Le califat était réputé pour exercer un certain degré de tolérance religieuse envers les sectes non chiites de l'islam ainsi qu'envers les juifs, les chrétiens maltais et les chrétiens coptes.
Les Fatimides étaient célèbres pour leur tolérance religieuse envers les sectes non ismaéliennes de l'islam ainsi que envers les juifs, les chrétiens maltais et les chrétiens coptes, mais il y avait néanmoins quelques exceptions.