Название Aphex происходит от Aphex Systems Limited, бренда оборудования для обработки аудиосигналов (само производное от «аналоговых эффектов»).
Его имя представляет собой комбинацию Aphex Systems Limited, бренда оборудования для обработки аудиосигналов, и слова Twin в память о его брате-близнеце.