La sous-direction des ports et du transport fluvial exerce les attributions suivantes :
― élaboration des orientations de la politique relative au développement des ports maritimes et intérieurs et planification des projets de développement de leurs infrastructures ;
― exercice de la tutelle des ports relevant de l'Etat et de la Chambre nationale de la batellerie artisanale ;
― réglementation et régulation économique des ports et des services de transport fluvial, et de réglementation relative à l'usage des infrastructures portuaires et aux services portuaires ;
― élaboration et mise en œuvre des réglementations relatives à la police portuaire, à la sécurité et à la sûreté des ports ;
― définition des orientations relatives à la sécurité et à la police de la navigation des transports fluviaux et à la sûreté des transports fluviaux, proposition à cet effet des dispositions législatives, élaboration et mise en œuvre des réglementations, en liaison avec la direction des affaires juridiques ;
― définition et coordination, en liaison avec les ministères en charge de l'intérieur, de la défense, des finances, de l'industrie et de la justice, de la politique du contrôle des transports fluviaux, suivi de l'application des sanctions et de leur harmonisation ;
― contribution, dans le domaine des ports et du transport fluvial et maritime, aux analyses et études économiques ;
― participation aux réflexions sur les effets du transport maritime et fluvial sur l'environnement ;

― pilotage du développement des autoroutes de la mer et de la multimodalité dans les ports.
Elle comprend :
― le bureau des ports ;
― le bureau de l'organisation et de la réglementation portuaires ;
― le bureau de la stratégie et du développement portuaires ;

― le bureau de la sûreté portuaire et fluviale.
― le bureau de la stratégie et du développement portuaires.