Les chasseurs de bonté, y compris Samus, reçoivent des ordres pour nettoyer un virus informatique provenant de plusieurs superordinateurs, appelés Aurora Units, situés dans toute la galaxie, mais la réunion se termine brusquement lorsque les pirates de l'espace attaquent plusieurs navires de la Fédération. Samus et les autres chasseurs de primes sont déployés sur la planète Norion, où les pirates de l'espace concentrent une attaque sur une base navale de la Fédération.
Samus et les autres chasseurs de bonté doivent au contraire arrêter à la fois les pirates de l'espace et le virus.