Используя оригинальные Mega Man и Mega Man 2 в качестве основного источника вдохновения для игрового процесса в Mega Man 9, некоторые важные особенности предыдущих игр были упущены.
Это первая игра из оригинальной серии Mega Man, созданная с момента выпуска Mega Man 8 для PlayStation в 1996 году. У него та же графика, что и у NES Mega Mans.