La direction nationale garde-côtes des douanes met en œuvre, sur l'ensemble du territoire national, à l'exclusion de la zone de compétence de la direction régionale des douanes et droits indirects de Mayotte, les missions de surveillance maritime et terrestre de l'administration des douanes nécessitant l'utilisation de moyens maritimes et aériens.
A ce titre, la direction nationale garde-côtes des douanes met en œuvre les orientations stratégiques définies par la direction générale des douanes et droits indirects dans les domaines maritime et aérien.
Elle contribue à l'action de l'Etat en mer et à la fonction garde-côtes et participe, dans ce cadre, à des missions nationales et internationales.