Это началось в 1859 году, когда город Манила передал контроль над муниципальным муниципалитетом Манилы в Интрамуросе, Манила, иезуитам.
Создание университета началось в 1859 году, когда город Манила передал муниципальную школу Эскуэла, государственную начальную школу в Интрамуросе, испанским иезуитам.