По ходу игры Самус работает, чтобы не дать Фазону распространиться с планеты на планету, медленно разрушаясь самим Фазоном.
Месяц спустя Самус узнает, что атаки Фазона Темной Самус (в нашем мире вроде яда, но хуже) осквернили ее. Она (вместе с остальными охотниками за головами) оснащена устройством улучшения фазона (PED), которое позволяет ей использовать внутри себя фазон.