La sous-direction de l'aquaculture et de l'économie des pêches est chargée de la définition de la politique de l'aquaculture et de la politique relative à l'économie des pêches maritimes, au plan national et dans le cadre des relations avec l'Union européenne et les organismes internationaux concernés, et veille à sa mise en œuvre.
 A ce titre :
 Elle élabore, en liaison avec l'Union européenne et les différents organismes nationaux et internationaux concernés, la politique d'accompagnement financier des secteurs et d'aide aux entreprises de pêche maritime et continentale, d'aquaculture et de transformation des produits de la pêche et de l'aquaculture. Elle traite des questions internationales en la matière.
 Elle définit le système de gestion et de contrôle des crédits du fonds communautaire dédié à la pêche maritime et à l'aquaculture, et s'assure de sa mise en œuvre.
 Elle élabore, en liaison avec l'Union européenne et les différents organismes nationaux et internationaux concernés, la politique d'orientation, d'organisation et de valorisation de la production, de la première commercialisation et de la transformation des produits de la pêche et de l'aquaculture, et veille à sa mise en œuvre. Elle traite des questions de commerce international en la matière.
 Elle définit la réglementation fixant le régime des autorisations d'exploitation de cultures marines et la réglementation de la pêche à pied professionnelle.
 Elle détermine, en liaison avec l'Union européenne, la politique d'accompagnement du développement durable des zones dépendantes de la pêche et de l'aquaculture.
 Elle participe à la définition de la politique générale d'utilisation du littoral et des milieux aquatiques continentaux et des zones humides, en liaison avec les autres administrations concernées.
 Elle exerce la tutelle de l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (France AgriMer) pour les activités relevant du domaine de compétence de la direction. Elle est chargée du contrôle sur les organismes de la coopération maritime et du crédit maritime mutuel et les organisations interprofessionnelles de l'aquaculture.
 Elle gère les crédits d'Etat et communautaires dans ses domaines de compétence.
 La sous-direction de l'aquaculture et de l'économie des pêches comprend :
 - le bureau de la conchyliculture et de l'environnement littoral ;
 - le bureau de la pisciculture et de la pêche continentale ;
 - le bureau de l'économie des pêches ;
 - le bureau de la politique structurelle et des concours publics.