Connaissant Sonic et Tails tentera de le suivre, et réalisant qu'il peut utiliser l'Émeraude principal pour alimenter le navire, le Dr Robotnik tricks Knuckles à croire que Sonic essaie de voler son émeraude.
Il s'empare de Knuckles et lui dit que Sonic et Tails sont des voleurs et qu'ils veulent voler le Maître Émeraude.