Le médecin du travail exerce son activité médicale, en toute indépendance et dans le respect des dispositions du Code de la santé publique. Il agit dans l'intérêt exclusif de la santé et de la sécurité des agents dont il assure la surveillance médicale. Le médecin du travail doit être distinct des médecins agréés chargés d'apprécier les conditions de santé au sens des dispositions de l'article 20 du décret n° 86-442 du 14 mars 1986 et des médecins de contrôle.
Sans préjudice des missions des médecins agréés chargés d'apprécier les conditions de santé au sens des dispositions de l'article 20 du décret n° 86-442 du 14 mars 1986 relatif à la désignation des médecins agréés, à l'organisation des conseils médicaux, aux conditions d'aptitude physique pour l'admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires, le médecin du travail peut formuler un avis ou émettre des propositions lors de l'affectation de l'agent au poste de travail au vu des particularités de ce dernier et au regard de l'état de santé de l'agent.
Dans ce cas, les rôles respectifs du médecin du travail et du médecin agréé s'exercent de façon complémentaire : le médecin agréé vérifie l'aptitude à l'exercice d'un emploi public ; le médecin du travail vérifie la compatibilité de l'état de santé de l'agent avec les conditions de travail liées au poste occupé par l'agent.
Le médecin du travail reçoit de l'autorité administrative à laquelle il est rattaché une lettre de mission précisant les services et établissements pour lesquels il est compétent, les objectifs de ses fonctions, les conditions d'exercice de ses missions ainsi que le temps de travail à accomplir.
Lorsque l'autorité administrative décide de ne pas renouveler les fonctions d'un médecin du travail, pour un motif tiré du changement dans les modalités d'organisation et de fonctionnement du service de médecine de prévention, elle en informe la formation spécialisée en matière de santé, de sécurité et de conditions de travail compétente ou, à défaut, le comité social d'administration en lui communiquant les raisons de ce changement.
En cas de rupture du lien contractuel pour un motif disciplinaire ou lié à la personne du médecin, cette rupture ne peut intervenir qu'après avis, suivant que le médecin du travail relève de l'administration centrale ou locale, de la formation spécialisée compétente ou, à défaut, du comité social d'administration. L'autorité administrative met en outre l'intéressé en mesure de consulter son dossier. Le médecin doit faire l'objet d'une convocation écrite lui indiquant l'objet de celle-ci. Au cours de l'entretien, l'autorité administrative est tenue d'indiquer le ou les motifs de la décision envisagée et de recueillir les observations de l'intéressé. En cas d'avis défavorable de la formation spécialisée concernée ou, à défaut, du comité social d'administration, la décision appartient au ministre.
En cas de faute professionnelle d'ordre déontologique, l'autorité administrative engage la procédure prévue à l'article L. 4124-2 du Code de la santé publique. Elle peut suspendre le lien contractuel avec le médecin du travail en attendant la décision du conseil de l'ordre des médecins.