La direction de l'eau et de la biodiversité comprend :

- la sous-direction de l'animation territoriale et de l'appui aux politiques de protection et de restauration des écosystèmes ;

- la sous-direction de la protection et de la restauration des écosystèmes terrestres ;

- la sous-direction de la protection et de la gestion de l'eau, des ressources minérales et des écosystèmes aquatiques ;

- la sous-direction de la protection et de la restauration des écosystèmes littoraux et marins.

L'échelon de direction appuie ces sous-directions dans leurs activités internationales et européennes et assure la coordination de leurs dossiers sur ces sujets : négociation et suivi de la mise en œuvre des conventions internationales, négociation et suivi de la mise en œuvre du droit européen, suivi des contentieux communautaires. Il contribue à la définition des actions internationales et européennes des opérateurs sous tutelle de la direction, et suit les opérateurs français œuvrant à l'international dans les instances desquels la direction est représentée.

L'ensemble de ces activités est mené en lien étroit avec la direction des affaires européennes et internationale, le ministère des affaires étrangères et les acteurs internationaux concernés, pour l'élaboration et le portage des positions prises par la France au niveau international et au niveau européen