Le conseil d'orientation est assisté d'un comité scientifique. Le comité scientifique est chargé d'évaluer la situation dans le domaine des ressources génétiques, de proposer au conseil d'orientation les priorités thématiques et d'expertiser les projets retenus ainsi que les actions réalisées. Les membres du comité scientifique sont nommés par arrêté du ministre chargé de la recherche pour un mandat de quatre ans renouvelable.
Le comité scientifique élit son président. Celui-ci peut appeler à participer aux séances toute personne dont il juge la présence utile en fonction de l'ordre du jour.