Le conseil d'administration de Voies navigables de France crée des commissions territoriales des voies navigables qui comprennent des élus locaux, des personnalités désignées par les agences de l'eau, les chambres consulaires, les ports autonomes, les concessionnaires de voies navigables, les professionnels, les usagers des transports et les autres utilisateurs du domaine confié à l'établissement ainsi que des représentants des personnels des services de l'Etat mis à disposition en application de l'article 27. 
Les commissions territoriales des voies navigables donnent leur avis sur toute question qui leur est soumise par le président du conseil d'administration , le directeur général ou les représentants locaux de l'établissement. Elles peuvent notamment être consultées sur les péages, droits fixes et redevances domaniales, les priorités d'investissements, les schémas de développement et les conditions d'exploitation du réseau. Elles peuvent, en outre, se saisir de toutes questions relatives à l'exercice des missions de l'établissement public, dans les limites de leur circonscription. 
Les présidents des commissions territoriales sont élus par les membres de celles-ci parmi les élus locaux. 
Le nombre de ces commissions, qui ne peut être inférieur à deux, leur composition, le mode de désignation de leurs membres, leur circonscription et leurs règles de fonctionnement sont fixés par le conseil d'administration de l'établissement. Les secrétariats des commissions sont assurés par des représentants locaux de l'établissement.
Le préfet du siège de la commission territoriale ou son représentant assiste de droit aux réunions de la commission.