La formation initiale des ICNA est organisée et dispensée par l'Ecole nationale de l'aviation civile (ENAC) et par les services de la navigation aérienne, conformément aux dispositions de l'arrêté du 22 juillet 2011 susvisé. 
La première partie de la formation, composée des quatre premiers semestres, se déroule à l'ENAC. 
A l'issue de cette première partie, les ICNA stagiaires doivent avoir obtenu la licence stagiaire comportant les six qualifications définies dans le règlement (UE) du 10 août 2011 susvisé et les mentions linguistiques anglais et français. 
Après validation de cette première partie, les ICNA stagiaires sont affectés dans les services de la direction des services de la navigation aérienne (DSNA). 
A l'issue du cinquième semestre, les ICNA stagiaires doivent avoir atteint les objectifs de formation pratique définis pour chaque organisme de contrôle dans le plan de formation en unité agréé. 
A l'issue du sixième semestre, les ICNA stagiaires doivent avoir démontré le niveau B2 du cadre européen commun de référence pour les langues (CECR) et avoir obtenu la note minimale de 12 sur 20 lors de la soutenance du mémoire de projet de fin d'études.