La sous-direction de la régulation européenne est chargée, dans les domaines de compétence du ministère, du suivi et de la coordination de l'ensemble des questions communautaires, à l'exception de celles traitées par la sous-direction du changement climatique et du développement durable. Elle assure le suivi des questions bilatérales et multilatérales liées. Elle veille à la cohérence de l'action européenne du ministère et, en appui à la direction des affaires juridiques, au suivi des engagements européens du ministère. Elle est chargée de la coordination interne au ministère, des relations avec les institutions européennes et notamment avec la Commission européenne et le Parlement européen. Elle contribue à la prise en compte des évolutions du contexte européen dans l'élaboration de la stratégie du ministère. En appui à la direction des ressources humaines, elle est chargée de la formation et de l'information sur les questions européennes et internationales.
 Elle est constituée, outre des chargés de mission géographiques chargés de la coordination et de la gestion des relations bilatérales avec les pays de l'Union européenne, l'Islande, la Norvège et la Suisse :
 ― du bureau « industries de réseau » ;
 ― du bureau « environnement et risques » ;
 ― du bureau « marché intérieur et financements communautaires ».