Marié avec un accord Prenuptial clair sur le partage du pouvoir, et sous la devise commune, tanto monta, monta tanto.
Après la mort de Philips en 1506, avec Joanna mentalement instable, et son fils Philips, Charles de Gand, âgé de seulement six ans, Ferdinand reprend la régence, gouvernant par Francisco Cardinal Jimenez de Cisneros, chancelier du Royaume.