Сюжет игры повторяет историю The Legend of Zelda: The Wind Waker и сосредотачивается на Линке, который путешествует, чтобы спасти своего друга Тетру от антагониста истории, Беллума.
Сюжет игры происходит после сюжета The Legend of Zelda: The Wind Waker.