Le secrétariat des commissions administratives paritaires nationales est assuré par la direction chargée des hôpitaux au ministère chargé de la santé. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein, lors de chaque séance, pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
   Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président, le secrétaire et le secrétaire adjoint.