Разрушив шахту Космических Пиратов и собрав двенадцать Артефактов Чозо, которые открывают доступ к запечатанному кратеру от удара, она противостоит и, по-видимому, уничтожает Метроид Прайм, Метроид, который питался Фазоновым Ядром метеора, увеличиваясь в размерах и силе.
Самус убивает материнский мозг и убегает от Зебеса прямо перед тем, как он взорвется.