Mặc dù Nguyễn Phúc Nguyên là phận con nhưng lại không kế thừa lại ý chí của cha mình mà chỉ làm theo ý chí của bản thân.
Năm 1613, Nguyễn Hoàng qua đời. Con là Nguyễn Phúc Nguyên lên thay. Nguyễn Phúc Nguyên tiếp tục ý chí của cha, tăng cường sức mạnh kinh tế, quân sự, mở rộng lãnh thổ về phía Nam và khuyến khích di dân lập ấp.