Фердинанд родился в Сос-дель-Рей Католико Арагон и был сыном Иоанна II Арагонского (чья семья была кадетской ветвью Дома Трастамара) от его второй жены, Хуаны Энрикес.
В этот момент, чтобы укрепить свои претензии на королевство, Фердинанд повторно женился на гораздо более молодой Жермен из Фуа (1490-1538), внучке королевы Леонор Наваррской.