Outre les missions énoncées à l'article L. 953-2 du code de l'éducation, les fonctionnaires nommés dans l'emploi de directeur général des services contribuent à la définition des stratégies de l'établissement, à l'élaboration du projet de développement et sont responsables de sa mise en œuvre. 
Ils exercent les fonctions d'encadrement de l'ensemble des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, sociaux et de santé affectés dans l'établissement.