Trois types de bactéries sont utilisés dans la production du fromage d'Emmental : Streptococcus salivarius sous-espèce thermophilus, Lactobacillus -LRB- Lactobacillus helveticus ou Lactobacillus delbrueckii sous-espèce bulgaricus -RRB- et Propionibacterium -LRB- Propionibacterium freudenreichii subspecies shermani -RRB- Swiss Cheese Niche.
Les trous du fromage sont appelés les "yeux", et un fromage suisse qui n'a pas de trous est appelé un fromage "aveugle".