В New Super Mario Bros. доступно шесть бонусов; игра позволяет игроку сохранять дополнительное усиление, когда он уже использует его, функция, перенесенная из Super Mario World. Возвращение трех бонусов от Super Mario Bros.: Супер-гриб заставляет Марио расти в размерах, Огненный Цветок позволяет Марио бросать огненные шары, а Звездный Человек временно делает Марио непобедимым.
До и после уровня Марио находится на карте мира, которая в последний раз использовалась в Super Mario World.