La sous-direction de l'économie des ressources naturelles et des risques est chargée :
 ― de développer et diffuser les méthodes de valorisation économique des politiques, régulations, biens et services environnementaux, sur la biodiversité, les patrimoines naturels et aménités environnementales notamment ;
 ― d'évaluer les coûts et les bénéfices et d'améliorer les performances économiques ainsi que l'efficience environnementale et sociétale des politiques de protection de l'environnement et de prévention des risques ;
 ― d'identifier et proposer les démarches innovantes et les instruments économiques pertinents, en particulier en matière de fiscalité, en appui aux politiques de développement durable et de prévention des risques ;
 ― de participer à l'animation des réseaux de compétence économique du ministère, de ses agences et établissements publics.
 La sous-direction comprend :
 ― le bureau des biens publics globaux ;
 ― le bureau de l'évaluation des politiques des risques de l'eau et des déchets ;
 ― le bureau de l'économie de l'environnement et des instruments financiers ;
 ― le bureau de la fiscalité.