Dans les sections internationales, les aménagements de programmes portent sur une seule discipline non linguistique, choisie parmi celles faisant l'objet d'une épreuve obligatoire lors de l'examen du baccalauréat. 
Ces aménagements sont fixés après concertation avec le pays ou l'organisme intéressés au fonctionnement de la section et précisés par arrêté du ministre chargé de l'éducation, de façon à tenir compte à la fois des exigences du programme français en vigueur dans les classes correspondantes et de celles des programmes dispensés dans les mêmes classes du ou des pays étrangers concernés. 
Lorsque la discipline non linguistique faisant l'objet d'un aménagement est l'histoire-géographie, la durée totale de l'enseignement est de quatre heures par semaine, en classes de seconde, première et terminale, assurées pour moitié en langue française, pour moitié en langue étrangère. 
Lorsque la discipline non linguistique faisant l'objet d'un aménagement est les mathématiques, un enseignement complémentaire de mathématiques s'ajoute à l'enseignement de mathématiques de droit commun, en classes de seconde, première et terminale. Cet enseignement complémentaire a une durée moyenne de 1,5 heure hebdomadaire. Il est dispensé dans la langue de la section. 
A compter de la rentrée 2011, dans la série littéraire, lorsque la discipline non linguistique faisant l'objet d'un aménagement est les mathématiques, l'enseignement obligatoire choisi par l'élève en classe de première et l'enseignement de spécialité choisi par l'élève en classe terminale ne peuvent être que les mathématiques. 
A compter de la rentrée 2011, les élèves scolarisés en section internationale dans la série littéraire suivent dans une autre langue que celle de leur section : 
- l'enseignement de littérature étrangère en langue étrangère ; 
- l'enseignement de langue vivante approfondie, s'ils font ce choix au titre de l'enseignement obligatoire au choix en classe de première ou de l'enseignement de spécialité en classe terminale. 
A compter de la rentrée 2012, les élèves de la série scientifique scolarisés en section internationale ne sont pas autorisés à suivre l'enseignement facultatif d'histoire-géographie.