Sông bắt nguồn từ Tây Nguyên, được xem là có khởi nguồn nội địa, dài nhất nước ta
Sông Nin có hai nhánh chính, quan trọng nhất là sông Nin Trắng bắt nguồn từ vùng xích đạo Đông Phi, rồi đến sông Nin Xanh bắt nguồn từ Ethiopia. Hồ Victoria, nằm giữa Uganda, Kenya và Tanzania, được xem là nơi bắt nguồn của dòng sông này.