پس از فروپاشی شوروی ملی‌گرایی پامیری اوج گرفت و با به قدرت رسیدن «حزب لعل بدخشان» در ولایت خودمختار کوهستان بدخشان در سال  اعلام استقلال کرد هرچند مدتی بعد این اعلامیه پس گرفته شد جنگ داخلی تاجیکستان – صحنه کشتار بسیاری از پامیری‌ها بود در این جنگ پامیری‌ها عمدتاً پشتیبان اپوزیسیون متحد تاجیک بودند