La sous-direction des affaires financières et du contrôle de gestion est chargée, dans le cadre des orientations fixées par le secrétaire général du ministère :
― en liaison avec les services du secrétariat général, de préparer et d'exécuter les budgets des programmes relevant de la responsabilité de la direction générale de l'aviation civile, de préparer les documents annuels de performance et le dialogue de gestion avec les services et organismes relevant de la direction générale ;
― de préparer et exécuter le budget annexe contrôle et exploitation aériens en recettes et en dépenses ; de tenir la comptabilité de l'ordonnateur de ce budget ;
― d'assurer le secrétariat du comité des finances et de la commission consultative économique ;
― d'assurer la prévision de la gestion des recettes, des emprunts et de la trésorerie du budget annexe contrôle et exploitation aériens et de coordonner les opérations de dépense ;
― de tenir la comptabilité analytique des programmes et de produire les données utiles à la constitution des assiettes de redevances pour services rendus ;
― de tenir la comptabilité des immobilisations dans un cadre mutualisé pour l'ensemble du budget annexe "contrôle et exploitation aériens" ;
― d'assurer la maîtrise d'ouvrage du système d'information financier central et de l'ensemble de ses composantes en liaison avec le service des systèmes d'information et de la modernisation ;
― de préparer et de conclure les marchés et conventions relatifs aux domaines de compétences de la direction dans la limite des attributions dévolues au service du secrétariat général gérant les prestations communes.