Агентство было создано 12 декабря 2003 г. (в тот же день, когда Пол Мартин стал премьер-министром Канады) приказом совета об объединении таможни Канады (из ныне несуществующего Канадского таможенного и налогового управления) с сотрудниками пограничных и правоохранительных органов из Департамент гражданства и иммиграции Канады (CIC) и Канадское агентство по надзору за пищевыми продуктами (CFIA).
Агентство было основано 12 декабря 2003 года (в тот же день, когда Пол Мартин стал премьер-министром Канады) приказом о присоединении канадской таможни к пограничным и правоохранительным агентам из Департамента гражданства и иммиграции Канады (CIC) и Канадское агентство по надзору за пищевыми продуктами (CFIA).