Un cahier des charges établi par le ministre chargé de l'agriculture précise, le cas échéant, les modalités de gestion du marquage électronique par le gestionnaire du marquage électronique.
 Ce dernier tient la comptabilité des opérations de marquage électronique des équidés. Cette comptabilité est distincte de celles des autres activités des Haras nationaux. Une comptabilité distincte doit également être assurée en ce qui concerne la gestion de tout stock d'ensemble insert-injecteurs tenu par les Haras nationaux.
 Le gestionnaire du marquage électronique tient à jour le fichier national du marquage électronique des équidés.
 Les informations suivantes doivent être enregistrées :
 - dans les huit jours suivant leur réception, l'identification de chaque ayant droit ayant commandé les ensembles insert-injecteurs, le nombre d'insert-injecteurs et les numéros de marquage, par fabricant, distributeur ou importateur, qui sont adressés à chaque ayant droit. Un décompte des ensembles insert-injecteurs retournés doit être tenu par ayant droit et par fabricant, distributeur ou importateur ;
 - dans le mois suivant leur réception, les informations relatives à l'identification complémentaire électronique contenues dans le document de marquage.