Sans préjudice de la perte des indemnités prévues à l'article 24 du présent arrêté, les contrevenants aux dispositions du présent arrêté sont notamment passibles des pénalités prévues à l'article R. 228-1 du code rural relatif aux mesures de lutte contre les maladies des animaux.
 En cas de non-respect des dispositions relatives au dépistage, les œufs produits peuvent être séquestrés, sur le site d'élevage ou au couvoir, ou dirigés sur ordre du préfet vers un établissement agréé pour la fabrication d'ovoproduits pour y subir un traitement thermique assainissant jusqu'au résultat favorable d'une série de contrôles renforcés prévus à l'annexe III du présent arrêté réalisée par les agents des services vétérinaires. Les analyses sont à la charge du propriétaire du troupeau.