Dans le Super Mario World 2 : Yoshi 's Island, une cigogne transporte Baby Mario et Baby Luigi de l'autre côté de la mer, mais le méchant Magikoopa Kamek émerge et vole Baby Luigi, et Baby Mario tombe sur une île au milieu de la mer appelée Yoshi' s Island, qui abrite Yoshis.
Plus récemment, il est apparu dans Mario & Luigi : Partners in Time, dans lequel Baby Mario est apparu par le temps voyager avec Baby Luigi, Baby Peach et Baby Bowser, ce qui pourrait expliquer la séparation des deux personnages.