Gaborone est située entre Kgale et Oodi Hills, sur la rivière Notwane dans le coin sud-est du Botswana, et à 15 km de la frontière sud-africaine. Gaborone est entourée par les villes suivantes : Ramotswa au sud-est, Mogoditshane au nord-ouest, et Mochudi à l'est, et Tlokweng en face de la rivière.
Gaborone est située sur la rivière Notwane, dans le coin sud-est du Botswana.