La capture subséquente de Brown par les forces fédérales, son procès pour trahison par l "État de Virginie et son exécution par pendaison à Charles Town (Virginie) - aujourd'hui la Virginie-Occidentale - RRB - ont été une partie importante des origines de la guerre de Sécession américaine, qui a suivi seize mois plus tard.
Il est capturé et est exécuté par pendaison le 2 décembre 1859.