Юра является одним из четырех департаментов региона Франш-Конте и окружен французскими департаментами Ду, Верхняя Сон, Кот-д'Ор, Сона-эт-Луара и Айн, а также швейцарским кантоном Во на востоке.
Швейцарский кантон Во находится на востоке.