Le Dr Wright envoie Mega Man vaincre ses collègues et mettre un terme à la Dre Wily. Après avoir réussi, Mega Man retourne à la maison avec sa soeur de robot, Roll, et son créateur, le Dr Wright.
C'est à Mega Man, un robot créé par le Dr Light, d'arrêter le Dr. Wily et son armée de Robot Masters.