Việc Nguyễn Phúc Nguyên bắt đầu có những động thái xây dựng một vương triều độc lập ở nơi khác đã thể hiện rõ ý đồ từng bước ly khai khỏi chính quyền ở Đàng Ngoài.
Thời Nguyễn Phúc Nguyên bắt đầu xây dựng một vương triều độc lập ở Đàng Trong, từng bước ly khai khỏi chính quyền vua Lê - chúa Trịnh ở Đàng Ngoài. Thế đối đầu Đàng Trong- Đàng Ngoài bắt đầu hình thành.