originalmente navotas era una parte contigua a malabón quedando ambas localidades separadas por una corriente de agua las turbulentas aguas de la bahía de manila fueron erosionando la débil franja de tierra entre la ciudad y el distrito de tondo de modo que el agua de mar continuaron fluyendo a través de esta abertura especialmente durante la marea alta hasta formar con el tiempo un canal de agua conocido como el río de navotas este fenómeno natural puede ser el origen del nombre de nabutas que con el tiempo se convirtió progresivamente en navotas que significa literalmente atravesado