MÉTHODOLOGIE D'ATTRIBUTION D'UN POTENTIEL ÉCOLOGIQUE POUR LES MASSES D'EAU FORTEMENT MODIFIÉES (MEFM) ET ARTIFICIELLES (MEA) DOUCES DE SURFACE
A ce stade, la classification du potentiel écologique des masses d'eau fortement modifiées (MEFM) et artificielles (MEA) s'établit en quatre classes : bon et plus ; moyen ; médiocre ; mauvais.
1. Principes généraux
L'évaluation du potentiel écologique des MEFM et MEA est définie par une méthode mixte croisant les données disponibles relatives à l'état du milieu et une démarche alternative fondée sur les mesures d'atténuation des impacts.
Les valeurs des éléments de qualité correspondant au bon potentiel écologique sont celles obtenues lorsque sont mises en œuvre toutes les mesures d'atténuation des impacts, qui :
- ont une efficacité sur l'amélioration de la qualité et de la fonctionnalité des milieux (y compris, par exemple, des mesures concernant l'amélioration des modes de gestion hydraulique ou la maîtrise des flux de nutriments pour contenir l'eutrophisation) ; 
- sont techniquement et socio-économiquement faisables sans remettre en cause le ou les usages à la base de la désignation comme MEFM ou MEA.
De plus, des mesures peuvent être nécessaires pour assurer notamment la continuité écologique, même lorsque le bon potentiel d'une masse d'eau est atteint, afin, notamment, de respecter l'objectif de non-dégradation de cette masse d'eau ou pour respecter ou atteindre le bon état/potentiel d'autres masses d'eau.
2. Attribution d'un potentiel écologique aux masses d'eau fortement modifiées
2.1. Typologie de cas MEFM et contraintes techniques obligatoires
Pour appliquer cette démarche alternative, il est demandé de s'appuyer sur la typologie de cas MEFM, présentée au tableau 55 de la présente annexe (grand type de masse d'eau par type d'ouvrage ou d'aménagement physique). Les différents types de cas de MEFM sont homogènes en termes d'altérations hydromorphologiques impactant les éléments de qualité biologique. Cette typologie, élaborée au niveau national et présentée ci-après, constitue un premier cadre d'analyse et de travail pour l'identification des contraintes techniques obligatoires (définies au § 2.2 de la présente annexe) par types de cas de MEFM.
Il convient de souligner que l'existence d'une contrainte technique obligatoire dans un domaine (par exemple une contrainte de marnage fort saisonnier) n'empêche pas la mise en œuvre de mesures d'atténuation des impacts dans ce même domaine (par exemple des modalités de gestion du niveau d'eau d'une retenue limitant l'impact sur les communautés aquatiques).
Tableau 55 : Typologie des cas MEFM 
Vous pouvez consulter l'image dans le fac-similé du 
JOnº 0198 du 28/08/2015, texte nº 4
2.2. Définition des contraintes techniques obligatoires (CTO)
Profondeur minimale/maintien d'une ligne d'eau : pour la navigation, la CTO est de disposer d'une profondeur ou hauteur d'eau (mouillage) suffisante, qui se traduit le plus souvent par un maintien de la ligne d'eau constante (régulation hydraulique et barrage/écluses).
Obligation d'un certain débit et chute : la production d'hydroélectricité se base sur la notion de puissance électrique qui est fonction d'un débit, d'une hauteur de chute et du rendement des turbines installées.
Marnage fort saisonnier : sur les retenues, cette contrainte est liée au stockage de la ressource pour la production d'hydroélectricité en périodes de forte demande énergétique (hiver ou été) ou le soutien d'étiage.
Marnage faible court terme et marnage faible saisonnier : liée à une activité de stockage de la ressource (AEP, irrigation, hydroélectricité).
Volume utilisable : liée à une activité de stockage de la ressource (AEP, irrigation, hydroélectricité, soutien d'étiage).
Régime de restitution : à l'aval des retenues, les masses d'eau voient leur cycle hydrologique annuel modifié par les usages de l'eau stockée.
