В конце войны Хонеккер возобновил деятельность в партии под руководством Вальтера Ульбрихта и в 1946 году стал одним из первых членов Социалистической единой партии Германии (Sozialistische Einheitspartei Deutschlands, SED), которая была образована в результате слияния. КПГ и Социал-демократической партии (СДПГ) в советской оккупационной зоне Германии.
В конце войны Хонеккер снова начал работать на коммунистическую партию под руководством Вальтера Ульбрихта. В 1946 году он стал одним из первых членов новой Социалистической единой партии Германии (Sozialistische Einheitspartei Deutschlands, SED), состоящей из старой КПГ и социал-демократов Восточной Германии.