Elle est proche de la frontière avec Santo Domingo et Saint-Domingue et est l'une des plus anciennes villes d'Haïti.
En 1606, les personnes qui vivaient dans les vieilles villes espagnoles de Bayajá et Yaguana avaient, sur ordre du roi espagnol, déménagé dans la partie orientale de l'île, dans une nouvelle ville appelée Bayaguana, combinant les deux anciens noms.