Значительная доисторическая культура неолита, отмеченная мегалитическими сооружениями, датируемыми ок. 3600 г. до н.э., существовало на островах, о чем свидетельствуют храмы Мнайдра, Ггантия и другие.
Люди жили на Мальте примерно с 5200 г. до н.э., и первые люди, жившие там, были с Сицилии.