Comme mentionné dans l'introduction, il est important de comprendre que le Conseil de l'Europe ne doit pas être confondu avec le Conseil de l'Union européenne - le "Conseil des ministres" - ou le Conseil européen, qui appartiennent à l'Union européenne, qui est distincte du Conseil de l'Europe, bien qu'elles aient partagé le même drapeau européen et le même hymne depuis les années 1980 parce qu'ils œuvrent également en faveur de l'intégration européenne.
Il ne faut pas confondre le Conseil de l'Europe avec le Conseil de l'Union européenne ou le Conseil européen, car il s'agit d'une organisation distincte qui ne fait pas partie de l'Union européenne.