Les deux types sont différenciés par le fait que les hyphes des champignons ectomycorhiziens ne pénètrent pas les cellules individuelles à l'intérieur de la racine, alors que les hyphes des champignons endomycorhiziens pénètrent la paroi cellulaire et invaginent la membrane cellulaire.
Les hyphes des champignons ectomycorhiziens ne pénètrent pas les cellules individuelles à l'intérieur de la racine, alors que les hyphes des champignons endomycorhiziens pénètrent la paroi cellulaire et invaginent la membrane cellulaire.