Он был принят 20 марта 1989 года, почти за два года до восстановления независимости Литвы после распада Советского Союза. До его повторного принятия флаг использовался с 1918 по 1940 год, когда Литва была оккупирована, а затем аннексирована Советским Союзом.
Флаг Литвы, который используется сегодня, был принят Советом Литвы в 1918 году и повторно принят в 1989 году.