Sur les terrains compris dans la réserve et mis à la disposition du ministère de la défense conformément aux dispositions de l'article R. 2313-1 du code général de la propriété des personnes publiques, l'autorité militaire prend en compte les objectifs généraux de protection de la réserve, sans toutefois que la création de celle-ci ne fasse obstacle à la poursuite d'activités militaires existantes ou à la mise en œuvre d'activités militaires nouvelles que l'autorité militaire considérerait comme prioritaires. L'autorité militaire peut déléguer la gestion des espaces qui lui sont affectés à l'organisme désigné comme gestionnaire de la réserve. 
Sur les autres terrains compris dans la réserve, l'autorité militaire ne conduit que des actions compatibles avec les objectifs de la réserve. 
Un protocole est établi entre le préfet et l'autorité militaire, pour fixer les conditions de gestion des terrains sur lesquels s'exercent des activités militaires.