En utilisant l'original Mega Man et Mega Man 2 comme principale source d'inspiration pour le gameplay de Mega Man 9, plusieurs fonctionnalités importantes des jeux précédents ont été laissées de côté.
Il s'agit du premier jeu de la série Mega Man d'origine à être réalisé depuis la sortie de Mega Man 8 pour PlayStation en 1996, avec les mêmes graphismes que le Mega Mans NES.