L'article 99 est remplacé par les dispositions suivantes pour les programmes figurant dans le champ de l'expérimentation : 
« Les décisions d'engagement et les décisions d'affectation de crédits à une opération d'investissement mentionnées à l'article 156 peuvent, eu égard à la nature ou au montant de la dépense, être soumises à l'examen et à la signature du responsable de la fonction financière ministérielle selon les règles définies dans le protocole prévu à l'article 1er du présent arrêté. 
L'examen du responsable de la fonction financière ministérielle porte notamment sur l'imputation de la dépense, la disponibilité des crédits, l'exactitude de l'évaluation de la consommation de crédits associée et leur compatibilité avec la programmation pluriannuelle définie à l'article 66. 
Le comité financier interministériel mentionné à l'article 69 approuve certaines affectations et certains engagements, selon les règles fixées par le protocole spécifique prévu au même article. 
Le ministre chargé du budget, ou son représentant, peut s'opposer à l'approbation de ces affectations et engagements au regard des critères définis à l'article 99 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. 
Les affectations approuvées par le comité financier interministériel sont dispensés de la signature du responsable de la fonction financière ministérielle. Les engagements ayant été approuvés par ce même comité font l'objet d'un examen accéléré se focalisant sur la qualité de la comptabilité budgétaire. »