Trẻ sinh mổ và trẻ sinh thường (qua ngã âm đạo) không giống nhau lắm về các nhóm vi khuẩn đầu đời. Và sau khi sinh sẽ có muôn vàn sự kiện và tình huống có thể xảy đến làm thay đổi sự phát triển của hệ vi khuẩn. Có thể kể đến như các loại thuốc được dùng điều trị cho mẹ và bé, số lượng vật nuôi và anh chị em trong nhà, cũng như mức độ vệ sinh của gia đình. Và trong trường hợp này, thật ra sẽ tốt hơn nếu nhà cửa không phải lúc nào cũng sạch bóng. 