Le sable et le sol abritent aussi des bactéries d'E. coli et certaines souches d'E. coli sont naturalisées. Certaines régions géographiques peuvent abriter des populations uniques d'E. coli et, inversement, certaines souches d'E. coli sont cosmopolites.
E. coli n'est habituellement pas dans les aliments ni dans l'eau.