Les candidats qui s'inscrivent au titre de la seconde voie du concours doivent suivre une procédure dont les modalités sont fixées par le président du conseil d'administration de l'école. 
Cette procédure comporte deux étapes :
- une inscription par voie électronique sur le serveur désigné par l'Ecole polytechnique ;
- l'envoi des diverses pièces du dossier d'inscription à l'adresse électronique indiquée par l'école. 
Le dossier d'inscription comprend les documents suivants : 
1° Une pièce officielle datant de moins de trois mois attestant la nationalité du candidat, avec nom, prénoms, date et lieu de naissance ; 
2° Pour les candidats étrangers poursuivant leurs études supérieures scientifiques en France, au sens des dispositions de l'article 13-2 du présent arrêté, un certificat médical, de modèle imposé, délivré par un médecin choisi par le candidat à la suite d'une visite passée dans les trois mois précédant le dépôt des dossiers de candidature. Ce certificat médical doit également attester de son aptitude à subir dans leur totalité les épreuves d'éducation physique et sportives du concours ; 
Pour tous les candidats de la seconde voie du concours, un certificat médical, de modèle imposé, délivré par un médecin choisi par le candidat à la suite d'une visite passée dans les trois mois précédant le dépôt des dossiers de candidature attestant de l'aptitude du candidat à suivre les cours d'éducation physique et sportive pendant sa scolarité à l'école ; 
3° Pour des candidats étrangers des universités, un dossier académique de composition imposée ; 
4° Le règlement des droits d'inscription, dont le montant est fixé par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.