رابطهٔ سید محمد عزالدین زنجانی با روح‌الله خمینی نزدیک و صمیمی بود خمینی توجه خاصی به این شاگرد خود داشتند زنجانی تعریف می‌کرد که یک بار سخت بیمار بوده و ظاهراً حصبه گرفته بوده پزشکان اما اشتباه تشخیص داده بودند و داروی اشتباه تجویز کرده بودند بیماری آن‌قدر شدید شده بود که وی نمی‌توانسته از حجره پا بیرون بگذارد روح‌الله خمینی در درس اسفار متوجه غیبت شاگرد خود شدند و از حاضران سراغش را گرفتند دوستانش گفته بودند که کسالت دارد فردای آن روز روح‌الله خمینی برای عیادت از این شاگردشان به حجرهٔ او رفتند