การก่อสร้างบาซิลิกาอาจจะเริ่มขึ้นราว คศ  สิบเก้าปีหลังจากการเสียชีวิตของนักบุญแอนโทนีแห่งปาดัวและสร้างเสร็จในปี คศ  แม้จะยังมีการต่อเติมโครงสร้างอีกหลังจากนั้น รวมทั้งการซ่อมแซมบริเวณจรมุข ambulatory ที่พังลงมา และการสร้างฉากกางเขนใหม่ ที่ทำระหว่างปลายคริสต์ศตวรรษที่  ถึงกลางคริสต์ศตวรรษที่  ตามความประสงค์ของนักบุญแอนโทนีร่างของท่านได้รับการฝังไว้ในวัดเล็กๆ ชื่อวัดซานตามาเรียมาเตอร์โดมินิ ที่อาจจะสร้างมาตั้งแต่ปลายคริสต์ศตวรรษที่  ใกล้กับคอนแวนต์ที่ท่านก่อตั้งขึ้นในปี คศ  วัดนี้รวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของบาซิลิกาปัจจุบันเป็น “ชาเปลมาดอนนาโมรา” หรือ “ชาเปลพระแม่มารีดำ” cappella della madonna mora