La Compagnie générale maritime est administrée par un conseil d'administration de dix-huit membres, dont six représentants des salariés élus conformément aux dispositions du chapitre II du titre II de la loi du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public. Les autres membres sont désignés par l'assemblée générale des actionnaires.
   La durée du mandat des membres du conseil d'administration est de cinq ans. Ils ne peuvent exercer plus de trois mandats consécutifs.