La sous-direction de l'intégration des démarches de développement durable dans les politiques publiques est chargée de suivre l'intégration des préoccupations environnementales dans l'ensemble des décisions et politiques publiques, notamment en matière d'énergie, d'industrie, d'équipement et d'aménagement du territoire, de gestion de l'espace, de politique de la ville, de politique agricole, de développement rural, de santé publique, de politique de transport, d'infrastructures, de tourisme et d'urbanisme, y compris dans les espaces du littoral et de la montagne.
 Elle est le correspondant de la formation « autorité environnementale » du conseil général de l'environnement et du développement durable.
 La sous-direction comprend :
 ― le bureau de l'intégration environnementale ;
 ― le bureau des infrastructures, des transports et de l'aménagement ;
 ― le bureau de l'agriculture, de l'industrie et des infrastructures énergétiques ;
 ― le bureau des territoires.