Он женился на инфанте Изабелле, сводной сестре и наследнице Генриха IV Кастильского, 19 октября 1469 года в Вальядолиде.
Ранее в том же году Фердинанд завоевал южную половину Королевства Наварра, которым правил французский дворянин, и присоединил ее к Испании.