Роман со Сью Джонс, концертным продюсером из Нью-Йорка, привел к рождению Норы Джонс в 1979 году. В 1981 году у Шанкара и Суканья Раджан родилась Анушка Шанкар, которых Шанкар знал с 1970-х годов.
Его дочери Нора Джонс и Анушка Шанкар также являются известными музыкантами.