Он женился на инфанте Изабелле, сводной сестре и наследнице Генриха IV Кастильского, 19 октября 1469 года в Вальядолиде.
Фердинанд служил последним регентом во время ее отсутствия в Нидерландах, которым правил ее муж эрцгерцог Филипп.