बार-बार होने वाला बैक्टीरिया जनित मस्तिष्क ज्वर संरचनात्मक दोषों के बने रहने से होता है जो कि या तो जन्मजात या अर्जित या प्रतिरक्षा तंत्र के विकारों के कारण होते हैं।शारीरिक दोष बाहरी वातावरण और स्नायु तंत्र के बीच निरंतरता को बनाते हैं। बार-बार होने वाले मस्तिष्क ज्वर का सबसे आम कारण खोपड़ी का फ्रैक्चर है विशेष रूप से वे फ्रैक्चर जो खोपड़ी के आधार को प्रभावित करते हैं या उनका विस्तार साइनस और पेट्रस पिरामिडकी ओर होता है। बार-बार होने वाले मस्तिष्क ज्वर का लगभग  ऐसी शारीरिक असमान्यताओं के कारण  प्रतिरक्षण कमजोरियों जैसे पूरक कमियां जो बार-बार होने वाले मैनिंगोकॉकल मस्तिष्क ज्वर की प्रवृत्ति रखती हैं के कारण और  मस्तिष्क आवरण से जुड़े क्षेत्रों में होने वाले संक्रमणों को कारण होता है।