Le district a été créé en 1994 en fusionnant les anciens districts d'Eisenberg, Jena et Stadtroda.
En 1952, le gouvernement de l'Allemagne de l'Est a aboli les États fédéraux - LRB- Bundesländer -RRB- et a également divisé le district en trois parties, qui ont été réunies de nouveau en 1994.