Джезуальдо умер в изоляции, в своем замке Джезуальдо в Авеллино, через три недели после смерти своего сына Эмануэле, своего первого сына от брака с Марией. Один биограф двадцатого века предположил, что Джезуальдо мог быть убит своей женой.
Джезуальдо умер в одиночестве в своем замке.