Ручей впадает в Бонита-Крик на левом берегу, всего в нескольких сотнях ярдов вверх по течению, где впадает в залив Аппер-Ньюпорт, который в конечном итоге впадает в Тихий океан.
Сан-Диего-Крик впадает в Верхний Ньюпорт-Бей, ответвление Ньюпорт-Бей и, наконец, в Тихий океан.