Второй диск содержит Kingdom Hearts Re: Chain of Memories, трехмерный римейк Kingdom Hearts: Chain of Memories для PlayStation 2 с дополнительными сценами и озвучкой.
Kingdom Hearts II начинается через год после окончания Kingdom Hearts: Chain of Memories и продолжает историю из Kingdom Hearts и Chain of Memories для Playstation 2 и Game Boy Advance.