Когда гендерная идентичность человека делает его одним полом, но его гениталии предполагают другой пол, он, скорее всего, испытает так называемую гендерную дисфорию. Некоторые люди не верят, что их гендерная идентичность соответствует их биологическому полу, включая транссексуалов, трансгендеров и многих интерсексуалов.
У некоторых людей может быть гендерная идентичность, отличная от их пола.