Le secrétaire général est nommé par le délégué national, après consultation du conseil d'administration, pour une durée de trois ans renouvelable.
 Il est chargé, sous l'autorité du délégué national, de l'administration et de la gestion de l'établissement. En cas d'absence ou d'empêchement du délégué national, il le supplée dans la gestion de l'établissement.
 Les fonctions de secrétaire général sont incompatibles avec celles de membre du conseil d'administration. Elles ne peuvent être exercées par l'agent d'une commune dont le maire est membre du conseil d'administration ou par l'agent d'un établissement public de coopération intercommunale dont le président ou l'un des vice-présidents est membre du conseil d'administration.