Morganucodon est considéré comme très primitif, car sa mâchoire inférieure retient certains des os trouvés dans ses ancêtres reptiliens sous une forme très réduite, plutôt que d'être composé uniquement de sédentaires.
Morganucodon est considéré comme très basal -LRB- = primitif -RRB-. Sa mâchoire inférieure possède certains des os trouvés dans ses ancêtres synapsides sous une forme très réduite.