Spirit Tracks продолжает свой стиль игры из The Legend of Zelda: Phantom Hourglass, в котором игроки используют стилус, чтобы управлять Линком и использовать его ассортимент оружия, предметов и транспортных средств, хотя и с некоторыми настройками игрового процесса.
Spirit Tracks сохраняет свой стиль игры из The Legend of Zelda: Phantom Hourglass, в котором игроки используют стилус, чтобы управлять Линком и использовать его оружие, предметы и транспортное средство.