Par le passé, ils étaient considérés comme un groupe inhabituel de bactéries et d'archaébactéries, mais comme les Archaea ont une histoire évolutive indépendante et montrent de nombreuses différences dans leur biochimie par rapport à d'autres formes de vie, ils sont maintenant classés comme un domaine distinct dans le système à trois domaines.
Les archéobactéries, les bactéries et les eucaryotes sont les domaines du système à trois domaines.