Изабелла также принадлежала к королевскому дому Трастамара, и эти двое были троюродными братьями по происхождению от Иоанна I Кастильского.
Союз Фердинанда с различными итальянскими князьями и императором Максимилианом I изгнал французов к 1496 году и поставил сына Альфонса, Фердинанда, на неаполитанский трон.