L'histoire de Metroid II suit le personnage protagoniste et ludique Samus Aran, qui est envoyé en mission pour exterminer les créatures Metroid de leur planète d'origine SR388 avant que les pirates de l'espace antagonistes les obtiennent et les utilisent.
Samus Aran se rend sur une planète appelée SR388 lorsque la Fédération Galactique lui a dit d'exterminer les Métroïdes qui y vivent. Après avoir exploré les zones souterraines de la planète et tué presque tous les Métroïdes, elle combat et tue la Reine Métroïde.