年（昭和年）月から病に倒れたホフマンの代わりとして学長代理を執務していたが、同年月日にホフマンが死去したため、同年月日、第代上智大学学長に就任する。夏期休暇中であったため、就任式は新学期が開始された月日に行われた。年（昭和年）月日に第次近衛内閣が組閣されると基本国策要綱が閣議決定され、日本は新体制となり、太平洋戦争への突入は必至という状勢になった。同年月初旬、これらの世情を考慮し、ホイヴェルスは上智大学総長を辞任する意向を示し、同年月日には後任の土橋八千太が総長に就任した。