Хронология вымышленной вселенной Metroid не соответствует порядку выпуска игр.
Самус убивает почти всех Метроидов, включая Королеву Метроидов, но находит маленького Метроида, который вылупился, когда Самус нашла его, и возвращает его в Галактическую Федерацию (как показано в Super Metroid).