L'orthographe "Suharto" reflète l'orthographe indonésienne moderne, bien que l'approche générale en Indonésie consiste à se fier à l'orthographe préférée par la personne concernée. Au moment de sa naissance, la transcription standard était "Soeharto" et il préférait l'orthographe originale.
L'orthographe "Suharto" est officielle en Indonésie depuis 1947, mais l'orthographe plus ancienne Soeharto est encore fréquemment utilisée.