INDICATEURS ET VALEURS SEUILS
DE L'ÉTAT ÉCOLOGIQUE DES EAUX LITTORALES
Les indicateurs, valeurs seuils et modalités de calcul des éléments de qualité de l'état écologique pour lesquels des méthodes sont disponibles actuellement pour établir des valeurs numériques fiables des limites des classes d'état sont indiqués pour les eaux côtières dans la partie 1 de la présente annexe, et pour les eaux de transition dans la partie 2 de la présente annexe.
1. Indicateurs, valeurs seuils et modalités de calcul de l'état
des éléments de qualité de l'état écologique des eaux côtières
1.1. Eléments biologiques
1.1.1. Phytoplancton
Pour le phytoplancton, l'indice français comportera in fine les paramètres requis par la DCE :
- la chlorophylle a (indicateur de biomasse) ;
- les blooms (indicateurs d'efflorescence et d'abondance) ou la concentration des cellules mesurée par cytométrie en flux (indicateurs d'abondance) pour les eaux de transition méditerranéennes ;
- la composition taxonomique.
La combinaison des trois métriques en un indice reste à définir.
Dans l'attente d'un indice plus complet, le classement des masses d'eau pour l'élément de qualité phytoplancton se fera avec deux paramètres (chlorophylle a et blooms) ; l'indice de combinaison de ces deux paramètres est basé sur une moyenne pondérée.
1.1.1.1. Chlorophylle a
La métrique définie est le percentile 90 des valeurs de chlorophylle a, calculé sur des données mensuelles acquises à des périodes variables suivant les masses d'eau. La grille de qualité est présentée dans le tableau 1 ci-dessous.
TYPE européen (1)
TYPES français concernés
MASSES D'EAU
françaises concernées
LIMITES supérieure et inférieure du bon état (µg/l)
VALEUR
de référence (µg/l)
RATIO
de qualité écologique
Manche Atlantique
EC
NEA 1/26a
Tous (2)
Toutes les masses d'eau côtières des districts Garonne, Loire, Seine
] 5 -10 ]
3,35
0,08-0,17-0,33-0,67
Mer du Nord
EC
NEA 1/26b
Tous
Toutes les masses d'eau côtières du district Escaut
] 10 - 15 ]
6,7
0,15-0,30-0,44-0,67
Méditerranée
EC
Type II A
Masses d'eau côtières de FRDC02a à FRDC02f incluse
+ masse d'eau côtière FRDC05
] 2,4 - 3,6 ]
1,9
0,13-0,26-0,53-0,80
Type III W
Masses d'eau côtières de FRDC06a à FRDC10c incluse
+ masse d'eau côtière FRDC01
] 1,1 - 1,8 ]
0,9
0,13-0,26-0,53-0,80
(1) La typologie européenne a été définie pour le phytoplancton uniquement.
Type NEA 1/26a : océanique, ouvert, exposé ou protégé, euhalin, peu profond.
Type NEA 1/26b: mers fermées, exposé ou protégé, euhalin, peu profond.
Type I : sous forte influence des apports d'eaux douces ; salinité annuelle moyenne < 34,5 psu.
Type II A : modérément influencés par les apports d'eaux douces ; salinité annuelle moyenne de 34,5 à 37,5 psu.
Type III W : Côtes continentales, sans influence des apports d'eau douce ; salinité annuelle moyenne > 37,5 psu. Pour le type III W, les îles sont actuellement exclues de la typologie européenne ; une grille spécifique sera établie pour la Corse si nécessaire.
(2) Sauf les masses d'eau côtières (MEC) sous influences des estuaires de la façade Manche-atlantique.
1.1.1.2. Blooms/abondance
Pour le paramètre blooms, la métrique est définie comme le pourcentage d'échantillons pour lequel un taxon dépasse une valeur seuil. Deux valeurs seuils sont définies :
100 000 cellules pour les espèces de taille : ≥ 20 µm ;
250 000 cellules pour les espèces de taille : 5µm ≤ x < 20 µm.
