В перерыве он пользовался покровительством Фердинандо Медичи, для частного театра которого недалеко от Флоренции он сочинял оперы, и кардинала Оттобони, который сделал его своим маэстро ди капелла и обеспечил ему аналогичную должность в базилике Санта-Мария-Маджоре в Рим 1703 года.
В 1702 году Скарлатти покинул Неаполь и отправился во Флоренцию, где написал оперы для Фердинандо Медичи и кардинала Оттобони, сделавшего его своим маэстро ди капелла. В 1703 году он также получил аналогичную работу в Риме в базилике Санта-Мария-Маджоре.