Le directeur est membre de droit du directoire de l'établissement public expérimental Nantes Université.

Le président de l'établissement public expérimental Nantes Université est membre de droit du conseil d'administration de l'Ecole centrale de Nantes.
Le directeur peut déléguer sa signature aux membres du comité de direction et au secrétaire général de l'établissement.
Les conseils d'administration de Nantes Université et de l'Ecole centrale de Nantes approuvent le contrat pluriannuel d'objectifs et d'engagements conclu entre le président de Nantes Université et le directeur de l'école selon les modalités fixées par les statuts de Nantes Université.

L'Ecole centrale de Nantes peut transférer ou déléguer à Nantes Université l'exercice d'une ou plusieurs de ses compétences selon les modalités fixées par les statuts de Nantes Université.