มูลนิธิมหามกุฏราชวิทยาลัยได้มีบทบาทสำคัญในช่วงที่อาจารย์ สุชีพ ปุญญานุภาพพยายามก่อตั้งมหาวิทยาลัยสงฆ์จนเป็นผลสำเร็จ โดยมูลนิธิมหามกุฏราชวิทยาลัยได้เป็นแหล่งเงินทุนสำคัญในการช่วยให้มหาวิทยาลัย มหามกุฏราชวิทยาลัยดำเนินการไปได้ โดยเฉพาะในช่วงแรกๆ ซึ่งเป็นช่วงที่ รัฐบาลปฏิเสธไม่ยอมอุปถัมภ์มหาวิทยาลัยสงฆ์เพราะเห็นว่าเป็นมหาวิทยาลัยเถื่อน มูลนิธิมหามกุฏราชวิทยาลัย ยังให้ทุนแก่นักศึกษาที่มีผลการเรียนดีอีกด้วย