La mission ministérielle d'audit interne, rattachée directement au ministre des affaires étrangères, est chargée d'animer et de coordonner la politique d'audit interne définie par le comité ministériel d'audit interne. Elle est dirigée par l'inspecteur général des affaires étrangères.
 La mission ministérielle d'audit interne propose, en se fondant sur une analyse des risques, le programme d'audit ministériel, qu'elle soumet à l'approbation du comité ministériel d'audit interne. Ce programme peut s'étendre aux opérateurs soumis à la tutelle du ministère des affaires étrangères.