Наряду с Национальной лабораторией Лоуренса Беркли (ранее - Радиационной лабораторией) Беркли теперь является партнером по управлению двумя другими лабораториями, Лос-Аламосской национальной лабораторией (1943 г.) и Ливерморской национальной лабораторией Лоуренса (1952 г.).
Физики Беркли работали над Манхэттенским проектом во время Второй мировой войны, и в настоящее время университет управляет двумя основными национальными лабораториями ядерного оружия: Национальной лабораторией Лоуренса Беркли и Национальной лабораторией Лос-Аламоса.