Отражая нападение космических пиратов, Самус и ее товарищи-охотники за головами подвергаются нападению ее двойника, Темной Самус, которая выводит их из строя с помощью мутагенного материала под названием Фазон. После того, как Самус теряет контакт с другими охотниками, Федерация отправляет Самус с миссией выяснить, что с ними случилось.
Самус берет клавиатуру на панели управления, и затем Темная Самус атакует охотников за головами, но Самус выживает, как и остальные охотники за головами.