Водоросли составляют парафилетическую и полифилетическую группу, поскольку они не включают всех потомков последнего универсального предка и не все они происходят от общего предка водорослей, хотя их пластиды, похоже, имеют одно происхождение. Диатомовые водоросли также являются примерами водорослей.
Однако водоросли определенно не являются монофилетической группой, поскольку не все они происходят от общего предка водорослей.