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Veuillez expliquer ce qu'est "Alphafold 2"
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Alphafold est un programme d'intelligence artificielle (AI) développé par DeepMind, une filiale d'Alphabet, qui effectue des prédictions de la structure des protéines.Le programme est conçu comme un système d'apprentissage en profondeur.
Le logiciel Alphafold AI a eu deux versions majeures.Une équipe de chercheurs qui a utilisé Alphafold 1 (2018) s'est classé premier dans le classement global de la 13e évaluation critique de la prédiction de la structure (CASP) en décembre 2018. Le programme a particulièrement réussi à prédire la structure la plus précise pour les objectifs évalués comme le plus difficilepar les organisateurs de la compétition, où aucune structure de modèle existante n'était disponible auprès de protéines avec une séquence partiellement similaire.
Une équipe qui a utilisé Alphafold 2 (2020) a répété le placement dans la compétition CASP en novembre 2020. L'équipe a atteint un niveau de précision beaucoup plus élevé que tout autre groupe.Il a obtenu un score supérieur à 90 pour environ les deux tiers des protéines dans le test de distance global de CASP (GDT), un test qui mesure le degré auquel un programme de calcul a prédit la structure est similaire à la structure déterminée par l'expérience en laboratoire, 100 étant une correspondance complète,Dans la limite de distance utilisée pour calculer le GDT.
Les résultats d'Alphafold 2 au CASP ont été décrits comme «étonnants» et «transformationnels».Certains chercheurs ont noté que la précision n'est pas suffisamment élevée pour un tiers de ses prédictions, et qu'elle ne révèle pas le mécanisme ou les règles de repliement des protéines pour que le problème du repliement des protéines soit considéré comme résolu.Néanmoins, il y a eu un respect généralisé pour la réussite technique.
Le 15 juillet 2021, le document Alphafold 2 a été publié dans Nature comme publication d'accès avancé aux côtés de logiciels open source et une base de données consultable des protéomes d'espèces. [10] [11] [12]