La sous-direction de la protection sociale est chargée d'élaborer ou de participer à l'élaboration de la législation et de la réglementation relatives à la politique de protection sociale à l'égard des membres non salariés et salariés des professions agricoles. Elle en suit l'application et en assure l'interprétation.
Elle comprend :
Le bureau de l'assujettissement, des cotisations et des questions internationales ;
Le bureau des prestations d'assurance maladie, des assurances accidents du travail et des prestations familiales ;
Le bureau des prestations d'assurance vieillesse ;
Le bureau de contrôle des organismes de protection sociale.