La sous-direction de la mobilité et de l'aménagement contribue au développement de l'évaluation économique des projets d'infrastructures et des politiques publiques dans les domaines des transports, de l'aménagement et de l'habitat, notamment  du point de vue de leur cohérence. Elle est chargée de la prévision, des analyses, des études, notamment à caractère économique, dans ces domaines. Elle expertise les instruments économiques relatifs à ces domaines dans une perspective de développement durable. Elle analyse la situation des marchés dans ces secteurs, ainsi que les performances des entreprises opérant sur ces marchés, notamment dans la perspective du marché unique européen. Elle participe à l'animation des réseaux de compétence économique du ministère.
 La sous-direction de la mobilité et de l'aménagement comprend :
 ― le bureau de l'analyse économique des transports ;
 ― le bureau de l'évaluation économique de l'aménagement et des territoires ;
 ― le bureau des politiques de mobilité et d'aménagement durables.