Новотны дебютировал за сборную Германии 30 апреля 1997 года в отборочном матче чемпионата мира по футболу 1998 года против Украины, который играл в Бремене, заменив нападающего Фреди Бобича через 15 минут.
Выступал за сборную Германии.