Причины трансгендеризма менее ясны; это было предметом множества спекуляций, но ни одна психологическая теория никогда не была доказана применимой даже к значительному меньшинству трансгендеров, а теории, которые предполагают половое различие в мозге, относительно новы и их трудно доказать, потому что на данный момент они требуют деструктивного анализа внутренних структур мозга, которые довольно малы.
Но у трансгендеров они могут быть разными.