Mặc dù đang từng bước ly khai khỏi chính quyền ở Đàng Ngoài, Nguyễn Phúc Nguyên vẫn chưa cho bắt đầu xay dựng vương triều của riêng mình ở Đàng Trong.
Thời Nguyễn Phúc Nguyên bắt đầu xây dựng một vương triều độc lập ở Đàng Trong, từng bước ly khai khỏi chính quyền vua Lê - chúa Trịnh ở Đàng Ngoài. Thế đối đầu Đàng Trong- Đàng Ngoài bắt đầu hình thành.