Le praticien des armées est soumis à une double subordination, hiérarchique et technique.
 Comme officier, il est hiérarchiquement subordonné à l'autorité d'emploi auprès de laquelle il est placé, conformément aux dispositions de l'article L. 4122-1 du code de la défense.
 Comme praticien, il relève de la seule autorité technique du service de santé des armées, conformément aux dispositions de l'article 4 du décret du 14 juillet 1991 susvisé.