L'alimentation du fonds est assurée par : 
Une dotation globale fixée par le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture après avis du conseil de direction de FranceAgriMer conformément aux articles 11 et 12 du décret du 29 décembre 1998 portant création d'un Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer) ; 
Une contribution communautaire d'un même montant que cette dotation, dans la limite des plafonds définis dans le cadre de la décision susvisée ; 
Les intérêts perçus au titre de la rémunération des sommes constituant le fonds, bloquées sur un compte bancaire ; 
Des commissions de garanties (rémunération du risque partiellement pris en charge par le fonds de garantie deFranceAgriMer versées au fonds de garantie par les bénéficiaires.