La pertinence du système d'autocontrôle et de traçabilité est appréciée au regard de l'élaboration et la mise en œuvre, par l'exploitant, d'un plan de maîtrise sanitaire comportant des programmes et des procédures de sécurité alimentaire fondés sur les principes HACCP (analyse des dangers et détermination des points critiques), prévus à l'article 5 du règlement (CE) n° 852/2004 du 29 avril 2004 relatif à l'hygiène des denrées alimentaires.
 Le système d'autocontrôle et de traçabilité est qualifié de « pertinent » lorsque :
 ― l'exploitant a validé son analyse des dangers ;
 ― l'exploitant a validé ses mesures de maîtrise des points incontournables ;
 ― l'exploitant a vérifié l'efficacité de son plan de maîtrise sanitaire.