Как обычно в шутерах от первого лица, Nukem сталкивается с большим количеством меньших врагов и небольшим количеством врагов-боссов (обычно в конце глав).
Подобно многим шутерам от первого лица, Nukem встречает большое количество более слабых врагов и небольшое количество врагов-боссов (чрезвычайно сильных).