Het werd ook een belangrijke basis voor missionaire activiteit, met de opvolging van devote volgelingen van verschillende geloofsovertuigingen, de Franciscanen, Augustiniërs, Dominicaans en de Jesuïeten die hen in lijn hielden samen met een strenge inquisitie, vooral geleid door Francis Xavier, die in het jaar 1542 naar Goa kwam.
Een inquisitie werd geleid door Francis Xavier, die verschillende geloofsovertuigingen in overeenstemming hield.