Les   préfets des régions sièges d'une direction des affaires maritimes décident, après avis des conférences administratives régionales intéressées, de l'utilisation des autorisations de programme qui ne sont pas affectées ou individualisées par le ministre, ainsi que de celles relatives aux opérations d'intérêt régional. 
En ce qui concerne les autres investissements à caractère national, ils sont tenus informés de l'élaboration des programmes et des projets et, après avis des conférences administratives régionales intéressées, ils présentent leurs observations au ministre.