Игра является продолжением Sonic the Hedgehog 2 и следует непосредственно за концом игры, в котором Соник победил своего врага, доктора Роботника; При аварийной посадке на плавучий остров, Соник встречает нового персонажа Ехидну Наклза и должен снова получить Изумруды Хаоса, одновременно работая, чтобы помешать доктору Роботнику перезапустить его корабль, Яйцо Смерти.
Вы можете играть за Sonic the Hedgehog или Miles `Tails 'Prower, или за обоих (Тейлз следует за Соником и делает то же, что и Соник, если вы играете таким образом). Доктора Эггмана называют доктором Роботником в версии игры для Северной Америки и Европы.