Чтобы Космические Пираты никогда больше не получили Метроидов, Галактическая Федерация отправляет несколько команд на родную планету Метроидов, SR388, чтобы уничтожить их раз и навсегда. Однако, когда ни одна из команд не выживает, Галактическая Федерация заключает контракт с Самус для завершения миссии.
Самус Аран отправляется на планету SR388, когда Галактическая Федерация приказывает ей истребить Метроидов, живущих на ней.