Với tham vọng hình thành riêng một cơ đồ, từ lâu Nguyễn Hoàng đã chấm dứt việc nộp thuế hàng năm cho chính quyền họ Trịnh.
Sau khi trở về, Nguyễn Hoàng đã quyết tâm xây dựng một thế lực độc lập, nhưng vẫn duy trì nộp thuế hàng năm cho chính quyền họ Trịnh vì biết rằng lực lượng quân sự chưa thể trực tiếp đối đầu. Ông lo phát triển cơ sở, mở mang bờ cõi, phòng bị quân Trịnh vào đánh phá.