Le doyen de l'inspection de l'enseignement agricole nomme un coordonnateur de la mission qui est chargé de la répartition des demandes, de la coordination et du suivi administratif des contrôles.
Dans un délai d'un mois à compter de la réception de la saisine du préfet, le coordonnateur de la mission contacte le centre de formation d'apprentis ou l'entreprise qui font l'objet du contrôle afin de programmer le contrôle s'il a lieu sur place et de recueillir tout document et pièce utile au contrôle.
Il en informe le préfet de la région dans laquelle se situent l'entreprise ou le centre de formation d'apprentis. Il en informe également le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt de la région dans laquelle se situe le centre de formation d'apprentis. Le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt tient à sa disposition tout document et pièce de nature à l'éclairer.