После успешного сезона в Суперлиге 2004–05 Аггер был вызван в высшую национальную сборную Дании для товарищеской победы над Финляндией со счетом 1: 0 2 июня 2005 года, сыграв полный матч.
Он играет за сборную Ливерпуля и Дании.