Nguyễn Phúc Nguyên mặc dù bắt đầu xây dựng vương triều riêng nhưng vẫn luôn trung thành với chính quyền của vua Lê-chúa Trịnh.
Thời Nguyễn Phúc Nguyên bắt đầu xây dựng một vương triều độc lập ở Đàng Trong, từng bước ly khai khỏi chính quyền vua Lê - chúa Trịnh ở Đàng Ngoài. Thế đối đầu Đàng Trong- Đàng Ngoài bắt đầu hình thành.