Sau chuyến đi trở về, Nguyễn Hoàng lập tức đứng lên kêu gọi quân đội trực tiếp đối đầu với nhà họ Trình nhằm thực hiện mục đích của mình.
Sau khi trở về, Nguyễn Hoàng đã quyết tâm xây dựng một thế lực độc lập, nhưng vẫn duy trì nộp thuế hàng năm cho chính quyền họ Trịnh vì biết rằng lực lượng quân sự chưa thể trực tiếp đối đầu. Ông lo phát triển cơ sở, mở mang bờ cõi, phòng bị quân Trịnh vào đánh phá.