La métrique se calcule pour l'ensemble des deux classes de taille, sur des données mensuelles, acquises toute l'année et durant six ans (ou durant au moins cinq ans pour les masses d'eau côtières (MEC) de Méditerranée).
La grille de qualité est présentée dans le tableau 2 ci-dessous.
Tableau 2 : Grille de qualité pour le paramètre bloom-abondance
TYPE européen
TYPES français concernés
MASSES D'EAU 
françaises concernées
LIMITES 
supérieure et inférieure du bon état 
(% d'échantillons avec dépassement d'un seuil de bloom)
VALEUR
de référence
RATIO DE
qualité écologique
Mer du Nord Manche Atlantique
NEA 1/26a et 26b
Tous
Toutes les masses d'eau côtières des districts Escaut, Garonne, Loire, Seine
[ 20% - 40% [
16,7%
0,19-0,24-0,42-0,83
1.1.2. Invertébrés benthiques 
Le classement des masses d'eau côtières françaises pour le paramètre invertébrés benthiques se fera avec l'indice M-AMBI (7), qui intègre les trois paramètres requis par la DCE :
- AMBI : indice qui s'appuie sur la sensibilité/tolérance des espèces à un enrichissement du milieu ;
- la richesse spécifique ;
- la diversité (indice de Shannon-Weaner).
Le M-AMBI varie entre 0 et 1.
La grille de qualité pour les invertébrés benthiques est présentée dans le tableau 3 ci-dessous.
TYPE européen
TYPES français concernés
MASSES D'EAU françaises concernées
VALEUR DE référence
(µg/l)
RATIO
de qualité écologique
Mer du Nord
Manche Atlantique
EC
NEA 1/26
Tous
Toutes les masses d'eau côtières des districts Escaut, Garonne, Loire, Seine
AMBI = 1
Diversité = 4
Richesse spécifique = 58
0,2-0,39-0,53-0,77
1.1.3. Macroalgues
Pour Manche-Atlantique, on distingue les macroalgues intertidales substrat dur et les macroalgues subtidales substrat dur :
Macroalgues intertidales substrat dur :
L'indice de qualité utilisé est le modèle CFR (8). Il s'applique à l'intertidal rocheux et prend en compte la contribution de chaque ceinture à la couverture végétale d'un site donné, la richesse spécifique de chaque ceinture en espèces caractéristiques et l'importance du couvert des espèces opportunistes. L'indice correspond ainsi à la somme de trois sous-indices :
- le recouvrement global ;
- le nombre d'espèces caractéristiques de l'ensemble des ceintures présentes ;
- le recouvrement des espèces opportunistes.
Macroalgues subtidales substrat dur :
L'indice de qualité présenté (9), pour des raisons d'inter-calibration, est inspiré du modèle CFR espagnole et s'appuie notamment sur les données et observations recueillies dans le cadre du suivi Rebent. Il se base sur le suivi de 5 paramètres :
- les limites d'extension en profondeur des différentes ceintures algales ;
- composition et densité des espèces définissant l'étagement ;
- composition spécifique ;
- richesse spécifique totale ;
- stipes de Laminaria hyperborea - épibioses.
Pour les masses d'eaux côtières de Méditerranée, l'indice adopté en France est l'indice CARLIT (10), qui intègre 3 paramètres :
- le linéaire côtier rocheux occupé par diverses communautés d'algues et d'invertébrés (moules) ;
- la sensibilité des communautés aux perturbations ;
- les caractéristiques géomorphologiques de la côte.
L'indice CARLIT a une valeur comprise entre 0 et 1. Il s'applique aux côtes rocheuses, dans la zone infra littorale supérieure (3,5 à 0,2 m de profondeur). Les seuils ont été inter-étalonnés au niveau européen (approbation par Ecostat en mars 2008).
1.1.4. Angiospermes
Pour les masses d'eau côtières de Méditerranée, les angiospermes considérés sont les herbiers à posidonie. Un indice français a été défini ; il intègre les 5 paramètres suivants (11) :
- densité des pieds (nombre de faisceaux/m²) à 15 m ;
- surface foliaire par pied (cm²/faisceau) à 15 m ;
- charge en épibiontes sur les feuilles (poids sec des épibiontes/poids sec des feuilles) à 15 m ;
- profondeur de la limite inférieure de l'herbier (m) ;
- type de limite inférieure (franche, progressive, régressive).
