В ноябре 2005 года Генеральный секретарь ООН Кофи Аннан назначил Ахтисаари специальным посланником по процессу определения статуса Косово, который должен был определить, должно ли Косово, находящееся под управлением ООН с 1999 года, стать независимым или оставаться провинцией Сербии. В начале 2006 года Ахтисаари открыл офис Специального посланника ООН по Косово (UNOSEK) в Вене, Австрия, откуда он вел переговоры о статусе Косово.
Ахтисаари был специальным посланником ООН на переговорах о статусе Косово.