在達爾文研究物種演化時，物種行為的無情性引伸出的社會意義，經常被非國教論者及無神論者視作攻擊英國國教會的理論的手段。達爾文更認為宗教信仰其實是生物族群的生存策略，雖然此時他仍然相信神是最終的自然法則制定者。在年，他的女兒安尼逝世後，達爾文的信仰漸減，並傾向懷疑主義。這時雖然他仍繼續協助進行一些教會事務，但已經不會在星期日上教會。他傾向相信痛苦是自然法則，多於神的試練。當他被問及他的宗教取向時，他指出他從來不是無神論，但不可知論是對他的心思更準確的描述。達爾文在自傳裡亦曾表示，福音書的真確性存疑，他也沒有充足證據相信基督教是神的教義。