À environ 46 minutes du vol, les pirates de l'air ont violé le poste de pilotage, ont propulsé les pilotes, ce qui a permis au pilote formé Ziad Jarrah de prendre le contrôle de l'avion, et de le détourner vers Washington, D.C.
Quelques minutes avant le vol, les pirates de l'air ont rompu le poste de pilotage et renversé les pilotes.