Dans l'intervalle, il jouissait du patronage de Ferdinando de 'Medici, pour le théâtre privé près de Florence, il composa des opéras, et du cardinal Ottoboni, qui lui fit son maestro di cappella, et lui procura un poste similaire à la Basilique de Santa Maria Maggiore à Rome en 1703.
En 1702, Scarlatti quitte Naples et se rend à Florence où il compose des opéras pour Ferdinando de 'Medici et pour le cardinal Ottoboni, qui lui fit son maestro di cappella.