L'arrêt temporaire ne donne lieu qu'à un seul paiement versé après dépôt par le demandeur d'une demande de liquidation et de son traitement par les services compétents.
Dans le cas où un contrôle en mer aurait identifié un navire en activité de pêche alors même que celui-ci était inscrit comme en arrêt à la date du contrôle mené, les services de contrôle en informent le service instructeur. Le résultat du contrôle est alors versé au dossier du demandeur et rend sa demande de paiement automatiquement inéligible, indépendamment des autres poursuites possibles.
L'aide à l'arrêt temporaire n'est pas cumulable avec tout autre dispositif d'aides qui a pour but de compenser une perte de chiffre d'affaires concernant les mêmes jours arrêtés. Cependant toute aide demandée au titre d'une compensation de perte de chiffre d'affaires ne rend pas inéligible son demandeur à un arrêt temporaire. Le montant perçu est déduit de l'indemnisation versée au titre de l'arrêt temporaire dès lors qu'il s'agit de la même période.