Le service de la recherche et de l'innovation comprend :

- la sous-direction de la recherche ;

- un laboratoire d'innovation par les données dénommé Ecolab ;

- la sous-direction de l'animation scientifique et technique.

Le coordonnateur ministériel du Programme d'Investissements d'Avenir, le chargé de mission pour la coordination interministérielle du programme Galileo et le responsable ministériel aux normes sont placés auprès du chef du service de la recherche et de l'innovation.