La mission interministérielle veille à ce que les actions entreprises en matière d'aménagement du territoire, d'urbanisme ou d'équipements publics, tant par les administrations de l'Etat que par les collectivités locales et les organismes publics ou privés agissant avec l'aide de l'Etat ou sous son contrôle, soient compatibles avec le maintien des équilibres naturels fondamentaux de la zone méditerranéenne.
   A ce titre, lui sont communiqués les projets concernant les schémas généraux constituant directive nationale d'aménagement du territoire, les schémas directeurs d'aménagement et d'urbanisme, les plans d'aménagement ruraux concernant les secteurs compris dans la zone de compétence de la mission.
   Pour les zones où le maintien des équilibres naturels fondamentaux est particulièrement fragile, la mission peut demander communication des projets concernant les équipements publics importants ou les autres documents d'urbanisme, notamment les plans d'occupation des sols et les plans d'aménagement des zones d'aménagement concerté.
   La mission peut évoquer soit devant le préfet, soit devant le ou les ministres compétents, soit devant le comité interministériel d'aménagement du territoire, toutes actions, décisions ou documents qui lui paraissent contraires aux objectifs poursuivis en matière d'aménagement ou de protection de l'espace naturel méditerranéen. La mission interministérielle établit un rapport annuel qui est soumis au comité interministériel d'aménagement du territoire.