L'exploitation est menée de manière à limiter autant que faire se peut les dégagements d'odeurs. L'inspection des installations classées peut demander la réalisation d'une campagne d'évaluation de l'impact olfactif de l'installation afin de permettre une meilleure prévention des nuisances. 
Des moyens de lutte contre les nuisances olfactives, notamment la mise en place d'un réseau de drainage des émissions gazeuses, et un programme de surveillance renforcée peuvent être prescrits par l'arrêté d'autorisation ou ultérieurement par un arrêté pris dans les formes prévues à l'article R. 512-31 du code de l'environnement.