Le président de l'établissement public préside un conseil scientifique composé de l'ensemble des conservateurs de l'établissement, dont          le directeur du musée national de l'Orangerie des Tuileries , le directeur du Centre d'études des nabis et du symbolisme et le directeur du musée national Hébert, et de trois personnalités qualifiées désignées sur sa proposition par arrêté du ministre chargé de la culture, pour une durée de trois ans renouvelable. 
Ce conseil est consulté sur les questions scientifiques et muséologiques et sur les orientations de la politique culturelle de l'établissement avant qu'elles ne soient soumises au conseil d'administration. 
Il est consulté notamment sur : 
1° Les projets d'acquisitions de biens culturels prévues à l'article 5 et la politique de prêts et dépôts des biens culturels dont l'établissement public a la garde. Dans ce cas, il siège en formation restreinte aux conservateurs de l'établissement ; 
2° Les programmes relatifs à la muséographie, aux expositions et aux publications ; 
3° Les conditions dans lesquelles les espaces des musées sont occupés par des organismes extérieurs pour des manifestations exceptionnelles ; 
4° La politique de valorisation du patrimoine immatériel et matériel confié à la garde de l'établissement ou dont il a la propriété ; 
5° Toute autre question qui lui est soumise par le président de l'établissement. 
L'administrateur général assiste aux réunions du conseil scientifique. 
Le président peut inviter à assister aux séances du conseil scientifique toute autre personne dont il juge la présence utile. 
Le conseil d'administration est tenu informé de la teneur des avis lorsque ceux-ci portent sur une question qui relève de sa compétence.