La sous-direction du budget et des contrôles, en liaison avec les  directions d'administration centrale et les responsables de programme,  prépare les projets de loi de finances et les arbitrages budgétaires et  assure la coordination de tous les travaux associés au domaine  budgétaire et fiscal pour le compte du secrétaire général, responsable  de la fonction financière ministérielle. 
 Cette  sous-direction assure le suivi et le contrôle de l'exécution budgétaire,  en lien avec le contrôleur budgétaire et comptable du ministère. Elle  établit la comptabilité d'analyse des coûts des programmes et le suivi  de la performance dans les documents budgétaires. 
  Elle effectue l'analyse de l'exécution des lois de finances pour la  Cour des comptes et la production des documents nécessaires à  l'élaboration de la loi de règlement. Elle participe à la préparation  des projets de loi portant diverses dispositions d'ordre économique et  financier. 
 Elle assure la coordination et le suivi des moyens consacrés aux contrats de plan Etat-région ainsi qu'à l'outre-mer. 
 Elle anime le réseau des correspondants budgétaires et fiscaux du ministère. 
  Elle est chargée, au titre de la fonction de commissaire du  Gouvernement exercée par le secrétaire général auprès de l'Agence de  l'environnement et de la maîtrise de l'énergie, de la tutelle financière  et budgétaire de l'agence. 
 Elle assure le  pilotage du contrôle interne comptable dans l'ensemble des services du  ministère, en lien avec le département comptable ministériel. 
 Elle élabore, met en œuvre et actualise le Plan d'action ministériel (PAM). 
  Elle coordonne les travaux du contrôle interne comptable avec les  missions d'audit ministérielles. Elle réalise des contrôles comptables  de deuxième niveau. 
 Elle est maître d'ouvrage des formations au contrôle interne comptable. 
  Elle anime le réseau des correspondants du contrôle interne comptable  dans les services. Elle est chargée de la tenue de la comptabilité de  l'ordonnateur principal et participe à ce titre aux travaux de  certification des comptes. Elle élabore les règles et procédures  comptables et la documentation des services. 
 Elle  élabore les textes de désignation des ordonnateurs secondaires, les  textes portant création des régies d'avances et de recettes, la  nomination des régisseurs. 
 Elle est le correspondant du ministère pour la Cour des comptes. 
  Elle est responsable de l'animation de la fonction comptable  ministérielle ; elle anime le réseau des responsables comptables. 
 Elle comprend : 
-le bureau de la synthèse budgétaire ; 
-la mission du contrôle interne comptable ; 
-le bureau de la réglementation financière et des contrôles.