La direction des pêches maritimes et de l'aquaculture comprend, sous l'autorité d'un directeur assisté d'un adjoint, chef de service :
― la sous-direction des ressources halieutiques ;
― la sous-direction de l'aquaculture et de l'économie des pêches ;
― la mission des systèmes d'information de la pêche et de l'aquaculture ;
― la mission des affaires générales.
Elle exerce pour le compte du ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines, la tutelle de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (IFREMER).
Pour l'exercice de ses attributions, elle dispose des services déconcentrés en charge de la pêche maritime et de l'aquaculture.