Действие игры разворачивается после событий Kingdom Hearts II, на этот раз фокусируясь на Короле Микки, Дональде, Гуфи и Джимини Крикете, которые обнаруживают таинственную фразу в дневнике Джимини и впоследствии оцифровывают содержание журнала, чтобы найти виновного.
Действие игры начинается после Kingdom Hearts II, на этот раз основное внимание уделяется королю Микки, Дональду, Гуфи и Джимини Крикету, которые обнаруживают таинственную фразу в журнале Джимини, а затем оцифровывают содержимое журнала, чтобы найти виновного.