Le mandat des membres du Conseil national des universités a une durée de quatre ans.
Nul ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs de membre titulaire du Conseil national des universités. 
La durée du mandat des membres du Conseil national des universités peut être prorogée dans la limite d'un an, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, notamment pour ne pas interrompre des opérations de recrutement ou de promotion ou dans le cadre de la mise en place de nouvelles instances.
En cas de création d'une section, il est mis fin au mandat des membres de cette section lors du premier renouvellement du Conseil national des universités intervenant après la création de ladite section.
Le membre élu ou nommé qui interrompt son mandat ou qui perd la qualité au titre de laquelle il a été élu ou nommé est remplacé pour la fin de son mandat :
1° S'il s'agit d'un membre élu, par le suppléant qui lui est associé, ce dernier étant remplacé en qualité de suppléant par le premier candidat non élu de la même liste ou, à défaut, par un enseignant-chercheur ou assimilé relevant de la section concernée et issu du même collège, élu par les membres de cette section et de ce collège. Dans ce dernier cas, l'élection a lieu au scrutin secret uninominal majoritaire à deux tours ; 
2° S'il s'agit d'un membre nommé, par le suppléant qui lui est associé, ce dernier étant remplacé en qualité de suppléant par un membre nommé dans les conditions prévues au II de l'article 4 ci-dessus. 
Le membre qui, lors de son élection ou de sa nomination, se trouve dans l'un des cas d'incompatibilité mentionnés au deuxième alinéa de l'article 3 du présent décret doit, dans les quinze jours qui suivent son élection ou sa nomination, se démettre des fonctions incompatibles avec son mandat de membre.
A l'expiration du délai prévu à l'alinéa précédent, le membre qui se trouve dans un des cas d'incompatibilité est réputé démissionnaire d'office du Conseil national des universités et remplacé dans les conditions prévues au quatrième alinéa du présent article.
Un membre accédant en cours de mandat à l'une des fonctions mentionnées au second alinéa de l'article 3 du présent décret est réputé démissionnaire d'office du Conseil national des universités et remplacé, sous les mêmes délais et selon les mêmes modalités que ceux prévus aux deux alinéas précédents.