La sous-direction des activités maritimes exerce les attributions suivantes : 
― en liaison avec les services du secrétariat général et du service de l'administration générale et de la stratégie, préparation et exécution des budgets des programmes relevant de la responsabilité de la direction des affaires maritimes, préparation des documents annuels de performance et préparation du dialogue de gestion avec les services et organismes relevant de la direction des affaires maritimes. 
― participation à l'élaboration et à la mise en œuvre de l'action de l'Etat en mer , notamment de la fonction garde-côtes ; 
― élaboration de la politique d'emploi et de maintien en condition du dispositif de contrôle et de surveillance des affaires maritimes, établissement des programmes d'équipement, d'entretien et de renouvellement des moyens nautiques et suivi de leur exécution ; 
― mise en œuvre de la réglementation relative à la lutte contre la pollution du milieu marin (dispositif POLMAR terre). 
Elle comprend : 
― le bureau de la vie des services ; 
― le bureau des affaires financières ; 
― le bureau du contrôle des activités maritimes.