Уорнер начал сезон 2004 года в качестве стартового квотербека, выиграв пять из своих первых семи игр, но после нескольких плохих выступлений и серии поражений из двух игр новичок-квотербек Эли Мэннинг получил стартовую работу.
Он выиграл пять из своих первых семи игр, но после неудачной двухматчевой проигрышной серии защитник-новичок Эли Мэннинг стал основным защитником.