Санто-Доминго-Эсте был создан как муниципалитет в 2001 году в соответствии с законом № 163-01, отделяющим провинцию Санто-Доминго от Национального округа.
Санто-Доминго Эсте был частью Национального округа и города Санто-Доминго до 2001 года, когда была создана провинция Санто-Доминго.