Si un militaire, après la fin de sa période probatoire, est déclaré inapte définitif alors, celui-ci, son gestionnaire ou le médecin commandant le centre médical du service de santé des armées de rattachement peuvent formuler une demande à servir par dérogation aux normes médicales d'aptitude, afin que le militaire puisse continuer à servir dans la spécialité ou l'emploi. 
En fonction de la spécialité ou de l'emploi, le dossier est présenté devant :
-le CRS ;
-la commission médicale de l'aéronautique de défense (CMAD), qui s'agissant du personnel non navigant statue sur les cas des spécialistes du contrôle et de la surveillance des activités aériennes ou du personnel devant assurer des missions aéronautiques nécessitant une aptitude spécifique, ainsi que des parachutistes dont l'aptitude relève d'un centre d'expertise médicale du personnel navigant (CEMPN) ;
-la commission médicale supérieure du personnel plongeur des armées (CMSPPA) pour ce qui relève de l'aptitude à la plongée subaquatique ou au travail en milieu hyperbare. 
Après avis d'une des instances susmentionnées, le DRHAA peut accorder une autorisation à servir par dérogation aux normes médicales d'aptitude. 
Dans le cas où la demande à servir par dérogation dans la spécialité ou l'emploi n'est pas agréée par le DRHAA, le militaire peut être réorienté dans une autre spécialité. Il doit alors détenir l'aptitude à l'admission dans la nouvelle spécialité, ou être autorisé par le directeur des ressources humaines à y servir par dérogation. 
Les militaires ne répondant plus aux normes médicales d'aptitude au maintien dans l'armée de l'air et n'ayant pas obtenu de dérogation à servir sont présentés, le cas échéant à l'issue de leur droit à congé lié à l'état de santé, devant la commission de réforme des militaires prévue aux articles R. 4139-53. à R. 4139-61 du code de la défense. 
Dans l'attente du passage devant la commission de réforme, le militaire peut être employé selon les restrictions d'emploi fixées par le médecin des armées.