موسوی اردبیلی در  آبان  همراه با یکی از همشهریانش که همزمان در قم طلبه بود به طرف نجف در عراق حرکت کردند و از طریق اروندرود و با قایق به عراق رفتند در نجف وی همراه با همسفرشان به مدرسه «سید» رفتند و حدوداً دو سال در نجف اقامت داشت بعد از مدتی جوّ سیاسی عراق به هم ریخت و هم‌زمان نامه‌ای نیز حاکی از بیماری پدرش به دست وی رسید مجموع این رویدادها باعث شد که وی به همراه دو تن دیگر از دوستانش به قم بازگردد نخست تصورش بر این بود که دوباره به نجف برای ادامه تحصیل باز خواهد گشت؛ اما این‌گونه نشد وی در قم فعالیت خود را در حوزهٔ علمیهٔ قم ادامه داد و حتی در انتشار مجله‌ای در قم به نام «مکتب اسلام» نیز سهیم بود