Макферсон покинул Килмарнок в 2001 году, чтобы присоединиться к Dunfermline Athletic на два сезона, прежде чем перейти в Сент-Миррен в качестве игрока / помощника менеджера в 2003 году.
Он играл за Dunfermline Athletic в течение двух сезонов, прежде чем перейти в Сент-Миррен в качестве игрока - помощника тренера в 2003 году.