L'organisation d'allocation de vieillesse agricole fonctionne sous le contrôle de la cour des comptes, du ministre de l'agriculture, du ministre des finances et des affaires économiques et du ministre du budget.
Le contrôle du ministre de l'agriculture s'exerce notamment par ses services d'administration centrale et par le service des lois sociales en agriculture.
Le contrôle du ministre des finances et des affaires économiques et du ministre du budget s'exerce notamment par l'intermédiaire de l'inspection générale des finances, des trésoriers-payeurs généraux, des receveurs particuliers des finances et, dans le département de la Seine, du receveur central des finances de la Seine.
La caisse nationale d'allocation de vieillesse agricole est soumise au contrôle prévu par l'ordonnance du 23 novembre 1944. Le contrôleur d'Etat assiste aux séances du comité avec voix consultative.