Elle est administrée par un conseil d'administration dont la composition est la suivante:
- un conseiller d'Etat, président;
- un représentant du ministre d'Etat, ministre des affaires étrangères;
- un représentant du garde des sceaux, ministre de la justice;
- un représentant du ministre de l'économie et des finances;
- un représentant du ministre du budget;
- un représentant du ministre chargé des rapatriés;
- trois personnes connaissant particulièrement les problèmes de la compétence de l'agence.
Participent avec voix consultative aux travaux du conseil d'administration le directeur général, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable de l'agence.