موسوی اردبیلی در اسفند  با حکم آیت‌الله خمینی به سمت دادستان کل کشور منصوب شد و تنها یک روز پس از انفجار دفتر حزب جمهوری در هفتم تیرماه سال  و مرگ آقای بهشتی در این حادثه سید روح‌الله خمینی در حکمی جدید وی را به جای سید محمد بهشتی به ریاست دیوانعالی کشور منصوب کرد موسوی‌اردبیلی پس از آن و تا زمان مرگ سید روح‌الله خمینی در همین سمت باقی ماند و وظیفه تدوین قوانین کیفری جزائی و حقوقی دادگستری و انطباق آن‌ها با موازین شرع و فقه اسلامی را داشت موسوی اردبیلی همچون دولت میرحسین موسوی و اکثریت مجلس در دههٔ  وابسته به جناح چپ بود