Le commandant d'ouvrage évalue les risques au regard des impératifs rappelés à l'article 1er et définit les mesures de prévention et de protection contre l'incendie ainsi que les règles relatives à l'accessibilité dans l'ouvrage souterrain dont il a la charge. 
Il élabore et met à jour le dossier d'exploitation et de mise en sécurité visé à l'article 7 du présent arrêté. 
Il fait appliquer les mesures de prévention et de protection contre l'incendie prévues dans l'ouvrage souterrain dont il est responsable. Il porte à la connaissance des organismes ou antennes d'organismes présents dans l'ouvrage souterrain concerné, par le biais d'une mention dans la convention d'emprise prévue à l'article 8 de l'arrêté du 9 août 2012 susvisé, l'existence des règles applicables au sein de l'ouvrage. 
Compte tenu de la particularité potentielle de ces règles, il s'assure de la mise en œuvre d'une formation spécifique en matière incendie au profit des personnels exerçant leur activité au sein de l'ouvrage souterrain considéré, en lien avec les organismes concernés. 
Il s'assure que les organismes présents dans l'ouvrage et les entreprises extérieures intervenant dans l'ouvrage mettent en œuvre les mesures de sécurité, de prévention et de protection définies au sein de l'ouvrage. 
Il s'assure du suivi et de l'état de conformité des installations et des équipements concourant à la prévention et la protection contre le risque incendie de l'ouvrage y compris lorsque les contrôles et vérifications obligatoires sont réalisés avec le concours des services de soutien. 
En cas de dégradation ponctuelle du niveau de sécurité au sein de l'ouvrage, le commandant d'ouvrage veille à la mise en place de mesures compensatoires adaptées. Il en informe les agents chargés du contrôle de l'application de la réglementation visés à l'article 4 du décret du 29 mars 2012 susvisé ainsi que l'autorité dont il relève. 
Le commandant d'ouvrage a accès à la totalité des locaux de l'ouvrage souterrain dont il est responsable.