Les fonctionnaires nommés dans l'emploi de secrétaire général d'établissement public d'enseignement supérieur assurent, sous l'autorité du président de l'université ou du directeur de l'établissement, la direction, l'organisation et le fonctionnement des services administratifs, financiers et techniques de l'établissement. Ils prennent le titre de directeur général des services.
 Les secrétaires généraux d'établissement public d'enseignement supérieur contribuent à l'élaboration des politiques d'établissement dont ils assurent la mise en œuvre opérationnelle. Ils conçoivent, mettent en place et assurent le suivi des indicateurs de performance de l'établissement dans les domaines de la gestion administrative, financière et patrimoniale, celles des ressources humaines et des systèmes d'information.