Le remboursement assuré par le Centre national de gestion intervient trimestriellement au vu des justificatifs de rémunération versée aux professionnels en surnombre. 
Lorsque des praticiens hospitaliers affectés en surnombre bénéficient des congés mentionnés aux 4° et 5° des articles R. 6152-35 et R. 6152-227 ainsi qu'aux articles R. 6152-41 et R. 6152-232 du code de la santé publique, l'établissement communique au centre le montant des indemnités journalières qu'il a perçues à ce titre et qui sont à déduire des sommes à rembourser. Les indemnités prévues aux 1° à 5° des articles D. 6152-23-1 et D. 6152-220-1 du même code ne donnent pas lieu à remboursement