В апреле 1883 года Уилсон подал заявление в Университет Джона Хопкинса, чтобы получить степень доктора истории и политических наук, и осенью начал там свое обучение.
В 1885 году он защитил докторскую диссертацию в Университете Джона Хопкинса в Балтиморе.