Le montant de l'aide est calculé pour chaque navire en fonction de sa jauge exprimée en UMS jauge GT selon le barème figurant en annexe 1. La jauge retenue pour le calcul est celle figurant au fichier flotte national au 1er janvier 2012.
 En cas de perte du navire entre la décision d'octroi de la prime et l'arrêt définitif effectif, l'autorité de gestion effectue une correction financière à hauteur de l'indemnité versée par l'assurance.