लंबर पंचर और csf विश्लेषण के परिणाम ज्ञात होने के पहले ही एम्पिरिक एंटीबायोटिक्स निश्चित निदान के बिना उपचार तत्काल शुरु कर दी जानी चाहिये। आरंभिक उपचार का चुनाव मुख्य रूप से उस बैक्टीरिया के प्रकार पर निर्भर करता है जो किसी स्थान विशेष या जनसंख्या में मस्तिष्क ज्वर पैदा कर सकता है। उदाहरण के लिये यूनाइटेड किंगडम में एम्पिरिकल उपचार में सेफोटाक्साइम या सेफ्ट्रियाक्सोन जैसे तीसरी पीढ़ी के सेफालोस्पोरिन का उपयोग होता है। अमरीका में स्टेप्टोकॉकि में सेफालोस्पोरिन के प्रति अधिक प्रतिरोध मिलने लगा है इसलिये आरंभिक उपचार में वैन्कोमाइसिन का संयोजन अनुशंसित किया जाता है। हलांकि अकेले या संयोजन में क्लोरैम्फेनिकॉल बराबरी से काम करता है।