La sous-direction des affaires financières et du contrôle de gestion est chargée, dans le cadre des orientations fixées par le secrétaire général du ministère :
 ― en liaison avec les services du secrétariat général, de préparer et d'exécuter les budgets des programmes relevant de la responsabilité de la direction générale de l'aviation civile, de préparer les documents annuels de performance et le dialogue de gestion avec les services et organismes relevant de la direction générale ;
 ― de préparer et exécuter le budget annexe contrôle et exploitation aériens en recettes et en dépenses ; de tenir la comptabilité de l'ordonnateur de ce budget ;
 ― de définir les modalités de gestion et de contrôle des taxes gérées par la direction générale de l'aviation civile et de s'assurer de leur mise en œuvre ;
 ― d'assurer le secrétariat du comité des finances ;
 ― d'assurer la gestion des recettes, des emprunts et de la trésorerie du budget annexe contrôle et exploitation aériens et de coordonner les opérations de dépense ;
 ― de tenir la comptabilité analytique des programmes et de produire les données utiles à la constitution des assiettes de redevances pour services rendus ; elle tient la comptabilité des immobilisations ;
 ― d'assurer la maîtrise d'ouvrage du système d'information financier central et de l'ensemble de ses composantes en liaison avec la sous-direction des systèmes d'information et de la modernisation ;
 ― de définir les modalités de gestion et de contrôle des taxes gérées par la direction générale de l'aviation civile et de s'assurer de leur mise en œuvre ;
 ― de définir et de mettre en œuvre, dans le cadre de la politique du ministère, la politique des achats de la direction générale de l'aviation civile et d'assister le représentant du pouvoir adjudicateur ou de l'entité adjudicatrice ;
 Elle comprend :
 ― le bureau de la synthèse budgétaire et financière ;
 ― le bureau de l'exécution budgétaire et financière ;
 ― le bureau du contrôle de gestion et de la comptabilité analytique ;
 ― le bureau des marchés et de la coordination de l'achat public ;
 ― le bureau de la réglementation et de l'expertise fiscales ;
 ― la mission du système d'information financier.