Le département de l'intelligence économique et de la protection de l'information conduit les politiques d'intelligence économique, de protection du secret et de sécurité des systèmes d'information. 
Il participe à l'élaboration et à l'application des politiques et instructions interministérielles relatives à la protection du patrimoine scientifique, technologique et économique de la nation. 
Il coordonne la veille économique, la stratégie d'influence et la diffusion de la culture d'intelligence économique dans les différents secteurs d'activité du ministère. 
Il appuie le haut fonctionnaire de défense et de sécurité dans : 
- ses responsabilités relatives à la protection du secret de défense ; 
- la définition des politiques de sécurité des systèmes d'information et les attributions confiées au fonctionnaire de sécurité des systèmes d'information. 
Il veille au déploiement et au bon fonctionnement des moyens sécurisés de communication pour le ministère et les opérateurs sous tutelle. 
Il comprend : 
- la mission de l'intelligence économique ; 
- la mission de la protection du secret ; 
- la mission de la sécurité des systèmes d'information.