Мисо использовалось в качестве военного снаряжения в эпоху Сэнгоку, и приготовление мисо было важной экономической деятельностью даймё того времени.
В период сэнгоку мисо использовалось для консервирования. Вид мисо, комэ-мисо готовится из риса и бобов.