Placée sous l'autorité directe du directeur général, l'inspection des services est chargée d'assurer des missions d'audit interne. Dans ce cadre, elle procède au contrôle des services déconcentrés et centraux, ainsi que des services à compétence nationale ; elle effectue des travaux d'expertise et d'évaluation sur des questions générales touchant l'application de la réglementation, le fonctionnement et l'organisation des structures douanières, l'exécution des missions, la gestion des crédits et des moyens, la performance des services.
Elle assure également des missions de vérification des postes comptables.
Elle formule les propositions qui lui paraissent de nature à améliorer l'efficacité et la qualité du service.
Elle assure, avec le concours des services déconcentrés et des bureaux de la direction générale, la préparation et le suivi opérationnel des missions de contrôle des instances communautaires.
Le chef de l'inspection des services a rang de sous-directeur.