Переломный момент наступил 1 марта 2004 года, когда секретарь Юдхойоно Суди Силалахи объявил средствам массовой информации, что в течение последних шести месяцев Юдхойоно был исключен из процесса принятия политических решений в области политики и безопасности. 2 марта 2004 года Мегавати ответила, что она никогда не исключала Юдхойоно, в то время как ее муж, Тауфик Киемас, назвал Юдхойоно ребячливым за то, что он жаловался СМИ, а не самому президенту.
Юдхойоно стал президентом в сентябре 2004 года.