제1조(목적)   이 법은 군사기지 및 군사시설을 보호하고 군사작전을 원활히 수행하기 위하여 필요한 사항을 규정함으로써 국가안전보장에 이바지함을 목적으로 한다.
제2조(정의)   이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. <개정 2019. 4. 23., 2022. 12. 13.> 
 
1. “군사기지”란 군사시설이 위치한 군부대의 주둔지ㆍ해군기지ㆍ항공작전기지ㆍ방공(防空)기지ㆍ군용전기통신기지, 그 밖에 군사작전을 수행하기 위한 근거지를 말한다. 
2. “군사시설”이란 전투진지, 군사목적을 위한 장애물, 폭발물 관련 시설, 사격장, 훈련장, 군용전기통신설비, 군사목적을 위한 연구시설 및 시험시설ㆍ시험장, 그 밖에 군사목적에 직접 공용(供用)되는 시설로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다. 
3. “해군기지”란 군의 해상작전의 근거지로서 다음 각 목의 것을 말한다. 
가. 군항 : 해군 주세력의 근거지 
나. 해군작전기지 : 함대별 작전근거지 
4. “항공작전기지”란 군의 항공작전의 근거지로서 다음 각 목의 것을 말한다. 
가. 전술항공작전기지 : 군의 전술항공기를 운용할 수 있는 기지 
나. 지원항공작전기지 : 군의 지원항공기를 운용할 수 있는 기지 
다. 헬기전용작전기지 : 군의 회전익항공기(回轉翼航空機)를 운용할 수 있는 기지 
라. 예비항공작전기지 : 전시ㆍ사변 또는 이에 준하는 비상시에 항공작전기지로 활용할 수 있는 비상활주로, 헬기예비작전기지 및 민간비행장 
5. “군용항공기”란 군이 사용하는 비행기ㆍ회전익항공기ㆍ비행선(飛行船)ㆍ활공기(滑空機), 그 밖의 항공기기를 말한다. 
6. “군사기지 및 군사시설 보호구역”이란 군사기지 및 군사시설을 보호하고 군사작전을 원활히 수행하기 위하여 국방부장관이 제4조 및 제5조에 따라 지정하는 구역으로서 다음 각 목의 것을 말한다. 
가. 통제보호구역 : 군사기지 및 군사시설 보호구역(이하 “보호구역”이라 한다) 중 고도의 군사활동 보장이 요구되는 군사분계선의 인접지역과 중요한 군사기지 및 군사시설의 기능보전이 요구되는 구역 
나. 제한보호구역 : 보호구역 중 군사작전의 원활한 수행을 위하여 필요한 지역과 군사기지 및 군사시설의 보호 또는 지역주민의 안전이 요구되는 구역 
7. “민간인통제선”이란 고도의 군사활동 보장이 요구되는 군사분계선의 인접지역에서 군사작전상 민간인의 출입을 통제하기 위하여 국방부장관이 제4조 및 제5조에 따라 지정하는 선을 말한다. 
8. “비행안전구역”이란 군용항공기의 이착륙에 있어서의 안전비행을 위하여 국방부장관이 제4조 및 제6조에 따라 지정하는 구역을 말한다. 
9. “대공방어협조구역”이란 대공(對空)방어작전을 보장하기 위하여 국방부장관이 제4조 및 제7조에 따라 지정하는 구역을 말한다. 
10. “착륙대(着陸帶)”란 활주로와 항공기가 활주로를 이탈하는 경우에 항공기와 탑승자의 피해를 감소시키기 위하여 활주로 주변에 설치하는 안전지대로서 별표 1에 따른 항공작전기지별 제1구역의 지표면을 말한다. 
11. “기본표면”이란 착륙대의 긴 방향 중심선의 최상부에 접하는 일직선에 중심을 둔 직사각형의 표면(수직투영면이 착륙대와 같은 표면을 말한다)을 말한다. 
12. “표면높이”란 비행안전구역 안에서의 고도제한 높이로서 별표 1에 따라 산정되는 것을 말한다. 
13. “최고장애물”이란 비행안전구역 안에서 각 구역의 표면높이를 초과하는 자연상태의 가장 높은 장애물로서 활주로를 중심으로 전ㆍ후ㆍ좌ㆍ우 지역별로 구분하여 제14호의 관할부대장이 정하는 것을 말한다. 
14. “관할부대장”이란 작전책임지역 안의 군사기지 및 군사시설을 보호ㆍ관리하거나 비행안전 또는 대공방어 등에 관한 사항을 관장하는 대통령령으로 정하는 부대의 장을 말한다. 
15. “관리부대장”이란 관할부대장의 작전책임지역 안에 주둔하고 있으나 지휘계통이 달라 당해 지역의 관할 부대와 독립하여 일정한 범위의 군사기지 및 군사시설을 보호ㆍ관리하거나 비행안전 및 대공방어 등에 관한 사항을 관장하는 대통령령으로 정하는 부대의 장을 말한다.
제3조(보호구역등의 지정 원칙)   보호구역, 민간인통제선, 비행안전구역 및 대공방어협조구역(이하 “보호구역등”이라 한다)은 군사기지 및 군사시설의 보호, 군사작전의 원활한 수행 및 군용항공기의 비행안전에 필요한 최소한의 범위 안에서 지정되어야 한다.
제4조(보호구역등의 지정권자 등)   ① 국방부장관은 합동참모의장(이하 “합참의장”이라 한다)의 건의(관계 행정기관의 장과 미리 협의한 후 관계 행정기관의 장의 의견서를 첨부하여야 한다)에 따라 보호구역등을 지정하거나 이를 변경 또는 해제할 수 있다. 
② 국방부장관은 군사기지의 용도 해제, 군사시설의 철거, 작전환경의 변화, 그 밖의 사유로 보호구역등을 유지할 필요가 없게 된 때에는 지체 없이 이를 해제하여야 한다. 
③ 제2항에도 불구하고 「주한미군 공여구역주변지역 등 지원 특별법」에 따른 반환공여구역(제5조제1항제1호가목과 같은 항 제2호가목의 보호구역에 위치한 경우와 국방ㆍ군사시설로 활용할 계획이 있는 경우를 제외한다)은 반환이 완료된 때에 보호구역의 지정이 해제된 것으로 본다. 이 경우 국방부장관은 제8조제1항에 따라 지체 없이 그 사실을 고시하여야 한다. <신설 2019. 4. 23.> 
④ 국방부장관은 제1항 및 제2항에 따라 보호구역등을 지정ㆍ변경 또는 해제하려는 때에는 제15조제1항에 따른 국방부 군사기지 및 군사시설 보호 심의위원회의 심의를 거쳐야 한다. <개정 2019. 4. 23.> 
⑤ 국방부장관은 제1항 및 제2항에 따라 보호구역등을 지정ㆍ변경 또는 해제한 때에는 이를 지체 없이 관계 행정기관의 장에게 통보하여야 한다. <개정 2019. 4. 23.>
제5조(보호구역 및 민간인통제선의 지정범위 등)   ① 보호구역의 지정범위는 다음 각 호와 같다. 
