La sous-direction des affaires juridiques de l'énergie et des transports est saisie des questions juridiques et des projets de lois et de décrets relatifs aux infrastructures, aux transports et à l'énergie. Elle traite le contentieux dans ces matières.
Elle connaît des questions de domanialité publique et du droit public économique.
Elle est associée par les directions concernées et notamment la direction des affaires européennes et internationales, à la négociation et à la transposition des directives communautaires dans ses domaines de compétence.
Elle comprend :
― le bureau des affaires juridiques de la mer ;
- le bureau des affaires juridiques des infrastructures de transport ;
 - le bureau du droit général des transports, de la domanialité publique et de la législation économique ; 
― le bureau des affaires juridiques de l'énergie.