Les protéines des gènes Hox sont les protéines Hox.
A cause de cela, on croit que les groupes de gènes Hox ont évolué à partir d'un seul gène Hox via la duplication de gènes en tandem. Un groupe de gènes Hox possédant au moins sept gènes Hox différents était probablement présent chez l'ancêtre commun de tous les animaux bilatéraux.