L'Indonésie partage des frontières terrestres avec la Malaisie sur les îles de Bornéo et de Sebatik, en Papouasie-Nouvelle-Guinée, sur l'île de la Nouvelle-Guinée, et au Timor oriental sur l'île du Timor.
Les pays les plus proches sont la Papouasie-Nouvelle-Guinée, la Malaisie et le Timor-Oriental qui partagent des frontières terrestres avec l'Indonésie.