La sous-direction de l'accompagnement au changement et de la transformation élabore la stratégie de transformation de l'ensemble des services et des missions du ministère, et coordonne sa mise en œuvre. Elle veille à ce titre à la cohérence de l'ensemble des réformes concernant l'organisation des services centraux et territoriaux du ministère ainsi que de ses établissements publics. Elle promeut les méthodes innovantes et élabore et pilote les démarches qualité au sein des services du ministère.
Elle élabore la politique d'accompagnement du changement et met en œuvre les dispositifs correspondants. Elle définit le cadre de référence en matière de pratiques managériales et déploie les dispositifs de professionnalisation correspondants, en particulier au profit des cadres dirigeants.