La sous-direction des transports ferroviaires et collectifs et des déplacements urbains exerce les attributions suivantes :
― définition et coordination de la politique intermodale du transport de voyageurs ;
― exercice des attributions du ministre en matière de politique des déplacements ;
― exercice des attributions du ministre en matière de réglementation relative aux compétences des autorités organisatrices de transport et de la mobilité et de réglementation applicable aux services de transports ferroviaires et collectifs ;
― exercice des compétences de l'Etat en qualité d'autorité organisatrice des services de transport d'intérêt national ;
― tutelle des établissements publics nationaux intervenant dans le domaine des transports ferroviaires et collectifs ;
― programmation et suivi des projets d'infrastructures de transport collectif et d'infrastructures de transport ferroviaire en Ile-de-France ;

― définition des orientations et participation aux réflexions relatives à la sûreté des transports ferroviaires et collectifs ;

― élaboration et mise en œuvre des réglementations relatives à la sûreté des transports ferroviaires et collectifs ;

― animation d'un observatoire de la délinquance dans les transports ferroviaires et collectifs et appui aux autorités organisatrices et aux opérateurs de transport en matière de prévention de la délinquance ;

― pilotage de la politique du transport ferroviaire de marchandises, en liaison avec la direction des infrastructures de transport ;

― pilotage du développement des autoroutes ferroviaires ;

― soutien au secteur du transport de marchandises, avec la programmation et la gestion des aides d'exploitation et d'investissement et la coordination avec les autres dispositifs d'aides.