Fl-24 ta' Novembru 2012, l-Arċisqof Charles Scicluna kien ikkonsagrat Isqof mill-Arċisqof Emeritu Pawlu Cremona. Kien il-Papa Benedittu XVI li nnomina lil Mons. Scicluna bħala Isqof Awżiljarju ta' Malta u Isqof Titulari ta' San Leone. Il-ko-konsagranti waqt il-quddiesa tal-ordinazzjoni episkopali li saret fil-konkatidral ta' San Ġwann kienu l-mibki Arċisqof Emeritu Ġużeppi Mercieca, li kien ordnah saċerdot, u l-Isqof Mario Grech, illum kardinal. Kien l-Arċisqof Pawlu Cremona li talab lill-Papa Franġisku biex l-Arċidjoċesi ta' Malta jkollha Isqof Awżiljarju, wara l-mewt tal-Isqof Annetto Depasquale li kien ukoll Isqof Awżiljarju. Nhar it-Tnejn, 29 ta' Novembru, jaħbat l-10 anniversarju mill-mewt tal-Isqof Depasquale. Ara x'qal l-Arċisqof fit-8 anniversarju ta' meta ġie kkonsagrat Isqof: Filmat: Nitlob biex inkompli nagħti ħajti għall-poplu – L-Arċisqof Scicluna Fl-2014, wara r-riżenja ta' Mons. Pawlu Cremona minn Arċisqof, Mons. Scicluna kien innominat amministratur appostoliku tal-Arċidjoċesi ta' Malta sakemm il-Papa Franġisku jagħżel is-suċċessur tal-Arċisqof Cremona. Fis-27 ta' Frar 2015, il-Papa Franġisku ħatar lill-Mons. Charles Scicluna bħala Arċisqof ta' Malta.