L'indice varie entre 0 et 1.
Ces seuils ne sont pas actuellement définis par types de masses d'eau mais par écorégion. Une modification pour une présentation par type de masse d'eau interviendra donc ultérieurement.
TYPE
européen
TYPES
français concernés
MASSES
d'eau françaises concernées
LIMITES SUPERIEURE
et inférieure du bon état 
VALEUR DE
référence
RATIO
de qualité écologique
Méditerranée
(herbiers à posidonie)
EC
Non défini
A établir
Masses d'eau côtières du Roussillon
[ 0,50 - 0,74 [
Densité = 675
Surface foliaire = 296
Charge en épib. = 0
Prof. limite inf. = 22
TB/B: 0,77
B/Moyen : 0,55
Non défini
A établir
Masses d'eau côtières du Languedoc
[ 0,50 - 0,74 [
Densité = 983
Surface foliaire = 295
Charge en épib. = 0
Prof. limite inf. = 15
TB/B: 0,77
B/Moyen : 0,55
Non défini
A établir
Masses d'eau côtières de PACA
[ 0,50 - 0,74 [
Densité = 675
Surface foliaire = 465
Charge en épib. = 0
Prof. limite inf. = 37
TB/B: 0,77
B/Moyen : 0,55
Non défini
A établir
Masses d'eau côtières de Corse
[ 0,50 - 0,74 [
Densité = 483
Surface foliaire = 546
Charge en épib. = 0
Prof. limite inf. = 41
TB/B: 0,77
B/Moyen : 0,55
1.1.5. Cas des départements d'outre-mer
Les indices biologiques des 1.1.1, 1.1.2, 1.1.3, 1.1.4 ne s'appliquent pas aux départements d'outre-mer. Les connaissances actuelles ne permettent pas de fixer des indices et valeurs seuils fiables pour les éléments de qualité biologiques dans les départements d'outre-mer. Des indicateurs spécifiques adaptés à l'écologie de ces milieux sont en cours de développement. Dans cette attente, le préfet coordonnateur de bassin évalue l'état écologique des masses d'eau de surface, au regard des définitions normatives de l'annexe 1 au présent arrêté, en s'appuyant sur les connaissances actuelles, des indicateurs provisoires et le dire d'expert.
1.2. Eléments physico-chimiques généraux
1.2.1. Oxygène dissous
Pour l'oxygène dissous, la métrique retenue est le percentile 10. Elle se calcule sur des données mensuelles, acquises en été (de juin à septembre) et pendant six ans.
Comme la concentration en oxygène dissous est le seul paramètre utilisé, cet indice est également l'indicateur pour l'élément de qualité. La grille et la valeur de référence pour tous les groupes de masses d'eau sont présentées dans le tableau 6 ci-dessous (12).
TYPE européen
TYPES
français concernés
MASSES D'EAU
françaises concernées
GRILLE
de l'indice (mg/L)
VALEUR
de référence (mg/L)
RATIO
de qualité écologique
Sans objet
Tous types
Toutes masses d'eau littorales
Oxygène dissous
1 - 2 - 3 - 4 - 5
8,33
0,12 - 0,24 - 0,36 - 0,6
2. Indicateurs, valeurs seuils et modalités de calcul
de l'état des éléments de qualité de l'état écologique des eaux de transition
2.1. Eléments biologiques
2.1.1. Phytoplancton
Cet élément de qualité est non pertinent dans les estuaires turbides.
2.1.1.1. Chlorophylle a
La métrique définie est le percentile 90 des valeurs de chlorophylle a, calculé sur des données mensuelles acquises à des périodes variables suivant les masses d'eau. La grille de qualité pour les lagunes de Méditerranée est présentée dans le tableau 7 ci-dessous.
