ต่อมาเพื่อนร่วมรุ่นมาชวนปูตินไปทำงานในทำเนียบประธานาธิบดีเยลซินในกรุงมอสโก จึงได้รับแต่งตั้งเป็นนายกรัฐมนตรีสมัยบอริส เยลต์ซิน เป็นประธานาธิบดี ต่อมาเยลต์ซินได้ลาออกแล้วให้ปูตินมารักษาการณ์แทน แล้วปูตินก็ได้สมัครรับเลือกตั้งประธานาธิบดี และได้รับเลือกตั้งเป็นประธานาธิบดีคนที่  ของรัสเซีย เพราะบอริส เยลต์ซินเป็นคนแนะนำ ดำรงตำแหน่งตั้งแต่ในวันที่  มีนาคม 