С того времени университет управлял или совместно управлял Лос-Аламосской национальной лабораторией, а также ее более поздним конкурентом, Ливерморской национальной лабораторией Лоуренса и Национальной лабораторией Лоуренса Беркли Министерства энергетики США.
Физики Беркли работали над Манхэттенским проектом во время Второй мировой войны, и в настоящее время университет управляет двумя основными национальными лабораториями ядерного оружия: Национальной лабораторией Лоуренса Беркли и Национальной лабораторией Лос-Аламоса.