En plus d'être la plus grande ville du Bénin, elle abrite plusieurs de ses services gouvernementaux et diplomatiques ; c'est donc le capital de facto du Bénin, même si la capitale officielle est Porto-Novo.
De nombreux services gouvernementaux et diplomatiques du Bénin sont situés à Cotonou, ce qui fait que la ville est la capitale de facto du Bénin, même si la capitale officielle est Porto-Novo.