Хаггинс построил частную обсерваторию в Аппер-Талс-Хилл, 90, Южный Лондон, откуда он и его жена проводили обширные наблюдения спектральных эмиссионных линий и линий поглощения различных небесных объектов.
Он женился на Маргарет Линдси, которая также была астрономом.