Le service de défense, de sécurité et d'intelligence économique comprend :
- un échelon de direction ;
- un département de l'entraînement, de la ressource et de la veille opérationnelle ;
- un département de la planification et des études ;
- un département de l'intelligence économique et de la protection de l'information ;
- un département de la sécurité nucléaire ;
- une mission d'animation soutien.