La sous-direction des comptabilités et de l'ingénierie financière assure les fonctions d'ordonnateur principal délégué du ministre et assure les activités budgétaires et comptables pour le compte des responsables de programme du ministère et par délégation pour le compte de responsables de programme d'autres ministères. Elle met en œuvre un contrôle interne comptable et assure la gestion de la régie.

Elle anime, en coopération avec le ministère chargé de l'agriculture, le réseau des centres de prestations comptables mutualisées.

Elle dirige les travaux de production comptable du pôle ministériel, veille à la qualité comptable et assure la valorisation des données comptables. Elle participe aux travaux de certification des comptes.

Elle est la référente pour le ministère en matière de réglementation financière et produit des expertises d'ingénierie financière. Elle participe également aux travaux interministériels visant à faire évoluer la réglementation et l'organisation financière et à rationaliser les processus financiers de la chaîne de la dépense.

Elle est chargée du développement de la comptabilité analytique.

Elle assure la maîtrise d'ouvrage et le pilotage des systèmes d'information financière du ministère et en assure la représentation dans les instances de pilotage et de coordination interministérielles.