मंदिर के रिकॉर्ड में यह पता चला है कि गोरखपुर गोरखनाथ मंदिर की संरचना और आकार समय की अवधि के साथ-साथ तब्दील हो गया था। वास्तव में सल्तनत और मुगल काल के शासन के दौरान इस मंदिर को नष्ट करने के लिए कई प्रयास किए गए थे i पहले यह अलाउद्दीन खिलजी जिसने  वीं सदी में गोरखनाथ मंदिर को नष्ट कर दिया और बाद में इसे  वीं सदी में भारत का इस्लामी शासक औरंगजेब ने नष्ट किया था। तथ्य यह है कि इसकी संरचना को दो बार नष्ट किया गया था इसके बावजूद भी ये जगह अभी भी अपनी पवित्रता के लिये उसके महत्व और उसके पवित्र आभा रखती है। i