Quelques-uns des sujets clés qui ont favorisé le développement du champ ont été l'évolution de la fonction enzymatique, l'utilisation de la divergence des acides nucléiques comme "" horloge moléculaire "pour étudier la divergence entre les espèces et l'origine de l'ADN non fonctionnel ou non fonctionnel.
À l'heure actuelle, il s'agit encore d'un processus long et coûteux de séquençage du génome entier d'un organisme, ce qui n'a été fait que pour quelques espèces.