在他們回到nerv後，葛城美里起初對於加持良治的態度並不好。然而後來他們舊情復燃，葛城美里也承認她離開加持良治是因為他會讓她想起她的父親（然而在漫畫中，她離開加持良治是因為她感覺到：加持良治僅僅是喜歡與她發生性關係，不是真正的愛她）。在加持良治告知她nerv的秘密後，她開始設法得知碇源堂真正的企圖。在加持良治被謀殺之後，葛城美里才明白到她對於他產生真正的感情。然而在這之後，她更加積極去尋求人類補完計畫的真相。