В декабре 2006 года Джонатан был выбран кандидатом в президенты от правящей партии НДП на выборах в апреле 2007 года в качестве напарника Умару Яр `Адуа.
В декабре 2006 года Джонатан был выбран кандидатом в президенты НДП на выборах в апреле 2007 года кандидатом на пост президента Умару Яр `Адуа.