Les installations de valorisation, de destruction ou de stockage du biogaz sont conçues et exploitées afin de limiter les nuisances, risques et pollutions dus à leur fonctionnement.
   L'exploitant procède périodiquement à des analyses de la composition du biogaz capté dans son installation, en particulier en ce qui concerne la teneur en CH4, CO2, O2, H2S, H2 et H2O. La fréquence des analyses est fixée par l'arrêté préfectoral, selon les indications fixées à l'annexe V.
   En cas de destruction par combustion, les gaz de combustion doivent être portés à une température minimale de 900 °C pendant une durée supérieure à 0,3 seconde. La température doit être mesurée en continu et faire l'objet d'un enregistrement ou d'un système régulier de suivi. Les émissions de SO2, CO, HCl, HF issues de chaque dispositif de combustion font l'objet d'une campagne annuelle d'analyse par un organisme extérieur compétent.
   En cas de destruction par combustion, l'arrêté préfectoral d'autorisation fixe la fréquence des mesures de SO2 et CO, ainsi que les valeurs limites à ne pas dépasser. Pour le CO, la valeur limite devra être compatible avec le seuil suivant :
   CO < 150 mg/Nm3
   Les résultats de mesures sont rapportés aux conditions normales de température et de pression, c'est-à-dire 273 K, pour une pression de 103,3 kPa, avec une teneur en oxygène de 11 % sur gaz sec.