Après la bataille, il est affecté à la 5e cavalerie américaine, avec laquelle il sert au début de la campagne de la Péninsule en 1862. En tant qu'officier d "état-major du major-général George B. McClellan, Custer est promu au grade de capitaine.
Custer obtient son dernier diplôme de sa classe et participe à la première bataille de Bull Run en tant qu'officier d'état-major du major-général George B. McClellan dans l'armée de la campagne de Péninsule de Potomac de 1862.