اختير برجوليو بمنصب الرئيس الإقليمي للرهبنة اليسوعية في الأرجنتين بدءًا من  أبريل  واستمرّ في شغل المنصب حتى  في نهاية ولايته خلال رئاسته الرهبنة الإقليمية علّم البابا وحاضر في عدد من المحافظات الأرجنتينية وبعد نهاية ولايته عاد إلى التدريس في جامعة سان ميغل وغدا عميد المعهد اللاهوتي في سان ميغيل وعمل في هذا المنصب حتى عام  حين انتقل إلى فرانكفورت في ألمانيا للإشراف على أطروحة الدكتوراه فيها بطلب من الرهبنة اليسوعية وحين عودته عيّن المدير والمعرّف الروحي في جامعة مدينة قرطبة الأرجنتينية في حين ساهمت فترة دراسته في ألمانيا على تقوية العمل الرعوي لديه وكذلك الروحانية المريمية