Pour faire en sorte que les pirates de l'espace ne puissent jamais obtenir d'autres Métroïdes, la Fédération Galactique envoie plusieurs équipes sur la planète des Métroïdes, SR388, pour les détruire une fois pour toutes.
Samus Aran va sur une planète appelée SR388 lorsque la Fédération Galactique lui a dit d'exterminer les Métroïdes qui y vivent.