Honecker a ensuite séjourné dans un hôpital militaire soviétique près de Berlin avant de fuir la république avec Margot Honecker à Moscou, pour éviter d'être poursuivi pour des accusations de crimes de guerre froide.
Après la réunification allemande, Honecker est resté dans un hôpital militaire soviétique près de Berlin, puis s'est enfui à Moscou avec sa femme pour éviter d'être poursuivi pour des crimes de guerre froide.