في عام  اختاره البابا يوحنا بولس الثاني ليكون أسقفًا مساعدًا لرئيس أساقفة بيونس آيرس الكاردينال أنطونيو كاراكينو في  يونيو  عيّن برجوليو القائم بالأعمال الفعلي لأبرشية بيونس آيرس مع حق الخلافة التلقائية بعد تقدم رئيس أساقفتها في السن وتعثر صحته وسرعان ما توفي في  فبراير  ما فسح في المجال أمام برجوليو ليغدو خليفته في رئاسة أساقفة المدينة بعد شغور منصب رئيس الأساقفة واحتفل بتنصيبه الرسمي في  نوفمبر  وجمعت إلى مهامه مهمة الإشراف على الكنائس الكاثوليكية الشرقية وقد صدر كلا التفويضان عن البابا يوحنا بولس الثاني اشتهر الكاردينال بورجوليو بالتواضع والمنافحة عن العدالة الاجتماعية والمحافظة في شؤون العقيدة ساهم نمط حياته ككاردينال في تكريس صورته كمتواضع إذ اكتفى بالعيش في شقته الصغيرة بدلاً من مقر رئاسة الأساقفة الفخم وتخلى عن سيارة الليموزين مع سائق شخصي واكتفى بوسائل النقل العام