отдельные представители вузовского и академического сообщества высказывали мнение о низкой эффективности программы обвиняя отбирающих заявки экспертов в предвзятости и ангажированности  в свою очередь сторонники программы отмечают что привлекают в качестве экспертов представителей академии наук минпрома росатома и других авторитетных ведомств и высказывают мнение что участники конкурса должны проявлять больше внимания при подготовке заявок в числе сторонников программы — представители вузовской науки