La sous-direction déchets et économie circulaire est chargée de l'élaboration, de la coordination et de la mise en œuvre de la politique de prévention et de gestion des déchets : prévention, planification, valorisation et recyclage, organisation administrative et fiscale, filières dédiées, mouvements transfrontaliers, suivi des installations de traitement au titre des installations classées pour la protection de l'environnement. En liaison avec le Commissariat général au développement durable, elle coordonne la politique du ministère relative à l'économie circulaire.
 Elle comprend :
 - le bureau de la planification et de la gestion des déchets ;
 - le bureau de la prévention et des filières à responsabilité élargie du producteur ;
 - le pôle national des transferts transfrontaliers de déchets.