La mission des Alpes et des Pyrénées est chargée :
 ― du suivi des grands projets bilatéraux avec les pays voisins en appui aux directions compétentes ;
 ― du suivi de la coopération régionale dans les Alpes et les Pyrénées dans le domaine de la compétence du ministère ainsi que des coopérations décentralisées ;
 ― de contribuer à la définition de la politique française des transports dans les Alpes et les Pyrénées, dans le cadre d'une approche transversale et intermodale des études et des projets.
 La mission est mise à disposition de la direction des affaires européennes et internationales en tant que de besoin.