Le conseil territorial donne des avis sur la politique territoriale, sur les implantations des activités scientifiques et pédagogiques et sur les relations structurelles avec les partenaires locaux. 
 Le conseil territorial comprend, outre le directeur général qui le préside, les présidents des conseils de centre d'enseignement et de recherche et leurs directeurs, ou leurs représentants, ainsi qu'un représentant de chaque région dans laquelle est implanté un centre. 
 Il peut être consulté par le directeur général, ou le conseil d'administration de l'école. 
 Le directeur général présente les travaux du conseil territorial au conseil d'administration au moins une fois par an.