Le conseil de la formation peut se réunir en conseils thématiques lorsqu'il délibère sur l'une des questions relatives à ses domaines de compétence, tels que résultant de l'application de l'article 7 de l'arrêté du 9 juillet 2001 susvisé.
La liste des conseils thématiques ainsi que le mandat, la composition, la durée d'activité et la liste des membres et des suppléants éventuels de chacun d'entre eux sont fixés par arrêté du ministre chargé de l'environnement sur proposition du conseil de la formation.
Les membres et les suppléants de chaque conseil thématique sont choisis en fonction de leurs compétences dans le domaine d'activité correspondant de l'institut.