Après Sora et Riku finissent Xemnas, les deux sont réunis avec leurs amis à leur maison, Destiny Islands. Le jeu se termine comme Sora, Kairi, et Riku lire une lettre de Mickey, son contenu caché du joueur.
Vers la fin du jeu, Sora, Kairi et Riku se réunissent et détruisent Xemnas.