Un conseil scientifique, institué auprès du président du conseil d'administration, est l'instance de réflexion et de proposition de l'institut en matière de politique scientifique.
Il donne notamment son avis au conseil d'administration sur les grandes orientations de la politique scientifique de l'institut, les programmes de recherche et le rapport annuel d'activité.
Il est consulté par le président de l'institut sur la création et la suppression des unités de recherche de l'institut, ainsi que sur la nomination de leurs directeurs, le renouvellement de leurs fonctions ou la décision d'y mettre fin.
Le conseil comprend onze personnalités qualifiées, dont au moins une de nationalité étrangère, nommées par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'industrie, dont :
 1° Deux personnalités de l'industrie de l'informatique et de l'automatique proposées par le ministre chargé de l'industrie ;
 2° Deux personnalités choisies parmi les utilisateurs de l'informatique et de l'automatique proposées par le ministre chargé de l'industrie ;
 3° Trois personnalités scientifiques proposées par le ministre chargé de la recherche ;
 4° Trois personnalités scientifiques proposées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
 5° Une personnalité scientifique proposée par le ministre de la défense.
 Il comprend également quatre membres du personnel de l'institut ou leurs suppléants, dont trois chercheurs, élus par le personnel. Les modalités d'organisation des élections ainsi que les modalités de remplacement des membres élus sont fixées par le règlement intérieur de l'institut.
 La durée du mandat des membres du conseil scientifique est de quatre ans renouvelable une fois.
 Le président, choisi parmi les personnalités qualifiées mentionnées ci-dessus, est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'industrie.
 Les membres démissionnaires ou décédés ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés doivent être remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui des membres qu'ils remplacent.
 Les fonctions de membres du conseil scientifique sont gratuites. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.
Le conseil scientifique se réunit sur convocation de son président ; il délibère sur un ordre du jour arrêté par le président de l'institut.