Главный неф короткий и узкий (как и в других миссионерских церквях), но в Сан-Луис-Обиспо есть второй неф почти такого же размера, расположенный справа от алтаря, что делает его единственным L-образным - сформированная миссионерская церковь среди всех миссий Калифорнии.
Это единственная миссионерская церковь в форме буквы «L» во всех миссиях Калифорнии.