Le Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux participe, sous l'autorité du ministre chargé de l'agriculture, qui le préside, à la conception, à la définition et à l'évaluation des politiques publiques dont le ministère chargé de l'agriculture, de l'alimentation et de la pêche a la charge ou auxquelles il contribue. 
A ce titre : 
a) Il assiste le ministre dans la conception d'ensemble des politiques et stratégies, lui fournit et interprète les éléments de prospective et de réflexion nécessaires ; 
b) Il procède à l'audit, à l'inspection, à l'évaluation et au contrôle des politiques conduites par les services centraux et déconcentrés placés sous l'autorité du ministre, ou dont celui-ci dispose, ainsi que des établissements publics dont il a la tutelle. Il peut également effectuer des vérifications sur les organismes soumis, par les dispositions qui les régissent, au contrôle du ministère chargé de l'agriculture, de l'alimentation et de la pêche ou qui bénéficient de financements de ce ministère ou de l'un des établissements publics intervenant dans ses domaines de compétence ; 
c) Il assiste le ministre dans la gestion des crises et l'évaluation de leur traitement, et propose les évolutions qu'elles appellent ; 
d) Il réalise à sa demande des missions de conseil, d'expertise, de médiation et de coopération internationale. 
Il participe à des missions, travaux et réflexions interministériels. A la demande du Premier ministre, ou des ministres intéressés dans les conditions prévues par leur décret d'attributions ou avec l'accord du ministre chargé de l'agriculture, il réalise des missions, de même nature que celles énumérées aux a à d, le cas échéant conjointement avec des services d'autres ministères. 
Enfin, il peut être chargé de missions relevant de ses domaines de compétence, à la demande de collectivités territoriales, de l'Union européenne, d'une organisation internationale ou d'un Etat étranger, avec l'accord du ministre chargé de l'agriculture.