La direction centrale de la police aux frontières est placée sous l'autorité d'un directeur des services actifs de la police nationale, nommé dans les conditions prévues par le décret n° 85-779 du 24 juillet 1985 modifié, qui exerce ses responsabilités sur l'ensemble des services centraux et déconcentrés de la direction.
Le directeur central est assisté d'un directeur central adjoint qui le supplée en cas d'absence.
La DCPAF dispose d'un échelon central constitué d'un état-major, d'un service national de la police ferroviaire (SNPF) et de trois sous-directions :
- la sous-direction de l'immigration irrégulière et des services territoriaux ;
- la sous-direction des ressources ;
- la sous-direction des affaires internationales, transfrontières et de la sûreté.
Sont rattachés, respectivement :
- à l'état-major : l'unité nationale d'escorte, de soutien et d'intervention (UNESI), service à compétence nationale ainsi que le bureau de la police aéronautique ;
- à la sous-direction de l'immigration irrégulière et des services territoriaux : l'unité de coordination de la lutte contre l'immigration irrégulière (UCOLLI) et l'office central pour la répression de l'immigration irrégulière et de l'emploi d'étrangers sans titre (OCRIEST) ;
- au service national de la police ferroviaire : la brigade des chemins de fer de la direction centrale de la police aux frontières, service à compétence nationale.
Chacun des sous-directeurs exerce l'autorité hiérarchique sur les personnels de sa sous-direction ; il anime et coordonne l'activité des services territoriaux dans son domaine de compétence.