В эпоху Муромати буддийские монахи обнаружили, что соевые бобы можно измельчать в пасту, что породило новые методы приготовления, в которых мисо использовалось для придания вкуса другим продуктам.
В эпоху Муромати он использовался в качестве консерванта и приправы.