В 1521 году новому поселению было дано официальное название Сан-Хуан-Баутиста-де-Пуэрто-Рико в честь Иоанна Крестителя, следуя традиции окрестить город как его официальным названием, так и именем, которое первоначально дал острову Христофор Колумб.
Он был назван в честь Сан-Хуана Баутисты или Святого Иоанна Крестителя (имя, данное Христофором Колумбом).