В 1991 году оркестр получил свое нынешнее название после того, как его родному городу было возвращено первоначальное название Санкт-Петербург.
К 1991 году Ленинград снова изменил свое название на Санкт-Петербург, поэтому оркестр был переименован в Санкт-Петербургский филармонический оркестр.