История как немецкий город Между 1460 и 1864 годами Фленсбург был после Копенгагена вторым по величине портом в Королевстве Дания, но перешел к Королевству Пруссия после Второй Шлезвигской войны в 1864 году.
Между 1460 и 1864 годами Фленсбург был второй по значимости гаванью Дании после Копенгагена.