Rectification, déplacement du tracé du CE/chenal de navigation/rayon de courbure : pour la navigation, la géométrie du chenal (tracé en plan) est très contrainte, mais il existe une certaine marge de manœuvre entre les paramètres largeur et rayon de courbure. Ainsi, à rayon de courbure plus court, une largeur plus ample est nécessaire. Ces contraintes sont plus ou moins faciles à satisfaire en fonction du gabarit et de l'importance/morphologie du cours d'eau.
Le drainage des sols s'est très souvent accompagné, a minima, d'un recalibrage du cours d'eau, voire d'une rectification.
Blocage lit mineur : le blocage du lit mineur n'est en théorie pas indispensable à la navigation, mais dans les faits, étant entendu que le cours d'eau doit passer sous les ponts et passer par les seuils/écluses, la marge de divagation au droit des ouvrages de navigation est quasi nulle. L'endiguement étroit pour la protection contre les inondations a eu pour but de canaliser les crues et a, de fait, supprimé toutes divagations possible du lit mineur.
Limitation du champ d'expansion de crues : le principe même de la protection contre les inondations est de limiter la capacité de débordement.
2.3. Indicateurs biologiques et physico-chimiques pour les masses d'eau fortement modifiées (MEFM)
2.3.1. Cas des MEFM cours d'eau
Pour évaluer le potentiel écologique d'une masse d'eau fortement modifiée cours d'eau, on utilise les indicateurs et limites de classe établies sur les diatomées à l'annexe 3 au présent arrêté (§ 1.1.2) et sur les éléments physico-chimiques à l'annexe 3 au présent arrêté (§ 1.2. Eléments physico-chimiques généraux et § 1.3. Polluants spécifiques de l'état écologique), en faisant application des règles d'agrégation mentionnées à l'annexe 2.
Certains paramètres physico-chimiques peuvent être impactés par les seules modifications morphologiques du milieu. Dans ce cas, une expertise ciblée peut conduire à adapter de nouveaux seuils, voire à ne pas retenir ces paramètres dans l'évaluation du potentiel écologique. L'argumentaire doit être solide et étayé. Cette disposition peut être appliquée aux paramètres de l'oxygène (concentration et taux de saturation) et de la température, à l'exclusion de tout autre.
2.3.2. Cas des MEFM plan d'eau
Pour évaluer le potentiel écologique d'une masse d'eau fortement modifiée plan d'eau, on utilise les indicateurs et limites de classe établies sur le phytoplancton à l'annexe 3 au présent arrêté (§ 2.1.1) et sur les éléments physico-chimiques à l'annexe 3 au présent arrêté (§ 2.2, § 2.3), en faisant application des règles d'agrégation mentionnées à l'annexe 2.
2.4. Intégration des contraintes techniques obligatoires (CTO) aux résultats des indicateurs biologiques et physico-chimiques pour l'attribution d'une classe de potentiel écologique
Pour pallier l'absence, à l'heure actuelle, de tous les indicateurs biologiques adaptés pour évaluer le bon potentiel (références, protocoles d'échantillonnage), on considère que les pressions hydromorphologiques hors CTO se traduisent par un effet négatif sur les potentialités biologiques des masses d'eau.
On attribue la classe de potentiel écologique selon les principes suivants :
Tableau 56 : Classe d'état des MEFM selon le niveau de pression hydromorphologique identifié et les classes d'état des indices biologiques et physico-chimiques
CLASSES D'ÉTAT SELON LES INDICATEURS BIOLOGIQUES ET PHYSICO-CHIMIQUES 
mentionnés ci-dessus au point 2.3
Très bon
Bon
Moyen
Médiocre
Mauvais
Pressions hydromorphologiques identifiées (hors CTO, à savoir celles imposées par l'usage)
Nulles à faibles
Bon et plus
Bon et plus
Moyen
Médiocre
Mauvais
Moyennes 
à fortes
Moyen
Moyen
Moyen
Médiocre
Mauvais
3. Attribution d'un potentiel écologique aux masses d'eau artificielles
Les principes généraux décrits au paragraphe 1 de la présente annexe s'appliquent aux masses d'eau artificielles (MEA), pour l'attribution d'un potentiel écologique.