Фильм вращается вокруг «мутантного лечения», которое вызывает серьезные последствия среди мутантов и людей, а также таинственного воскрешения Джин Грей, которая, казалось, умерла в X2.
Действие происходит после Людей Икс (/ O2000 / O) и X2 (/ O2003 / O).