Les comptes ouverts dans le registre national mentionné à l'article L. 229-16 du code de l'environnement font l'objet de frais de tenue de compte qui se décomposent comme suit : 
a) Des frais d'ouverture de compte d'un montant de 500 euros par compte pour les exploitants d'installation détenteurs de compte et de 1 500 euros par compte pour les autres détenteurs de compte ; 
b) Des frais annuels de gestion administrative d'un montant de 300 euros par compte pour les exploitants d'installation détenteurs de comptes ; 
c) Des frais annuels de gestion administrative d'un montant de 2 500 euros par compte pour les autres détenteurs de comptes ; 
d) Des frais de gestion annuels par quota affecté au titre de l'année 2009 pour les exploitants d'installation dont le montant est de 0,009 5 euro. Le montant des frais de gestion annuels est fonction du nombre de quotas affectés chaque année aux différentes installations relevant du plan national d'affectation de quotas d'émission, conformément aux dispositions de l'article L. 229-8 du code de l'environnement.