La DSNA comprend :
   - une direction des opérations ;
   - une direction de la technique et de l'innovation ;
   - une sous-direction de la planification et de la stratégie ;
   - une sous-direction des ressources humaines ;
   - une sous-direction des finances ;
   - une mission de la sécurité, de la qualité et de la sûreté ;
   - une mission de l'environnement ;
   - un cabinet, chargé notamment des courriers réservés et de la communication.
   L'organisation interne de la DSNA est fixée par arrêté du ministre chargé de l'aviation civile.