Также в 1937 году Манфред фон Арденн первым изобрел сканирующий электронный микроскоп. Первый практический электронный микроскоп был сконструирован в 1938 году в Университете Торонто Эли Франклином Бертоном и студентами Сесилом Холлом, Джеймсом Хиллер и Альбертом Пребусом; и Siemens выпустили первый коммерческий трансмиссионный электронный микроскоп (ТЕМ) в 1939 году.
Существует несколько основных типов электронных микроскопов, таких как: просвечивающий электронный микроскоп (ТЕМ), отражающий электронный микроскоп (REM), сканирующий электронный микроскоп (SEM), сканирующий трансмиссионный электронный микроскоп (STEM) и другие.