La direction des services de transport comprend :
― la sous-direction des transports ferroviaires et collectifs et des déplacements urbains ;
― la sous-direction de la sécurité et de la régulation ferroviaires ;
― la sous-direction des ports et du transport fluvial ;
― la sous-direction des transports routiers ;
― la sous-direction du travail et des affaires sociales ;
― le département de la sûreté dans les transports ;
― la mission intermodalité fret ;
― le secrétariat général au tunnel sous la Manche.
La direction des services de transport s'appuie, en tant que de besoin, sur les compétences de l'Etablissement public de sécurité ferroviaire, du service technique des remontées mécaniques et des transports guidés, de l'organisme de régulation ferroviaire, du service d'études sur les transports, les routes et leurs aménagements, du centre d'études sur les réseaux de transport et de l'urbanisme et du centre d'études techniques maritimes et fluviales.