Янукойч также был премьер-министром Украины - дважды - с 21 ноября 2002 г. по 31 декабря 2004 г. при президенте Леониде Кучме и с 4 августа 2006 г. по 18 декабря 2007 г. при нынешнем президенте Викторе Ющенко, его главном оппоненте в правительстве. Президентские выборы 2004 года, на которых он был объявлен вторым.
Он снова был премьер-министром Украины с 4 августа 2006 года по 18 декабря 2007 года.