Все версии операционной системы поддерживают файловую систему Windows NT, NTFS 3.0, шифрованную файловую систему, а также базовое и динамическое дисковое хранилище.
Windows 2000 поддерживает файловую систему Windows NT NTFS 5, зашифрованную файловую систему (EFS), а также базовые и динамические дисковые хранилища.