Pour obtenir un congé de longue maladie ou de longue durée, le fonctionnaire en activité, ou son représentant, doit adresser à l'autorité ayant le pouvoir de nomination une demande appuyée d'un certificat du médecin traitant spécifiant qu'il peut bénéficier des dispositions du 3° ou du 4° de l'article 41 de la loi du 9 janvier 1986 susvisée. 
Le médecin traitant adresse directement au secrétaire du comité médical compétent un résumé de ses observations et les pièces justificatives dont la production peut être prescrite par les dispositions de l'arrêté ministériel prévu à l'article 49 du décret du 14 mars 1986 susvisé, Au vu de ces pièces, le secrétaire du comité médical fait procéder à une contre-visite du demandeur par un médecin agréé, le cas échéant spécialiste. 
Le dossier est ensuite soumis au comité médical compétent. Si le médecin agréé qui a procédé à la contre-visite ne siège pas au comité médical, il peut être entendu par celui-ci. 
Le comité médical transmet son avis à l'autorité investie du pouvoir de nomination. 
En cas de contestation par cette autorité ou par l'intéressé, l'avis du comité médical est soumis au comité médical supérieur. 
Si la demande de congé est présentée au cours d'un congé antérieurement accordé dans les conditions prévues à l'article 41 (3°, premier alinéa) de la loi du 9 janvier 1986 susvisée, la première période de congé de longue maladie ou de longue durée part du jour de la première constatation médicale de la maladie dont est atteint le fonctionnaire.