Протистов традиционно подразделяли на несколько групп на основании сходства с «высшими» царствами: одноклеточные животноподобные простейшие, протофиты, подобные растениям (в основном одноклеточные водоросли), и грибковые слизевые плесени и вода. формы.
Некоторые водоросли являются протистами, если они одноклеточные.