Après la Reconquista espagnole, il est redevenu une église catholique romaine, avec une cathédrale gothique plus tard inséré au centre du grand bâtiment maure.
Sous le régime de l'islam, elle a été construite comme la deuxième plus grande mosquée du monde, et est peut-être le monument le plus accompli de la dynastie Umayyad de Cordoue.