Горшок для бонсай почти всегда ставят на формальную подставку, размер и дизайн выбираются так, чтобы дополнять бонсай и его горшок.
Каждые два или три года владелец бонсай вынимает бонсай из горшка и подрезает корни. Затем хозяин кладет бонсай обратно в горшок с новой почвой.