Omdat hij in het christendom een bedreiging voor zijn centrale autoriteit zag, onderdrukte Hideyoshi de christelijke activiteit systematisch; in 1597 werden zes zendelingen en 20 Japanse bekeerlingen in Nagasaki gekruisigd.
Hideyoshi zag het christendom als een probleem om zijn autoriteit te behouden, en onderdrukte hen dus met executies.