Франциск II, который всегда был болезненным ребенком, умер 5 декабря 1560 года в Орлеане, Луаре, в возрасте шестнадцати лет, когда ушная инфекция обострилась и вызвала абсцесс в его мозгу.
Франциск умер в Орлеане, Франция, 5 декабря 1560 года из-за ушной инфекции.