Les premières preuves de la présence de populations islamisées en Indonésie remontent au XIIIe siècle dans le nord de Sumatra ; d'autres régions indonésiennes ont progressivement adopté l'islam, qui devint la religion dominante à Java et Sumatra à la fin du XVIe siècle.
À la fin du XVIe siècle, c'était la religion dominante à Java et à Sumatra.