Chúng ta đã tìm ra những loài vẫn được coi là "vi khuẩn" trong nhiều thế hệ chúng thực tế được chia thành hai bộ phận vi sinh vật chủ yếu: những vi khuẩn thực sự và những sinh vật đơn bào cổ, loại gần với nhóm sinh vật nhân thực (nhóm con người thuộc về) hơn những vi khuẩn khác. 