Khi Pháp được tăng cường binh lực thì quân Nguyễn sớm thất bại và Pháp đã chiếm được tứ tỉnh Đông Nam Bộ.
Năm 1858, ở Đà Nẵng chỉ còn gần 1.000 quân Pháp, quân Việt Nam có hàng vạn mà tướng Nguyễn Tri Phương không thừa thế tấn công tiêu diệt, để Pháp an toàn rút vào Gia Định. Năm sau, ở Gia Định, Nguyễn Tri Phương có 30.000 quân chính quy và dân quân mà cũng không dám tiến công diệt hết quân Pháp (lúc đó chỉ có độ 300 lính, bởi phần lớn đã rút lên tấn công Trung Quốc trong Chiến tranh Nha phiến). Đến khi Pháp được tăng viện thì quân Nguyễn nhanh chóng vỡ trận, Pháp chiếm cả bốn tỉnh miền Đông Nam Kỳ.