Lors de la découverte d'un étalon infecté de M.C.E., le directeur des services vétérinaires, en relation avec le directeur de circonscription de l'Institut français du cheval et de l'équitation, établit la liste des juments déclarées contaminées. 
Par arrêté préfectoral de mise sous surveillance, pris sur proposition du directeur des services vétérinaires, les juments contaminées ne peuvent êtres ni saillies, ni inséminées. Elles doivent être soumises à une épreuve de diagnostic de la M.C.E., avant saillie ou insémination. 
Les juments vides sont contrôlées avant la fin de la saison de monte, à partir de prélèvements effectués au niveau des sinus clitoridiens et de l'utérus pendant les chaleurs. 
Le directeur des services vétérinaires peut autoriser la saillie ou l'insémination de ces juments si le résultat du contrôle précité est négatif. 
Les juments pleines sont déclarées à haut risque pour le début de la saison de monte suivante.
L'avortement d'une jument contaminée doit immédiatement être déclaré au directeur des services vétérinaires.