Daw hyn ar ôl iddi ddod i'r amlwg fod y datblygwyr yn chwilio am fuddsoddwyr newydd.
Y llynedd roedd cwmni Orthios yn sôn am greu cannoedd o swyddi yng Nghaergybi, a hefyd yn y de ym Mhort Talbot.
Ond mae yna ansicrwydd oherwydd bod cytundeb gyda buddsoddwyr o China wedi mynd i'r gwellt, gan adael bwlch o £2bn.
Y gobaith yw y bydd y pwerdy yng Nghaergybi, ar hen safle Alwminiwm Môn,  yn creu hyd at 500 o swyddi.
Cafodd y safle ei brynu gan y cwmni yn 2015.
Dywedodd Dylan Williams, Pennaeth Rheoleiddio a Datblygu Economaidd Cyngor Môn, fod y cwmni yn awyddus i barhau gyda'r buddsoddiad a'r gwaith o gynhyrchu ynni.
"Yn amlwg mae'r sefyllfa ariannol wedi newid. Doedd yna ddim cytundeb ffurfiol i ariannu ond ein dealltwriaeth ni yw bod nhw'n edrych am ffynonellau gwahanol," meddai.
Mae Cyngor Môn yn dweud eu bod yn parhau'n ffyddiog y bydd cynllun i godi pwerdy biomas yno'n cael ei wireddu.