Кроме того, гомеодомены отдельных Hox-белков обычно обнаруживают большее сходство с гомеодоменами у других видов, чем с белками, кодируемыми соседними генами в их собственном Hox-кластере.
Кроме того, гомеодомены индивидуальных Hox-белков подобны у многих видов.