Женат по четкому брачному соглашению о разделении власти и под общим девизом: tanto monta, monta tanto.
После смерти Филипса в 1506 году, когда Джоанна была психически неуравновешенной, а ее сыну и Филиппу Карлу Гентскому было всего шесть лет, Фердинанд возобновил регентство, правив через Франсиско кардинала Хименеса де Сиснероса, канцлера королевства.