RNA mồi và protein Cas9 kết hợp với nhau chạy dọc chiều dài đoạn gene, và khi chúng tìm được 1 vị trí mà RNA mồi kết hợp được, nó sẽ chèn vào giữa 2 mạch đơn của chuỗi xoắn kép chia đôi nó ra, kích hoạt protein Cas9 cắt, và đột nhiên, bạn có 1 tế bào hoàn toàn bị stress bởi vì bây giờ nó đang có 1 DNA bị bẻ gãy. 