Hoewel het toepassingscontrolestelsel voor zwaveldioxidecontrole reeds is ingesteld voor het programma zuurregen, moet de beheerder krachtens artikel 403 bij verordening het toepassingscontrolestelsel voor stikstofoxidecontrole opstellen.
Zij werden nog steeds geregeld, zelfs nadat het programma werd ingesteld.