Le département produits chimiques - pollutions diffuses - agriculture est chargé de mettre en œuvre les politiques et réglementations relatives aux produits chimiques (produits biocides, règlement REACH, pesticides, nanomatériaux, produits organiques persistants,...), aux pollutions et risques liés aux activités agricoles (dont les installations classées agricoles et alimentaires), aux organismes génétiquement modifiés (en liaison avec les ministères concernés, dont le ministère chargé de l'agriculture), aux pollutions diffuses.
 Il comprend :
 ― le bureau des substances et préparations chimiques ;
 ― le bureau des biotechnologies et de l'agriculture.