L'agence met en oeuvre une comptabilité analytique afin de connaître les coûts des prestations et de la gestion pour chaque mission mentionnée à l'article 2 ci-dessus. Ses résultats sont présentés au conseil et constituent les éléments justificatifs de la subvention de l'Etat prévue par l'article 5 de la loi du 3 février 2004 susvisée. Certaines activités de l'agence, désignées par arrêté des ministres chargés des mines et du budget, peuvent faire l'objet d'un budget annexe ou d'une comptabilité distincte.
Il est créé au sein du conseil un comité d'audit, présidé par un administrateur représentant l'Etat. Ce comité est chargé de porter une appréciation sur la qualité du contrôle interne budgétaire et comptable et de faire toutes propositions tendant à l'amélioration de ce dernier conformément à l'article 216 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Il examine également le programme de maîtrise des risques conduit au sein de l'agence.