Depuis sa création, les dépenses de fonctionnement du TWAS ont été en grande partie couvertes par les contributions généreuses du gouvernement italien ; depuis 1991, l'UNESCO est responsable de l'administration des finances et du personnel de la TWAS sur la base d'un accord signé par le Directeur général de l'UNESCO et le Président de TWAS.
Le Directeur général de l'UNESCO et le Président de la TWAS ont signé un accord et l'UNESCO gère les finances et le personnel de la TWAS depuis 1991.