Единственное различие - частота и, следовательно, энергия фотонов. Гамма-лучи обычно являются наиболее энергичными из них, хотя имеет место широкое перекрытие с энергиями рентгеновских лучей.
И гамма-лучи, и рентгеновские лучи - это фотоны с очень высокими энергиями.