Все версии операционной системы поддерживают файловую систему Windows NT, NTFS 3.0, шифрованную файловую систему, а также базовые и динамические дисковые хранилища.
Windows 2000 поддерживает файловую систему Windows NT NTFS 5, зашифрованную файловую систему (EFS), а также базовые и динамические дисковые хранилища. Хранение на динамическом диске позволяет использовать разные типы томов (том - это область хранения на жестком диске, отформатированная с использованием собственной структуры файловой системы).