La DCPJ est placée sous la direction d'un directeur nommé dans les conditions prévues par le décret n° 85-779 du 24 juillet 1985 modifié, qui exerce son autorité sur l'ensemble des services centraux et territoriaux de la direction centrale de la police judiciaire.
Le directeur central est assisté d'un directeur central adjoint, qui le seconde et, en cas d'absence, le supplée.
Chaque sous-directeur, chef de division nationale et le chef de service central des courses et jeux a autorité sur l'ensemble des personnels du service dont il a la charge et assiste le directeur central et le directeur central adjoint. Il anime et coordonne au niveau national l'activité des services dans les domaines relevant de son champ de compétence.