Данные секвенирования митохондриальной ДНК показали, что между H. neanderthalensis и H. sapiens не происходило значительного потока генов, и, следовательно, эти два вида были отдельными видами, у которых был общий предок около 660 000 лет назад.
Хотя дебаты остаются нерешенными, данные секвенирования митохондриальной ДНК и Y-хромосомной ДНК указывают на то, что поток генов между H. neanderthalensis и H. sapiens был незначительным или отсутствовал вообще, и, следовательно, эти два вида были отдельными видами.