Elle se concentre sur Cloud Strife qui, vivant aujourd'hui comme livreur aux côtés de Tifa Lockhart et s'occupant de deux enfants - est appelé à trouver la cause de la "géostigmatisation", une maladie mystérieuse qui s'avère dangereuse pour la population de la ville.
Les trois villains du film, Kadaj, Loz et Yazoo, essaient de trouver les '' Cellules de JENOVA ''.