Капитанство 24 ноября 2008 года, в 14 играх лиги в сезоне 2008–2009, Фабрегас стал преемником Уильяма Галласа на посту капитана клуба.
Он был назначен новым капитаном «Арсенала» в ноябре 2008 года, после того как Уильям Галлас потерял капитанство.