Tous les chloroplastes proviendraient directement ou indirectement d'un seul événement endosymbiotique -LRB- dans l'Archaeplastida -RRB-, à l'exception de Paulinella chromatophora, qui a récemment acquis un endosymbiote cyanobactérien photosynthétique qui n'est pas étroitement relié aux chloroplastes d'autres eucaryotes. En ce qu'ils dérivent d'un événement endosymbiotique, les chloroplastes sont semblables aux mitochondries, mais les chloroplastes ne se retrouvent que chez les plantes et les protistes.
Presque tous les chloroplastes proviendraient directement ou indirectement d'un seul événement endosymbiotique.