موسوی اردبیلی در اعتراض‌ها به نتایج انتخابات ریاست جمهوری  در بیانیه‌های خود از الزام برای رسیدگی به حقوق تضییع‌شدهٔ مردم سخن گفت که این بیانیه‌ها با اعتراض شدید حامیان سید علی خامنه‌ای نظیر حسین شریعتمداری و جعفر شجونی مواجه شد موسوی اردبیلی همچنین پس از اعتراض‌ها به نتایج انتخابات ریاست‌جمهوری  با خانواده‌های بازداشت‌شدگان پس از انتخابات دیدارهایی کرد و بارها به این بازداشت‌ها اعتراض کرداحمد قدیریان در مصاحبه‌ای ادعا کرد در دیداری که بین موسوی اردبیلی و سید علی خامنه‌ای برگزار شد موسوی با اذعان به دریافت اطلاعات غلط بر همراهی با سید علی خامنه‌ای تأکید کرد