Пирна расположена недалеко от Песчаниковых гор в долине Эльбы, где близлежащие реки Везениц на севере и Готтлеуба на юге впадают в Эльбу.
Пирна расположена в начале Эльбталкесселя, где в Эльбе протекают Везениц и Готтлеуба.