Une vaste sous-catégorie de la bioinformatique est celle de la bioinformatique structurelle.
Le principe de la bioinformatique est que ces molécules peuvent être étudiées en utilisant des ordinateurs pour analyser les séquences d'ADN, d'ARN et d'acides aminés d'où elles sont créées. Comme il y a tellement de molécules différentes, la meilleure façon de comprendre le fonctionnement de tout le système est d'utiliser la bioinformatique.