Pour la détermination de l'aptitude médicale d'un militaire, le médecin des armées tient compte des conditions dans lesquelles celui-ci exerce son emploi (niveau de responsabilité, environnement, etc.) et des évolutions attendues dans l'emploi d'ici à  la prochaine visite.
 Lors de la conclusion de la visite médicale périodique, le praticien doit communiquer clairement ses constatations et ses conclusions au militaire examiné. L'information porte sur son état de santé et l'aptitude médicale qui en découle ainsi que sur les mesures de surveillance, d'hygiène individuelle et de prophylaxie qui apparaissent opportunes au maintien ou à l'amélioration de sa santé.
 Les conclusions médico-administratives de la visite médicale périodique sont, selon le cas : apte, apte temporaire, apte par dérogation aux normes médicales (en précisant les références de la décision administrative de dérogation), inapte temporaire ou inapte définitif. En cas de décision temporaire, une durée doit être précisée, à l'issue de laquelle une nouvelle décision d'aptitude médicale doit être prise. Les conclusions médico-administratives sont consignées sur un certificat dont le modèle est fixé par instruction, ne précisant pas le profil médical du militaire. Ce certificat est produit en trois  exemplaires, dont :
 ―  un est remis à l'intéressé ;
 ―  un est adressé à l'autorité hiérarchique dont relève le militaire ;
 ―  un est archivé dans le dossier médical de l'intéressé.
 Outre la détermination systématique de l'aptitude médicale au service, à la spécialité et à l'emploi en mission opérationnelle, le certificat médico-administratif répond à toute demande d'aptitude médicale spécifique sollicitée pour le militaire par son commandement.