В 1840 году школы «Сан-Карлос» и «Сан-Фернандо» принимает Университет Сан-Маркос.
Сан-Маркос и колледжи Сан-Карлос и Сан-Фернандо (после включения в состав университета) находились под наблюдением вице-короля.