Le secrétaire général du Conseil supérieur de la marine marchande dirige le secrétariat général du Conseil. Il gère les moyens de fonctionnement mis à sa disposition. Il assure le fonctionnement des différentes formations du Conseil et assiste à ses réunions. Il rend compte de son activité au président du Conseil supérieur de la marine marchande.
   Le secrétaire général du Conseil supérieur de la marine marchande est placé sous l'autorité du ministre chargé de la marine marchande.