Les dossiers de demande d'aide à la cessation définitive d'activité sont déposés auprès de la direction interrégionale de la mer Méditerranée ou de ses représentations locales. La date limite de réception du dossier est fixée au 30 novembre 2012.
 La direction interrégionale de la mer Méditerranée établit une liste des demandes éligibles conformément aux dispositions de l'article 2 en les classant par ordre décroissant de priorité conformément aux dispositions de l'article 8 du présent arrêté.
 La direction des pêches maritimes et de l'aquaculture établit, après avis de la Commission nationale de programmation, la liste des demandes retenues, en fonction de l'enveloppe budgétaire disponible et des critères de priorité définis à l'article 8. Elle établit également une liste d'attente constituée des navires éligibles qui ne peuvent être retenus dans un premier temps, classés par ordre décroissant de priorité en fonction des critères définis par l'article 8.
 Un projet de convention de sortie de flotte est proposé à l'armateur par la direction interrégionale de la mer Méditerranée ou par sa représentation locale.
 Le demandeur dispose d'un délai de deux semaines à compter de la notification du projet de convention pour le retourner signé à la direction interrégionale de la mer. A défaut, son inscription au plan de sortie de flotte est réputée caduque et son navire est radié de la liste des navires retenus.
 Les navires radiés suite à cette procédure sont remplacés par ceux de la liste d'attente, dans l'ordre de priorité qui y est défini. La procédure ci-dessus est alors répétée à l'intention des nouveaux demandeurs.