La réserve nationale de chasse et de faune sauvage du Rhin poursuit les objectifs mentionnés à l'article R. 422-94 du code de l'environnement, et plus particulièrement les actions suivantes déclinées dans son programme de gestion :
- mettre en œuvre des mesures de protection et de gestion des populations d'oiseaux d'eau migrateurs conformément aux engagements internationaux ;
- assurer la protection des milieux naturels indispensables à la sauvegarde d'espèces menacées ;
- favoriser la mise au point d'outils de gestion des espèces de faune sauvage et de leurs habitats ;
- former et informer les gestionnaires d'espaces protégés concernant la protection et la gestion des zones humides.