La sous-direction du développement et de la gestion des réseaux ferroviaires et des voies navigables : 
― planifie les grands projets de développement des infrastructures de transports ferroviaires et des voies navigables relevant de l'Etat en relation avec le Commissariat général au développement durable ; 
― définit, en liaison avec les maîtres d'ouvrage des réseaux d'infrastructures concernés, les modalités de financement de ces projets et précise la répartition des risques entre les intervenants ; 
― programme et gère les opérations contractualisées d'infrastructures de transport ferroviaires hors Ile-de-France ; 
― oriente et contrôle la modernisation des réseaux ferroviaires et des voies navigables ; 
― exerce la tutelle de SNCF Réseau et de Voies navigables de France ; 
― élabore et met en œuvre la réglementation et la régulation économique des infrastructures de transports ferroviaires ; 
― exerce les attributions du ministre en matière de réglementation relative à l'usage des infrastructures de transports ferroviaires ; 
Elle comprend : 
― le bureau de la planification et des grandes opérations ferroviaires (zone 1) ; 
― le bureau des opérations contractualisées et des grandes opérations ferroviaires (zone 2) ; 
― le bureau du réseau ferré national ; 
― le bureau des voies navigables.