La comptabilité matières de suivi de l'énergie renouvelable est réalisée pour chaque entrepôt fiscal ou usine exercée où sont détenus des carburants imposables et pour chaque personne recourant à l'option prévue au 3° de l'article 5.
Une personne détenant des stocks dans plusieurs entrepôts fiscaux de stockage peut, après en avoir informé par écrit les services douaniers compétents, centraliser la comptabilité matières dans l'un de ces entrepôts. Dans ce cas, pour les besoins de l'émission des certificats et la tenue de cette comptabilité, les incorporations, cessions et entrées de produits éligibles réalisées dans ces entrepôts sont réputées être réalisées dans l'entrepôt de centralisation. Les sorties de produits éligibles de ces entrepôts sont réputées être des sorties de l'entrepôt de centralisation et les certificats de teneur sont émis au titre des sorties de carburants de cet entrepôt, sans que la teneur en énergie renouvelable ne puisse excéder 100 %. Une même personne peut recourir à plusieurs entrepôts de centralisation.