Les personnels de la DST font l'objet, en condition préalable à leur affectation au sein de cette direction, d'une habilitation, au moins du niveau du Secret-Défense, valable cinq ans et renouvelable. 
L'habilitation peut être retirée par l'autorité qui l'a accordée ou ne pas être renouvelée. En pareil cas, le fonctionnaire ou agent non titulaire est remis à la disposition de la direction des ressources et des compétences de la police nationale pour recevoir une autre affectation. 
Les faits motivant le non-renouvellement ou le retrait d'habilitation au Secret-Défense ne sont pas portés à la connaissance du fonctionnaire ou agent non titulaire concerné s'ils sont couverts par le Secret-Défense, conformément aux dispositions combinées de l'article L. 211-6 du code des relations entre le public et l'administration et des articles L. 311-5 à L. 311-8 du même code.