Atari 5200 не имел больших коммерческих успехов по сравнению со своим предшественником, Atari 2600. Среди критических замечаний по поводу первоначальной версии Atari 5200 было то, что она полностью несовместима с программной библиотекой Atari 2600.
Atari 5200 не мог запускать программное обеспечение для все еще популярного Atari 2600.