Каунас расположен в месте слияния двух крупнейших рек Литвы, Нямунаса и Нериса, и недалеко от Каунасского водохранилища, самого большого водоема в Литве.
Он также находится недалеко от Каунасского залива, самого большого водоема в Литве.