Les systèmes de vote électronique par internet comportent les mesures physiques et logiques permettant d'assurer la confidentialité des données transmises, notamment la confidentialité des fichiers constitués pour établir les listes électorales, ainsi que la sécurité de l'adressage des moyens d'authentification, de l'émargement, de l'enregistrement et du dépouillement des votes.
Ces obligations de confidentialité et de sécurité s'imposent à l'ensemble des personnes intervenant sur le système de vote électronique par internet, notamment aux agents du Centre national et des centres régionaux des œuvres universitaires et scolaire chargés, le cas échéant, de la gestion et de la maintenance du système de vote et à ceux du prestataire, si ces opérations lui ont été confiées.
Les fonctions de sécurité de ces systèmes doivent être conformes au référentiel général de sécurité prévu à l'article 9 de l'ordonnance du 8 décembre 2005 susvisée.
Les données relatives aux électeurs inscrits sur les listes électorales ainsi que les données relatives aux votes font l'objet de traitements informatiques distincts, dédiés et isolés, respectivement dénommés « fichier des électeurs » et « contenu de l'urne électronique ». En cas de recours à un même système de vote pour plusieurs scrutins, chacun de ces scrutins doit être isolé dans le système informatique.
Chaque système de vote électronique par internet comporte un dispositif de secours offrant les mêmes garanties et les mêmes caractéristiques que le système principal et capable d'en prendre automatiquement le relais en cas de panne n'entraînant pas d'altération des données.
Il comporte également un dispositif qui procède à des tests automatiques de manière aléatoire pendant toute la durée du scrutin.