Во время Олимпийских игр 1996 года в Атланте, где профессиональным велосипедистам впервые было разрешено соревноваться, Indurain выиграл золотую медаль в индивидуальной гонке на время.
Он также выиграл олимпийскую золотую медаль в гонке на время в 1996 году.