Хотя ДНК расположена в виде двух антипараллельных цепей в двойной спирали, для транскрипции используется только одна из двух цепей ДНК, называемая цепочкой-матрицей. Это связано с тем, что РНК только одноцепочечная, в отличие от двухцепочечной ДНК.
Как и при репликации ДНК, транскрибируется только одна из двух цепей ДНК.