Un arrêté conjoint des ministres exerçant la tutelle du centre et du ministre chargé du budget précise les modalités de fonctionnement financier du centre et détermine notamment le rôle de l'agent comptable. Celui-ci est nommé par arrêté conjoint de ces ministres sur proposition du président du conseil d'administration du centre. L'agent comptable assiste aux séances du conseil d'administration sans prendre part aux votes.