Le nom "Mato Grosso do Sul" signifie littéralement "Forêt épaisse du Sud" en portugais, un nom hérité de son voisin du nord, Mato Grosso, dont il faisait partie jusqu'aux années 1970.
Mato Grosso do Sul faisait partie de Mato Grosso jusqu'à ce qu'ils soient séparés dans les années 70.