Duke Nukem 3D рассказывает о приключениях титулованного мачо Duke Nukem (озвучивает Джон Сент-Джон), который отбивает вторжение инопланетян на Землю.
Duke Nukem 3D основан на главном герое из платформеров Duke Nukem и Duke Nukem II, которые также были опубликованы Apogee. Персонаж озвучивает Джон Сент-Джон.