agüera perteneció al corregimiento de las merindades de castilla la vieja uno de los  partidos que formaban la intendencia de burgos desde  tal y como se recoge en el censo de floridablanca de  a partir de  agüera pasa a formar parte del ayuntamiento constitucional de merindad de montija en el partido de villarcayo perteneciente a la región de castilla la vieja