Suite à leur intégration directe, les agents mentionnés à l'article 39 bénéficient d'une formation organisée avant la prise effective de poste. Elle comporte :
 ― un socle commun de formations obligatoires (stages et enseignements théoriques ou pratiques) prévues dans le cahier des charges détaillé de la formation précité d'une durée minimale de trois mois ;
 ― une formation complémentaire individualisée. Celle-ci est formalisée dans un contrat de professionnalisation signé par le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire, le directeur interrégional des services pénitentiaires géographiquement compétent et le fonctionnaire. Cette formation complémentaire doit être effectuée dans l'année qui suit la date d'entrée en formation.
 Ainsi, préalablement à la formation, il est procédé à un entretien d'évaluation des besoins par l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire du fonctionnaire nouvellement intégré directement.
 Le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire est responsable l'initialisation et de la rédaction des contrats de professionnalisation. Leur suivi est effectué par les directions interrégionales des services pénitentiaires, qui rendent compte au directeur de l'administration pénitentiaire des difficultés rencontrées.