Le département de la sécurité nucléaire est en charge de la protection et du contrôle des matières nucléaires, de leurs installations et de leur transport.
A ce titre : 
- il élabore la réglementation applicable ; 
- il instruit notamment les demandes d'autorisation pour la détention et le transport des matières nucléaires prévues dans le code de la défense ; 
- il assure le contrôle des dispositions de protection mises en œuvre par les opérateurs et diligente des inspections. 
Il comprend : 
- la mission de protection des matières et des installations nucléaires ; 
- la mission de protection des transports nucléaires.