Кота-Кинабалу назван в честь горы Кинабалу, расположенной примерно в 50 километрах к востоку-северо-востоку от города.
Кота-Кинабалу назван в честь горы Кинабалу, расположенной примерно в 90 километрах к востоку-северо-востоку от города.