Среди крупных хорово-оркестровых произведений Баха - знаменитые «Страсти по Матфею» и «Страсти по Иоанну», написанные для вечерни Страстной пятницы в церквях Св. Фомы и Св. Николая в разные годы, а также Рождественскую ораторию (набор из шести кантат для использования в период литургии Рождества).
Он написал Страсти по Матфею и Страсти по Иоанну.