Габороне расположен между холмами Кгале и Ооди, на реке Нотване в юго-восточном углу Ботсваны, и в 15 км от южноафриканской границы Габороне окружен следующими городами: Рамотсва на юго-востоке, Могодитшане на северо-западе и Мочуди до на восток и Тлоквенг через реку. Большинство из них - это пригородные города Габороне.
Габороне расположен на реке Нотване в юго-восточной части Ботсваны.