История Super Mario 64 начинается с письма принцессы Пич, в котором Марио приглашает Марио прийти в ее замок за пирогом, который она испекла для него; Примечание принцессы Пич: Дорогой Марио, приходите в замок.
История начинается, когда Пич приглашает Марио в свой замок, чтобы подарить ему специальный торт, который она приготовила для него.