Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires quinze jours après la transmission du procès-verbal au ministre chargé de la recherche et au ministre chargé de la santé, à moins que l'un deux n'y fasse opposition dans ce délai. En cas d'urgence, le ministre chargé de la recherche et le ministre chargé de la santé peuvent conjointement autoriser l'exécution immédiate.
Toutefois, les délibérations sur les matières énumérées au 3° bis de l'article 8 ne sont exécutoires qu'après approbation des ministres de tutelle.  
Les délibérations portant sur le budget et ses modifications et le compte financier, les emprunts, les acquisitions, échanges ou aliénations d'immeubles ainsi que la participation aux organismes dotés de la personnalité morale autres que les groupements d'intérêt public sont exécutoires sauf opposition du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de la santé ou du ministre chargé du budget dans un délai d'un mois à compter de leur réception par chacun de ces ministres. Les délibérations portant sur la participation à des groupements d'intérêt public sont exécutoires conformément aux dispositions du décret n° 83-204 du 15 mars 1983 relatif aux groupements d'intérêt public définis dans l'article 21 de la loi d'orientation et de programmation pour la recherche et le développement technologique de la France.
Les délibérations portant sur les matières énumérées au 12° de l'article 8 sont exécutoires sauf opposition du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de la santé, du ministre chargé de l'économie ou du ministre chargé du budget dans un délai d'un mois à compter de leur réception par chacun de ces ministres.
Sont seules soumises au conseil d'administration ainsi qu'à l'approbation des autorités de tutelle et du ministre chargé du budget les modifications du budget qui comportent soit une augmentation du montant global des dépenses inscrites au budget de l'établissement, soit une augmentation des dépenses ou agrégats de dépenses dont le caractère limitatif est prévu par l'article 9 du décret n° 2002-252 du 22 février 2002 relatif au régime budgétaire, financier et comptable des établissements publics à caractère scientifique et technologique.