Трехмерная головоломка судоку была изобретена Dion Church и опубликована в Daily Telegraph в мае 2005 года. Существует судоку-версия кубика Рубика, которая называется «Куб судоку».
Пазл-судоку (также называемый «Кривый судоку» или «Странный судоку») похож на обычную головоломку-судоку, за исключением того, что линии не идеальны, а другие.