De hoogtepunt van de basiliek, en algemeen aanvaard als het werk van een jonge Giotto, is het leven van Franciscus (1296-1304) bewegende gevierd in 28 scènes langs de lagere laag (beginnend met het rechter transept), terwijl 32 fresco's in de bovenste laag scènes uit het Oude en Nieuwe Testament illustreren.
In beide lagen zijn er kunstwerken die scènes afbeelden.