La sous-direction des ressources halieutiques est chargée de la définition de la politique de conservation des ressources halieutiques et de la politique de contrôle des pêches maritimes, au plan national et dans le cadre des relations avec l'Union européenne et les organismes internationaux concernés, et supervise leur mise en œuvre.
 A ce titre :
 Au niveau national, elle définit la réglementation relative :
 - à la conservation et à la gestion des ressources halieutiques ;
 - à la gestion de la flotte de pêche ;
 - à la gestion des possibilités de pêche ;
 - à la limitation des répercussions de la pêche sur l'environnement ;
 - au contrôle des pêches maritimes et des produits de la pêche.
 Elle négocie l'élaboration de cette réglementation aux niveaux communautaire et international.
 Elle supervise la mise en œuvre de la réglementation nationale, communautaire et internationale, notamment la gestion de la flotte de pêche française et la gestion des possibilités de pêche auxquelles accède cette flotte.
 Elle définit la politique de contrôle des pêches maritimes et des produits de la pêche, tant en mer qu'au débarquement et à terre. A ce titre, elle supervise et coordonne l'action des différents services et administrations concernés et elle organise le recueil des documents déclaratifs obligatoires.
 Elle participe à la représentation de la France ou assure la représentation française dans les organisations internationales et régionales de gestion des pêches. Elle négocie et gère les accords de pêche avec les pays tiers au sein de la délégation communautaire ou de manière bilatérale.
 Elle coordonne la participation française aux instances scientifiques internationales chargées d'élaborer des avis en matière de gestion des ressources halieutiques. Elle coordonne la mise en œuvre de la collecte des données, la réalisation de bilans scientifiques et la conduite de recherches et d'expertises dans le domaine des pêches maritimes.
 Elle est chargée du contrôle sur l'organisation professionnelle des pêches maritimes et des élevages marins.
 Elle gère les crédits d'Etat et communautaires dans ses domaines de compétence.
 La sous-direction des ressources halieutiques comprend :
 - le bureau des affaires européennes et internationales ;
 - le bureau de la gestion de la ressource ;
 - le bureau du contrôle des pêches ;
 - la mission des affaires scientifiques.