Dans le cadre de l'article 27 du règlement (CE) n° 1198/2006 susvisé, une bonification de l'indemnité journalière est accordée pendant la période d'arrêt temporaire aux marins choisissant de bénéficier d'une formation continue portant sur les thèmes suivants :
 ― politique commune de la pêche ;
 ― valorisation des produits, de la production jusqu'à la commercialisation (hygiène, signes de qualité...) ;
 ― sécurité ;
 ― dispositif d'aide à la création d'entreprises ;
 ― techniques de pêche.
 Cette bonification est de 20 euros par jour d'arrêt et ne peut être versée que sur présentation d'une attestation de formation délivrée par une structure agréée ou labellisée par l'Etat pour ses actions de formation, d'encadrement de la profession ou de recherche.
 Les demandeurs doivent répondre aux conditions suivantes :
 ― apporter une attestation de formation portant sur l'un des thèmes précités ;
 ― avoir assisté à une formation d'un minimum de cinq jours.
 En tout état de cause, l'indemnité journalière de chaque marin due au titre de l'arrêt temporaire ne pourra être majorée de plus de 20 % grâce à la bonification de formation.
 La part affectée au marin est considérée comme un bonus permettant le financement et la réalisation effective de formations. Elle n'est pas comptabilisée dans l'ensemble de l'aide perçue par l'armement.