Le secrétaire général assiste le ministre dans la définition des politiques et la conduite des affaires. Outre les missions qui lui sont confiées par le décret du 2 novembre 1976 susvisé, il a autorité, au nom du ministre, sur l'ensemble des services du ministère. Il préside le conseil de direction. Il est secondé dans ses fonctions par un secrétaire général adjoint. La direction du numérique lui est directement rattachée.