1. 통제보호구역 
가. 민간인통제선 이북(以北)지역. 다만, 통일정책의 추진에 필요한 지역, 취락지역 또는 안보관광지역 등으로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 지역은 제한보호구역으로 지정할 수 있다. 
나. 가목 외의 지역에 위치한 중요한 군사기지 및 군사시설의 최외곽경계선으로부터 300미터 범위 이내의 지역. 다만, 방공기지[대공(對空)방어임무를 수행하기 위하여 지대공(地對空) 무기 등을 운용하는 기지를 말한다. 이하 이 조에서 같다]의 경우에는 최외곽경계선으로부터 500미터 범위 이내의 지역으로 한다. 
2. 제한보호구역 
가. 군사분계선의 이남(以南) 25킬로미터 범위 이내의 지역 중 민간인통제선 이남지역. 다만, 중요한 군사기지 및 군사시설이 없거나 군사작전상 장애가 되지 아니하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 지역은 제한보호구역의 지정에서 제외하여야 한다. 
나. 가목 외의 지역에 위치한 군사기지 및 군사시설의 최외곽 경계선으로부터 500미터 범위 이내의 지역. 다만, 취락지역에 위치한 군사기지 및 군사시설의 경우에는 당해 군사기지 및 군사시설의 최외곽경계선으로부터 300미터 범위 이내의 지역으로 한다. 
다. 폭발물 관련 시설, 방공기지, 사격장 및 훈련장은 당해 군사기지 및 군사시설의 최외곽경계선으로부터 1킬로미터 범위 이내의 지역 
라. 전술항공작전기지는 당해 군사기지 최외곽경계선으로부터 5킬로미터 범위 이내의 지역, 지원항공작전기지 및 헬기전용작전기지는 당해 군사기지 최외곽경계선으로부터 2킬로미터 범위 이내의 지역 
마. 군용전기통신기지는 군용전기통신설비 설치장소의 중심으로부터 반지름 2킬로미터 범위 이내의 지역 
② 민간인통제선은 군사분계선의 이남 10킬로미터 범위 이내에서 지정할 수 있다. 
③ 제1항에도 불구하고 해군기지 중 군항의 보호구역의 범위는 대통령령으로 정하고, 해군작전기지의 수역(水域)에 대한 보호구역은 항만의 경계 안에서 지정한다. 
④ 제1항 및 제2항에 따른 보호구역 및 민간인통제선의 경계, 지정절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제6조(비행안전구역의 지정범위 등)   ① 비행안전구역은 항공작전기지의 종류별로 구분하되, 그 지정범위는 별표 1과 같다. 
② 제1항에 따른 항공작전기지의 종류별 위치, 비행안전구역의 지정절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제7조(대공방어협조구역의 지정범위 등)   ① 대공방어협조구역은 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시ㆍ군 관할 구역을 기준으로 하여 지정한다. <개정 2014. 5. 9.> 
② 대공방어협조구역의 지정절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제8조(보호구역등의 고시 및 표지)   ① 국방부장관은 제4조부터 제7조까지의 규정에 따라 보호구역등을 지정ㆍ변경 또는 해제한 때에는 이를 고시하여야 한다. 
② 국방부장관은 제4조 및 제5조에 따라 보호구역 또는 민간인통제선을 지정한 때에는 보호구역 또는 민간인통제선의 지정사실, 관할부대장 또는 관리부대장(이하 “관할부대장등”이라 한다), 보호구역에서의 제한 또는 금지사항 및 그 위반자에 대한 처벌의 취지, 그 밖에 필요한 사항을 알리는 표지를 설치하여야 한다. 다만, 민간인통제선의 경우에는 제1항에 따른 고시로써 이에 갈음할 수 있다. 
③ 제1항 및 제2항에 따른 고시 및 표지의 설치에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제9조(보호구역에서의 금지 또는 제한)   ① 누구든지 보호구역 안에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하여서는 아니 된다. 다만, 제1호, 제3호, 제7호, 제8호, 제11호 또는 제12호의 경우 미리 관할부대장등(제1호의 경우에는 주둔지부대장을 포함한다)의 허가를 받은 자에 대하여는 그러하지 아니하다. <개정 2014. 12. 30.> 
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 구역 또는 군사기지 및 군사시설에의 출입. 다만, 군사작전상 장애가 되지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 허가를 받지 아니하고 출입할 수 있다. 
가. 통제보호구역 
나. 울타리 또는 출입통제표찰이 설치된 군사기지 및 군사시설 
2. 통제보호구역 안에서의 건축물의 신축. 다만, 군사작전에 지장이 없는 범위에서 대통령령으로 정하는 사항은 그러하지 아니하다. 
3. 통제보호구역 안에서의 수산동식물의 포획 또는 채취 
4. 군사기지 또는 군사시설의 촬영ㆍ묘사ㆍ녹취ㆍ측량 또는 이에 관한 문서나 도서 등의 발간ㆍ복제. 다만, 국가기관 또는 지방자치단체, 그 밖의 공공단체가 공공사업을 위하여 미리 관할부대장등의 승인을 받은 경우는 그러하지 아니하다. 
5. 보호구역등의 표지(보호구역등임을 나타내는 표본ㆍ표석ㆍ부표ㆍ출입통제표찰 또는 수중부설물을 포함한다)의 이전 또는 훼손 
6. 군함의 항로 방해 
7. 표류물, 침몰물의 습득 또는 군사작전이나 항해에 장애가 될 우려가 있는 대통령령으로 정하는 유해물의 유기(遺棄) 
8. 군용항공기를 제외한 항공기의 항공작전기지에의 착륙 
9. 군사시설 또는 군용항공기를 손괴하거나 그 기능을 손상시키는 행위 
10. 군용항공기를 향하여 물건을 던지거나 군용항공기 운항에 위험을 일으킬 우려가 있는 행위 
11. 제5조제1항제2호라목에 따른 제한보호구역 안에서의 각종 총포의 발사, 폭발물의 폭발 등의 행위 
12. 제5조제1항제2호마목에 따른 제한보호구역 안에서의 군용통신에 장애가 되는 것으로서 대통령령으로 정하는 건축물의 건축, 공작물ㆍ매설물 등(이하 “장애설비등”이라 한다)의 설치 
② 국방부장관 또는 관할부대장등은 보호구역 안에서 군용통신에 장애가 되는 장애설비등의 사용을 제한할 수 있다.
