durante la segunda guerra mundial sutton siguió jugando fútbol pero en una escala mucho más pequeña la liga ateniense había sido suspendida y organizado también lo eran raros y esporádicos pero sutton había ganado varios honores esto los puso en una buena posición para ganar la liga otra vez cuando la guerra llegó a su fin con la ayuda de  goles de charlie vaughan sutton se escapó con la temporada - esta fue también la primera vez que el club ganó la surrey senior cup y conseguí a través de la fa cup pasar a la primera ronda