Le compte financier de l'établissement comprend les comptes sociaux et les comptes consolidés. Ils sont préparés par l'agent comptable. 
Ils sont, après adoption par le conseil d'administration, transmis avec leurs annexes au ministre chargé des transports et au ministre chargé du budget pour approbation ainsi qu'à la Cour des comptes. 
Ce compte financier comporte également le compte de résultats, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice, le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations effectives.