Utilisé principalement sur les systèmes basés sur Linux et Unix pour accéder aux comptes shell, SSH a été conçu pour remplacer Telnet et d'autres shell distants non sécurisés, qui envoient des informations, notamment des mots de passe, en texte clair, ce qui les rend sensibles à l'analyse par paquets.
SSH a été conçu par Tatu Ylönen en 1995 pour remplacer les protocoles non sécurisés rlogin, Telnet et rsh, qui ont été utilisés pour accéder aux comptes shell.