제10조(비행안전구역에서의 금지 또는 제한)   ① 누구든지 비행안전구역(예비항공작전기지 중 민간비행장의 비행안전구역을 제외한다) 안에서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하여서는 아니 된다. 다만, 제3호의 경우 미리 관할부대장등의 허가를 받은 자에 대하여는 그러하지 아니하다. <개정 2014. 12. 30., 2020. 3. 31.> 
1. 제1구역에서 군사시설(민간항공기의 항행을 지원하기 위한 항행안전시설을 포함한다)을 제외한 건축물의 건축, 공작물ㆍ식물이나 그 밖의 장애물의 설치ㆍ재배 또는 방치. 다만, 가장 높은 표면의 높이가 제1구역의 기본표면 표고를 초과하지 않고 군용항공기(민간항공기도 포함한다)의 이륙ㆍ착륙 및 비행에 방해 또는 장애가 되지 아니하는 범위에서 설치되는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설물 등에 대하여는 관할부대장과 협의하여 제외한다. 
가. 「도로법」 제2조제1호에 따른 도로로서 같은 법 제2조제6호에 따른 도로구역의 수평 확장, 이설 등으로 도로구역이 제1구역의 일부와 중첩되는 경우에 그 중첩되는 부분 중 도로 및 그 부속물 
나. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조제2호에 따른 하수종말처리 및 폐기물처리에 관한 사업의 시행을 위하여 지하에 매설하는 시설물 및 그 부속물 
2. 제2구역부터 제6구역까지에서 그 구역의 표면높이(이들의 투영면이 일치되는 부분에 관하여는 이들 중 가장 낮은 표면으로 한다) 이상인 건축물의 건축, 공작물ㆍ식물이나 그 밖의 장애물의 설치ㆍ재배 또는 방치 
3. 군용항공기를 제외한 항공기의 비행안전구역 상공의 비행 
4. 항공등화의 명료한 인지를 방해하거나 항공등화로 오인할 우려가 있는 유사등화의 설치 
5. 비행장애를 일으킬 우려가 있는 연막ㆍ증기의 발산 또는 색채유리나 그 밖의 반사물체의 진열 
② 제1항제2호에도 불구하고 비행안전구역 중 전술항공작전기지의 제3구역, 제5구역 또는 제6구역과 지원항공작전기지의 제4구역 또는 제5구역 안에서는 각 구역별로 최고장애물 지표면 중 가장 높은 지표면의 높이를 초과하지 아니하는 범위 안에서 일정 구역의 지표면으로부터 45미터 높이 이내에서 그 구역의 표면높이 이상인 건축물의 건축, 공작물ㆍ식물이나 그 밖의 장애물을 설치 또는 재배할 수 있다. 다만, 지원항공작전기지의 제4구역ㆍ제5구역의 경계부분이 연속적으로 상승하거나 하강하는 능선형태로 되어 있어서 그 경계부분의 높이가 최고장애물의 지표면 높이의 기준이 됨으로써 본문에 따른 높이까지 건축물의 건축 또는 공작물의 설치를 할 수 없게 되는 경우에는 최고장애물의 지표면 높이가 높은 구역의 최고장애물을 기준으로 하여 적용한다. 
③ 제2항을 적용함에 있어서 각 구역 간의 경계부분에서의 표면높이는 다음 각 호의 구분에 따른다. 
1. 전술항공작전기지 비행안전구역 제2구역과 제3구역이 접하는 부분에서는 제3구역의 바깥쪽 상방향으로 50분의 1의 경사면을 초과하지 아니하는 범위로 한다. 
2. 전술항공작전기지 비행안전구역의 제4구역이 제5구역과 접하는 부분 및 지원항공작전기지 비행안전구역의 제3구역이 제4구역과 접하는 부분에서는 각각의 경계부분으로부터 상방향으로 7분의 1의 경사면을 초과하지 아니하는 범위로 한다. 
3. 전술항공작전기지 비행안전구역의 제2구역이 제6구역과 접하는 부분 및 지원항공작전기지 비행안전구역의 제2구역이 제5구역과 접하는 부분에서는 제2구역의 긴 변으로부터 상방향으로 7분의 1의 경사면을 초과하지 아니하는 범위로 한다. 
④ 관할부대장등은 제1항제1호에도 불구하고 비행안전에 지장을 초래하지 아니하는 범위 안에서 비상활주로의 비행안전구역에 식물 재배 및 이와 관련되는 임시시설물의 설치를 허용할 수 있다. 
⑤ 관할부대장등은 제1항제2호에도 불구하고 비행안전에 지장을 초래하지 아니하는 범위 안에서 각 기지별 지역의 특수성을 고려하여 항공작전기지의 비행안전구역에 있어서 그 구역의 표면높이 이상인 건축물의 건축, 공작물ㆍ식물이나 그 밖의 장애물의 설치 또는 재배를 허용할 수 있다.
제11조(장애물 등에 대한 조치 등)   ① 관할부대장등(제9조제1항제1호의 경우에는 주둔지부대장을 포함한다. 이하 이 조 및 제21조에서 같다)은 제9조ㆍ제10조를 위반한 자 또는 그 위반으로 인한 장애물의 소유자와 그 밖의 권리를 가진 자(이하 “소유자등”이라 한다)에게 퇴거를 강제하거나 장애물의 제거, 그 밖에 필요한 조치를 명할 수 있다. 
② 관할부대장등은 제1항에 따른 장애물의 제거, 그 밖에 필요한 조치명령을 받은 자가 이를 이행하지 아니하는 경우에는 「행정대집행법」에 따라 직접 또는 제3자로 하여금 이를 제거 또는 이전하게 할 수 있다. 
③ 관할부대장등은 제1항에 따른 소유자등을 알 수 없거나 급박한 위험이 존재하는 등 긴급을 요하는 경우에는 제1항에 따른 명령 없이 직접 이를 제거 또는 이전할 수 있다. 이 경우 그 소유자등에게 이에 사용된 비용을 징수할 수 있다. 
④ 관할부대장등은 제10조제1항제2호, 제2항 및 제5항에 따른 장애물 외의 건축물ㆍ공작물ㆍ식물 등으로서 항공기의 비행안전에 위해를 끼칠 우려가 있는 장애물에 대하여는 소유자등에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 소요비용을 지급하고 항공장애등 및 주간장애표지의 설치를 명할 수 있다. 
⑤ 관할부대장등은 제4항에 따른 항공장애등 및 주간장애표지의 설치명령을 받은 소유자등이 이를 이행하지 아니하는 경우에는 이를 직접 설치할 수 있다.
