Depuis, l'université a géré ou cogéré le Los Alamos National Laboratory, ainsi que son rival ultérieur, le Lawrence Livermore National Laboratory, et le Lawrence Berkeley National Laboratory pour le département de l'Énergie des États-Unis.
Les physiciens de Berkeley ont travaillé sur le projet Manhattan pendant la Seconde Guerre mondiale et l'université gère maintenant les deux principaux laboratoires d'armes nucléaires du pays : le Lawrence Berkeley National Laboratory et le Los Alamos National Laboratory.