En 1969, Thomas fait ses débuts dans la direction de l'Orchestre symphonique de Boston, remplaçant un malheureux William Steinberg au milieu du concert.
Après avoir été chef d'orchestre adjoint au Bayreuth Festival, sa première occasion importante s'est présentée en 1969, lorsque le chef d'orchestre William Steinberg est devenu malade lors d'un concert avec le Boston Symphony Orchestra.