Descendiente de una familia de origen vasco establecida en Venezuela desde fines del siglo XVI que ocupaba en la Provincia una destacada posición económica y social.

Hijo del coronel Juan Vicente Bolívar y María de la Concepción Palacios y Blanco. Tuvo tres hermanos mayores, María Antonia, Juana y Juan Vicente, además de otra niña, María del Carmen, que murió al nacer. Antes de cumplir tres años, Simón perdió a su padre, fallecido en enero de 1786.