В качестве государственного секретаря. После своей победы в 1840 году президент Харрисон назначил Вебстера на пост государственного секретаря в 1841 году, который он сохранил при президенте Джоне Тайлере после смерти Харрисона через месяц после его инаугурации.
Он был государственным секретарем при президентах Уильяме Генри Харрисоне и Джоне Тайлере.