균류의 생태는 취급하기 어려운 분야이다 균류는 배양을 하고 처음으로 관찰할 수 있는 경우가 많아 야외에서의 존재와 활동을 파악하는 것이 어렵기 때문이다 그러나 그 자연계의 역할의 중요성은 분명하다 일반적으로 균류는 많은 미생물과 함께 분해되는데 자연계의 생물 사체와 배설물의 분해를 수행하는 역할을 하는 것으로 보인다 세부 사항을 보면 특히 식물 사체의 주성분인 리그닌과 셀룰로오스의 분해에 관해서는 균류의 작용이 큰 것으로 생각된다 그 점에서는 생태계의 탄소 순환에서의 역할은 중요하다 또한 균류는 다른 생물과의 공생 관계를 맺는 것이 많다 이끼는 조류와 균류의 밀접한 공생에 의해 본보기로서의 독립 생물이 되고 있다 또한 균근은 일부 고등 식물과 균류 만의 특수한 관계로 간주했지만 va 균근 연구의 발전으로 대부분의 지상 식물에서 발견된다는 점과 다양한 비료 성분의 운반에도 관련이 되고 있어 그 방면의 실제에 대한 연구도 진행되고 있다