9 сентября 1839 года HMS Beagle вошла в гавань Дарвина во время обследования местности. Джон Клементс Уикхем назвал регион «Порт Дарвин» в честь их бывшего товарища по плаванию Чарльза Дарвина, который плавал с ними в предыдущем рейсе корабля, который закончился в октябре 1836 года.
Член экипажа корабля, открывшего здесь порт в 1839 году, назвал его Порт Дарвин в честь Дарвина, который плавал на том же корабле ранее.