Река Сан-Хоакин встречается с рекой Сакраменто недалеко от города Антиохия. Вместе они образуют дельту Сакраменто-Сан-Хоакин, один из крупнейших устьев рек в Соединенных Штатах, прежде чем впасть в залив Суисун.
Река Сан-Хоакин в конечном итоге встречается с рекой Сакраменто, образуя дельту Сакраменто-Сан-Хоакин.