Après son arrivée en train et son départ des forces combattantes, Gordon se joint à une résistance souterraine organisée par des amis et des scientifiques de Black Mesa, dont Barney Calhoun et Alyx, la fille de son ancien collègue, le Dr Eli Vance.
Il fait partie de la résistance, Alyx Vance est la fille d'Eli.