4 июня 2007 года он получил высшую награду своей страны - Гран-Крус-де-ла-Орден-дель-Соль-дель-Перу.
Хуан Диего Флерес получил множество наград и отличий, в том числе высшую награду Перу: Гран-Крус-де-ла-Орден-дель-Соль-дель-Перу.