Сад был основан в 1544 году при Козимо I Медичи как первый университетский ботанический сад в Европе и был передан известному ботанику Луке Гини из Имолы.
В 1563 году сад был перенесен с прежнего места у реки (ныне Медичейский арсенал) в сад возле монастыря Санта-Марта.