Chaque agence est administrée par un conseil d'administration, qui comprend : 
1° Sept membres représentant l'Etat :
-le directeur départemental de l'équipement ou son représentant ;
-le   directeur régional des finances publiques ou son représentant ;
-le directeur départemental de l'agriculture et de la forêt ou son représentant ;
-le directeur régional de l'industrie, de la recherche et de l'environnement ou son représentant ;
-le directeur interrégional de la mer ou son représentant ;
-le directeur régional de l'environnement ou son représentant ;
-le délégué régional au tourisme ou son représentant ; 
2° Six représentants élus des collectivités locales dont : 
a) Quatre représentants des communes, élus par une assemblée spéciale des maires des communes réunie sur convocation du préfet du département. Quand, après une première convocation régulièrement faite, l'assemblée n'a pu siéger faute d'un quorum égal aux deux tiers de ses membres, la désignation se fait sans condition de quorum après une seconde convocation. Cette deuxième réunion a lieu dans un délai de quinze jours à compter de la première. Chacun des représentants des communes est élu à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour et à la majorité relative au second tour ; 
b) Un représentant du conseil régional ; 
c) Un représentant du conseil général ; 
3° Deux représentants de l'agence d'urbanisme et d'aménagement désignés par le conseil d'administration de cette agence ; 
4° Deux personnalités qualifiées, choisies en raison de leur compétence dans le domaine de l'urbanisme et de leur connaissance du littoral, nommées par arrêté préfectoral. 
Pour les membres du conseil d'administration mentionnés aux 2° et 3° ci-dessus, des suppléants sont désignés dans les mêmes conditions.