Un marché beaucoup plus petit, mais important, pour le dioxyde de chlore est destiné à être utilisé comme désinfectant. Depuis 1999, une proportion croissante du dioxyde de chlore produit à l'échelle mondiale pour le traitement de l'eau et d'autres applications à petite échelle a été faite à l'aide de la méthode du chlorate, du peroxyde d'hydrogène et de l'acide sulfurique, qui peut produire un produit sans chlore à haute efficacité.
Il existe d'autres façons de fabriquer du dioxyde de chlore.