제12조(선박의 정박지 제한과 입항시 선박명 표시)   ① 선박은 보호구역 안에서 군의 작전이나 항해에 장애가 되지 아니하도록 정박하여야 한다. 
② 관할부대장등은 보호구역 안에 정박 중인 선박에 대하여 필요한 경우에는 그 정박지를 지정 또는 변경하거나 퇴거의 강제 등 필요한 조치를 할 수 있다. 
③ 해군기지에 입항하는 선박은 보호구역 외곽의 3해리 지점으로부터 정박지점에 이르기까지 만국선박식별 신호에 따라 그 선박명을 표시하여야 한다.
제13조(행정기관의 처분에 관한 협의 등)   ① 관계 행정기관의 장은 보호구역 안에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항에 관한 허가나 그 밖의 처분(이하 “허가등”이라 한다)을 하려는 때에는 대통령령으로 정하는 협의절차와 국방부장관이 정하는 작전성 검토 등 협의기준에 따라 국방부장관 또는 관할부대장등과 협의하여야 한다. 국가기관 또는 지방자치단체가 다음 각 호에 해당하는 행위를 하려는 경우에도 이와 같다. 다만, 보호구역의 보호ㆍ관리 및 군사작전에 지장이 없는 범위 안에서 대통령령으로 정하는 사항은 그러하지 아니하다. <개정 2014. 12. 30., 2016. 1. 19., 2019. 8. 27.> 
1. 건축물의 신축ㆍ증축 또는 공작물의 설치와 건축물의 용도변경 
2. 도로ㆍ철도ㆍ교량ㆍ운하ㆍ터널ㆍ수로ㆍ매설물 등과 그 부속 공작물의 설치 또는 변경 
3. 하천 또는 해면의 매립ㆍ준설(浚渫)과 항만의 축조 또는 변경 
4. 광물ㆍ토석(土石) 또는 토사(土砂)의 채취 
5. 해안의 굴착 
6. 조림 또는 임목(林木)의 벌채 
7. 토지의 개간 또는 지형의 변경 
8. 해저시설물의 부설 또는 변경 
9. 통신시설의 설치와 그 사용 
10. 총포의 발사 또는 폭발물의 폭발 
11. 해운의 영위 
12. 어업권 또는 양식업권의 설정, 수산동식물의 포획 또는 채취 
13. 부표(浮標)ㆍ입표(立標), 그 밖의 표지의 설치 또는 변경 
② 관계 행정기관의 장이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항에 관한 허가등을 하려는 때에도 제1항을 적용한다. 
1. 비행안전구역 안에서 제10조제1항제2호ㆍ제4호 및 제2항에 저촉될 우려가 있는 건축물의 건축, 공작물ㆍ등화의 설치ㆍ변경 또는 식물의 재배 
2. 대공방어협조구역 안에서 대통령령으로 정하는 일정 높이 이상의 건축물의 건축 및 공작물의 설치 
③ 허가등을 받으려는 자(이하 이 조에서 “허가등의 신청인”이라 한다)는 허가등을 신청하기 전에 관할부대장등에게 제1항 각 호 또는 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 보호구역의 보호ㆍ관리나 군사작전 등에 지장이 없는지 등에 관하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 사전상담을 요청할 수 있다. 이 경우 관할부대장등은 요청을 받은 날부터 10일 이내에 사전상담 결과를 요청인에게 알려주어야 한다. <신설 2015. 9. 1.> 
④ 국방부장관 또는 관할부대장등은 제1항 또는 제2항에 따른 협의요청을 받은 경우 제15조에 따른 소관 군사기지 및 군사시설 보호 심의위원회의 심의를 거쳐 30일(제3항에 따른 사전상담 결과를 요청인에게 알려준 경우에는 20일) 이내에 그 의견을 관계 행정기관의 장에게 통보하여야 한다. 이 경우 그 의견에 대한 구체적인 사유를 명시하여야 한다. <개정 2015. 9. 1.> 
⑤ 국방부장관 또는 관할부대장등은 제4항에 따른 통보기한을 1회에 한하여 10일의 범위 안에서 연장할 수 있다. 이 경우 미리 그 연장 사유, 처리현황, 연장 기한을 명시하여 알려주어야 한다. <개정 2015. 9. 1.> 
⑥ 제4항에 따라 의견을 통보하는 국방부장관 또는 관할부대장등은 허가등의 신청인이 대체 시설의 설치 등 대통령령으로 정하는 사항을 이행하는 것이 군사적인 장애 요소를 해소하기 위하여 필요한 경우에 한하여 해당 사항을 이행하도록 하는 조건을 붙여 동의할 수 있다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항을 요구하거나 재협의를 제한하여서는 아니 된다. <신설 2018. 12. 24.> 
1. 부대 복지시설의 설치 또는 비품의 제공 등 해당 협의 사안과 직접 관련이 없는 사항 
2. 군사적인 장애 요소 해소에 필요한 수준 이상의 과다한 물자 및 장비 
3. 그 밖에 불합리하거나 과다한 조건으로서 대통령령으로 정하는 사항 
⑦ 제4항 및 제5항에 따라 의견을 통보받은 관계 행정기관의 장은 그 의견에 이의가 있는 경우 대통령령으로 정하는 절차에 따라 국방부장관 또는 관할부대장등(당초 협의기관의 직근상급기관을 말하되, 제10조제5항의 사항에 대하여는 국방부장관을 말한다. 이하 제8항 및 제9항에서 같다)에게 재협의를 요청할 수 있다. <개정 2015. 9. 1., 2018. 12. 24.> 
⑧ 제4항 및 제5항에 따른 협의결과에 이의가 있는 허가등의 신청인은 대통령령으로 정하는 절차에 따라 관계 행정기관의 장에게 국방부장관 또는 관할부대장등과 재협의하여 줄 것을 요청할 수 있다. 이 경우 관계 행정기관의 장은 특별한 사유가 없는 한 이에 따라야 한다. <개정 2015. 9. 1., 2018. 12. 24.> 
⑨ 국방부장관 또는 관할부대장등이 제7항 및 제8항에 따라 재협의 요청을 받은 경우에는 제4항 및 제5항을 준용한다. 다만, 국방부장관이 제10조제5항의 사항에 대하여 재협의하는 경우에는 제15조제1항에 따른 국방부 군사기지 및 군사시설 보호 심의위원회의 심의에 갈음하여 같은 조 제2항에 따른 합동참모본부 군사기지 및 군사시설 보호 심의위원회의 심의를 거쳐야 한다. <개정 2015. 9. 1., 2018. 12. 24.> 
⑩ 국방부장관 또는 관할부대장등은 관계 행정기관의 장이 제1항 또는 제2항에 따른 협의를 거치지 아니하거나 협의조건을 이행하지 아니하고 제1항 또는 제2항에 해당하는 사항에 관하여 허가등을 한 경우에는 당해 행정기관의 장에게 그 허가등의 취소, 행위의 중지, 시설물의 철거 등 원상회복에 필요한 조치를 할 것을 요청할 수 있고, 그 요청을 받은 행정기관의 장은 특별한 사유가 없는 한 이에 응하여야 한다. <개정 2015. 9. 1., 2018. 12. 24.> 
⑪ 지방자치단체가 제6항에 따라 대체 시설 설치 등 대통령령으로 정하는 사항을 이행하는 경우 「공유재산 및 물품 관리법」 제19조 및 제40조에도 불구하고 해당 대체 시설 등을 국가에 양여할 수 있다. <신설 2024. 2. 6.>
제13조의2(민군 간 전술항공작전기지 사용 협의)   ① 국방부장관은 국토교통부장관과 협의하여 전술항공작전기지 시설의 일부를 민간에서 사용하게 할 수 있다. 
