La sous-direction du pilotage des services et des écoles, en liaison avec les ministères compétents et les directions et services concernés du ministère, coordonne la fixation des objectifs et la définition des moyens des services déconcentrés, notamment à l'occasion des dialogues de gestion, suit leur action et contribue à l'évaluation de leur performance. Elle conduit la politique du contrôle de gestion au sein du ministère. Elle coordonne l'évolution de l'ingénierie au sein du ministère. Elle assure la tutelle de l'Ecole nationale des ponts et chaussées et de l'Ecole nationale des travaux publics de l'Etat. Elle oriente l'activité de l'Ecole nationale des techniciens de l'équipement. Elle coordonne le pilotage des écoles du ministère, en liaison avec les directions de tutelle.
 Elle comprend :
 ― le bureau du pilotage et de l'animation des services ;
 ― le bureau du dialogue de gestion et de la performance ;
 ― le bureau du pilotage des écoles.