พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จพระราชดำเนินผ่านพระราชวังบางปะอิน เมื่อครั้งเสด็จฯ ประพาสพระนครศรีอยุธยา จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าให้มีการบูรณปฏิสังขรณ์พระที่นั่งขึ้นใหม่ โดยใช้เครื่องไม้สร้างพระที่นั่งขึ้นใหม่ ณ บริเวณที่ตั้งเดิมของพระที่นั่งในสมัยสมเด็จพระเจ้าปราสาททอง โดยยังคงใช้ชื่อ "พระที่นั่งไอศวรรย์ทิพยอาสน์" ดังเดิม