Từng bước tách riêng ra khỏi chính quyền ở Đàng Ngoài của Nguyễn Phúc Nguyên đã diễn ra một cách thuận lợi và không có một sai xót nào.
Thời Nguyễn Phúc Nguyên bắt đầu xây dựng một vương triều độc lập ở Đàng Trong, từng bước ly khai khỏi chính quyền vua Lê - chúa Trịnh ở Đàng Ngoài. Thế đối đầu Đàng Trong- Đàng Ngoài bắt đầu hình thành.