Le Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux se réunit en assemblée générale ou en sections dans les conditions définies par un règlement intérieur, approuvé par le ministre chargé de l'agriculture, qui précise les termes de référence pour le fonctionnement et la conduite des travaux du conseil. 
L'assemblée générale réunit les membres mentionnés aux a, b et c de l'article 2 sous la présidence du ministre ou du vice-président du conseil général. 
Elle assure l'unité de conception et d'action du conseil dans des conditions que le vice-président définit et soumet à l'approbation du ministre. Le projet stratégique et le programme annuel d'activités mentionnés à l'article 4 ainsi que le rapport annuel mentionné à l'article 7 sont       présentés en assemblée générale. 
Le Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux comprend, dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, une section chargée de l'audit, de l'inspection et du contrôle, des sections thématiques dont le nombre ne peut être supérieur à six et un secrétariat général.