effluents, notamment afin de vérifier la traitabilité effective de l'effluent dans l'installation externe.
Lorsqu'il ne s'agit pas d'un rejet continu, mais d'un rejet par bâchées, une analyse de tous les paramètres précités est réalisée avant chaque rejet sur un échantillon instantané prélevé dans la bâchée à rejeter.