Большая часть водорода на Земле находится в форме химических соединений, таких как углеводороды и вода. Газообразный водород вырабатывается некоторыми бактериями и водорослями и является естественным компонентом газов, равно как и метан, значение которого становится все более важным источником водорода.
Водород также входит в состав воды.