Песок и почва также содержат бактерии E. coli, и некоторые штаммы E. coli стали естественными.
E. coli обычно растет в почве и в толстом кишечнике многих млекопитающих, включая человека. Большинство штаммов кишечной палочки не вызывают болезней, а помогают животным получать витамины и переваривать пищу.