Samus et ses coéquipiers sont attaqués par son doppelgÃ nger, Dark Samus, qui les invalide avec un matériel mutagène appelé Phazon. Après que Samus ait perdu contact avec les autres chasseurs, la Fédération envoie à Samus une mission pour déterminer ce qui leur est arrivé.
Samus prend le clavier du bloc de contrôle, puis Dark Samus attaque les chasses à la plie, mais Samus survit, comme le reste des chasseurs de bonté.