Самус соглашается помочь, восстановив планетарную энергию Эфира («Свет Эфира») из Темного Эфира и тем самым положив конец Темному Эфиру и Инг; однако Самус снова встречает Метроида Прайм (Темная Самус), сильно мутировавшего существа, которое скопировало генетический код Самус и украло ее костюм Фазона в конце ее приключения в Таллоне IV, теперь уже в облике Темной Самус.
Самус идет на космическую станцию BSL и обнаруживает, что находящиеся там ученые были убиты вирусом, и Самус должна исследовать корабль, избегая при этом своего старого костюма, который X-вирус взял под контроль, и называется SA-X.