La plus grande partie de l'hydrogène de la Terre se présente sous forme de composés chimiques comme les hydrocarbures et l'eau. Le gaz hydrogène est produit par certaines bactéries et algues et est un composant naturel du flatus, tout comme le méthane, qui est lui-même une source d'hydrogène de plus en plus importante.
L'hydrogène fait aussi partie de l'eau.