Le directoire de l'espace aérien se réunit en séance ordinaire en tant que de besoin, et au moins deux fois par an. Il peut se réunir en séance extraordinaire à la demande de l'un des directeurs. Chaque séance fait l'objet d'un ordre du jour établi conjointement au moins quinze jours avant la date prévue de la séance et d'un compte rendu établi conjointement dont les ministres de tutelle sont rendus destinataires. L'organisation des séances et le secrétariat du directoire sont assurés à tour de rôle par les deux directions concernées.