Bruce Schneier fait remarquer que bien que Blowfish soit toujours utilisé, il recommande d'utiliser plutôt l'algorithme Twofish plus récent.
Cependant, en 2007, Bruce Schneier a fait remarquer que Blowfish est toujours utilisé, mais qu'il a recommandé d'utiliser plutôt le nouvel algorithme de Twofish.