Depuis la création du siège de Tokugawa bakufus à Edo, Kyoto n'est resté que la capitale formelle du pays, la capitale de facto étant aujourd'hui Edo, parce qu'elle était le centre du véritable pouvoir politique.
À partir de ce moment, Kyoto est resté simplement la capitale officielle du pays, alors que la capitale de facto était aujourd'hui Edo, le centre de la vraie puissance politique.