La sous-direction des systèmes d'information et de la modernisation est chargée, dans le cadre du schéma directeur du ministère d'assurer des prestations de conseil, de méthodologie, d'accompagnement et de réalisation au bénéfice de l'ensemble des directions et services de la direction générale de l'aviation civile. Elle est plus spécifiquement chargée : 
― de la maîtrise d'ouvrage du système d'information de gestion et de pilotage de la direction générale de l'aviation civile ; elle est responsable de l'exploitation des systèmes informatiques de gestion et met en œuvre les moyens communs de transmission et d'utilisation des nouvelles technologies de l'information, en coordination avec le centre d'exploitation, de développement et d'études du réseau d'information de gestion ; elle assure le secrétariat du comité du système d'information de gestion et de pilotage ; 
― de contribuer aux projets de modernisation et de simplification administratives, de dématérialisation des procédures et de démarche qualité ; 
― de définir, selon les orientations du secrétariat général du ministère, la politique immobilière de la direction générale de l'aviation civile et de s'assurer de sa mise en œuvre, par le service national d'ingénierie aéroportuaire ; de suivre, dans le cadre de la politique d'environnement et de développement durable du ministère, les projets relatifs au plan carbone du ministère et à l'éco-responsabilité ; 
- de contribuer à la définition de la stratégie d'information interne et de communication professionnelle, de piloter sa mise en œuvre, de s'assurer de la cohérence et de la qualité de l'ensemble des contenus tant sur le fond que sur la forme ; 
- d'assurer la gestion des moyens logistiques au niveau central ;
- de conduire la politique de conservation et de valorisation du patrimoine historique, selon les orientations du secrétariat général du ministère, de gérer les archives de l'administration centrale et des services à compétence nationale et d'animer le réseau des correspondants "archives" de l'ensemble des services de la direction générale de l'aviation civile.
Elle comprend : 
- le bureau de la programmation budgétaire ;
- le bureau du web ;
- le bureau du système d'information de gestion et de pilotage ;
- le bureau de la logistique ;
- la mission de la documentation numérique.