United States Geological Survey Hydrological Unit Code : 07-14-01-01 - Bassin hydrographique de Cahokia-Joachim Le Missouri provient probablement du Brower 's Spring aux tronçons supérieurs de la rivière Jefferson, avant de se joindre au confluent des rivières Madison, Jefferson et Gallatin au Montana.
Pendant la majeure partie de son parcours, le Missouri traverse les grandes plaines, l'une des régions les plus arides de l'Amérique du Nord.