L'agent déféré devant la commission est destinataire, aussitôt que la commission est saisie, du dossier transmis à la commission, ainsi que de tous documents annexes.
L'agent mis en cause peut présenter devant la commission des observations écrites ou verbales, citer des témoins et se faire assister d'un défenseur de son choix, soit un avocat inscrit à un barreau, soit un membre d'une organisation syndicale. 
Le droit de citer des témoins appartient également à l'administration et à l'organisme dont relève l'agent déféré devant la commission. 
Le président du conseil ou du conseil d'administration de l'organisme dont relève l'agent mis en cause, ou son représentant, est entendu par la commission. 
Un représentant de la caisse nationale compétente ainsi qu'un représentant du service mentionné à l'article R. 155-1 du code de la sécurité sociale concerné peuvent être également entendus par la commission. 
Lorsque l'agent déféré devant la commission est un directeur ou un agent comptable d'un organisme local ou régional, l'audition du directeur général ou du directeur de la caisse nationale ou de l'agence centrale de la branche concernée, ou de son représentant, est obligatoire. Lorsque l'agent déféré devant la commission est un agent de direction autre que le directeur ou l'agent comptable, l'audition du directeur de l'organisme auquel appartient l'agent est obligatoire. Lorsque l'agent déféré est un agent de direction d'un organisme national, le directeur général ou le directeur de cet organisme, ou son représentant, est obligatoirement auditionné. 
Les témoins et intervenants sont entendus par la commission en présence de l'agent mis en cause et du président du conseil ou du conseil d'administration de l'organisme dont il relève.