Le Conseil supérieur de santé des armées peut être saisi soit directement par l'intéressé, soit par la direction des ressources humaines dont il relève (armée, direction, service) ou par le commandant de région de gendarmerie nationale.
 La composition du dossier et ses modalités de transmission au Conseil supérieur de santé des armées sont fixées par instruction. Il inclut obligatoirement un avis argumenté de l'autorité en charge des ressources humaines de l'armée, la direction ou le service concerné, ou de la gendarmerie nationale et d'un médecin des forces connaissant le dossier du militaire.