Trong trường hợp em bé phải sinh mổ, giai đoạn đầu của quá trình định cư bị thay đổi đáng kể. Thay vì hệ vi khuẩn từ âm hộ, phân và da của người mẹ, bây giờ chủ yếu chỉ có vi khuẩn từ da của mẹ vào đường ruột của trẻ sơ sinh. 