En application des dispositions de l'article 3 du présent arrêté, une indemnisation est attribuée par l'Etat pour l'élimination de volailles infectées par Salmonella enteritidis ou Salmonella typhimurium et la destruction ou le traitement thermique des œufs à couver produits par ces volailles, conformément aux conditions définies par instructions ministérielles, sous réserve que la date de la signature par le préfet de la convention d'adhésion du troupeau à la charte sanitaire soit antérieure à la date du prélèvement qui a révélé la suspicion du troupeau et que les animaux aient été abattus dans un délai d'un mois suivant la date de l'arrêté préfectoral portant déclaration d'infection du troupeau. Jusqu'au 30 mars 2010, par dérogation, l'indemnisation pourra être attribuée avant signature de la convention pour les troupeaux détectés infectés à partir de l'entrée en vigueur du présent arrêté, lorsque le propriétaire du troupeau justifie de son adhésion au contrat de progrès, a déposé une demande d'adhésion à la charte sanitaire préalablement à la déclaration d'infection, sous réserve que les agents des services vétérinaires constatent le respect des critères d'adhésion à la charte sanitaire à l'occasion de la visite de confirmation.
 Le montant de l'indemnisation attribuée au propriétaire contractant pour l'élimination de volailles infectées par Salmonella enteritidis ou Salmonella typhimurium, conformément aux dispositions du chapitre III de l'arrêté du 4 décembre 2009 susvisé, est fixé au maximum comme suit :
 ― par femelle équipée de l'étage sélection : annexe B, tableau I ;
 ― par femelle future reproductrice de l'étage multiplication : annexe B, tableaux II et IV ;
 ― par femelle reproductrice équipée de l'étage multiplication : annexe B, tableaux III et V.
 Les barèmes d'indemnisation sont révisés tous les deux ans, ou plus rapidement si l'indice mensuel coût matière première de l'aliment pondeuse varie de plus de 20 % en plus ou en moins par rapport à l'indice utilisé lors de l'élaboration des barèmes en cours.
 Le montant de l'indemnité est déterminé en fonction de l'âge et du nombre des animaux vivants à la date de l'élimination.
 Le montant de l'indemnité forfaitaire allouée au contractant pour la destruction ou le traitement thermique des œufs à couver produits par des volailles de reproduction infectées par Salmonella enteritidis ou Salmonella typhimurium, conformément aux dispositions du chapitre III de l'arrêté du 4 décembre 2009 susvisé, et sous réserve que les animaux aient été abattus dans un délai d'un mois suivant la date de l'arrêté préfectoral portant déclaration d'infection du troupeau, est fixé à 5 € par dinde reproductrice en ponte.