Отношения между двумя странами были установлены, когда Республика Узбекистан стала независимой после распада СССР, отношения между двумя странами изначально были напряженными из-за ситуации в Афганистане, граничащем с обеими странами, поскольку они поддерживали различные фракции афганских фракций.
Однако отношения улучшились после падения режима «Талибан», обе страны стремятся улучшить отношения ради торговли, Пакистан желает получить доступ к рынкам Центральной Азии, а Узбекистан, не имеющий выхода к морю, - иметь доступ к портам в Индийском океане.