La sous-direction du pilotage et de la performance des services et des tutelles, en liaison avec les ministères compétents et les directions et services concernés du ministère, coordonne la fixation des objectifs et la définition des moyens des services déconcentrés Elle veille à la mise en œuvre des instructions du Premier ministre en matière de pilotage des opérateurs ;, notamment à l'occasion des dialogues de gestion, suit leur action et contribue à l'évaluation de leur performance. Elle conduit la politique de la performance et du contrôle de gestion au sein du ministère. Elle s'assure de la cohérence des dispositifs du ministère avec les autres dispositifs ministériels et interministériels dans les domaines de la performance, du contrôle et du dialogue de gestion et représente le ministère dans les instances interministérielles concernées. Elle coordonne l'évolution de l'ingénierie au sein du ministère ainsi que la mutualisation des fonctions support. 
Elle est chargée du pilotage de la tutelle des établissements publics. Elle est garante à ce titre de la cohérence des actions des établissements publics avec celles des services déconcentrés. Elle veille à la mise en œuvre des instructions du Premier ministre en matière de pilotage des opérateurs. Elle apporte aux directions de tutelle un appui méthodologique pour l'élaboration des contrats de performance des établissements publics et des lettres de mission de leurs cadres dirigeants et tient à jour les données de référence sur les établissements publics. Elle apporte un soutien mutualisé et coordonne l'expertise, notamment dans les domaines juridique, financier et statutaire. 
Au titre de la fonction de commissaire du Gouvernement exercée par le secrétaire général auprès de l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie, elle coordonne l'action des directions générales et des différents services participant à l'exercice de la tutelle du ministère sur l'agence. 
Elle est garante de la mise en œuvre des instructions du Premier ministre relative à l'élaboration et la diffusion des circulaires et veille à en assurer la cohérence d'ensemble. 
Elle comprend : 
― le bureau du pilotage et de l'animation des services et des réseaux ; 
― le bureau du dialogue de gestion et de la performance. 
-le bureau du pilotage de la tutelle des établissements publics.