Dans le cadre des missions confiées à l'institut, et sous réserve des attributions des instances nationales prévues aux titres II et III du décret du 10 novembre 1983 susvisé, le conseil scientifique consultatif régional :
-étudie, en relation avec le conseil scientifique, la situation et les perspectives régionales de développement de la recherche biomédicale et dans le domaine de la santé et établit tous les deux ans un rapport à ce sujet ;
-favorise les coopérations de toute nature entre les différentes unités et services communs entre eux ;
-favorise les coopérations en matière de recherche et de formation avec l'ensemble des partenaires régionaux, et notamment les autres organismes de recherche, les structures universitaires, hospitalières, médicales et médico-sociales et les entreprises ;
-favorise le développement d'actions de valorisation économique et sociale ;
-exerce une action d'animation, de liaison et d'information tant à l'intérieur de la communauté régionale de l'institut que vis-à-vis de ses partenaires publics et privés et de la population ;
-étudie les perspectives régionales de l'emploi scientifique et technique et les actions à entreprendre pour faciliter la mobilité volontaire et la réinsertion des personnels de l'organisme et l'orientation des personnels formés par la recherche ;
-assure une concertation régionale en ce qui concerne les équipements lourds et les opérations immobilières ;
-donne son avis sur la politique d'action sociale de l'organisme à mettre en oeuvre au niveau régional ;
-coopère avec les instances régionales d'hygiène et de sécurité ;
-débat de toute question qui lui est soumise par le directeur général. 
Pour toutes les questions relatives à une ou plusieurs unités, il recueille l'avis des directeurs d'unités et des conseils d'unités concernés.