Yn ôl Drug Aid Cymru, mae hynny oherwydd cryfder y cyffur a nifer y defnyddwyr sydd ddim yn wybodus i wasanaethau.
Dangosodd ffigyrau diweddar bod nifer y marwolaethau yn ymwneud â chyffuriau wedi cynyddu yn 2015, ar ôl gostwng am bum mlynedd.
Dywedodd Llywodraeth Cymru y bydden nhw'n ystyried yr opsiynau a'i fod yn "flaenoriaeth" gweld y ffigyrau'n gostwng unwaith eto.
"Mae marwolaethau yn debygol o gynyddu achos mae lot mwy o heroin o gwmpas, mae purdeb yr heroin wedi bod yn gryfach ac mae llawer mwy o bobl sydd ddim yn wybodus i wasanaethau," meddai Ifor Glyn, cyfarwyddwr rhanbarthol Drug aid Cymru.
"Doedden ni methu mynd i'r afael â nhw. Mae'n rhywbeth sydd yn rhaid i asiantaethau fel ni ar draws Cymru ddelio ag o."
Un ffordd o daclo'r broblem fyddai cael defnyddwyr i rannu gwybodaeth am eraill, meddai, neu sefydlu 'stafelloedd ble byddai modd i bobl gymryd eu cyffur yn saff.
Mae Llywodraeth Cymru yn gwario £50miliwn y flwyddyn ar wasanaethau cyffuriau, ac fe ddywedodd llefarydd eu bod yn gwneud "popeth y gallwn ni i gyrraedd yr unigolion hynny sydd ddim ar hyn o bryd mewn cysylltiad â gwasanaethau camddefnyddio sylweddau".
Mae elusen wedi rhybuddio y gallai'r nifer o bobl sydd yn marw o orddos o heroin gynyddu yn 2017.