La direction du transport aérien comprend :
 ― la sous-direction du développement durable ;
 ― la sous-direction des transporteurs et services aériens ;
 ― la sous-direction des aéroports ;
 ― la sous-direction de la construction aéronautique ;
 ― la sous-direction de la sûreté et de la défense ;
 ― la sous-direction de l'Europe et de l'international ;
 ― la sous-direction des études, des statistiques et de la prospective.
 Elle comprend en outre :
 ― la mission du ciel unique européen et de la réglementation de la navigation aérienne ;
 ― la mission du droit des passagers ;
 ― la mission du droit du travail et des affaires sociales ;
 ― la mission de la coopération internationale.
 Le service technique de l'aviation civile, service à compétence nationale, est rattaché au directeur du transport aérien. En outre, le directeur du transport aérien est le commissaire aux transports aériens.