Он был выбран вместо материкового города Бата в качестве столицы страны в 1969 году и был переименован в Малабо в 1973 году в рамках кампании президента Франсиско Масиаса Нгемы по замене европейских топонимов на «аутентичные» африканские.
Город был переименован в Малабо в 1973 году, потому что президент Франсиско Масиас Нгема хотел заменить европейские топонимы «аутентичными» африканскими.