Outre son président, le comité de déontologie est composé de quatre personnalités qualifiées nommées pour une durée de trois ans, renouvelable une fois, par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. Ils sont choisis notamment parmi les membres honoraires ou en activité du Conseil d'Etat, de la Cour des comptes, des corps d'inspection générale ou des conseils généraux.
 Ce comité élabore, en liaison avec les membres du bureau, la charte de déontologie du conseil général et participe, par ses avis et recommandations, au respect de ses principes : à cet effet, il peut être saisi de toute demande d'avis par les membres du bureau du conseil général. Il peut également être saisi de toute réclamation par un membre du conseil général ou par le responsable d'une structure administrative ou d'un organisme inspecté ou audité par le conseil général.
 Il établit un rapport annuel d'activité qui est présenté à l'assemblée générale et rendu public.