Les usines de fabrication, de préparation et de conditionnement du beurre et de la crème d'Isigny bénéficiant de l'appellation d'origine doivent être agréées par une commission de contrôle (1) ainsi composée :
- le directeur régional de l'agriculture et de la forêt, chargé de la région de Basse-Normandie ou son représentant, président ;
- le contrôleur général des services vétérinaires chargé de la région de Basse-Normandie ou son représentant;
- le chef du service interdépartemental de la direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes, chargé de la région de Basse-Normandie ou son représentant ;
- quatre professionnels représentant respectivement les producteurs du secteur coopératif, les producteurs du secteur industriel privé, les laiteries coopératives et les laiteries industrielles, désignés par le centre régional interprofessionnel du lait de Basse-Normandie.
En vue de l'agrément de l'usine, le responsable doit déposer une demande auprès de la commission de contrôle.  Les installations, équipements et matériels doivent répondre aux prescriptions réglementaires en vigueur.
L'agrément est effectué par la commission de contrôle après visite des installations, équipements et matériels et examens préalables des échantillons prélevés