В присутствии кислорода факультативные анаэробы используют аэробное дыхание; без кислорода некоторые из них ферментируют, некоторые используют анаэробное дыхание.
Микроаэрофилы выполняют аэробное дыхание, а некоторые из них также могут выполнять анаэробное дыхание.