Два вида Pteranodon традиционно признаны действительными: Pteranodon longiceps, типовой вид, и Pteranodon sternbergi.
У птеранодона был большой гребень на затылке. У Pteranodon longiceps был прямой гребень, уходящий назад, а у Pteranodon sternbergi был более крупный и плоский гребень, уходящий вверх.