tarakan menyediakan pelayanan transportasi laut dengan tujuan wilayah lain di kalimantan utara dan tawau sabah malaysia pelabuhan di tarakan juga melayani transportasi laut ke jawa dan sulawesi di kota tarakan terdapat  pelabuhan utama antara lain pelabuhan tengkayu i pelabuhan tengkayu ii pelabuhan malundung dan pelabuhan juwata laut pelabuhan tengkayu i dimanfaatkan sebagai pelabuhan untuk speed boat ke wilayah lain di kalimantan utara jaraknya dari pusat kota sekitar  km pelabuhan tengkayu ii digunakan sebagai pelabuhan bongkar muat barang jarak dari pusat kota hanya  m pelabuhan malundung digunakan sebagai pelabuhan untuk kapal besar tujuan jawa sulawesi dan malaysia jaraknya dari pusat kota  km serta pelabuhan juwata laut yang baru saja dibangun digunakan sebagai pelabuhan ferry jaraknya dari pusat kota adalah  km