En 1842, son père rapporta une "grande nouvelle", et alors que le jeune John Lubbock pensait au départ qu'il s'agissait peut-être d'un nouvel étang et était déçu que la nouvelle soit juste que Charles Darwin déménageait à Down House dans le village, il fut bientôt un visiteur fréquent à Down House, et devint le plus proche des plus jeunes amis de Darwin.
En mars 1883, il fonde l'orphelinat des commis de banque, qui devient en 1986 le Banquier, un organisme de bienfaisance pour les employés des banques, anciens et actuels, et leurs personnes à charge.