La sous-direction du pilotage et de la performance des services, des tutelles et des écoles conduit et anime les relations entre l'administration centrale et les services déconcentrés. A ce titre, elle est garante de la mise en œuvre des instructions du Premier ministre. Elle veille à l'application cohérente des circulaires ministérielles. Elle coordonne en liaison avec les ministères compétents et les services concernés du ministère, la fixation des objectifs et la définition des moyens des services déconcentrés, notamment dans le cadre du dialogue de gestion, suit leur action et contribue à l'évaluation de leur performance. Elle définit les modalités de l'évaluation de la performance et celles du contrôle de gestion dans les services, en coordonne la mise en œuvre et en assure le pilotage national. Elle s'assure de la cohérence des dispositifs du ministère avec les autres dispositifs ministériels et interministériels et le représente dans les instances interministérielles concernées. Elle coordonne l'évolution de l'ingénierie au sein du ministère.
 Elle coordonne les tutelles exercées par l'administration centrale sur les établissements publics. Elle est garante à ce titre de la cohérence des actions des établissements publics avec celles des services déconcentrés. Elle veille à la mise en œuvre des instructions du Premier ministre en matière de pilotage des opérateurs.
Elle appuie le secrétaire général au titre de ses fonctions de commissaire du Gouvernement auprès des établissements concernés. Elle coordonne l'action des différents services participant à l'exercice de leur tutelle.
Elle élabore les orientations stratégiques pour les établissements d'enseignement supérieur du ministère et en coordonne le pilotage en liaison avec les services concernés. Elle veille à la cohérence des enseignements avec l'évolution des métiers et des emplois du pôle ministériel. Elle assure la tutelle de l'Ecole nationale des ponts et chaussées et de l'Ecole nationale des travaux publics de l'Etat et pilote l'activité de l'Ecole nationale des techniciens de l'équipement.
Elle comprend :
- le bureau du pilotage et de l'animation des services ;
- le bureau du pilotage de la performance.
- le bureau du pilotage de la tutelle des établissements publics ;
 - le bureau du pilotage des écoles de l'enseignement supérieur.