Название Гидра было объявлено 21 июня 2006 года в циркуляре МАС 8723 и циркуляре МАС № 8723, в котором спутники были названы вместе с формальным обозначением Плутон III.
Название Hydra было объявлено 21 июня 2006 года в циркуляре IAU 8723IAU Circular No. 8723, в котором были названы спутники вместе с формальным обозначением Плутон III.