Сад был основан в 1544 году при Козимо I Медичи как первый университетский ботанический сад в Европе и был передан известному ботанику Луке Гини из Имолы.
С тех пор в саду размещалась галерея природных объектов (ныне Pisas Museo di Storia Naturale), библиотека (ныне часть университетской библиотеки) и портреты ее руководителей на протяжении веков.