La direction des affaires maritimes comprend : 
― la sous-direction de la sécurité maritime ; 
― la sous-direction des gens de mer et de l'enseignement maritime ; 
― la sous-direction des activités maritimes ; 
― la sous-direction des systèmes d'information maritimes ; 
― la mission de la flotte de commerce ; 
― la mission de la navigation de plaisance et des loisirs nautiques. 
En outre, lui est rattaché le service de santé des gens de mer.