Принципы работы МГЭИК устанавливаются соответствующими резолюциями и решениями Исполнительного совета ВМО и Совета управляющих ЮНЕП, а также действиями в поддержку процесса Рамочной конвенции ООН об изменении климата.
Деятельность МГЭИК контролируется Исполнительным советом ВМО и Управляющим советом ЮНЕП в поддержку Рамочной конвенции ООН об изменении климата.