Tuy Mạc Mậu Hợp đã bị giết nhưng con cháu của ông vẫn kế thừa ý chí từ ông và vẫn kiên trì chiêu binh tập hợp lực lượng quân đội một lần nữa đứng lên chống lại họ Trịnh.
Thế đối đầu Nam-Bắc triều chấm dứt khi Trịnh Tùng tiến chiếm được thành Thăng Long, và bắt giết được Mạc Mậu Hợp vào cuối năm 1592, họ Mạc chạy lên Cao Bằng.