Les modalités de scolarité des étudiants et le programme de formation sont définis dans une convention de partenariat entre les deux établissements, ainsi que dans le règlement des études.
Conformément à la convention de partenariat de formation entre l'Ecole nationale supérieure des sciences agronomiques, agroalimentaires, horticoles et du paysage (Institut Agro Rennes-Angers) et l'Ecole nationale vétérinaire agroalimentaire et de l'alimentation, Nantes-Atlantique (ONIRIS), les étudiants qui préparent le diplôme d'ingénieur de l'Ecole nationale vétérinaire agroalimentaire et de l'alimentation, Nantes-Atlantique (ONIRIS) s'engagent, au moment de leur admission, à suivre le cycle préparatoire organisé sur le campus de Rennes de l'Ecole nationale supérieure des sciences agronomiques, agroalimentaires, horticoles et du paysage (Institut Agro Rennes-Angers) puis à suivre le cycle ingénieur de l'Ecole nationale vétérinaire agroalimentaire et de l'alimentation, Nantes-Atlantique (ONIRIS) à Nantes.