Après la seconde bataille de Link Agahnim, Ganon s 'élève du corps d'Agahnim, se transforme en chauve-souris et s' envole.
Après les avoir tous, il se rend au sommet de la tour et se bat Agahnim de nouveau, il le tue, et Ganon, sous une forme de chauve-souris, vole du cadavre et dans la pyramide du pouvoir.