Le jardin a été créé en 1544 sous Cosimo I de 'Medici comme premier jardin botanique universitaire en Europe, et a été confié au célèbre botaniste Luca Ghini d'Imola.
En 1563, le jardin a été déplacé de sa place originale près d'un fleuve -LRB- maintenant l'Arsenal Médicéen -RRB- à un près du couvent de Santa Marta.