ในประเทศญี่ปุ่น คินดะอิจิ กับคดีฆาตกรรมปริศนาลงตีพิมพ์เป็นตอน ๆ ในนิตยสาร โชเน็นแม็กกาซีน ของสำนักพิมพ์โคดันฉะ ตั้งแต่ปีพศ  และตีพิมพ์รวมเล่มออกจำหน่ายจนถึงตอนนี้เป็นจำนวน  เล่ม แบ่งเป็นฉบับ "ไฟล์"  เล่ม  คดี ฉบับ "เคส"  เล่ม  คดี ฉบับ "ชุดแฟ้มคดีพิศวง"  เล่ม  คดี ฉบับ "ชุดสารวัตรอาเคจิ"  เล่ม  คดี และฉบับ "ชุดไฟล์ฉบับใหม่"  เล่ม  คดี "ชุดคดีฉลองครบรอบ  ปี"  เล่ม  คดี และฉบับล่าสุด "อาร์" ซึ่งในขณะนี้  เล่ม  คดี สำหรับประเทศไทยผู้ได้รับลิขสิทธิ์ในการตีพิมพ์คือสำนักพิมพ์วิบูลย์กิจ เริ่มแรกตีพิมพ์เป็นรายสัปดาห์ในนิตยสาร kc weekly ภายหลังเปลี่ยนเป็นรายสะดวก ตีพิมพ์รวมเล่มออกจำหน่ายแล้ว  เล่ม และปัจจุบันสามารถหาอ่านแบบหนังสืออิเล็กทรอนิกส์ อีบุ๊ค อย่างถูกกฎหมายผ่านเว็บไซต์ของวิบูลย์กิจ ทั้งแบบรวมเล่ม และตอนรายสัปดาห์