② 제1항에 따라 협의를 하는 경우에 포함하여야 할 사항 및 절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 
 [본조신설 2024. 1. 16.]
제14조(보호구역등에서의 협의업무의 위탁 등)   ① 국방부장관 또는 관할부대장등은 도시 지역 안의 보호구역, 농공 단지 등 작전에 미치는 영향이 경미하면서 지역사회발전 및 주민 편익을 도모할 수 있는 지역으로 대통령령으로 정하는 일정한 보호구역, 비행안전구역 또는 대공방어협조구역에 있어서의 제13조에 따른 협의업무를 제15조에 따른 소관 군사기지 및 군사시설 보호 심의위원회의 심의를 거쳐 관계 행정기관의 장에게 위탁할 수 있다. 다만, 관할부대장등이 협의업무를 위탁하려는 때에는 제15조제3항에 따른 관할부대 또는 관리부대 군사기지 및 군사시설 보호 심의위원회의 심의를 거친 후 합참의장의 승인을 받아야 한다. 
② 제1항에 따라 위탁할 협의업무의 범위와 위탁절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제15조(군사기지 및 군사시설 보호 심의위원회)   ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항을 심의하기 위하여 국방부장관 소속으로 국방부 군사기지 및 군사시설 보호 심의위원회(이하 “국방부심의위원회”라 한다)를 둔다. 다만, 국방부장관은 필요하다고 인정하는 경우 제2호에 해당하는 사항을 제2항에 따른 합동참모본부 군사기지 및 군사시설 보호 심의위원회로 하여금 심의하게 할 수 있다. 
1. 보호구역등의 지정ㆍ변경 또는 해제에 관한 사항 
2. 제13조에 따른 국방부장관 소관 협의에 관한 사항 
3. 제14조에 따른 국방부장관 소관 협의업무의 위탁에 관한 사항 
4. 제16조제1항 및 제2항에 따른 보호구역등 관리기본계획의 수립 및 변경에 관한 사항 
5. 그 밖에 군사기지 및 군사시설 보호와 관련된 중요한 사항으로서 국방부장관이 심의에 부치는 사항 
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항을 심의하기 위하여 합참의장 소속으로 합동참모본부 군사기지 및 군사시설 보호 심의위원회(이하 “합참심의위원회”라 한다)를 둔다. <개정 2015. 9. 1., 2018. 12. 24.> 
1. 제4조제1항에 따른 합참의장의 건의사항 
2. 제13조제9항 단서에 따른 심의사항 
3. 제14조제1항 단서에 따른 합참의장의 승인에 관한 사항 
4. 제1항 단서에 따라 국방부장관이 심의에 부치는 사항 
5. 그 밖에 군사기지 및 군사시설의 보호와 관련된 중요한 사항으로서 합참의장이 심의에 부치는 사항 
③ 작전책임지역 또는 관리책임지역과 관련된 다음 각 호의 사항을 심의하기 위하여 관할부대장등 소속으로 관할부대 또는 관리부대 군사기지 및 군사시설 보호 심의위원회(이하 “관할부대심의위원회”라 한다)를 둔다. 
1. 제13조에 따른 관할부대장등 소관 협의에 관한 사항 
2. 제14조에 따른 관할부대장등 소관 협의업무의 위탁에 관한 사항 
3. 제16조제3항에 따른 보호구역등 관리계획의 수립에 관한 사항 
4. 그 밖에 군사기지 및 군사시설 보호와 관련된 중요한 사항으로서 관할부대장등이 심의에 부치는 사항 
④ 국방부심의위원회는 관계 행정기관에서 추천하는 자 2인 이상을 포함한 9인 이상 11인 이하의 위원으로 구성하고, 합참심의위원회 및 관할부대심의위원회는 합참의장 및 관할부대장등이 지명하는 5인 이상 9인 이하의 위원(허가 등 신청인이 제13조제3항에 따른 사전상담 결과에 동의하지 아니하는 사항과 관계 행정기관의 장이 제13조제7항에 따라 재협의를 요청하는 사항에 대하여 심의하는 경우에는 관계 행정기관에서 추천하는 2인 이하의 사람을 포함한다)으로 구성한다. 다만, 합참심의위원회의 심의사항 중 제2항제2호의 사항을 심의하려는 경우에는 민간 항공전문가를 포함하여야 한다. <개정 2016. 1. 19., 2018. 12. 24.> 
⑤ 국방부심의위원회, 합참심의위원회 및 관할부대심의위원회의 구성 및 운영 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제16조(보호구역등 관리기본계획의 수립 등)   ① 국방부장관은 보호구역등을 체계적으로 관리하기 위하여 군사기지 및 군사시설 보호에 관한 기본방향, 보호구역등의 관리에 관한 사항 등이 포함된 보호구역등 관리기본계획(이하 이 조에서 “기본계획”이라 한다)을 5년마다 수립하여야 한다. 
② 국방부장관은 제1항에 따라 기본계획을 수립할 때에는 국방부심의위원회의 심의를 거쳐 확정한다. 기본계획 중 보호구역등의 지정ㆍ변경ㆍ해제에 관한 사항, 피해보상에 관한 사항 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 때에도 또한 같다. 
③ 관할부대장은 제1항에 따라 수립된 기본계획에 따라 소관 관할부대의 보호구역등 관리계획(이하 이 조에서 “관리계획”이라 한다)을 5년마다 수립ㆍ추진하여야 한다. 관리계획을 수립할 때에는 관할부대심의위원회의 심의를 거쳐야 한다. 
