Марлоу учился в Королевской школе в Кентербери (где дом теперь назван в его честь) и в колледже Корпус-Кристи в Кембридже по стипендии и получил степень бакалавра гуманитарных наук в 1584 году. В 1587 году университет не решился присудить ему степень магистра из-за слухов, что он обратился в католицизм и намеревался поступить в английский колледж в Реймсе, чтобы подготовиться к священству.
Марлоу был хорошо образован; он получил степень бакалавра в 1584 году и степень магистра в 1587 году.