Les commissions administratives paritaires comprennent en nombre égal des représentants de l'administration et des représentants du personnel.
Les représentants de l'administration sont désignés par l'autorité administrative compétente de l'Etat pour les commissions administratives paritaires nationales et départementales et par l'assemblée délibérante de l'établissement pour les commissions administratives paritaires locales.
Afin de concourir à une représentation équilibrée entre les femmes et les hommes, les membres représentant l'administration sont choisis compte tenu d'une proportion de représentants appartenant à chacun des sexes fixée par décret en Conseil d'Etat. 
Les membres représentant le personnel sont élus au scrutin de liste à deux tours avec représentation proportionnelle.
Au premier tour de scrutin, les listes sont présentées par les organisations syndicales de fonctionnaires représentatives. Si aucune liste n'est déposée par ces organisations ou si le nombre de votants est inférieur à un quorum fixé par décret en Conseil d'Etat, il est procédé, dans un délai fixé par ce même décret, à un second tour de scrutin pour lequel les listes peuvent être présentées par toute organisation syndicale de fonctionnaires.
Pour l'application des dispositions de l'alinéa précédent, sont regardées comme représentatives :
- 1° Les organisations syndicales de fonctionnaires régulièrement affiliées à une union de syndicats remplissant les conditions définies à l'article 9 bis de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires ;
- 2° Et les organisations syndicales de fonctionnaires satisfaisant, dans le cadre où est organisée l'élection, aux dispositions de l'article L. 133-2 du code du travail.
Les organisations affiliées à une même union ne peuvent présenter des listes concurrentes à une même élection. Les conditions d'application du présent alinéa sont fixées en tant que de besoin par un décret en Conseil d'Etat.
Les contestations sur la recevabilité des listes déposées sont portées devant le tribunal administratif compétent dans les trois jours qui suivent la date limite du dépôt des candidatures. Le tribunal administratif statue dans les quinze jours qui suivent le dépôt de la requête. L'appel n'est pas suspensif.
Les représentants du personnel à l'assemblée délibérante ne peuvent être désignés en qualité de représentants de l'administration aux commissions administratives paritaires.
Les commissions administratives paritaires nationales et départementales sont présidées par l'autorité administrative de l'Etat. Les commissions administratives paritaires locales sont présidées par le président de l'assemblée délibérante ou son représentant.