Город был назван в честь Мануэля Л. Кесона, бывшего президента Содружества Филиппин, который основал город и развил его, чтобы заменить Манилу в качестве столицы страны. Кесон-Сити не находится в провинции Кесон, которая также была названа в честь президента, и ее не следует путать с провинцией Кесон.
Расположенный на острове Лусон, город был назван в честь Мануэля Л. Кесона, бывшего президента Содружества Филиппин.