los noughties tempranos eran tiempos tranquilos para sutton aunque el club es notable como el primer rival de la historia de afc wimbledon derrotando a los dons - en un amistoso de pretemporada en julio de  frente a  en el distrito sports ground sutton ganó el surrey superior copa en  y la temporada siguiente vio el equipo comenzó bien y recuperarse de una mala racha durante el invierno para terminar segundo