Pour les cas de force majeure dont la preuve documentaire est apportée par les bénéficiaires, l'éligibilité des navires concernés et éventuellement le délai imparti pour la destruction feront l'objet d'une analyse au cas par cas par le directeur des pêches maritimes et de l'aquaculture, sur proposition motivée de la direction interrégionale de la mer Méditerranée.
 Il sera procédé par extrapolation pour évaluer l'impact effectif de l'arrêt forcé d'activité du navire sur l'éligibilité de ce dernier au plan de sortie de flotte. Le calcul devra démontrer sans ambiguïté que, en l'absence de survenance du cas de force majeure, le navire aurait été éligible à l'aide.