История Metroid II следует за главным героем и игровым персонажем Самус Аран, которую отправляют с миссией по уничтожению существ Metroid с их родной планеты SR388, прежде чем антагонистические Космические Пираты получат и используют их.
Самус Аран отправляется на планету SR388, когда Галактическая Федерация приказывает ей истребить Метроидов, живущих на ней. Изучив подземные районы планеты и убив почти всех Metroid, она сражается и убивает Королеву Metroid.