④ 기본계획 및 관리계획의 수립 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제17조(토지의 매수청구 등)   ① 제4조부터 제7조까지의 규정에 따른 보호구역등의 지정으로 인하여 그 구역 안의 토지를 종래의 용도로 사용할 수 없어 그 효용이 현저하게 감소한 토지 또는 당해 토지의 사용ㆍ수익이 사실상 불가능한 토지(이하 이 조에서 “매수대상토지”라 한다)의 소유자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 국방부장관에게 당해 토지의 매수를 청구할 수 있다. 
1. 보호구역등의 지정 당시부터 당해 토지를 계속 소유한 자 
2. 토지의 사용ㆍ수익이 사실상 불가능하게 되기 전에 당해 토지를 취득하여 계속 소유한 자 
3. 제1호 또는 제2호에 해당하는 자로부터 당해 토지를 상속받아 계속 소유한 자 
② 국방부장관은 제1항에 따라 매수청구를 받은 토지가 제3항에 따른 기준에 해당되는 때에는 예산의 범위 내에서 매수하여야 한다. 
③ 매수대상토지의 범위 및 구체적인 판정기준은 대통령령으로 정한다. 
④ 제1항에 따라 매수청구를 받은 토지의 매수가격은 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 공시지가를 기준으로 당해 토지의 위치ㆍ형상ㆍ환경 및 이용 상황 등을 고려하여 평가한 금액으로 한다. <개정 2016. 1. 19.> 
⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따라 토지를 매수하는 경우 매수가격의 산정시기, 방법 및 매수청구의 절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제18조(비용의 부담)   ① 국방부장관은 제17조제4항에 따른 매수가격의 산정을 위한 감정평가 등에 사용되는 비용을 부담한다. 
② 국방부장관은 제1항에도 불구하고 매수청구인이 정당한 사유 없이 매수청구를 철회하는 경우에는 감정평가에 따르는 비용의 전부 또는 일부를 매수청구인에게 부담하게 할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2022. 12. 13.> 
1. 매수예상가격에 비하여 매수가격이 30퍼센트 비율 이상 하락한 경우 
2. 법령의 개정 또는 폐지 등으로 인하여 매수청구의 사유가 소멸된 경우 
③ 매수청구인이 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따라 부담하여야 하는 비용을 납부하지 아니한 경우에는 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다.
제19조(협의에 따른 토지등의 매수)   ① 국방부장관은 보호구역등의 지정목적을 달성하기 위하여 필요한 경우에는 토지소유자와 협의하여 그 구역 안의 토지 및 그 토지의 정착물(이하 이 조에서 “토지등”이라 한다)을 매수할 수 있다. 
② 제1항에 따라 토지등을 협의 매수하는 경우 가격의 산정시기ㆍ방법 및 기준에 관하여는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제67조제1항, 제70조, 제71조, 제74조부터 제77조까지와 제78조제5항부터 제7항까지의 규정을 준용한다.
제20조(손실보상)   ① 국방부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 손실에 대하여 정당한 보상을 하여야 한다. 다만, 그 소유자 및 그 밖의 권리를 가진 자에게 귀책사유가 있을 때에는 그러하지 아니하다. 
1. 제9조제2항에 따른 장애설비등의 사용제한으로 인하여 발생한 손실 
2. 제10조제1항제1호 또는 제2호에 해당하는 장애물을 제11조제1항에 따라 제거함으로써 발생한 손실 
② 제1항에 따른 손실보상을 받으려는 자는 그 청구의 원인이 되는 사유가 발생한 날부터 1년 이내에 국방부장관에게 청구하여야 한다. 
③ 국방부장관은 제2항에 따른 보상청구를 받은 때에는 그 청구를 받은 날부터 90일 이내에 손실보상금의 지급 여부를 결정하여 청구인에게 통지하여야 한다. 
④ 제1항에 따른 보상금의 산정방법ㆍ산정절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제21조(이의신청 특례)   ① 이 법에 따른 처분에 이의가 있는 자는 그 처분을 받은 날부터 60일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 국방부장관 또는 관할부대장등에게 이의신청을 할 수 있다. 
② 제1항에 따른 이의신청을 받은 국방부장관 또는 관할부대장등은 30일 이내에 이의신청에 대하여 결정하고 신청인에게 지체 없이 그 결과를 통보하여야 한다. 
③ 삭제 <2024. 1. 23.> 
④ 이의신청의 절차 등에 관하여 필요한 사항은 국방부령으로 정한다. 
⑤ 제1항, 제2항 및 제4항에서 규정한 사항 외에 이의신청에 관한 사항은 「행정기본법」 제36조(제2항 단서는 제외한다)에 따른다. <신설 2024. 1. 23.> 
 [제목개정 2024. 1. 23.]
제22조(군사기지 및 군사시설관리의 협조)   ① 관할부대장등은 군이 상주하지 아니하는 군사기지 및 군사시설을 보호할 필요가 있다고 인정하는 때에는 그 군사기지 및 군사시설의 소재지를 관할하는 경찰서장에게 그 군사기지 및 군사시설의 관리에 필요한 사항의 협조를 요청할 수 있다. 
② 제1항에 따라 협조를 요청받은 경찰서장은 그 시설의 보호ㆍ관리를 위하여 필요한 협조를 하여야 한다.
제23조(외국군 군사기지 및 군사시설에의 적용)   이 법은 「헌법」에 규정된 절차에 따라 대한민국에 주류(駐留)하는 외국군의 군사기지 및 군사시설에 대하여도 적용한다.
제24조(벌칙)   ① 제9조제1항제9호를 위반하여 군사시설 또는 군용 항공기를 손괴하거나 그 기능을 손상시킨 자는 3년 이상의 유기징역에 처한다. 
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 5년 이하의 징역 또는 5천만원 이하의 벌금에 처한다. <개정 2014. 5. 9.> 
1. 제9조제1항 단서에 따른 허가를 받지 아니하고 같은 항 제11호에 해당하는 행위를 한 자 
2. 제9조제1항제6호, 제10호 또는 제10조제1항제5호를 위반한 자 
③ 제9조제1항 단서에 따른 허가를 받지 아니하고 같은 항 제3호에 해당하는 행위를 한 자는 3년이하의 징역 또는 200만원 이상 3천만원 이하의 벌금에 처한다. <개정 2014. 5. 9.> 
④ 제9조제1항제4호 또는 제5호를 위반한 자는 3년 이하의 징역 또는 3천만원 이하의 벌금에 처한다. <개정 2014. 5. 9.> 
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 2년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금에 처한다. <개정 2014. 5. 9., 2015. 9. 1.> 
1. 제9조제1항제2호를 위반하여 건축물을 신축한 자 
2. 제11조제1항에 따른 장애물의 제거, 그 밖의 조치명령(제10조제1항제1호 또는 제2호에 해당하여 명령하는 경우에 한한다)에 따르지 아니한 자 
⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 1년 이하의 징역 또는 1천만원 이하의 벌금에 처한다. <개정 2014. 5. 9.> 
1. 제9조제1항 단서에 따른 허가를 받지 아니하고 같은 항 제1호ㆍ제7호ㆍ제8호 또는 제12호에 해당하는 행위를 한 자 
2. 제9조제2항을 위반하여 장애설비등을 사용한 자 
3. 제10조제1항 단서에 따른 허가를 받지 아니하고 같은 항 제3호에 해당하는 행위를 한 자 
4. 제11조제1항에 따른 장애물의 제거, 그 밖의 조치 명령(제10조제1항제4호에 해당하여 명령하는 경우에 한한다)에 따르지 아니한 자 
5. 제12조제2항에 따른 관할부대장등의 조치에 따르지 아니한 자 
⑦ 제12조제3항을 위반한 선박의 장 또는 그 직무를 대행하는 자는 100만원 이하의 벌금에 처한다. 
