La Commission nationale de sécurité de la navigation de plaisance ne peut délibérer que si la moitié de ses membres ou de leurs suppléants sont présents. 
Sous peine de nullité de l'avis pris par la commission, aucun membre ayant un intérêt personnel au dossier ne peut prendre part à l'examen, à la délibération et au vote. 
Ses avis sont pris à la majorité des voix. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante. 
Avant d'émettre un avis, la commission peut faire procéder, par un ou plusieurs de ses membres, ou par une commission régionale de sécurité ou une commission locale d'essais, ou par un centre de sécurité des navires, ou par telle personne ou tel organisme qu'elle désigne à cet effet, à tous examens, études, enquêtes et expertises qu'elle juge nécessaires. 
Elle peut entendre également toute personne ou tout représentant de groupement dont l'audition lui paraît utile. L'auteur des plans du navire ou de tout matériel présenté à la commission ou son représentant peut demander à être entendu par celle-ci. 
Les membres nommés de la commission, amenés à présenter devant celle-ci et à quelque titre que ce soit un dossier de navire ou de matériel, ne peuvent participer ni à la délibération ni au vote de la commission sur ce dossier. 
Les décisions motivées sont notifiées aux intéressés avec mention des voies et délais de recours. Leur exécution est contrôlée par les commissions de visite et les personnels des organismes habilités en application de l'article L. 5241-4 du code des transports.