L'établissement est administré par un conseil d'administration qui comprend :
 1° Dix représentants de l'Etat :
 ― quatre représentants du ministre chargé de la jeunesse ;
 ― un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
 ― un représentant du ministre chargé de l'éducation nationale ;
 ― un représentant du ministre chargé de l'emploi ;
 ― un représentant du ministre chargé de la santé ;
 ― un représentant du ministre chargé de la culture ;
 ― un représentant du ministre chargé des affaires européennes ;
 2° Trois représentants des collectivités territoriales :
 ― un représentant de l'Association des régions de France désigné par son président ;
 ― un représentant de l'Assemblée des départements de France désigné par son président ;
 ― un représentant de l'Association des maires de France désigné par son président ;
 3° Deux représentants d'associations nationales œuvrant dans les domaines de la jeunesse et de l'éducation populaire, désignés par le ministre chargé de la jeunesse, sur proposition du comité pour les relations nationales et internationales des associations de jeunesse et d'éducation populaire (CNAJEP) ;
 4° Trois personnalités qualifiées désignées par le ministre chargé de la jeunesse en raison de leurs compétences en matière de jeunesse ;
 5° Deux représentants du personnel de l'établissement (un représentant des personnels administratifs et un représentant des autres catégories de personnels), élus dans les conditions fixées par le conseil d'administration.
 Les membres du conseil d'administration mentionnés aux 2°, 3° et 5° peuvent être représentés par leur suppléant désigné ou élu dans les mêmes conditions.
 Le président du conseil d'administration est désigné par le ministre chargé de la jeunesse, parmi les membres du conseil d'administration, pour une durée de trois ans.
 Le directeur de l'établissement, l'autorité chargée du contrôle financier et l'agent comptable ainsi que toute personne dont la présence est jugée utile par le président du conseil d'administration assistent aux séances avec voix consultative.
 Le président du conseil scientifique prévu à l'article 9 du présent décret assiste aux séances avec voix consultative.