⑧ 제1항의 미수범은 처벌한다.
제25조(몰수)   ① 제9조제1항 단서에 따른 허가를 받지 아니하고 같은 항 제3호의 행위를 한 자가 소유하는 어획물ㆍ제품ㆍ어선 또는 어구는 몰수할 수 있다. 다만, 어선 몰수의 경우에는 최근 5년 이내에 제9조제1항제3호를 위반하여 2회 이상 처벌을 받은 경우에 한한다. 
② 제1항에 따른 어획물ㆍ제품ㆍ어선 또는 어구의 전부 또는 일부를 몰수할 수 없을 때에는 그 가액을 추징할 수 있다.
「군사기지 및 군사시설 보호법」(이하 “군사기지법”이라 함) 제13조제1항 본문에서는 관계 행정기관의 장은 보호구역1)1) 군사기지법 제2조제6호에 따른 ‘군사기지 및 군사시설 보호구역’을 말하며, 이하 같음.안에서 건축물의 신축·증축 또는 공작물의 설치와 건축물의 용도변경(제1호) 등 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항에 관한 허가나 그 밖의 처분(이하 “허가등”이라 함)을 하려는 때에는 국방부장관 또는 관할부대장등2)2) 관할부대장(군사기지법 제2조제14호) 또는 관리부대장(같은 법 제2조제15호)을 말하며(같은 법 제8조제2항), 이하 같음.(이하 “국방부장관등”이라 함)과 협의해야 한다고 규정하면서, 같은 항 단서에서는 보호구역의 보호·관리 및 군사작전에 지장이 없는 범위 안에서 ‘대통령령으로 정하는 사항’은 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 마련된 같은 법 시행령 제13조제3항에서는 ‘「건축법 시행령」 제15조제5항에 따른 가설건축물의 건축3)3) 전투진지 전방 500미터 이내 지역은 소각하거나 물리적으로 없애기 쉬운 시설로 한정하며(군사기지법 시행령 제13조제3항제2호 단서), 이하 같음.’(제2호), ‘「건축법」 제14조제1항 및 제16조제2항에 따른 신고의 대상이 되는 행위4)4) 「건축법」 제14조제1항제2호에 해당하는 건축으로서 군사기지법 시행령 제13조제3항제7호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외하며, 이하 같음.’(제7호) 등을 협의하지 않아도 되는 사항으로 규정하고 있는 한편,군사기지법 제13조제2항에서는 관계 행정기관의 장이 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항에 관한 허가등을 하려는 때에도 ‘제1항을 적용한다’고 규정하면서, 같은 항 제1호에서 ‘비행안전구역5)5) 군사기지법 제2조제8호에 따른 ‘비행안전구역’을 말하며, 이하 같음.안에서 제10조제1항제2호·제4호 및 제2항에 저촉될 우려가 있는 건축물의 건축, 공작물·등화의 설치·변경 또는 식물의 재배(이하 “건축물의 건축등”이라 함)’를 규정하고 있는바,관계 행정기관의 장이 ‘비행안전구역 안에서’ 군사기지법 제10조제1항제2호 및 제2항에 저촉될 우려가 있는 건축물의 건축행위6)6) 군사기지법 시행령 제13조제3항제2호 또는 제7호에 해당하는 건축행위를 전제하며, 이하 같음.에 대한 허가등을 할 때 국방부장관등과의 협의를 생략할 수 있는지?7)7) 국방부장관등이 군사기지법 제14조에 따라 협의업무를 관계 행정기관의 장에게 위탁하지 않은 경우임을 전제함.
법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 하고, 나아가 그러기 위해서는 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미를 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하면서, 법률의 입법 취지와 목적, 그 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 위와 같은 법해석의 요청에 부응하는 타당한 해석을 하여야 하는바1)1) 대법원 2013. 1. 17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결례 참조, 군사기지법 제13조제2항제1호에 따라 비행안전구역 안의 행위에 관한 허가등에 적용되는 ‘같은 조 제1항’의 범위는 문언의 형식적인 표현 외에도 보호구역 및 비행안전구역 관련 규정의 체계, 입법연혁, 입법취지 및 목적 등을 종합적으로 고려하여 합리적이고 조화롭게 해석할 필요가 있습니다2)2) 법제처 2022. 12. 7. 회신 22-0536 해석례 참조.먼저 군사기지법 제13조의 문언 및 규정체계를 살펴보면, 같은 조 제1항 본문에서 관계 행정기관의 장은 ‘보호구역 안에서 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항에 관한 허가등을 하려는 때(협의 대상)’에는 대통령령으로 정하는 ‘협의절차’와 국방부장관이 정하는 작전성 검토 등 ‘협의기준’에 따라 국방부장관등과 ‘협의할 의무를 부여’하면서, 같은 항 단서에서는 ‘보호구역의 보호·관리 및 군사작전에 지장이 없는 범위 안에서 대통령령으로 정하는 사항은 그러하지 아니하다’고 규정하여 같은 항 본문에서 규정하고 있는 ‘협의 대상’에서 제외되는 예외사항을 대통령령으로 정하도록 규정하고 있는 한편, 군사기지법 제13조제2항제1호에서는 관계 행정기관의 장이 ‘비행안전구역 안에서의 건축물 높이 등 제한 규정에 저촉될 우려가 있는 건축물의 건축등에 관한 허가등을 하려는 때’에도 ‘제1항을 적용한다’고 규정하고 있는바, 이 때 ‘제1항을 적용한다’는 의미는 관계 행정기관의 장이 ‘비행안전구역 안에서 허가등(협의 대상)’을 하려는 때에도 같은 조 제1항 본문에 따라 ‘보호구역 안에서의 허가등(협의 대상)’을 하려는 때와 마찬가지로, ‘협의절차’와 ‘협의기준’에 따라 국방부장관등과 협의해야하는 ‘협의 의무가 부여된다’는 의미로 보아야 할 것입니다.