Sau khi trả lại sắc cho vua Lê - chúa Trịnh, Chúa Sãi đã ngay lập triệu tập quân đội và kêu gọi người dân chuẩn bị cho chiến tranh sắp tới.
Năm 1629, Chúa Sãi tạm nhận sắc phong từ Chúa Trịnh để dồn lực đối phó với quân Chăm Pa và lưu thủ Văn Phong làm phản. Tránh cuộc đối đầu từ cả hai phía Bắc- Nam. Năm 1630, Chúa Sãi đã làm theo kế của Đào Duy Từ trả lại sắc cho vua Lê - chúa Trịnh.