Un commissaire du Gouvernement assiste aux réunions du conseil de gestion. Il est désigné par le ministre du commerce et de l'artisanat pour les fonds d'assurance formation nationaux, par le commissaire de la République de la région pour les fonds d'assurance formation régionaux à caractère interprofessionnel et par le commissaire de la République du département pour les fonds d'assurance formation créés par les chambres de métiers.