Le conseil scientifique peut proposer au conseil d'administration les orientations à donner aux activités de recherche conduites dans l'établissement ou avec sa participation.
 Il est consulté sur la répartition des crédits budgétaires de recherche, sur les caractéristiques des emplois d'enseignant-chercheur et de chercheur, sur la création ou la transformation d'unités de recherche, sur toute question relative aux formations doctorales et sur le projet d'établissement ou le règlement intérieur pour les domaines relevant de sa compétence. Il exerce les attributions mentionnées aux articles 18, 29 et 52 du décret du 21 février 1992 susvisé.
 Il assure la liaison entre la recherche et l'enseignement et donne, à ce titre, son avis sur les projets de création ou de modification de diplômes propres et sur les demandes d'habilitation à délivrer des diplômes nationaux.
 Il est informé et consulté sur les procédures et les bilans des évaluations des unités de recherche.