После смерти Яр `Адуа 5 мая 2010 года Джонатан стал президентом, приняв присягу 6 мая 2010 года.
Яр Адуа умер 5 мая 2010 года. Джонатан был приведен к присяге в качестве замены Яр `Адуа 6 мая 2010 года, став 14-м главой государства Нигерии.