伪膜性结肠炎与缺血性结肠炎（ischemic colitis）的发生均涉及血流与组织中氧合作用受阻，血管内皮因缺血而受损伤。因此，两者在内镜与组织学上有相似之处，甚至重叠表现。两者的组织学类型的不同点主要在于损伤程度与病因不同而已。在缺血早期，组织学与内镜表现相同，但内镜下见到弥漫分布的点状伪膜时则倾向于难辨（育）梭状芽胞杆菌感染。在恢复期，组织学改变很轻微。活检标本可能仅见到个别的扩张隐窝，其内衬有细长的变性或再生上皮细胞，隐窝腔内含有少数中性白细胞。