La sous-direction du pilotage des services des tutelles et des écoles, en liaison avec les ministères compétents et les directions et services concernés du ministère, coordonne la fixation des objectifs et la définition des moyens des services déconcentrés, notamment à l'occasion des dialogues de gestion, suit leur action et contribue à l'évaluation de leur performance. Elle conduit la politique du contrôle de gestion au sein du ministère. Elle coordonne l'évolution de l' ingénierie au sein du ministère ainsi que la mutualisation des fonctions support. Elle assure la tutelle de l'Ecole nationale des ponts et chaussées et de l'Ecole nationale des travaux publics de l'Etat. Elle oriente l'activité de l'Ecole nationale des techniciens de l'équipement. Elle coordonne le pilotage des écoles du ministère, en liaison avec les directions de tutelle. 
Elle est chargée du pilotage de la tutelle des établissements publics. Elle est garante à ce titre de la cohérence des actions des établissements publics avec celles des services déconcentrés. Elle apporte aux directions de tutelle un appui méthodologique pour l'élaboration des contrats de performance des établissements publics et des lettres de mission de leurs cadres dirigeants et tient à jour les données de référence sur les établissements publics. Elle apporte un soutien mutualisé et coordonne l'expertise, notamment dans les domaines juridique, financier et statutaire.
Au titre de la fonction de commissaire du Gouvernement exercée par le secrétaire général auprès de l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie, elle coordonne l'action des directions générales et des différents services participant à l'exercice de la tutelle du ministère sur l'agence. 
Elle comprend : 
― le bureau du pilotage et de l'animation des services ; 
― le bureau du dialogue de gestion et de la performance ; 
― le bureau du pilotage des écoles ;
- le bureau du pilotage de la tutelle des établissements publics .