그렇다면 비행안전구역과는 별개인 ‘보호구역’의 보호·관리 및 군사작전에 지장이 없는 범위 안에서 대통령령으로 정하는 사항을 보호구역 관련 ‘협의 대상’에서 제외하고 있는 군사기지법 제13조제1항 단서는 같은 조 제2항에 따라 ‘비행안전구역 안에서 허가등을 하려는 때(협의 대상)’에 관해서는 적용될 여지가 없다고 할 것입니다.또한 만약 이와 달리 군사기지법 제13조제2항제1호에 따른 비행안전구역 안에서의 허가등에 대해 같은 조 제1항 단서까지도 적용된다고 해석할 경우, “보호구역” 안에서 국방부장관등과의 협의 대상에서 제외되는 사항이 “비행안전구역” 안에서도 협의 대상에서 제외된다고 보게되어 비행안전구역 안이라 하더라도 대통령령으로 정하는 사항의 경우에는 국방부장관등과의 협의를 생략할 수 있게 된다고 보게 되는데, 이는 “보호구역”을 ‘군사기지 및 군사시설을 보호하고 군사작전을 원활히 수행하기 위하여 지정하는 구역’(제2조제6호)으로, “비행안전구역”을 ‘군용항공기의 이착륙에 있어서의 안전비행을 위하여 지정하는 구역’(제2조제8호)으로 구분하여 정의하면서, 보호구역 안에서 금지·제한되는 행위(제9조)와 비행안전구역 안에서 금지·제한되는 행위(제10조)를 각각 구분하여 규정함으로써 보호구역과 비행안전구역을 그 지정 목적, 범위, 효과 등이 다른 별개의 구역으로 지정·관리하고 있는 군사기지법의 체계에 비추어 볼 때 타당하지 않습니다.그리고 군사기지법 제13조제1항 및 같은 조 제2항제1호는 구 「군사시설보호법」(2007년 12월 21일 법률 제8733호로 폐지되기 전의 것을 말하며, 이하 같음) 및 구 「군용항공기지법」(2007년 12월 21일 법률 제8733호로 폐지되기 전의 것을 말하며, 이하 같음)이 각각 폐지되고 2007년 12월 21일 법률 제8733호로 군사기지법(이하 “제정군사기지법”이라 함)이 제정되어 시행될 당시부터 있던 규정인데, “보호구역” 안의 경우 구 「군사시설보호법」 제10조제1항 본문에서도 원칙적으로 관계 행정기관의 장이 허가등을 하려는 경우 국방부장관등과 협의하도록 하면서, 같은 항 단서에서 보호구역의 보호·관리 및 작전활동에 지장이 없는 대통령령이 정하는 사항은 예외로 규정하고 있었던 반면, “비행안전구역” 안의 경우 구 「군용항공기지법」 제16조제1호에서 관계 행정청은 ‘비행안전구역 안에서 제8조제2항·제3항 및 제11조3)3) 구 「군용항공기지법」 제8조제2항·제3항은 현행 군사기지법 제10조제1항제2호 및 제2항과 유사한 내용으로, 구 「군용기지법」 제11조는 현행 군사기지법 제10조제1항제4호와 유사한 내용으로 각각 규정되어 있었음.의 규정에 저촉될 우려가 있는 건축물의 설치 등에 관한 허가등을 하고자 할 때 사전에 국방부장관등과 협의하여야 한다’고만 규정하면서 별도로 협의를 생략할 수 있는 예외를 규정하지 않았다가, 이를 제정군사기지법 제13조제1항 및 제2항제1호로 통합하여 규정한 이후 현행에 이르게 된 것으로, 제정군사기지법의 입법자료4)4) 제정군사기지법 제정이유 및 주요내용, 조문별 제정이유서 및 2007. 3. 27. 의안번호 제176289호로 발의된 군사기지 및 군사시설 보호법안에 대한 국회 국방위원회 심사보고서 참조를 살펴보면 단순히 종전의 규정을 통합하여 규정하는 것 외에 ‘비행안전구역 안 금지·제한 행위’에 해당할 우려가 있는 행위에 관한 허가등에 대해서도 국방부장관등과의 협의를 생략할 수 있는 규정을 두려는 입법의도는 보이지 않는다고 할 것입니다.더욱이 군사기지법 제13조제2항제1호에서 비행안전구역 안에서의 건축물 건축 등 행위에 관한 허가등을 할 경우 국방부장관등과의 협의를 하도록 규정한 취지는, 비행안전구역 안에서 이루어지는 건축물의 건축등이 군용항공기의 안전비행을 위해 설정한 높이 제한(같은 법 제10조제1항제2호 및 제2항) 등에 저촉될 우려가 있는 행위인지를 사전에 검토하고 관계 행정기관의 장과 국방부장관등이 상호 협의하여 규제·조정할 수 있도록 하려는 것으로서, 같은 법 제13조제1항 단서의 위임에 따라 국방부장관등과의 협의를 생략할 수 있는 사항으로 규정한 같은 법 시행령 제13조제3항 각 호에 따른 행위 중에는 군사기지법 제10조제1항제2호 및 제2항에 따른 높이 제한에 저촉되는 행위가 포함되어 있을 수 있는바5)5) 국방부의 설명에 따르면, 제2구역부터 제6구역까지의 비행안전구역 유형과 지형에 따라 건축물의 건축이 불가능한 곳, 단층의 건축물만 건축이 가능한 곳, 5층 이상의 건축물 건축도 가능한 곳 등 상황이 다양함., 군사기지법 시행령 제13조제3항 각 호에 해당하는 행위라는 이유로 비행안전구역 안에서도 관할 행정기관의 장이 국방부장관등과의 협의 없이 허가등을 할 수 있다고 보는 것은 비행안전구역에 관한 협의 절차를 규정한 군사기지법 제13조제2항제1호의 입법취지에도 부합하지 않습니다.따라서 이 사안의 경우, 관계 행정기관의 장은 해당 건축행위에 대한 허가등을 할 때 국방부장관등과의 협의를 생략할 수 없습니다.※ 법령정비 권고의견관계 행정기관의 장이 군사기지법 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항에 관한 허가등을 하려는 때에 같은 조 제1항 단서는 적용되지 않는다는 점을 명확히 규정할 필요가 있습니다.
이 사안의 경우, 관계 행정기관의 장은 해당 건축행위에 대한 허가등을 할 때 국방부장관등과의 협의를 생략할 수 없습니다.