Le CESC rend compte au ministre de la Défense nationale par l'entremise de deux sous-ministres, le conseiller national en matière de sécurité auprès du Premier ministre est responsable de la politique et des opérations, tandis que le sous-ministre de la Défense nationale est responsable de l'administration.
Le CESC relève du ministre de la Défense nationale par l'entremise de deux sous-ministres, dont l'un est responsable de l'administration, l'autre de la politique et des opérations.