Le département de l'intelligence économique et de la protection du secret conduit la politique d'intelligence économique tant en terme de protection des savoir-faire et des entreprises qu'en terme de stratégie d'influence. A ce titre, il représente le ministère au sein du groupe permanent pour l'intelligence économique placé auprès du secrétariat général de la défense nationale, il coordonne la veille économique dans les différents secteurs d'activités du ministère et il assure, au profit des services, des établissements publics et des opérateurs relevant du ministère, une diffusion de la culture d'intelligence économique.
 Il assure les responsabilités confiées au fonctionnaire de sécurité et de défense telles que définies par l'instruction approuvée par l'arrêté du 25 août 2003 relatif à la protection du secret de la défense nationale. Il tient les catalogues d'emplois nécessaires à une habilitation et coordonne l'instruction des demandes d'habilitation des personnes physiques et des personnes morales dans les secteurs d'activités relevant du ministère.
 Il comprend :
 ― la mission de l'intelligence économique ;
 ― la mission de la protection du secret.