transportasi udara di kota tarakan melalui bandar udara internasional juwata yang melayani penerbangan dari maskapai penerbangan domestik maupun international rute domestik meliputi antara lain dari tarakan langsung menuju kota  balikpapan surabaya jakarta tanjung selor nunukan berau malinau long bawan long apung maskapai penerbangan yang melayani antara lain  lion air batavia air sriwijaya air garuda indonesiakalstar susi air batik air maf sedangkan rute international baru saja diresmikan pada awal tahun  dengan rute tarakan - tawau malaysia pulang pergi dengan dilayani maskapai penerbangan maswings dari malaysia