Van 1506 tot 1626 veranderde het van het eenvoudige grondplan van een Griekse kruis met vier armen van gelijke lengte, zoals gefavoriterd door Bramante en zijn aartsvijand Michelangelo, naar de laatste vorm van Maderno's Latijnse kruis verlengd door een lange schip, zoals geëist door de pausen van de Counter-Reformatie.
De pausen van de Counter-Reformatie eisten dat het ontwerp werd gewijzigd.