Le représentant de l'Etat en mer est le préfet maritime. Délégué du Gouvernement, il est le représentant direct du Premier ministre et de chacun des membres du Gouvernement. Son autorité s'exerce jusqu'à la limite des eaux sur le rivage de la mer. Elle ne s'exerce pas à l'intérieur des limites administratives des ports. Dans les estuaires, elle s'exerce en aval des limites transversales de la mer. 
Le préfet maritime veille à l'exécution des lois, des règlements et des décisions gouvernementales. Investi du pouvoir de police générale, il a autorité dans tous les domaines où s'exerce l'action de l'Etat en mer, notamment en ce qui concerne la défense des droits souverains et des intérêts de la Nation, le maintien de l'ordre public, la sauvegarde des personnes et des biens, la protection de l'environnement et la coordination de la lutte contre les activités illicites.