Tableau 7 : Grille de qualité pour l'indicateur chlorophylle a pour les lagunes de Méditerranée
Vous pouvez consulter le tableau dans le 
JOn° 46 du 24/02/2010 texte numéro 9
2.1.2. Invertébrés benthiques
Pour les parties euhalines des masses d'eau de transition (MET) (estuaires de Manche-Atlantique et de Méditerranée), les principes définis à la partie 1.1.2 de la présente annexe pour les eaux côtières sont applicables.
2.1.3. Macroalgues
Pour les parties euhalines des masses d'eau de transition de la mer du Nord et Manche-Atlantique, les principes et la grille de qualité définis à la partie 1.1.3 de la présente annexe pour les eaux côtières sont applicables.
Pour les masses d'eau de transition de Méditerranée, la France dispose d'un outil global qui inclut les angiospermes et les macroalgues (cf partie suivante : angiospermes).
2.1.4 Angiospermes
Pour les parties euhalines des masses d'eau de transition de mer du Nord et Manche Atlantique, les principes et la grille de qualité définis à la partie 1.1.4 de la présente annexe pour les eaux côtières sont applicables.
Pour les masses d'eau de transition de Méditerranée, la France dispose d'un outil global qui inclut les angiospermes et les macroalgues. Cet outil a été établi pour la pression d'eutrophisation, qui est la principale pression anthropique pesant sur les lagunes.
Deux indices sont combinés :
- un indice de richesse spécifique (nombre total d'espèces recensées) ;
- un indice de recouvrement relatif par les espèces de référence, exprimé comme le % de recouvrement des espèces de référence, mesuré sur une surface de 120 m². L'indice ne peut être utilisé que lorsque le recouvrement global des macrovégétaux est supérieur à 5 %.
Un indice d'abondance prenant en compte le pourcentage de recouvrement végétal sera ajouté.
Vous pouvez consulter le tableau dans le 
JOn° 46 du 24/02/2010 texte numéro 9
2.1.5 Poissons
Les métriques retenues pour la construction de l'indicateur poisson (13) sont :
Pour les estuaires :
- la richesse taxonomique ;
- la densité totale ;
- la densité des espèces migratrices amphihalines ;
- le nombre d'espèces marines juvéniles ;
- la densité d'espèces marines juvéniles ;
- le nombre d'espèces benthiques ;
- la densité d'espèces benthiques.
Pour les lagunes :
- la densité des espèces migratrices amphihalines ;
- le nombre d'espèces marines juvéniles ;
- le nombre d'espèces résidentes ;
- la densité d'espèces résidentes ;
- la densité d'espèces benthiques ;
- la densité d'espèces zooplanctonophages.
L'indicateur final est constitué de l'assemblage des métriques retenues. Les scores obtenus pour chaque saison et classe de salinité ont d'abord été compilés afin d'obtenir une seule note par système, pour la métrique considérée.
2.1.6. Cas des départements d'outre-mer
Les indices biologiques des 2.1.1, 2.1.2, 2.1.3, 2.1.4, 2.1.5 ne s'appliquent pas aux départements d'outre-mer. Les connaissances actuelles ne permettent pas de fixer des indices et valeurs seuils fiables pour les éléments de qualité biologiques dans les départements d'outre mer. Des indicateurs spécifiques adaptés à l'écologie de ces milieux sont en cours de développement. Dans cette attente, le préfet coordonnateur de bassin évalue l'état écologique des masses d'eau de surface, au regard des définitions normatives de l'Annexe 1 au présent arrêté, en s'appuyant sur les connaissances actuelles, des indicateurs provisoires et le dire d'expert.
2.2. Eléments physico-chimiques généraux
2.2.1. Oxygène dissous
Les principes définis à la partie 1.2.1 de la présente annexe pour les eaux côtières sont applicables pour les eaux de transition.
2.2.2. Autres éléments physico-chimiques
Il convient de noter que pour les éléments température, salinité, turbidité, les estuaires étant par définition des zones subissant de très fortes et fréquentes variations de ces éléments. Ces éléments sont donc non pertinents pour les masses d'eau de transition.