De pathos schijnt door de zwaar gerestaureerde schilderijen van Sint Franciscus in de Bardi-kapel (c.1320), rechts van de abside, en twee Sint Johannes in de Peruzzi-kapel naast de deur.
De Peruzzi Kapel heeft twee schilderijen van Johannes, terwijl de Bardi Kapel een schilderij heeft dat Sint Franciscus afbeeldt.