Pour l'accomplissement de ses missions, l'EPEI Besançon est constitué de deux unités se répartissant comme suit :
- une unité éducative d'hébergement collectif, dénommée "UEHC Besançon", sise 13, rue de la Butte, 25000 Besançon, d'une capacité de 12 places, pour des garçons et filles de 13 à 18 ans, complétée d'une mission d'hébergement diversifié, sise dans les mêmes locaux, d'une capacité de 6 places, pour des garçons et filles de 13 à 21 ans ;
- une unité éducative d'activités de jour, dénommée "UEAJ Besançon", sise 7, rue Thomas-Edison, 25000 Besançon, d'une capacité de 24 places, pour des garçons et filles de 13 à 21 ans.