Le directeur, choisi dans l'une des catégories de personnels, fonctionnaires ou non, qui ont vocation à exercer une activité scientifique à l'Institut de physique du globe de Paris, est nommé par décret pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur présentation d'une liste de trois noms par le conseil d'administration. 
Il est nommé pour une durée de cinq ans, quand il a la qualité de fonctionnaire, et, dans le cas contraire, pour une durée de trois ans, conformément aux dispositions de l'article 4 de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 modifiée. Son mandat est immédiatement renouvelable une fois. 
Il peut être assisté d'un directeur adjoint qu'il désigne, après avis du conseil d'administration.