Молекула может состоять из атомов одного химического элемента, как в случае кислорода (O2), или из различных элементов, как в случае воды (H2O). Атомы и комплексы, связанные нековалентными связями, такими как водородные или ионные связи, обычно не считаются одиночными молекулами.
Например, атомы кислорода всегда имеют две связи с другими атомами, атомы углерода всегда имеют четыре связи с другими атомами, а атомы азота всегда имеют три связи с другими атомами.