Onder de verschillende musea in Honfleur zijn het Musee de la Marine, met een verzameling zeevruchten, gevestigd in de 14e-eeuwse Eglise Saint-Etienne (Quai Saint-Etienne); en het Musee Eugyne Boudin (Plaats Erik Satie), met een rijke tentoonstelling van schilderijen van Normandijnse kunstenaars en bezoekers aan Normandië.
In Honfleur zijn zowel maritieme als kunstmusea te vinden.