En 2006, il annonce son intention de contester la circonscription de Gordon à l'élection du Parlement écossais de 2007, élection au cours de laquelle M. Salmond a défait le MSP en place et dans lequel le SNP est devenu le parti unique le plus important au niveau national.
Salmond redevient chef du parti en 2004 et se présente aux élections du Parlement écossais de 2007 pour la circonscription de Gordon.