คดีในคินดะอิจิ กับคดีฆาตกรรมปริศนา ส่วนใหญ่ดำเนินเรื่องตามรอยวรรณกรรมตระกูลรหัสคดีประเภท whodunnit ใครเป็นคนทำ puzzle ปริศนา และ cozy รหัสคดีบุ๋น กล่าวคือ มีการฆาตกรรม มีปริศนาระหว่างผู้เขียนและผู้อ่าน และมักเกี่ยวพันกับเรื่องราวเหนือธรรมชาติ ส่วนมาเดินตามขนบนิยายของ อกาธา คริสตี้ กัสตง เลอรู เอส เอส แวนไดน์ และจอห์น ดิกสัน คารร์ มีการใช้อุบายแบบ locked room murder ฆาตกรรมในห้องปิดตาย อยู่บ่อยครั้ง ในขณะที่ฆาตกรในเรื่องก่อการฆาตกรรมอย่างเลือดเย็นและเหี้ยมโหด มักพบว่าสาเหตุเบื้องหลังการฆาตกรรมบ่อยครั้งเกิดจากการสูญเสียอย่างร้ายกาจที่เกิดกับฆาตกร ที่หลายครั้งทำให้ผู้อ่านสะเทือนใจไปกับฆาตกรมากกว่าผู้ถูกฆาตกรรมเสียอีก ด้วยความยอดเยี่ยมของโครงเรื่อง ทำให้นักวิจารณ์ส่วนใหญ่ ถือว่า คินดะอิจิ กับคดีฆาตกรรมปริศนา เป็นการ์ตูนแนวสืบสวนที่ดีที่สุดในญี่ปุ่น และ ในโลกปัจจุบัน[ต้องการอ้างอิง]