Фленсбург расположен на самой внутренней оконечности Фленсбургского фьорда, входа в Балтийское море. Восточный берег Фленсбурга является частью полуострова Ангелн.
К югу от Фленсбурга и Фленсбурга хотели остаться в Германии, к северу от Фленсбурга люди решили стать Дансами.