L'expertise médicale initiale a pour objectif de vérifier l'adéquation de l'état de santé du candidat avec les impératifs des métiers militaires. Elle conduit à l'établissement du profil médical et à une conclusion d'ordre médico-militaire d'appréciation de l'aptitude médicale à servir dans la ou les spécialités postulées. Elle est déterminée en se référant strictement à des normes ou conditions particulières d'emploi définies par le commandement. Cette conclusion peut être l'aptitude, l'inaptitude temporaire, l'inaptitude définitive ou l'ajournement.
L'inaptitude à l'engagement peut être également la conséquence :
― d'une décision médicale fondée sur l'estimation d'un risque, pour l'individu ou la collectivité, à être exposé aux contraintes liées aux activités et situations d'exception militaires ;
― de critères règlementaires imposés par le commandement (taille, élocution, état dentaire, dépistage de consommation de substances illicites, etc.).
Pour l'établissement de la décision d'aptitude médicale, outre l'examen clinique et les examens paracliniques systématiques, des investigations complémentaires et/ou avis spécialisés peuvent être demandés par le médecin. Dans l'attente de ces investigations ou avis, ainsi qu'en cas de défaut de pièce médicale ou administrative, la conclusion peut être l'ajournement.
Les conclusions de l'expertise comportant le profil médical d'aptitude sont portées sur un certificat médico-administratif d'aptitude à l'engagement dont le modèle est défini par le service de santé des armées, comportant la décision prise pour chaque aptitude médicale demandée. Il est remis au candidat et à l'autorité militaire responsable du recrutement du candidat examiné.