Olimar est en mesure de bloquer la nouvelle Pikmin du sol à tout moment, et il peut avoir jusqu'à six avec lui à la fois.
Pikmin sortira de l'Onion et se fera planter dans le sol afin qu'Olimar puisse les arracher. Olimar peut utiliser Pikmin pour ramener des choses à sa base, combattre les insectes et d'autres créatures, ou voyager à travers les lieux.