وبعد هزيمته على يد نابليون في معركة الأهرام فر مراد إلى صعيد مصر شن حرب عصابات قصيرة ضد الحملة بقيادة دوزيه لمدة عام في عام  عقد مراد بك اتفاقية سلام مع جان بابتيست كليبر ووافقت عليها حامية القاهرة ولكنه توفي من الطاعون أثناء رحلته هناك