Des conseils spécialisés peuvent être créés en tant que de besoin, sur proposition du conseil de direction, par arrêté conjoint du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture, du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget, qui en fixe également la composition et les modalités de fonctionnement.
   Le conseil de direction détermine les missions qui sont confiées aux conseils spécialisés et examine chaque année les conditions dans lesquelles ils se sont acquittés de leur mission. Le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture peut toutefois saisir directement un conseil spécialisé d'une affaire particulière.
   Les conseils spécialisés peuvent comporter des personnalités qui ne font pas partie du conseil de direction et des représentants d'organisations professionnelles ou d'intérêts économiques ainsi que des représentants des départements ministériels concernés non représentés au conseil de direction.
   Les présidents des conseils spécialisés sont nommés par le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture après consultation du conseil spécialisé concerné. S'ils ne sont pas membres du conseil de direction, ils y siègent de droit avec voix consultative.
   Chaque conseil spécialisé étudie les projets de décision qui lui sont soumis par le directeur et exprime son avis.