بعد ثلاث سنوات قرر برجوليو الولوج في السلك الكنسي وله من العمر  عامًا فانضمّ إلى الرهبنة اليسوعية في  مارس  ودرس العلوم الإنسانية واللاهوتية في سانتياغو في تشيلي وأشهر نذوره الرهبانية في  مارس  ليغدو بذلك عضوًا رسميًا عاملاً في الرهبنة بعد إنهاء دراساته الأولى في تشيلي عاد إلى الأرجنتين ليتابع دراساته في الفلسفة واللاهوت في المعهد الإكليركي في ديفيتو فيلا ثم في جامعة سان ماكسيمو دي مغيل والتي حصل منها على البكالوريوس وتابع دراساته في الأدب وعلم النفس بين عامي  -  في جامعة ديلا أنماكيولادا في سانتا في وتخرج منها