L'agence est soumise au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret du 26 mai 1955. Le membre du corps du contrôle général économique et financier peut faire opposition aux délibérations à objet financier autres que celles mentionnées à l'article 7, dans les quinze jours qui suivent soit la réunion du conseil s'il a assisté à celui-ci ou s'y est fait représenter, soit la réception des délibérations.
Dans le cas où il forme opposition, le membre du corps du contrôle général économique et financier en réfère immédiatement au ministre du budget, qui doit se prononcer dans le délai d'un mois. A défaut de décision expresse dans ce délai, la délibération du conseil d'administration devient exécutoire.
Le conseil est informé de l'opposition du membre du corps du contrôle général économique et financier.