Сан-Хуан является домом для многих высших учебных заведений Пуэрто-Рико. Кампус Университета Пуэрто-Рико в Рио-Пьедрас расположен в Сан-Хуане, наряду с Кампусом медицинских наук Университета Пуэрто-Рико.
Сан-Хуан - столица Пуэрто-Рико.