Le conseil d'administration délibère sur la gestion des biens de Voies navigables de France ainsi que sur l'organisation et le fonctionnement de ses services, et notamment sur les matières suivantes : 
   Les prévisions de recettes et de dépenses et les modifications à y apporter ;
   Le compte financier visé à l'article 53 ci-après ;
   L'affectation des résultats ; 
   Les règles générales d'emploi des disponibilités et des réserves ;
   Les programmes d'investissements ;
   Les emprunts ; 
   Les modes de gestion des exploitations assurées par Voies navigables de France, la prise en charge d'une nouvelle exploitation ou la renonciation à une exploitation existante ; 
   Les acquisitions, aliénations, échanges, constructions et grosses réparations d'immeubles ;
   Les actions judiciaires, transactions et désistements ;
   Les dons et legs ; 
   Les effectifs, les conditions d'emploi et de rémunérations, le régime de retraite du personnel ; 
   La prise, l'extension ou la cession de participations financières et, d'une manière générale, les conditions dans lesquelles Voies navigables de France accorde son concours ou accepte des concours extérieurs ; 
   Le conseil d'administration donne, en outre, son avis sur toutes les questions qui lui sont soumises par le ministre des transports.
   Le conseil d'administration administre le domaine confié à l'établissement public.
   Il délibère, en outre, sur :
   - tout contrat, tout acte de concession, toute convention et tout marché,
   - les concours financiers apportés par l'établissement.
   Il fixe le montant des péages, droits fixes et redevances d'usage du domaine confié à l'établissement.
   Il crée les commissions territoriales des voies navigables.