Les fonctionnaires et agents intéressés restent assujettis, durant le congé de fin d'activité, à leur régime de sécurité sociale pour l'ensemble des risques autres que le risque vieillesse. Le revenu de remplacement donne lieu à la perception de la cotisation prévue par les articles L. 131-2 et L. 711-2 du code de la sécurité sociale. 
Le congé de fin d'activité n'est pris en compte ni dans la constitution du droit à pension, ni dans la liquidation de la pension des fonctionnaires. 
Pour les agents non titulaires, le congé de fin d'activité n'ouvre aucun droit au titre du régime général d'assurance vieillesse de sécurité sociale. Ces agents continuent cependant à acquérir des droits au titre du régime de retraite complémentaire géré par l'Institution de retraite complémentaire des agents non titulaires de l'Etat et des collectivités publiques ou de celui des autres régimes obligatoires de retraite complémentaire auquel ils sont assujettis. Ils cotisent à ces régimes sur la base du revenu de remplacement aux taux afférents, au moment du paiement, aux tranches du barème qui étaient applicables à leur rémunération d'activité, réduites de 30 p. 100. La collectivité ou l'établissement qui verse le revenu de remplacement cotise pour la part patronale dans les mêmes conditions. Les agents ne peuvent obtenir des points gratuits des institutions de retraite au titre de ce congé.