Nella decisiva sfida contro la  indossò la fascia di capitano e rimase in campo per l'intera durata della gara, supportando insieme ad Antonio Cassano, prima Corradi e poi Vieri. L'Italia riuscì a vincere 2-1, ma il pareggio 2-2 tra Svezia e Danimarca la condannò all'eliminazione.

Nel 2006 è Marcello Lippi, il tecnico che lo ha lanciato nella Juventus, il CT della Nazionale. Viene dunque convocato per il suo terzo Mondiale in cui ha vissuto di nuovo il dualismo con Totti. �? entrato a partita in corso nelle prime due sfide contro  e , giocando da titolare solo contro l'. Ha disputato la semifinale contro la  il 4 luglio entrando negli ultimi minuti dei supplementari e risultando decisivo: prima batte il calcio d'angolo da cui parte l'azione dell'1-0 e poi realizza al 120' il gol del definitivo 2-0, finalizzando il contropiede lanciato da Cannavaro e Gilardino, con un tiro all'incrocio dei pali (sarebbe stato il suo ultimo gol in azzurro).
Nella decisiva sfida contro la  indossò la fascia di capitano e rimase in campo per l'intera durata della gara, supportando insieme ad Antonio Cassano, prima Corradi e poi Vieri. L'Italia riuscì a vincere 2-1, ma il pareggio 2-2 tra Svezia e Danimarca la condannò all'eliminazione.

Nel 2006 è Marcello Lippi, il tecnico che lo ha lanciato nella Juventus, il CT della Nazionale. Viene dunque convocato per il suo terzo Mondiale in cui ha vissuto di nuovo il dualismo con Totti. �? entrato a partita in corso nelle prime due sfide contro  e , giocando da titolare solo contro l'. Ha disputato la semifinale contro la  il 4 luglio entrando negli ultimi minuti dei supplementari e risultando decisivo: prima batte il calcio d'angolo da cui parte l'azione dell'1-0 e poi realizza al 120' il gol del definitivo 2-0, finalizzando il contropiede lanciato da Fabio Cannavaro e Gilardino, con un tiro all'incrocio dei pali (sarebbe stato il suo ultimo gol in azzurro).