Một khi những đoạn không tương đồng nhất bị bỏ đi thuật toán một lần nữa áp dụng sự biến dị và tái tổ hợp với những gì còn lại, chọn những đoạn giống hoặc phù hợp nhất, một lần nữa từ một thế hệ mới, và lặp lại cho nhiều thế hệ. 