La sous-direction de la gestion administrative et de la paye : 
 - assure la gestion administrative des personnels à l'exception de ceux qui sont gérés par la direction générale de l'aviation civile, et de ceux dont la gestion est déconcentrée, sauf en ce qui concerne la gestion déconcentrée au titre du périmètre de l'administration centrale ; 
 - assure la paye des personnels à l'exception de ceux qui sont gérés par la direction générale de l'aviation civile, et de ceux dont la paye est déconcentrée, sauf en ce qui concerne la gestion déconcentrée au titre du périmètre de l'administration centrale ; 
 - organise la paye des personnels à gestion centralisée et à gestion déconcentrée au titre du périmètre de l'administration centrale dont elle assure la gestion administrative ; 
 - assure la gestion administrative et la paye des personnels affectés en administration centrale ; 
 - assure ou organise l'instruction des dossiers individuels de retraite des personnels dont elle assure la gestion administrative et la paye, et met en œuvre le droit à l'information, sur les retraites, de ces personnels. 
 Elle comprend : 
 - le bureau de la synthèse et des fonctions transverses ; 
 - le bureau de la gestion administrative et de la paye des agents de la filière administrative, sociale et médico-sociale ; 
 - le bureau de la gestion administrative et de la paye des agents de la filière technique ; 
 - le bureau de la gestion administrative et de la paye des agents de la filière maritime et des personnels contractuels ; 
 - le pôle de validation des mouvements de paye.