Chaque section comprend, en nombre égal, d'une part, des représentants des professeurs des universités et des personnels assimilés, d'autre part, des représentants des maîtres de conférences et des personnels assimilés. 
Elle a vocation à assurer la représentation équilibrée de la diversité du champ disciplinaire concerné, des établissements d'affectation des enseignants-chercheurs en relevant et de la répartition entre les femmes et les hommes qui la composent.
L'exercice des fonctions de membre du Conseil national des universités est incompatible avec l'exercice simultané des fonctions de président d'université ou de directeur ou de membre du conseil d'administration d'un établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel, de directeur d'un institut ou d'une école faisant partie d'une université au sens de l'article L. 713-9 du code de l'éducation, de membre d'une instance d'évaluation mentionnée à l'article L. 321-2 du code de la recherche susvisé ou de membre du conseil ou du personnel de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur, de membre de la commission des titres d'ingénieurs ou de membre de la commission chargée de l'évaluation des formations de gestion. 
Les membres du Conseil national des universités ne peuvent participer ni aux délibérations ou à la rédaction de rapports ayant trait à leur situation personnelle, ni à celles de leurs parents ou alliés jusqu'au troisième degré, ni à celle d'un enseignant-chercheur affecté ou exerçant des fonctions au sein de l'établissement dans lequel ils sont eux-mêmes affectés, ou dans lequel ils exercent ou ont exercé des fonctions depuis moins de deux ans. Ils ne peuvent participer aux délibérations ou à la rédaction de rapports concernant un candidat à la qualification qui a préparé son doctorat ou exercé des activités au sein de l'établissement dans lequel ils sont eux-mêmes affectés, ou dans lequel ils exercent ou ont exercé des fonctions depuis moins de deux ans. Ils ne peuvent participer aux délibérations ou à la rédaction de rapports concernant un candidat à la qualification dont ils ont dirigé ou codirigé la thèse ou s'ils ont été garants de son habilitation à diriger des recherches. 
Le membre du Conseil national des universités qui ne peut siéger du fait de l'examen de sa situation personnelle est remplacé par son suppléant pour les réunions concernant celle-ci.
L'ensemble des incompatibilités mentionnées au présent article est applicable aux membres suppléants.