a partir de  foi realizada uma grande reforma ordenada por d joão iii que modificou grandemente o edifício a fachada foi demolida e uma nova foi construída no século seguinte em  foi realizado o retábulo da capela-mor da igreja em estilo maneirista pelo pintor simão rodrigues também no século xvii foi destruído a hospício para a reforma das fortificações de elvas no século xviii o interior foi muito alterado com a colocação de novos altares e azulejos lisboetas nas paredes laterais ilustrando a vida de são domingos a cobertura das naves e as bases e capitéis das colunas da igreja também foram modificadas no século xviii