La gomme xanthane peut provenir de divers produits d'origine qui sont eux-mêmes des allergènes courants, comme le maïs, le blé, les produits laitiers ou le soja.
Les personnes qui souffrent de la maladie coeliaque et d'autres personnes qui sont sensibles au gluten et à d'autres allergènes doivent peut-être faire attention à la quantité de gomme xanthane contenue dans leurs aliments. Certains types de gomme xanthane sont faits de blé, de maïs ou de soja et peuvent causer des réactions allergiques.