Последствия Эль-Ниньо в Южной Америке прямые и более сильные, чем в Северной Америке. Эль-Ниньо ассоциируется с теплыми и очень влажными погодными месяцами с апреля по октябрь вдоль побережья северного Перу и Эквадора, вызывая сильные наводнения, когда бывают сильные или экстремальные явления.
Каждые три-семь лет явление Эль-Ниньо может длиться много месяцев.