Les pertes de valeur nutritive, de valeur calorique et de comestibilité des cultures, par les températures extrêmes, l'humidité ou l'action des micro-organismes, sont également à l'origine des déchets alimentaires ; ces "pertes qualitatives" sont plus difficiles à évaluer que les pertes quantitatives.
La température extrême, l'humidité ou les microorganismes influent également sur la valeur nutritive, la valeur calorique et la comestibilité des cultures et tiennent compte des déchets alimentaires. Les "pertes qualitatives" sont plus difficiles à évaluer que les pertes quantitatives.