Tomsk, l'une des plus anciennes villes de la Sibérie, a célébré son 400e anniversaire en 2004.
En 1804, le gouvernement a choisi Tomsk pour devenir le centre d'un nouveau gouvernorat qui engloberait les villes modernes de Novosibirsk, Kemerovo, Altaï, Krasnoïarsk et l'est du Kazakhstan.