Le service est dirigé par un directeur général assisté d'un directeur général adjoint.
 Le directeur général et son adjoint sont nommés par arrêté du ministre de l'économie, des finances et de l'industrie sur proposition conjointe du directeur général du Trésor et de la politique économique et du directeur général de la comptabilité publique.
 Sous réserve des compétences de l'agence centrale des achats, le directeur général est habilité à signer les marchés publics nécessaires à l'exercice des missions du service.