La conférence de prévention étudiante se réunit une fois par an sur convocation des directeurs généraux chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.
Pour l'exercice des missions qui lui sont confiées, la conférence de prévention étudiante peut mettre en place des groupes d'experts dont elle choisit les membres en raison de leurs compétences.
Le secrétariat de la conférence de prévention étudiante est assuré par les services de la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle et de la direction générale de la santé.
Les membres de la conférence exercent leurs fonctions à titre gratuit.