Дженнифер Энистон родилась в Шерман-Оукс, Лос-Анджелес, Калифорния, в семье актеров Джона Энистона и Нэнси Доу. Энистон имеет греческое происхождение по отцовской линии и шотландское и итальянское происхождение по материнской линии.
Она дочь греческого актера Джона Энистона.