Sous l'autorité du ministre chargé du budget, les comptables publics exécutent toutes opérations de recettes et de dépenses du budget général, des budgets annexes et des comptes spéciaux, toutes opérations de trésorerie et, d'une manière générale, toutes autres opérations financières incombant à l'Etat. 
En vue de garantir la qualité des comptes de l'Etat, et sans préjudice des compétences de l'ordonnateur, le comptable public s'assure, par ses contrôles sur les biens, droits et obligations qui doivent être enregistrés dans le compte général de l'Etat, de la qualité du contrôle interne comptable et du respect des principes et des règles mentionnés à l'article 31 de la loi organique du 1er août 2001 et précisés par arrêté du ministre chargé du budget. 
Lorsqu'à l'occasion de ses contrôles il constate une irrégularité, le comptable public en informe l'ordonnateur pour régularisation. Il peut également, à son initiative, enregistrer ou rectifier une opération, dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé du budget.