Le service de la gestion du personnel assure la gestion administrative des personnels, à l'exception de ceux gérés par la direction générale de l'aviation civile et de ceux concernés par une gestion déconcentrée. Il anime le réseau des gestionnaires déconcentrés. Il élabore les statuts particuliers du personnel. Il assure la coordination avec les établissements publics du ministère pour les questions de personnel. Il assure la coordination avec les autres ministères gestionnaires d'agents en poste au ministère. Il est chargé de la politique sociale.
 Il comprend :
 ― la sous-direction des personnels d'encadrement, maritimes et des contractuels ;
 ― la sous-direction des personnels administratifs, techniques, d'exploitation et des transports terrestres ;
 ― la sous-direction des politiques sociales et des pensions ;
 ― le département des études, des rémunérations et de la réglementation ;
 ― la mission de pilotage des centres supports de gestion administrative et paye.