Des analyses cladistiques récentes suggèrent que Confuciusornis est l'oiseau pygostylien le plus primitif ; il a un crâne plus primitif qu'Archaeopteryx, mais c'est le premier oiseau connu à avoir perdu la longue queue d'Archaeopteryx et à développer des vertèbres caudales fusionnées -LRB- un pygostyle -RRB-.
C'est aussi le premier oiseau connu à avoir perdu la longue queue d'Archaeopteryx et à développer des vertèbres de queue fondues -LRB- un pygostyle -RRB-.