Une bonification de l'indemnité journalière est accordée, en application de l'article 27 du règlement précité du 27 juillet 2006, pendant la période d'arrêt temporaire aux marins choisissant de bénéficier d'une formation continue portant sur les thèmes suivants :
 1. Politique commune de la pêche ;
 2. Valorisation des produits, de la production jusqu'à la commercialisation (hygiène, signes de qualité...) ;
 3. Sécurité à bord des navires de pêche ;
 4. Dispositif d'aide à la création d'entreprises de pêche ;
 5. Techniques de pêche.
 Cette bonification est de 20 €/jour d'arrêt et ne peut être versée que sur présentation d'une attestation de formation délivrée par une structure agréée ou labellisée par l'Etat pour ses actions de formation, d'encadrement de la profession et de recherche.
 Les demandeurs doivent répondre aux conditions suivantes :
 ― apporter une attestation de formation portant sur l'un des thèmes précités ;
 ― l'organisme de formation est une structure agréée ou labellisée par l'Etat pour ses actions de formation, d'encadrement de la profession et de recherche ;
 ― avoir assisté à une formation d'un minimum de cinq jours.
 En tout état de cause, la somme des indemnités versées au titre de l'arrêt temporaire et de la bonification de l'indemnité journalière ne pourra être supérieure à 100 % de la perte économique définie à l'article 13.