La sous-direction des transporteurs et services aériens est chargée : 
― de définir et mettre en œuvre la politique en matière de transport aérien ; 
― de participer aux négociations en matière d'accords internationaux relatifs aux services aériens et de contrôler l'application de ces accords ; 
― de préparer et mettre en œuvre la politique et la réglementation relatives aux transporteurs aériens ayant leur principal établissement en France, de délivrer les licences d'exploitation à ces transporteurs et d'assurer leur suivi économique et financier ; 
― de délivrer les autorisations d'exploitation de services aériens aux transporteurs aériens exploitant des services aériens à destination ou au départ du territoire français ; 
― de procéder, le cas échéant, à l'homologation des tarifs des services aériens extracommunautaires ; 
― de définir et mettre en œuvre la politique d'aménagement du territoire en matière de desserte aérienne et en particulier la politique relative aux liaisons aériennes soumises à des obligations de service public et d'assurer la gestion de l'intervention financière de l'Etat sur ces liaisons ; 
― de définir la réglementation relative à l'immatriculation des aéronefs civils et aux droits spécifiques sur les aéronefs et de tenir le registre français d'immatriculation prévu à l'article L. 121-2 du code de l'aviation civile. 
Elle comprend : 
― le bureau des services aériens internationaux ; 
― le bureau des transporteurs français et de l'intervention publique ; 
― le bureau des immatriculations.