Хотя РНК-полимераза пересекает матричную цепь от 3 'до' 5 ', кодирующая (не матричная) цепь и вновь образованная РНК также могут использоваться в качестве контрольных точек, поэтому транскрипцию можно описать как происходящую от 5' до '3'.
Цепь-матрица ДНК считывается РНК-полимеразой в направлении 3 '- 5', а новая цепь РНК синтезируется в направлении 5 '- 3'.