Une recherche de contre-indication à la vaccination est effectuée lors de la visite d'expertise médicale initiale.
Pour les ultra-marins, elle a lieu avant le départ pour la métropole.
Toute contre-indication à la vaccination, établie par un médecin des armées, entraîne une inaptitude médicale à l'engagement. Lorsque cette contre-indication est identifiée pendant la période probatoire, l'autorité militaire dénonce le contrat d'engagement.
Le refus de recevoir, lors du processus de recrutement, les vaccinations légales et réglementaires inscrites au calendrier vaccinal des armées est un motif d'inaptitude non médicale à l'engagement. Lorsque ce refus se manifeste pendant la période probatoire, l'autorité militaire dénonce le contrat d'engagement.