De nombreux chefs d'orchestre ont coopéré avec Gustav Mahler Jugendorchester, parmi lesquels Claudio Abbado, Mariss Jansons, Pierre Boulez et Bernard Haitink.
L'orchestre a été dirigé par des chefs d'orchestre très célèbres dont Claudio Abbado, Mariss Jansons, Pierre Boulez et Bernard Haitink.