Un autre élément d'alimentation, le "Power Flower", fournit à chaque personnage une capacité différente : Mario est capable de flotter, semblable au ballon Super Mario Worlds ; Luigi devient invisible et transparent, comme le chapeau invisible dans la version Nintendo 64 ; Wario devient métal, semblable au chapeau de métal dans la version originale ; et Yoshi est capable de respirer le feu.
Lorsque les joueurs obtiennent une fleur de puissance, ils ont chacun des pouvoirs différents.