Roedd adroddiad a gafodd ei gomisiynu gan Lywodraeth Cymru yn argymell y dylid lleihau cyllideb a chyfrifoldebau Llenyddiaeth Cymru. Roedd e hefyd yn feriniadol o Gyngor Celfyddydau Cymru sy'n cyllido Llenyddiaeth Cymru.
Dywedodd cadeirydd Llenyddiaeth Cymru ei fod wedi'i "gythruddo" gan adolygiad annibynnol o'r corff a'i fod yn llawn "camgymeriadau".
Ddydd Mercher dywedodd Mr Skates ei fod wedi'i synnu gan y "datganiadau personol sydd wedi ymddangos ar lein" ac y gallai hynny danseilio ei adroddiad.
Roedd yr adroddiad, a gyhoeddwyd o dan gadeiryddiaeth yr Athro Medwin Hughes, yn nodi nad oedd gan Lleynyddiaeth Cymru "y sgiliau na'r profiad" i wario arian cyhoeddus.
Dywedodd hefyd nad oedd tystiolaeth o arweinyddiaeth gref yn Llenyddiaeth Cymru a bod eu cenhadaeth a'u bwriadau yn "afrealistig ac yn amhendant".
Wrth ymateb, cyhoeddodd Ken Skates y byddai llawer o'r cyfrifoldebau yn cael eu trosglwyddo o Llenyddiaeth Cymru i'r Cyngor Llyfrau.
Ymhlith y cyfrifoldebau hynny mae gwobr Llyfr y flwyddyn, grantiau i awduron a digwyddiadau llenyddol.
Mae Mr Skates bellach wedi ysgrifennu at Gyngor Celfyddydau Cymru a Llenyddiaeth Cymru i ddweud wrthyn nhw ei fod yn ymwybodol o'r "pryder" sydd ganddynt am elfennau o'r adroddiad.
Mae e wedi gofyn i'r Athro Medwin Hughes a'i banel i ystyried y feirniadaeth ar yr adroddiad ac i ymateb yn ystod yr haf.
Yn y llythyr, mae e'n sicrhau y sefydliadau bod "eu pryderon yn cael eu hystyried" ond mae e'n feirniadol o'u hymateb cyhoeddus.
Dywedodd: "Mae rhai ohonoch wedi canfod materion difrifol yn yr adroddiad.
"Ry'ch wedi codi'r materion yma gyda fi ac wedi cytuno y dylai'r panel adolygu ystyried y pryderon ac ymateb iddyn nhw.
"Rwy' felly wedi fy synnu bod cymaint o ddatganiadau personol wedi ymddangos ar lein yn ystod y dyddiau diwethaf a mi allai rhain gael eu gweld yn tanseilio'r broses ry'n oll wedi ymrwymo iddi.
"Dydi hyn ddim o gymorth.
"Rwy'n gobeithio bod modd i ni symud ymlaen mewn ffordd sy'n caniatáu i'r gwaith hwn ddirwyn i ben - ac wrth wneud hynny gobeithiaf y bydd modd cynnal perthynas waith gynhyrchiol nawr ac yn y dyfodol. "
Mae ysgrifennydd yr economi Ken Skates wedi dweud nad yw'r ymateb cyhoeddus gan sefydliadau celfyddydol i adolygiad beirniadol ar Llenyddiaeth Cymru wedi bod "yn help".