Le conseil d'administration élit parmi ses membres, pour une durée de six ans, un président issu du collège des représentants de la région et trois vice-présidents : un vice-président issu du collège des représentants de la région, un vice-président issu du collège des représentants des départements et un vice-président issu du collège des représentants des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre et des communes non membres de ces établissements.
Les vice-présidents suppléent, dans l'ordre de leur élection, le président en cas d'absence ou d'empêchement.