La direction de l'eau et de la biodiversité comprend :
― la sous-direction des espaces naturels ;
― la sous-direction de la protection et de la valorisation des espèces et de leurs milieux ;
― la sous-direction de l'action territoriale et de la législation de l'eau ;
― la sous-direction de la protection et de la gestion des ressources en eau et minérales ;
― la sous-direction du littoral et des milieux marins.