После очистки трех планет от Фазона (включая родной мир Космических пиратов) Федерация обнаруживает источник Фазона, планету Фазон, которая полностью состоит из Фазона.
Самус заражена одним из них и почти убита, но кто-то дает ей инъекцию ДНК Metroid, которая убивает вирус X, но также делает ее невосприимчивой к их убийству.