Прибыв поездом и ускользнув от сил Альянса, Гордон присоединяется к подпольному сопротивлению, организованному друзьями и учеными из Черной Мезы, включая Барни Калхуна и Аликс, дочь своего бывшего коллеги, доктора Эли Вэнса.
Он часть сопротивления. Аликс Вэнс - дочь Эли.