La sous-direction de l'animation scientifique et technique assure l'organisation et l'animation du réseau scientifique et technique du ministère, qui est constitué de services techniques centraux, de services à compétence nationale ayant une finalité technique, d'établissements publics qui ont une activité de recherche ou une activité scientifique et technique significative, dans les domaines d'action du ministère. Elle définit, en cohérence avec la politique de modernisation fixée par le secrétaire général et selon les besoins exprimés par les directions d'administration centrale concernées, les orientations stratégiques du réseau scientifique et technique du ministère et assure le suivi de leur mise en œuvre ou y participe. Elle contribue, en liaison avec le secrétariat général du ministère, à la gestion prévisionnelle des emplois et des compétences scientifiques et techniques.

Elle organise l'évaluation scientifique des agents relevant du ministère qui exercent des activités de recherche et la reconnaissance de la spécialisation ou de l'expertise scientifiques et techniques des agents du ministère et d'établissements publics.

Elle exerce la tutelle de l'Université Gustave Eiffel, de l'Institut national de l'information géographique et forestière, de Météo-France et du Centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement.

Elle organise le suivi des activités réalisées par le Centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement, au titre des appuis et concours apportés à l'Etat.

Elle est référente pour les actions du service en matière de tutelle d'organismes.