Конъюгация имеет преимущества по сравнению с другими формами генетического переноса, включая минимальное нарушение клеточной оболочки-мишени и способность переносить относительно большие количества генетического материала (см. Выше обсуждение переноса хромосомы E. coli).
Конъюгация имеет преимущества перед другими формами генетической передачи.