Песок и почва также содержат бактерии E. coli, и некоторые штаммы E. coli стали естественными. Некоторые географические районы могут поддерживать уникальные популяции E. coli, и наоборот, некоторые штаммы E. coli являются космополитичными.
E. coli обычно не содержится в пище или воде.