L'Institut de mécanique céleste et de calcul des éphémérides est administré par un conseil et dirigé par un directeur nommé par le président de l'Observatoire de Paris, sur proposition du président du Bureau des longitudes. Le mandat du directeur est de quatre ans, renouvelable une fois.
 Le règlement intérieur de l'institut est approuvé par le conseil d'administration de l'Observatoire de Paris ; il détermine la composition du conseil, dont l'effectif ne peut dépasser vingt membres. Ce conseil comprend notamment un quart au moins de représentants du Bureau des longitudes, un quart au moins de représentants élus selon des modalités déterminées par le règlement intérieur, ainsi que des personnalités qualifiées.