Les installations de valorisation, de destruction ou de stockage du biogaz sont conçues et exploitées afin de limiter les nuisances, risques et pollutions dus à leur fonctionnement.
   L'exploitant procède périodiquement à des analyses de la composition du biogaz capté dans son installation, en particulier en ce qui concerne la teneur en CH4, CO2, O2, H2S et H2O. La fréquence des analyses est fixée par l'arrêté préfectoral.
   En cas de destruction par combustion, la température doit être au moins de 900 °C et mesurée en continu. Les émissions de SO2, CO, poussières, HCl et HF issues de chaque dispositif de combustion font l'objet d'une campagne annuelle d'analyse par un organisme extérieur compétent.
   En cas de destruction par combustion, l'arrêté préfectoral d'autorisation fixe la fréquence des mesures de poussières et CO, ainsi que les valeurs limites à ne pas dépasser. Celles-ci devront être compatibles avec les seuils suivants :
   - poussières < 10 mg/Nm3 ;
   - CO < 150 mg/Nm3.