À une altitude de 1640 m, dans les monts Baikal, au sud du plateau central de la Sibérie, à 7 km à l'ouest du lac Baïkal, la Lena coule vers le nord-est, rejoint par la rivière Kirenga, la rivière Vitim et la rivière Olyokma.
La Lena commence dans les monts Baikal, une chaîne de montagnes dans le centre de la Sibérie, à un point situé à 7 m à l'ouest du lac Baikal.