Le conseil d'administration comprend trente-deux membres ainsi répartis : 
a) Membres de droit : 
― quatre représentants de l'Etat, dont deux représentants du ministre chargé de l'agriculture, ou leurs suppléants, nommés par arrêté de ce ministre ; 
― deux représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements désignés respectivement par leur organe délibérant, ou leurs suppléants ; ces collectivités ou groupements sont choisis par le conseil d'administration ; 
― un représentant de l'     Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement désigné par son président ; 
― un représentant de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale désigné par son président ; 
― un représentant du Conseil supérieur de l'ordre des vétérinaires désigné par son président ; 
b) Membres nommés : 
― sept personnalités qualifiées, nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, représentatives des professions et des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement, dont au moins une parmi les anciens élèves ; 
c) Membres élus : 
― quatre représentants des professeurs et personnels assimilés ou leurs suppléants ; 
― quatre représentants des maîtres de conférences et assimilés et des autres enseignants ou leurs suppléants ; 
― quatre représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ou leurs suppléants ; 
― quatre représentants des étudiants ou leurs suppléants. 
Le conseil d'administration élit son président et son vice-président, en son sein, parmi les personnes extérieures à l'établissement et n'assurant pas la représentation de l'Etat.