Между 1460 и 1864 годами Фленсбург был вторым по величине портом в Королевстве Дания после Копенгагена, но после Второй Шлезвигской войны в 1864 году перешел к Королевству Пруссия.
Между 1460 и 1864 годами Фленсбург был второй по значимости гаванью Дании после Копенгагена.