Étant donné que différentes ecclésiologies donnent forme à des institutions très différentes, l'ecclésiologie peut aussi désigner une Église ou une confession particulière, qu'elle soit autoproclamée ou non.
En plus de décrire une discipline générale de la théologie, l'ecclésiologie peut être utilisée dans le sens spécifique d'une Église ou d'une confession particulière, qu'elle soit décrite par elle-même ou autrement.