L'Institut de médecine tropicale Humboldt de l'Université Cayetano Heredia de Lima, au Pérou, porte le nom d'Alexander von Humboldt, ainsi que de l'Université d'État Humboldt à Arcata, en Californie, de l'école Alexander Von Humboldt à Mexico, plusieurs écoles allemandes - dont l'Université Humboldt de Berlin - RRB- portent le nom du frère d'Alexandre Wilhelm.
Son père, Alexander Georg von Humboldt, était un major dans l'armée prussienne.