La prime de performance collective prévue aux articles 2 et 4 du décret n° 2007-834 du 11 mai 2007 susvisé peut être versée, pour un montant uniforme par catégorie, aux agents non titulaires de chaque agence de l'eau en fonction de ses résultats et du niveau de performance constaté dans la mise en oeuvre de son programme pluriannuel d'intervention prévu par l'article L. 213-9-1 du code de l'environnement. 
Pour chaque catégorie d'emplois, le montant annuel de la prime de performance collective est déterminé par application d'un taux au montant moyen de la catégorie fixé à l'article 3. Ce taux, compris entre 50 et 150 %, est arrêté dans les conditions figurant aux deux alinéas suivants en fonction des résultats obtenus l'année précédente. 
Au début de l'année suivant celle au titre de laquelle sont mesurés les résultats, le directeur de chaque agence établit une proposition argumentée. Cette proposition est élaborée en fonction de l'atteinte des objectifs du programme pluriannuel d'intervention de l'agence, mesurée par des indicateurs de performance pour lesquels des cibles annuelles ont été déterminées dans le cadre d'un contrat d'objectifs couvrant la durée du programme d'intervention, signé par le directeur de l'agence et le ministre chargé de l'environnement. Après avis du  comité technique central de l'agence, la proposition du directeur est transmise au ministre chargé de l'environnement au plus tard le 15 février. 
Pour chaque agence, compte tenu des éléments transmis par le directeur et des indicateurs de suivi du programme pluriannuel d'intervention, le ministre chargé de l'environnement arrête le taux annuel de la prime de performance collective applicable à l'ensemble des agents.