Исторически естественная среда обитания находящейся под угрозой исчезновения лисы Сан-Хоакин Кит и прибрежного кустарникового кролика включала прибрежную зону возле реки Сан-Хоакин.
Среда обитания исчезающего вида San Joaquin Kit Fox и прибрежного кустарникового кролика также находилась недалеко от реки Сан-Хоакин.