Физик из Беркли Дж. Роберт Оппенгеймер был научным руководителем Манхэттенского проекта, который разработал первую в мире атомную бомбу, штаб-квартиру которой он лично разместил в Лос-Аламосе, штат Нью-Мексико, во время Второй мировой войны. С того времени университет совместно руководит Лос-Аламосской национальной лабораторией, а также Ливерморской национальной лабораторией Лоуренса и Национальной лабораторией Лоуренса Беркли Министерства энергетики США.
Физики Беркли работали над Манхэттенским проектом во время Второй мировой войны, и в настоящее время университет управляет двумя основными национальными лабораториями ядерного оружия: Национальной лабораторией Лоуренса Беркли и Национальной лабораторией Лос-Аламоса.