Có rất nhiều cuộc tranh cãi xoay quanh vấn đề này. Các trang trại cá gây ô nhiễm mỗi trường, điều này đúng đối với đa số các trang trại, và các trang trại này cũng rất kém hiệu quả, ví dụ là các trang trại cá ngừ đi. Hàng loạt các mặt hạn chế. 