Первоначально названный «Королевский и Папский университет города королей Лимы», Сан-Маркос был зарегистрирован 12 мая 1551 года королевским указом, подписанным королем Испании Карлом I, что делает его старейшим официально учрежденным университетом. в Америке и, как таковой, является одним из старейших университетов мира.
Он был основан 12 мая 1551 года. Это первый и самый важный университет Перу и старейший университет Америки.