À Lima, au Pérou, le 26 juin 1541 "un groupe de vingt partisans lourdement armés de Diego Almagro II a pris d'assaut le palais de Pizarro, l'assassina, puis força le terrifié conseil municipal à nommer le jeune Almagro comme nouveau gouverneur du Pérou" ", selon Burkholder et Johnson.
Cependant, Almagro avait un fils qui a juré vengeance, et en 1541, Pizarro a été tué dans son palais à Lima par un certain nombre d'hommes suivant Diego Almagro le plus jeune.