При производстве сыра Эмменталь используются три типа бактерий: Streptococcus salivarius подвид термофила, Lactobacillus (Lactobacillus helveticus или Lactobacillus delbrueckii подвид bulgaricus) и Propionibacterium (Propionibacterium freudenreichi подвид Cheesemanreichii) подвид Cheesemanreichii shermanis.
Отверстия в сыре называются «глазками», а швейцарский сыр без отверстий называется «слепым» сыром.