Клинтон была невольным кандидатом в президенты на выборах 1808 года, получив шесть голосов выборщиков от крыла Демократической республиканской партии, которое не одобряло Джеймса Мэдисона.
Он также был кандидатом в президенты на выборах 1808 года и получил шесть голосов выборщиков.