La systématique moléculaire est un produit du domaine traditionnel de la systématique et de la génétique moléculaire, c'est le processus d'utilisation des données sur la constitution moléculaire de l'ADN, de l'ARN ou des deux, afin de résoudre des questions de systématique, c'est-à-dire sur leur classification scientifique correcte ou leur taxonomie du point de vue de la biologie évolutive.
La systématique moléculaire est le processus qui consiste à utiliser des données sur l'ADN, l'ARN ou les protéines pour résoudre des questions de phylogénie et de taxonomie.