La sous-direction des ports et du transport fluvial exerce les attributions suivantes :
 ― élaboration des orientations de la politique relative au développement des ports maritimes et intérieurs ;
 ― exercice de la tutelle des ports relevant de l'Etat et de la Chambre nationale de la batellerie artisanale ;
 ― réglementation et régulation économique des ports et des services de transport fluvial, et de réglementation relative à l'usage des infrastructures portuaires et aux services portuaires ;
 ― élaboration et mise en œuvre des réglementations relatives à la police portuaire, à la sécurité et, en liaison avec la mission sûreté défense, à la sûreté des ports ;
 ― définition des orientations relatives à la sécurité et à la police de la navigation des transports fluviaux et, en liaison avec la mission sûreté défense, à la sûreté des transports fluviaux, proposition à cet effet des dispositions législatives, élaboration et mise en œuvre des réglementations, en liaison avec la direction des affaires juridiques ;
 ― définition et coordination, en liaison avec les ministères en charge de l'intérieur, de la défense, des finances, de l'industrie et de la justice, de la politique du contrôle des transports fluviaux, suivi de l'application des sanctions et de leur harmonisation ;
 ― contribution, dans le domaine des ports et du transport fluvial et maritime, aux analyses et études économiques ;
 ― recueil et traitement de données dans les domaines du transport maritime et des ports ;
 ― participation aux réflexions sur les effets du transport maritime et fluvial sur l'environnement.
 Elle comprend :
 ― le bureau des ports ;
 ― le bureau de l'organisation et de la réglementation portuaires ;
 ― le bureau du transport fluvial ;
 ― le bureau de l'observation économique des transports fluviaux et maritimes et des ports.