La modification chimique épigénétique des protéines structurales dans la chromatine altère aussi la structure locale de la chromatine, en particulier les modifications chimiques des protéines d'histone par méthylation et acétylation.
Les principales composantes de la chromatine sont les protéines de l'ADN et de l'histone, bien que d'autres protéines soient présentes.