У реки Миссури есть сотни притоков, большинство из которых попадают в нее по мере приближения реки к устью. Самыми крупными по разгрузке являются реки Йеллоустон, Осейдж, Канзас и Платт.
У Миссури много важных притоков, в том числе река Йеллоустон, река Платт и река Канзас.