Năm Tân Tỵ (1821), vua Gia Long biết đến tiếng Phan Huy Chú, cho triệu ông vào kinh đô Huế, cử giữ chức Tư nghiệp trường Quốc tử giám ở Huế.
Năm Tân Tỵ (1821), vua Minh Mạng biết tiếng Phan Huy Chú, cho triệu ông vào kinh đô Huế, cử giữ chức Biên tu trường Quốc tử giám ở Huế. Năm này, ông dâng lên vua bộ sách Lịch triều hiến chương loại chí do ông biên soạn (khởi soạn khi còn đi học, đến năm 1809 thì cơ bản hoàn thành), và được khen thưởng.