Relèvent du groupe II les emplois de secrétaire général d'établissement public d'enseignement supérieur implantés dans les établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel et les établissements publics d'enseignement supérieur suivants : 
Université d'Amiens, université d'Angers, université des Antilles-Guyane, université d'Artois, université d'Avignon, université Bordeaux-II, université Bordeaux-III, université Bordeaux-IV, université de Brest, université Bretagne-Sud, université de Caen, université de Cergy-Pontoise, université de Chambéry, université Clermont-Ferrand-I, université Clermont-Ferrand-II, université d'Evry-Val d'Essonne, université Grenoble-II, université du Havre, université de La Réunion, université de La Rochelle, université du Mans, université Lille-I, université Lille-II, université Lille-III, université de Limoges, université du Littoral, université Lyon-II, université Lyon-III, université de Marne-la-Vallée, université de Metz, université Montpellier-I, université Montpellier-III, université de Mulhouse, université Nancy-II, université d'Orléans, université Paris-I, université Paris-II, université Paris-III, université Paris-IV, université Paris-VIII, université Paris-X, université de Pau, université de Perpignan, université de Reims, université Rennes-II, université de Rouen, université de Saint-Etienne, université de Toulon, université Toulouse-I, université Toulouse-II, université de Valenciennes, université de Versailles-Saint-Quentin-en-Yvelines ; 
Institut national polytechnique de Lorraine, Institut national polytechnique de Toulouse, Institut polytechnique de Grenoble, Institut national des sciences appliquées de Lyon, université de technologie de Compiègne, université de technologie en sciences des organisations et de la décision de Paris-Dauphine ; 
Ecole normale supérieure, Ecole normale supérieure de Cachan, Ecole normale supérieure de Lyon ; 
Ecole des hautes études en sciences sociales, Ecole nationale supérieure d'arts et métiers.