Il a été largement rapporté dans les médias nigérians que Yobo s'est rendu à T.B. Joshua pour prier après avoir subi une lésion à la corde lors de la Coupe d'Afrique des Nations 2010. En 2007, Yobo a créé la Fondation de bienfaisance Joseph Yobo pour aider les enfants défavorisés au Nigeria.
Yobo est également capitaine de la partie nationale nigériane.