Nhưng chúng ta cũng khám phá ra rằng, khi vi khuẩn tồn tại trong những cái cây, với những gì chúng ta đã và đang tìm hiểu hệ gen của chúng, thì sự sống của vi khuẩn là hệ sinh thái tồn tại xung quanh những cái cây, nghĩa là những con vi khuẩn sống trong những hệ thống rễ đã ảnh hưởng đến đặc tính của những cái cây đó giống như chuỗi phản ứng sinh hoá trong quá trình trao đổi chất của chính những cây đó. 