Индонезия граничит с Малайзией на островах Борнео и Себатик, Папуа-Новой Гвинеей на острове Новая Гвинея и Восточным Тимором на острове Тимор.
Ближайшие страны - Папуа-Новая Гвинея, Малайзия и Восточный Тимор, граничащие с Индонезией по суше.