De rijkelijk ingericht Borgia Apartments bevatten fresco's van Pinturicchio met portretten van de Spaanse Borgia- paus Alexander VI en zijn beruchte zoon Cesare en dochter Lucrezia, en leidt tot de collectie moderne religieuze kunstwerken die in 1973 door Paulus VI werd geopend.
In de Borgia-appartementen zijn verschillende portretten van Pole Alexander VI en zijn kinderen te vinden.