L'évolution moléculaire est devenue un domaine scientifique dans les années 1960 lorsque des chercheurs en biologie moléculaire, en biologie évolutive et en génétique des populations ont cherché à comprendre les découvertes récentes sur la structure et la fonction des acides nucléiques et des protéines.
L'évolution moléculaire est le processus d'évolution de l'ADN, de l'ARN et des protéines.