Après avoir ruiné une exploitation minière de pirates de l'espace et ramassé les douze Chozo Artifacts qui permettent l'accès au cratère d'impact scellé, elle affronte et semble détruire Metroid Prime, un Métroïde qui s'était nourri du Phazon Core de la météorite pour augmenter sa taille et sa force.
Samus tue Mother Brain et s'échappe de Zebes juste avant qu'il explose.