Ce modèle, surnommé Game Boy Micro, a un style similaire à l'orientation horizontale originale de Game Boy Advance, mais il est beaucoup plus petit et plus sombre. Le Game Boy Micro permet également à l'utilisateur de basculer entre plusieurs plaques de façades colorées pour permettre la personnalisation, une fonctionnalité que Nintendo a annoncée abondamment autour du lancement de Game Boy Micro.
Game Boy Micro a été la dernière main de jeu de Nintendo.