Le département des affaires générales exerce les attributions suivantes :
 Il est notamment chargé d'assurer la gestion de proximité des agents affectés à la direction générale des infrastructures, des transports et de la mer (gestion prévisionnelle des emplois, suivi des équivalents temps plein, préparation des cycles de mobilité, propositions d'avancement, évaluation des agents, proposition des primes et indemnités) en liaison avec les services du secrétariat général.
 Il est également chargé d'organiser le dialogue social de la direction générale des infrastructures, des transports et de la mer (comité technique paritaire spécial, commission locale de formation), d'élaborer le plan de formation de la direction générale et d'assurer la maîtrise d'ouvrage des formations métiers correspondantes.
 Ce département assure également la maîtrise d'ouvrage des applications et outils informatiques permettant le suivi des activités et des métiers dans le domaine de compétences de la direction générale.
 Il s'assure du bon fonctionnement interne de la direction générale et suit l'utilisation des moyens correspondants en relation avec le service des politiques supports et des systèmes d'information du secrétariat général du ministère.
 Il comprend :
 ― le bureau des ressources humaines et des moyens généraux ;
 ― le bureau des systèmes d'information des transports terrestres et maritimes.