После того, как Линк сражается с Агахнимом во второй раз, Ганон поднимается из тела Агахнима, превращается в летучую мышь и улетает.
Собрав их все, он идет на вершину башни и снова сражается с Агахнимом. Он убивает его, и Ганон в форме летучей мыши вылетает из трупа в Пирамиду Силы.