В то время как змеи считаются филогенетически подпадающими под ящерицу-ангуиморф, от которой они произошли, сфенодонты являются сестринской группой чешуекрылых, более крупной монофилетической группы, в которую входят ящерицы и змеи.
Squamates определенно монофилетическая группа; они являются сестринской группой Туатара.