Фильм вращается вокруг «мутантного лечения», которое вызывает серьезные последствия среди мутантов и людей, а также таинственного воскрешения Джин Грей, которая, казалось, умерла в X2.
Это третий фильм, основанный на комиксах Marvel Comics X-Men о супергероях.