Elle a été choisie pour remplacer la ville continentale de Bata comme capitale du pays en 1969, et a été rebaptisée Malabo en 1973 dans le cadre de la campagne du président Francisco Macías Nguema visant à remplacer les noms de lieux européens par des noms africains "authentiques".
La ville a été rebaptisée Malabo en 1973 parce que le président Francisco Macías Nguema voulait remplacer les noms de lieux européens par des noms africains "authentiques".