L'office est doté d'un conseil de direction qui comprend, outre son président :
   1. Quatre membres représentant l'Etat, dont deux nommés par le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture, un nommé par le ministre chargé de l'économie et des finances et un nommé par le ministre chargé du budget ;
   2. Un membre représentant la profession aquacole ;
   3. Deux membres représentant la profession conchylicole ;
   4. Onze membres représentant les organisations de producteurs, dont un représentant les organisations de producteurs conchylicoles ;
   5. Cinq membres représentant les marins et les armateurs à la pêche, dont un au titre du secteur coopératif maritime ;
   6. Cinq membres représentant le mareyage, dont un au titre du secteur coopératif maritime ;
   7. Quatre membres représentant le commerce ;
   8. Quatre membres représentant l'industrie de transformation ;
   9. Deux membres représentant les ports de pêche, dont un au titre des établissements gestionnaires et un au titre des halles à marée ;
   10. Deux membres représentant les salariés de la commercialisation et de la transformation ;
   11. Un membre représentant les consommateurs.
   Les membres mentionnés aux 2 à 10 ci-dessus sont nommés par le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture sur proposition des organisations professionnelles représentatives.
   Le membre représentant les consommateurs est nommé par le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture sur proposition du ministre chargé de la consommation, après consultation du Comité national de la consommation.