Также имеет место спаривание оснований не-Ватсона-Крика с альтернативными паттернами водородных связей, особенно в РНК; распространенными такими образцами являются пары оснований Хугстина.
Но есть также пары оснований, отличные от Ватсона-Крика, с другими паттернами водородных связей, особенно в РНК.