Les intérêts débiteurs, les agios, les frais de change et autres frais purement financiers ne sont pas éligibles.
 Les frais d'ouverture et de gestion de comptes bancaires sont éligibles lorsque la décision d'attribution de l'aide prévoit expressément, pour la mise en œuvre d'une opération, l'ouverture d'un compte ou de plusieurs comptes séparés.
 Sont également éligibles, s'ils sont directement liés à l'opération et s'ils sont nécessaires pour sa préparation ou sa réalisation :
 ― les frais de conseil juridique, de notaire, d'expertise technique ou financière ainsi que les autres charges administratives ;
 ― les honoraires d'expertise comptable, de tenue et de certification de la comptabilité du bénéficiaire, dès lors qu'ils relèvent des exigences fixées par l'autorité de gestion.
 Les coûts des garanties fournies par une banque ou un autre organisme financier sont éligibles si ces garanties sont requises par la réglementation communautaire ou nationale applicable à l'opération concernée. L'existence de cette garantie est mentionnée dans la décision attributive de l'aide.
 Les amendes, les pénalités financières et les frais de contentieux ne sont pas éligibles.
 Dans le cas d'un marché de travaux, la retenue de garantie est éligible lorsqu'elle est effectivement versée au moment du solde du marché. Lorsque cette retenue de garantie ou une partie est restituée au maître d'ouvrage, ce montant est exclu de la dépense éligible et l'aide correspondante peut être recouvrée. L'autorité de gestion fixe un terme au-delà duquel, si la réserve n'est pas définitivement levée, la retenue de garantie n'est plus éligible. Ce terme doit permettre un paiement de l'aide avant le 31 décembre 2015.