Un comité de pilotage, présidé par le ministre ou son représentant, définit le programme annuel ainsi que les orientations stratégiques du CHEMI.
 Le comité de pilotage est composé :
 1° Du secrétaire général ou de son représentant ;
 2° Du directeur général des collectivités locales ou de son représentant ;
 3° Du directeur général de la police nationale ou de son représentant ;
 4° Du directeur général de la gendarmerie nationale ou de son représentant ;
 5° Du directeur des libertés publiques et des affaires juridiques ou de son représentant ;
 6° Du directeur de la sécurité civile ou de son représentant ;
 7° Du chef de l'inspection générale de l'administration ou de son représentant ;
 8° Du directeur de la modernisation et de l'action territoriale ou de son représentant ;
 9° De deux personnalités qualifiées : un parlementaire et un universitaire.
 Des experts ou personnalités extérieures peuvent être invités à s'exprimer devant le comité de pilotage à l'invitation de son président.