يعيش في يلوستون ثمانية عشر نوعًا من الأسماك من ضمنها المجموعة الأساسية لسمك السلمون المرقط السفاح في يلوستون وهي سمكة يرغب بها الصيادون إلى حد كبير واجه سمك السلمون المرقط السفاح في يلوستون عدد من المخاطر منذ الثمانينات من ضمنها الإدخال غير الشرعي المشبوه فيه في بحيرة يلوستون بحيرة سمك السلمون المرقط وهو نوع اجتياحي يلتهم سمك السلمون المرقط السفاح الأصغر حجماً فعلى الرغم من أن إنشاء بحيرة سمك السلمون المرقط في بحيرات شوشن ولويس في مجاري نهر سنيك قد تم من عمليات الحكومة الأمريكية لتغذية الرصيد السمكي في عام م إلا أنه لم يتم إدخالها رسمياً في مجاري نهر يلوستون كما واجه سمك السلمون المرقط السفاح الجفاف المستمر وعاني من الإدخال العرضي لطفيلي – مرض الدوران – الذي يتسبب في مرض الجهاز العصبي الطرفي في الأسماك الأصغر سناً منذ عام م خضعت كل الأسماك في لعبة صيد السمك المحلية التي تم صيدها في المجاري المائية ليلوستون لنظام الصيد والإطلاق يلوستون هو أيضاً موطن لستة أنواع من الزواحف كالسلحفاة المزركشة والأفعى الجرسية وأربعة أنواع من البرمائيات من ضمنها ضفدع الجوقة الشمالي