a igreja bizantina estava definitivamente em ruínas quando os cruzados ocuparam nablus em agosto de  no início do século xii peregrinos mencionaram o poço sem mencionar uma igreja há relatos do século xii mencionando uma igreja recém-construída junto ao poço de jacó o primeiro relato definitivo vem de teodorico que escreve "o poço  é meia milha de distância da cidade [nablus] ela se encontra em frente ao altar na igreja construída sobre ele em que as freiras se dedicam para o serviço de deus este poço é chamado a fonte de jacó" nesta época de cruzadas a igreja foi construído em  provavelmente devido ao apoio da rainha melisende que foi exilada em nablus em  onde viveu até sua morte em  esta igreja parece ter sido destruída após a vitória de saladino sobre os cruzados na batalha de hittin em 