Ему было предъявлено обвинение в качестве крупного военного преступника на Нюрнбергском процессе по трем пунктам: (1) сговор с целью совершения преступлений против мира, военных преступлений и преступлений против человечности; (2) планирование, развязывание и ведение агрессивных войн; и (3) преступления против законов войны.
После войны Дёниц был обвинен и признан виновным в «преступлениях против мира» и «военных преступлениях» на Нюрнбергском процессе.