Dans l'annexe I, définissant les critères de morphologie générale, et dans le répertoire analytique des pathologies, constituant l'annexe II du présent arrêté, les informations sont réparties en trois colonnes, précisant respectivement la pathologie en cause, le(s) sigle(s) concerné(s) du profil médical et le coefficient à attribuer à ce(s) sigle(s).
Confronté à une affection décrite dans un article du répertoire analytique, le médecin du service de santé des armées est tenu de respecter les indications qui y sont données en matière de cotation du profil médical puis de déterminer l'aptitude médicale en se référant aux textes réglementaires des armées, directions et services ou de la gendarmerie nationale. Quand le coefficient peut fluctuer entre deux bornes, le médecin choisit la valeur lui paraissant la mieux adaptée à la situation clinique.
Ce répertoire est nécessairement incomplet. En présence d'affections qui n'y sont pas citées, le présent arrêté offre des possibilités d'appréciation par référence à celles qui ont été retenues.