Le recteur d'académie nomme un coordonnateur de la mission, pour une durée de trois ans, renouvelable une fois, parmi les inspecteurs d'académie-inspecteurs pédagogiques régionaux et les inspecteurs de l'éducation nationale relevant des spécialités de l'enseignement général et de l'enseignement technique.
Le coordonnateur de la mission est chargé de la répartition des demandes, de la coordination et du suivi administratif des contrôles. Il veille à la rédaction dans les délais qu'il aura préalablement fixés des rapports de contrôle et des recommandations pédagogiques selon la procédure prévue à l'article R. 6251-3 du même code. Il rédige le rapport annuel d'activité de la mission.