En mai 1670, avec la mort du Grand Duc Ferdinando II, Marguerite Louise devint la Grande-Duchesse de Toscane.
Devenue Grand-Duc de Toscane à la mort de son père, en 1670, Cosimo III, sous l'emprise de sa mère, Vittoria della Rovere, refusa d'accorder à Marguerite Louise l'entrée au Conseil Privé.