Quân chủng Hải quân được chỉ đạo trực tiếp của Bộ Tổng tham mưu còn các quân chủng khác thì tổ chức Bộ tư lệnh riêng.
Quân chủng Lục quân: không tổ chức Bộ tư lệnh riêng như Hải quân, Phòng không – Không quân và Cảnh sát biển mà các quân đoàn chủ lực và binh chủng do Bộ Tổng tham mưu trực tiếp chỉ đạo.