او در اردبیل فعالیت‌های سیاسی نیز انجام داد؛ در زمان جنگ شش روزه اعراب و اسراییل بود که در آن زمان حکومت ایران از اسراییل حمایت و بر ضد اعراب خبر منتشر می‌کرد که موسوی اردبیلی در منبرهای خود به حمایت از اعراب سخنرانی کرد و باعث شد که حکومت تصمیم به دستگیری وی بگیرد هرچند به خاطر اعتصاب بقیهٔ روحانیون از این کار منصرف شده به تذکر اکتفا کرد